#NEXUS [!This data set was downloaded from TreeBASE, a relational database of phylogenetic knowledge. TreeBASE has been supported by the NSF, Harvard University, Yale University, SDSC and UC Davis. Please do not remove this acknowledgment from the Nexus file. Generated on May 05, 2024; 0:30 GMT TreeBASE (cc) 1994-2008 Study reference: Uzuhashi S., Tojo M., & Kakishima M. 2010. Phylogeny of the genus Pythium and description of new genera. Mycoscience, 51(5): 337-365. TreeBASE Study URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/study/TB2:S10152] [ The following blocks are input data for analysis step 5353 ] BEGIN TAXA; TITLE TaxaForAnalysisStep5353; DIMENSIONS NTAX=127; TAXLABELS Albugo_occidentalis Albugo_tragopogonis Apodachlya_pyrifera Basidiophora_entospora Bremia_lactucae Dictyuchus_sterilis Elongisporangium_sp_ZSF0056 Elongisporangium_undulatum Globisporangium_heterothallicum Globisporangium_intermedium Globisporangium_irregulare_UZ370 Globisporangium_iwayamae_OPU1450 Globisporangium_macrosporum_UZ233 Globisporangium_nodosum Globisporangium_nunn_UZ041 Globisporangium_okanoganense_OPU1443 Globisporangium_paddicum_OPU1438 Globisporangium_paroecandrum Globisporangium_rostratifingens_OPU1440 Globisporangium_rostratifingens_UZ354 Globisporangium_rostratum_OPU1441 Globisporangium_sp_UZ164 Globisporangium_sp_UZ182 Globisporangium_sp_UZ213 Globisporangium_sp_UZ249 Globisporangium_sp_UZ253 Globisporangium_sp_UZ260 Globisporangium_sp_UZ275 Globisporangium_sp_UZ277 Globisporangium_sp_UZ284 Globisporangium_sp_UZ290 Globisporangium_sp_UZ304 Globisporangium_sp_UZ318 Globisporangium_sp_UZ382 Globisporangium_sp_UZ400 Globisporangium_sp_UZ416 Globisporangium_sp_UZ636 Globisporangium_sp_ZSF0030 Globisporangium_sp_ZSF0069 Globisporangium_spinosum_UZ150 Globisporangium_splendens_UZ174 Globisporangium_sylvaticum_UZ307 Globisporangium_ultimum_UZ056 Globisporangium_uncinulatum_Py2 Hyaloperonospora_erophilae Hyaloperonospora_parasitica Lagenidium_callinectes Lagenidium_giganteum Lagenidium_humanum Lagenidium_thermophilum Leptomitus_lacteus Ovatisporangium_boreale Ovatisporangium_helicoides Ovatisporangium_oedichilum Ovatisporangium_ostracodes Ovatisporangium_sp_UZ230 Ovatisporangium_sp_UZ248 Ovatisporangium_sp_UZ287 Ovatisporangium_vexans_UZ215 Ovatisporangium_vexans_UZ309 Paraperonospora_leptosperma Peronospora_aestivalis Peronospora_aparines Peronospora_arvensis Peronospora_boni_henrici Peronospora_calotheca Peronospora_conglomerata Peronospora_hiemalis Peronospora_lamii Peronospora_sanguisobae Peronospora_trivialis Peronospora_variabilis Phytophthora_boehmeriae Phytophthora_cactorum Phytophthora_capsici Phytophthora_cinnamomi Phytophthora_citricola Phytophthora_erythroseptica Phytophthora_gonapodyides Phytophthora_heveae Phytophthora_ilicis Phytophthora_insolita Phytophthora_multivesiculata Phytophthora_nicotianae Phytophthora_palmivora Phytophthora_quercina Phytophthora_ramorum Phytophthora_syringae Pilasporangium_apinafurcum_UZ300 Pilasporangium_apinafurcum_UZ301 Plasmopara_densa Plasmopara_megasperma Plasmopara_obducens Plasmopara_pusilla Plasmopara_viticola Pseudoperonospora_humuli Pseudoperonospora_urticae Pythiopsis_cymosa Pythium_acanthicum_UZ352 Pythium_aphanidermatum_UZ051 Pythium_aquatile_UZ216 Pythium_arrhenomanes Pythium_catenulatum_UZ264 Pythium_caudatum Pythium_deliense Pythium_dissotocum_UZ159 Pythium_graminicola Pythium_inflatum Pythium_insidiosum Pythium_monospermum Pythium_myriotylum Pythium_oligandrum Pythium_sp_OPU1448 Pythium_sp_OPU1449 Pythium_sp_UZ156 Pythium_sp_UZ190 Pythium_sp_UZ379 Pythium_sp_UZ419 Pythium_sp_UZ655 Pythium_sp_ZSF0011 Pythium_sulcatum Pythium_torulosum_UZ357 Pythium_vanterpoolii_OPU1445 Pythium_volutum_OPU1446 Saprolegnia_ferax Saprolegnia_parasitica Sapromyces_elongatus ; END; BEGIN CHARACTERS; [! TreeBASE Matrix URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/matrix/TB2:M4548] TITLE COX_II; LINK TAXA = TaxaForAnalysisStep5353; DIMENSIONS NCHAR=581; FORMAT DATATYPE=DNA SYMBOLS= "A C G T" MISSING=? 