#NEXUS [!This data set was downloaded from TreeBASE, a relational database of phylogenetic knowledge. TreeBASE has been supported by the NSF, Harvard University, Yale University, SDSC and UC Davis. Please do not remove this acknowledgment from the Nexus file. Generated on May 22, 2024; 3:43 GMT TreeBASE (cc) 1994-2008 Study reference: Seitzman B.H., Ouimette A., Mixon R.L., Hobbie E., & Hibbett D. 2010. Conservation of biotrophy in Hygrophoraceae inferred from combined stable isotope and phylogenetic analyses. Mycologia, . TreeBASE Study URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/study/TB2:S10612] [ The following blocks are input data for analysis step 6086 ] BEGIN TAXA; TITLE TaxaForAnalysisStep6086; DIMENSIONS NTAX=50; TAXLABELS Camarophyllus_aff_pratensis_DQ457650 Camarophyllus_basidiosus_DQ457651 Camarophyllus_borealis_AY700201 Camarophyllus_borealis_HM020684 Camarophyllus_canescens_DQ457652 Camarophyllus_pratensis_AF261457 Cuphophyllus_lacmus_HM020690 Cuphophyllus_sp_HM020683 Dictyonema_minus_EU825969 Gliophorus_laetus_HM020692 Gliophorus_sp_HM020676 Humidicutis_cf_marginata_HM020694 Humidicutis_marginata_AF042580 Humidicutis_marginata_AF393060 Hygrocybe_aff_cantharellus_EU522729 Hygrocybe_cantharellus_AF261454 Hygrocybe_cantharellus_DQ457675 Hygrocybe_cf_cantharellus_HM020689 Hygrocybe_cf_miniata_EU522841 Hygrocybe_coccinea_DQ457676 Hygrocybe_conica_AF261450 Hygrocybe_conica_DQ071739 Hygrocybe_conica_EU522785 Hygrocybe_miniata_AF261452 Hygrocybe_miniata_f_longipes_DQ457677 Hygrocybe_miniata_f_longipes_HM020677 Hygrocybe_punicea_HM020682 Hygrocybe_purpureofolia_EF535264 Hygrocybe_sp_AF261453 Hygrocybe_sp_EU522739 Hygrocybe_sp_HM020686 Hygrocybe_sp_HM020687 Hygrocybe_sp_HM020688 Hygrocybe_spadicea_AF261451 Hygrophorus_agathosmus_AY586660 Hygrophorus_auratocephalus_DQ457672 Hygrophorus_auratocephalus_GU256223 Hygrophorus_bakerensis_AF042623 Hygrophorus_chrysodon_AY586661 Hygrophorus_chrysodon_DQ071733 Hygrophorus_eburneus_AF430279 Hygrophorus_flavodiscus_AY635769 Hygrophorus_flavodiscus_GU289651 Hygrophorus_fuligineus_HM020693 Hygrophorus_olivaceoalbus_AY586662 Hygrophorus_pudorinus_DQ457678 Hygrophorus_russula_AY586663 Hygrophorus_sordidus_AF042562 Lichenomphalia_umbellifera_AF261445 Typhula_phacorrhiza_AY586724 ; END; BEGIN CHARACTERS; [! TreeBASE Matrix URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/matrix/TB2:M5791] TITLE ASR_Matrix_DNA; LINK TAXA = TaxaForAnalysisStep6086; DIMENSIONS NCHAR=1517; FORMAT DATATYPE=DNA SYMBOLS= "A C G T" MISSING=? GAP= -; MATRIX [ 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 230 240 250 260 270 280 290 300 310 320 330 340 350 360 370 380 390 400 410 420 430 440 450 460 470 480 490 500 510 520 530 540 550 560 570 580 590 600 610 620 630 640 650 660 670 680 690 700 710 720 730 740 750 760 770 780 790 800 810 820 830 840 850 860 870 880 890 900 910 920 930 940 950 960 970 980 990 1000 1010 1020 1030 1040 1050 1060 1070 1080 1090 1100 1110 1120 1130 1140 1150 1160 1170 1180 1190 1200 1210 1220 1230 1240 1250 1260 1270 1280 1290 1300 1310 1320 1330 1340 1350 1360 1370 1380 1390 1400 1410 1420 1430 1440 1450 1460 1470 1480 1490 1500 1510 ] [ . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ] Camarophyllus_aff_pratensis_DQ457650 ????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? Camarophyllus_basidiosus_DQ457651 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Gliophorus_sp_HM020676 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Hygrophorus_russula_AY586663 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Hygrophorus_sordidus_AF042562 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Humidicutis_marginata_AF042580 A?GATTCCCCTAGTAACTGCGAGTGAAGCGGGAAAAGCTCAAATTTGAAATCTGGTGG-------GCCATCCGAGTTGTAATCTAGAGAAGTGCTTTCCG-TGCTGGACCATGTACAAGTCTCTTGGAATAGAGCGTCATAGAGGGTGAGAATCCCGTCTCTGACATGGATCACCAGTGC-TTTTGTGATGCGCTCTCGAAGAGTCGAGTTGTTTGGGAATGCAGCTCAAAATGGGTGGTAAATTCCATCTAAAGCTAAATATTGGCGAGAGACCGATAGCGAACAAGTACCGTGAGGGAAAGATGAAAAGAACTTTGGAAAGAGAGTTAAACAGTACGTGAAATTGTTGAAAGGGAAACGCTTGAAGTCAGTCACATTGGCCAGGGATCAAC---GGTGCATTTTCTGG----ATGGGTCAGCATCAATTTTGACC?TTGGACAAAG------------GCACCTTTTTAGGTGTG-TTATAG-CCTTTGA-TCGTATACAACGGTTGGGATTGAGGAACTCAGCACG-----------------------CCATGT--TCGTGCTTAGGATGCTGGCATAATGGCTTTAATCGACCCGTCTTGA?ACACGGACCAAGGAGTCTAACATG?CTGCGAGTGTTTGGGTGGAAAACCCAAGCGCGCAATGAAAGTGAAA---AGTTGAGATCCCTGTCGTGGGGAGCATCGACGCCCGGACCAGACCTTCT-GTGACGGATCCGCGGTAGAGCATGTATGTTGGGACCCGAAAGATGGTGAACTATGCCTGAATAGGGTGAAGCCAGAGGAAACTCTGGTGGAGGCTCGTAGCGATTCTGACGTGCAAATCGATCGTCGAATTTGGGTATAGGGGCGAAAGACTAATCGAACCATCTAGTAGCTGGTTCCTGCCGAAGTTTCCC------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------CAACTTTCAACAACGGATCTCTTGGCTCTCGCATCGATGAAGAACGCAGCGAAATGCGATAAGTAATGTGAATTGCAGAATTCAGTGAATCATCGAATCTTTGAACGCACCTTGCGCTCCTTGGA-ATTCCGAGGAGCATGCCTGTTTGAGTGTCATTAAAC????? 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; END; [ The following blocks are output data for analysis step 6086 ] BEGIN TREES; TITLE ASR_Tree; LINK TAXA = TaxaForAnalysisStep6086; TREE ASR_Tree = [&R] ((((((((Humidicutis_cf_marginata_HM020694:0.005411217449215361,(Humidicutis_marginata_AF393060:0.025636080710878743,Humidicutis_marginata_AF042580:2.05275892061685E-6):0.0042009780923500835):0.011805644308989819,(Hygrophorus_auratocephalus_DQ457672:9.287552815631087E-4,Hygrophorus_auratocephalus_GU256223:0.0010713856848193202):0.02707624879141874):0.02116106067583535,(Gliophorus_laetus_HM020692:0.027745573151152097,Gliophorus_sp_HM020676:0.028472308708738386):0.0016501184150396273):0.005392874153544442,(((Hygrophorus_pudorinus_DQ457678:0.011722266454680295,(Hygrophorus_sordidus_AF042562:0.0279074406247613,Hygrophorus_russula_AY586663:2.05275892061685E-6):0.01412960171737988):0.005525773458738082,(Hygrophorus_bakerensis_AF042623:0.039006449016715704,(Hygrophorus_eburneus_AF430279:0.016500206527727306,(Hygrophorus_olivaceoalbus_AY586662:0.01101780331976025,Hygrophorus_agathosmus_AY586660:0.01669026165910454):0.0026662564592525094):0.0016026061059182368):2.05275892061685E-6):0.0028350518753191833,(((Hygrophorus_flavodiscus_GU289651:2.05275892061685E-6,Hygrophorus_flavodiscus_AY635769:0.0010061188804195297):0.031118845702250948,Hygrophorus_fuligineus_HM020693:0.015101038807273504):0.03219925908856403,(Hygrophorus_chrysodon_AY586661:2.05275892061685E-6,Hygrophorus_chrysodon_DQ071733:2.05275892061685E-6):0.013594066024903434):0.0020231513730516585):0.020134530391884932):0.00391216707598007,(Dictyonema_minus_EU825969:0.10435029624715503,Lichenomphalia_umbellifera_AF261445:0.034128009266041245):0.0034616224567676915):0.004632918428183237,(Hygrocybe_purpureofolia_EF535264:0.018407852125451717,(Hygrocybe_coccinea_DQ457676:0.016001823208607897,((Hygrocybe_conica_DQ071739:0.004117568767204322,(Hygrocybe_spadicea_AF261451:0.005761160135473386,(Hygrocybe_conica_AF261450:0.012598121371050569,Hygrocybe_conica_EU522785:0.007425247900791064):0.011300724614262785):0.0028913084331378034):0.021294826597722392,(((Hygrocybe_aff_cantharellus_EU522729:2.05275892061685E-6,Hygrocybe_sp_EU522739:0.011580252662942292):0.022924218994838142,(((Hygrocybe_sp_HM020686:2.05275892061685E-6,Hygrocybe_sp_HM020688:2.05275892061685E-6):2.05275892061685E-6,(Hygrocybe_sp_HM020687:2.05275892061685E-6,Hygrocybe_punicea_HM020682:2.05275892061685E-6):2.05275892061685E-6):0.0016207107794519854,Hygrocybe_cf_cantharellus_HM020689:0.006703351128687281):0.016214506317572857):0.005072064705258821,((Hygrocybe_cantharellus_DQ457675:0.014731689047108282,(Hygrocybe_sp_AF261453:0.015602820512237566,Hygrocybe_cantharellus_AF261454:0.009243370391173242):0.02719283317506121):0.013816504885056069,((Hygrocybe_miniata_f_longipes_HM020677:2.05275892061685E-6,(Hygrocybe_miniata_AF261452:0.0012326927995345313,Hygrocybe_miniata_f_longipes_DQ457677:2.05275892061685E-6):0.001949411509177044):0.01274686555151977,Hygrocybe_cf_miniata_EU522841:0.02051851665701841):0.015858815148481278):0.007954984380496553):0.003569714060045489):0.009680249482819404):0.001863210422010976):0.07125505979177472):0.0011110444977072197,(((Cuphophyllus_lacmus_HM020690:0.02121765300940319,((Cuphophyllus_sp_HM020683:0.008752478742792759,Camarophyllus_canescens_DQ457652:0.00400110140517035):0.0017258066874153816,Camarophyllus_basidiosus_DQ457651:0.0036645579878498064):0.02748053275458477):0.0027686486208722792,(Camarophyllus_borealis_HM020684:2.05275892061685E-6,Camarophyllus_borealis_AY700201:0.002462727629696599):0.009120303567075164):0.0024811663887464933,(Camarophyllus_pratensis_AF261457:0.003820087174955825,Camarophyllus_aff_pratensis_DQ457650:0.005686155517492712):0.01959160420334197):0.0035618653534878284):0.021214890434615635,Typhula_phacorrhiza_AY586724:0.021214890434615635); [! TreeBASE tree URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/tree/TB2:Tr9804] END;