#NEXUS [!This data set was downloaded from TreeBASE, a relational database of phylogenetic knowledge. TreeBASE has been supported by the NSF, Harvard University, Yale University, SDSC and UC Davis. Please do not remove this acknowledgment from the Nexus file. Generated on May 22, 2024; 13:20 GMT TreeBASE (cc) 1994-2008 Study reference: Farrell B., & Linnen C. 2008. Comparison of methods for species-tree inference in the sawfly genus Neodiprion (Hymenoptera: Diprionidae). Systematic Biology, 57(6): 876-890. TreeBASE Study URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/study/TB2:S2204] [ The following blocks are input data for analysis step 4610 ] BEGIN TAXA; TITLE TaxaForAnalysisStep4610; DIMENSIONS NTAX=126; TAXLABELS Neodiprion_abbotii_001.04 Neodiprion_abbotii_014.01 Neodiprion_abbotii_015.04 Neodiprion_abbotii_055.04 Neodiprion_abbotii_120.04.1 Neodiprion_abbotii_131.04.1 Neodiprion_abbotii_162.03 Neodiprion_abbotii_184.03.2 Neodiprion_abbotii_188.03 Neodiprion_autumnalis_044.03 Neodiprion_compar_089.04 Neodiprion_compar_104.04A Neodiprion_compar_111.04 Neodiprion_compar_122.04A Neodiprion_compar_148.02 Neodiprion_compar_161.03 Neodiprion_compar_163.04 Neodiprion_compar_215.04 Neodiprion_compar_241.02 Neodiprion_compar_262.02 Neodiprion_compar_371.02 Neodiprion_compar_378.02 Neodiprion_dubiosus_162.04 Neodiprion_dubiosus_207.02 Neodiprion_dubiosus_221.04 Neodiprion_dubiosus_232.02 Neodiprion_dubiosus_272.02 Neodiprion_dubiosus_330.02 Neodiprion_excitans_033.04 Neodiprion_excitans_034.04 Neodiprion_excitans_080.04 Neodiprion_excitans_092.04.1 Neodiprion_excitans_094.04 Neodiprion_excitans_099.04.2 Neodiprion_excitans_123.04 Neodiprion_excitans_163.03B Neodiprion_excitans_165.03 Neodiprion_excitans_175.03 Neodiprion_excitans_179.03 Neodiprion_hetricki_010.04 Neodiprion_hetricki_046.04 Neodiprion_hetricki_049.04 Neodiprion_hetricki_057.04 Neodiprion_lecontei_018.01 Neodiprion_lecontei_096.04 Neodiprion_lecontei_097.04 Neodiprion_lecontei_102.04 Neodiprion_lecontei_116.04 Neodiprion_lecontei_125.02 Neodiprion_lecontei_132.04 Neodiprion_lecontei_145.04 Neodiprion_lecontei_174.03A Neodiprion_lecontei_178.03 Neodiprion_lecontei_185.03 Neodiprion_lecontei_196.04 Neodiprion_lecontei_343.02 Neodiprion_lecontei_372.02 Neodiprion_maurus_035.0321B Neodiprion_merkeli_merkeli_184.03.1 Neodiprion_nigroscutum_209.04 Neodiprion_nigroscutum_219.02 Neodiprion_nigroscutum_247.02 Neodiprion_pinetum_004.01 Neodiprion_pinetum_113.04 Neodiprion_pinetum_130.04 Neodiprion_pinetum_151.04 Neodiprion_pinetum_377.02 Neodiprion_pinusrigidae_010.01 Neodiprion_pinusrigidae_142.04 Neodiprion_pinusrigidae_148.04 Neodiprion_pinusrigidae_373.02 Neodiprion_pinusrigidae_375.02 Neodiprion_pratti_banksianae_075.02 Neodiprion_pratti_banksianae_NPtb Neodiprion_pratti_paradoxicus_103.02 Neodiprion_pratti_paradoxicus_120.02 Neodiprion_pratti_paradoxicus_133.02 Neodiprion_pratti_paradoxicus_155.04 Neodiprion_pratti_paradoxicus_156.04 Neodiprion_pratti_pratti_004.04 Neodiprion_pratti_pratti_027.04 Neodiprion_pratti_pratti_032.04 Neodiprion_pratti_pratti_043.04.2 Neodiprion_pratti_pratti_044.04 Neodiprion_pratti_pratti_048.04 Neodiprion_pratti_pratti_054.04 Neodiprion_rugifrons_035.0321A Neodiprion_rugifrons_155.02 