#NEXUS [!This data set was downloaded from TreeBASE, a relational database of phylogenetic knowledge. TreeBASE has been supported by the NSF, Harvard University, Yale University, SDSC and UC Davis. Please do not remove this acknowledgment from the Nexus file. Generated on April 06, 2026; 15:49 GMT TreeBASE (cc) 1994-2008 Study reference: Hansen K., Læssøe T., & Pfister D. 2001. Phylogenetics of the Pezizaceae, with an emphasis on Peziza. Mycologia, 93(5): 958-990. TreeBASE Study URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/study/TB2:S10005] [ The following blocks are input data for analysis step 5035 ] BEGIN TAXA; TITLE TaxaForAnalysisStep5035; DIMENSIONS NTAX=90; TAXLABELS Aleurina_imaii Amylascus_tasmanicus Ascobolus_lineolatus Boudiera_dennisii Cazia_flexiascus Glischroderma_sp Hydnotryopsis_setchellii Hydnotryopsis_sp Iodophanus_carneus Iodowynnea_auriformis_1 Iodowynnea_auriformis_2 Kimbropezia_campestris Marcelleina_personii Marcelleina_tuberculispora Neolecta_vitellina Nov_gen Otidea_onotica Pachyella_babingtonii_1 Pachyella_babingtonii_2 Pachyella_punctispora Pachyella_violaceonigra Peziza_aff_merdae Peziza_alaskana Peziza_ammophila Peziza_ampelina Peziza_ampliata Peziza_apiculata Peziza_arvernensis_1_2 Peziza_atrovinosa Peziza_badia_1 Peziza_badia_2 Peziza_badiofusca Peziza_bananicola Peziza_brunneoatra Peziza_cerea Peziza_depressa_1_2 Peziza_domiciliana Peziza_echinospora_1_2 Peziza_ellipsospora Peziza_exogelatinosa Peziza_fimeti Peziza_gerardii_1_2 Peziza_gerardii3 Peziza_granulosa Peziza_griseorosea 'Peziza howsei-emileia' Peziza_limnaea Peziza_lobulata Peziza_luteoloflavida Peziza_michelii Peziza_micropus_1 Peziza_micropus_2 Peziza_natrophila_1_2 Peziza_nivalis Peziza_ostracoderma Peziza_phyllogena_1 Peziza_phyllogena_2 Peziza_polaripapulata Peziza_proteana_petersii Peziza_quelepidotia Peziza_retrocurvata Peziza_saniosa Peziza_sp_1 Peziza_sp_2 Peziza_sp_3 Peziza_sp_4 Peziza_sp_5 Peziza_subcitrina_1 Peziza_subcitrina_2 Peziza_subisabellina_1 Peziza_subisabellina_2 Peziza_subisabellina_3 Peziza_subviolacea_1 Peziza_subviolacea_2 Peziza_succosa Peziza_succosella Peziza_vacinii Peziza_whitei Pfistera_pyrophila Plicaria_acanthodictya