#NEXUS [!This data set was downloaded from TreeBASE, a relational database of phylogenetic knowledge. TreeBASE has been supported by the NSF, Harvard University, Yale University, SDSC and UC Davis. Please do not remove this acknowledgment from the Nexus file. Generated on July 12, 2025; 11:07 GMT TreeBASE (cc) 1994-2008 Study reference: Chew T., De luna E., & Gonzalez D. 2010. Phylogenetic Relationships of the Pseudobulbous Tillandsia species (Bromeliaceae) Inferred from Cladistic Analyses of ITS 2, 5.8S ribosomal RNA gene, and ETS Sequences. Systematic Botany, 35(1): 86-95. TreeBASE Study URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/study/TB2:S10088] [ The following blocks are input data for analysis step 5219 ] BEGIN TAXA; TITLE TaxaForAnalysisStep5219; DIMENSIONS NTAX=30; TAXLABELS Catopsis_nutans Tillandsia_achyrostachys Tillandsia_arizajuliae Tillandsia_baileyi Tillandsia_balbisiana Tillandsia_botteri Tillandsia_bulbosa Tillandsia_butzii 'Tillandsia caput-medusae' Tillandsia_concolor Tillandsia_diguetti Tillandsia_eizii Tillandsia_erubescens Tillandsia_filifolia Tillandsia_flabellata Tillandsia_heterophylla Tillandsia_intermedia Tillandsia_ionantha Tillandsia_juncea Tillandsia_magnusiana Tillandsia_makoyana Tillandsia_multicaulis Tillandsia_palmasolana Tillandsia_paucifolia Tillandsia_pruinosa Tillandsia_pseudobaileyi Tillandsia_punctulata Tillandsia_schiedeana Tillandsia_streptophylla Viridantha_atroviridipetala ; END; BEGIN CHARACTERS; [! TreeBASE Matrix URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/matrix/TB2:M4444] TITLE 'Analysis 4: ITS 2+5.8S and ETS indels as fifth state'; LINK TAXA = TaxaForAnalysisStep5219; DIMENSIONS NCHAR=944; FORMAT DATATYPE=DNA SYMBOLS= "A C G T" MISSING=N GAP= -; MATRIX [ 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 230 240 250 260 270 280 290 300 310 320 330 340 350 360 370 380 390 400 410 420 430 440 450 460 470 480 490 500 510 520 530 540 550 560 570 580 590 600 610 620 630 640 650 660 670 680 690 700 710 720 730 740 750 760 770 780 790 800 810 820 830 840 850 860 870 880 890 900 910 920 930 940 ] [ . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ] Catopsis_nutans 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TCCTGAAC--CTGGGGTCGCGGTCCGATGCG-GCCGCCCGCCCCC-GCGGCGGGGGA-CGGGAG-GCGCGCTCGGGGTT----GGGGTCCTC---GGGGG-CTCCTCTCTTGCCGCTG-GG-GCCGAAG-GCACG-GC-GCCC-GGCTCG--CCCGT-GCGTCGTCCACCACTCGCCGT-----GCCCGGCCCT-CGC-CGGC-GGCCCGC-ACTTCGGCCCGCCGCG-CCGGAGGCGCGGGGGGCCAGANGTCCGCGTCCGNGGCGCCCGCTCCGCCTCTCGGGCGGG-CGGGGCG-CNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTCGACCGCCGGGGCGGCCGTCCCTCCAGTCCCTCGCTT-GTTCGT-GCCTTCG--GGCCTTCG-AGCGGTGC--GCG-CCGCCTGT--GCCATCTACCCGGTCTCTTGGGAAGCCG-ACGCGACCCACACGC-CAGTCCGCCCTC------TCCCCG-CCTCGTCGGGCGAGGGGC--GGCCGCGGCGCGGGCGTCGC-GCGCCCCCGGACAAAAGCGGCCGTCA-GGCCCTCGTCTC-GGTCGGGCTCCCGACGTCCCGCGAGCGCTCTCGGATGCGGCGGATGCT-GCGGGCTT-CGGGGACTT-CGTTTCCCC-GACCCGGAC--CTCGGTCGGTCGTCGAGCCGCCCTCCGTCGAGACG-ACGGT-CGGCCC-GCCGTC-GTGCCCC--TTCCGCCC----CCCGCGGGCGGG--CGGGCG---CCCCGGCG--GCGGCGCCGGC-GT Tillandsia_ionantha CNAGNAA---CCNCGGNCGCGGACCGAAGCG-GCCGCCCGCCCCC-GCGGCGGGGGA-CGGGAG-GCGCGCTCCGGGGTT---GGGGTCCTC---GGGGG-CTCCTCTGTNCTCGCCGTGGGGCCAGAG-GCACG-GC-GCCC-GGCTCG--CCCGTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTCGACCGCCGGGGCGGCGATCCCTCCAGTCCCTCGCTT-TTTCGT-GCCTTCG--GGCCTTCG-AGCGGTGC--GCG-CTGCCTGT--GCCATCTACCCGGTCCCTTGGGAAGCCGTACGCGACCCACACGC-CAGTCCGCCCCC------TCCCCG-CCTTGTCGGGCGAGGGGC--GGCCGCGGCGCGGGCGTCGC-GCGCCCCCGGACAAAAGCGGCCGTCAAGGCCCCCGTCCC-GGTCGGGCTCCCGACGTCCCGCGAGCGCTCTCGGATGCGGCGGATGCT-GCGGGCTT-CGGGGACTT-CGTTTCCCC-GACCCGGAC--CTCGGTCGGTCGTCGAGCCGCCCTT-GTCGAGACG-ACGGCTCGGCCC-GCCGTC-GGGCCCCTCTTCCGCCC----CCCGCGGGCGGG--CGGGCG---CCCCGGCT--GCGGCGCCGAGCGT Tillandsia_juncea T-CCTGAC--CTGGGGTCGCGGTCCGATGCG-GCCGCCCGCCCCC-GCGGCGGGGAGACGGGAG-GCGCGCTCGGGGTTTTA-GGGGTCCTC---GGGGAGCTCCTCTCTTGCCGCTG-GG-GCCGGAGAGCACG-GC-GCCC-GGCTCG--CCCGT-GCGTCGTCCACCACTCGCCGT-----GCCCGGCCCT-CGC-CGGC-GGCCCGC-TCTTCGGCCCGCCGCG-CCGGAGGCGCGGGGG-GCCAGTCTCCGCGTCCGCGGCGCCCGCTCCGCCGCTCGGGCGGG-CGGGGCG-CGGAGCGTGTCGATGCGTGACGCC-CAGGCAGGCGTGCCCTCGGCCGGAC-GGCCTCGGGCGCAACTTG-CGTTCAAAGACTA-GATGGTTCGCGGGATTCTGCAATT-ACACCAGGTATCGCATTTCGCTACGTTCTT-ATCGATGCGAGAGCCGAGA-ATCCGTTGCC-AGAGTCGTT-GGTGTTT-GTTGNCTGACCGCCGGGGCGGCCGTCCCTCCAGTCCCTCGCTT-GTTTGT-GCCTTCG--GGCCTTCG-AGCGGTGC--GCG-CCGCCTGT--GCCATATACCCGGTCCCTCGGGAAGCCG-ACGCGACCCACACGC-CAGTCCGCCCCC------TCCCCG-ACTCGTCGGGCTAGGGGC--GGCCGCGGCGCGGGCGTCGC-GCGCCCCCGGACAAA-GCGGCCGTCA-GGCCCTCGTCTC-GGTCGGGCTCCCGACGTCCCGCGAGCGCTCTCGGATGCGGCGGATGCT-GCGGGCTT-CGGGGACTT-TGTTTCCCC-GACCCGGAC--CTCGGTCGGTCGTCGAGCCGCCCTC-GTCGAGACG-ACGGC-CGGCCC-GCCGTCTGGGCTCC--TTCCGCCC----CCCGCGGGCGGGGGCGGGTG---CCCCGGCG--GCGGCGCCGGC-GT Tillandsia_magnusiana NNNCTGAC--CTGGGGTCGCGGTCCGATGCG-GCCGCCCGCCCCC-GCGACGGGGGA-CGGGAG-GCGCGCTCGGGGTT----GGGGTCCTC---GGGGG-CTCCTCTCTTGCCGCTG-GG-GCCGGAG-GCACG-GC-GCCC-GGCTCG--CCCGT-GCGTCGTCCACCACTCGCCGT-----GCCCGGCCCT-CGC-CGGC-GGCCCGC-TCTTCGGCCCACCGCG-CCGGAGGCGCGGGGG-GCCAGTCTCCGCGTCCGCGGCGCCCGCCCCGCCTCTCGAGCGGG-CGGGGCGGCGGAGCGTGTCGATGCGTGACGCC-CAGGCAGGCGTGCCCTCGGCCGGAC-GGCCTCGGGCGCAACTTG-CGTTCAAAGACTA-GATGGTTCGCGGGATTCTGCANTTCACACCAGGTATCGCTTTTCGCTACGTTCTTCATCGATGCGAGAGCCGAGATATCCGTTGCCGAGAGTCGTTTGGTGTTTTGTTGNTCGACCGCCGGGGCGGCCGTCCCTCCAATCCCTCGCTC-GTTTGT-GCCTTCG--GGCCTTCG-AACGGTGC--GCG-CTGCCTGT--GCCATCTACCCGGTCCCTCGGGAAGCCG-ACGCGACCCACANGC-CAGTCCGTCCCC------TCCCCG-CCTTGTCGGGCGAGGGGC--GGCCGCGGCGCGGGCGTCGC-GCGCCCCCGGACAAA-GCGGCCGTCA-GGCCCCCGTCTC-GGTCGGGCTCCAGACGTCCCGCGAGCGCTCTCGGATGCGGCGGATGCT-GCGGGCTC-CGGGGACTT-CGTTTCCCC-GACCCGGAC--CTCGGTCGGTCGTCGAACCGCCCTC-GTCGAAGACGACGGT-CGGCCA-GCCGTC-GGGCCCC--TTCCGCCC----CCCGCGGGCGGG--CGGGCG---CCCCGGCG--GCGGCGCCGGC-GT Tillandsia_makoyana TGCCTGANACTCGGGGTCGCGGTCCGATGCG-GCCGCCCGCCCCC-GCGGCGGGGGA-CGGGAG-GCGCGCTCGGGGTT----GGGGTCCTC---GGGGGGCTCCTCTCTTGCCGCTG-GG-GCCGGAG-GCACG-GC-GCCC-GGCTCG--CCCGT-GCGTCGTCCACCACTCGCCGT-----GCCCGGCCCT-CGC-CGGC-GGCCCGC-TCTTCGGCCCGCCGCG-CCGGAGGCGCGGGGG-GCCAGTCTCCGCGTCCGCGGCGCCCGCTCCGCCTCTCGGGCGGG-CGGGGCG-CGGAGCGTGTCGATGCGTGACGCC-CAGGCAGGCAGGCGTGCCCTCGGCC-GGACGGCCTCGGGCGCAACTTGCTTAAAGACTAGATGGTTCGCGGGATