#NEXUS [!This data set was downloaded from TreeBASE, a relational database of phylogenetic knowledge. TreeBASE has been supported by the NSF, Harvard University, Yale University, SDSC and UC Davis. Please do not remove this acknowledgment from the Nexus file. Generated on November 14, 2025; 6:57 GMT TreeBASE (cc) 1994-2008 Study reference: Marcus J., & Mccune A. 1999. Ontogeny and phylogeny in the northern swordtail clade of Xiphophorus. Systematic Biology, 48(3): 491-522. TreeBASE Study URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/study/TB2:S2368] [ The following blocks are input data for analysis step 4814 ] BEGIN TAXA; TITLE TaxaForAnalysisStep4814; DIMENSIONS NTAX=28; TAXLABELS Alfaro_hubberi Poecilia_butleri Poecilia_reticulata Priapella_compressa Priapella_intermedia Priapella_olmaceae Xiphophorus_alvarezi Xiphophorus_andersi Xiphophorus_birchmanni Xiphophorus_clemenciae Xiphophorus_continens Xiphophorus_cortezi Xiphophorus_couchianus Xiphophorus_evelynae Xiphophorus_gordoni Xiphophorus_helleri Xiphophorus_maculatus Xiphophorus_malinche Xiphophorus_meyeri Xiphophorus_milleri Xiphophorus_montezumae Xiphophorus_multilineatus Xiphophorus_nezahualcoyotl Xiphophorus_nigrensis Xiphophorus_pygmaeus Xiphophorus_signum Xiphophorus_variatus Xiphophorus_xiphidium ; END; BEGIN CHARACTERS; [! TreeBASE Matrix URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/matrix/TB2:M3984] TITLE dloop_cytb_src; LINK TAXA = TaxaForAnalysisStep4814; DIMENSIONS NCHAR=1284; FORMAT DATATYPE=DNA SYMBOLS= "A C G T" MISSING=? 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Xiphophorus_cortezi 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Xiphophorus_couchianus 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Xiphophorus_maculatus 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Xiphophorus_milleri 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Xiphophorus_signum 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Xiphophorus_variatus ATTAAACTATTCTTTG-ACCGGAGTCTGCCACCCTA----------------------AGTACATGTATGTATTATCCACATTAATCTATTTTAACCATTTA-AAGTAGTGTAACCCTACATTAATG-AAAAATTCAAAA-TTGTAGGAATATAACCACATTATATATATCAAATAAATATGAAGGTAGACATAAACCACTAAACTTCAAATTCCATTT-AATATGTTAAAAAGATGACGATATTGAATTGTCCT-ATCATAACT-CTCATCCGTCTAGATATACCAGGACTCACCACCCCTGCAAGTCAGAGTCAA-ATGTAGTAAGAGACCACCATCAGTTGATTCCTTAATGTACACGTTTATTGATGGTCAAGGACAAAAATCGTGGGGGTAGCACACATGGCCAACCTACGAAAAACCCACCCTCTCTTAAAAATTGCAAACGACATGCTAGTGGACCTCCCCGCACCCGTAAACATCTCAGCCTGATGAAACTTTGGCTCCCTCCTAGGACTTTGTCTTATCACCCAAATTTTAACCGGCCTATTTCTAGCAATACACTACACCTCTGACATCTCCATAGCATTTTCCTCCGTAGCCCACATCTGCCGAGATGTAAACTACGGCTGACTCATCCGAAATGTACACGCCAACGGAGCCTCCTTCTTTTTCATTTGCATTTACCTCCACATCGGACGAGGCCTATACTATGGCTCTTACCTCTACAAAGAGACATGAAACATTGGCGTCATCCTCTTCTGAAGCCCGGCACCATGTCCCCCGAGGCGTTCCTGCAGGAAGCTCAGGTCATGAAGAAACTGAGACACGAGAAGCTGGTTCAGCTGTACGCTGTGGTTTCTGAGGAGCCCATCTACATCGTAACAGAGTTCATGGACCAAGGTCAGCATGCTAACATTTTAGACCCTATAACTAAATTTCTCCCTGAAATTTCCTTAGTTGTTTAAAGATTTGCTGCGTTTAACAAACTCCTCTACAAACAGGCAGCTTATTGGAGTTTCTGAAGGGACAGTATAGTACGATGCTCCGCCTCCCTCAGCTGGTGGACTTTGCCTCTCAGGTCAGAATATTTTCTTACCATTAGCTTGAGTTGCTATACCTGTTTGTTTGTTTTTTGTT-GTTGTTGTTTTTTGTAATAAACCCTAAATGTTGCCACCTTTCATCAGATTGCTTCAGGGATGGCCTACGTAGAGAGGATGAACTACGTTCATAGAGATCTCCGAGCCGCTAACATCCTGGTTGGAGATAATCTGGTTTGCAAA Xiphophorus_xiphidium 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; END; BEGIN CODONS; CODONPOSSET * CodonPositions (CHARACTERS = dloop_cytb_src) = N: 1-1284; CODONPOSSET CodonPositions (CHARACTERS = dloop_cytb_src) = N: 1-1284; END; [ The following blocks are output data for analysis step 4814 ] BEGIN TREES; TITLE Tb9591; LINK TAXA = TaxaForAnalysisStep4814; TREE Fig._4 = [&R] (((Poecilia_reticulata,Poecilia_butleri),Alfaro_hubberi),(Priapella_compressa,(Priapella_intermedia,Priapella_olmaceae)),(((((Xiphophorus_alvarezi,Xiphophorus_helleri),Xiphophorus_signum),Xiphophorus_maculatus),(Xiphophorus_andersi,((Xiphophorus_clemenciae,(((((Xiphophorus_couchianus,Xiphophorus_gordoni),Xiphophorus_meyeri),Xiphophorus_xiphidium),Xiphophorus_variatus),Xiphophorus_evelynae)),Xiphophorus_milleri))),((Xiphophorus_birchmanni,Xiphophorus_pygmaeus),(((Xiphophorus_continens,Xiphophorus_nezahualcoyotl),(Xiphophorus_cortezi,(Xiphophorus_malinche,(Xiphophorus_multilineatus,Xiphophorus_nigrensis)))),Xiphophorus_montezumae)))); [! TreeBASE tree URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/tree/TB2:Tr3581] END;