#NEXUS [!This data set was downloaded from TreeBASE, a relational database of phylogenetic knowledge. TreeBASE has been supported by the NSF, Harvard University, Yale University, SDSC and UC Davis. Please do not remove this acknowledgment from the Nexus file. Generated on July 10, 2025; 23:51 GMT TreeBASE (cc) 1994-2008 Study reference: Blanco M., Carnevali G., Endara L., Koehler S., Neubig K., Singer R., Whitten W., & Williams N. 2007. Molecular phylogenetics of Maxillaria and related genera (Orchidaceae: Cymbidieae) based upon combined molecular data sets. American Journal of Botany, 94(1): 1860-1889. TreeBASE Study URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/study/TB2:S2377] [ The following blocks are input data for analysis step 4838 ] BEGIN TAXA; TITLE TaxaForAnalysisStep4838; DIMENSIONS NTAX=572; TAXLABELS Brasiliorchis_rupestris_SK0013 Brasiliorchis_rupestris_SK0063 Brasiliorchis_schunkiana Brasiliorchis_ubatubana_SK0155 Brasiliorchis_ubatubana_SK0373 Chrysocycnis_schlimii_GG1992763 Chrysocycnis_schlimii_W2386 Cryptocentrum_calcaratum_W0179 Cryptocentrum_calcaratum_W2651 Cryptocentrum_inaequisepalum_W1567 Cryptocentrum_inaequisepalum_W2325 Cryptocentrum_inaequisepalum_W2535 Cryptocentrum_inaequisepalum_W2700 Cryptocentrum_latifolium_A5081 Cryptocentrum_latifolium_W2349 Cryptocentrum_latifolium_W2733 Cryptocentrum_lehmannii_W2408 Cryptocentrum_peruvianum_W1796 Cryptocentrum_peruvianum_W2322 Cryptocentrum_pseudobulbosum_W1999 Cryptocentrum_pseudobulbosum_W2411 Cryptocentrum_sp._W2324 Cryptocentrum_standleyi_H8764 Cryptocentrum_standleyi_W2323 Cryptocentrum_standleyi_W2407 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Maxillaria_acicularis_SK0345 Maxillaria_acicularis_SK0352 Maxillaria_acicularis_SK0371 Maxillaria_acicularis_W1994 Maxillaria_acostae_B0938 Maxillaria_acostae_B2826 Maxillaria_acostae_W2644 Maxillaria_acostae_W2786 Maxillaria_acuminata_W2536 Maxillaria_acuminata_W2597 Maxillaria_acuminata_W2698 Maxillaria_acutifolia Maxillaria_adendrobium_D4231 Maxillaria_adendrobium_W2621 Maxillaria_adolphii Maxillaria_aequiloba_W1668 Maxillaria_aequiloba_W2918 Maxillaria_aff._aggregata_W3180 Maxillaria_aff._aggregata_W3189 Maxillaria_aff._arbuscula_W2500 Maxillaria_aff._lepidota_W1665 Maxillaria_aff._lepidota_W2387 Maxillaria_aff._lepidota_W2406 Maxillaria_aff._mapiriensis Maxillaria_aff._nutans Maxillaria_aff._patens Maxillaria_aff._perryae Maxillaria_aff._ponerantha Maxillaria_aff._tubercularis Maxillaria_aff._vaginalis Maxillaria_alba_A5062 Maxillaria_alba_SK0266 Maxillaria_alba_W2306 Maxillaria_allenii Maxillaria_alpestris Maxillaria_alticola_W2498 Maxillaria_alticola_W2800 Maxillaria_amparoana 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Maxillaria_pacholskii_W2501 Maxillaria_pachyachron_B2235 Maxillaria_pachyachron_W2653 Maxillaria_pachyacron_D6249 Maxillaria_pachyphylla_A5098 Maxillaria_pachyphylla_SK0105 Maxillaria_pachyphylla_SK0369 