#NEXUS [!This data set was downloaded from TreeBASE, a relational database of phylogenetic knowledge. TreeBASE has been supported by the NSF, Harvard University, Yale University, SDSC and UC Davis. Please do not remove this acknowledgment from the Nexus file. Generated on November 10, 2026; 9:33 GMT TreeBASE (cc) 1994-2008 Study reference: Korall P., Schuettpelz E., & Pryer K. 2010. Abrupt Deceleration of Molecular Evolution Linked to the Origin of Arborescence in Ferns. Evolution, . TreeBASE Study URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/study/TB2:S10297] [ The following blocks are input data for analysis step 5721 ] BEGIN TAXA; TITLE TaxaForAnalysisStep5721; DIMENSIONS NTAX=106; TAXLABELS Adiantum Alsophila_australis Alsophila_bryophila Alsophila_capensis Alsophila_colensoi Alsophila_cuspidata Alsophila_dregei Alsophila_foersteri Alsophila_havilandii Alsophila_hooglandii Alsophila_imrayana Alsophila_pachyrrachis Alsophila_ramispina Alsophila_salvinii Alsophila_stelligera Alsophila_tricolor Anemia Angiopteris Asplenium Austrobaileya Azolla Blechnum Botrychium Calochlaena_dubia Calochlaena_villosa Ceratopteris Cheiropleuria Chloranthus Cibotium_chamissoi Cibotium_glaucum Cibotium_schiedei Coniogramme Culcita_coniifolia Cyathea_arborea Cyathea_divergens Cyathea_gibbosa Cyathea_grandifolia Cyathea_horrida Cyathea_howeana Cyathea_multiflora Cyathea_parvula Cyathea_poeppigii Cyathea_speciosa Cycas Danaea Dennstaedtia Dicksonia_antarctica Dicksonia_arborescens Dicksonia_gigantea Dicksonia_squarrosa Dicksonia_thyrsopteroides Dicranopteris Diplopterygium Dipteris Equisetum Ginkgo Gleichenia Gnetum Hippochaete Hymenophyllopsis_dejecta Hymenophyllum Isoetes Leptopteris Lonchitis Lophosoria_quadripinnata Loxoma_cunninghamii Loxsomopsis_pearcei Lygodium Marattia Marsilea Matonia Metaxya_rostrata Microlepia Monachosorum Ophioglossum Osmunda Phanerosorus Pilularia Pinus Plagiogyria_japonica Psilotum Pteridium Salvinia Schizaea Sphaeropteris_aeneifolia Sphaeropteris_auriculifera Sphaeropteris_brunei Sphaeropteris_capitata Sphaeropteris_celebica Sphaeropteris_glauca Sphaeropteris_horrida Sphaeropteris_medullaris Sphaeropteris_megalosora Sphaeropteris_novaecaledoniae Sphaeropteris_polypoda Sphaeropteris_robusta Sphaeropteris_senilis Sphaeropteris_tomentosissima Sphenomeris Sticherus Stromatopteris Thelypteris Thyrsopteris_elegans Tmesipteris Todea Trichomanes ; END; BEGIN CHARACTERS; [! TreeBASE Matrix URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/matrix/TB2:M4894] TITLE 'rbcL, atpA, atpB, rps4'; LINK TAXA = TaxaForAnalysisStep5721; DIMENSIONS NCHAR=4415; FORMAT DATATYPE=DNA SYMBOLS= "A C G T" MISSING=? GAP= -; MATRIX [ 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 230 240 250 260 270 280 290 300 310 320 330 340 350 360 370 380 390 400 410 420 430 440 450 460 470 480 490 500 510 520 530 540 550 560 570 580 590 600 610 620 630 640 650 660 670 680 690 700 710 720 730 740 750 760 770 780 790 800 810 820 830 840 850 860 870 880 890 900 910 920 930 940 950 960 970 980 990 1000 1010 1020 1030 1040 