#NEXUS [!This data set was downloaded from TreeBASE, a relational database of phylogenetic knowledge. TreeBASE has been supported by the NSF, Harvard University, Yale University, SDSC and UC Davis. Please do not remove this acknowledgment from the Nexus file. Generated on May 03, 2024; 7:07 GMT TreeBASE (cc) 1994-2008 Study reference: Rossman A., Schoch C.L., Farr D., Nishijima K., Keith L., & Goenaga R. 2010. Dolabra nepheliae on rambutan and lychee represents a novel lineage of phytopathogenic Eurotiomycetes. Mycoscience, . TreeBASE Study URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/study/TB2:S10234] [ The following blocks are input data for analysis step 5551 ] BEGIN TAXA; TITLE TaxaForAnalysisStep5551; DIMENSIONS NTAX=21; TAXLABELS Agonimia_sp_AFTOL_684 Capronia_munkii_AFTOL_656 Capronia_pilosella_AFTOL_657 Ceramothyrium_carniolicum_AFTOL_1063 Cyphellophora_laciniata_AFTOL_1033 Dermatocarpon_miniatum_AFTOL_91 Dolabra_nepheliae_CBS_122119 Dolabra_nepheliae_CBS_122120 Dolabra_nepheliae_CBS_123297 Endocarpon_pallidulum_AFTOL_661 Endophyte_422 Endophyte_4466 Exophiala_dermatitidis_AFTOL_668 Granulopyrenis_seawardi_AFTOL_612 Phaeoacremonium_chlamydosporum_CBS_229_95 Pyrenula_aspistea_AFTOL_623 Pyrenula_pseudobufonia_AFTOL_387 Ramichloridium_anceps_AFTOL_659 Sarcinomyces_petricola_AFTOL_825 Sphinctrina_turbinata_AFTOL_1721 Staurothele_frustulenta_AFTOL_697 ; END; BEGIN CHARACTERS; [! TreeBASE Matrix URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/matrix/TB2:M4752] TITLE Eurotiomycetes_Fig._1; LINK TAXA = TaxaForAnalysisStep5551; DIMENSIONS NCHAR=1242; FORMAT DATATYPE=DNA SYMBOLS= "A C G T" MISSING=? GAP= -; MATRIX [ 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 230 240 250 260 270 280 290 300 310 320 330 340 350 360 370 380 390 400 410 420 430 440 450 460 470 480 490 500 510 520 530 540 550 560 570 580 590 600 610 620 630 640 650 660 670 680 690 700 710 720 730 740 750 760 770 780 790 800 810 820 830 840 850 860 870 880 890 900 910 920 930 940 950 960 970 980 990 1000 1010 1020 1030 1040 1050 1060 1070 1080 1090 1100 1110 1120 1130 1140 1150 1160 1170 1180 1190 1200 1210 1220 1230 1240 ] [ . