#NEXUS [!This data set was downloaded from TreeBASE, a relational database of phylogenetic knowledge. TreeBASE has been supported by the NSF, Harvard University, Yale University, SDSC and UC Davis. Please do not remove this acknowledgment from the Nexus file. Generated on September 18, 2025; 6:51 GMT TreeBASE (cc) 1994-2008 Study reference: Grimm G., Renner S.S., Stamatakis A., & Hemleben V. 2006. A nuclear ribosomal DNA phylogeny of Acer inferred with maximum likelihood, splits graphs, and motif analyses of 606 sequences. Evolutionary Bioinformatics, 2: 279-294. TreeBASE Study URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/study/TB2:S2155] [ The following blocks are input data for analysis step 4501 ] BEGIN TAXA; TITLE TaxaForAnalysisStep4501; DIMENSIONS NTAX=105; TAXLABELS Acer_acuminatum Acer_barbinerve Acer_buergerianum Acer_buergerianum_abHVR Acer_caesium Acer_caesium_giraldii Acer_campbellii Acer_campbellii_flabellatum_BG Acer_campbellii_flabellatum_OS Acer_campbellii_sinense Acer_campestre_ACgenotype Acer_campestre_AGgenotype Acer_campestre_GTgenotype Acer_campestre_delLP4genotype Acer_capillipes_BG Acer_capillipes_OS Acer_cappadocicum Acer_carpinifolium Acer_carpinifolium_cf002 Acer_caudatifolium_directPCR Acer_caudatum_multiserratum Acer_caudatum_ukurunduense Acer_circinatum Acer_cissifolium Acer_coriaceifolium_cinnamomifolium Acer_coriaceifolium_cinnamomifolium_co011 Acer_crataegifolium Acer_davidii_BG Acer_davidii_OS Acer_davidii_grosseri_gs0 Acer_davidii_grosseri_gs1 Acer_diabolicum Acer_distylum Acer_erianthum Acer_glabrum Acer_grandidentatum Acer_griseum_BG Acer_griseum_OS Acer_heldreichii Acer_henryi Acer_hyrcanum Acer_ibericum_GT1 Acer_ibericum_GT2 Acer_japonicum_OS Acer_laevigatum_directPCR Acer_laurinum Acer_macrophyllum_BG Acer_macrophyllum_OS Acer_mandshuricum Acer_maximowiczianum Acer_miyabei Acer_mono_GT1 Acer_mono_GT2 Acer_mono_okamotoanum Acer_monspessulanum Acer_negundo_OS Acer_nipponicum Acer_oblongum_albopurpurascens Acer_obtusifolium Acer_oliverianum_BG Acer_oliverianum_OS_ol111 Acer_opalus Acer_opalus_obtusatum Acer_palmatum Acer_palmatum_amoenum_am110 Acer_palmatum_amoenum_delHVA Acer_pensylvanicum Acer_pentaphyllum Acer_pilosum Acer_platanoides Acer_pseudoplatanus Acer_pseudosieboldianum Acer_pycnanthum Acer_pycnanthum_py010 Acer_rubrum_BG Acer_rubrum_OS Acer_rufinerve Acer_saccharinum Acer_saccharinum_Wieri Acer_saccharum Acer_saccharum_floridanum Acer_saccharum_nigrum Acer_sempervirens Acer_shirasawanum Acer_spicatum Acer_stachyophyllum_betulifolium