#NEXUS [!This data set was downloaded from TreeBASE, a relational database of phylogenetic knowledge. TreeBASE has been supported by the NSF, Harvard University, Yale University, SDSC and UC Davis. Please do not remove this acknowledgment from the Nexus file. Generated on November 13, 2026; 17:44 GMT TreeBASE (cc) 1994-2008 Study reference: Wilson N., Rouse G., & Giribet G. 2010. Assessing the molluscan hypothesis Serialia (Monoplacophora + Polyplacophora) using novel molecular data. Molecular Phylogenetics and Evolution, 54(1): 187-193. TreeBASE Study URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/study/TB2:S10233] [ The following blocks are input data for analysis step 5544 ] BEGIN TAXA; TITLE TaxaForAnalysisStep5544; DIMENSIONS NTAX=110; TAXLABELS Abra_nitida Acanthochitona_crinita Alcadia_dysonia Anodonta_sp Anomia Antalis_entalis Antalis_pilsbryi Aperostoma_palmeri Arca Architeuthis_dux Astarte_castanea Balcis_eburnea Bathymargarites_symplector Bathypolypus_arcticus Bolinus_brandaris Cadulus_subfusiformis Callistochiton_antiquus Callochiton_septemvalvis Cardita_calyculata Cellana Chaetoderma_nitidulum Chaetopleura_apiculata Chamelea_striatula Chiton_olivaceus Chlamys_varia Cocculina Corbicula Cranchia_scabra Crepidula_fornicata Creseis_sp Cryptochiton_stelleri Cryptoplax_japonica Cyathermia_naticoides Dentalium_inaequicostatum Depressigyra_globulus Diodora_graeca Dreissena_polymorpha Entalina_tetragona Entemnotrochus_adansonianus Epimenia_cinerea Eulepetopsis_vitrea Fustiaria_rubescens Graneledone Haliotis Helicoradomenia_sp Heteroteuthis_hawaiiensis Histioteuthis_hoylei Idiosepius_pygmaeus Ischnochiton_comptus Laevipilina_antarctica Laevipilina_hyalina_Giribet Laevipilina_hyalina_Rouse Lepetodrilus_elevatus Lepidopleurus_cajetanus Lepidoteuthis_grimaldii Leptochiton_asellus Limaria Lineus_bilineatus Littorina_littorea Loligo_pealei Lorica_volvox Loxosomella_murmanica Margaritifera_auricularia Mercenaria_mercenaria Micromelo_undatus Mopalia_muscosa Moroteuthis_knipovitchi Mya_arenaria Mytilus_galloprovincialis Nautilus_pompilius Nautilus_scrobiculatus Neotrigonia_margaritacea Nerita_funiculata Novocrania_anomala Nucula_sulcata Nuculana_minuta Ommastrephes_bartrami Onchidella_sp Ophicardelus_ornatus Ostrea_edulis Paranerilla_limicola Parvicardium_minimum Peltodoris_atromaculata Perotrochus_midas Phascolion_strombi Phaxas_pellucidus Philine_aperta Pomacea_bridgesi Pteria Pulsellum_affine Raphitoma_linearis Rhabdus_rectius Rossia_palpebrosa Salinator_solida Scutopus_ventrolineatus Sepia_officinalis Sepiola_affinis Sinezona_confusa Siphonaria_pectinata Siphonodentalium_lobatum Solemya_velum Spirula_spirula Stauroteuthis_syrtensis Symbion Theodoxus_fluviatilis Tonicella_lineata Truncatella_guerini Vampyroteuthis_infernalis Viviparus_georgianus Yoldia_limatula ; END; BEGIN CHARACTERS; [! TreeBASE Matrix URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/matrix/TB2:M4940] TITLE 'GBlocked_Musc.nex'; LINK TAXA = TaxaForAnalysisStep5544; DIMENSIONS NCHAR=5422; FORMAT DATATYPE=DNA SYMBOLS= "A C G T" MISSING=? GAP= -; MATRIX [ 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 230 240 250 260 270 280 290 300 310 320 330 340 350 360 370 380 390 400 410 420 430 440 450 460 470 480 490 500 510 520 530 540 550 560 570 580 590 600 610 620 630 640 650 660 670 680 690 700 710 720 730 740 750 760 770 780 790 800 810 820 830 840 850 860 870 880 890 900 910 920 930 940 950 960 970 980 990 1000 1010 1020 1030 1040 1050 1060 1070 1080 1090 1100 1110 1120 1130 1140 1150 1160 1170 1180 1190 1200 1210 1220 1230 1240 1250 1260 1270 1280 1290 1300 1310 1320 1330 1340 1350 1360 1370 1380 1390 1400 1410 1420 1430 1440 1450 1460 1470 1480 1490 1500 1510 1520 1530 1540 1550 1560 1570 1580 1590 1600 1610 1620 1630 1640 1650 1660 1670 1680 1690 1700 1710 1720 1730 1740 1750 1760 1770 1780 1790 1800 1810 1820 1830 1840 1850 1860 1870 1880 1890 1900 1910 1920 1930 1940 1950 1960 1970 1980 1990 2000 2010 2020 2030 2040 2050 2060 2070 2080 2090 2100 2110 2120 2130 2140 2150 2160 2170 2180 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. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ] Abra_nitida 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Acanthochitona_crinita 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Antalis_entalis 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Antalis_pilsbryi 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Aperostoma_palmeri 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Bathypolypus_arcticus 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Bolinus_brandaris 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Cadulus_subfusiformis 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Chaetopleura_apiculata 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Chamelea_striatula 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Chiton_olivaceus 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Cyathermia_naticoides 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Diodora_graeca 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Eulepetopsis_vitrea 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Graneledone 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Heteroteuthis_hawaiiensis 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Ischnochiton_comptus CGTAAATCTACAGGAGGAAAGGCTCCCAGAAAACAGCTGGCCACCAAGGCGGCTAGGAAGAGCGCTCCAGCTACCGGAGGTGTGAAGAAACCTCACAGGTACAGGCCCGGAACCGTAGCTCTCCGTGAGATCCGTCGTTACCAGAAGAGCACTGAACTTCTCATCCGAAAACTCCCCTTCCAGCGCCTGGTACGTGAAATCGCCCAGGATTTCAAGACTGATCTGCGCTTCCAGAGCTCAGCCGTAATGGCGCTACAAGAGGCCAGCGAATCTTACCTGGTGGGTTTGTTTGAGGACACGAACCTGTGCGCCATCCACGCCAAACGAGTAAGCAGAACTGGCGCTGTGGGATGAACCAAACGTGCGGTTAAGGCGCCCGAATCTGACGCTCATCAGATACCATAAAAGGTGTTGGTTGATATAGACAGCAGGACGGTGGCCATGGAAGTCGGAACCCGCTAAGGAGTGTGTAACAACTCACCTGCCGAATCAACTAGCCCTGAAAATGAATGGCGCTAGAGCGTCGTGCCTATACCGCACCGTAGCGTGCGATGCAGGCGGCGACGAGTAGGAGGGCCGCTGTGGTGAGCGCCGACAGGACGCGAGTCCGGGTGGAGCCGCCACAGGTGCAGATCTTGGTGGTAGTAGCAAATATTCAAACGAGAAC-