#NEXUS [!This data set was downloaded from TreeBASE, a relational database of phylogenetic knowledge. TreeBASE has been supported by the NSF, Harvard University, Yale University, SDSC and UC Davis. Please do not remove this acknowledgment from the Nexus file. Generated on November 15, 2026; 21:56 GMT TreeBASE (cc) 1994-2008 Study reference: Choi Y., Shin H., & Thines M. 2009. The host range of Albugo candida extends from Brassicaceae through Cleomaceae to Capparaceae. Mycological Progress, 8(4): 329-335. TreeBASE Study URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/study/TB2:S10019] [ The following blocks are input data for analysis step 5060 ] BEGIN TAXA; TITLE TaxaForAnalysisStep5060; DIMENSIONS NTAX=34; TAXLABELS Albugo_candida_ex_Arabis Albugo_candida_ex_Aubrietia_deltoidea Albugo_candida_ex_Berteroa_incana Albugo_candida_ex_Biscutella_laevigata Albugo_candida_ex_Brassica Albugo_candida_ex_Capsella_bursa_pastoris Albugo_candida_ex_Cardaminopsis_halleri Albugo_candida_ex_Diplotaxis_erucoides Albugo_candida_ex_Eruca Albugo_candida_ex_Erysimum_cuspidatum Albugo_candida_ex_Heliophila_meyeri Albugo_candida_ex_Iberis_amara Albugo_candida_ex_Lunaria_sp Albugo_candida_ex_Raphanus_sativus Albugo_candida_ex_Sisymbrium Albugo_candida_ex_Thlaspi Albugo_candida_s.l._ex_Descurainia_sophia Albugo_candida_s.l._ex_Diptychocarpus_strictus Albugo_capparidis_ex_Capparis_sp1 Albugo_capparidis_ex_Capparis_sp2 Albugo_capparidis_ex_Capparis_spinosa1 Albugo_capparidis_ex_Capparis_spinosa2 Albugo_chardonii_ex_Cleome_anomala Albugo_chardonii_ex_Cleome_harssleriana 'Albugo ipomoeae-pandurata' Albugo_koreana_ex_Capsella_bursa_pastoris Albugo_lepidii_ex_Lepidium_virginicum Albugo_occidentalis Albugo_trianthemae Albugo_voglmayrii_ex_Draba_nemorosa Pustula_tragopogonis Wilsoniana_achyranthis Wilsoniana_bliti Wilsoniana_portulacae ; END; BEGIN CHARACTERS; [! TreeBASE Matrix URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/matrix/TB2:M4477] TITLE Albugo_COX2; LINK TAXA = TaxaForAnalysisStep5060; DIMENSIONS NCHAR=573; FORMAT DATATYPE=DNA SYMBOLS= "A C G T" MISSING=? GAP= -; MATRIX [ 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 230 240 250 260 270 280 290 300 310 320 330 340 350 360 370 380 390 400 410 420 430 440 450 460 470 480 490 500 510 520 530 540 550 560 570 ] [ . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ] Albugo_candida_ex_Arabis GCTACTCCTGTTATGGAAGGTATTATTAATTTTCATCATGATTTAATGTATTTTTTAATTATTATTACAATTTTTGTATGCTGGATTTTATTTCGAATTATTTTTATGTTTAGTGAAAATAAAAACCCTATTGCTGAAACTTTTGTACATGGATCTACTATTGAAATTATTTGGACTAGTATTCCAGCATTAATTTTATTAATTATTGCAATACCTTCATTTGCATTATTGTATTCGATGGATGAAATTATTTATCCCCTTATTACTATAAAAGTAATAGGAAGTCAATGGTACTGGACCTATGAATATTCAGACTGTTT---TTCATTTGAAAATGAA---GATATTAATGAAAGTTTGATTTTTGATAGTTATATGTTACAAGAAGATGACTTAAAATTAGGTCAATTTAGATTGTTAGAAGTAGATAATCGAGTTATTGTACCTACATATACACATATACGTATATTAATAACAGCTTCAGATGTTTTACATTCTTGGGCTATTCCTTCATTAGGTATAAAGTTAGATGCATGTCCGGGAAGATTAAACCAAACTTCAATGTTTATAAAA Albugo_candida_ex_Aubrietia_deltoidea