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((Albugo_tragopogonis,Albugo_occidentalis),(((((Pythium_sp_ZSF0011,(Pythium_acanthicum_UZ352,(Pythium_oligandrum,Pythium_sp_UZ655))),((Pythium_sp_OPU1449,(Pythium_caudatum,(Pythium_aquatile_UZ216,(Pythium_sp_UZ156,(Pythium_sp_UZ419,(Pythium_monospermum,Pythium_dissotocum_UZ159)))))),(((Pythium_sulcatum,Pythium_myriotylum),((((Pythium_vanterpoolii_OPU1445,(Pythium_sp_OPU1448,Pythium_volutum_OPU1446)),(Pythium_sp_UZ190,Pythium_arrhenomanes)),(Pythium_inflatum,Pythium_graminicola)),(Pythium_sp_UZ379,(Pythium_catenulatum_UZ264,Pythium_torulosum_UZ357)))),(Pythium_insidiosum,(Pythium_deliense,Pythium_aphanidermatum_UZ051))))),((((Globisporangium_splendens_UZ174,(Globisporangium_ultimum_UZ056,(Globisporangium_sp_UZ284,(Globisporangium_sp_UZ249,Globisporangium_heterothallicum)))),(((Globisporangium_sp_UZ182,(Globisporangium_sp_UZ416,(Globisporangium_rostratum_OPU1441,(Globisporangium_rostratifingens_UZ354,Globisporangium_rostratifingens_OPU1440)))),(Globisporangium_uncinulatum_Py2,((Globisporangium_sp_UZ277,Globisporangium_nunn_UZ041),(Globisporangium_nodosum,Globisporangium_sp_UZ253)))),((Globisporangium_sp_UZ290,(Globisporangium_sp_UZ636,(Globisporangium_sp_UZ260,(Globisporangium_sp_UZ275,Globisporangium_sp_UZ304)))),((Globisporangium_sp_UZ318,((Globisporangium_sylvaticum_UZ307,(Globisporangium_sp_ZSF0069,(Globisporangium_sp_ZSF0030,Globisporangium_intermedium))),(Globisporangium_sp_UZ164,Globisporangium_irregulare_UZ370))),((Globisporangium_sp_UZ400,(Globisporangium_sp_UZ213,(Globisporangium_macrosporum_UZ233,(Globisporangium_okanoganense_OPU1443,(Globisporangium_paddicum_OPU1438,Globisporangium_iwayamae_OPU1450))))),(Globisporangium_paroecandrum,(Globisporangium_spinosum_UZ150,Globisporangium_sp_UZ382))))))),(((Phytophthora_nicotianae,Phytophthora_cactorum),(((Phytophthora_cinnamomi,(Phytophthora_capsici,Phytophthora_citricola)),(Phytophthora_erythroseptica,Phytophthora_syringae)),(((Phytophthora_multivesiculata,(Phytophthora_palmivora,Phytophthora_quercina)),(Hyaloperonospora_erophilae,((Phytophthora_boehmeriae,Phytophthora_heveae),(Phytophthora_insolita,Phytophthora_gonapodyides)))),((((((Peronospora_aparines,Peronospora_calotheca),(Peronospora_conglomerata,(Peronospora_sanguisobae,((Peronospora_boni_henrici,Peronospora_trivialis),(Peronospora_hiemalis,Peronospora_variabilis))))),(Peronospora_arvensis,(Peronospora_lamii,Peronospora_aestivalis))),(Pseudoperonospora_urticae,Pseudoperonospora_humuli)),(Hyaloperonospora_parasitica,((Basidiophora_entospora,(Paraperonospora_leptosperma,Bremia_lactucae)),((Plasmopara_viticola,(Plasmopara_megasperma,Plasmopara_pusilla)),(Plasmopara_obducens,Plasmopara_densa))))),(Phytophthora_ramorum,Phytophthora_ilicis))))),((((Ovatisporangium_helicoides,Ovatisporangium_sp_UZ248),((Ovatisporangium_oedichilum,(Ovatisporangium_boreale,(Ovatisporangium_ostracodes,Ovatisporangium_sp_UZ230))),(Ovatisporangium_sp_UZ287,(Ovatisporangium_vexans_UZ309,Ovatisporangium_vexans_UZ215)))),(Sapromyces_elongatus,((Apodachlya_pyrifera,Leptomitus_lacteus),(Dictyuchus_sterilis,(Saprolegnia_parasitica,(Saprolegnia_ferax,Pythiopsis_cymosa)))))),(Pilasporangium_apinafurcum_UZ301,Pilasporangium_apinafurcum_UZ300)))),(Elongisporangium_undulatum,Elongisporangium_sp_ZSF0056))),(Lagenidium_humanum,Lagenidium_giganteum)),(Lagenidium_callinectes,Lagenidium_thermophilum))); [! TreeBASE tree URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/tree/TB2:Tr6483] END;