#NEXUS [!This data set was downloaded from TreeBASE, a relational database of phylogenetic knowledge. TreeBASE has been supported by the NSF, Harvard University, Yale University, SDSC and UC Davis. Please do not remove this acknowledgment from the Nexus file. Generated on May 22, 2024; 16:23 GMT TreeBASE (cc) 1994-2008 Study reference: Farrell B., & Linnen C. 2008. Comparison of methods for species-tree inference in the sawfly genus Neodiprion (Hymenoptera: Diprionidae). Systematic Biology, 57(6): 876-890. TreeBASE Study URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/study/TB2:S2204] [ The following blocks are input data for analysis step 4617 ] BEGIN TAXA; TITLE TaxaForAnalysisStep4617; DIMENSIONS NTAX=39; TAXLABELS Neodiprion_abbotii_001.04 Neodiprion_abbotii_055.04 Neodiprion_abbotii_184.03.2 Neodiprion_autumnalis_044.03 Neodiprion_compar_089.04 Neodiprion_compar_262.02 Neodiprion_compar_378.02 Neodiprion_dubiosus_162.04 Neodiprion_dubiosus_221.04 Neodiprion_excitans_034.04 Neodiprion_excitans_092.04.1 Neodiprion_hetricki_010.04 Neodiprion_hetricki_049.04 Neodiprion_lecontei_132.04 Neodiprion_lecontei_174.03A Neodiprion_lecontei_343.02 Neodiprion_maurus_035.0321B Neodiprion_merkeli_merkeli_184.03.1 Neodiprion_nigroscutum_209.04 Neodiprion_nigroscutum_247.02 Neodiprion_pinetum_113.04 Neodiprion_pinetum_151.04 Neodiprion_pinusrigidae_148.04 Neodiprion_pinusrigidae_375.02 Neodiprion_pratti_banksianae_075.02 Neodiprion_pratti_paradoxicus_103.02 Neodiprion_pratti_pratti_043.04.2 Neodiprion_rugifrons_183.02 Neodiprion_rugifrons_222.04 Neodiprion_species1_002.04B Neodiprion_species1_095.04 Neodiprion_species2_081.04 Neodiprion_swainei_180.04 Neodiprion_swainei_301.02 Neodiprion_taedae_linearis_002.04A2 Neodiprion_taedae_linearis_011.04 Neodiprion_virginiana_126.04.1 Neodiprion_warreni_100.04 Neodiprion_warreni_168.03 ; END; BEGIN CHARACTERS; [! TreeBASE Matrix URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/matrix/TB2:M3864] TITLE 'MODdataset_Nucleargenes'; LINK TAXA = TaxaForAnalysisStep4617; DIMENSIONS NCHAR=2779; FORMAT DATATYPE=DNA SYMBOLS= "A C G T" MISSING=? 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Neodiprion_abbotii_055.04 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??TTTTCGATAGCTGCAAATTTCAACCAAGTTTCTCCCTCTGCAAATAGATATTTATTCATAATAATGACAAA-TCCGACCCCTTTGCTTTCCAGTGTTGAAAAATAATTGTTGTCGTTACTTACTTACACAGCAGATTTTCATGTACCACGTGTATGT--ACACATTGTGGATAATATATAACGTAAGTATGTCTTACGAATAAAAATGAATCGAAAGTAACGGGTACGAAGCATAATAAAGACTCGTACGGTGAATTCGAGAAACCGAAAAAATTGTGTCTCCGTTAGTCAGCAGCGATAATACATAGTACATACACGAAAATTGATGAAGTAGGCGACACACTGGATAAGTATAATGTACAAATGTACAATACAATGATAAATCCTGGGAATACAAGATAAAGTTCAGGTGACTGTGTATATATACAGGTATACCACACGTAAATTCCGCGAAACTCTTCGAATATAACAGTATTA-----------TTGTAAACATCAATTAAATACAGTTACAGAGTTGAACCGCGCCGGATTCCGGAGAATCCAGAACGCCGCGTCGCGGCTGTAATACCTGATTGTGAGACGGCA--AAACGGTTTATGTGCGAATGCCCGAGCCCGTCGCACTCTTTCTAGCTAGGCGACCTCCGCATTTCCGCCGCTGCACCGACCGACTTGAGCACCGCGAAAAAGAGATAACTGTATTACACATACCAGTACATGTAGATTTAAACACACACAATAAAGGCATACGCGACAGAGGGATTGATGGGGAGAATTCGAAGCTGGTATTTCCAAGAACGGTCAGACCCGTGAGCACGCACTACTTGCCTTCACCCTCGGCGTCAAGCAGCTCATCGTTGGTGTCAATAAAATGGACTCCACTGAGCCGCCATACTCGGAGGCTCGTTTCGAGGAAATTAAGAAGGAAGTTTCCTCCTATATCAAGAAGATTGGTTACACCCCAGCTGCTGTCGCTTTCGTTCCCATCTCAGGGTGGCACGGAGACAACATGCTCGAGCCCTCGAGCAAGATGCCATGGTTCAAGGGATGGGCCGTCGAACGCAAGGAAGGCAAAGCTGATGGAAAGTGTCTCATTGAGGCACTCGATGCCATCCTCCCACCCAGCAGACCTACCGATAAGGCTCTGCGTCTTCCCCTGCAGGTAAATTTTGTCCATTCGCTTCATTCCGTCCATTCAAAATTGAAAAATAACTATTTCG{AG}TCAAGAAACTCTGGCAGAGAAATTTCAACCATTGTCAAAAGTTTTGTAAAAAG---GTCTTCTTAACTGTTCCTGGGTTTATATATTTACAGGACATCTACTGCTCCTTAAGTATCCTTAAATTCTACAATTATTCTGGAAAACCAAAAAATGTCCC{CT}GAAGTCCTAGAAAAGTTCTGAGATATTTTGACTTATCCTGGAAAAATTGACATAATATATTTTTGAATGAAAACTGCGACATTTCATTTGTAATATGTAGCGTTCAATGCGTTAAATTTTAGTAGACCATGCAGTCGTTA{AC}AAAGTCTATCAATCATTAAATTGGATCACATACTTACATTTGAAATTATTGAGATAAATTTTCCAACAATTAAAAAATCTTACAAAATAGAATAATTTAAACTCAAACATATTTTTTATGTTCCAACATGTTTAGTATATTCTATTGATCGTCATTTTAATTCCTTTTTCAAAAGAATTGAAGGTGAAATTTCAATGTATATTTCGCTCTATTTTCCATTACTGAAGGTTAACTGATGCTTGTTGAATTTGTTTGCAGGACGTTTACAAGATTGGAGGTATTGGAACGGTCCCCGTAGGCCGTGTAGAAACTGGAGTTCTGAAGCCAGGTACCGT??????????????AGTTTCAAAGAGTCAGCACTAAGGTATGAAAATTGATTCTGATTAAGTGGTAAAAAATG---------AAATCCAAAAAT-CCATGGTTCATGAACACTTACAGATCGGAAGTTCGATGAAGAGCGTCGGTGAGGCGATGGCGATCGGCAGAAAATTTGAGGAGGCTTTCCAGAAGGCGCTTCGCATGGTGGATGAAAACGTGAACGGTTTCGACCCGTATGTGAAAAAGATTGATGACGAGGACCTGGAGAGACCGACGGATAAGAGGATGTTCGTTTTAGCAGCAGCATTGAAGGCTGGCTATACGATCGATCGACTGTACCAGTTGACGAAAATTGATCGTTGGTTTTTGGAAAAAATGAAAAACATCACATCTTACTACACACTTCTCGAAGATCTCGACCAGACGAAGCTCTC{CT}TACGAAGTTCTACTACGTGCCAAACAAATCGGTTTTTCTGACAAGCAGATTGCGACAGCGGTGAAAAGCACGGAACTTGCCGTTCGTAAGCAACGACAGGAAGGCAACATTAGACCGTTTGTCAAACAGATCGATACTGTCGCTGCCGAGTGGCCGGCGACCACAAACTACCTGTACCTGACCTACAATGGAAATAGCCACGACCTTCAGTTCCCCGGGGGCTACACCATGGTTATTGGTAC{GT}TAAGATTCATTCGCCCAGCAACAATTTTGCGACCTCATTATTACATCGAATCATTGAAAAACTCTTCTAGGTTCCGGCGTGTACCGGATTGGAAGTTCGGTTGAATTTGACTGGTGTGCTGTTGGCTGCCTTAGGGAATTGCGTTGTCTCAACCGAAAGACTATAATGGTGAATTACAACCCGGAGACAGTGAGCACAGATTACGATATGTGCGATCGTTTGTACTTTGAGGAAATATCCTT 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Neodiprion_excitans_034.04 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Neodiprion_lecontei_174.03A 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Neodiprion_pratti_banksianae_075.02 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; END; BEGIN SETS; CHARSET anl43 (CHARACTERS = 'MODdataset_Nucleargenes') = 1-774; CHARSET CAD (CHARACTERS = 'MODdataset_Nucleargenes') = 1864-2779; CHARSET ef1a (CHARACTERS = 'MODdataset_Nucleargenes') = 775-1863; END; [ The following blocks are output data for analysis step 4617 ] BEGIN TREES; TITLE Tb9389; LINK TAXA = TaxaForAnalysisStep4617; TREE Fig._7c_supp. = [&R] (Neodiprion_autumnalis_044.03,((Neodiprion_pinetum_113.04,Neodiprion_lecontei_132.04),((Neodiprion_hetricki_010.04,((Neodiprion_pinusrigidae_148.04,Neodiprion_excitans_034.04),Neodiprion_swainei_180.04)),(Neodiprion_merkeli_merkeli_184.03.1,(Neodiprion_compar_089.04,(Neodiprion_species2_081.04,(Neodiprion_species1_002.04B,(Neodiprion_virginiana_126.04.1,(Neodiprion_abbotii_001.04,(Neodiprion_taedae_linearis_002.04A2,((Neodiprion_pratti_pratti_043.04.2,Neodiprion_maurus_035.0321B),(Neodiprion_dubiosus_162.04,(Neodiprion_nigroscutum_209.04,(Neodiprion_rugifrons_183.02,Neodiprion_warreni_100.04)))))))))))))); [! TreeBASE tree URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/tree/TB2:Tr3164] END;