#NEXUS [!This data set was downloaded from TreeBASE, a relational database of phylogenetic knowledge. TreeBASE has been supported by the NSF, Harvard University, Yale University, SDSC and UC Davis. Please do not remove this acknowledgment from the Nexus file. Generated on November 15, 2026; 2:24 GMT TreeBASE (cc) 1994-2008 Study reference: Bush C., Judd W., & Kron K. 2010. The Phylogeny of Leucothoë s. l. (Ericaceae: Vaccinioideae) Based on Morphological and Molecular (ndhF, matK, and nrITS) Data. Systematic Botany, 35(1): 201-206. TreeBASE Study URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/study/TB2:S10044] [ The following blocks are input data for analysis step 5126 ] BEGIN TAXA; TITLE TaxaForAnalysisStep5126; DIMENSIONS NTAX=16; TAXLABELS Agarista_populifolia Andromeda_polifolia Chamaedaphne_calyculata Diplycosia_clementium Gaultheria_domingensis Gaultheria_procumbens Leucothoe_axillaris Leucothoe_davisiae Leucothoe_fontanesiana Leucothoe_grayana Leucothoe_griffithiana Leucothoe_keiskei Leucothoe_racemosa Leucothoe_recurva Satyria_warszewiczii Vaccinium_meridionale ; END; BEGIN CHARACTERS; [! TreeBASE Matrix URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/matrix/TB2:M4401] TITLE 'Leucothoe s.l. ndhF, matK, nrITS'; LINK TAXA = TaxaForAnalysisStep5126; DIMENSIONS NCHAR=3814; FORMAT DATATYPE=DNA SYMBOLS= "A C G T" MISSING=? 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Andromeda_polifolia 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Chamaedaphne_calyculata 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Diplycosia_clementium 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Gaultheria_procumbens 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Satyria_warszewiczii ------TGACAAGGAGAATACCCGCGAACTCGT-CT-----GTACTCTTGGGAAATGATGTGC--GGGTCGTGGCCCAGTTGCCTCGCCTTCCA---TTCTGCCCTTG---CGAGCAAATGCGCACGGAAC-CTTCGGGCAACGTGTT-CGTCTGCTCGTCA?ACAACGAA-CCCCGGCGCAAAACGCGCCAAGGAAGAATCGAAC-AAAGAGCGCGCGTCC--CTGCCCGTTCGCGGGCGGTGTTGGCGTCTGC---AATCTTTCTTATAACTGAACGACTCTCGGCAACGGATATCTCGGCTCTTGCATCGATGAAGAACGTAGCGAAATGCGATACTTGGTGTGAATTGCAGAATCCCGTGAACCATCGAGTCTTTGAACGCAAGTTGCGCCTGAAGCCATTAGGTTGAAGGCA-CGTCTTGCCTGGGCGTCACGCATTGCGTCA?CCACTCCCC-CCGTGT?