Acer_stachyophyllum_st001 Acer_stachyophyllum_st002 Acer_sterculiaceium_franchetii_directPCR Acer_sterculiaceum_directPCR Acer_tataricum Acer_tataricum_aidzuense Acer_tataricum_ginnala_BGTu Acer_tataricum_ginnala_BGZhe Acer_tataricum_semenovii Acer_tegmentosum_directPCR Acer_trautvetteri Acer_triflorum Acer_truncatum Acer_tschonoskii Acer_tschonoskii_koreanum Acer_velutinum Acer_wardii Dipteronia_dyeriana Dipteronia_sinensis ; END; BEGIN CHARACTERS; [! TreeBASE Matrix URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/matrix/TB2:M3828] TITLE Acer_ITS_105_consensus; LINK TAXA = TaxaForAnalysisStep4501; DIMENSIONS NCHAR=844; FORMAT DATATYPE=DNA SYMBOLS= "A C G T" MISSING=? 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Acer_tataricum TATCATTTAGAGGAAGGAGAAGTCGTAACAAGGTTTCCGTAGGTGAACCTGCGGAAGGATCATTGTCGAAACCTGCC-----CCAGCAGAACGAC----CCGCGAACTCGTTT-TATCAC--------CAGGGGA--------AGCACGGGTGCGCGAGCCTCGTGTT-----CCCCCTCTGC{AG}GTTGGATCGTTGGCA--CC{CT}G---CCCTCGCTCCCTCGGCA---CAACAACGAA-CCCCGGCGCGGACCGCGCCAAGG--AAAACT-AACAGGGGAG--CGTG-CCCTTGC-CGCCCCGGAAACGGTGTGCGTGC{CT}TGTGGCATTGCC---TTCTTT-CA{AT}TT-ATTTAAAACGACTCTCGGCAACGGATATCTCGGCTCTCGCATCGATGAAGAACGTAGCGAAATGCGATACTTGGTGTGAATTGCAGAATCCCGTGAACCATCGAGTCTTTGAACGCAAGTTGCGCCCCAAGCCGTTAGGCCGAGGGCACGCCTGCCTGGGTGTCACGCATCGTTG------CCCCCCCCCAAACCCCTCTAAC{AG}CCTCTCCTCGAGAGGAGGGAGACGAG-GGG---ACTT--GGCCGT----GGGCGGATATTGGCCTCCCGTGT{AG}CCGAACGG-CCCGCGGTTGGCCTAAATA-CGAGTCATC---GGCGACGGA--CGTCGTGACGTTCGGTGGT{CG}AAACGAAATAAA--CCTCGAGCTC{AC}CGTCGCGCGTACGCC-GCCGGTCT------AATAA-G{GT}CTCACCGA-CCCTGAAGAAGC{AG}C{CT}GT-----CAAC{AG}GCGCGCACGCATCGCGACCCCAGGTCAGGCGGGATTACCCGCTGAGTT Acer_tataricum_aidzuense 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TATCATTTAGAGGAAGGAGAAGTCGTAACAAGGTTTCCGTAGGTGAACCTGCGGAAGGATCATTGTCGAAACCTGCC------CAGCAGAACGAC----CCGCGAACTCGTTT-TATCAC--------CGGGGGA--------AGCACGGGTGCGCGAGCCTCGTGTT-----CCCCCTTTGCAGTTGGATCGTTGGCA--CCTG---CCCTCGCTCCCTCGGCA---CAACAACGAA-CCCCGGCGCGGACCGCGCCAAGG--AAAACT-AACAGGGGAG--CGTG-CCCTTGC-CGCCCCGGAAACGGTGTGCGTGCCTGTGGCATTGCC---TTCTTT-CATTT-ATTTAAAACGACTCTCGGCAACGGATATCTCGGCTCTCGCATCGATGAAGAACGTAGCGAAATGCGATACTTGGTGTGAATTGCAGAATCCCGTGAACCATCGAGTCTTTGAACGCAAGTTGCGCCCCAAGCCGTTAGGCCGAGGGCACGCCTGCCTGGGTGTCACGCATCGTTG--------CCCCCCCAAACCCCTCTAACACCTCTCCTCGAGAG---GGAGACGAG-GGG---ACTT--GGCCGT----GGGCGGATATTGGCCTCCCGTGTACCGAACGG-CCCGCGGTTGGCCTAAATA-CGAGTCATC---GGCGACGGA--CGTCGTGACGTTCGGTGGTGAAACGAAATAAA--CCTCGAGCTCCCGTCGCGC{AG}TACGCC-GCCGGTCT------AATAA-GGCTCACCGA-CCCTGAAGAAGCG{CT}CGT-----CAACGGCGCGCACGCATCGCGACCCCAGGTCAGGCGGGATTACCCGCTGAGTT