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ] Agonimia_sp_AFTOL_684 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Cyphellophora_laciniata_AFTOL_1033 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Dermatocarpon_miniatum_AFTOL_91 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Endophyte_4466 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Exophiala_dermatitidis_AFTOL_668 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Granulopyrenis_seawardi_AFTOL_612 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Phaeoacremonium_chlamydosporum_CBS_229_95 GCGAG{GT}AAGCGGCAAAAGCTCAAATTTGAAATCTGGCTCGGTCCGAGTTGTAATTTGTAGAGGATGTTTCGGGCAAGACTTCGGTTTAAGTTCCTTGGAACAGGACGTCATAGAGGGTGAGAATCCCGTCTTGAACCGTCTGTCGCGTCCGTGTGAAACTCCTTCGACGAGTCGAGTTGTTTGGGAATGCAGCTCTAAATGGGAGGTAAATTTCTTCTAAAGCTAAATATTGGCCAGAGACCGATAGCGCACAAGTAGAGTGATCGAAAGATGAAAAGCACTTTGAAAAGAGAGTTAAACAGTATGTGAAATTGTTGAAAGGGAAGCTCTTGCAACCAGACTTGTTTCCAACGGTTCAACCGCTGTTTTC-TGGCCTATTCCGTTG-GTTCAGGCCAGCATCGGTTCGAGTGGTTAGTTAAAGACTTTGGGAATGTATCTACCCCGGGGTAGACTTATAGCCCTTTGTGTAATGTGACCTACCTGGACCGAGGGACGCGCTTTTTGCTCGGATGCTGGCGTA-TGGTTGTA-GCGA---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- Pyrenula_aspistea_AFTOL_623 CGAGTGAAGCGGCAACAGCTCAAATTTGAAATCTGGCCCGGTCCGAGTTGTAATTTGTAGAGGATGCTTCGGGCAACGCTGCGGTACAAGTCTCTTGGAACAGGGCGTCATAGAGGGTGAGAATCCCGTCCTCAACCGTGAGCCGCGTCCATGTGAAGCTCCTTCGACGAGTCGGGTTGTTTGGGAATGCAGCTCAAAATGGGTGGTAAATTTCATCTAAAGCTAAATATTGGCCAGAGACCGATAGCGCACAAGTAGAGTGATCGAAAGATGAAAAGCACTTTGAAAAGAGAGTTAAACAGCATGTGAAATTGTTGAAAGGGAAGCGCTTGCAGCCAGACTTGTGGGCGGTGATTCAGCCGTTCTTCTG-CGGTGCACTTTGCCGTCTCCAGGCCAGCATCGGTTTGGGCAGCCAGTTAAAGGCCTCGGGAATGTATCGACCCTGGGGTTGACTTATAGCCCGGGGTGCCATGTGGCTTGCCTAGACCGAGGTACGCGC-TCT-GCACGGATGCTGGCGTAATGGCTGTAAGCGACCCGTCTTGAAACACGGACCAAGGAGTCTAACATCTATGCGAGTGTTCGGGTGTCAAACCCT-TGCGCGTAATGAAAGTGAACGGAGGTAGGAACCCCTTGGGCGCACTATCGACCGATCCTGATGTTCTCGGATGGATTTGAGTAAGAGCATAGCTGTTGGGACCCGAAAGATGGTGAACTATGCGTGTATAGGGTGAAGCCAGAGGAAACTCTGGTGGAGGCTCGCAGCGGTTCTGACGTGCAAATCGATCGTCAAATACGCGTATAGGGGCGAAAGACTAATCGAACCATCTGGTAGCTGGTTCCTGCCGAAGTTTCCCTCAGGAT-AGCAGT-AACGTTTTCAGTTTTATGAGGTAAAGCGAATGATTAGAGGCCTTGGGGTTGAAACAACCTTAACCTATTCTCAAACTTTAAATATGTAAGAAGCCCTTGTTACTTAGTTGAACGTGGGCATTTGAATGTACCGTTACTAGTGGGCCATTTTTGGTAAGCAGAACTGGCGATGCGGGATGAACCGAACGTGAGGTTAAGGTGCCGGAATACACGCTCATCAGATACCACAAAAGGTGTTAGTTCATCTAGACAGCCGGACGGTGGCCATGGAAGTCGGAATCCGCTTAGGAGTGTGT------------------------------------------------------------------------- Pyrenula_pseudobufonia_AFTOL_387 -------------AACAGCTCAAATTTGAAATCTGGCTCAGTCCGAGTTGTAATTTGTAGAGGATGTTTCGGGCAAGACTGCGGTTTAAGTCCCTTGGAACAGGGTGTCAGAGAGGGTGAGAATCCCGTCTTTAACCGTCCGTCGCGTCTATGTGAAACTCCTTCGACGAGTCGGGTTGTTTGGGAATGCAGCTCAAAATGGGTGGTAAATTTCATCTAAAGCTAAATACCGGCCAGAGACCGATAGCGCACAAGTAGAGTGATCGAAAGATGAAAAGCACTTTGAAAAGAGAGTTAAACAGCATGTGAAATTGTTGAAAGGGAAGCGCTTGCAACCAGACTTGCGGGCAGCAGTTCAGCCGTTATTCTT-CGGTGCACTCTGTTGTTTCCAGGCCAGCATCGGTTTAGGTAGCTAGTTAAAGGCTTAGGGAATGTATCTATCCTGGGGTAGACTTATAGCCCTAGGTGGCATCTGGCTTACCTGGACCGAGGAACGCGC-TTCGGCACGGATGCTGGCGTAATGGTTGTAAGCGGCCCGTCTTGAAACACGGACCAAGGAGTCTAACATCTATGCGAGTGTTTGGGTGTCAAACCCC-TGCGCGTAATGAAAGTGAACGGAGGTAGGAGCCCTT-GGGCGCACTATCGACCGATCCTGATGTCTTCGGATGGATTTGAGTAAGAGCATAGCTGTTGGGACCCGAAAGATGGTGAACTATGCCTGAATAGGGTGAAGCCAGAGGAAACTCTGGTGGAGGCTCGCAGCGGTTCTGACGTGCAAATCGATCGTCAAATTTGGGTATAGGGGCGAAAGACTAATCGAACCATCTGGTAGCTGGTTCCTGCCGAAGTTTCCCTCAGGAT-AGCAGT-AACGTTTTCAGTTTTATGAGGTAAAGC-AATGATTAGCGGCCTTGGGGAAGTAACTTCCTTAACCGATTCTCAAACTTTAAATATGTAAGAAGTCCTTGTTACTTAATTGAACGTGGACATTTGAATGTATCGTTACTAGTGGGCCATTTTTGGTAAGCAGAACTGGCGATGCGGGATGAACCGAACGCGAGGTTAAGGTGCCGGAATGCACGCTCATCAGACCCCACAAAAGGTGTTAGTTCATCCAGACAGCCTGACGGTGGCCATGGAAGTCGGAATCCGCTTAGGAGTGTGTAACAACTCACAGGCCGAATGAACTAGCCCTGAAAATGGATGGCGCTCAAGCGTGCTACCCATACCTCGCCGTT Ramichloridium_anceps_AFTOL_659 CGAGTGAAGCGGCAAGAGCTCAAATTTGAAATCTGGCCTGGTCCGAGTTGTAATTTGTAGAGGATGTTTCGGGTACCGCCTCGGTTTAAATTTCTTGGAACAGAATGTCAAAGAGGGTGAGAATCCCGTCTTGGACCGGTGGTAGGGCCCGTGTGAAACTCCTTCGACGAGTCGAGTTGTTTGGGAATGCAGCTCAAAATGGGTGGTAAATTTCATCTAAAGCTAAATATTGGCCAGAGACCGATAGCGCACAAGTAGAGTGATCGAAAGATGAAAAGCACTTTGAAAAGAGAGTTAAACAGTATGTGAAATTGTTGAAAGGGAAGCGCTTGCAACCAGACTTGTGCGCGGTGGTTCCCCTATCCTTTT--TGGGTTACTCCGCCGCGTCCAGGCCAACATCGGTTCTGGGGGTCGGTCAAAGGCCTTGGGAATGTATCTACCCTGGCGTAGACTTATAGCCCTTGGTGTCATGCGACCTCCCGGGACCGAGGAACGCGC-TTCGGCTCGGATGTTGGCGTAATGGTTGTCAGCGACCCGTCTTGAAACACGGACCAAGGAGTCTAACATCTATGCGAGTGTTTGGGTGTCAAACCCGGAACGCGGAATGAAAGTGAACGGAGGTAGGAAGCTTC-GGCTGCACTATCGACCGATCCTGATGTCTTCGGATGGATTTGAGTAAGAGCATAGCTGTTGGGACCCGAAAGATGGTGAACTATGCCTGAATAGGGTGAAGCCAGAGGAAACTCTGGTGGAGGCTCGCAGCGGTTCTGACGTGCAAATCGATCGTCAAATTTGGGTATAGGGGCGAAAGACTAATCGAACCATCTGGTAGCTGGTTCCTGCCGAAGTTTCCCTCAGGAT-AGCAGT-AACGTTTTCAGTTTTATGAGGTAAAGCGAATGATTAGAGGCCTTGGGGTTGAAACAACCTTAACCTATTCTCAAACTTTAAATATGTAAGAAGTCCTTGTTGCTTAATTGAACGTGGACATTTGAATGTATCGTTACTAGTGGGCCATTTTTGGTAAGCAGAACTGGCGATGCGGGATGAACCGAACGTGAGGTTAAGGTGCCGGAATGCACGCTCATCAGACACCACAAAAGGTGTCAATGCATCCAGACAGCCGGACGGTGGCCATGGAAGTCGGAATCCGCTTAGGAGTGTGTAACAACTCACCGGCCGAATGCATTGGCCCTGAAAATGGATGGCGCTTAAGCGTGCTACCTATACCTCGCCGTC Sarcinomyces_petricola_AFTOL_825 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Sphinctrina_turbinata_AFTOL_1721 CGAGTGAAGCGGCAACAGCTCAAATTTGAAATCTGACCTGGTCCGAGTTGTAATTTGTAGAGGCTGTTTCGGGTACGGTCCCGGTCTAAGTTCCTTGGAACAGGACGTCATGGAGGGTGAGAATCCCGTGTGTGACCGGGGACCACGCCCATGTGAAACACCTTCGACGAGTCGAGTTGTTTGGGAATGCAGCTCAAAATGGGTGGTAAATTTCATCTAAAGCTAAATACCGGCCAGAGACCGATAGCGCACAAGTAGAGTGATCGAAAGATGAAAAGCACTTTGGAAAGAGAGTTAAAAAGCATGTGAAATTGTTGAAAGGGAAGCGGAAGCAACCAGACTCGCTGCCGGGTGCTCAACCGGGGTTCTC-CGGGGCACTCACCCGGTCTCGGGCCAGCATCGGTTCGGACGGCCAGACAAAGGCTCCGGGAATGTAGCTCCCTCGGGGGAGTGTTATAGCCCGGGGTGGCATGTGGCCAGCCCGGACCGAGGAACGCGCGTTTTGCACGGATGCTGGCGTAATGGTTGTTCCCGGCCCGTCTTGAAACACGGACCAAGGAGTCTAACATCTATGCGAGTATTTGGGTGTCAAACCCA-CATGCGGAATGAAAGTGAACGGAGGTGAGAGCTCGCAGGGCGCATCATCGACCGATCCTGATGTCTTCGGATGGATTTGAGTAAGAGCATAGCTGTTGGGACCCGAAAGATGGTGAACTATGCCTAACTAGGGTGAAGCCAGAGGAAACTCTGGTGGAGGCTCGCAGCGGTTCTGACGTGCAAATCGATCGTCAAAGTTGGGTATAGGGGCGAAAGACTAATCGAACCATCTAGTAGCTGGTTCCTGTCGAAGTTTCCCTCAGGAT-AGCAGT-AACGTTTTCAGTTTTATGAGGTAAAGCGAATGATTAGAGGCCTTGGGGTTGAAACAACCTTAACCTATTCTCAAACTTTAAATATGTAAGAAGCTCTTGTTGCTTAGTTGAACGTGAGCATTTGAATGTATCGTTACTAGTGGGCCATTTTTGGTAAGCAGAACTGGCGATGCGGGATGAACCGAACGCGAGGTTAAGGTGCCGGAATGCACGCTCATCAGACACCACAAAAGGTGTTAGTTCATCTAGACAGCCGGACGGTGGCCATGGAAGTCGGAACCCGCTAAGGATCGTGTAACAACTCACCGGCCGAATGAACTAGCCCTGAAAATGGATGGCGCTCAAGCGTGCTACCCATACCTCGCCGTC Staurothele_frustulenta_AFTOL_697 