GCTACTCCTGTTATGGAAGGTATTATTAATTTTCATCATGATTTAATGTATTTTTTAATTATTATTACAATTTTTGTATGCTGGATTTTATTTCGAATTATTTTTATGTTTAGTGAAAATAAAAACCCTATTGCTGAAACTTTTGTACATGGATCTACTATTGAAATTATTTGGACTAGTATTCCAGCATTAATTTTATTAATTATTGCAATACCTTCATTTGCATTATTGTATTCGATGGATGAAATTATTTATCCCCTTATTACTATAAAAGTAATAGGAAGTCAATGGTACTGGACCTATGAATATTCAGACTGTTT---TTCATTTGAAAATGAA---GATATTAATGAAAGTTTGATTTTTGATAGTTATATGTTACAAGAAGATGACTTAAAATTAGGTCAATTTAGATTGTTAGAAGTAGATAATCGAGTTATTGTACCTACATATACACATATACGTATTTTAATAACAGCTTCAGATGTTTTACATTCTTGGGCTATTCCTTCATTAGGTATAAAGTTAGATGCATGTCCGGGAAGATTAAACCAAACTTCAATGTTTATAAAA Albugo_candida_ex_Berteroa_incana GCTACTCCTGTTATGGAAGGTATTATTAATTTTCATCATGATTTAATGTATTTTTTAATTATTATTACAATTTTTGTATGCTGGATTTTATTTCGAATTATTTTTATGTTTAGTGAAAATAAAAACCCTATTGCTGAAACTTTTGTACATGGATCTACTATTGAAATTATTTGGACTAGTATTCCAGCATTAATTTTATTAATTATTGCAATACCTTCATTTGCATTATTGTATTCGATGGATGAAATTATTTATCCCCTTATTACTATAAAAGTAATAGGAAGTCAATGGTACTGGACCTATGAATATTCAGACTGTTT---TTCATTTGAAAATGAA---GATATTAATGAAAGTTTGATTTTTGATAGTTATATGTTACAAGAAGATGACTTAAAATTAGGTCAATTTAGATTGTTAGAAGTAGATAATCGAGTTATTGTACCTACATATACACATATACGTATTTTAATAACAGCTTCAGATGTTTTACATTCTTGGGCTATTCCTTCATTAGGTATAAAGTTAGATGCATGTCCGGGAAGATTAAACCAAACTTCAATGTTTATAAAA Albugo_candida_ex_Biscutella_laevigata GCTACTCCTGTTATGGAAGGTATTATTAATTTTCATCATGATTTAATGTATTTTTTAATTATTATTACAATTTTTGTATGCTGGATTTTATTTCGAATTATTTTTATGTTTAGTGAAAATAAAAACCCTATTGCTGAAACTTTTGTACATGGATCTACTATTGAAATTATTTGGACTAGTATTCCAGCATTAATTTTATTAATTATTGCAATACCTTCATTTGCATTATTGTATTCGATGGATGAAATTATTTATCCCCTTATTACTATAAAAGTAATAGGAAGTCAATGGTACTGGACCTATGAATATTCAGACTGTTT---TTCATTTGAAAATGAA---GATATTAATGAAAGTTTGATTTTTGATAGTTATATGTTACAAGAAGATGACTTAAAATTAGGTCAATTTAGATTGTTAGAAGTAGATAATCGAGTTATTGTACCTACATATACACATATACGTATTTTAATAACAGCTTCAGATGTTTTACATTCTTGGGCTATTCCTTCATTAGGTATAAAGTTAGATGCATGTCCGGGAAGATTAAACCAAACTTCAATGTTTATAAAA Albugo_candida_ex_Brassica GCTACTCCTGTTATGGAAGGTATTATTAATTTTCATCATGATTTAATGTATTTTTTAATTATTATTACAATTTTTGTATGCTGGATTTTATTTCGAATTATTTTTATGTTTAGTGAAAATAAAAACCCTATTGCTGAAACTTTTGTACATGGATCTACTATTGAAATTATTTGGACTAGTATTCCAGCATTAATTTTATTAATTATTGCAATACCTTCATTTGCATTATTGTATTCGATGGATGAAATTATTTATCCCCTTATTACTATAAAAGTAATAGGAAGTCAATGGTACTGGACCTATGAATATTCAGACTGTTT---TTCATTTGAAAATGAA---GATATTAATGAAAGTTTGATTTTTGATAGTTATATGTTACAAGAAGATGACTTAAAATTAGGTCAATTTAGATTGTTAGAAGTAGATAATCGAGTTATTGTACCTACATATACACATATACGTATTTTAATAACAGCTTCAGATGTTTTACATTCTTGGGCTATCCCTTCATTAGGTATAAAGTTAGATGCATGTCCGGGAAGATTAAACCAAACTTCAATGTTTATAAAA Albugo_candida_ex_Capsella_bursa_pastoris GCTACTCCTGTTATGGAAGGTATTATTAATTTTCATCATGATTTAATGTATTTTTTAATTATTATTACAATTTTTGTATGCTGGATTTTATTTCGAATTATTTTTATGTTTAGTGAAAATAAAAACCCTATTGCTGAAACTTTTGTACATGGATCTACTATTGAAATTATTTGGACTAGTATTCCAGCATTAATTTTATTAATTATTGCAATACCTTCATTTGCATTATTGTATTCGATGGATGAAATTATTTATCCCCTTATTACTATAAAAGTAATAGGAAGTCAATGGTACTGGACCTATGAATATTCAGACTGTTT---TTCATTTGAAAATGAA---GATATTAATGAAAGTTTGATTTTTGATAGTTATATGTTACAAGAAGATGACTTAAAATTAGGTCAATTTAGATTGTTAGAAGTAGATAATCGAGTTATTGTACCTACATATACACATATACGTATTTTAATAACAGCTTCAGATGTTTTACATTCTTGGGCTATTCCTTCATTAGGTATAAAGTTAGATGCATGTCCGGGAAGATTAAACCAAACTTCAATGTTTATAAAA