#NEXUS [!This data set was downloaded from TreeBASE, a relational database of phylogenetic knowledge. TreeBASE has been supported by the NSF, Harvard University, Yale University, SDSC and UC Davis. Please do not remove this acknowledgment from the Nexus file. Generated on September 19, 2025; 10:52 GMT TreeBASE (cc) 1994-2008 Study reference: Zuloaga F., Morrone O., & Scataglini M.A. 2010. Revision of Trichiochlaena, A New Genus Segregated from Panicum (Paniceae, Poaceae) Based on Morphological and Molecular Data. Systematic Botany, . TreeBASE Study URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/study/TB2:S10890] [ The following blocks are input data for analysis step 6451 ] BEGIN TAXA; TITLE TaxaForAnalysisStep6451; DIMENSIONS NTAX=43; TAXLABELS Acroceras_zizanioides Anthaenantiopsis_rojasiana Echinochloa_chacoensis Echinochloa_cruspavonis Oplismenus_burmannii Panicum_arctum Panicum_auricomum Panicum_bartlettii Panicum_brazzavillense Panicum_brevifolium Panicum_caaguazuense Panicum_cyanescens Panicum_dinklagei Panicum_gracilicaule Panicum_granuliferum Panicum_heterostachyum Panicum_hirtum Panicum_machrisianum_ Panicum_margaritiferum Panicum_micranthum Panicum_millegrana Panicum_natalense Panicum_nervosum Panicum_parvifolium Panicum_polycomum Panicum_pseudisachne Panicum_pyrularium Panicum_rivale Panicum_schwackeanum Panicum_sellowii_ Panicum_subulatum Panicum_tenellum Panicum_trichanthum Panicum_trichoides Panicum_verrucosum Panicum_wettsteinii Paspalum_bertonii Paspalum_foliiforme Sacciolepis_angustissima Sacciolepis_indica_ Sacciolepis_myuros Sacciolepis_vilvoides_ Zea_mays ; END; BEGIN CHARACTERS; [! TreeBASE Matrix URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/matrix/TB2:M6685] TITLE 'Combined ndhF-rpoA'; LINK TAXA = TaxaForAnalysisStep6451; DIMENSIONS NCHAR=3437; FORMAT DATATYPE=DNA SYMBOLS= "A C G T" MISSING=? 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Panicum_arctum ATGTCAATGGGATTTGGACTTTTTCTTATTCCGACAGCAACAAAAAATCTTCGTCGCATATGGGCTTTTCCTAGTATTTTACTCTTAAGTATAGCTCTGGTATTCTCAGTTCACCTGTCTATTCAACAAATAAATGGAAGTTCTATCTATCAATATCTATGGTCTTGGACCATCAATAATGATTTTTCCTTAGAATTTGGATACTTGATCGACCCCCTTACGTCTATTATGTTAATACTAATTACTACTGTAGGAATCTTGGTTCTTATTTATAGTGACGATTATATGTCTCACGATGAAGGATATTTGAGATTTTTTGTTTATATAAGTTTTTTTAATACTGCCATGTTGGGATTGGTTACTAGTTCCAATTTGATACAAATTTATTTTTTTTGGGAACTTGTCGGAATGTGTTCCTATTTATTGATAGGCTTTTGGTTTACACGGCCAATTGCAGCGAGTGCTTGCCAAAAAGCTTTTGTAACTAATCG?????????????????????????GGAATTTTAGGTTTTTTTTGGATAACGGGTAGTTTAGAGTTTAGGGATTTGTTCAAAATAGCTAATAATTGGATTCCTAATAATGGTATTAATTCCTTACTTACTACTTTGTGTGCTTTTTTATTATTCCTTGGTGCAGTTGCAAAATCTGCACAATTCCCCCTTCACGTATGGTTACCCGATGCTATGGAAGGACCCACTCCCATTTCGGCTCTTATACACGCAGCAACTATGGTTGCTGCGGGGATTTTTCTTTTAGCTCGACTTCTTCCTCTTTTCATATCCCTACCCTTGATAATGAGTTTAATTTCTTTAGTAGGTACAATAACACTCTTCTTAGGAGCCACTTTAGCTCTTGCTCAGAGAGATATTAAAAGAAGCTTAGCCTATTCTACAATGTCTCAATTGGGTTATATGATGTTAGCTTTAGGTATAGGTTCTTATCAAGCTGCTTTATTCCATTTGATCACTCATGCTTATTC?AAAGCTTTATTGTTCTTAGGATCCGGATCCGTTATTCATTCAATGGAACCTCTTGTTGGATATTCACCAGATAAAAGTCAGAATATGGTTCTTATGGGTGGTTTAAGAAAATACGTTCCAATTACAAGAACTACTTTTTTATGTGGTACACTTTCTCTTTGTGGTATTCCACCTCTTGCTTGCTTCTGGTCCAAAGATGAAATCCTTAGTACTAGTTGGTTGTATTCACCCTTTTTTGGAATAATAGCCTCTTTTACTGCAGGATTAACTGCATTTTATATGTTTCGAATATATTTACTTACTTTTGATGGGTATTTGCGTGTTCATTTTCAAAATTACAGCAGTACTAAAGAAGGTTCGTTGTATTCAATATCCTTATGGGGAAAAGGCATATCCAAAGGAGTCAATAGGGATTTTGTTTTATCAACAATGAAGAGTGGGGTTTCTTTTTTTTCACAAAATATACCCAAAATTCCTGGTAATACAAGAAATAAGATAGGATCCTTTAGGACTCCC????????????????????????TTTGTGGCTAAAAACACTTTTGTCTATCCTCATGAAACGGGAAATACTATGCTATTTCCTCTTCTTATATTACTGCTTTTTACTTTGTTCATTGG?????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????CTTATTCTTTTTTTCAGAATTTGAATTTTTTGAATTCCCTTGT??????AAAAGGGAATCCAAAAAAGAACTTTTTAAATGAAGTAAAAAAAAAAATATACAGCTGGTCATATAATCGTGGTTATATAGATGTTTTCTATACTAGGGTCTTTATCTTGGGTATAAGAAGATTAGCCGAACTAACGCATTTTTTCGATAAAGGTGTCATTGATGGAATTACCAATGGAGTA???????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? 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Sacciolepis_indica_ A?GTCAATGGGATTTGGACTTTTTCTTATTCCGACAGCAACAAAAAATCTTCGTCGCATATGGGCTTTTCCTAGTATTTTACTCTTAAGTATAGCTCTGATATTCTCAGTTCACCTGTCTATTCAACAAATAAATGGAAGTTCTATCTATCAATATCTATGGTCTTGGACCATCAATAATGATTTTTCCTTAGAATTTGGATACTTGATCGACCCCCTTACGTCTATTATGTTAATACTAATTACTACTGTAGGAATCTTGGTTCTTATTTATAGTGACGATTATATGTCTCACGATGAAGGATATTTGAGATTTTTTGTTTATATAAGTTTTTTTAATACTGCCATGTTGGGATTGGTTACTAGTTCCAATTTGATACAAATTTATTTTTTTTGGGAACTTGTCGGAATGTGTTCCTATTTATTGATAGGCTT?TGGTTTACACGGCCAATTGCAGAGAG??????????????????????????????????????ATTTTGGTTTGTTATTAGGAATTTTAGGTTTTTTTTGGATAACGGGTAGTTTAGAGTTTCGGGATTTGTTCAAAATAGCTAATAATTGGATTCCTAATAATGGTATTAATTCCTTACTTACTACTTTGTGTGCTTTTTTATTATTCCTTGGTGCAGTTGCAAAATCTGCACAATTCCCTCTTCACGTATGGTTACCCGATGCCATGGAAGGACCCACTCCCATTTCGGCTCTTATACACGCAGCAACTATGGTTGCTGCGGGGATTTTTCTTTTAGCTCGACTTCTTCCTCTTTTCATATCCCTACCCTTGATAATGAGTTTTATTTCTTTAGTAGGTACAATAACACTCTTCTTAGGAGCCACTTTAGCTCTTGCTCAGAGAGATATTAAAAAAAGCTTAGCCTATTCTACAATGTCTCAATTGGGTTATATGATGTTAGCTCTAGGTATAGGTTCTTATCAAGCTGCTTTATTCCATTTGATCACTCATGCTTATTCGAAAGCTTTATTGTTCTTAGGATCCGGATCCGTTATTCATTCAATGGAACCTCTTGTTGGATATTCACCAGATAAAAGTCAGAATATGGTTCTTATGGGTGGTTTAAGAAAATACGTTCCAATTACAAGAAGTACTTTTTTATGTGGTACACTTTCTCTTTGTGGTATTCCACCTCTTGCTTGCTTCTGGTCCAAAGATGAAATCCTTAGTAATAGTTGGTTGTATTCACCCTTTTTTGGAATAATAGCCTCTTTTACTGCAGGATTAACTGCATTTTATATGTTTCGGATATATTTACTTACTTTTGATGGGTATTTGCGTGTTCATTTTCAAAATTACAGCAGTACTAAAGAGGGTTCGTTGTATTCAATATCCTTATGGGGAAAAGGCATATCCAAAGGAGTCAATAGGGATTTTGTTTTATCAACAATGAAGAGTGGGGTTTCTTTTTTTTCACAAAATATACCCAAAATTCCTGGTAATACAAGAAATAAGATAGGATCCTTTAGTACTCCC????????????????????????TTTGTGGCTAAAAACACTTTTGTCTATCCTCATGAAACGGGAAATACTATGCTATTTCCTCTTCTTATATTACTGCTTTTTACTTTGTTCATTGGATCTATAGGAATCCATTTTGATAATGGAATAAAGGGCAATGGAATATCGGAGTTAACCATATTATCAAAGTGGATAACTCCTTCAATAAACTTTTTCCAGGAAAGTTCGAATTCTTCCATAAATTCATATGAATTTCTCACTAATGCAATTTCTTCTGTAAGTTTAGCAATTTTGGGTCTATTCATAGCATATAT?TTCTATGGAT?TA?TTATT?TTTTTTTCAGAATTTGAATTTT?TAAATTCCCTTGT??????AAAAGGGAATCCAAAAAAGAACTTTTTGAATGAAGTAAAAAAAAAGATATACAGCTGGTCATATAATCGTGGTTATATAGATGTTTTCTATACTAGGTTCTTTATCTTGGGTATAA?AAAATTAGCTGAACTAACACATTTTTTTGATAAAGGTGTCATTGATGGAATTACCAATGGAGTA???????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? Sacciolepis_myuros ATGTCAATGGGATTTGGACTTTTTCTTATTCCGACAGCAACAAAAAATCTTCGTCGCATATGGGCTTTTCCTAGTATTTTACTCTTAAGTATAGCTCTGATATTCTCAGTTCACCTGTCTATTCAACAAATAAATGGAAGTTCTATCTATCAATATCTATGGTCTTGGACCATCAATAATGATTTTTCCTTAGAATTTGGATACTTGATCGACCCCCTTACGTCTATTATGTTAATACTAATTACTACTGTAGGAATCTTGGTTCTTATTTATAGTGACGATTATATGTCTCACGATGAAGGATATTTGAGATTTTTTGTTTATATAAGTTTTTTTAATACTGCCATGTTGGGATTGGTTACTAGTTCCAATTTGATACAAATTTATTTTTTTTGGGAACTTGTCGGAATGTGTTCCTATTTATTGATAGGCTTTTGGTTTACACGGCCAATTGCAGCGAGTGCTTGCCAAAAAGCTTTTGTAACTAATCGTGTAGGGGATTTTGGTTTGTTATTAGGAATTTTAGGTTTTTTTTGGATAACGGGTAGTTTAGAGTTTCGGGATTTGTTCAAAATAGCTAATAATTGGATTCCTAATAATGGTATTAATTCCTTACTTACTACTTTGTGTGCTTTTTTATTATTCCTTGGTGCAGTTGCAAAATCTGCACAATTCCCTCTTCACGTATGGTTACCCGATGCCATGGAAGGACCCACTCCCATTTCGGCTCTTATACACGCAGCAACTATGGTTGCTGCGGGGATTTTTCTTTTAGCTCGACTTCTTCCTCTTTTCATATCCCTACCCTTGATAATGAGTTTTATTTCTTTAGTAGGTACAATAACACTCTTCTTAGGAGCCACTTTAGCTCTTGCTCAGAGAGATATTAAAAGAAGCTTAGCCTATTCTACAATGTCTCAATTGGGTTAATATGATGAAGCTCTAGGTATAGGTTCTTATCAAGCTGCTTTATTCCATTTGATCACTCATGCTTATTCAAAAGCTTTATTGTTCTTAGGATCCGGATCCGTTATTCATTCAATGGAACCTCTTGTTGGATATTCACCAGATAAAAGTCAGAATATGGTTCTTATGGGTGGTTTAAGAAAATACGTTCCAATTACAAGAAGTACTTTTTTATGTGGTACACTTTCTCTTTGTGGTATTCCACCTCTTGCTTGCTTCTGGTCCAAAGATGAAATCCTTAGTAATAGTTGGTTGTATTCACCCTTTTTTGGAATAATAGCCTCTTTTACTGCAGGATTAACTGCATTTTATATGTTTCGGATATATTTACTTACTTTTGATGGGTATTTGCGTGTTCATTTTCAAAATTACAGCAGTACTAAAGAGGGTTCGTTGTATTCAATATCCTTATGGGGAAAAGGCATATCCAAAGGAGTCAATAGGGATTTTGTTTTATCAACAATGAAGAGTGGGGTTTCTTTTTTTTCACAAAATATACCCAAAATTCCTGGTAATACAAGAAATAAGATAGGATCCTTTAGTACTCCC????????????????????????TTTGTGGCTAAAAACACTTTTGTCTATCCTCATGAAACGGGAAATACTATGCTATTTCCTCTTCTTATATTACTGCTTTTTACTTTGTTCATTGGATCTATAGGAATCCATTTTGATAATGGAATAAAGGGCAATGGAATATCGGAGTTAACCATATTATCAAAGTGGATAACTCCTTCAATAAACTTTTTCCAGGAAAGTTCGAATTCTTCCATAAATTCATATGAATTTCTCACTAATGCAATTTCTTCTGTAAGTTTAGCAATTTTGGGTCTATTCATAGCATATATCTTCTATGGATCTACTTATTCTTTTTTTCAGAATTTGAATTTTCTAAATTCCCTTGT??????AAAAGGGAATCCAAAAAAGAACTTTTTGAATGAAGTAAAAAAAAAGATATACAGCTGGTCATATAATCGTGGTTATATAGATGTTTTCTATACTAGGTTCTTTATCTTGGGTATAAGAAGATTAGCTGAACTAACACATTTTTTTGATAAAGGTGTCATTGATGGAATTACCAAT???????AGAGAAATAAACGATTCAATGATCAAATAATAATACTAGTCTGTTATGGTTCGAGAGGAGGTAACAGGATCCACTCAAACATTAGAGTGGAAGTGTGTTGAATCAAGAGTAGATAGTAAGCGTCTTTATTATGGTCGCTTCATTTTGTCCCCGCTTAGAAAAGGTCAAGCAGATACTGTCGGTATTGCCTTGCGAAGAGCTTTACTTGGAGAAATAGAAGGAACATGTATAACACGCGCCAAATTTGGGAACGTGCCACACGAATATTCTACTATAGTAGGTATTGAAGAATCCATACAAGAAATTTTACTAAATTTGAAAGAAATTGTATTGAGAAGTAATCTCTATGGAATTAGAGACGCATCAATTTGCGTCAAAGGCCCCAGATACATAACCGCTCAAGATATAATCTTACCGCCTTCCGTAGAAATCGTTGATACGACACAACCTATAGCTAACTTGAGAGAGCCCATTGATTTCTATATTGAGTTACAGATCAAGAGAGATCGCGGATATCATACGGAACTGAGAAAGAACTCTCAAGATGGAAGTTATCCTATAGATGCTGTATCCATGCCTGTTCGAAATGTGAATTATAGTATTTTTTCTTGTGGGAATGGAAATAAAAAACACGAGATACTTTTTCTAGAAATATGGACGAATGGAAGTTTAACTCCTAAAGAAGCGC???TTTATGAAGCTTCTCGTAATTTAATTGATTTATTTCTTCCTTTTCTACACGCAGAAGAAGAGGGCACTAATTTCGAAGAAAATAAAAATAGATTTACTCCACCCCTTTTAACCTTTCAAAAAAGATTCACTAATCTAAAGAAAAACAAAAAAGGAATTCCATTGAATTGTATTTTTATTGATCAATTAGAATTGCCTTCTCGAACGTATAATTGTCTCAAAAGGGCCAATATACATACA???CTATTGGACCTTTTGAGTAAGACTGACGAAGATCTTATGGGAATTGACAGTTTTCGTATGGAAGATGGAAAACTGATATGGGACACTCTAGAGAAGCATCTCCCCTTTGATTTACCTAAGAACAAGTTCTCGCTTTAAATCCATTACAATTTTTTCCTCTTCTT?CTTTCTTTTTTTGAGTTAGAATAAAAAGAAAAAAGTTAGAATAAGAAGAAAAAAGAAAGCAATTTTGCATCTTTGGCACAATCTATATTTTCGCGAAATGGATCATAATAAAATAGATTTTAGGTATCTAGGGAAGATTCACTTGGAAGTAACTATTTCCTAGATACCCATGCAGGGAGCTTCGCGGTTGAATGAATAAACTCGAAAA?TCCCT?????AAAAAAGACCTAAAGTTAAGGATTTATCAATGGGTAATGTTGCTC? Sacciolepis_vilvoides_ ATGTCAATGGGATTTGGACTTTTTCTTATTCCGACAGCAACAAAAAATCTTCGTCGCATATGGGCTTTTCCTAGTATTTTACTCTTAAGTATAGCTCTGGTATTCTCAGTTCACCTGTCTATTCAACAAATAAATGGAAGTTCTATCTATCAATATCTATGGTCTTGGACCATCAATAATGATTTTTCCTTAGAATTTGGATACTTGATCGACCCCCTTACGTCTATTATGTTAATACTAATTACTACTGTAGGAATCTTGGTTCTTATTTATAGTGACGATTATATGTCTCACGATGAAGGATATTTGAGATTTTTTGTTTATATAAGTTTTTTTAATACTGCCATGTTGGGATTGGTTACTAGTTCCAATTTGATACAAATTTATTTTTTTTGGGAACTTGTCGGAATGTGTTCCTATTTATTGATAGGCTTTTGGTTTACACGGCCAATTGCAGCGAGTGCTTGCCAAAAAGCTTTTGTAACTAATCGTGTAGGAGATTTTGGTCTGTTATTAGGAATTTTAGGTTTTTTTTGGATAACGGGTAGTTTAGAGTTTCGGGATTTGTTCAAAATAGCTAATAATTGGATTCCTAATAATGGTATTAATTCCTTACTTACAACTTTGTGTGCTTTTTTATTATTCCTTGGTGCAGTTGCAAAATCTGCACAATTCCCTCTTCACGTATGGTTACCCGATGCCATGGAAGGACCCACTCCCATTTCGGCTCTTATACACGCAGCAACTATGGTTGCTGCGGGGATTTTTCTTTTAGCTCGACTTCTTCCTCTTTTCATATCCCTACCCTTGATAATGAGTTTTATTTCTTTAGTAGGTACAATAACACTCTTCTTAGGAGCCACTTTAGCTCTTGCTCAGAGAGATATTAAAAGAAGCTTAGCCTATTCTACAATGTC????????????????????????????????TAGGTTCTTATCAAGCTGCTTTATTCCATTTGATCACTCATGCTTATTCGAAAGCTTTATTGTTCTTAGGATCCGGATCCGTTATTCATTCAATGGAACCTCTTGTTGGATATTCACCAGATAAAAGTCAGAATATGGTTCTTATGGGTGGTTTAAGAAAATACGTTCCAATTACAAGAACTACTTTTTTATGTGGTACACTTTCTCTTTGTGGTATTCCACCTCTTGCTTGCTTCTGGTCCAAAGATGAAATCCTTAGTAATAGTTGGTTGTATTCACCCTTTTTTGGAATAATAGCCTCTTTTACTGCAGGATTAACTGCATTTTATATGTTTCGGATATATTTACTTACTTTTGATGGGTATTTGCGTGTTCATTTTCAAAATTACAGCAGTACTAAAGAGGGTTCGTTGTATTCAATATCCTTATGGGGAAAAGGCGTATCCAAAGGAGTCAATAGGGATTTTGTTTTATCAACAATGAAGAGTGGGGTTTCTTTTTTTTCACAAAATATACCCAAAATTCCTGGTAATACAAGAAATAAGATAGGATCCTTTAGTACTCCC????????????????????????TTTGTGGGTAAAAACACTTTTGTTTATCCTCATGAAACGGGAAATACTATGCTATTTCCTCTTATTATATTACTGCTTTTTACTTTGTTCATTGGATCTATAGGAATCCATTTTGATAATGGAATAAAGGGCAATGGAATATCGGAATTAACCATATTATCAAAGTGGCTAACTCCTTCAATAAACTTTTTCCAGGAAAGTTCTAATTCTTCCATAAATTCATATGAATTTCTCACTAATGCAATTTCTTCTGTAAGTTTAGCAATTTTTGGTCTATTCATAGCATATATCTTCTATGGATCTACTTATTCTTTTTTTCAGAATTTGAATTTTCTAAATTCCCTTGT??????AAAAGGGAATCAAAAAAAGAACTTTTTGAATGAAGTAAAAAAAAAGATATACAGCTGGTCATATAATCGTGGTTATATAGATGTTTTCTATACTAGATTCTTTATCTTGGGTATAAGAAGATTAGCCGAACTAACGCATTTTTTCGATAAAGGTGTCATTGATGGAATTACCAATGGAGTA?AGAGAAATAAGCGATTCAATGATCAAATAATAATACTAGTCTGTTATGGTTCGAGAGGAGGTAACAGGATCCACTCAAACATTAGAGTGGAAGTGTGTTGAATCAAGAGTAGATAGTAAGCGTCTTTATTATGGTCGTTTCATTTTGTCCCCGCTTAGAAAAGGTCAAGCAGATACTGTCGGTATTGCCTTGCGAAGAGCTTTTCTTGGAGAAATAGAAGGAACATGTATCACACGCGCCAAATTTGGGAACGTGCCGCACGAATATTCTACTATAGTAGGTATTGAAGAATCCATACAAGAAATTTTACTAAATCTGAAAGAAATTGTATTGAGAAGTAATCTCTATGGAATTAGAGACGCATCAATTTGCGTCAAAGGCCCCAGATACATAACCGCTCAAGATATAATCTTACCGCCTTCCATAGAAATCGTTGATACGACACAACCTATAGCTAACTTGAGAGAGCCCGTTGATTTCTATATTGAGTTACAGATCAAGAGAGATCGCGGATATCATACGGAACTGAGAAATATCTCTCAAGATGGAAGTTATCCTATAGATGCTGTATCCATGCCTGTTCGAAATGTGAAT???????????????????????????????????ACACGAGATACTTTTTCTAGAAATATGGACGAATGGAAGTTTAACTCCTAAAGAAGCGC???TTTATGAAGCTTCTCGTAATTTGATTGATTTATTTCTTCCTTTTCTACACGCAGAAGAAGAGGGCACTAGTTTCGAAGAAAATAAAAATAGATTTACTCCACCCCTTTTAACCTTTCAAAAAAGATTCACTAATCTAAAGAAAAACAAAAAAGGAATTCCATTGAATTGTATTTTTATTGATCAATTAGAATTGCCTTCTCGAACGTATAATTGTCTCAAAAGGGCCAATATACATACA???CTATTGGACCTTTTGAGTAAGACTGAAGAAGATCTTATGGGAATTGACAGTTTTCGTATGGAAGATGGAAAACTGATATGGGACACTCTAGAGAAGCATCTCCCAATTGATTTATCTAAGAACAAGTTCTCGCTTTAAATCCATTACAATTTTTTCCTCTTCTT?CTTTCTTTTTTTGAGTTAGAATAAAAAG???????????????????????????AAAGCAATTTTGCATCTTTGGCACAATCTATATTTTCGCGAAATGGATCATAATAAAATAGATTTTAGGTATCTAGGGAAGATTCACTTGGAAGTAACTATTTCCTAGATACCCATGCAGGGAGCTTCGCGGTTGAATGAATAAACTCGAAAAATCCCT?????AAAAAAGACCTAAAGTTAAGGATTTATCAATGGGTAATGTTGCTC? Zea_mays ATGTCAATGGGATTTGGACTTTTTCTTATTCCTACAGCAACAAAAAATCTTCGTCGTATATGGGCTTTTCCTAGTATTTTACTCTTAAGTATAGCTATGGTATTCTCACTTCACCTGTCTATTCAACAAATAAATGGAAGTTCTATCTATCAATATCTATGGTCTTGGACCATCAATAATGATTTTTCCTTAGAATTTGGATACTTGGTCGACCCCCTTACGTCTATTATGTTAATACTAATTACTACTGTAGGAATCTTAGTTCTTATTTATAGTGACGATTATATGTCTCACGATGAAGGATATTTGAGATTTTTTGTTTATATAAGTTTTTTTAATACTTCCATGTTAGGATTGGTTACTAGTTCCAATTTGATACAAATTTATTTTTTTTGGGAACTTGTCGGAATGTGTTCCTATTTATTGATAGGCTTTTGGTTTACGCGGCCAATTGCAGCGAGTGCTTGTCAAAAAGCTTTTGTAACTAATCGTGTAGGGGATTTTGGTCTGTTATTAGGAATTTTAGGTTTTTTTTGGATAACGGGTAGTTTGGAGTTTCGGGATTTGTTCAAAATAGCTAATAACTGGATTCCTAATAATGGGATTAATTCCTTACTTACTACTTTGTGTGCTTTTTTATTATTCCTTGGTGCAGTTGCAAAATCTGCACAATTTCCTCTTCACGTATGGTTACCTGATGCTATGGAAGGACCCACTCCTATTTCGGCTCTTATACACGCAGC???TATGGTTGCTGCGGGGATTTTTCTTCTAGCTAGACTTCTTCCTCTTTTCATATCCCTACCCTTGATAATGAGTTTCATTTCTTTAATAGGTACAATAACACTCTTCTTAGGAGCCACTTTAGCTCTTGCTCAGAGAGATATTAAAAGAAGCTTAGCCTATTCTACAATGTCTCAATTGGGTTATATGATGTTAGCTCTAGGTATAGGTTCTTATCAAGCTGCTTTATTCCATTTGATCACTCATGCTTATTCGAAAGCTTTATTGTTCTTAGGATCCGGATCCGTTATTCATTCAATGGAACCTCTTGTTGGATATTCACCAGATAAAAGTCAGAATATGGTTCTTATGGGTGGTTTAAGAAAATACGTTCCAATTACAAGAACTACTTTTTTATGTGGTACACTTTCTCTTTGTGGTATTCCACCTCTTGCTTGCTTCTGGTCCAAAGATGAAATCCTTAGTAATAGTTGGTTGTATTCACCCTTTTTTGGAATAATAGCCTCTTTTACTGCAGGATTAACTGCATTTTATATGTTTCGGATATATTTACTTACTTTTGATGGGTATTTGCGTGTTCATTTTCAAAATTACAGTAGTACTAAAGAAGGTTCGTTGTATTCAATATCCTTATGGGGAAAAAGTATATCCAAAGGAGTCAATAGGGATTTTGTTTTATCAACAATGAAGAGTGGAGTTTCTTTTTTTTCACAAAATATACCAAAAATTCCTGCTAATACAAGAAATAAGATAGGATCCTTTAGTACTCCC????????????????????????TTTGGGGCTAAAAATACTTTTGTCTATCCTCATGAAACGGGAAATACTATGCTATTTCCTCTTCTTATATTACTACTTTTTACTTTGTTCATTGGATCCATAGGAATCCATTTTGATAATGGAGTAAAGGATAATGGAATATTGGAGTTAACCATATTATCAAAGTGGCTAACTCCTTCAATAAACTTGTTCCAGGAAAATTCTAATTCTTCCATAAATTCATATGAATTTCTCACTAATGCAATTTCTTCTGTAAGTTTAGCAATTTTTGGTCTATTCATAGCATATATCTTTTATGGATCTGCTTATTCTTTTTTTCAGAATTTGAATTTTCAAAATTCCCTTGT??????AAAAAAGAATCCAAAAAAGAGCTTTTTGGATGAAGTAAAAAAAAAGATATACAGCTGGTCATATAATCGTGGTTATATAGATTTTTTCTATACTAGGGTTTTTATCCTAGGTATAAGAAGATTAGCCGAACTAACGCATTTTTTTGATAAAGGTGTCATTGATGGAATTACCAATGGAGTA?AGAGAAATAAACGATTCAATGATCAAATAATA????TAGTCTGTTATGGTTCGAGAAGAGATAACAGGATCCACTCAAACACTAGAGTGGAAGTGTGTTGAATCAAGAGTAGATAGTAAACGTCTTTATTATGGTCGTTTCATTCTGTCTCCGCTTAGAAAAGGTCAAGCGGATACTGTCGGTATTGCCTTGCGAAGAGCTTTACTTGGAGAAATAGAAGGAACATGTATCACACGCGCCAAATTTGGGAACGTGCCACATGAATATTCCACAATAGTAGGTATTGAAGAATCCATACAAGAAATTTTACTAAATTTGAAAGAAATTGTATTGAGAAGTAATCTCTATGGAGTTAGAGACGCATCAATTTGCGTCAAAGGTCCTAGATACATAACCGCTCAAGATATAATCTTACCGCCTTCCGTAGAAATCGATGATACGACACAACCTATAGCTAACTTGAGAGAACCCGTTGATTTCTGTATTGAGTTACAGATCAAGAGAGATCGCGCATATCATACGGAACTCAGAAAGAACTCTCAAGATGGAAGTTATCCTATAGATGCTGTATTCATGCCTGTTCGAAATGTGAATTATAGTATTTTTTCTTGTGGGAATGGAAATGAAAAACACGAGATACTTTTTTTAGAAATATGGACGAATGGAAAATTAACTCCTAAAGAAGGCGGCATTTATGAAGCTTCTCGTAATTTGATTGATTTATTTCTTCCTTTTCTACACACAGAGGAAGAGGGCACTAGTTTCGAAGAAAATAAAAACAGGTTAACTCCACCCCTTTTAACCTTTCAAAAAAGATTCACTAATCTAAAGAAAAACAAAAAAGGAATTCCATTGAATTGTATTTTTATTGATCAATTAGAATTGCCTTCTAGAACCTATAATTGTCTCAAAAGGGCCAATATACCATCAGCACTATTGGACCTTCTAGTGAAGACTGAAGAAGATCTTATCAAAATTAATAGTTTTGGTATGGAAGATGGAAAACTGATATGGGACACTCTAGAGAAGCATCTCCCAATTGATTTACCTAAGAACAAGTTCTCGCTTTAAAT?CATTGCAATTTTTTCCTCTTCTT?CTTTTTT?????GAGTTAGAATAAAAAGAAAAAAG????????????????????AAAGCAATTTGGCATCTTTGGCATAATCTATATTTTCGCGAAATGGATCATAATAAAATAGATTTTAGGTATCTAGGGAAGATTCACTTGGAAGTAACTATTTCCTAGATACCCATGCAGGGGACTTCGCGGTGGAATGAATCAACTCGAAAAATCCCTAAACTAAAAAAGACCTAAAGTTAAGGATTTATCAATGGGTAATGTTGCTC? ; END; [ The following blocks are output data for analysis step 6451 ] BEGIN TREES; TITLE 'Combined ndhF-rpoA TB'; LINK TAXA = TaxaForAnalysisStep6451; TREE t2 = [&R] (Zea_mays,((((Panicum_bartlettii,((Panicum_trichoides,(Panicum_heterostachyum,(Panicum_brevifolium,Panicum_hirtum))),(Panicum_sellowii_,Panicum_millegrana))),(Panicum_trichanthum,(Panicum_verrucosum,(((Panicum_dinklagei,((Panicum_nervosum,((((Panicum_caaguazuense,(Panicum_cyanescens,(Panicum_wettsteinii,(Panicum_subulatum,Panicum_polycomum)))),(Panicum_machrisianum_,(Panicum_pseudisachne,Panicum_auricomum))),(Panicum_rivale,(Panicum_granuliferum,(Panicum_micranthum,(Panicum_pyrularium,Panicum_arctum))))),(Panicum_parvifolium,Panicum_schwackeanum))),(Panicum_tenellum,Panicum_brazzavillense))),(Panicum_natalense,(Panicum_margaritiferum,Panicum_gracilicaule))),(Sacciolepis_angustissima,(Sacciolepis_vilvoides_,(Sacciolepis_myuros,Sacciolepis_indica_))))))),(Acroceras_zizanioides,(Oplismenus_burmannii,(Echinochloa_cruspavonis,Echinochloa_chacoensis)))),(Anthaenantiopsis_rojasiana,(Paspalum_foliiforme,Paspalum_bertonii)))); [! TreeBASE tree URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/tree/TB2:Tr22173] END; BEGIN TREES; TITLE 'Combined ndhF-rpoA TB'; LINK TAXA = TaxaForAnalysisStep6451; TREE t6 = [&R] (Zea_mays,((((((Panicum_trichoides,Panicum_bartlettii),(Panicum_heterostachyum,(Panicum_brevifolium,Panicum_hirtum))),(Panicum_sellowii_,Panicum_millegrana)),(Panicum_trichanthum,(Panicum_verrucosum,(((Panicum_dinklagei,(((Panicum_cyanescens,(Panicum_wettsteinii,((Panicum_caaguazuense,(Panicum_polycomum,(Panicum_subulatum,(Panicum_machrisianum_,(Panicum_pseudisachne,Panicum_auricomum))))),(Panicum_parvifolium,Panicum_schwackeanum)))),(Panicum_nervosum,(Panicum_pyrularium,(Panicum_rivale,(Panicum_granuliferum,(Panicum_micranthum,Panicum_arctum)))))),(Panicum_tenellum,Panicum_brazzavillense))),(Panicum_natalense,(Panicum_margaritiferum,Panicum_gracilicaule))),(Sacciolepis_angustissima,(Sacciolepis_vilvoides_,(Sacciolepis_myuros,Sacciolepis_indica_))))))),(Acroceras_zizanioides,(Oplismenus_burmannii,(Echinochloa_cruspavonis,Echinochloa_chacoensis)))),(Anthaenantiopsis_rojasiana,(Paspalum_foliiforme,Paspalum_bertonii)))); [! 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