TTGAAGACTGAAGTGGAGAAGGGTTCCATGTGAACAGCAGTTGAACATGGGTCAGTCGGTCCTAAGAGATAGGAAAACCCCGTTCTGAAACGGGGCACCCGTCATCGAAAGGGAATCGGGTTCATATTCCCGAACCCGGACACGGAGGGTCAGCGGCGACGCAAACGAACTCGGAGACGCCGGCAGGAGTCCCGGGAAGAGTTCTCTTTTCTTTGTAAGGAACTCCCTGGAATCGGTTTGCCCGGAGATAGGGACGTTGTCCGTAAAGCACCGCGGCTCTTGCGGTGTCCGGTGCACTCCTGTTGGCCCTTGAAAATCCGTGTGATTTTCGTGCCGGCCGTACCCATATCCGCAGCAGGTCTGCTCTTTAAAAATAAGAGTCGTGCCTGCCCTTCAACGGCCGCAGTACTGACTGTGCTAAGGTAGCATAATCATTTGCCTTTTAATTGGAGGCTGAATGAATGGCTTGACGAGAATTTTTCTGTCTCTATATTAAATATAAATTAATTTTTAGGTGCAGAAGCCTAAATAAAAACGAAAGACGAAAAGACCCTATCGAGCTAATTATTTTTCTGTTCTTTGGTTGGGGCATAAGAATCAGCTTATAAA---TAGTTAAAAAGATCT-----AAAAATAAGATAAGTTACCGTAGGGATAACAGCGTAATTTTTTTGAAGAGTTCATATTGAAGGAAAAGTTTGCGACCTCGATGTTGGATTAGTACCTTTAGAAGAAGCTTTAAAGGGGGTCTGTTCGACCTTTAATTTTCTACAAAGGTGAACCTCTAGT-GATAGAACAATGTAGGTAAGGGAAGTCGGCAAATTAGATCCGTAACTTTGGGAAAAGGGTTGGCTCTACGGACCGGGCAGGTCGGGCTGTGAAGGGGACGGGCGCGGGCTGGGGACCGCCGTCTCAAACCGTGGACTGCTTCAGCTGCGGCCTTTCGGCGGTACGCTTCGGCCTGCGATTAACGGCCGACGTAGAACTGGTACGGACCGGGGGAATCCGACTGTCTAATTAAAACATAGCATTGCGATGGCCGCCACCAGGTGTTGACGCAATGTGATTTCTGCCCAGTGCTCTGAATGTCAAAGTGAAGAAATTCAATCAAGCGCGGGTAAACGGCGGGAGTAACTATGACTCTCTTAAGGTAGCCAAATGCCTCGTCATCTAATTAGTGACGCGCATGAATGGATTAACGAGATTCCTACTGTCCCTATCTACTATCTAGCGAGCCCGCAGGGAGAGGAACGGATCTGGCAT-GACGGCGGGGAAAGAAGACCCTGTTGAGCTTGACTCTACTTCGACTCTGTGAAGAGACATGAAGGGTGTAGCATAAGTGGGAGCGCAATTGAAATACCACTACTTTCATCGTTTCTTTACTTATTCAGTTATGCGGAGACGCAAGCTCCTCGGTTCTGGAGCTCGGCTTCGTCGGGATCCGCTGATGACAGTGTCAGGC??????????????????????????????????????AGTACAGACTGAAACCGCAAATGGCTCATTAAATCAGTTATGATTTCTTAGATCTGGATAACTGTGGTAATTCTAGAGCTAATACATGAACTCCGCTCCGACCGGGGAAGAGCGCTTCTATTAGCCGGG--TTTCGGCCCGTTGGTGAATCTGAATAACTTTGTGCTGATCGCATGGCCGCGACGTATCTTTCAAGTGTCTGCCCTATCAACTTTCGATGGTACGCGATATGCCTACCATGGTCGTAACGGGTAACGGAGAATCAGGGTTCGATTCCGGAGAGGGAGCATGAGAAACGGCTACCACATCCAAGGAAGGCAGCAGGCGCGCAAATTACCCACTCCTGGCACGGGGAGGTAGTGACGAAAAATAACAATACGGGATCTCGAGGCCCCGTAATTGGAATGAGTACACTTTAAATCCTTTAACGAGGATCCATTGGAGGGCAAGTCTGGTGCCAGCAGCCGCGGTAATTCCAGCTCCAATAGCGTATATTAAAGTTGTTGCAGTTAAAAAGCTCGTAGTTGGATCTCAGGTGAGGTCCCCCACCGGTGCTCTTGATTGGGTGTCCAGAACGTTTACTTTGAAAAAATTAGAGTGTTCAAAGCAGGCGCTGCCTGAATAATGGTGCATGGAATAATGGAACAGGACCTCGGTTCTATTTGTTGGTTTTGAGGTAATGATTAGGAGGGACAGACGGGGGCATTCGTATTACGGTGTTAGAGGTGAAATTCTTGGATCGCCGTAAGACGAACTACTGCGAAAGCATTTGCCAAGAATGTTTTCATTAATCAAGAACGAAAGTCAGAGGTTCGAAGACGATCAGATACCGTCGTAGTTCTGACCATAAACGATGCCGACTAGCCATCCGCCGGAGTTGTTTCAGACTCGGCGGGCAGCCGGGAAACCAAGTTTGTGGGTTCCGGGGGAAGTATGGTTGCAAAGCTGAAACTTAAAGGAATTGACGGAAGGGCACCACCAGGAGTGGAGCCTGCGGCTTAATTTGACTCAACACGGGGAAACTCACCCGGCCCGGACACTGTAAGGATTGACAGATTGAGAGCTCTTTCTTGATTCGGTGGGTGGTGGTGCATGGCCGTTCTTAGTTGGTGGAGCGATTTGTCTGGTTAATTCCGATAACGAACGAGACTCTAGCCTATTAAATATTCGCCGATCTTCTTAGAGGGACAAGTGGCGTATAGCCACACGAAATTGAGCAATAACAGGTCTGTGATGCCCTTAGATGTTCGGGGCCGCACGCGCGCTACACTGAAGGACTCAGCGTGTCTCCTGGCCTGCAAAGCGGGTAACCCGTTGAACCTCCTTCGTGATAGGGATTGGGGCTTGTAATTCTTCCCCATGAACGAGGAATTCCCAGTAAGCGCGAGTCATCAGGTCGTGTTGATTACGTCCCTGCCCTTTGTACACACCGCCCGTCGCTACTACCGATTGAATGGTTTAGTGAGATCCTCGGATTGGGGTGGGCGCCAAGTCGGAGAAGTTGCTCGAACTTGATCATTTAGAGGAAGTAAA??????????????????CCAAGGAGTCTAGCATGTGCGCGGGTCATTGGGTAAACCTAAAAGCGAAATGAAAGTGAAGCAGCCTCGGGGCCCAGGTAGGATCCCGGTCGCGGCCTGGCGCACTACCCGCTCTGCGG-TGCGGCGGAGAGCGTACACGCTGGGACCCGAAAGATGGTGAACTATGCCTGAGTAGGACGAAGCCAGAGGAAACTCTGGTGGAAGTCCGTAGCGGTTCTGACGTGCAAATCGATCGTCGAACTTGGGTATAGGGGCGAAAGACTAATCGAACCATCTAGTAGCTGGTTCCCTCCGAAGTTTCCCTCAGGATAGCTGGCACGCAGTTTTATCCGGTAAAGCGAATGATTAGAGGCCTTGGGGCGAAACGACCTCAACCTATTCTCAAACTTTAAATGGGTAAGACCGGCTCGCTCGATGGAGCCGGGCCGAAAGTGCCCAGTGGGCCACTTTTGTAACCAGGATTTCCGCAGTAACGGCGAGTGAAGCGGAAAAGCCCAGCGCCGAATCCCGTTGGGACATGTGGTGCATAGGACAGCCTCTGACGCTCT-GGGAGTCCTCCTGATCGGGGCCTCCCACAGCGGGTGTTAGACCTCTGCATCCGGTGTAGCGTCCCCAGAGTCGGGTTGTTTGTGAATGCAGCCCAAAGGGGTGGTAAACTCCATCTAAGGCTAAATACTTGCACGTGTCCGATAGCAGACAAGTACCGTGAGGGAAAGTTGAAAAGAACTTTGAAGAGAGAGTTCAACAGTACGTGAAATTGCCCAGAGCCAAACGGGTGGAGCTGCGCCTGGGAATTCAACCCAAGTCTGGCG--CCCGGATCCCCGACAGCGGGCGTGGTGCACTTTCCGCGAGTCGCCACGACCGGCGGGCCTAAAA----AGTTGAAGCT-GTCGGGCCGTCGAGGATCACCGTGCCCGGCTCGATCGCGACAACCGACTACTGCGACGACGCTCTCACTTCGGGTCTGTGGCGCTCTGTCGGCCCTCCCCCCGACCCGTCTTGAAACACGGA??????????????????????????????????????????????????????????GGTTGTTAATTCGTGCAGAATTAGGGCAA---CCTGGGGC---TCTTTTAGGAGA------TGATCAGTTATATAACGTTATTGTTACTGCTCATGCTTTTGTAATAATTTTTTTTTTGGTTATGCCAATAATGATTGGTGGCTTTGGAAATTGATTAGTACCATTAATACTTGGGGCACCTGATATAGCCTTTCCTCGAC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Lepetodrilus_elevatus 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Leptochiton_asellus 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Littorina_littorea 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Margaritifera_auricularia 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Mercenaria_mercenaria 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Micromelo_undatus 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Moroteuthis_knipovitchi 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Mytilus_galloprovincialis 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Novocrania_anomala 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Phaxas_pellucidus 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Salinator_solida 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Scutopus_ventrolineatus 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Sepia_officinalis 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Siphonaria_pectinata 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Siphonodentalium_lobatum 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Solemya_velum 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Stauroteuthis_syrtensis 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Theodoxus_fluviatilis 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Truncatella_guerini 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Vampyroteuthis_infernalis 