#NEXUS [!This data set was downloaded from TreeBASE, a relational database of phylogenetic knowledge. TreeBASE has been supported by the NSF, Harvard University, Yale University, SDSC and UC Davis. Please do not remove this acknowledgment from the Nexus file. Generated on November 10, 2026; 3:09 GMT TreeBASE (cc) 1994-2008 Study reference: Shaffer H., & Spinks P. 2009. Conflicting Mitochondrial and Nuclear Phylogenies For The Widely Disjunct Emys (Testudines: Emydidae) Species Complex, And What They Tell Us About Biogeography And Hybridization. Systematic Biology, 58(1): 1-20. TreeBASE Study URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/study/TB2:S2252] [ The following blocks are input data for analysis step 4735 ] BEGIN TAXA; TITLE TaxaForAnalysisStep4735; DIMENSIONS NTAX=83; TAXLABELS Chelonia_mydas Clemmys_guttata Emys_blandingii_1 Emys_blandingii_10 Emys_blandingii_11 Emys_blandingii_12 Emys_blandingii_2 Emys_blandingii_3 Emys_blandingii_4 Emys_blandingii_5 Emys_blandingii_6 Emys_blandingii_7 Emys_blandingii_8 Emys_blandingii_9 Emys_marmorata_1 Emys_marmorata_10 Emys_marmorata_11 Emys_marmorata_12 Emys_marmorata_13 Emys_marmorata_14 Emys_marmorata_15 Emys_marmorata_16 Emys_marmorata_17 Emys_marmorata_18 Emys_marmorata_19 Emys_marmorata_2 Emys_marmorata_20 Emys_marmorata_21 Emys_marmorata_3 Emys_marmorata_4 Emys_marmorata_5 Emys_marmorata_6 Emys_marmorata_7 Emys_marmorata_8 Emys_marmorata_9 Emys_orbicularis_1 Emys_orbicularis_10 Emys_orbicularis_13 Emys_orbicularis_14 Emys_orbicularis_15 Emys_orbicularis_16 Emys_orbicularis_17 Emys_orbicularis_18 Emys_orbicularis_19 Emys_orbicularis_2 Emys_orbicularis_20 Emys_orbicularis_21 Emys_orbicularis_22 Emys_orbicularis_23 Emys_orbicularis_24 Emys_orbicularis_25 Emys_orbicularis_26 Emys_orbicularis_27 Emys_orbicularis_28 Emys_orbicularis_29 Emys_orbicularis_3 Emys_orbicularis_30 Emys_orbicularis_31 Emys_orbicularis_32 Emys_orbicularis_33 Emys_orbicularis_34 Emys_orbicularis_35 Emys_orbicularis_36 Emys_orbicularis_37 Emys_orbicularis_4 Emys_orbicularis_5 Emys_orbicularis_6 Emys_orbicularis_7 Emys_orbicularis_8 Emys_orbicularis_9 Emys_trinacris_1 Emys_trinacris_2 Glyptemys_insculpta Glyptemys_muhlenbergii Graptemys_pseudogeographica Heosemys_spinosa Mauremys_mutica Platysternon_megacephalum Psammobates_pardalis Terrapene_carolina Terrapene_coahuila Terrapene_ornata Trachemys_scripta_elegans ; END; BEGIN CHARACTERS; [! 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Mauremys_mutica 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[! TreeBASE tree URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/tree/TB2:Tr3215] END; BEGIN TREES; TITLE Tb9507; LINK TAXA = TaxaForAnalysisStep4735; TREE Cytb_ML = [&R] (Chelonia_mydas,(Platysternon_megacephalum,(((Heosemys_spinosa,Mauremys_mutica),Psammobates_pardalis),((Trachemys_scripta_elegans,Graptemys_pseudogeographica),(((Clemmys_guttata,((Terrapene_carolina,Terrapene_coahuila),Terrapene_ornata)),(((((Emys_blandingii_1,Emys_blandingii_3,Emys_blandingii_5),Emys_blandingii_4),Emys_blandingii_2),(((Emys_blandingii_6,Emys_blandingii_10),((Emys_blandingii_7,Emys_marmorata_2),Emys_blandingii_12,Emys_marmorata_1,((Emys_marmorata_3,Emys_marmorata_5),Emys_marmorata_7),Emys_marmorata_4),((Emys_blandingii_8,Emys_blandingii_11),Emys_marmorata_6)),Emys_blandingii_9)),((((Emys_marmorata_8,((Emys_marmorata_9,Emys_marmorata_12,Emys_marmorata_20),(Emys_marmorata_15,Emys_marmorata_17))),(Emys_marmorata_10,Emys_marmorata_11),Emys_marmorata_16,Emys_marmorata_18),(Emys_marmorata_14,Emys_marmorata_19)),Emys_marmorata_13))),(Glyptemys_insculpta,Glyptemys_muhlenbergii)))),Emys_marmorata_21,Emys_orbicularis_1,Emys_orbicularis_2,Emys_orbicularis_3,Emys_orbicularis_4,Emys_orbicularis_5,Emys_orbicularis_6,Emys_orbicularis_7,Emys_orbicularis_8,Emys_orbicularis_9,Emys_orbicularis_10,Emys_trinacris_1,Emys_trinacris_2,Emys_orbicularis_13,Emys_orbicularis_14,Emys_orbicularis_15,Emys_orbicularis_16,Emys_orbicularis_17,Emys_orbicularis_18,Emys_orbicularis_19,Emys_orbicularis_20,Emys_orbicularis_21,Emys_orbicularis_22,Emys_orbicularis_23,Emys_orbicularis_24,Emys_orbicularis_25,Emys_orbicularis_26,Emys_orbicularis_27,Emys_orbicularis_28,Emys_orbicularis_29,Emys_orbicularis_30,Emys_orbicularis_31,Emys_orbicularis_32,Emys_orbicularis_33,Emys_orbicularis_34,Emys_orbicularis_35,Emys_orbicularis_36,Emys_orbicularis_37)); [! TreeBASE tree URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/tree/TB2:Tr3216] END;