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTGACNNTNGGGGGGGCCGTCCCCCCAGTCCCTCGGTC-ATTTTT-GCCCTTG--GGCCTTTA-GATATGGG---CG-TTGCCTGT--GCCATATACCCGGTCCCTTGGGAAAAGG-AGGGGAACCACAAGG-CAATTTGCCCCC-------CCCCG-CCTTTTTTGGCGAAGGGC--GGCCCCGGGGCGGGGGTTGC-GCGCCCCCCGACAAA-AAGGCCGTCA-GGCCCTCGTCCC-GGTTGGGGTCCCGAAGTCCCGCGAGAGCTTTTTGATGTGGGGCATGCC-GCGGGGTT-TGGGGAATT-TGTTTTCCCGAAACCGGACACCTCGGTCGGTCGTCGAGCCGCCCTC-ATCGAGACG-ACGGC-CGGCCC-GCCGTC-GGGCCCC--TTTCGCCC----CCCGCGGGCGGG--CGGGCG---CCCCGGCG--GCGGCGCCGGC-GT Tillandsia_multicaulis CGCCTGAA--ATGGGGTCGCGGTCCGATGCG-GCCGCTCGCCCCC-GCGAAGGGGGGAGGGGAG-GCGCGCTCGGGGTT----GGGGTCCTC---GGGGG-CTCCTCTCTCGCCGCTG-GG-GCCGGAG-GCACG-GC-GCCC-GGCTCA-GCCCGT-GCGTCGTCCACCACTCGCCGN-----GCCCGGCCCT-CGC-CGGC-GGCCCGC-TCTTCGGCCCGCCGCG-CCGGAGGCGCGGGGG-GCCACTCTCCGCGTCCGCGGCGCCCGCTCCGCCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCNGACCGCCGGGGCGGCCGTCCCTCCAGTCCCTCGCTN-GTTNGT-GCCTTCG--GGCCTTCG-AGCGGTGC--GCG-CNNCCTGT--GCCATCTACCCGGTCCCTTGGGAAGCGG-ACGTGACCCACACGC-CAGTCCGCCCCC--------CCCG-CCTCGTCGGGCGAGGGGC--GGCCGCGGCGCGGGCGTCGT-GCGCCCCCGGACAGA-GCGGCCGTCA-GGCCCCCGTCCC-AGTCTGGCTCCCGACGTCCCGCGAGCGCTCTCGGATGCGGCGGATGCC-GCGGGCTT-CGGGGACTT-CGTTCCCC--GACCCGGAC--CTCGGTCGGTCGTCGAGCCGCCCTC-ATCGAGACG-ACGGC-CGGCCC-GCCGTC-GGGCCCC--TTTCGCCC----CCCGCGGGCGGG--CGGGCG---CCCCGGCG--ACGGCGCCGGC-GT Tillandsia_palmasolana CGCCTGAC--CTGGGGTCGCGGTCCGATGCG-GCCGCCCGCCCCT-GCGGCGGGGGG-CGGGAG-GCGCGCTCGGGGTTTTAGGGAGTCCTC---GGGGAGCTCCTCTCTTGCCGCTG-GGAGCCGGAGAGCACGAGCAGCCCAGGCTCAGCCCAGTAGCGTCGTCCACCACTCGCCGT-----GCCCGGCCCT-CGC-CGGCAAGCCCGC-TCTTCGGCCCGCCGCG-CCGGAGGCGCGGGGAAGCCAGTCTCCGCGTCCGCGACGCCCGCTCCGCCACTCGGGCGGG-CGGGGCG-CGGAGCGTGTCGATGCGTGACGCCCAAGGCAGGCGTGCCCTCGGCCGGAC-AGCCTCGGGCGCAACTTG-CGTTAAAGA--TA-NATGGTTCGCGGAATTCTGCANTT-ACACAAGTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTCCGACCGCCGGGGCGGCCGTCCCTCCAATCCCTCGCTTAGTTCGTAGCCTTCG--GGCCTTCG-AGCGGTGC--GCG-CCGCCTGT--GCCATCTACCCGGTCCCTTGGGAAGCCG-ACGCGACCCACACGC-CAGTCCGCCCCC------TCCCCG-CCTCGTCGGGCAAGGGGC--GGCCGTGGCGCGGGCGTCGC-GCGCCCCCGGACAAA-GCGGCCGTCA-GGCCCTCGTCTCAGGTCGGGCTCCAGANGTCCCGCGAGCGCTCTNGGATGCGGCGGATGTT-GCGGGCTT-CGGGGACTT-CGTTTTCCC-GACCCGGAC--CTCGGTCGGTCGTCGACCCGCCCTN-GTCGAGACG-ANTGTNCGGCCACGCCGTC-GGGCCCC--TTCNGCCC----CCCGCGGGCGNN--CGGGTG---CCCCGGCG-AGCGGCGCCGGC-GT