#NEXUS
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TreeBASE (cc) 1994-2008

Study reference:
Halanych K., & Robinson T. 1999. The utility of cytochrome b and 12S rDNA data for
phylogeny reconstruction of leporid (Lagomorpha) genera. Journal of Molecular
Evolution, 48: 369-379.

TreeBASE Study URI:  http://purl.org/phylo/treebase/phylows/study/TB2:S422]

[ The following blocks are input data for analysis step 524 ]
BEGIN TAXA;
        TITLE  TaxaForAnalysisStep524;
        DIMENSIONS NTAX=12;
        TAXLABELS
            Brachylagus_idahoensis
            Bunolagus_monticularis
            Lepus_americanus
            Lepus_californicus
            Lepus_capensis
            Ochotona_princeps
            Oryctolagus_cuniculus
            Pronolagus_crassicaudatus
            Romerolagus_diazi
            Sylvilagus_aquaticus
            Sylvilagus_audubonii
            Sylvilagus_floridanus
            ;
END;

BEGIN CHARACTERS;
[! TreeBASE Matrix URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/matrix/TB2:M2144]

	TITLE 12S;
	LINK TAXA = TaxaForAnalysisStep524;
	DIMENSIONS NCHAR=739;
	FORMAT DATATYPE=DNA SYMBOLS= "A C G T" MISSING=? GAP= -;

MATRIX
[                                     10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220       230       240       250       260       270       280       290       300       310       320       330       340       350       360       370       380       390       400       410       420       430       440       450       460       470       480       490       500       510       520       530       540       550       560       570       580       590       600       610       620       630       640       650       660       670       680       690       700       710       720       730         ]
[                                      .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         ]
Brachylagus_idahoensis        TTCCCCGC---ACCAGTGAGAATGCCCTTAACATCAGTTCAAAGATCAAGAGGAGCAGGTATTAAGCACACTATTAAGTAGCTCAAGATGCCTTGCTTAACCACACCCCCAAGGGAAACAGCAGTGATAGAAATTTAGCAATAAACGAAAGTTTGACTAAGTTATACTACTC-AGGGTTGGTAAATTTCGTGCCAGCCACCGCGGTCATACGATTAACCCAAATTAATAAACACTCGGCGTAAAGCGTGATTAGGATTAGAC---GTAACAAAATAGAATCAAATATCAACTAAACTGTAAAAAGTAATAGTTGCAAACAAAAATTAACAACGAAAGTGGTTTTATTATCTTCGAATTCACGATAGCTAAGACCCAAACTGGGATTAGATACCCCACTATGCTTAGCCCTAAACCTCGATAATTTCATAACAAAATTACCCGCCAGAGAACTACAAGCCAGAGCTTCAAACTCAAAGGACTTGGCGGTGCTTTATACCCGCCTAGAGGAGCCTGTTCTATAATCGATAAACCCCGATAGACCTCACCACTCTTTGCCAACTCAGCCTATATACCGCCATCTTCAGCGAACCCTAAAAAGGGACAAAAGTAAGCTCAATTATTTCCATAAAAACGTTAGGTCAAGGTGTAGCCTATAGAGTGGGAAGCAATGGGCTACATTTTCTATATCAGAATACA--CGAAGACCCTGATGAAACTCAAAGGGTTAAAGGAGGATTT