CGAGTGAAGCGGCAACAGCTCAAATTTGAAATCTGGCCCGGTCCGAGTTGTAATTTGTAGAGGATGCTTCGGGCAAGGCCGCGGTCTAATTTGCTTGGAACAGCGGGTCACAGAGGGTGAGAATCCCGTCTAGGACCGCGCGTCGCGCCCGTGTGAAGCTCCTTCGACGAGTCGAGTTGTTTGGGAATGCAGCTCTAAATGGGTGGTAAATTTCATCTAAAGCTAAATATTGGCCAGAGACCGATAGCGCACAAGTAGAGTGATCGAAAGATGAAAAGCACTTTGAAAAGAGAGTTAAACAGTATGTGAAATTGTTGAAAGGGAAGCGCTTACAACCAGACTTGCGCGTGACGGTTCCCCTGGCCTCCTG-CGGGCTACTCCGTCATGTCCAGGCCAACATCGGTTCGGGTGGTCGGTCAAAGACCCCGGGAATGTATCTACCTCCGGGTCGACTTATAGCCCGGGGTGTAATGCGGCCCACCTGGACCGAGGAACGCGC-TCCGGCTCGGATGTTGGCGTAATGGTTGTAAGCGGCCCGTCTTGAAACACGGACCAAGGAGTCTAACATCTATGCGAGTGTTTGGGTGTCAAACCCC-TACGCGTAATGAAAGTGAACGGAGGTAAGAACTCGCCGGGCGCATTATCGACCGATCCTGATGTCTTCGGATGGATTTGAGTAAGAGCATAGCTGTTGGGACCCGAAAGATGGTGAACTATGCGTGAATAGGGTGAAGCCAGAGGAAACTCTGGTGGAGGCTCGCAGCGGTTCTGACGTGCAAATCGATCGTCAAATTTGCGCATAGGGGCGAAAGACCAATCGAACCGTCTGGTAGCTGGTTCCTGTCGAAGTTTCCCTCAGGAT-AGCAGT-AACGTTTTCAGTTTTATGAGGTAAAGCGAATGATTAGAGGCCTTGGGGTTGAAACAACCTTAACCTATTCTCAAACTTTAAATATGTAAGAAGTCCTTGTTGCTTCATTGAACGGGGACATTTGAATGTATCGTTACTAGTGGGCCATTTTTGGTAAGCAGAACTGGCGATGCGGGATGAACCGAACGTGAGGTTAAGGTGCCGGAATGTACGCTCATCAGACACCACAAAAGGTGTCAATGCATCCAGACAGCCGGACGGTGGCCATGGAAGTCGGAATCCGCTTAGGAGTGTGTAACAACTCACCGGCCGAATGCATTGGCCCTGAAAATGGATGGCGCTTAAGCGTGCTACCTATACCTCGCCGTC ; END; BEGIN CODONS; CODONPOSSET CodonPositions (CHARACTERS = Eurotiomycetes_Fig._1) = N: 1-1242; CODONPOSSET * CodonPositions (CHARACTERS = Eurotiomycetes_Fig._1) = N: 1-1242; END; [ The following blocks are output data for analysis step 5551 ] BEGIN TREES; TITLE Tb11210; LINK TAXA = TaxaForAnalysisStep5551; TREE Fig._1 = [&R] (Sphinctrina_turbinata_AFTOL_1721,((((Cyphellophora_laciniata_AFTOL_1033,Ceramothyrium_carniolicum_AFTOL_1063),(Sarcinomyces_petricola_AFTOL_825,(Endophyte_422,((Capronia_munkii_AFTOL_656,Exophiala_dermatitidis_AFTOL_668),(Capronia_pilosella_AFTOL_657,Ramichloridium_anceps_AFTOL_659))))),((Dolabra_nepheliae_CBS_122119,(Dolabra_nepheliae_CBS_122120,Dolabra_nepheliae_CBS_123297)),(Endophyte_4466,Phaeoacremonium_chlamydosporum_CBS_229_95))),((Endocarpon_pallidulum_AFTOL_661,Dermatocarpon_miniatum_AFTOL_91),(Agonimia_sp_AFTOL_684,Staurothele_frustulenta_AFTOL_697))),(Pyrenula_aspistea_AFTOL_623,(Pyrenula_pseudobufonia_AFTOL_387,Granulopyrenis_seawardi_AFTOL_612))); [! TreeBASE tree URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/tree/TB2:Tr6956] END;