Acer_tataricum_ginnala_BGZhe 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Acer_trautvetteri TATCATTTAGAGGAAGGAGAAGTCGTAACAAGGTTTCCGTAGGTGAACCTGCGGAAGGATCATTGTCGAAACCTGCC------TAGCAGAACGAC----CCGCGAACCTGTTT-TATCAT--------CGGGGGG--------AGCACGGGTGCGTAAGCCCCGTGGT-----CCCCCTCTGCGGTTGGATCGATGGCA--CCTG---CCCTCGCTCCCTCGGCA---CAACAACGAA-CCCCGGCGCGGACCGCGCCAAGG--AAGTTT-AACAAGAGAG--TGTG-CCCTTGT-CGCCCCGGAA{AG}CGGTGCGCGTGCTTGTGGCATTGCC---TTCTTT-CATT--ATTTAAAACGACTCTCGGCAACGGATATCTCGGCTCTCGCATCGATGAAGAACGTAGCGAAATGCGATACTTGGTGTGAATTGCAGAATCCCGTGAACCATCGAGTCTTTGAACGCAAGTTGCGCCCCAAGCCGTTAGGCCGAGGGCACGCCTGCCTGGGTGTCACGCATCGTTG-----CCCCCCCCCAAAACCCCTCTCCTC---------GAAAGA-----GATGAG-GGG---ACTT--GGCCAT----GGGCGGATATTGGCCTCCCGTGTGCTGAACGG-CCCGCGGTTGGCCTAAATA-CGAGTTGTCGTCGGCGATGGA--CGTCGTGACGTTCGGTGGT-----CAAATAAA--CCTCGAGCTCCCGTCGCGCGTACGTC-GTCGGCCT------AATAA-GGCTCACCGA-CCCTGAA---GCGTTGT-----CAACAGC--GCACGCATCGCGACCCCAGGTCAGGCGGGATTACCCGCTGAGTT Acer_triflorum 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Dipteronia_sinensis TATCATTTAGAGGAAGGAGAAGTCGTAACAAGGTTTCCGTAGGTGAACCTGCGGAAGGATCATTGTCGAAACCTGCC------TAGCAGAACAAC----CCGCGAACCTGTTT-TATCAT--------CGGGGGG--------AGCACGGGTGCGCGAGCCTCGCGGT-----CCCCCTTTGCAGTCGGATCGAGGGCG--CCCG---CCCTTGCTCCCTCGGCA---CAACAACGAA-CCCCGGCGCGGACCGCGCCAAGG--AAATCT-AACAAGAGAG--CGTG-CACTTGC-CGCCCCTAAAACGGTGCGCGTGCTCGTAGCACTGCC---TTCTTT-CATT--ATTTAAAACGACTCTCGGCAACGGATATCTCGGCTCTCGCATCGATGAAGAACGTAGCGAAATGCGATACTTGGTGTGAATTGCAGAATCCCGTGAACCATCGAGTCTTTGAACGCAAGTTGCGCCCCAAGCCGTTAGGCCGAGGGCACGCCTGCCTGGGTGTCACGCATCGTTG------CCCCCCTCCAGACCCCCTCTCCCTC-------GGAAGA-----GAGGAG-GGG---ACCT--GGCCGT----GGGCGGATATTGGCCTCCCGTGCGCCGAACGG-CTCGCGGTTGGCTGAAATA-CGAGTCGTC---GGCGGCGAG--CGTCGCGACGTTCGGCGGT-----GAAACAAA--CCTCGAGCTCCCGTTGCGCGT{AT}CGTC-GTCGGTCCGTAGT-AATAA-GGCTCATCGA-CCCTGAA---GCGTTGT-----CAACAAC--GCACGCATCGCGACCCCAGGTCAGGCGGGATTACCCGCTGAGTT ; END; BEGIN SETS; CHARSET its2 (CHARACTERS = Acer_ITS_105_consensus) = 517-809; CHARSET LPR (CHARACTERS = Acer_ITS_105_consensus) = 121-181 524-585; CHARSET its1 (CHARACTERS = Acer_ITS_105_consensus) = 62-352; CHARSET rDNA (CHARACTERS = Acer_ITS_105_consensus) = 1-61 353-516 810-844; END; BEGIN CODONS; CODONPOSSET * CodonPositions (CHARACTERS = Acer_ITS_105_consensus) = N: 1-844; CODONPOSSET CodonPositions (CHARACTERS = Acer_ITS_105_consensus) = N: 1-844; END; [ The following blocks are output data for analysis step 4501 ] BEGIN TREES; TITLE Tb9273; LINK TAXA = TaxaForAnalysisStep4501; TREE test_tree_ITS_105 = [&R] (Dipteronia_sinensis,(Acer_glabrum,(((((Acer_pilosum,((((Acer_coriaceifolium_cinnamomifolium_co011,Acer_coriaceifolium_cinnamomifolium),Acer_oblongum_albopurpurascens),(Acer_buergerianum,Acer_buergerianum_abHVR)),((Acer_mandshuricum,((Acer_griseum_BG,(Acer_griseum_OS,Acer_triflorum)),Acer_maximowiczianum)),Acer_pentaphyllum))),(Acer_laurinum,((Acer_pycnanthum,Acer_pycnanthum_py010),((Acer_rubrum_BG,Acer_rubrum_OS),(Acer_saccharinum_Wieri,Acer_saccharinum))))),((Acer_caesium,Acer_caesium_giraldii),(((Acer_carpinifolium,Acer_carpinifolium_cf002),((((Acer_tataricum_aidzuense,Acer_tataricum_ginnala_BGZhe),Acer_tataricum_ginnala_BGTu),Acer_tataricum),Acer_tataricum_semenovii)),(((Acer_heldreichii,Acer_velutinum),Acer_trautvetteri),(((Acer_opalus,Acer_opalus_obtusatum),((Acer_grandidentatum,((Acer_saccharum,Acer_saccharum_floridanum),Acer_saccharum_nigrum)),(((Acer_hyrcanum,Acer_ibericum_GT1),Acer_ibericum_GT2),Acer_pseudoplatanus))),((Acer_sempervirens,Acer_obtusifolium),Acer_monspessulanum)))))),((Acer_distylum,Acer_nipponicum),((((Acer_caudatum_multiserratum,Acer_spicatum),Acer_caudatum_ukurunduense),((Acer_negundo_OS,(Acer_cissifolium,Acer_henryi)),((Acer_barbinerve,(Acer_acuminatum,((Acer_stachyophyllum_betulifolium,Acer_stachyophyllum_st001),Acer_stachyophyllum_st002))),(Acer_erianthum,(((((((Acer_palmatum_amoenum_delHVA,Acer_wardii),(Acer_campbellii_flabellatum_OS,Acer_campbellii_flabellatum_BG)),(Acer_shirasawanum,(Acer_laevigatum_directPCR,Acer_pseudosieboldianum))),(Acer_circinatum,Acer_palmatum)),Acer_palmatum_amoenum_am110),Acer_japonicum_OS),(Acer_oliverianum_BG,(Acer_campbellii_sinense,Acer_oliverianum_OS_ol111))))))),Dipteronia_dyeriana))),(((((((((Acer_truncatum,Acer_mono_GT2),Acer_mono_okamotoanum),Acer_platanoides),Acer_mono_GT1),(((Acer_campestre_ACgenotype,Acer_campestre_AGgenotype),(Acer_campestre_GTgenotype,Acer_campestre_delLP4genotype)),Acer_miyabei)),Acer_cappadocicum),(Acer_macrophyllum_BG,Acer_macrophyllum_OS)),(Acer_tegmentosum_directPCR,(((Acer_crataegifolium,Acer_caudatifolium_directPCR),(Acer_capillipes_OS,Acer_davidii_grosseri_gs0)),(Acer_pensylvanicum,((Acer_rufinerve,Acer_capillipes_BG),((Acer_davidii_OS,Acer_davidii_grosseri_gs1),Acer_davidii_BG)))))),(((Acer_diabolicum,Acer_sterculiaceium_franchetii_directPCR),Acer_sterculiaceum_directPCR),(Acer_tschonoskii,(Acer_tschonoskii_koreanum,Acer_campbellii))))))); [! TreeBASE tree URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/tree/TB2:Tr5296] END;