Albugo_candida_ex_Cardaminopsis_halleri GCTACTCCTGTTATGGAAGGTATTATTAATTTTCATCATGATTTAATGTATTTTTTAATTATTATTACAATTTTTGTATGCTGGATTTTATTTCGAATTATTTTTATGTTTAGTGAAAATAAAAACCCTATTGCTGAAACTTTTGTACATGGATCTACTATTGAAATTATTTGGACTAGTATTCCAGCATTAATTTTATTAATTATTGCAATACCTTCATTTGCATTATTGTATTCGATGGATGAAATTATTTATCCCCTTATTACTATAAAAGTAATAGGAAGTCAATGGTACTGGACCTATGAATATTCAGACTGTTT---TTCATTTGAAAATGAA---GATATTAATGAAAGTTTGATTTTTGATAGTTATATGTTACAAGAAGATGACTTAAAATTAGGTCAATTTAGATTGTTAGAAGTAGATAATCGAGTTATTGTACCTACATATACACATATACGTATTTTAATAACAGCTTCAGATGTTTTACATTCTTGGGCTATTCCTTCATTAGGTATAAAGTTAGATGCATGTCCGGGAAGATTAAACCAAACTTCAATGTTTATAAAA Albugo_candida_ex_Diplotaxis_erucoides GCAACTCCTGTTATGGAAGGTATTATAAATTTTCATCATGATTTAATGTATTTTTTAATTATTATTACTATTTTTGTATGTTGGATTTTATTTCGAATTATTTTTATGTTTAGTGAAAATAAAAACCCTATTGCTGAAACTTTTGTACATGGAGCTACTATTGAAATTATTTGGACTAGTATTCCGGCGTTAATTTTATTAATTATTGCAATACCTTCTTTTGCATTATTATATTCTATGGATGAAATTATTTACCCTCTTATTACTATAAAAGTAATAGGAAGTCAATGGTATTGGACTTATGAATATTCTGATTTTTT---TACATTTGAGAATAAA---CATATAGATGAAAGTTTAATTTTTGATAGTTATATGTTACAAGAAGATGATTTAAAATTAGGTCAATTTAGATTATTAGAAGTAGATAATAGAGTTGTTGTACCAACATATACACATATACGTGTTTTAATAACAGCTTCTGATGTTTTACATTCATGGGCTATTCCGTCATTAGGTATAAAATTAGATGCATGTCCTGGAAGATTAAATCAAACTTCAATGTTTATAAAA Albugo_candida_ex_Eruca GCTACTCCTGTTATGGAAGGTATTATTAATTTTCATCATGATTTAATGTATTTTTTAATTATTATTACAATTTTTGTATGCTGGATTTTATTTCGAATTATTTTTATGTTTAGTGAAAATAAAAACCCTATTGCTGAAACTTTTGTACATGGATCTACTATTGAAATTATTTGGACTAGTATTCCAGCATTAATTTTATTAATTATTGCAATACCTTCATTTGCATTATTGTATTCGATGGATGAAATTATTTATCCTCTTATTACTATAAAAGTAATAGGAAGTCAATGGTACTGGACCTATGAATATTCAGACTGTTT---TTCATTTGAAAATGAA---GATATTAATGAAAGTTTGATTTTTGATAGTTATATGTTACAAGAAGATGACTTAAAATTAGGTCAATTTAGATTGTTAGAAGTAGATAATCGAGTTATTGTACCTACATATACACATATACGTATTTTAATAACAGCTTCAGATGTTTTACATTCTTGGGCTATTCCTTCATTAGGTATAAAGTTAGATGCATGTCCGGGAAGATTAAACCAAACTTCAATGTTTATAAAA Albugo_candida_ex_Erysimum_cuspidatum GCAACACCTGTTATGGAAGGTATTATAAATTTTCATCATGATTTAATGTATTTTTTAATTATTATTACCATTTTTGTATGTTGGATTTTATTTCGAATTATTTTTATGTTTAGTGAAAATAAAAACCCTATTGCTGAAACTTTTGTACATGGAGCTACTATTGAAATTATTTGGACTAGTATTCCGGCGTTAATTTTATTAATTATTGCAATACCTTCTTTTGCATTATTATATTCTATGGATGAAATTATTTATCCACTTATTACTATAAAAGTAATAGGGAGTCAATGGTACTGGACTTATGAATATTCTGATTTTTT---TACATTTGAAAATAAT---CATACAGATGAAAGTTTAATTTTTGATAGTTATATGTTACAAGAAAATGATTTAAAATTAGGTCAATTTCGATTATTAGAAGTAGATAATAGAGTTGTTGTACCTATATATACACATATACGTGTTTTAATAACAGCTTCTGATGTTTTACATTCATGGGCTATCCCGTCATTAGGTATAAAATTAGATGCATGTCCTGGAAGATTAAATCAAACGTCAATGTTTATAAAA Albugo_candida_ex_Heliophila_meyeri ????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? Albugo_candida_ex_Iberis_amara GCTACTCCTGTTATGGAAGGTATTATTAATTTTCATCATGATTTAATGTATTTTTTAATTATTATTACAATTTTTGTATGCTGGATTTTATTTCGAATTATTTTTATGTTTAGTGAAAATAAAAACCCTATTGCTGAAACTTTTGTACATGGATCTACTATTGAAATTATTTGGACTAGTATTCCAGCATTAATTTTATTAATTATTGCAATACCTTCATTTGCATTATTGTATTCGATGGATGAAATTATTTATCCCCTTATTACTATAAAAGTAATAGGAAGTCAATGGTACTGGACCTATGAATATTCAGACTGTTT---TTCATTTGAAAATGAA---GATATTAATGAAAGTTTGATTTTTGATAGTTATATGTTACAAGAAGATGACTTAAAATTAGGTCAATTTAGATTGTTAGAAGTAGATAATCGAGTTATTGTACCTACATATACACATATACGTATTTTAATAACAGCTTCAGATGTTTTACATTCTTGGGCTATTCCTTCATTAGGTATAAAGTTAGATGCATGTCCGGGAAGATTAAACCAAACTTCAATGTTTATAAAA