#NEXUS [!This data set was downloaded from TreeBASE, a relational database of phylogenetic knowledge. TreeBASE has been supported by the NSF, Harvard University, Yale University, SDSC and UC Davis. Please do not remove this acknowledgment from the Nexus file. Generated on July 11, 2025; 15:55 GMT TreeBASE (cc) 1994-2008 Study reference: Huttunen S., Quandt D., Stech M., & Tangney R. 2008. Back to the future?: molecules take us back to the 1925 classification of the Lembophyllaceae (Bryopsida). Systematic Botany, null. TreeBASE Study URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/study/TB2:S2198] [ The following blocks are input data for analysis step 4587 ] BEGIN TAXA; TITLE TaxaForAnalysisStep4587; DIMENSIONS NTAX=41; TAXLABELS Amblystegium_serpens Bestia_longipes Brachythecium_rivulare Camptochaete_arbuscula Camptochaete_deflexa Cratoneuropsis_relaxa Dolichomitra_cymbifolia Dolichomitriopsis_diversiformis Eurhynchium_pulchellum Fallaciella_gracilis Fifea_aciphylla Homalia_besseri Hypnum_cupressiforme Isothecium_alopecuroides Lembophyllum_clandestinum Lembophyllum_divulsum Lembophyllum_orbiculatum Meteorium_polytrichum Neckera_complanata Neckera_crispa Neobarbella_comes Orthostichella_capillicaulis Orthostichella_hexasticha Orthostichella_pachygastrella Orthostichella_pandurifolia Orthostichella_pentasticha Orthostichella_rigida Papillaria_flavolimbata Pilotrichella_flexilis Porothamnium_stipitatum Porotrichodendron_robustum Porotrichodendron_superbum Porotrichum_usagarum Rigodium_implexum Rigodium_pseudothuidium Rigodium_toxarion Thamnobryum_alopecurum Thamnobryum_pandum Tripterocladium_leucocladulum Weymouthia_cochlearifolia Weymouthia_mollis ; END; BEGIN CHARACTERS; [! TreeBASE Matrix URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/matrix/TB2:M3370] TITLE ingroup_rev_sic; LINK TAXA = TaxaForAnalysisStep4587; DIMENSIONS NCHAR=1741; FORMAT DATATYPE=DNA SYMBOLS= "A C G T" MISSING=? 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. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ] Amblystegium_serpens 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Bestia_longipes 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Fallaciella_gracilis 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Fifea_aciphylla 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Homalia_besseri 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Neckera_complanata 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Porotrichodendron_superbum 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Porotrichum_usagarum 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Rigodium_implexum 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Rigodium_pseudothuidium 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Rigodium_toxarion 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Thamnobryum_alopecurum 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Thamnobryum_pandum