Tillandsia_paucifolia CGCCTGAC--CTGGGGTCGCGGTCCGATGCG-GCCGCCCGCCCCC-GCGGCGGGGGG-CGGGAGAGCGCGCTCGGGGTTTT--GGGGTCCTC---GGGGG-CTCCTCTCTTGCCGCTG-GG-NCCGGAG-GCACG-GC-GCCC-GGCTCG--CCCGT-GCGTCGTCCACCACTCGCCGT-----GCCCGGCCCT-CGC-CGGC-GGCCCGC-TCTTCGGCCCGCCGCG-CCGGAGGCGCGGGGG-GCCAGTCTCCGCNTCCGCGGCGCCCGCTCCGCCGCTCGGGCGGG-CGGGGCG-CGGAGCGTGTCGATGCGTGACGCC-CAGGCAGGCGTGCCCTCGGCCGGAC-GGCCTCGGGCGCAACTTG-CGTTCAAAGACTAAGATGGTTCGCGGGATTCTGCAATTCACACCAGGTATCGCATTTCGCTACGTTCTTCATCGATGCGAGAGCCGAGATATCCGTTGCCGAGAGTCGTTTGGTGNTTTNTTGNCCGACCGCCGGGGCGGCCGTCCCTCCAGTCCCTCGCTTAGTTCGTAGCCTTCG--GGCCTTCA-AGCGGTGC--GCG-CCGCCTGT--GCCATCTACCCGGTCCCTTGGGAAGCCG-ACGCGACCCACACGC-CAGTCCGCCCCC------TCCCCG-CCTCGTCGGGCTAGGTGC--GGCCGCGGCGCGGGCGTCGC-GCGCCCCCGGACAAA-TTGGCCGTCA-GGCCCTCGTCTC-GGTCGGGCTCCCGACGTCCCGCGAGCGCTCTCGGATGCGGCGGATGCT-GCGGGCTT-CGGGGACTT-CGTTTCCCC-GACCCGGAC--CTCGGTCGGTCGTCGACCCGCCCTC-GTCGAGACG-ACGG-CCGGCCC-GCCGTC-GGGCCCC--TTCCGCCC----CCCGCGGGCGGA--CGGGTG---CCCCGGC--GGCGGCGCCGGC-GT Tillandsia_pruinosa CGCCTGAC--CTGGGGTCGCGGTCCGATGCG-GCAGCCCGCCCCCCGCGGCGGGGGA-CGGGAG-GCGCGCTCGGGGTT----GGGGTCCTC---GGGGG-CTCCTCTCTTGCCGCTG-GG-GCCGGAG-GCACG-GC-GCCC-GGCTCG--CCCGT-GCGTCGTCCACCACTCGCCGT-----GCCCGGCCCT-CGC-CGGC-GGCCCGC-TCTTCGGCCCGCCGCG-CCGGAGGCGCGGGGG-GCCAGTCTCCGCGTCCGCGGCGCCCGCTCCGCCTCTCGGGCGGG-CGGGGCG-CGGAGCGTGTCGATGCGTGACGCC-CAGGCAGGCGTGCCCTCGGCCGGAC-GGCCTCGGGCGCAACTTG-CGTTCAAAGACTA-GATGGTTCGCGGGATTCTGCAATTCACACCAGGTATCGCATTTCGCTACGTTCT-CATCGATGCGAGAGCCGAGATATCCGTTGCCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCCGACCGCCGGGGCGGCGGTCCCTCCAGTCCCTCGCTT-TTTCGT-CCCTTCG--GGCCTTCA-AGCGGTGC--GCG-CTGCCTGT--GCCATCTACCCGGTTCCTTGGGAAGCCG-ACGCGGCCCACACGC-CAGTCCGCCCCC------TCCCCG-CCTCGTCGGGCGTGGGGC--GGCCGCGGCGCGGGCGTCGC-GCGCCCCCGGACAAA-GCGGCCGTCA-GGCCCCCGTCCC-GGTCGGGCTCCCGACGTCCCGCGAGCGCTCTCGGATGCTTTGGATGCT-GCGGGCTT-CGCGGACTT-CGTTTCCCC-GACCCGGAC--CTCGGTCGGTCGTCGAGCCGCCCTN-GTCGAGANG-ACGGC-CGGCCC-GCCGTC-GGGCCCC--TTCCGCCC----CCCGCGGGCGGG--CGGGCG---CCCCGGCT--GCGGCGCCGTT-NN