Albugo_candida_ex_Lunaria_sp GCTACTCCTGTTATGGAAGGTATTATTAATTTTCATCATGATTTAATGTATTTTTTAATTATTATTACAATTTTTGTATGCTGGATTTTATTTCGAATTATTTTTATGTTTAGTGAAAATAAAAACCCTATTGCTGAAACTTTTGTACATGGATCTACTATTGAAATTATTTGGACTAGTATTCCAGCATTAATTTTATTAATTATTGCAATACCTTCATTTGCATTATTGTATTCGATGGATGAAATTATTTATCCCCTTATTACTATAAAAGTAATAGGAAGTCAATGGTACTGGACCTATGAATATTCAGACTGTTT---TTCATTTGAAAATGAA---GATATTAATGAAAGTTTGATTTTTGATAGTTATATGTTACAAGAAGATGACTTAAAATTAGGTCAATTTAGATTGTTAGAAGTAGATAATCGAGTTATTGTACCTACATATACACATATACGTATTTTAATAACAGCTTCAGATGTTTTACATTCTTGGGCTATTCCTTCATTAGGTATAAAGTTAGATGCATGTCCGGGAAGATTAAACCAAACTTCAATGTTTATAAAA Albugo_candida_ex_Raphanus_sativus GCTACTCCTGTTATGGAAGGTATTATTAATTTTCATCATGATTTAATGTATTTTTTAATTATTATTACAATTTTTGTATGCTGGATTTTATTTCGAATTATTTTTATGTTTAGTGAAAATAAAAACCCTATTGCTGAAACTTTTGTACATGGATCTACTATTGAAATTATTTGGACTAGTATTCCAGCATTAATTTTATTAATTATTGCAATACCTTCATTTGCATTATTGTATTCGATGGATGAAATTATTTATCCCCTTATTACTATAAAAGTAATAGGAAGTCAATGGTACTGGACCTATGAATATTCAGACTGTTT---TTCATTTGAAAATGAA---GATATTAATGAAAGTTTGATTTTTGATAGTTATATGTTACAAGAAGATGACTTAAAATTAGGTCAATTTAGATTGTTAGAAGTAGATAATCGAGTTATTGTACCTACATATACACATATACGTATTTTAATAACAGCTTCAGATGTTTTACATTCTTGGGCTATTCCTTCATTAGGTATAAAGTTAGATGCATGTCCGGGAAGATTAAACCAAACTTCAATGTTTATAAAA Albugo_candida_ex_Sisymbrium GCTACTCCTGTTATGGAAGGTATTATTAATTTTCATCATGATTTAATGTATTTTTTAATTATTATTACAATTTTTGTATGCTGGATTTTATTTCGAATTATTTTTATGTTTAGTGAAAATAAAAATCCTATTGCTGAAACTTTTGTACATGGATCTACTATTGAAATTATTTGGACTAGTATTCCAGCATTAATTTTATTAATTATTGCAATACCTTCATTTGCATTATTGTATTCGATGGATGAAATTATTTATCCCCTTATTACTATAAAAGTAATAGGAAGTCAATGGTACTGGACCTATGAATATTCAGACTGTTT---TTCATTTGAAAATGAA---GATATTAATGAAAGTTTGATTTTTGATAGTTATATGTTACAAGAAGATGACTTAAAATTAGGTCAATTTAGATTGTTAGAAGTAGATAATCGAGTTATTGTACCTACATATACACATATACGTATTTTAATAACAGCTTCAGATGTTTTACATTCTTGGGCTATTCCTTCATTAGGTATAAAGTTAGATGCATGTCCGGGAAGATTAAACCAAACTTCAATGTTTATAAAA Albugo_candida_ex_Thlaspi GCTACTCCTGTTATGGAAGGTATTATTAATTTTCATCATGATTTAATGTATTTTTTAATTATTATTACAATTTTTGTATGCTGGATTTTATTTCGAATTATTTTTATGTTTAGTGAAAATAAAAACCCTATTGCTGAAACTTTTGTACATGGATCTACTATTGAAATTATTTGGACTAGTATTCCAGCATTAATTTTATTAATTATTGCAATACCTTCATTTGCATTATTGTATTCGATGGATGAAATTATTTATCCCCTTATTACTATAAAAGTAATAGGAAGTCAATGGTACTGGACCTATGAATATTCAGACTGTTT---TTCATTTGAAAATGAA---GATATTAATGAAAGTTTGATTTTTGATAGTTATATGTTACAAGAAGATGACTTAAAATTAGGTCAATTTAGATTGTTAGAAGTAGATAATCGAGTTATTGTACCTACATATACACATATACGTATTTTAATAACAGCTTCAGATGTTTTACATTCTTGGGCTATTCCTTCATTAGGTATAAAGTTAGATGCATGTCCGGGAAGATTAAACCAAACTTCAATGTTTATAAAA Albugo_candida_s.l._ex_Descurainia_sophia GCTACTCCTGTTATGGAAGGTATTATTAATTTTCATCATGATTTAATGTATTTTTTAATTATTATTACAATTTTTGTATGCTGGATTTTATTTCGAATTATTTTTATGTTTAGTGAAAATAAAAACCCTATTGCTGAAACTTTTGTACATGGATCTACTATTGAAATTATTTGGACTAGTATTCCAGCATTAATTTTATTAATTATTGCAATACCTTCATTTGCATTATTGTATTCGATGGATGAAATTATTTATCCCCTTATTACTATAAAAGTAATAGGAAGTCAATGGTACTGGACCTATGAATATTCAGACTGTTT---TTCATTTGAAAATGAA---GATATTAATGAAAGTTTGATTTTTGATAGTTATATGTTACAAGAAGATGACTTAAAATTAGGTCAATTTAGATTGTTAGAAGTAGATAATCGAGTTATTGTACCTACATATACACATATACGTATTTTAATAACAGCTTCAGATGTTTTACATTCTTGGGCTATTCCTTCATTAGGTATAAAGTTAGATGCATGTCCGGGAAGATTAAACCAAACTTCAATGTTTATAAAA