Neodiprion_rugifrons_183.02 Neodiprion_rugifrons_184.02 Neodiprion_rugifrons_208.02 Neodiprion_rugifrons_222.04 Neodiprion_rugifrons_231.02 Neodiprion_rugifrons_274.02 Neodiprion_rugifrons_316.02 Neodiprion_rugifrons_NRg1 Neodiprion_species1_002.04B Neodiprion_species1_006.04 Neodiprion_species1_016.04 Neodiprion_species1_037.04 Neodiprion_species1_061.04 Neodiprion_species1_091.04 Neodiprion_species1_095.04 Neodiprion_species1_107.04 Neodiprion_species1_109.04 Neodiprion_species1_117.04 Neodiprion_species1_120.04.2 Neodiprion_species2_081.04 Neodiprion_species2_082.04 Neodiprion_species2_090.04 Neodiprion_swainei_179.04 Neodiprion_swainei_180.04 Neodiprion_swainei_197.04 Neodiprion_swainei_206.04 Neodiprion_swainei_208.04 Neodiprion_swainei_257.02 Neodiprion_swainei_301.02 Neodiprion_taedae_linearis_002.04A2 Neodiprion_taedae_linearis_011.04 Neodiprion_taedae_linearis_NTdl Neodiprion_virginiana_126.04.1 Neodiprion_virginiana_126.04.2 Neodiprion_warreni_093.04 Neodiprion_warreni_098.04 Neodiprion_warreni_100.04 Neodiprion_warreni_168.03 ; END; BEGIN CHARACTERS; [! 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Neodiprion_abbotii_188.03 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Neodiprion_compar_122.04A 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Neodiprion_dubiosus_162.04 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Neodiprion_dubiosus_207.02 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Neodiprion_excitans_033.04 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Neodiprion_excitans_099.04.2 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Neodiprion_excitans_179.03 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Neodiprion_lecontei_018.01 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Neodiprion_lecontei_125.02 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Neodiprion_lecontei_185.03 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Neodiprion_pratti_paradoxicus_156.04 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Neodiprion_swainei_206.04 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Neodiprion_warreni_098.04 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; END; BEGIN SETS; CHARSET anl43 (CHARACTERS = 'LUdataset_Nucleargenes') = 1-774; CHARSET ef1a (CHARACTERS = 'LUdataset_Nucleargenes') = 775-1863; CHARSET CAD (CHARACTERS = 'LUdataset_Nucleargenes') = 1864-2779; END; [ The following blocks are output data for analysis step 4610 ] BEGIN TREES; TITLE Tb9382; LINK TAXA = TaxaForAnalysisStep4610; TREE Fig._2b = [&R] ((((((Neodiprion_abbotii_001.04,Neodiprion_pratti_pratti_043.04.2),(Neodiprion_species1_002.04B,Neodiprion_maurus_035.0321B)),((((Neodiprion_rugifrons_183.02,Neodiprion_warreni_100.04),(Neodiprion_nigroscutum_209.04,Neodiprion_dubiosus_162.04)),(Neodiprion_species2_081.04,Neodiprion_virginiana_126.04.1)),(Neodiprion_taedae_linearis_002.04A2,Neodiprion_merkeli_merkeli_184.03.1))),(((((Neodiprion_excitans_034.04,Neodiprion_pinusrigidae_148.04),Neodiprion_swainei_180.04),Neodiprion_hetricki_010.04),Neodiprion_lecontei_132.04),Neodiprion_pinetum_113.04)),Neodiprion_compar_089.04),Neodiprion_autumnalis_044.03); [! TreeBASE tree URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/tree/TB2:Tr3157] END;