Tillandsia_pseudobaileyi CGCCTGAC--CTGGGGTCGCGGTCCGATGCG-GCCGCCCGCCCCC-GCGGCGGGGGG-CGGGAG-GCGCGCTCGGGGTTTT--GGGGTCCTC---GGGGG-CTCCTCTCTTGCCGCTG-GG-GCCGGAG-GCACG-GC-GCCC-GGCTCG--CCCGT-GCGTCGTCCACCACTCGCCGT-----GCCCGGCCCT-CGC-CGGC-GGCCCGC-TCTTCGGCCCGCCGCG-CCGGAGGCGCGGGGG-GCCAGTCTCCGCATCCGCGGCGCCCGCTCCGCCGCTCGGGCGGG-CGGGGCG-CGGAGCGTGTCGATGCGTGACGCC-CAGGCAGGCGTGCCCTCGGCCGGAC-GGCCTCGGGCGCAACTTG-CGTTCAAAGACTA-GATGGTTCGCGGGATTCTGCAATTCACACCAGGTATCGCATTTCGCTACGTTCTTCATCGATGCGAGAGCCGANATATCCGTTGCCGAGAGTCGTTTGGTGTTT-GTTGNTCGACCGCCGGGGCGGCCGTCCCTCCATTCCCTCGCTT-GTTCGT-GCCTTCG--TGCCTTCG-AGCGGTGC--GCG-CTGCCTGT--GCCATCTACCCCGTCCCTCGGGAAGCCG-ACGCGACCCACTCGC-CAGTCCGCCCCA-------CCCCG-CCTCGTCGGGCGAGGGGC--GGCCGCGGCGCGGGCGTCGC-GCGCCCCCGGACAAA-GCGGCCGTCA-GGCCCCCGTCTC-GGTCGGGCTCCCGACGTCCCGCGAGCGCTCTCGGATGCGGCGGATGCTTGCGGGCTT-CGGGGACTTTCGTTTCCCC-GACCCGGAC--CTCGGTCGGTCGTCGAGCCGCCCTC-GTCGAGACG-ACGGC-CGGCCC-GCCGTC-GGGCCCC--TTCCGCCC----CCCGCGGGCGGG--CGGGCG---CCCCGGCG--GCGGCGCCGGCAAT Tillandsia_punctulata CGCCTGAC--CTGGGGTCGCGGTCCGATGCG-GCCGCCCGCCCCC-GCGGCGGGGGA-CGGGAG-GCGCGCTCGGGGTTG---GGGGCCTTG---GGGGG-TTCTTTTTTGGCCGTTG-GG-GCCGGGG-GAACG----GGCCCGGGTTG--NCCNT-GCNTTGTNCAACAATTGCCGT-----GGCCGGGCCTTGNC-NGGG-GGCCNGT-TTTT-GGGCCGGCCCGCCCGAAGGGCCGGGGG-GC-AATCTTCNGGTTCCGGGGGNCCGGCCCGGCTTTTGGGCGGG-CNGGGCNCCGAACCTNTNCANTCCTNAACCCC--AAGNAAGNGTNNCCTTNGGCCGAANGGCTTNGGNGCAAATTNG--GTTCAAAAAATAAAATGNTNNNGGGAATCTTNAAATTAAAACAANGNATTGNANTTNNNTAACTTNTTAATCANTCNANAANCCAAATAATCCNTTCCCAAANNNNTTNGTGNTTTTNTNNNNTCGACCGCCGGGGCGGCCGTCCCTCCAGTCCCTCGCTT-GTTTGT-GCCTTCG--GGCCTTCG-AGCGGTGC--GCG-CTGCCTGT--GCCATCTACCCGGTCCCTCGGGAAGCCG-ACGCGACCCACACGC-CAGTCCGTCCCC------TCCCCG-CCTTGTCGGGCGAGGGGC--GGCCGCGGCGCGGGCGTCGC-GCGCCCCCGGACAAA-GCGGCCGTCA-GGCCCCCGTCTC-GGTCGGGCTCCCGACGTCCCGCGAGCGCTCTCGGATGCGGCGGATGCT-GCGGGCTC-CGGGGACTT-CGTTTCCCC-GACCCGGAC--CTCGGTCGGTCGTCGAGCCGCCCTC-GTCGAAGACGACGGC-CGGCCC-GCCGTC-GGGCCCC--TTCCGCCC----CCCGCGGGCGGG--CGGGCG---CCCCGGCG--GCGGCGCCGGC-GT