Albugo_candida_s.l._ex_Diptychocarpus_strictus GCTACTCCTGTTATGGAAGGTATTATTAATTTTCATCATGATTTAATGTATTTTTTAATTATTATTACAATTTTTGTATGCTGGATTTTATTTCGAATTATTTTTATGTTTAGTGAAAATAAAAACCCTATTGCTGAAACTTTTGTACATGGATCTACTATTGAAATTATTTGGACTAGTATTCCAGCATTAATTTTATTAATTATTGCAATACCTTCATTTGCATTATTGTATTCGATGGATGAAATTATTTATCCCCTTATTACTATAAAAGTAATAGGAAGTCAATGGTACTGGACCTATGAATATTCAGACTGTTT---TTCATTTGAAAATGAA---GATATTAATGAAAGTTTGATTTTTGATAGTTATATGTTACAAGAAGATGACTTAAAATTAGGTCAATTTAGGTTGTTAGAAGTAGATAATCGAGTTATTGTACCTACATATACACATATACGTATTTTAATAACAGCTTCAGATGTTTTACATTCTTGGGCTATTCCTTCATTAGGTATAAAGTTAGATGCATGTCCGGGAAGATTAAACCAAACTTCAATGTTTATAAAA Albugo_capparidis_ex_Capparis_sp1 GCTACTCCTGTTATGGAAGGTATTATTAATTTTCATCATGATTTAATGTATTTTTTAATTATTATTACAATTTTTGTATGCTGGATTTTATTTCGAATTATTTTTATGTTTAGTGAAAATAAAAACCCTATTGCTGAAACTTTTGTACATGGATCTACTATTGAAATTATTTGGACTAGTATTCCAGCATTAATTTTATTAATTATTGCAATACCTTCATTTGCATTATTGTATTCGATGGATGAAATTATTTATCCCCTTATTACTATAAAAGTAATAGGAAGTCAATGGTACTGGACCTATGAATATTCAGACTGTTT---TTCATTTGAAAATGAA---GATATTAATGAAAGTTTGATTTTTGATAGTTATATGTTACAAGAAGATGACTTAAAATTGGGTCAATTTAGATTGTTAGAAGTAGATAATCGAGTTATTGTACCTACATATACACATATACGTATTTTAATAACAGCTTCAGATGTTTTACATTCTTGGGCTATTCCTTCATTAGGTATAAAGTTAGATGCATGTCCGGGAAGATTAAACCAAACTTCAATGTTTATAAAA Albugo_capparidis_ex_Capparis_sp2 GCTACTCCTGTTATGGAAGGTATTATTAATTTTCATCATGATTTAATGTATTTTTTAATTATTATTACAATTTTTGTATGCTGGATTTTATTTCGAATTATTTTTATGTTTAGTGAAAATAAAAACCCTATTGCTGAAACTTTTGTACATGGATCTACTATTGAAATTATTTGGACTAGTATTCCAGCATTAATTTTATTAATTATTGCAATACCTTCATTTGCATTATTGTATTCGATGGATGAAATTATTTATCCCCTTATTACTATAAAAGTAATAGGAAGTCAATGGTACTGGACCTATGAATATTCAGACTGTTT---TTCATTTGAAAATGAA---GATATTAATGAAAGTTTGATTTTTGATAGTTATATGTTACAAGAAGATGACTTAAAATTAGGTCAATTTAGATTGTTAGAAGTAGATAATCGAGTTATTGTACCTACATATACACATATACGTATTTTAATAACAGCTTCAGATGTTTTACATTCTTGGGCTATTCCTTCATTAGGTATAAAGTTAGATGCATGTCCGGGAAGATTAAACCAAACTTCAATGTTTATAAAA Albugo_capparidis_ex_Capparis_spinosa1 GCTACTCCTGTTATGGAAGGTATTATTAATTTTCATCATGATTTAATGTATTTTTTAATTATTATTACAATTTTTGTATGCTGGATTTTATTTCGAATTATTTTTATGTTTAGTGAAAATAAAAACCCTATTGCTGAAACTTTTGTACATGGATCTACTATTGAAATTATTTGGACTAGTATTCCAGCATTAATTTTATTAATTATTGCAATACCTTCATTTGCATTATTGTATTCGATGGATGAAATTATTTATCCCCTTATTACTATAAAAGTAATAGGAAGTCAATGGTACTGGACCTATGAATATTCAGACTGTTT---TTCATTTGAAAATGAA---GATATTAATGAAAGTTTGATTTTTGATAGTTATATGTTACAAGAAGATGACTTAAAATTGGGTCAATTTAGATTGTTAGAAGTAGATAATCGAGTTATTGTACCTACATATACACATATACGTATTTTAATAACAGCTTCAGATGTTTTACATTCTTGGGCTATTCCTTCATTAGGTATAAAGTTAGATGCATGTCCGGGAAGATTAAACCAAACTTCAATGTTTATAAAA Albugo_capparidis_ex_Capparis_spinosa2 GCTACTCCTGTTATGGAAGGTATTATTAATTTTCATCATGATTTAATGTATTTTTTAATTATTATTACAATTTTTGTATGCTGGATTTTATTTCGAATTATTTTTATGTTTAGTGAAAATAAAAACCCTATTGCTGAAACTTTTGTACATGGATCTACTATTGAAATTATTTGGACTAGTATTCCAGCATTAATTTTATTAATTATTGCAATACCTTCATTTGCATTATTGTATTCGATGGATGAAATTATTTATCCCCTTATTACTATAAAAGTAATAGGAAGTCAATGGTACTGGACCTATGAATATTCAGACTGTTT---TTCATTTGAAAATGAA---GATATTAATGAAAGTTTGATTTTTGATAGTTATATGTTACAAGAAGATGACTTAAAATTGGGTCAATTTAGATTGTTAGAAGTAGATAATCGAGTTATTGTACCTACATATACACATATACGTATTTTAATAACAGCTTCAGATGTTTTACATTCTTGGGCTATTCCTTCATTAGGTATAAAGTTAGATGCATGTCCGGGAAGATTAAACCAAACTTCAATGTTTATAAAA