Maxillaria_paleata_W2561 Maxillaria_paleata_W2562 Maxillaria_paleata_W2565 Maxillaria_pardalina Maxillaria_parkerii Maxillaria_parviflora_A5070 Maxillaria_parviflora_SK0027 Maxillaria_parviflora_W2019 Maxillaria_parviflora_W2822 Maxillaria_patens_W1580 Maxillaria_patens_W2715 Maxillaria_patens_W2778 Maxillaria_pauciflora_LJ5002 Maxillaria_pauciflora_W2484 Maxillaria_pendens Maxillaria_pumila_SK0094 Maxillaria_pumila_SK0101 Maxillaria_pumila_SK0243 Maxillaria_pumila_SK0355 Maxillaria_punctostriata_B2107 Maxillaria_punctostriata_W2543 Maxillaria_ramonensis Maxillaria_reichenheimiana_B2102 Maxillaria_reichenheimiana_W2616 Maxillaria_reichenheimiana_W2713 Maxillaria_repens Maxillaria_richii_A5077 Maxillaria_richii_W2362 Maxillaria_rigida_SK0007 Maxillaria_rigida_SK0053 Maxillaria_ringens 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TreeBASE Matrix URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/matrix/TB2:M2985] TITLE Maxillaria_ITS_matK_atpB; LINK TAXA = TaxaForAnalysisStep4838; DIMENSIONS NCHAR=4716; FORMAT DATATYPE=DNA SYMBOLS= "A C G T" MISSING=? 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(((((((((((((((((((Maxillaria_longissima_W1642,Maxillaria_longissima_W2399),Maxillaria_longissima_W2745),(Maxillaria_turkeliae,Maxillaria_molitor_W2424,Maxillaria_molitor_W2425),(Maxillaria_cf._hillsii,Maxillaria_heubschii),(Maxillaria_lehmannii,Maxillaria_eburnea),Maxillaria_cf._grandiflora,Maxillaria_irrorata),(((((Maxillaria_elegantula_D6264,Maxillaria_elegantula_W2872),Maxillaria_elegantula_D6262,Maxillaria_elegantula_W2576),Maxillaria_elegantula_W2578),Maxillaria_woytkowskyi),(Maxillaria_jucunda_W2581,Maxillaria_jucunda_W2605)),((Maxillaria_fletcheriana,Maxillaria_sanderiana_W1652,Maxillaria_sanderiana_W2422,Maxillaria_sanderiana_W2603),('Maxillaria_augustae-victoriae_D6266','Maxillaria_augustae-victoriae_W2893'),Maxillaria_platypetala),Maxillaria_cf._dalessandroi,Maxillaria_grayii_W2879,Maxillaria_grayii_W2486,Maxillaria_grayii_W2409,Maxillaria_striata),Maxillaria_cf._anatomorum),(((Maxillaria_patens_W1580,Maxillaria_patens_W2778),Maxillaria_patens_W2715),((Maxillaria_guadalupensis_W1593,Maxillaria_guadalupensis_W2714),Maxillaria_guadalupensis_W2704)),((Maxillaria_pachyacron_D6249,Maxillaria_pachyachron_W2653),Maxillaria_pachyachron_B2235)),(((((((Maxillaria_confusa_A5083,Maxillaria_cf._confusa),Maxillaria_confusa_W2736,Maxillaria_atwoodiana),Maxillaria_confusa_W2367),((Maxillaria_crocea_SK0005,Maxillaria_crocea_W2299),Maxillaria_reichenheimiana_W2713),(Maxillaria_pseudoreichenheimiana_A5078,Maxillaria_pseudoreichenheimiana_W2335),(Maxillaria_reichenheimiana_B2102,Maxillaria_reichenheimiana_W2616)),(Maxillaria_arachnitiflora_B2262,Maxillaria_arachnitiflora_Matthews_sn)),((Maxillaria_silvana_W2485,Maxillaria_silvana_W2747),Maxillaria_cf._breviscapa)),(((Maxillaria_angustissima_W2637,Maxillaria_angustissima_W2735),Maxillaria_angustissima_B2103),Maxillaria_ramonensis)),(((((Maxillaria_ecuadorensis_W1572,Maxillaria_ecuadorensis_W2724),Maxillaria_whittenii),Maxillaria_aff._lepidota_W2387),((Maxillaria_aff._lepidota_W1665,Maxillaria_lepidota),Maxillaria_aff._lepidota_W2406)),Maxillaria_modesta),Maxillaria_fractiflexa),(Maxillaria_cf._bennettii,Maxillaria_aff._patens)),Maxillaria_curvicolumna),Maxillaria_galantha),(((((((Maxillaria_angustisegmenta_A5095,Maxillaria_angustisegmenta_W2570),(Maxillaria_ringens,Maxillaria_longiloba)),(Maxillaria_cryptobulbon_A5060,Maxillaria_cryptobulbon_W2494)),((Maxillaria_hennisiana_W2779,Maxillaria_hennisiana_W2808),Maxillaria_hennisiana_A5096,Maxillaria_hennisiana_W2572,Maxillaria_hennisiana_W2809),Maxillaria_amparoana),((((Maxillaria_porrecta_B0337,Maxillaria_porrecta_P0978),Maxillaria_porrecta_A5064,Maxillaria_leucaimata,Maxillaria_porrecta_W1967,Maxillaria_porrecta_W2617,Maxillaria_porrecta_W2931),Maxillaria_porrecta_W1966),Maxillaria_colemanii)),(((Maxillaria_acostae_B2826,Maxillaria_acostae_W2644),Maxillaria_acostae_W2786),Maxillaria_acostae_B0938)),Maxillaria_sp._W3186)),(((((((((Maxillaria_exaltata_W1506,Maxillaria_exaltata_W2317,Maxillaria_cf._exaltata_W2332,Maxillaria_cf._exaltata_W2333,Maxillaria_meridensis_W2568),Maxillaria_exaltata_D6277),(((Maxillaria_meridensis_W1647,Maxillaria_meridensis_W2451),Maxillaria_meridensis_W1568),Maxillaria_meridensis_B1562)),(Maxillaria_exaltata_W2318,Maxillaria_longicaulis)),(Maxillaria_aequiloba_W1668,Maxillaria_aequiloba_W2918)),((Maxillaria_sp._LJ6100,Maxillaria_sp._LJ6406),(Maxillaria_rotundilabia_W2516,Maxillaria_rotundilabia_W3173))),((Maxillaria_sp._W2380,Maxillaria_yanganensis),Maxillaria_jostii)),((((Maxillaria_speciosa,Maxillaria_neophylla),Maxillaria_gentryi_W2379),((Maxillaria_rubioi,Maxillaria_gentryi_W2499),Maxillaria_gentryi_W2656)),Maxillaria_rodrigueziana)),(((Maxillaria_setigera_SK0117,Maxillaria_robusta),Maxillaria_carolii,Maxillaria_cf._triloris,Maxillaria_setigera_Atwood_sn_W196),Maxillaria_endresii))),(((Maxillaria_chionantha_A5091,Maxillaria_chionantha_W1968),Maxillaria_chionantha_W2649,Maxillaria_chionantha_W2634),Maxillaria_chionantha_W2493)),((((Maxillaria_klugii_W2390,Maxillaria_klugii_W2492,Maxillaria_klugii_W2787),((Maxillaria_splendens_SK0144,Maxillaria_splendens_W1962),Maxillaria_buchtienii_W2940),Maxillaria_cf._splendens),((Maxillaria_sp._W2368,Maxillaria_pauciflora_W2484),Maxillaria_pauciflora_LJ5002),Maxillaria_sp._W2904),(((Maxillaria_perryae_J8101,Maxillaria_aff._perryae),Maxillaria_perryae_A5088),Maxillaria_perryae_W1672)),(Maxillaria_ochroleuca_SK0011,Maxillaria_ochroleuca_W2378)),((((Maxillaria_lueri_W2051,Maxillaria_lueri_W2629),Maxillaria_lueri_A5085),Maxillaria_brachybulbon),(((Maxillaria_attenuata_W0657,Maxillaria_marmoliana),Maxillaria_bradei),Maxillaria_bolivarensis)),((((Maxillaria_triloris_B2967,Maxillaria_triloris_W2917,Maxillaria_triloris_W2928),Maxillaria_triloris_B1640),Maxillaria_triloris_W1558),(Maxillaria