Plicaria_carbonaria Plicaria_endocarpoides Plicaria_trachycarpa Ruhlandiella_berolinensis Sarcosphaera_coronaria Scabropezia_scabrosa Smardea_amethystina Tirmania_nivea Tirmania_pinoyi Verpa_bohemica ; END; BEGIN CHARACTERS; [! TreeBASE Matrix URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/matrix/TB2:M4452] TITLE '25S rDNA, Table 2'; LINK TAXA = TaxaForAnalysisStep5035; DIMENSIONS NCHAR=966; FORMAT DATATYPE=DNA SYMBOLS= "A C G T" MISSING=? 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Boudiera_dennisii ?????GCTGAACTTAAGCATATCAATAAGCGGAGGAAAAGAAACCAACAGGGATTGCCCTAGTAACGGCGAGTGAAGCGGCAAAA-GCTCAGATTTGAAATCTGGTGTTC-TCTTGAGCATCTGAGTTGTAATCTGTAGAGAAGG---TCTTTTGA-TCAGACATT-GGTCCAAGTCCCTTGGAAGAGGGTGTCATAGAGGGTGAGAACCCCGTGCATGGCCTTTG--CTCT--GTGTCA-TTATAAGTCTTTCTTCAACGAGTCGAGTTGTTTGGGAATGCAGCTCTAAATGGGTGGTAAATTCCATCTAAGGCTAAATATTGGCAAGAGACCGATAGCGCACAAGTAGAGTAATCGAAAGATGAAAAGAACTCTGGACAGAGAGTTAAATAGTACGTGAAATTGTTGAAAGGGAAGCACTTGCCACCAGACTCAGGTATGGACAGATCAGGTTTCGGTTTCC-GGAG-CTGCACTCTGTCCTGCC-------GTGG-TCAGCATCAATTTCTG-CGGTGGGAAAAAGGTGAGGGG-AATGTAGCTCCTCTTC---GGA-GAAGTG-TTATAGCCCCGTGCTAC-AA--CTGCCTGC-AGAGATTGAGGATAGCTCC---------ATTGGAATGGATGCTGACTTAATGGTTGTAAGTGACCCGTCTTGAAACACGGACCAAGGAGTCTAACATCTATGCGAGTATTTGGGTG-AGAAAACCCTCATGCGCAATGAAAGTGAATGCAGGTGGGATTCCGCAA-----GGATGCACCATCGACCGATCCTGATGTTCTCGGATGGATTTGAGTAGGAGCATAGCTGTTGGGACCCGAAAGATGGTGAACTATGCCTGAATAGGGTGAAGCCAGAGGAAACTCTGGTGGAGGCTCGCAGCGGTTCTGACGTGCAAATCGATCGTCAAATTTGGGTATAGGGGCGAAAGACTAATCGAACCATCTA? 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Hydnotryopsis_setchellii TACCCGCTGAACTTAAGCATATCAATAAGCGGAGGAAAAGAAACCAACAGGGATTGCCTCAGTAACGGCGAGTGAAGCGGCAAAA-GCTCAGATTTGAAATCTGGTGCCA-TTGT-GGTACCCGAGTTGTAATCTGTAGAGGAGT----ATTCG-AGTGTAGCTTT-GGCTTAAGTT?CTTGGAACAGGACGTCATAGAGGGTGAGAACCCCGTTTACGGCCTTTG-ACTTA---TGCTC-AT-GTGAATCTTCTTCAACGAGTCGAGTTGTTTGGGAATGCAGCTCTAAATTGGTGGTAAATTCCATCTAAAGCTAAATACTGGCAAGAGACCGATAGCGCACAAGTAGAGTGATCGAAAGATGAAAAGAACTCTGAACAGAGAGTTAAATAGTACGTGAAATTGTTGAAAGGGAAGCACTTGTTACCAGACATACCTTCAGTC-AATCAGCCTTC-ATTTTT-GATGG-TGCACTTGGTTGTT--------GGTGGGTCAGCATCAGTTAC-AGCAGTGGGATAAAGACTGTGGG-AATGTGGCTTCCTTC----GG--GGAGTG-TTATAGCCCAGAGTGT--AATACCATCCGTT-GTGACTGAGGCCTGCGCTTC----------GGTGAGGATGCTGGCATAATGGTCATAAGTGACCCGTCTTGAAACACGGACCAAGGAGTCTAACATCTATGCAAGTGTTTGGGTGT-CAAAACCCTTACGCGGAATGAAAGTAAATGGAGGTGGGAACCGCAA-------GGTGCACCATCGACCGATCCTGATGTCTTCGGATGGATTTGAGTAGGAGCATAGCTGTTGGGACCCGAAAGATGGTGAACTATGCCTGAATAGGGTGAAGCCAGAGGAAACTCTGGTGGAGGCTCGCAGCGGTTCTGACGTGCAAATCGATCGTCAAATTTGGGTATAGGGGCGAAAGACTAATCGAACCATCTAG Hydnotryopsis_sp TACCCGCTGAACTTAAGCATATCAATAAGCGGAGGAAAAGAAACCAACAGGGATTGCCTTAGTAACGGCGAGTGAAGCGGCAAAA-GCTCAGATTTGAAATCTGGTGCCA-TTTT-GGTACCCGAGTTGTAATCTGTAGAGGAGT----ATTCG-AGTGTAGCTTT-GGCTTAAGTTTCTTGGAACAGGACGTCATAGAGGGTGAGAACCCCGTTTACGGCCTTTG-ACTTA---TGCTC-AT-GTGAATCTCCTTCAACGAGTCGAGTTGTTTGGGAATGCAGCTCTAAATTGGTGGTAAACTCCATCTAAAGCTAAATACTGGCAAGAGACCGATAGCGCACAAGTAGAGTGATCGAAAGATGAAAAGAACTCTGAACAGAGAGTTAAATAGTACGTGAAATTGTTGAAAGGGAAGCACTTGTTACCAGACATGCCTTCAGTC-AATCAGCCTTC-ATTTTT-GATGG-TGCACTTGACTGTA--------GGTGGGTCAGCATCAGTTAC-AATGGTGGGATAAAGGCTGTGGG-AATGTGACTTTCTTC----GG--GAAGTG-TTATAGCCCAGAGTAT--AATACCATCCATT-GTGACTGAGGCCTGCGCTTC----------GGTGAGGATGCTGGCATAATGGTTATAAGTGACCCGTCTTGAAACACGGACCAAGGAGTCTAACATCTATGCGAGTGTTTGGGTGT-AAAAACCCTTACGCGGAATGAAAGTAAATGGAGGTGGGAACCGCAA-------GGTGCACCATCGACCGATCCTGATGTCTTCGGATGGATTTGAGTAGGAGCATAGCTGTTGGGACCCGAAAGATGGTGAACTATGCCTGAATAGGGTGAAGCCAGAGGAAACTCTGGTGGAGGCTCGCA?CGGTTCTGACGTGCAAATCGATCGTCAAATTT??????????????????????????????????? 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Sarcosphaera_coronaria ????????????????????????????????????????????????????ATTGCCTTAGTAACGGCGAGTGAAGCGGCAAAA-GCTCAGATTTGAAATCTGGTGCCA-TTTT-GGTACCCGAGTTGTAATCTGTAGAGGAGT----ATTCG-AGTGTAGCTTT-GGCTTAAGTTTCTTGGAACAGGACGTCATAGAGGGTGAGAACCCCGTTCACGGCCTTTG-ACTTA---TGCTC-AT-GTGAATCTTCTTCAACGAGTCGAGTTGTTTGGGAATGCAGCTCTAAATTGGTGGTAAATTCCATCTAAAGCTAAATACTGGCAAGAGACCGATAGCGCACAAGTAGAGTGATCGAAAGATGAAAAGAACTCTGAACAGAGAGTCAAATAGTACGTGAAATTGTTGAAAGGGAAGCACTTGTTACCAGACATACCTTCAGCC-AATCAGCCTTC-ATTTTT-GGTGG-TGCACTTGGCTGTC--------GGTGGGTCAGCATCAGTTAC-AATAGTGGGATAAAGGCTGTGGG-AATGTGACTTCCTTC----GG--GGAGTG-TTATAGCCCCTAGTGA--AATACCAATCATT-GTGACTGAGGCCCGCGC????