Albugo_chardonii_ex_Cleome_anomala GCTACTCCTGTTATGGAAGGTATTATTAATTTTCATCATGATTTAATGTATTTTTTAATTATTATTACAATTTTTGTATGCTGGATTTTATTTCGAATTATTTTTATGTTTAGTGAAAATAAAAACCCTATTGCTGAAACTTTTGTACATGGATCTACTATTGAAATTATTTGGACTAGTATTCCAGCATTAATTTTATTAATTATTGCAATACCTTCATTTGCATTATTGTATTCGATGGATGAAATTATTTATCCCCTTATTACTATAAAAGTAATAGGAAGTCAATGGTACTGGACCTATGAATATTCAGACTGTTT---TTCATTTGAAAATGAA---GATATTAATGAAAGTTTGATTTTTGATAGTTATATGTTACAAGAAGATGACTTAAAATTAGGTCAATTTAGATTGTTAGAAGTAGATAATCGAGTTATTGTACCTACATATACACATATACGTATTTTAATAACAGCTTCAGATGTTTTACATTCTTGGGCTATTCCTTCATTAGGTATAAAGTTAGATGCATGTCCGGGAAGATTAAACCAAACTTCAATGTTTATAAAA Albugo_chardonii_ex_Cleome_harssleriana GCTACTCCTGTTATGGAAGGTATTATTAATTTTCATCATGATTTAATGTATTTTTTAATTATTATTACAATTTTTGTATGCTGGATTTTATTTCGAATTATTTTTATGTTTAGTGAAAATAAAAACCCTATTGCTGAAACTTTTGTACATGGATCTACTATTGAAATTATTTGGACTAGTATTCCAGCATTAATTTTATTAATTATTGCAATACCTTCATTTGCATTATTGTATTCGATGGATGAAATTATTTATCCCCTTATTACTATAAAAGTAATAGGAAGTCAATGGTACTGGACCTATGAATATTCAGACTGTTT---TTCATTTGAAAATGAA---GATATTAATGAAAGTTTGATTTTTGATAGTTATATGTTACAAGAAGATGACTTAAAATTAGGTCAATTTAGATTGTTAGAAGTAGATAATCGAGTTATTGTACCTACATATACACATATACGTATTTTAATAACAGCTTCAGATGTTTTACATTCTTGGGCTATTCCTTCATTAGGTATAAAGTTAGATGCATGTCCGGGAAGATTAAACCAAACTTCAATGTTTATAAAA 'Albugo ipomoeae-pandurata' GCTACACCAGTTATGGAAGGAATTATTACTTTTCATAATGATTTAATGTATTTTTTAATAATAATTGTTATTTTTGTTGTTTGGATTTTATTTAGAATAATTTTTTTGTTTGATGAAAAAAAAAATCCAATTCCTGAAACTTTTGTACATGGATCAACAATAGAAATTATATGGACAACAATTCCTGCATTATTATTATTAATAATAGCTATCCCTTCATTTGCTCTTTTATATTCTATGGATGAAATTATTTATCCAGTTATGACAATAAAAGTAATAGGTAACCAATGGTATTGGACTTATGAATATTCAGACATTTTAAATTATTTAGATTC------------AGATGAAAGTTTAATTTTTGAAAGTTATATGATTCAAGAATCAGATTTAGATATAGGTCAATTTAGATTACTAGAAGTAGATAATCGTGTAATAGTACCAACATTAACTCATATAAGAGTTTTAATAACTGCATCGGATGTATTACATTCTTGGGCTATTCCTTCATTAGGAATAAAATTAGATGCTTGTCCTGGAAGATTAAATCAAACATCAATGTTTATAAAA Albugo_koreana_ex_Capsella_bursa_pastoris GCAACTCCTGTTATGGAAGGTATTATAAATTTTCATCACGATTTAATGTATTTTTTAATTATTATTACGATTTTTGTATGTTGGATTTTATTACGAATTATTTTAATGTTTAGTGAAAATAAAAATCCAGTTGCTGAAACTTTTGTACATGGATCTACTATTGAAATTATTTGGACTAGTATACCTGCATTGATTTTATTGATTATTGCAATACCTTCGTTTGCATTATTATATTCTATGGATGAAATTATTTATCCTCTTATTACTATAAAAGTAATAGGTAGTCAATGGTATTGGACTTATGAATATTCTGATTTTTT---TTCTTTTGAAAATGAA---AATATAGATGAAAGTTTAATTTTTGATAGTTATATGTTACAAGAAGATGATTTAAAATTAGGTCAATTTAGATTATTAGAAGTAGATAATAGAGTTATTGTACCTACATATACACATATACGTGTTTTAATAACAGCTTCTGACGTTTTACATTCTTGGGCTATTCCTTCATTAGGTATAAAATTAGATGCATGTCCTGGAAGATTAAATCAAACTTCGATGTTTATAAAA Albugo_lepidii_ex_Lepidium_virginicum GCAACTCCAGTTATGGAAGGTATTATAAATTTTCATCATGATTTAATGTATTTTTTAATTATTATTACAATTTTTGTATGTTGGATTTTATTTCGAATTATTTTTATGTTTAATGAAAATAAAAATCCTATTGCTGAAACTTTTGTACATGGAGCTACTATTGAAATTATTTGGACTAGTATACCTGCAATAATTTTATTAATTATTGCAATACCTTCTTTTGCATTATTATATTCTATGGATGAAATTATTTATCCACTTATTACTATAAAAGTAATAGGTAGTCAATGGTACTGGACTTATGAATATTCGGATGTTTT---TACATTTGAAAATAAA---CATACAGATGAAAGTTTAGTTTTTGATAGTTATATGTTACAAGAAGGGGATTTAAAATTAGGTCAATTTCGATTATTAGAAGTTGATAATAGAGTTATTGTACCTATATATACACATATACGTATTTTAATAACAGCTTCGGATGTTTTACATTCATGGGCAATTCCATCATTAGGTATAAAATTAGATGCATGTCCTGGAAGATTAAATCAAACTTCAATGTTTATAAAA