Bunolagus_monticularis        ATCTCCGC---ACCAGTGAGAATGCCCTTAATATCAAT--ACTGATCAAAAGGAGCAGACATTAAGCACACTAACCAGTAGCTCAAGATGTCTTGCTTAACCACGCCCCCAAGGGATACAGCAGTGATAAAAATTTAGCAATAAACGTAAGTTTGACTAAGTTATGCTACTACAGGGTTGGTAAATTTCGTGCCAGCCACCGCGGTCATACGATTAACCCAAATTAATAAACACTCGGCGTAAAGCGTGATTAGAGATAAAA------TAAAAATAAGTTCAAATAACAACTAAGCCGTAAAAAGTAATAGTTGCAAACAAAAATAAACAACGAAAGTGATTTTACAGTACTCGAATTCACGATAGCTAAGACCCAAACTGGGATTAGATACCCCACTATGCTTAGCCCTAAACCTCAATAATTTCATAACAAAATTATTCGCCAGAGAACTACAAGCCACAGCTTAAAACTCAAAGGACTTGGCGGTGCTTTATACCC-CCTAGAGGAGCCTGTTCTATAATCGATGAACCCCGATAAACCTTACCACTCTTTGCTAAATCAGCCTATATACCGCCATCTTCAGCAAACCCTAAAAAGGAACAAAAGTGAGCTCAATTATCCTCATAAAGACGTTAGGTCAAGGTGTAGCCCATAGAGTGGAAAGCAATGGGCTACATTTTCTACCTCAGAACACA--CGAAAGCCCTAATGAAACT-TAAGG-CTAAAGGAGGATTT
Lepus_americanus              CTCCCCTC---CCCAGTGAGAATGCCCTTAATATCAAT--CTAGATCAAGAGGAGCAGGTATTAAGCACACTAACTAGTAGCTCAAGATGCCTTGCTTAACCACACCCCCAAGGGATACAGCAGTGATAAAAATTTAGCAATGAACGTAAGTTTGACTAAGCTATGCTACTCCAGGGTTGGTAAATTTCGTGCCAGCCACCGCGGTCATACGATTAACCCAAACTAATAAACACCCGGCGTAAAGCGTGATTAGAACATAAG---AAAAAAAAATAAAATCAAATAACAACTAAGCTGTAAAAAGTAATAGTTATAAACAAAAATAAACAACGAAAGTGATTTTATAACCTTCGAACTCACGATAGCTAAGATCCAAACTGGGATTAGATACCCCACTATGCTTAGCCCTAAACCTAGATAATTCCAGAACAAAATTATTCGCCAGAGAACTACAAGCCAGAGCTTAAAACTCAAAGGACTTGGCGGTGCTTTATACCCGCCTAGAGGAGCCTGTTCTATAATCGATAAACCCCGATAAACCTTACCACTCTTTGCCAATTCAGCCTATATACCGCCATCTTCAGCGAACTCTAAAAAGGAGCAAAAGTAAGCTCAATCATCACCATAAAAACGTTAGGTCAAGGTGTAGCCTATAGAGTGGAAAGCAATGGGCTACATTTTCTACTTTAGAACACA--CGAAAGCCCCTATGAAACTCTAGAGGCCAAAGGAGGATTT
Lepus_californicus            ??????????????????????TGCCCTTAATATCAAT--TTAGATCAAGAGGAGCAGGTATTAAGCACACTAACTAGTAGCTCAAGATGCCTTGCTTAACCACACCCCCAAGGGATACAGCAGTGATAAAAATTTAGCAATAAACGTAAGTTTGACTAAGCTATGCTACTCCAGGGTTGGTAAATTTCGTGCCAGCCACCGCGGTCATACGATTAACCCAAACTAATAAACA-TCGGCGTAAAGCGTGATTAGAACAAAAAACAAAAAAAAAATAAAAT?AAATAACAACTAAGCTGTAAAAAGTAATAGTTGTAAACAAAAATAAACAACGAAAGTGATTT?ATAGTCTTCGAACTCACGATAGCTAAGACCCAAACTGGGATTAGATACCCCACTATGCTTAGCCCTAAACTTAGATAATTTCCTAACAAAATTATTCGCCAGAGAACTACAAGCCAGAGCTTAAAACTCAAAGGACTTGGCGGTGCTTTATACCCGCCTAGAGGAGCCTGTTCTATAATCGATAAACCCCGATAAACCTTACCACTCTTTGCCAACTCAGCCTATATACCGCCATCTTCAGCAAACCCTAAAAAGGAGCAAAAGTAAGCTCAATCATCACCATAAAAACGTTAGGTCAAGGTGTAGCCTATAGAGTGGAAAGCAATGGGCTACATTTTCTACCTTAGAACACA--CGAAAGCCCCTATGAAACTCTAGGGGCCAAAGGAGGATTT
Lepus_capensis                CTCCCCTC---TCCAGTGAGAATGCCCTTAATATCAAT--CTAGATCAAGAGGAGCAGGTATTAAGCACACTAACTAGTAGCTCAAGATATCTTGCTTAACCACACCCCCAAGGGATACAGCAGTGATAAAAATTTAGCAATGAACGCAAGTTTGACTAAGCTATGCTACTTTAGGGTTGGTAAATTTCGTGCCAGCCACCGCGGTCATACGATTAACCCAAACTAATAAACACCCGGCGTAAAGCGTGATTAGAACACAAA-----ATAAAAATAAAATCAAATAACAACTAAGCTGTAAAAAGTAATAGTTGCAAACAAAAATAAACGACGAAAGTGATTTCATAGTCTTCGAACTCACGATAGCTAAGATCCAAACTGGGATTAGATACCCCACTATGCTTAGCCTTAAACCTAGATAATTTCATAACAAAATTATTCGCCAGAGAACTACAAGCCAGAGCTTAAAACTCAAAGGACTTGGCGGTGCTTTATACCCGCCTAGAGGAGCCTGTTCTATAATCGATAAACCCCGATAAACCTTACCACTCTTTGCCAACTCAGCCTATATACCGCCATCTTCAGCAAACCCTAAAAAGGAACAAAAGTAAGCTCAATCATCACCATAAAAACGTTAGGTCAAGGTGTAGCCTATAGAGTGGAAAGCAATGGGCTACATTTTCTAGTTCAGAACACA--CGAAAGCCCCTAT?AAACTCTA??????????????????