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? Scabropezia_scabrosa ????????????????????????????????????????????CAACAGGGATTGCCTCAGTAACGGCGAGTGAAG-GGCAAAAAGCTCAGATTTGAAATCTGGTGTTA-TATT-AACATCCGAGTTGTAATCTGTAGAGGAGTTTTTTTTTGGAGTATT-ATTTGGGTTAAAGTTCCTTGGGAAAGGGCATCATAGAGGGTGAGAATCCTGTTTATGACCAAAGTACTT--CTCTATT-AT---AAATCTCCTTCAATGAGTCGAGTTGTTTGGGAATGCAGCTCTAAATGGGTGGTAAATTCCATCTAAAGCTAAATATTGGCAAGAGACCGATAGCGCACAAGTAGAGTGATCGAAAGATGAAAAGAACTCTGAACAGAGAGTTAAAGAGTACGTGAAATTGTTGAAAGGGAAGCACTTGTGACCAGACAAAATTGCAATT-AATCAGCCATCAATT-TT-GGTGG-TGCACTTGATTGTAA--------GTGAGTTAGCATCAGTTAT-AGCAGTAGGACAAAAACCAATGG-AATGTAGCTCCTCTT----GGA-GGAGTG-TTATAGCCTTTAGTTT--AATACTGCTTGCT-ATAACTGAGGATAGCAC????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? Smardea_amethystina ??????????????????????????????????????????????ACAGGGATTGCCTCAGTAACTGCGAGTGAAGCGGCAAAA-GCTCAAATTTGAAATCTGGCCCG-T?TCCGGCGGCCCGAGTTGTAATTTGGAGGGGCAT----CTTCGGGGTG-GGCGCC-GTCCCAAGTTCCTCGGAACAGGACGTCACAGAGGGTGAGAATCCCGTGTCTGGTCGGCTGCCCC-----GCTCCAT-GTGAAGTGTCTCCGACGAGTCGAGTTGTTTGGGAATGCAGCTCAAAATGGGTGGTAAATTTCATCTAAAGCTAAATATTGGCGAGAGACCGATAGCGCACAAGTAGAGTGATCGAAAGATGAAAAGCACTTTGAAAAGAGAGTTAAAAAGTACGTGAAATTGTTGAAAGGGAAGCGCTTGAGACCAGACTCGTCGGCCGGC-AACCA-TCGTGCGCTTCT-GCGCCGTGCAATTGCCGACC--------GGCGGGCCAGCATCGGTTCCTG-CGGCGGGAAAAAGGCTGCGGC-AATGTGGCTCCTCTC----GG--GGAGTGGTTATAGGCTCGAGCGTC--ATGCCGCCTG-TGGGGACCGAGGACCGCGCTTC----------GGCTAGGATGCTGGCGTAATGGTCATAAGCGACCCGTCTTGAAACACGGACCAAGGAGTCTAACATCTATGCGAGTGTTCGGGTGG--AAAACCCTTGCGCGTAATGAAAGTGAACGGAGGTGGGAACCCCTC-----GGGGTGCACCATCGACCGATCCCGATGTCTTCGGAAGGATTTGAGTAGGAGCATAGCTGTTGGGACCCGAAAGATGGTGAACTATGCCTGAATAGGGTGAAGCCAGAGGAAACTCTGGTGGAGGCTCGCAGCGGTTCTGACGTGCAAATCGATCGTCAAATTTGGGTATAGGGGCGAAAGACTAATCGAACCATCTAG Tirmania_nivea TACCCGCTGAACTTAAGCATATCAATAAGCGGAGGAAAAGAAACCAACAGGGATTGCCCTAGTAACGGCGAGTGAAGCGGCAAAA-GCTCAGATTTGAAATCTGTCGTCA-TTTTTGGCGTCCGAGTTGTAATCTGTAGAGGAGT----ATTCG-AGTGTAGCTTT-GGCTTAAGTTCCTTGGAACAGGGCGTCATAGAGGGTGAGAACCCCGTTTACGGCCTTTG-TCTTA---TGCTC-AT-GTGAATCTTCTTCGACGAGTCGAGTTGTTTGGGAATGCAGCTCTAAATGGGTGGTAAATTCCATCTAAAGCTAAATACTGGCAAGAGACCGATAGCGCACAAGTAGAGTGATCGAAAGATGAAAAGAACTCTGAACAGAGAGTTAAATAGTACGTGAAATTGTTGAAAGGGAAGCACTTGCGACCAGACGCACTTGCAGCC-GATCAATCCTC-ATTCTT-GAGGG-TGCACTCGGTTGTTT--------GTGGGTCAGCATCAGTTAT-GGCGGTAGGAAAAAGACCGAGGG-AATGTAGCTCCTCTC----GG--GGAGTG-TTATAGCCCTTGGTGC--AATGCTGCCTACT-ATAACTGAGGACCGCGCTTC----------GGTGAGGATGCTGACATAATGGTCGTAAGTGACCCGTCTTGAAACACGGACCAAGGAGTCTAACATCTATGCGAGTGTTTGGGTGTGC-AAACCCTTACGCGGAATGAAAGTAAATGGAGGTGGGAACCGCAA-------GGTGCACCATCGACCGATCCTGAAGTTTTCGGATGGATTTGAGTAGGAGCATAGCTGTTGGGACCCGAAAGATGGTGAACTATGCCTGAATAGGGTGAAGCCAGAGGAAACTCTGGTGGAGGCTCGCAGCGGTTCTGACGTGCAAATCGATCGTCAAATTTGGGTATAGGGGCGAAAGACTAATCGAACCATCTAG Tirmania_pinoyi TACCCGCTGAACTTAAGCATATCAATAAGCGGAGGAAAAGAAACCAACAGGGATTGCCCTAGTAACGGCGAGTGAAGCGGCAAAA-GCTCAGATTTGAAATCTGGCGTCA-TTTT-GGCGTCCGAGTTGTAGTCTGTAGAGGAGT----ATTCG-AGTGTAGCTTT-GGCTTAAGTTCCTTGGAACAGGGCGTCATAGAGGGTGAGAACCCCGTTTGCGGCCTTTG-TCTTA---TGCTC-AT-GTGAATCTCCTTCAGCGAGTCGAGTTGTTTGGGAATGCAGCTCTAAATGGGTGGTAAATTCCATCTAAAGCTAAATACTGGCAAGAGACCGATAGCGCACAAGTAGAGTGATCGAAAGATGAAAAGAACTCTGAACAGAGAGTTAAATAGTACGTGAAATTGTTGAAAGGGAAGCACTT?CGACCAGACGCACTTGCAGCC-GATCAATTCCTCATTCTT-GGGGG-TGCACTCGGTTGTTT--------GTGGGTCAGCATCAGTTAT-GGCGGTGGGAAAAAGACCGAGGG-AATGTAGCTCCTCTC-----GA-GGAGTG-TTATAGCCCTTGGTGT--AATGCTGCCTACT-ATAACTGAGGACCGCGCTTC----------GGTGAGGATGCTGACATAATGGTCGGAAGTGACCCGTCTTGAAACACGGACCAAGGAGTCTAACATCTATGCGAGTGTTTGGGTGT-ATAAACCCTTACGCGGAATGAAAGTAAATGGAGGTGGGAACCGCAA-------GGTGCACCATCGACCGATCCTGAAGTTTTCGGATGGATTTGAGTAGGAGCATAGCTGTTGGGACCCGAAAGATGGTGAACTATGCCTGAATAGGGTGAAGCCAGAGGAAACTCTGGTGGAGGCTCGCA?CGGTTCTGACGTGCAAATCGATCGTCAAATTTGGGTATA???????????????????????????? Verpa_bohemica ????????????????????????????????????????????CAACAGGGATTGCCTCAGTAACGGCGAGTGAAGCGGCAACA-GCTCAAATTTTAAAGCTGGCGTC--TTC--GACGTCCGCATTGTAATTTGGAGAGGCAT----CTTCGGATTG-GGCGCCAG-CCTATGTTCCTTGGAACAGGACGTCACAGAGGGTGAGAATCCCGTGCTTGGCTGGCTGTCCCA-----TTTCAT-GTGAAGTGTCTTCGACGAGTCGAGTTGTTTGGGAATGCAGCTCAAAATGGGTGGTAAATTTCATCTAAAGCTAAATATTGGTGGGAGACCGATAGCGCACAAGTAGAGTGATCGAAAGATGAAAAGCACTTTGAAAATAGAGTTAAAAAGTACGTGAAATTGTTGAAAGGGAAGCGCTTGAGACCAGACTCGGTTGGTGAT-GATCAGCTGT---CCTTTTGGGCAGTGCACTTGTCGCC--------GGTTGGGCCAGCATCGGTT-GAGACGGCGGGATAAAGGTTTTGGG-AATGTGGCTCCTCTC----GG--GGAGTG-TTATAGCCCAGAATGC--AATGCCGCCAG-CCTCGACCGAGGACCGCGCTTC----------GGCTAGGATGCTGGCATAAT???????