Albugo_occidentalis GCTACACCAGTTATGGAAGGAATTATAAATTTCCATCATGATTTAATGTATTTTTTAATAATTATTACCATTTTTGTATGTTGGATTTTATTTCGAATTGTTAATTTATTTAATGAAAAAAAAAATAAAATTTCGGAAACTTTTGTACATGGTTCTACAATTGAAATTGTTTGGACAACAATCCCTGCATTAATTTTATTAATTATAGCTATACCTCCTTTTGCGTTATTATATTCCATGGATGAAATTATTTATCCTATTATTACAATAAAAGTTATAGGAAGTCAATGGTTCTGGACTTACGAATATTCAGATATTTTAAATTATTTTGAAAATACACCAGATATAAATGAAAGTTTAATTTTTGATAGTTATATGATCCAAGAAAATGATTTAGAAATTGGTCAATTTAGACTTTTAGAAGTAGATAATCGATTAGTAATTCCCACTTCAACTCATATACGAATTTTAATAACATCTTCGGATGTATTACATTCATGGGCAATACCTTCCTTAGGTATCAAATTAGATGCATGTCCTGGAAGATTAAATCAAACTTCAATTTTTATTAAA Albugo_trianthemae GCAACTCCACTTATGGAAGGTATTATAAATTTTCATCATGATTTAATGTTCTTTTTAATAATTATAACTATTTTTGTATGTTGGATTTTATTTCGAATAATTTGTCTATTTAATGCAAAGCGAAATAAAGTTTCTGAAACTTTTGTACATGGTGCTACAATTGAAATTGTTTGGACTACAATTCCTGCTTTAATTTTATTAATTATAGCTATCCCTTCATTTGCTTTATTATATTCTATGGATGAAATTATTTATCCAATTATTACAATTAAAGTTATCGGTAGTCAATGGTTTTGGACTTATGAATATTCAGATATTTTAAATTACTTTGATAA------------AAATGAAAATTTAATTTTTGATAGTTATATGATACAAGAAAATGATTTAGAAATAGGTCAATTTCGACTTTTAGAAGTAGATAATAGATTAGTAATTCCAACATCTACACATATACGAATTTTAATTACTTCGTCCGATGTATTACATTCATGGGCAATACCTTCTTTAGGTATAAAATTAGATGCTTGTCCTGGAAGATTAAATCAAACATCTATTTTTATAAAC Albugo_voglmayrii_ex_Draba_nemorosa GCAACTCCTGTTATGGAAGGTATTATAAATTTTCATCATGATTTAATGTATTTTTTGATTCTTATTACTATTTTTGTATGTTGGATTTTATTTCGAATTATTTTTATGTTTAATGAAAAAAAAAATCCTATTGCTGAAACTTTTGTACATGGATCTACTATTGAAATTATTTGGACTAGTATTCCTGCGTTAATTTTATTAATTATAGCAATACCATCTTTTGCTTTATTATATTCTATGGATGAAATTATTTATCCTCTTATTACGATAAAAGTAATAGGTAGTCAATGGTACTGGACTTATGAATATTCTGATTTTTT---TACTTTTGAAAATGAA---CATACAAATGAAAGTTTAATTTTTGATAGTTATATGTTACAAGAAGATGATTTAAAATTAGGTCAATATCGATTACTAGAAGTAGATAATAGAGTTATTGTACCAACATATACACATATACGTGTTTTAATTACAGCTTCTGACGTTTTACATTCATGGGCTATTCCTTCATTAGGTATAAAATTAGATGCATGTCCAGGAAGATTAAATCAAACTTCAATGTTTATAAAA Pustula_tragopogonis GCAACTCCTGTTATGGAAGGTATTATAAATTTTCATCATGATTTAATGTATTTTTTAATAATTATTACAATTTTTGTATGTTGGTTATTATTTCGAATTATAGTTTTATTTAATGAAAAAAAAAATAAAAATTTAGAAACTTTTGTACACGGTGCTACTATCGAAATAGTATGGACTACTATTCCTGCTTTAATTTTATTAATTATAGCAATCCCTTCATTTGCATTATTATATTCAATGGATGAGATTATTTATCCTATTATAACAATAAAAGTAGTAGGTAGTCAATGGTTTTGGACATATGAATATTCTGATATTTTAAATTATTTTGATAATA------ACGAAAATGAAAGTTTAATTTTTGATAGTTATATGATTCAAGAAAATGATTTAGAAATAGGTCAATTTAGGCTTTTAGAAGTAGATAATCGTTTAGTAATTCCAACATTAACTCATATTAGAATTTTAATTACATCATCCGATGTATTACATTCATGGGCAGTTCCTTCTTTAGGTATAAAATTAGATGCTTGTCCTGGAAGATTAAATCAAACTTCTATTTTTGTAAAA Wilsoniana_achyranthis GCAACTCCCGTTATGGAAGGAATTATAAATTTTCATCATGATTTAATGTTTTTTTTAATTATTATTACAATTTTTGTATGTTGGCTTTTATTTAGAATAATTTATTTATTTAGTGAAAAAAAAAATAAGATTTCAGAAACATTTGTACATGGATCAACAATTGAAATTGTTTGGACAACAATTCCTGCTTTAATTTTATTAATTATAGCTATTCCATCATTTGCATTATTATATTCAATGGATGAAATTATTTATCCAATTATGACAATTAAAGTTATAGGAAGTCAATGGTTTTGGACTTATGAATATTCAGATATTTTAAATTATTTTGAAAGTG------AAACCGAGGAAAGTTTAATATTTGATAGTTATATGATTCAAGAAAATGATTTAGAAATGGGTCAATTTCGATTATTAGAAGTAGATAATCGATTAGTAATTCCTACATTAACTCATATTCGAATATTAATTACTTCATCTGATGTTTTACACTCATGGGCTATTCCTTCTTTAGGTATAAAACTAGATGCATGTCCTGGACGTTTAAATCAAACATCTCTTTTTGTAAAA