AAATAATTTGAGCGTTAGTAGAAAAACTTACTAAATGCTAGCTTTCAGATTCAGGGAAACTTAGGTTGATAAAAATATGAGCAATCCTGAGCCAAATCTTGTTTC-----GTGTGAGAATGAGATAGGTGCAGAGACTCAATGGAAGCTATCCTAACG---------------------AATAATA-TTTTAAAAATTATTCAAAATT-----------TATTTTTTAGATATTAAGCGAGGATAAAGATAGAGTCCAATTTTACATGTTAATCTTAGCAACAATTTAAATTGTAGTAGAAAGAAAATCCGTTGGCTTTATTGACCGTGAGGGTTCAAGTCCCTCTACCCCCAAAACTATAATTTTTTATTGACATAAATTTATGTTAGGATAA-ACCAATAAAAAAGGCCGGAATAGCTCAGTTGGTAGAGCAGAGGACTGAAAATC???????????????????????????????????AGGAATAATTTTTTTCGCTATTTTTTTTCGCGAACCACCCAAAATTCAAACTAAAGGAAAAAAATAAAAAA-TTTTAAGTTTATTTGGTTTTTTATAAAAAT----------AGAGAATTAAGTACCTTCCCGGGAAGGTATTCGATAATTAATTTAATCCTCATGCTCTTCAAAAGGATCTCTAAGTTCTTTAGAGGGTTGCCCAAAAGCTGTATAAAGAGCATAACCGGTAAAACTCACAAGTGAACACGAGATAAATATAGCGACTAACGTTGCAGTTTCCATTTTTGAGTAATTCCAAAAGAATGGTTTATTTTTAATTAATTTGATTAATATAATAGTACACAAAGTTAACAAATCTCAACTAATGCAATAAAAATTTATGGCTACACAAATTATTGATGATACTCCTAGAACAAAAGGAAAACGAAGTGGTTTGGGAGATATATTAAAACCACTTAACTCAGAATATGGTAAAGTGCCCCCCGGCT??????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????GCG-CCCCCCACCGATCCACTCCC--------GCCGGG-------AGTC----GGGTCGAGTGAAAGTGGCCATCCC-GG----------------------------------TGGG--CC--TTCT-----------------------AACTC--GCTT--------------------GGAA------GGCCTT---------------------------------------AA---GGGTTGGCTGAAATGGAGGGAATCGGGCCGCCGTGGTG--AC--ACAGTCCGCG-ATCGGGTGA--TTTTC---GGGC------------TCTT-CC-------------GGGA-----------------------------------GCCCGGGA-TTTTTCTAAGTG--CGTGGCTGCGTCCC-CCAGTTGGTT--GC--GGGTTAC?TCATG--CAGGTC???????????????????????????????????????????????????CCCAACACACACAC?C?C?CC??????C????????AC?C?AAAA???CAA???AAAAAAAACAAAAA??C???????????AC??AAAA?????C???????ACCCCA?CA?C?CAA??C???C???A??C???ACACCAACA?AA?CAAAAC????????????? Tripterocladium_leucocladulum 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Weymouthia_cochlearifolia 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Weymouthia_mollis 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; END; BEGIN SETS; CHARSET indels (CHARACTERS = ingroup_rev_sic) = 1575-1741; CHARSET trnL_F (CHARACTERS = ingroup_rev_sic) = 1-448; CHARSET ITS2 (CHARACTERS = ingroup_rev_sic) = 976-1574; CHARSET psbT_H (CHARACTERS = ingroup_rev_sic) = 449-975; END; BEGIN CODONS; CODONPOSSET * CodonPositions (CHARACTERS = ingroup_rev_sic) = N: 1-1741; CODONPOSSET CodonPositions (CHARACTERS = ingroup_rev_sic) = N: 1-1741; END; [ The following blocks are output data for analysis step 4587 ] BEGIN TREES; TITLE Tb9359; LINK TAXA = TaxaForAnalysisStep4587; TREE Fig._3 = [&R] ((Amblystegium_serpens,Cratoneuropsis_relaxa),((Hypnum_cupressiforme,((Porothamnium_stipitatum,(Porotrichum_usagarum,(Orthostichella_pentasticha,(Orthostichella_pandurifolia,(Orthostichella_capillicaulis,Orthostichella_rigida),(Orthostichella_pachygastrella,Orthostichella_hexasticha))))),(((Thamnobryum_alopecurum,(Thamnobryum_pandum,(Porotrichodendron_superbum,Porotrichodendron_robustum))),(Homalia_besseri,(Neckera_complanata,Neckera_crispa))),(Dolichomitra_cymbifolia,(((Lembophyllum_orbiculatum,(Rigodium_pseudothuidium,(Rigodium_toxarion,Rigodium_implexum))),((Neobarbella_comes,Pilotrichella_flexilis),(Fallaciella_gracilis,((Camptochaete_arbuscula,(Fifea_aciphylla,(Camptochaete_deflexa,(Weymouthia_mollis,Weymouthia_cochlearifolia)))),(Lembophyllum_clandestinum,Lembophyllum_divulsum))))),(Isothecium_alopecuroides,(Tripterocladium_leucocladulum,(Bestia_longipes,Dolichomitriopsis_diversiformis)))))))),((Brachythecium_rivulare,Eurhynchium_pulchellum),(Meteorium_polytrichum,Papillaria_flavolimbata)))); [! TreeBASE tree URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/tree/TB2:Tr3129] END;