#NEXUS [!This data set was downloaded from TreeBASE, a relational database of phylogenetic knowledge. TreeBASE has been supported by the NSF, Harvard University, Yale University, SDSC and UC Davis. Please do not remove this acknowledgment from the Nexus file. Generated on June 28, 2025; 12:41 GMT TreeBASE (cc) 1994-2008 Study reference: Gómez F., Moreira D., & López-garcía P. 2009. Neoceratium gen. nov., a New Genus for All Marine Species Currently Assigned to Ceratium (Dinophyceae). Protist, 161(1): 35-54. TreeBASE Study URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/study/TB2:S10082] [ The following blocks are input data for analysis step 5203 ] BEGIN TAXA; TITLE TaxaForAnalysisStep5203; DIMENSIONS NTAX=65; TAXLABELS Alexandrium_minutum Alexandrium_monilatum_JR07 Alexandrium_tamarense Blastodinium_navicula Ceratium_candelabrum_FG7 Ceratium_furca_FG70 Ceratium_fusus_FG71 Ceratium_gravidum_FG73 Ceratium_hirundinella Ceratium_hirundinella_WA28_13 Ceratium_horridum_FG72 Ceratium_like_HZ_2004 Ceratium_limulus_FG35 Ceratium_pentagonum_FG1 Ceratium_petersii_FG5 Ceratium_sp_HCB_2005 Ceratium_symmetricum_FG6 Ceratocorys_horrida_ccmp157 Coolia_monotis Dinophysis_acuminata Dinophysis_rotundata Diplopsalis_lebourae Diplopsalopsis_bomba Gambierdiscus_australes_RAV92_5 Gambierdiscus_toxicus_GTT91_4_3 Gambierdiscus_yasumotoi_Gyasu_2_1 Gonyaulax_cochlea_CCMP_1592 Gonyaulax_fragilis Gonyaulax_polyedra Gonyaulax_polygramma Gonyaulax_spinifera Gonyaulax_verior Gotoius_excentricus Gymnodinium_fuscum Heterocapsa_triquetra_GSW0206_2 Karenia_mikimotoi_NEPCC665 Oblea_sp_acanthocysta Oblea_torta Peridinium_cinctum_SAG2017 Peridinium_umbonatum_UTEX_LB_2255 Peridinium_willei_NIES_304 Pfiesteria_piscicida_PPSB27 Polarella_glacialis_CCMP2088 Polykrikos_kofoidii_2 Prorocentrum_micans Protoceratium_reticulatum_CCCM_535 Protoceratium_reticulatum_JHW0007 Protoceratium_reticulatum_PRA0414 Protoperidinium_bipes Protoperidinium_claudicans_2 Protoperidinium_conicum Protoperidinium_crassipes Protoperidinium_depressum_42_45 Protoperidinium_elegans_8 Protoperidinium_excentricum Protoperidinium_pellucidum Protoperidinium_pentagonum_9 Pyrodinium_bahamense Pyrophacus_steinii Roscoffia_capitata Scrippsiella_nutricula Scrippsiella_trochoidea_CCCM602 Symbiodinium_microadriaticum_NEPCC737 Thecadinium_kofoidii Thecadinium_mucosum ; END; BEGIN CHARACTERS; [! TreeBASE Matrix URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/matrix/TB2:M4361] TITLE Ceratium_65x1096; LINK TAXA = TaxaForAnalysisStep5203; DIMENSIONS NCHAR=1096; FORMAT DATATYPE=DNA SYMBOLS= "A C G T" MISSING=? GAP= -; MATRIX [ 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 230 240 250 260 270 280 290 300 310 320 330 340 350 360 370 380 390 400 410 420 430 440 450 460 470 480 490 500 510 520 530 540 550 560 570 580 590 600 610 620 630 640 650 660 670 680 690 700 710 720 730 740 750 760 770 780 790 800 810 820 830 840 850 860 870 880 890 900 910 920 930 940 950 960 970 980 990 1000 1010 1020 1030 1040 1050 1060 1070 1080 1090 ] [ . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ] Alexandrium_minutum 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Alexandrium_tamarense 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Ceratium_pentagonum_FG1 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Ceratium_petersii_FG5 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Coolia_monotis 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Diplopsalopsis_bomba 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Gambierdiscus_yasumotoi_Gyasu_2_1 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Gonyaulax_cochlea_CCMP_1592 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Gonyaulax_fragilis 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Gonyaulax_polygramma 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Gonyaulax_spinifera 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Gonyaulax_verior 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Gotoius_excentricus 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Gymnodinium_fuscum 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Karenia_mikimotoi_NEPCC665 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Oblea_torta 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Peridinium_cinctum_SAG2017 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Peridinium_umbonatum_UTEX_LB_2255 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Pfiesteria_piscicida_PPSB27 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Polykrikos_kofoidii_2 TTGGAGGGCAAGTCTGGTGCCAGCAGCCGCGGTAATTCCAGCTCCAATAGCGTATATTAAAGTTGTTGCGGTTAAAAAGCTCGTAGTTGGATTTCTGTCGAAAACGACTGGTCCGCCCACTGGGTGTGTATCCTCGGTTTCGGCATCTTCGTGGGGAACGTTGCTGCACTTGACTGTGTGGTACGGTAATGACATTTACTTTGAGGAAATTAGAGTGTTTCAAGCAGGCGCAGCCTTGAATACATTAGCATGGAATAATAAGATAACCTTTGTTCTATTTTGTTGGTTTCTAGAACTGGGTAATGATTAATAGGGATAGTTGGGGGCATTCGTATTTAACTGTCAGAGGTGAAATTCTTGGATTTGTTAAAGACGGACTACTGCGAAAGCATTTGCCAAGGATGTTTTCATTGATCAAGAACGAAAGTTAGGGGATCGAAGACGATCAGATACCGTCCTAGTCTTAACCATAAACCATGCCGACTAGAGATTGGAGGTCGTTAACTTTCGACTCCTTCAGCACCTTATGAGAAATCAAAGTCTTTGGGTTCTGGGGGGAGTATGGTCGCAAGGCTGAAACTTAAAGGAATTGACGGAAGGGCACCACCAGGAGTGGAGCCTGCGGCTTAATTTGACTCAACACGGGGAAACTTACCAGGTCCAGACATAGTAAGGATTGACAGATTGATAGCTCTTTCTTGATTCTATGGGTGGTGGTGCATGGCCGTTCTTAGTTGGTGGAGTGATTTGTCTGGTTAATTCCGTTAACGAACGAGACCTTAACCTGCTAAATAGTTATGCGTAACTTCGGCTACGAGGCAACTTCTTAGAGGGACTTTGTGTGTCTAACGCAAGGAAGTTTGAGGCAATAACAGGTCTGTGATGCCCTTAGATGTTCTGGGCTGCACGCGCGCTACACTGATGCAATCATCGAGTTTCCTTGCCTGGAAAGGTTGGGTAATCTTCATTGCATCGTGATGGGGATAGATTATTGCAATTGTTAATCTTCAACGAGGAATTTCTAGTAAGCGCGAGTCATCAGCTCGTGCTGATTACGTCCCTGCCCTTTGTACACACCGCCCGTCGCTCCTACCGA