_parkerii,Maxillaria_multiflora)),Maxillaria_cf._loretotensis),Maxillaria_pulla),((((Maxillaria_longipes_W2550,Maxillaria_neisseniae),Maxillaria_longipes_W2751),Maxillaria_longipes_B2965),Maxillaria_longipes_W2574)),(Maxillaria_dillonii_W2575,Maxillaria_dillonii_W2878)),((((((((((((((((Maxillaria_schlechteriana_B1662,Maxillaria_schlecteriana_W2157),Maxillaria_paleata_W2565,Maxillaria_paleata_W2561),Maxillaria_paleata_W2562,Maxillaria_sigmoidea_B2915),((Maxillaria_minor_W2607,Maxillaria_minor_W2628),Maxillaria_minor_W2598)),((Maxillaria_vaginalis,Maxillaria_aff._vaginalis),(Maxillaria_dichotoma_W2584,Maxillaria_dichotoma_W2777))),((Maxillaria_lutheri_W2563,Maxillaria_lutheri_W2569),Maxillaria_sigmoidea_D6240,Maxillaria_lutheri_W2567),Maxillaria_sigmoidea_B2141),((((((Maxillaria_dendrobioides_D6243,Maxillaria_dendrobioides_W2599),(Maxillaria_dendrobioides_W2627,Maxillaria_dendrobioides_W2655)),Maxillaria_allenii),Maxillaria_tonduzii),(((Maxillaria_scalariformis_D6252,Maxillaria_scalariformis_W2633),Maxillaria_scalariformis_W2559),Maxillaria_tutae)),((((Maxillaria_biolleyi_B2092,Maxillaria_synsepala),Maxillaria_biolleyi_D6241),Maxillaria_falcata,Maxillaria_adolphii),Maxillaria_obscura))),((Maxillaria_imbricata_SK0025,Maxillaria_imbricata_W2337,Maxillaria_longicolumna),(Maxillaria_gomeziana_Atwood_sn,Maxillaria_gomeziana_W1985,Maxillaria_bracteata_W2198),(Maxillaria_bracteata_A5068,Maxillaria_bracteata_SK0305)),(Maxillaria_densa_A5072,Maxillaria_densa_Higgins1017,Maxillaria_densa_W1964),(Maxillaria_tubercularis,Maxillaria_aff._tubercularis),Maxillaria_serrulata),(Maxillaria_tigrina_GG20012204,Maxillaria_tigrina_W2991)),((((((Maxillaria_cf._microphyton_D6238,Maxillaria_flava_W2579),Maxillaria_microphyton_W2586,Maxillaria_flava_D5441),Maxillaria_microphyton_W2307),(Maxillaria_flava_W2611,Maxillaria_flava_W2624)),Maxillaria_cf._microphyton_W2659),(((Maxillaria_lankesteri_W2885,Maxillaria_lankesteri_W2901),(Maxillaria_cf._wercklei,Maxillaria_sp._J7921)),Maxillaria_wercklei))),(Maxillaria_meleagris_B1604,Maxillaria_meleagris_W2816)),(((((Maxillaria_umbratilis_B1835,Maxillaria_umbratilis_W2600),(Maxillaria_umbratilis_W2643,Maxillaria_cf._umbratilis),Maxillaria_umbratilis_B1642),(Maxillaria_carinulata,Maxillaria_bradeorum_W2716),Maxillaria_ampliflora_W2608,Maxillaria_bradeorum_W2590),((Maxillaria_ampliflora_B2845,Maxillaria_bradeorum_W2639),Maxillaria_bradeorum_W2566),Maxillaria_campanulata),(Maxillaria_trilobata_D6278,Maxillaria_trilobata_P2000))),(Maxillaria_vittariifolia_P2193,Maxillaria_vittariifolia_W1861)),((((((Maxillaria_parviflora_W2019,Maxillaria_parviflora_W2822),Maxillaria_parviflora_A5070,Maxillaria_parviflora_SK0027),Maxillaria_grisebachiana,Maxillaria_concavilabia),(((Maxillaria_cf._horichii,Maxillaria_horichii_W2615),Maxillaria_horichii_W2602),(Maxillaria_pseudoneglecta_A5089,Maxillaria_pseudoneglecta_W2626)),(Maxillaria_neglecta,Maxillaria_cf._neglecta)),((Maxillaria_