Ochotona_princeps             ATCCCCGA---ACCGGTGAAAATGCCCTCCAACTCACCCACC-GATTAAGAGGGGCGGGTATTAAG--CACACACTAGTAGCTCAAAATACCTTGCTTAACCACACCCCCAAGGGACACAGCAGTGATAAATCTTAAGCAATAAACGAAAGTTTGACTAAGTTAAACTACATCAGAGTTGGTAAATTTCGTGCCAGCCACCGCGGTCATACGATTAACCCAAATTAACAAAACCCCGGCGTAAAGCGTGTTTAAGACTACAA-------CTCAATAAAGTTAAATAATACCCAAGCTGTAAAAAGCTATAGCTATAATTAAGCCCCT-CAACGAAAGTGACTTTATCACCCTTGAATACACGAAAGCTAGGACCCAAACTGGGATTAGATACCCCACTATGCCTAGCCACAAACCTAAATAGTTAAACAACAAAACTATTCGCCAGAGAACTACTAGCAACAGCTTAAAACTCAAAGGACTTGGCGGTGCTTTATACCCACTTAGAGGAGCCTGTTCTATAATCGATAAACCCCGCTCCACCTCACCACCCTTTGCTAACTCAGCCTGTATACCGCCATCTCCAGCAAACCCTAAAAAGGTATCATAGTAAGCCCAATAA-CCCCATAAAAACGTTAGGTCAAGGTGTAGCCCATAGGGTGGGAAGCAATGGGCTACATTTTCTTATATAGAACACATACGAAAGCCCATGTGAAACCATAGG--CCGAAGGCGGATTT
Oryctolagus_cuniculus         CTACTCCTCACGCCAGTGA-AATGCCCTTAACATCAAA--CTAGATCAAGAGGAGCGGACATTAAGCACAGTAATCAGTAGCTCAAGATGCCTTGCTTAACCACACCCCCAAGGGATACAGCAGTGATAAATATTTAGCAATGAACGTAAGTTTGACTAAGTTATGCTACTTTAGGGTTGGTAAATCTCGTGCCAGCCACCGCGGTCATACGATTAACCCAAATTAATAAATATCCGGCGTAAAGCGTGATTAGAATAAACA------ACAAAATAAAATCAAATAACAACTAAGCTGTAGAAAGTAATAGTTGCAAACAAAAATAAACAACGAAAGTGATTTTATACTCTTCGAACTCACGATAGCTAAGGCCCAAACTGGGATTAGATACCCCACTATGCTTAGCCCTAAACTTTGATAATTTCATAACAAAATTATTCGCCAGAGAACTACAAGCCAAAGCTTAAAACTCAAAGGACTTGGCGGTGCTTTATACCCACCTAGAGGAGCCTGTTCCGTAATCGATAAACCCCGATAAACCCTACCACTCTTTGCCAACTCAGCCTATATACCGCCATCTTCAGCGAACCCTAAAAAGGAGCAAAAGTAAGCTCAATTACCACCGTAAAAACGTTAGGTCAAGGTGTAGCCCATAGAGTGGAGAGCAATGGGCTACATTTTCTACTTCAGAATATA--CGAAAGCCCTTATGAAACTCTAAGGGCCAAAGGAGGATTT
Pronolagus_crassicaudatus     TTCCCCAT---GCCAGTGAGAATGCCCTTAACATCAAC--CCAGATCAAGAGGAGTAGGCATTAAGCACACCAGCCGGTAGCTCACGACGCCTTGCTCACCCACACCCCCAAGGGATACAGCAGTGAATTAAACTTAGCAATGAACGAAAGTTCGACTGAGTTATGCTACTTAAGGGTTGGTAAATTTCGTGCCAGCCACCGCGGTCATACGATTAACCCAAACTAATAAATACCCGGCGTAAAGTGTGATTAGAAGTAAAT------GAAAAATAAAATCAAATAGCGTTTAAGCTGTAAAAAGTACTAACCACGAACAAAAATAATCAACGAAAGTGATCTTATAATTTTCGAACTCACGAGAGCTAAGACCCAAACTGGGATTAGATACCCCACTATGCTTAGCCCTAAACCTTAATAGTTTCATAACAAAACTATTCGCCAGAGAACTACAAGCCAGAGCTTAAAACTCAAAGGACTTGGCGGTGCTTTATACCCGCCTAGAGGAGCCTGTTCTATAATCGATAATCCCCGATAAACCCTACCTCTCTTTGCCAACTCAGCCTATATACCGCCATCTCCAGCGAACCCTGAAAAGGAGCAAAAGTGAGCTCAATCA-CCCCATAAAAACGTTAGGTCAAGGTGTAGCCTATGGAGTGGAAAGCAATGGGCTACATTTTCTACTATAGAATACA--CGGAACTCCCTGTGAAACC-TAGGGACCAAAGGAGGATTT
