#NEXUS [!This data set was downloaded from TreeBASE, a relational database of phylogenetic knowledge. TreeBASE has been supported by the NSF, Harvard University, Yale University, SDSC and UC Davis. Please do not remove this acknowledgment from the Nexus file. Generated on September 19, 2025; 4:13 GMT TreeBASE (cc) 1994-2008 Study reference: Brokaw J., & Hufford L. 2010. Phylogeny, introgression, and character evolution of diploid species in Mentzelia section Trachyphytum (Loasaceae). Systematic Botany, 35(3): 601-617. TreeBASE Study URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/study/TB2:S10080] [ The following blocks are input data for analysis step 5192 ] BEGIN TAXA; TITLE TaxaForAnalysisStep5192; DIMENSIONS NTAX=32; TAXLABELS Mentzelia_affinis_B211 Mentzelia_affinis_B423 Mentzelia_affinis_B467 Mentzelia_congesta_B084 Mentzelia_congesta_B285 Mentzelia_congesta_T1659 Mentzelia_desertorum_B061 Mentzelia_desertorum_B441 Mentzelia_desertorum_G9185 Mentzelia_desertorum_T3014 Mentzelia_desertorum_Z2675 Mentzelia_dispersa_B096 Mentzelia_eremophila_B049 Mentzelia_eremophila_B496 Mentzelia_eremophila_P1959 Mentzelia_goodrichii_H4144 Mentzelia_involucrata_HMsn Mentzelia_laevicaulis_Hi21852 Mentzelia_micrantha_B260 Mentzelia_micrantha_B266 Mentzelia_nitens_B075 Mentzelia_nitens_B079 Mentzelia_nitens_B222 Mentzelia_nitens_B242 Mentzelia_nitens_B457 Mentzelia_pectinata_B053 Mentzelia_pectinata_B204 Mentzelia_pectinata_B213 Mentzelia_thompsonii_B225 Mentzelia_thompsonii_B234 Mentzelia_thompsonii_B345 Mentzelia_tricuspis_B065 ; END; BEGIN CHARACTERS; [! TreeBASE Matrix URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/matrix/TB2:M4445] TITLE 'Fig. 2- Plastid data'; LINK TAXA = TaxaForAnalysisStep5192; DIMENSIONS NCHAR=4807; FORMAT DATATYPE=DNA SYMBOLS= "A C G T" MISSING=? 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. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .] Mentzelia_affinis_B211 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Mentzelia_eremophila_P1959 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Mentzelia_pectinata_B204 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Mentzelia_thompsonii_B234 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; END; BEGIN CODONS; CODONPOSSET * CodonPositions (CHARACTERS = 'Fig. 2- Plastid data') = N: 1-4807; CODONPOSSET CodonPositions (CHARACTERS = 'Fig. 2- Plastid data') = N: 1-4807; END; [ The following blocks are output data for analysis step 5192 ] BEGIN TREES; TITLE Tb10600; LINK TAXA = TaxaForAnalysisStep5192; TREE Fig._2 = [&R] (((Mentzelia_goodrichii_H4144,Mentzelia_laevicaulis_Hi21852),(Mentzelia_involucrata_HMsn,Mentzelia_tricuspis_B065)),(((((Mentzelia_affinis_B211,Mentzelia_affinis_B467),Mentzelia_affinis_B423),(Mentzelia_micrantha_B260,Mentzelia_micrantha_B266)),(((((Mentzelia_congesta_B084,Mentzelia_congesta_B285,Mentzelia_congesta_T1659),((Mentzelia_eremophila_P1959,Mentzelia_nitens_B242,Mentzelia_pectinata_B053,Mentzelia_pectinata_B213),Mentzelia_pectinata_B204)),((Mentzelia_eremophila_B049,(Mentzelia_eremophila_B496,Mentzelia_nitens_B075,(Mentzelia_nitens_B079,Mentzelia_nitens_B222))),Mentzelia_nitens_B457)),(Mentzelia_desertorum_B061,(Mentzelia_desertorum_B441,Mentzelia_desertorum_G9185),Mentzelia_desertorum_T3014,Mentzelia_desertorum_Z2675)),((Mentzelia_thompsonii_B225,Mentzelia_thompsonii_B345),Mentzelia_thompsonii_B234))),Mentzelia_dispersa_B096)); [! TreeBASE tree URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/tree/TB2:Tr6364] END;