Tillandsia_schiedeana CGCCTGAC--CTGGGGTCGCGGTCCGATGCG-GCCGCCCGCCCCC-GCGGCGGGGGA-CGGGAG-GCGCGCTCGGGGTT----GGGGTCCTC---GGGGG-CTCCTCTCCTGCCGCTG-GG-GCCGGCG-GCACG-GC-GCCC-GGCTNG--CCCGT-GCGTCGTCCACCACTNGCCGT-----GCCCGGCCCT-NGC-CGGC-GGCCCGC-TNTTCGGCCCGCCGCG-CCGGAAGCGCGGGGG-GCCANTCTNCGCGTCCGCGGCGCCCGCCCCGCCTTTTGGGCGGG-CGGGGCG-CGGAACGTGTCGATGCGTGACGCC-CAAGCAGGCGTGCCCTCGGCCGGAC-GGCCTNGGGCGCAACTTG-CGTTCAAAGACTA-AATGGTTCGCGGGATTCTNCAATTCACACCAGGTATNGCATTTCGCTACGTTCTTCATCGATGCGAGAGCCGAGATATCCGTTGCCGAGAGTCGTTTGGTGTTTTGTTGNCCGACCGCCGGGGCGGCCGTCCCTCCAGTCCCTCGCTC-GTTCGT-GCCTTCG--GGCCTTCG-AGCGGTGC--GCG-CTGCCTGT--GCCATCTACCCGGTCCCTCGGGAAGCCG-ACGCGACCCACACGA-CAGTCCGCCCCC------TCCCCG-CCTCGTCGGGTGAGGGGC--GGTCGCGGCGCGGGCGTCGC-GCGCCCCCGGACAAA-GCGGTCGTCA-GGCCCCCGTCTC-GGTCGGGCTCCCGACGTCCCGCGAGCGCTCTCGGATGCGGCGGATGCT-GTGGGCTC-CGGGGACTT-CGTTTCCCC-GACCCGGAC--CTCGGTCGGTCGTCGAGCCGCCCTC-GTCGAGACG-ACGGC-CGGCCC-GCCGTC-GGGCCCC--TTCCGCCC----CCCGCGGGCGGG--CGGGTG---CCCCGGCG--GCGGCGCCGGC-GT Tillandsia_streptophylla CGCCTGAC--CTGGGGTCGCGGTCCGTTGCG-GCAGCCCGCCCCCCGCGGCGGGGGA-CGGGAG-GCGCGCTCGGGGTT----GGGGTCCTC---GGGGG-CTCCTCTCTTGCCGCTG-GG-GCCGGTG-GCACG-GC-GCCC-GGCTCG--CCCGT-GCGTCGTCCACCACTCGCCGT-----GCCCGGCCCT-CGC-CGGC-GGCCCGC-TCTTCGGCCCGCCGCG-CCGGAGGCGCGGGGG-GCCAGTCTCCGCGTCCGCGGCGCCCGCTCCGCCTCTCGGGCGGG-CGGGGCG-CGGAGCGTGTCGATGCGTGACGCC-CAAGCAGGCGTGCCCTCGGCCGGAC-GGCCTCGGGCGCAACTTG-CGTTCAAAGACTA-GATGGTTCGCGGGATTCTGCAATTCACACCANGTATCGCATTTCGCTACGTTCTTCATCGATGCGAGAGCCGAGATATCCGTTGCCGAGAGTCGTTTGGTGTTTTGTTGNTCGACCGCGGGGGCGGCGGTCCCTCCAGTCCTTCGCTT-TTTCGT-GCCTTCG--GGCCTTCA-AGCGGTGC--GCG-CTGCCTGT--GCCATCTACCCGGTCCCTTGGGAAGCCG-ACGCGACCCACACGC-CAGTCCGCCCCC------TCCCCG-CCTCGTCGGGCGTGGGGC--GGCCGCGGCGCGGGCGTCGC-GCGCCCCCGGACAAA-GCGGCCGTCA-GGCCCCCGTCCC-GGTCGGGCTCCCAACGTCCCGCGAGCGCTCTCGGATGCGGCGGATGCT-GCGGGCCT-CGGGGACTT-CGTTTCCCC-GACCCGGAC--CTCGGTTTGTCGTCGAGCCGCCCTC-GTCGAGACGTACGGCTCGGCCCAGCCGTC-GGGCCCC--TTCCGCCC----CCCGCGGGCGGG--CGGGTGCAGCCCCGGCT--GCGGCGCCGGC-GT Viridantha_atroviridipetala