1050 1060 1070 1080 1090 1100 1110 1120 1130 1140 1150 1160 1170 1180 1190 1200 1210 1220 1230 1240 1250 1260 1270 1280 1290 1300 1310 1320 1330 1340 1350 1360 1370 1380 1390 1400 1410 1420 1430 1440 1450 1460 1470 1480 1490 1500 1510 1520 1530 1540 1550 1560 1570 1580 1590 1600 1610 1620 1630 1640 1650 1660 1670 1680 1690 1700 1710 1720 1730 1740 1750 1760 1770 1780 1790 1800 1810 1820 1830 1840 1850 1860 1870 1880 1890 1900 1910 1920 1930 1940 1950 1960 1970 1980 1990 2000 2010 2020 2030 2040 2050 2060 2070 2080 2090 2100 2110 2120 2130 2140 2150 2160 2170 2180 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. . . . ] Adiantum 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Alsophila_australis 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Alsophila_bryophila 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Alsophila_cuspidata 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Alsophila_pachyrrachis 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Angiopteris 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Chloranthus 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Cibotium_chamissoi 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Cibotium_glaucum 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Culcita_coniifolia 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Cyathea_grandifolia 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Dipteris 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Leptopteris 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Lonchitis 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Lophosoria_quadripinnata 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Loxsomopsis_pearcei 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Ophioglossum 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Pilularia 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Sphaeropteris_brunei 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Sphaeropteris_glauca 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Sphaeropteris_horrida 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Sphenomeris 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Trichomanes ATTGGATTCAAAGCTGGTGTTAAAGATTATCGATTAACTTATTATACTCCCGACTATGAAACCAAGGACACTGATATCTTGGCAGCCTTCCGAATGACTCCACAACCTGGAGTACCACCAGAAGAAGCTGGAGCTGCAGTAGCTGCGGAATCTTCAACGGGTACATGGACCACGGTATGGACAGATGGGCTTACTAGCCTTGATCGTTACAAGGGTCGATGCTATGATATCGAACCCGTTCCTGGAGAAGAGAATCAATATATTGCATATGTAGCCTATCCTTTAGATCTCTTTGAAGAAGGTTCTGTTACTAATCTATTCACTTCGATTGTAGGTAACGTATTCGGATTTAAAGCCTTACGTGCCCTACGGTTGGAAGATCTAAGAATACCTCCTGCTTATTCTAAGACTTTTATAGGCCCACCTCATGGTATCCAAGTTGAAAGGGATAAACTGAACAAGTATGGTCGTCCTTTCTTAGGATGTACAATCAAACCAAAATTGGGTTTATCTGCTAAGAATTATGGTAGGGCTGTTTATGAATGTCTTCGTGGTGGACTCGATTTTACTAAGGATGATGAAAACGTAAACTCTCAACCATTCATGCGTTGGCGGGATCGTTTCTTGTTCGTAGCAGAAGCTCTCTTTAAAGCTCAAGGCGAAACGGGTGAGATTAAAGGGCATTATCTAAATGCTACTGCAGGTACGTGTGAAGAAATGTTAAAGAGAGCAATCTTTGCTAGAGAATTGGGAGCACCTATTGTCATGCATGATTACCTTACAGGAGGTTTTACTGCAAATACTAGCCTAGCTTTCTACTGTCGAGATAACGGCTTACTACTTCATATTCACCGCGCAATGCATGCTGTTATTGATAGACAGAAAAACCATGGTATGCACTTCCGTGTATTGGCCAAAGCGTTACGTATGTCTGGTGGAGATCATGTCCATGCCGGGACTGTAGTAGGTAAACTGGAAGGAGAACGAGACATTACTTTAGGATTTGTCGATTTGCTACGTGACGATTATATCGAGAAAGACCGAAGCCGTGGTATCTATTTCACTCAAGATTGGGTCTCTATGCCAGGTGTAATACCTGTAGCTTCAGGAGGTATTCATGTTTGGCATATGCCTGCTCTAACTGAAATATTTGGAGACGATTCTGTCTTACAGTTCGGTGGTGGAACCTTAGGGCATCCTTGGGGAAATGCACCGGGTGCGGTGGCTAATAGAGTTGCATCAGAAGCTTGCGTACAAGCTCGTAATGAAGGGCGTGATCTTGCTCGCGAAGGTAATGCTATTATTTCCTGTTGGTGAAATTACTCTTGGTTGAATCTTCAATGTTCTTGGTGACCCAGTTGATAATCTAGGCCCTGTAGATACGAATACAACATTTCCTATTCACAGATCTGCTCCTGCATTTACACAGTTGGATACTAAACTATCTATCTTTGAGACAGGGATTAAAGTTGTCGATCTTTTAGCTCCATATCGTCGAGGGGGAAAGATTGGACTATTCGGAGGGGCGGGGGTAGGAAAGACAGTTCTCATTATGGAATTGATTAATAATATTGCTAAAGCCCATGGAGGTGTATCTGTATTTGGTGGGGTAGGGGAACGTACTCGTGAGGGTAATGATCTTTATATGGAAATGAAAGAATCAAAAGTTATTAATGAACAAAATATATCAGAATCAAAAGTTGCTCTAGTCTACGGTCAGATGAATGAACCACCAGGCGCTCGTATGAGAGTCGGTTTAACCGCTCTAACCATGGCTGAATATTTCCGAGATGTCAACAAGCAAGATGTACTTCTCTTCATTGATAATATCTTCCGTTTCGTTCAAGCTGGATCAGAAGTTTCCGCTTTATTGGGTAGAATGCCTTCCGCTGTAGGTTATCAACCAACTCTTGGTACAGAAATGGGAACACTACAAGAAAGAATAACTTCTACCAAAGAAGGCTCAATCACTTCTATTCAAGCTGTTTATGTACCTGCAGATGATTTGACTGACCCAGCTCCTGCTACAACATTTGCACACTTAGATGCTACTACTGTGCTATCAAGAGGATTAGCAGCCAAGGGTATTTATCCAGCCGTAGATCCTTTGGATTCGACCTCAACTATGTTACAACCCTGGATTGTTGGTGAAGAGCATTACGAGACTGCTCAAGGAGTTAAACAAACTTTACAACGTTATAAAGAACTCCAAGATATTATAGCTATTCTCGGATTGGATGAATTATCGGAAGAAGATCGTTTAACAGAAGCTCGAGCTCGAAAGATAGAACGTTTCTTGTCACAACCCTTCTTCGTCGCAGAGGTCTTTACTGGTTCTCGAGGAAAATATGTTAGTCTAATAGAGACAATCAAGGGATTTCAAATGATCCTTTCTGGAGAGTTGGATAATCTCCCAGAACAAGCTTTTTATTTAGTTGGTAATATTGACGAAGCTATTCGACCCGATGAGATTAGCAGTATTATTCGTAAACAGATTGAAGGATATGTTCCGGAAGTTAAGGTTGTTAATATTGGTACTGTACTTCAAGTCGGAGATGGGATTGCTCGGATTTATGGTCTTAACAAAGTAATGGCTGGTGAATTAGTAGAATTTGAAGACGGTACGGTAGGCATTGCTCCGAATTTAGAATCTGATAATGTTGGGGTTGTATTGATGGGTGATGGTTTATCCATACAAGAGGGTGGTTCTGTAAAAGCAACGGGAAAGATTGCCCAAATACCAGTGAGTGATTCTTTCTTAGGCCGTGTAGTAAATGCTTTGGCTCAGCCCATTGATGGAAAGGGTCAAATCTCAGCTTCTGAATCTAGACTAATTGAATCTCCCGCCCCGGGGATTATTTCTAGACGTTCTGTATATGAACCTTTACAAACAGGTCTAATTGCTATTGATTCTATGATCCCTATAGGCCGCGGTCAACGGGAATTAATAATTGGAGACAGACAAACAGGGAAAACAGCAGTAGCGACAGATACAATTCTGAATCAAAAAGGTCAAAATGTTATATGTGTCTACGTAGCTATTGGTCAAAAAGCTTCCTCCGTAGCTCAAGTTGTAAATACTTTTCAGGATCGCGGCGCTATGGATTATACCATTGTAGTAGCAGAAGCTGCCAATTCTCCCGCTACTTTACAGTACCTTGCTCCTTATACTGGGGCAGCTCTAGCTGAATATTTTATGTATCGCAAAAAGCATACCTTGATTATTTATGATGATCTTTCGAAGCAAGCGCAGGCTTATAGGCAAATGTCTCTATTGTTACGTAGACCGCCAGGTCGAGAAGCGTATCCGGGAGATGTTTTTTATTTACATTCTCGTCTTTTGGAAAGAGCAGCTAAATTGAGTATCCAATTGGGTGAAGGAAGTATGACTGCTTTACCCATCGTTGAAACCCAAGCCGGTGATGTCTCGGCCTATATCCCTACTAATGTCATTAGTATCACGGATGGACAGATATTTCTATCCGCAGATCTATTCAATGCTGGAATTCGACCAGCAATCAATGTGGGAATTTCTGTATCTAGAGTAGGTTCGGCGGCTCAGATCAAGGCCATGAAACAAGTAGCTGGCAAATTAAAATTAGAGTTGGCACAATTCGCAGAGTTAGAAGCTTTTTCACAATTTGCGTCTGATCTTGATAAAGCTACTCAGAATCAGTTAGCAAGAGGTCAGAGGCTACGTGAATTGCTTAAACAATCTCAATCAGCCCCATTATCGGTCGAAGAACAAGTAGCTACTATTTATACCGGAGTTAATGGATCTTTAGACATATTAGACGTTGAACAGGTTAAAAGATTCTTAGTCCAATCGCGTGAATATGTAACAACGAATAAACCTCAATTCGGTGAGATTATTCGTTCTACTAAGATGTTTACAGAACAGGCAGAAACTCTTTTGAAAGAAGCT?????????CTAGTACGTCGTTTGAAAGATCTACCAGGCCTTACTAGAAAAGTCTCTCAATTCTGTGTTCGTTTGGAAGCGAAACAGCAATTACGTTTCAATTATGGATCAACAGAACGTCAATTACTTAAATATGTTCGTATTGCTAGAAGAGCTAAGGGCTCAACCGGAGAGGTATTATTACAATTACTTGAGATGCGGTTGGATAATATTGTGTTTCAGTTGAGCATGGCTCCCACTATTCCTGCTGCTAGGCAATTAGTCAATCATCGGCACATCTTGGTAAACAATTGTATCGTGGATATACCAAGCTATCGTTGTAAACCCAAAGATATAATTAGTCTACATTTCTTCCAGGAAAAGAGAATACCGGATCATCTAACGTTCTCTTTTTCAAAAGGATTAGTGAATGGAATTGCGAATCGAGAATCAATTGATTTAGATATAAATGAACTATTAGTTGTC-GAGTACTATTCTCGCCAAGTTTAA ; END; BEGIN SETS; CHARSET atpB (CHARACTERS = 'rbcL, atpA, atpB, rps4') = 1306-2455; CHARSET rbcL (CHARACTERS = 'rbcL, atpA, atpB, rps4') = 1-1305; CHARSET atpA (CHARACTERS = 'rbcL, atpA, atpB, rps4') = 2456-3925; CHARSET rps4 (CHARACTERS = 'rbcL, atpA, atpB, rps4') = 3926-4415; END; BEGIN CODONS; CODONPOSSET CodonPositions (CHARACTERS = 'rbcL, atpA, atpB, rps4') = N: 1-4415; CODONPOSSET * CodonPositions (CHARACTERS = 'rbcL, atpA, atpB, rps4') = N: 1-4415; END; [ The following blocks are output data for analysis step 5721 ] BEGIN TREES; TITLE Tb11380; LINK TAXA = TaxaForAnalysisStep5721; TREE Fig._S1 = [&R] (Adiantum,Ceratopteris,((((((((Anemia,Schizaea),Lygodium),(((((((Angiopteris,Marattia),Danaea),(Equisetum,Hippochaete)),((((Austrobaileya,Chloranthus),((Cycas,Ginkgo),(Gnetum,Pinus))),Isoetes),((Botrychium,Ophioglossum),(Psilotum,Tmesipteris)))),((Leptopteris,Todea),Osmunda)),(Hymenophyllum,Trichomanes)),(((Cheiropleuria,Dipteris),(Matonia,Phanerosorus)),((Dicranopteris,Diplopterygium),((Gleichenia,Stromatopteris),Sticherus))))),((Azolla,Salvinia),(Marsilea,Pilularia))),((((((Cibotium_glaucum,Cibotium_chamissoi),Cibotium_schiedei),(((((Dicksonia_antarctica,Dicksonia_gigantea),Dicksonia_thyrsopteroides,(Dicksonia_arborescens,Dicksonia_squarrosa)),Lophosoria_quadripinnata),(Calochlaena_dubia,Calochlaena_villosa)),Metaxya_rostrata)),(((((Hymenophyllopsis_dejecta,((Cyathea_grandifolia,(Cyathea_horrida,Cyathea_speciosa)),((Cyathea_divergens,Cyathea_multiflora),(Cyathea_gibbosa,Sphaeropteris_senilis)))),Cyathea_howeana,Cyathea_parvula,Cyathea_poeppigii,Cyathea_arborea),(((Alsophila_bryophila,(Alsophila_cuspidata,Alsophila_imrayana)),Alsophila_dregei),(((Alsophila_pachyrrachis,Alsophila_foersteri),Alsophila_colensoi),(((Alsophila_hooglandii,Alsophila_havilandii),(Alsophila_australis,Alsophila_tricolor)),Alsophila_stelligera)))),((Alsophila_salvinii,Alsophila_ramispina),Alsophila_capensis)),((((Sphaeropteris_brunei,Sphaeropteris_horrida),(((Sphaeropteris_aeneifolia,Sphaeropteris_tomentosissima),Sphaeropteris_robusta,Sphaeropteris_glauca),Sphaeropteris_medullaris)),(Sphaeropteris_megalosora,(Sphaeropteris_polypoda,Sphaeropteris_capitata))),((Sphaeropteris_celebica,Sphaeropteris_auriculifera),Sphaeropteris_novaecaledoniae)))),Thyrsopteris_elegans),((Plagiogyria_japonica,Culcita_coniifolia),(Loxsomopsis_pearcei,Loxoma_cunninghamii)))),(Lonchitis,Sphenomeris)),(((Asplenium,Thelypteris),Blechnum),(((Dennstaedtia,Microlepia),Monachosorum),Pteridium))),Coniogramme)); [! TreeBASE tree URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/tree/TB2:Tr6943] END;