--CCAAGTGGGCACGTCGGTGCGTGGGCGGATATTGGCCCCCCGTTCGCATTCGTGC--TCGGTCGG?CTAAAAAACGGGT-CCCCAATGACGGACATCGCGAAAAGTGGTGGTCGCTAAACCGTCGCATCGCGTTCGCGCATTGCCGTCGTTTGGTTGGGGGGTTT?G-CCATTTTGA?CCTGAAATTGCCGTTTAATTGG?GGGGCCTCA-----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------ACGGTGTCGTCTCTTTTGATGAATAAATGGAAATATTACTTTGTCAATTTCTGGGAATCTTATTTTTCCATATGGGCTCAACCAAGAAGGATCCATATAAACCAATTATCCAAAAATTCCCTTGACTTTCTGGGCTATCTTTCAAGCGTACGATTAAAACCTTCAATGGTACGGAGTCAAATGATAGAAAATTCATTTCTAATAGAGAATGCTAGTAAGAAATTCGATACTCTAGTGCCAATTACTCCAATGATTGCATCATTGTCTAAAGCGAAATTTTGTAACGTGTTAGGACATCCCATGAGTAAGCCGGTCTGGAGCGGCTTATCAGATTCTGATATTATTGAACG-ATTCGGGCGTATATATAGAAATCTTTCTCATTATTATAGCGGATCATTAAAAAAAATGAGTTTGTATCGAATAAAGTATATACTTCGACTTTCTTGTGCTAGAACTTTGGCA-CGTAAACACAAAAGTACAGTA-CGTTCTTTTTTGAAAAGATTAGGAGTGGGATTTTTAGAA{AG}AATTTTTTACGGAGGAAGAGCAGGTTTTTTATTTGACCTTTCCAAAAACTTCTTCGACTTCAAGGAAGTTAT{AT}TCAAAGGCGGATTTGGTATTTGGGATATTTTTTGGG{GT}TAA{AT}GGATACGGCAAATTATGAATGCACTTTTTCCAAGAGCAACTAAAAATATTCGGCGTATCTGGGCTTTTCTAAGTGTTTTATTATTAAGTATAGTCATGATTATGTCAATTGATCTGTCTATTCAAC-AATAAATAGGAGCTTTATATATCAATATATATGG-CTTGGGTCATTAATAATGATTTTTCTCTCGAACTCGGATATTTGATCGATCCACTTACTTCTATTATGCTAATATTGATTTCTAGTGTTGGAATTATGGTTCTCATATATAG-GATAATTATTTGTCTCATGACCAAGGATATTTGAGA-TTTTTACTTATATGAGTTTTTTTAGTACTTCCATGTTGGCATTAG-TATTAGTTCTAATTTAATACAAATTTATATTTTTTGGGAATTAATTGGAATGTGTTCGTATTTATTAATAGGCTTTTGGTTTACAAGGCCTG-TGCAGCAAATGCTTGTCAAAAAGC-TTTGT-ACTAATCGAGTAGGAGATTTTGCTTTCTTATTACGAATTTTAAGTTTTTATTGGATAATAGGAAGTTTTGAATTTCAAGATCTATTTGAAATATCTAATAACTTGATCAATAATAACCGAGACAAC-TTTTATTCCTTATTTTTTGGGTTCCTTTATTATTTATTGGTGCAGTTGCTAAATCTGCACAATTCCCTCTTCACGTATGGTTACCTGATGCTATGGAGGGGCCGACTCCTATTTCGGCTCTTATCCACGCTGCCACTATGGTAGCAGCAGGGATTTTTCTTGTAGCTCGACTTCTTCCTCTTTTTATAGCCATACCTTATATAAAAAATGGCATTTCTTTTATTGGTATAATAACGTTATTTTTAGGAGCTACTTTAGCACTTGCTGAAAAAGATATTAAGAGAAGTTTAGCCTATTCTACAATGTCTCAATTAGGATATATTATGTTAGCTATTAGTATGGGATCTTATCGAACTAGTTTATTTCATTTAATTACTCATGCATATTCAAAAGCATTATTGTTCTTAGGATCTGGCTCAGTTATTCATTCAATGGAAACTATTGTTGGATATTCTCCTGCTAAAAGTCAGAATTTAGTTCTTATGGGAGGGTTAAAAAAACACATACCAATTACAAAAATTGCTTTTTTATTAGGTACACTTTCCCTTTGTGGTATTCCACCTCTTGCCTGTTTTTGGTCTAAGGATGAAATTCTTAATGACAGCTGGTTGTATTCGTC---ATTAGCAATAATAGCTTGGTC-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------CCC?CA{AC}{AC}CAAAAACGAC?