CGCCTGAC--CTGGGGTCGCGGTCCGATGCG-GCCGCCCGCCCCC-GCGGCGGGGGA-GGGGAG-GCGCGCTCGGGGTTG---GGGGTCCTC---GGGGG-CTCCTCTCTCGCCGCTG-GG-GCCGGAG-GCACG-GC-GCCC-GGCTCG--CCCGT-GCGTCGTCCACCACTCGCCGT-----GCCCGGCCCT-CGC-CGGC-GGCCCGC-TCTTCGGCCCGCCGCG-GCCGAGGCGCGGGGG-GCCAGTCTCCGCGTCCGCGGCGCCCGCTCCGCCTTTCGGGCGGG-CGGGGCG-CGGAGCGTGTCGATGCGTGACGCC-CAGGCAGGCGTGCCCTCGGCCGGAC-GGCCTCGGGCGCAACTTG-CGTTCAAAGACTA-GATGGTTCGCGGGATTCTGCANTTCACACCAGGTATCGCATTTCGCTACGTTCTTCATCGATGCGAGAGCCGAGATATCCGTTGCCGAGAGTCGTTAGGTGATT-GTTGNTCGACCGCCGGGGCGGCCGTCCCTCCAGTCCCTCGCTC-GTTCGT-GCCTTCG--GGCCTTCG-AGCGGTGC--GTGCTTGCCTGT--GCCATCTACCCGGTCCCATGGGAAGCCG-ACGCGACCCACACGC-CAGGCCGCCCCC--------CTCG-CTTCGTCGGGCGAGGGGC--GGCCGCGGCGCGGGCGTCGC-GCGCCCCCGGACAAA-GCGGCCGTCA-GGCCCCCATCCC-GGTCGGGCTCTTGACGTCCCGCGAGCGCTCTCGGATGCGGCGGATGCC-GCGGGCTT-CGGGGACTT-CGTTCCCC--GACTCGGAC--CTCGGTCGGTCGTCGAGCCGCCCTC-GTCGAGACG-ACGGC-CGGCCC-GCCGTC-GGGCCCC--TTCCGCCC----CCCGCGGGCGGG--CGGGCG---CCCCGCCG--GCGGCGCCTGC-GT ; END; BEGIN SETS; CHARSET Untitled_Character_Matrix (CHARACTERS = 'Analysis 4: ITS 2+5.8S and ETS indels as fifth state') = 1-944; END; [ The following blocks are output data for analysis step 5219 ] BEGIN TREES; TITLE Tb10627; LINK TAXA = TaxaForAnalysisStep5219; TREE Fig._2B = [&R] (Catopsis_nutans,(((((((Tillandsia_diguetti,Tillandsia_intermedia),(Tillandsia_butzii,((((Tillandsia_palmasolana,Tillandsia_juncea),Tillandsia_concolor),(Tillandsia_paucifolia,'Tillandsia caput-medusae')),Tillandsia_balbisiana))),((Tillandsia_pruinosa,Tillandsia_streptophylla),(Tillandsia_ionantha,Tillandsia_bulbosa)),(((Tillandsia_schiedeana,(Tillandsia_punctulata,Tillandsia_botteri)),(Tillandsia_flabellata,Tillandsia_magnusiana)),Tillandsia_baileyi)),Tillandsia_arizajuliae),(Tillandsia_pseudobaileyi,Tillandsia_achyrostachys)),((Tillandsia_filifolia,Tillandsia_makoyana),(Tillandsia_eizii,Tillandsia_erubescens))),Tillandsia_heterophylla,Viridantha_atroviridipetala),Tillandsia_multicaulis); [! TreeBASE tree URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/tree/TB2:Tr6693] END;