Wilsoniana_bliti GCAACTCCAGTGATGGAAGGAATTATAAATTTTCATCATGATTTAATGTATTTTTTAATTATTATTACAATTTTTGTATGTTGGCTTCTATTTAGAATAATTTATTTATTTAATGAAAAAAAAAATCAAATTTCTGAAACATTTGTACATGGATCTACAATAGAAATTGTTTGGACTACAATACCTGCTTTAATTTTATTAATTATTGCAATCCCATCATTTGCATTATTATATTCAATGGATGAAATTATTTATCCTATTATGACAATTAAAGTTATAGGAAGTCAATGGTTTTGGACTTATGAATATTCCGATATTTTAAATTTTTTTGAAACAG------AAACTGATGATAGTTTAATATTTGATAGTTATATGGTACAAGAAAATGACTTAGAAATAGGTCAATTTAGATTATTAGAAGTTGATAATCGATTAGTAATTCCTACATTAACTCATATTAGACTATTAATTACATCATCTGATGTTTTACATTCTTGGGCTGTTCCATCGTTAGGTATAAAATTAGATGCTTGTCCAGGACGTTTAAATCAAACTTCTATGTTTGTTAAA Wilsoniana_portulacae GCTACTCCAGTTAAGGAAGGAATTATAAATTTTCATCATGATTTAATGTACTTTCTAATTATTATTACAATTTTTGTATGTTGGCTTTTATTTAGAATAATTTATTTATTTAATGAAAAAAAAAATAAGATTTCTGAAACATTTGTACATGGATCAACAATTGAAATTGTTTGGACTACAATTCCAGCTTTAATTTTATTAATTATAGCAATTCCATCCTTTGCATTATTGTATTCAATGGATGAAATCATTTATCCTGTTATGACAATTAAAGTTATAGGAAGTCAATGGTTTTGGACTTATGAATATTCAGATATTTTAAATTATTTTGAAACTG------AAACGGATGAAAGTTTAATATTTGATAGTTATATGTTACAAGAAAATGATTTAGAAATAGGTCAATTTAGATTATTAGAAGTAGATAATAGATTAGTAATTCCTACATTAACTCATATTCGAATATTAATTACTTCATCTGATGTTTTACATTCATGGGCTATTCCTTCTTTAGGTATAAAATTAGATGCATGTCCAGGACGTTTAAATCAAACATCACTTTTTGTAAAA ; END; BEGIN CODONS; CODONPOSSET * CodonPositions (CHARACTERS = Albugo_COX2) = N: 1-573; CODONPOSSET CodonPositions (CHARACTERS = Albugo_COX2) = N: 1-573; END; [ The following blocks are output data for analysis step 5060 ] BEGIN TREES; TITLE Tb10468; LINK TAXA = TaxaForAnalysisStep5060; TREE Fig._2 = [&R] ('Albugo ipomoeae-pandurata',((((Albugo_voglmayrii_ex_Draba_nemorosa,(Albugo_lepidii_ex_Lepidium_virginicum,(Albugo_candida_s.l._ex_Diptychocarpus_strictus,Albugo_candida_s.l._ex_Descurainia_sophia))),Albugo_koreana_ex_Capsella_bursa_pastoris),(Albugo_candida_ex_Eruca,((((Albugo_candida_ex_Brassica,(Albugo_capparidis_ex_Capparis_spinosa2,(Albugo_capparidis_ex_Capparis_spinosa1,Albugo_capparidis_ex_Capparis_sp1))),(Albugo_candida_ex_Arabis,((((Albugo_capparidis_ex_Capparis_sp2,Albugo_candida_ex_Capsella_bursa_pastoris),(Albugo_candida_ex_Thlaspi,Albugo_candida_ex_Lunaria_sp)),(Albugo_candida_ex_Aubrietia_deltoidea,(Albugo_chardonii_ex_Cleome_anomala,(Albugo_candida_ex_Cardaminopsis_halleri,Albugo_candida_ex_Berteroa_incana)))),((Albugo_chardonii_ex_Cleome_harssleriana,((Albugo_candida_ex_Heliophila_meyeri,Albugo_candida_ex_Biscutella_laevigata),Albugo_candida_ex_Iberis_amara)),Albugo_candida_ex_Erysimum_cuspidatum)))),Albugo_candida_ex_Sisymbrium),(Albugo_candida_ex_Raphanus_sativus,Albugo_candida_ex_Diplotaxis_erucoides)))),(((Albugo_trianthemae,Pustula_tragopogonis),Albugo_occidentalis),((Wilsoniana_achyranthis,Wilsoniana_portulacae),Wilsoniana_bliti)))); [! TreeBASE tree URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/tree/TB2:Tr6414] END;