{AC}CACCCAAAAACCAACAAACCA?AAACAAACCCACAA??CCACAAAAACCAAAA? Vaccinium_meridionale AAAACCTGCCAAGCAGAAAACCAGCGAACTCGT-TT-----ATACTCTCGGGGAATGATGCGC--GGGTCGTGGCCCAGCTGCCTCGCCTTCCATT-TTTTCCCTTTG---CTAGCAGATGCGCACGGAAC-CTCCGGGCAACGTGTT-CGTCTGCTTGTCAAACAACGAA-CCCCGGCGCAAAACGCGCCAAGGAAAAATCGAACAAAAGAGCGCGCGTCCG-CTGCCCGTTCCCGGGTGGTGTTGGCGTCTGC---AATCTTTCTTATAACTGAACGACTCTCGGCAACGGATATCTCGGCTCTTGCATCGATGAAGAACGTAGCGAAATGCGATACTTGGTGTGAATTGCAGAATCCCGTGAACCATCGAGTCTTTGAACGCAAGTTGCGCCTGAAGCCATTAGGTTGAAGGCA-CGTC-TGCCTGGGCGTCACGCATTGCGTCGCCCACTCCCC-CCGCGCC--CCAAGCGGGCGCGTCGGTGCGTGGGCGGATATTGGCCCCCCGTTCGCATCCGCGC--ACGGTCGGCCTAAAAAACGGGT-CCCCAACGACGGACATCACGACGAGTGGTGGTTGCTAAACCGTCGCGTCGCG-TCGCGCA-TGCCATCGTTTGTTGCGGG---TTTG-CCCATTTGACCCTGGAGTG--CCGCTTAACTGCGACGCCTCATTATTTTTCAGGAGTATATTTATGCACTTGCTCA------TGATCGTGGTTTAAATAGATCTATTGTTTTTCAAAATGCAGATTATGACAATAAATCTAGCTTACTAATTATGAAACG------------TTTAATTACTCAAATGTATCAACAGAATCAATTGCTTATTTATACTAATGATTTTAATCCAAATAAATTTTTGGGGTACAACTACAAATTGTATTCTCAAATGATATTTGAAGGATTTGCGGTCGTTGTGGAAATTCCATTTTATCTACAATTACTATCTTTTCTAGAAGGGAAAGAAAGAGTCAAATCTCATAATTTACGATCACTTCATTCAATATTTCCGTTTTTAGAAGAAAAATTTTCCCATTTAAATTATGTGTCAGATATACTAATACCTCATCCCGTCCATCTGGAAATCTTGGTTCAAACTCTTCGCTACTGGGTAAAAGATCCCTCTTCTTTGCATTTATTACGGTTTTTTCTCCACGAGTATCCTAATCGGAATAGTCTTATTACTCCAAAGAAATATCGTTTTTCTTTTTCAAAAAGAAATCAAAAATTCTTCTTGTTCCTATATAATTTTCATGTATGTGAATACGAATCTATCTACAGTTTTCTTCGCAACCAATCTTCTCATTTATGCTCAATATCTTTTGAAACCTTTCTAGAGCGAATCTTGTTCTATAAAAAAATAGAACA---AGAAGTCTTTGTTAAGGATTTTAAGGGCATTCTATGGGTTTTTAAAGACCCTTTCCTGCATTATGTTAGATATCGAGGAAAATCCATTTTGGCTTCAAACGCTTCGTCTCTTTTGATGAATAAATGGAAATATTACCTTGTCAATTTCTGGGAATGTTATTTTTCCATATGGGCTCAACCAAGAAGGATCCATATAAACCAATTATCCAATAATTCCCTCGACTTTCTGGGCTATCTTTCAAGCGTACGATTAAAACCTTCAATGGTACGGAGTCAAATGATAGAAAATTCATTTCTAATAGATAATGCTAGTAAGAAGTTCGATACTCTAGTGCCAATTACTCCAATGATTGCATCATTGTCTAAAGCGCAATTTTGTAACGTGTTAGGACATCCCATGAGTAAGCCGGTCTGGAGCGGATTATCAGATTCTGATATTATTGAACG-ATTTCAGGGCATATATAGAAATCTTTCTCATTATTATAGCGGATACTTAAAAAAAATGAGTTTGTATCGAATAAACTATATACTTCGACCTTCTTGTGCTAGAACTTTGGCA-CGTAAACACAAAAGTACGGTA-CGTGTTTTTTTGAAAAGATTAGGAGTGGGATTATTAGAAGAATTTTTTACGGAGGAAGAGCAGGTTTTTTATTTGACCTTTCCAAAAGCTTCTTCGACTTCAAGGAAGTTATATCAAAGGCGGATTTGGTATTT-GGATATTTTTTGTGTTAAT-GATACGGCAAATCATGAATG-ACTTTTTCCAAGAGCAACCAAAAATCTTCGGCGTATCTGGGCTTTTCTAAGTGTTTTCTTACTAAGTATAGTCATGATTATGTCGATTGATCTGTCTATTCAACAAATAAATAGGAGCTTTATATATCAATATATATGGTCTTGGGTCATTAATAATGATTTTTCTTTCGAACTCGGATGTTTGATCGATCCACTTACTTCTATTATGCTAATATTAATTTCTAGTGTTGGAATTATGGTTCTTATATATAGTGATAATTATTTGTCTCATGACCAAGGATATTTGAGATTTTTTACTTATATGAGTTTTTTTAGTACTTCCATGTTGGGATTAG?TATTAGTTCTAATTTAATACAAATTTATCTTTTTTGGGAATTAATTGGAATGTGTTCGTATTTATTAATAGGCTTTTGGTTTACAAGGCCTGTTGCAGCAAATGCTTGTCAAAAAGCATTTGTAACTAATCGAGTAGGAGATTTTGGTTTCTTATTAGGAATTTTAAGTTTTTATTGGATAAT?GGAAGTTTTGAATTTCAAGATTTTTTTGAAATATCTAATAACTTGATCTATAATAATGAGATCAATCTTTTATTCCTTATTTTTAGTGCTCCTTTATTATTTATTGGTGCAGCTGCTAAATCTGCGCAATTCCCTCTTCACGTATGGTTACCTGATGCTATGGAGGGACCGACTCCTATATCGGCTCTTATCCACGCTGCCACTATGGTAGCAGCGGGTATTTTTCTTCTAGCTCGTCTTCTTCCTATTTTTATAGCCATACCTTATATAAAAAATGGCATTTCTTTCATTGCTATAATAACGTTATTTTTAGGAGCTACTTTAGCACTTGCTCAAAAAGATATTAAGAGAGGTTTAGCCTATTCTACAATGTCTCAATTAGGATATATTATGCTAGCAATTAGTATGGGATCTTATCGAACTGGTTTATTTCATTTAATTACTCATGCGTATTCAAAAGCATTATTGTTTTTAGGATCTGGATCAGTTATTCATTCAATGGAAACTGTTGTTGGATATTCTCCTGATAAAAGTCAGAGTTTAGTTCTTATGGGGGGTTTAAGAAAACACGTACCAATTACAAAAATTGCTTTTTTATTAGGTACACTTTCCCTTTGTGGTATTCCACCCCTTGCCTGTTTTTGGTCTAAGGATGAAATTCTTAACGATAGCTGGTTGTATTCACCC?TTT--------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------CACACAAAAAAAAAAAAC?{AC}AACCCCACAACCAGCCAAACA?AAAAAAAAACACCA??CCACCAAAACCAAAA? ; END; BEGIN SETS; CHARSET chloro (CHARACTERS = 'Leucothoe s.l. ndhF, matK, nrITS') = 679-3740; CHARSET morph (CHARACTERS = 'Leucothoe s.l. ndhF, matK, nrITS') = 3741-3814; END; BEGIN CODONS; CODONPOSSET CodonPositions (CHARACTERS = 'Leucothoe s.l. ndhF, matK, nrITS') = N: 1-3814; CODONPOSSET * CodonPositions (CHARACTERS = 'Leucothoe s.l. ndhF, matK, nrITS') = N: 1-3814; END; [ The following blocks are output data for analysis step 5126 ] BEGIN TREES; TITLE Tb10534; LINK TAXA = TaxaForAnalysisStep5126; TREE tree = [&R] ((((((Leucothoe_racemosa,Leucothoe_recurva),Chamaedaphne_calyculata),((Diplycosia_clementium,Gaultheria_domingensis),Gaultheria_procumbens)),(Satyria_warszewiczii,Vaccinium_meridionale),(Andromeda_polifolia,Leucothoe_grayana)),(((Leucothoe_axillaris,Leucothoe_fontanesiana),Leucothoe_davisiae),(Leucothoe_griffithiana,Leucothoe_keiskei))),Agarista_populifolia); [! TreeBASE tree URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/tree/TB2:Tr6604] END;