strumata_SK0302,Maxillaria_strumata_W3021),Maxillaria_brevilabia_B1717,Maxillaria_brevilabia_W2606)),((Maxillaria_ctenostachya_W2549,Maxillaria_ctenostachya_W2647),Maxillaria_ctenostachya_Morales1639))),((Maxillaria_inaudita_A5054,Maxillaria_inaudita_W2763),Maxillaria_haberi),(Maxillaria_camaridii_GG20033648,Maxillaria_camaridii_SK0347)),((((Maxillaria_cucullata_A5066,Maxillaria_punctostriata_W2543),Maxillaria_cucullata_W2546),(Maxillaria_punctostriata_B2107,Maxillaria_cucullata_SK0298)),Maxillaria_cucullata_A5079))); [! TreeBASE tree URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/tree/TB2:Tr5021] END; BEGIN TREES; TITLE Tb9613; LINK TAXA = TaxaForAnalysisStep4838; TREE 'Figs. 1-4' = [&R] ((Eriopsis_biloba_W3153,Eriopsis_biloba_W2439),((((((((((((((Maxillaria_encyclioides,((((Maxillaria_aciantha_A5094,Maxillaria_aciantha_W1978),Maxillaria_friedrichsthallii_W0067),(Maxillaria_friedrichsthallii_SK0125,Maxillaria_cf._scorpioidea),Maxillaria_cf._friedrichsthallii),Maxillaria_scorpioidea)),Maxillaria_witsenioides),(Maxillaria_notylioglossa_SK0033,Maxillaria_cerifera_SK0058,Maxillaria_notylioglossa_SK0255,Maxillaria_cerifera_W2292)),((Maxillaria_acuminata_W2536,Maxillaria_acuminata_W2698),Maxillaria_acuminata_W2597)),Maxillaria_divaricata),((((((((((Maxillaria_alba_A5062,Maxillaria_alba_SK0266),Maxillaria_alba_W2306),(Maxillaria_oreocharis_A5086,(Maxillaria_oreocharis_W2594,Maxillaria_oreocharis_W2619,Maxillaria_oreocharis_W2652))),Maxillaria_cf._alba),(Maxillaria_sanguinea,Maxillaria_tenuifolia_W1843)),Maxillaria_elatior),Maxillaria_houtteana),((((Maxillaria_variabilis_A5080,Maxillaria_variabilis_SK0327),Maxillaria_variabilis_B1076),(Maxillaria_costaricensis_B1475,Maxillaria_costaricensis_W1910,Maxillaria_cf._variabilis),Maxillaria_mexicana),Maxillaria_anceps)),Maxillaria_lawrenceana),(((((Maxillaria_pardalina,(Maxillaria_procurrens_W2397,Maxillaria_procurrens_W2452)),((Maxillaria_linearifolia,Maxillaria_cassapensis),(Maxillaria_densifolia,Maxillaria_procurrens_W2438),((Maxillaria_arbuscula_W2395,Maxillaria_arbuscula_W2902),(Maxillaria_aff._arbuscula_W2500,(Maxillaria_arbuscula_W2508,Maxillaria_arbuscula_W2810))))),(((Maxillaria_diuturna_D6251,Maxillaria_diuturna_B0620,Maxillaria_diuturna_W2305,Maxillaria_diuturna_W2780),Maxillaria_diuturna_W2631),(Maxillaria_ponerantha_W2363,(Maxillaria_ponerantha_W2555,Maxillaria_ponerantha_W2654))),(Maxillaria_johannis,(Maxillaria_longibracteata,Maxillaria_guareimensis))),Maxillaria_acervata),Maxillaria_procurrens_W1657))),((((((Trigonidium_riopalenquense_A5097,Trigonidium_riopalenquense_W1534),(Trigonidium_egertonianum_SK0361,Trigonidium_egertonianum_W0068)),Trigonidium_egertonianum_SK0317),(((Trigonidium_obtusum_SK0023,Trigonidium_obtusum_W2997),(Trigonidium_sp._nov._SK0315,Trigonidium_sp._nov._SK0319)),(((Trigonidium_insigne_W1599,Trigonidium_insigne_W2564),Trigonidium_insigne_W2926),Trigonidium_insigne_W2660))),(Trigonidium_acuminatum_SK0021,Trigonidium_acuminatum_SK0145,Trigonidium_acuminatum_SK0363,Trigonidium_acuminatum_W2442)),Maxillaria_clade_B)),((((((((Maxillaria_pachyphylla_A5098,Maxillaria_pachyphylla_SK0105,Maxillaria_pachyphylla_SK0369,Maxillaria_madida_W1868),(((((Maxillaria_pumila_FP,Maxillaria_plebeja_SK0085,Maxillaria_pumila_SK0355,Maxillaria_plebeja_SK1653),Maxillaria_pumila_SK0101),((Maxillaria_pumila_SK0094,Maxillaria_minuta_SK0097),(Maxillaria_minuta_SK0253,Maxillaria_plebeja_W1834))),Maxillaria_vernicosa_W1871),(((((Maxillaria_juergensii_SK0069,Maxillaria_juergensii_SK0079),((Maxillaria_ferdinandiana_SK0089,Maxillaria_ferdinandiana_W1872),Maxillaria_ferdinandiana_SK0109)),(((Maxillaria_heterophylla_var._acicularifolia_SK0095,Maxillaria_heterophylla_var._acicularifolia_SK1706,(Maxillaria_heterophylla_var._pygmaea_SK0113,Maxillaria_heterophylla_var._intermedia)),Maxillaria_juergensii_SK0111),((Maxillaria_heterophylla_var._magnifolia,Maxillaria_heterophylla_var._pygmaea_SK0278),Maxillaria_heterophylla_var._pygmaea_SK0292))),Maxillaria_neowiedii_SK0091),Maxillaria_pumila_SK0243))),Maxillaria_neowiedii_SK0241),(Maxillaria_echinophyta_SK0353,(Maxillaria_echinophyta_W2990,Maxillaria_echinophyta_W1056))),(Maxillaria_vernicosa_SK0099,Maxillaria_vernicosa_SK0103)),((((((((Maxillaria_madida_SK0065,Maxillaria_mosenii_var._echinochila_SK0087),Maxillaria_mosenii_var._echinochila_SK0294,Maxillaria_acicularis_W1994),(Maxillaria_acicularis_SK0352,Maxillaria_acicularis_SK0371)),Maxillaria_acicularis_SK0115),Maxillaria_madida_SK0081,Maxillaria_madida_SK0107),Maxillaria_mosenii_var._hatschbachii_SK0083,Maxillaria_acicularis_SK0345),(Maxillaria_acicularis_SK0237,Maxillaria_cf._madida),Maxillaria_mosenii_var._hatschbachii_SK0071),(Maxillaria_sp._W2310,(Maxillaria_nardoides_W2359,Maxillaria_nardoides_W2502)))),(((((Maxillaria_uncata_SK0075,Maxillaria_uncata_W2394),Maxillaria_squamata),(Maxillaria_uncata_SK0359,Maxillaria_uncata_W2609)),Maxillaria_cf._uncata),(Maxillaria_pacholskii_W2393,(Maxillaria_pacholskii_W2464,Maxillaria_pacholskii_W2501)))),((Maxillaria_desvauxiana,(Maxillaria_auyantepuiensis_W2347,Maxillaria_auyantepuiensis_W2360)),(Maxillaria_longipetiolata_W1974,Maxillaria_longipetiolata_A5075)))),(((((((((Maxillaria_dressleriana,((((((Maxillaria_moralesii_B2097,Maxillaria_candida),Maxillaria_sanantonioensis),Maxillaria_chacoensis),Maxillaria_suarezorum_W2758),Maxillaria_moralesii_W1976),Maxillaria_suarezorum_W2895)),((((Maxillaria_rufescens_A5073,(Maxillaria_rufescens_SK0339,Maxillaria_rufescens_W2754)),Maxillaria_cf._rufescens_W1669),Maxillaria_cf._rufescens_SK0258),((Maxillaria_cf._acutifolia,Maxillaria_acutifolia),Maxillaria_tenuibulba_W2894,Maxillaria_cf._richii))),(Chrysocycnis_schlimii_GG1992763,Chrysocycnis_schlimii_W2386)),((Maxillaria_hedwi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TreeBASE tree URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/tree/TB2:Tr5020] END;