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CACGTCTAAACAATTTAAGGTTTTGGTTGGTTCCTTATGCTTTATTATGTTTAT---TAATATCAGTGATGTTTGATAAAGGGGCAGGAACAGGTTGAACTATGTACCCTCCTCTTTCTAGCTAT---AACTATCATACGGGGACCAGGGTTGATCTGGCATGTGTTTCATTACACTTGTCAGGTTTATCCTCTTTATTGGGGTCTATAAATTTTATGGCCACTATTGTGATAATGCGACCAAAGGAAGAAACTTGAGATAAAATTGCTTTATTGCCATGTGCTATTTGTGTCACGAGATTTTTGTTACTGATCTCTTTGCCTGTATTGGGGGGGGGTGTGACAATACTGATCGCAGATCGGCATTTTAATACAACTTTTTTTAT??????????????????????????????????????????? ; END; BEGIN CODONS; CODONPOSSET * CodonPositions (CHARACTERS = 'GBlocked_Musc.nex') = N: 1-5422; CODONPOSSET CodonPositions (CHARACTERS = 'GBlocked_Musc.nex') = N: 1-5422; END; [ The following blocks are output data for analysis step 5544 ] BEGIN TREES; TITLE Tb11203; LINK TAXA = TaxaForAnalysisStep5544; TREE 'MP Strict GB/MUSC' = [&R] (((((((((((((((((Moroteuthis_knipovitchi,(Loligo_pealei,Ommastrephes_bartrami)),((Histioteuthis_hoylei,(Architeuthis_dux,Lepidoteuthis_grimaldii)),Spirula_spirula)),Cranchia_scabra),((Rossia_palpebrosa,Sepiola_affinis),Heteroteuthis_hawaiiensis)),(Sepia_officinalis,Idiosepius_pygmaeus)),Vampyroteuthis_infernalis),(Bathypolypus_arcticus,Graneledone)),Stauroteuthis_syrtensis),(Nautilus_pompilius,Nautilus_scrobiculatus)),((Chaetoderma_nitidulum,Scutopus_ventrolineatus),(Eulepetopsis_vitrea,Cellana))),((((Cadulus_subfusiformis,Pulsellum_affine),Entalina_tetragona),Siphonodentalium_lobatum),(Fustiaria_rubescens,(Rhabdus_rectius,(Dentalium_inaequicostatum,(Antalis_pilsbryi,Antalis_entalis)))))),((((Dreissena_polymorpha,Mya_arenaria),((Mercenaria_mercenaria,Chamelea_striatula),Corbicula)),Phaxas_pellucidus),(Parvicardium_minimum,Abra_nitida))),((((((Viviparus_georgianus,Aperostoma_palmeri),(((Bolinus_brandaris,Raphitoma_linearis),((Balcis_eburnea,Crepidula_fornicata),Littorina_littorea)),Truncatella_guerini)),Pomacea_bridgesi),(((((Ophicardelus_ornatus,Onchidella_sp),Salinator_solida,Siphonaria_pectinata),(Micromelo_undatus,Peltodoris_atromaculata)),Philine_aperta),Creseis_sp)),(((((Haliotis,(Lepetodrilus_elevatus,Sinezona_confusa)),Diodora_graeca),Bathymargarites_symplector),((Cyathermia_naticoides,Depressigyra_globulus),Cocculina)),(Perotrochus_midas,Entemnotrochus_adansonianus))),((Theodoxus_fluviatilis,Nerita_funiculata),Alcadia_dysonia))),(((Astarte_castanea,Cardita_calyculata),((Anodonta_sp,Margaritifera_auricularia),Neotrigonia_margaritacea)),(((Mytilus_galloprovincialis,Arca),((Ostrea_edulis,Pteria),Anomia),(Limaria,Chlamys_varia)),(Nuculana_minuta,Yoldia_limatula))),(((Laevipilina_antarctica,(Laevipilina_hyalina_Rouse,Laevipilina_hyalina_Giribet)),(((Helicoradomenia_sp,Epimenia_cinerea),Phascolion_strombi),(Paranerilla_limicola,(Loxosomella_murmanica,Symbion)))),((((((Callistochiton_antiquus,Chaetopleura_apiculata),(Ischnochiton_comptus,(Lorica_volvox,Chiton_olivaceus))),((Cryptochiton_stelleri,Mopalia_muscosa),Tonicella_lineata)),(Acanthochitona_crinita,Cryptoplax_japonica)),Callochiton_septemvalvis),(Lepidopleurus_cajetanus,Leptochiton_asellus)))),(Nucula_sulcata,Solemya_velum)),Lineus_bilineatus),Novocrania_anomala); [! TreeBASE tree URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/tree/TB2:Tr6826] END;