Prorocentrum_micans 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Protoceratium_reticulatum_CCCM_535 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Protoperidinium_excentricum 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Pyrodinium_bahamense 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Pyrophacus_steinii 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Scrippsiella_nutricula 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Scrippsiella_trochoidea_CCCM602 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Symbiodinium_microadriaticum_NEPCC737 TTGGAGGGCAAGTCTGGTGCCAGCAGCCGCGGTAATTCCAGCTCCAATAGCGTATATTAAAGTTGTTGCGGTTAAAAAGCTCGTAGTTGGATTTCTGTTGGGGGTGACCGGTCCGCCTTCTGGGTGTGCATCTTCAGCCTTGACATCTTCCTGAGGAACGTGTCTGCACTTCGCTGTGTGGCGCGGCAAGGACTTTTACCTTGAGGAAATTAGAGTGTTTCAAGCACGCGCAGCCTTGAATACATTAGCATGGAATAATAAGATAACCCCAGTTCTATTTTGTTGGTTTCTAGAGCTGGGTAATGATCGATAGGGATAGTTGGGGGCATTCGTATTTAACTGTCAGAGGTGAAATTCTTGGATTTGTTAAAGACGGACTACTGCGAAAGCATTTGCCAAGGATGTTTTCATTGATCAAGAACGAAAGTTAGGGGATCGAAGACGATCAGATACCGTCCTAGTCTTAACCATAAACTATGCCAACTAGAGATTGGAGGTCGTTAATTGCCGACTCCTTCAGCACCTTACGAGAAATCAAAGTCTTTGGGTTCCGGGGGGAGTATGGTCGCAAGGCTGAAACTTAAAGGAATTGACGGAAGGGCACCACCAGGAGTGGAGCCTGCGGCTTAATTTGACTCAACACGGGGAAACTTACCAGGTCCAGACATAGTAAGGATTGACAGATTGATAGCTCTTTCTTGATTCTATGGGTGGTGGTGCATGGCCGTTCTTAGTTGGTGGAGTGATTTGTCTGGTTAATTCCGTTAACGAACGAGACCTTAACCTGCTAAATAGTTACATGTAACCTCGGTTATAGGGCAACTTCTTAGAGGGACTTTGTGTGTCTAACGCAAGGAAGTTTGAGGCAATAACAGGTCTGTGATGCCCTTAGATGTCCTGGGCTGCACGCGCGCTACACTGATGCGCTCAACGAGTTTTCTTGCCTGAAATGGCTGGGTAATCTTTAATGCATCGTGATGGGGATAGATCATTGCAATTATTGATCTTCAACGAGGAATTCCTAGTAAGCGCGAGTCATCAGCTCGTGCTGATTACGTCCCTGCCCTTTGTACACACCGCCCGTCGCTCCTACCGA Thecadinium_kofoidii 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Thecadinium_mucosum TTGGAGGGCAAGTCTGGTGCCAGCAGCCGCGGTAATTCCAGCTCCAATAGCGTATATTAAAGTTGTTGCGGTTAAAAAGCTCGTAGTTGGAGTTCTGCCAAGGGCGACCGGTCCGCCCTCTGGGTGAGCATCATTGACCCAGGCATTCCTTTGGAGTATGTGGCTGCACTTGACTGTGTGGTACGGCCGAGACATTTACTTTGAGGAAATCAGAGTGCTTCAAGCAGGCAAAGCCTTGCACACACTAGCATGGAATAATAAGAGAACATTGGTTCTATTTTGTTGGTTTCTAGAGCTGGGTAATGATGAATAGGGCTAGATGGGGGCATTTGTATTTAACTGTCAGAGGTGAAATTCTTGGATTTGTTAAAGACAGACTACTGCGAAAGCATTTGCCATGGATGTTTTCATTGATCAAGAACGAAAGTTAGGGGATCGAAGACGATCAGATACCGTCCTAGTCTTAACCATAAACCATGCTGACTAGAGATTGAAGGTTGTTATCTGTTGACATCTTCAGCATCTTATGACAAATCAAAGTCTTTGGGTTCCGGGGGGAGTATGGTCGCAAGGCTGAAACTTAAAGGAATTGACGGAAGGGCACCACCAGGAGTGGAGCCTGCGGCTTAATTTGACTCAACACGGGGAAACTTACCAGGTCCAGACATAAGGAGGATTGACAGATTGATAGCTCTTTCTTGATTCTATGGGTGGTGGTGCATGGCCGTTCTTAGTTGGTGGAGTGATTTGTCTGGTTAATTCCGTTAACGAACGAGACCTTAACCTGCTAAATAGTTACACATAGCCCTGGTTATGGGGCAACTTCTTAGAGGGACTTTGTGTGTCTAACGTGAGGAAGTTTGAGGCAATAACAGGTCTGTGATGCCCTTAGATGTCCTGGGCTGCACGCGCGCTACACTGATGCAGTCATCAAGTTTCCTTGCCTGGAAGGGCTGGGTAATCTTGATTGCACCGTGACGGGGCTAGATTATTGCAATTATTAATCTTTAACGAGGAATTCCTAGTAAGTGTGAGTCATCAGCTCATACTGACTACGTCCCTGCCCTTTGTACACACCGCCCGTCGCTCCTACCGA ; END; BEGIN CODONS; CODONPOSSET CodonPositions (CHARACTERS = Ceratium_65x1096) = N: 1-1096; CODONPOSSET * CodonPositions (CHARACTERS = Ceratium_65x1096) = N: 1-1096; END; [ The following blocks are output data for analysis step 5203 ] BEGIN TREES; TITLE Tb10611; LINK TAXA = TaxaForAnalysisStep5203; TREE Tree_2 = [&R] ((((((Scrippsiella_nutricula,(Symbiodinium_microadriaticum_NEPCC737,Polarella_glacialis_CCMP2088)),((Blastodinium_navicula,(((Protoperidinium_claudicans_2,Protoperidinium_depressum_42_45),((Diplopsalopsis_bomba,Gotoius_excentricus),(Diplopsalis_lebourae,(Oblea_torta,Oblea_sp_acanthocysta)))),((Peridinium_willei_NIES_304,Peridinium_cinctum_SAG2017),((Protoperidinium_excentricum,Protoperidinium_conicum),(Protoperidinium_pentagonum_9,((Protoperidinium_crassipes,Protoperidinium_elegans_8),(Protoperidinium_bipes,Protoperidinium_pellucidum))))))),((Pyrophacus_steinii,((Gambierdiscus_yasumotoi_Gyasu_2_1,(Gambierdiscus_toxicus_GTT91_4_3,Gambierdiscus_australes_RAV92_5)),(Pyrodinium_bahamense,(Alexandrium_tamarense,((Alexandrium_monilatum_JR07,Coolia_monotis),Alexandrium_minutum))))),(Thecadinium_kofoidii,(((Gonyaulax_polyedra,Gonyaulax_verior),(Gonyaulax_spinifera,(Gonyaulax_cochlea_CCMP_1592,(Gonyaulax_polygramma,Gonyaulax_fragilis)))),(Thecadinium_mucosum,((Ceratocorys_horrida_ccmp157,(Protoceratium_reticulatum_JHW0007,(Protoceratium_reticulatum_CCCM_535,Protoceratium_reticulatum_PRA0414))),((Ceratium_hirundinella_WA28_13,(Ceratium_like_HZ_2004,(Ceratium_hirundinella,Ceratium_sp_HCB_2005))),(Ceratium_gravidum_FG73,(Ceratium_fusus_FG71,(Ceratium_furca_FG70,(Ceratium_candelabrum_FG7,(Ceratium_pentagonum_FG1,(Ceratium_horridum_FG72,(Ceratium_petersii_FG5,(Ceratium_symmetricum_FG6,Ceratium_limulus_FG35)))))))))))))))),(Gymnodinium_fuscum,Polykrikos_kofoidii_2)),(Dinophysis_acuminata,Dinophysis_rotundata)),((Heterocapsa_triquetra_GSW0206_2,Peridinium_umbonatum_UTEX_LB_2255),(Roscoffia_capitata,Scrippsiella_trochoidea_CCCM602))),Karenia_mikimotoi_NEPCC665,(Prorocentrum_micans,Pfiesteria_piscicida_PPSB27)); [! TreeBASE tree URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/tree/TB2:Tr6044] END;