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? ; END; BEGIN CODONS; CODONPOSSET CodonPositions (CHARACTERS = '25S rDNA, Table 2') = N: 1-966; CODONPOSSET * CodonPositions (CHARACTERS = '25S rDNA, Table 2') = N: 1-966; END; [ The following blocks are output data for analysis step 5035 ] BEGIN TREES; TITLE Tb10443; LINK TAXA = TaxaForAnalysisStep5035; TREE Fig._24 = [&R] (Neolecta_vitellina,((((Aleurina_imaii,Smardea_amethystina),Verpa_bohemica),(Otidea_onotica,Nov_gen)),(Ascobolus_lineolatus,((Iodophanus_carneus,((((((Peziza_natrophila_1_2,Peziza_quelepidotia),(((Amylascus_tasmanicus,(Glischroderma_sp,Scabropezia_scabrosa)),(Boudiera_dennisii,((Pachyella_babingtonii_1,Pachyella_babingtonii_2),(Pachyella_violaceonigra,Pachyella_punctispora)))),(Peziza_apiculata,(Peziza_bananicola,((Peziza_subisabellina_1,Peziza_subisabellina_3),Peziza_subisabellina_2))))),(((Hydnotryopsis_setchellii,(Hydnotryopsis_sp,Sarcosphaera_coronaria)),Peziza_sp_3),((Peziza_succosella,(Peziza_succosa,Peziza_brunneoatra)),Peziza_michelii))),(((Peziza_polaripapulata,Peziza_sp_4),Peziza_luteoloflavida),(Iodowynnea_auriformis_2,Iodowynnea_auriformis_1))),((((((Ruhlandiella_berolinensis,Peziza_ostracoderma),((Peziza_whitei,((Peziza_ellipsospora,Cazia_flexiascus),(((((Peziza_badiofusca,(Peziza_sp_1,(Peziza_badia_2,Peziza_limnaea,Peziza_badia_1),Peziza_alaskana)),Peziza_depressa_1_2),Peziza_saniosa),Peziza_griseorosea),Peziza_atrovinosa))),(Tirmania_pinoyi,Tirmania_nivea))),Peziza_vacinii),(Plicaria_endocarpoides,(Plicaria_carbonaria,Plicaria_acanthodictya,Plicaria_trachycarpa))),(Peziza_phyllogena_2,Peziza_phyllogena_1)),Peziza_retrocurvata)),((((((('Peziza howsei-emileia',(Peziza_exogelatinosa,Peziza_proteana_petersii)),Peziza_subviolacea_1),Peziza_lobulata),Peziza_subviolacea_2),Peziza_ampelina),(Peziza_subcitrina_2,Peziza_subcitrina_1)),((((((Peziza_echinospora_1_2,((Peziza_micropus_2,Peziza_micropus_1),(Peziza_cerea,Peziza_aff_merdae))),(Pfistera_pyrophila,Peziza_arvernensis_1_2)),((Peziza_sp_2,Peziza_fimeti),Peziza_sp_5,Peziza_granulosa),Peziza_ampliata),Peziza_nivalis),Peziza_domiciliana),(Peziza_ammophila,Kimbropezia_campestris))))),((Peziza_gerardii_1_2,Peziza_gerardii3),(Marcelleina_tuberculispora,Marcelleina_personii)))))); [! TreeBASE tree URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/tree/TB2:Tr6593] END;