Romerolagus_diazi             AACCCCGC---ACCAGTGAGAATGCCCTTAACATCAAC--CCAGATCAAGAGGAGCAGACATTAAGTACACTTCCCAGTAGCTCAAAATGTCTTGCTCAACCACACCCCCAAGGGATACAGCAGTGATAAAAATTTAGCAATCAACGTAAGTTTGACTAAGTTATACTACTTCAGGGTTGGTAAATCTCGTGCCAGCCACCGCGGTCATACGATTAACCCAAATTAATAAACACCCGGCGTAAAGCGTGATTAGAAACAAAA------CACAAATAAAATCAAATAACAACTAAGCTGTAAAAAGTAATAGTTGTAAACAAAAATAAACTACGAAAGTGATTTTATAACATTCGAACTCACGATAGCTAAGACCCAAACTGGGATTAGATACCCCACTATGCTTAGCCCTAAACCTAAATAATTT-ATAACAAAATTGTTCGCCAGAGAAGTACAAGCCAGAGCTTAAAACTCAAAGGACTTGGCGGTGCTTTACACCCACCTAGAGGAGCCTGTTCTATAATCGATAAACCCCGATAAACCTTACCACTCTTTGCCAATTCAGCCTATATACCGCCATCTTCAGCGAACCCTAAAAAGGAACAAAAGTAAGCTTAATTATTCTCATAAAAACGTTAGGTCAAGGTGTAGCCTATAGAGTGGAAAGTAATGGGCTACATTTTCTATATTAGAACATA--CGAAAGCCCTTATGAAATCTTAGGG-CCAAAGGAGGATTT
Sylvilagus_aquaticus          ATCCCCAC---ACCGGTGAGAATGCCCTCAACATCAGC--ATAGATCAAGAGGAGCGGGCATTAAGCAC?CCAATCAGCAGCTCAAGATGCCTTGCTTAACCACACCCCCAAGGAAAACAGCAGTGATAAAAATTTAGCAATGAACGTAAGTTTGACTAAGTTATGCTACTCTAGGGTTGGTAAATTTCGTGCCAGCCACCGCGGTCATACGATTAACCCGAACTAATAAACACCCGGCGTAAAGCGTGATTAGAACTAAAG-----ATACAAATAGAGTCAAATAACAACTAAGCTGTAAAAAGTAATAGCTGTAAACAAAAATAAACAACGAAAGTGATTCTACAACCTTCGAACTCACGATAGCTAAGACCCAAACTGGGATTAGATACCCCACTATGCTTAGCCCTAAACTTAAATAATTTCATAACAAAATTACTCGCCAGAGAACTACAAGCCAGAGCTTGAAACTCAAAGGACTTGGCGGTGCTTTATACCCACCTAGAGGAGCCTGTTCTATAATCGATAAACCCCGATAAACCTTACCACTCTTTGCCAACTCAGCCTATATACCGCCATCTTCAGCGAACCCTAAAAAGGAACAAAAGTAAGCTCAATTATCCCCATAAAAACGTTAGGTCAAGGTGTAGCCTATAGAGTGGAAAGCAATGGGCTACATTTTCTTCTCCAGAACATA--CGAAAGCCCTTATGAAACTCTGAGGGCCAAAGGAGGATTT
Sylvilagus_audubonii          ATCCCCAT---ACCGGTGAGAATGCCCTTAACATCAAC--ATAGATCAAGAGGAGCAGGCATTAAGCACACTAATAAGTAGCTCAAGATGCCTTGCTTAACCACACCCCCAAGGGAAACAGCAGTGATAGAAATTTAGCAATGAACGTAAGTTTGACTAAGTTATGCTACTCTAGGGTTGGTAAATTTCGTGCCAGCCACCGCGGTCATACGATTAACCCAAACTAATAAATACCCGGCGTAAAGCGTGATTAGAGCTAAAA----TAGAAAAATAAAATCAAATAACAACTAAGCTGTAAAAAGTAATAGTTGTAAACAAAAATAAACAACGAAAGTGATTTTACAACCTTCGAACTCACGATAGCTAAGATCCAAACTGGGATTAGATACCCCACTATGCTTAGCCCTAAACCTGAATAATTTTATAACAAAATTACTCGCCAGAGAACTACAAGCCAGAGCTTAAAACTCAAAGGACTTGGCGGTGCTTTATACCCGCCTAGAGGAGCCTGTTCTATAATCGATAAACCCCGATAAACCTTACCACTCTTTGCCAACTCAGCCTATATACCGCCATCTTCAGCGAACCCTAAAAAGGAATAAAAGTAAGCTCAACTATTGCCATAAAAACGTTAGGTCAAGGTGTAGCCTATAGAGTGGAAAGCAATGGGCTACATTTTCTTCTTCAGAACAT?--CGAAAGCCCTTATGAAATTCTAAGGGCCAAAGGAGGATTT
Sylvilagus_floridanus         ????????????????????AATGCCCTTAACAT?AAT--TTAGATCAAGAGGAGCAGGCATTAAGCACACTATTTAGTAGCTCAAGATGCCTTGCTTAACCACACCCCCAAGGAAAACAGCAGTGATAGAAATTTAGCAATGAACGCAAGTTTGACTAAGTTATGCTACTCTAGGGTTGGTAAATTTCGTGCCAGCCACCGCGGTCATACGATTAACCC-AACTAATAAATTCCCGGCGTAAAGCGTGATTAGAATCAAAA---CAGAAAAAATAAAATCAAATAACAACTAAGCTGTAAAAAGTAATAGTTACAAACAAAAATAAACAACGAAAGTGATTTTATAACCTTCGAACTCACGATAGCTAAGACCCAAACTGGGATTAGATACCCCACTATGCTTAGCCTTAAACTTAAATAATTCCATAACAAAATTACTCGCCAGAGAACTACAAGCCAGAGCTTAAAACTCAAAGGACTTGGCGGTGCTTTATACCCACCTAGAGGAGCCTGTTCTATAATCGATAAACCCCGATAAACCTTACCACTCTTTGCCAACTCAGCCTATATACCGCCATCTTCAGCGAACCCTAAAAAGGAAAAAAACTAAGC?CAATTATCCCCATAAAAACGTTAGGTCAAGGTGTAGCCTATAGAGTGGAAAGTAATGGGCTAGATTTTCTACTTCAGAACATA--CGAAAGCCCTTATGAAACTCTGAGAGCCAAAGGAGGATTT
;
END;

BEGIN SETS;
	CHARSET 12S (CHARACTERS = 12S) =  1-6 13-36 43-261 271-695 700-739;
	CHARSET 12S (CHARACTERS = 12S) =  1-6 13-36 43-261 271-695 700-739;
	CHARSET all_but_ambig (CHARACTERS = 12S) =  1-6 13-36 43-261 271-695 700-739;
	CHARSET 12Sambig (CHARACTERS = 12S) =  7-12 37-42 262-270 696-699;
END;
BEGIN CODONS;
CODONPOSSET * CodonPositions (CHARACTERS = 12S) = 
		N: 1-739;
CODONPOSSET  CodonPositions (CHARACTERS = 12S) = 
		N: 1-739;
END;
[ The following blocks are output data for analysis step 524 ]
BEGIN TREES;
      TITLE Tb5304;
      LINK TAXA = TaxaForAnalysisStep524;
      TREE Fig._3A = [&R] ((((((Brachylagus_idahoensis,Sylvilagus_floridanus),(Sylvilagus_aquaticus,Sylvilagus_audubonii)),(((Lepus_americanus,Lepus_californicus),Lepus_capensis),Oryctolagus_cuniculus)),(Romerolagus_diazi,Bunolagus_monticularis)),Pronolagus_crassicaudatus),Ochotona_princeps);
[!  TreeBASE tree URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/tree/TB2:Tr3438]


END;