#NEXUS [!This data set was downloaded from TreeBASE, a relational database of phylogenetic knowledge. TreeBASE has been supported by the NSF, Harvard University, Yale University, SDSC and UC Davis. Please do not remove this acknowledgment from the Nexus file. Generated on September 19, 2025; 16:30 GMT TreeBASE (cc) 1994-2008 Study reference: Drew B.T., & Sytsma K. 2011. Testing the monophylly of Lepechinia. Systematic Botany, . TreeBASE Study URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/study/TB2:S10999] [ The following blocks are input data for analysis step 6675 ] BEGIN TAXA; TITLE TaxaForAnalysisStep6675; DIMENSIONS NTAX=31; TAXLABELS Chaunostoma_mecistandrum Dorystaechas_hastata Hedeoma_piperitum Horminum_pyrenaicum Lepechinia_calycina Lepechinia_caulescens Lepechinia_chamaedryoides Lepechinia_glomerata Lepechinia_hastata Lepechinia_lamiifolia Lepechinia_mexicana_Hidalgo Lepechinia_mexicana_Pueblo Lepechinia_radula Lepechinia_salviaefolia Melissa_officinalis Meriandra_bengalensis Neoeplingia_leucophylloides Perovskia_atriplicifolia Rosmarinus_officinalis Salvia_aristata Salvia_axillaris Salvia_greatae Salvia_henryi Salvia_mellifera Salvia_officinalis Salvia_patens Salvia_polystachya Salvia_przewalskii Salvia_roemeriana Salvia_sclarea Zhumeria_majdae ; END; BEGIN CHARACTERS; [! TreeBASE Matrix URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/matrix/TB2:M7148] TITLE nrDNA; LINK TAXA = TaxaForAnalysisStep6675; DIMENSIONS NCHAR=1156; FORMAT DATATYPE=DNA SYMBOLS= "A C G T" MISSING=? 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Dorystaechas_hastata 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Hedeoma_piperitum 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Horminum_pyrenaicum 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Lepechinia_calycina 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Lepechinia_chamaedryoides 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Lepechinia_hastata 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Lepechinia_lamiifolia 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Lepechinia_radula 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Lepechinia_salviaefolia 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Melissa_officinalis AAACCTGCAA-AGCAGACCGCGAACACGTGTTTAACACC-----AC-GGGG-CA--CGACGTGGGGG--CATGCTCCCC-GTC-GTGTCTC-CGT--------TCCTGCCGGCGTGCTCCC-TC---GGGT-C-ACGTCGTGCGGACTAACGAACCCCGGCGCGGAATGCGCCAAGGAAAACTAAACGAA-GCGACCGCCT-CC---TGCATCCCGTTCGCGGAGT----GTGT-GGGAG-GATTGGGCGTCTATC-----AAATGTCATAACGACTCTCGGCAACGGATATCTCGGCTCTCGCATCGATGAAGAACGTAGCGAAATGCGATACTTGGTGTGAATTGCAGAATCCCGTGAACCATCGAGTCTTTGAACGCAAGTTGCGCCCGAAGCCACTAGGCCGAGGGCACGTCTGCCTGGGCGTCACGCATCGCGTCGCCCCCCCGCGCA---CCGCGCT-GGT--TATGGGGGCGGATATTGGCCTCCCGTGTGCTTC-GGCACGCGGCTGGCCCAAATGCGATCCCTCGGCGACTCATGTCACGACAAGTGGTGGTTGAACA-CTCAATCTCGCGCGTCGTCGTGCTACTGAGTCGTCA-GTATGGGCATCCATGAAC----GACCCTATGGTG-TCG------GTGCCTCACAGCACCTCA-------CTTTCGACCGCGACCCCAGGTCAGGCGGGATTGTATGGGCATGTTGGATCCCTGTTC-GGGCAGCGACGGCATCTCATCCGCGTCTCTTCAGT---TGTTGGCTCGAG--CACGTGCTCGGCCGATGTT-GGTTTTCCTGTGCTGAATACCTATCGCAAAGGCAT--TCTGTCGGCTAAGATTGTTCATTTCCCGCCTTGCGCTGC-TGCT-CCCCGTGGGCA-AGCGGTGCGGGGTGGGCCAAATA-GCAGGCGTCGTGTATCGCAC-CGTGTTCGCCCC-TAC---GGGTGTTCGGGTTGACGATCCACGGCGTGATGCTCGTTCTCTCGGGTACGGAACATCATGTGGG---TACGAGG--CCTT-CG-GCCTCCGAGCACCACAAACAA--GCGTTCTACGCTTCTTGCGAACGACGGTCGGTTC-GGTCTTTGTCCGTGCTCTCGTGGCTCGGTTCA-AGTCGGGCCGAC-GT-CGG Meriandra_bengalensis 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Neoeplingia_leucophylloides 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Perovskia_atriplicifolia AAACCTGCAA-AGCAGACCGCGAACACGTGTTTAACACC----AAC-GGTG-CG--CGGCGCGGGGG--CAA--CCCCC-GTC-GTGTCAC-CGG--------CCCCCCCGGCGTGTTCCC-TC---GGGT-C-ACGTCGTGCGGGCTAACGAACCCCGGCGCGGAATGCGCCAAGGAAAACTAAACGTA-GCGTCCGCCCTCC---CGCGCCCCGTTCGCGGAG?----GTGCAGGGGGGGATCGGATGTCTGTC-----AAATGTCAAAACGACTCTCGGCAACGGATATCTCGGCTCTCGCATCGATGAAGAACGTAGCGAAATGCGATACTTGGTGTGAATTGCAGAATCCCGTGAACCATCGAGTCTTTGAACGCAAGTTGCGCCCGAAGCCATTAGGCCGAGGGCACGTCTGCCTGGGCGTCACGCATCGCGTCGCCCCCCCGCGCA---CAGCGCC-GGA--TGTGGGGGCGGATATTGGCCTCCCGTGCGCCTC-GGCATGCGGCTGGCCCAAATGCGATCCCTCGGCGACTCATGTCACGACAAGTGGTGGTTGAACAACTCAATCTCGCGCGCCGTCGTGCTACTGCGTCGTCC-GTACGGGCATCCATCAAC----GACCCAACGGTG-TCG------GTGCCTCGCAGCACCTCA-------CTTTCGACCGCGACCCCAGGTCAGGCG-----GTATGGGCATGTTGGATCCCTGCTC-TGGCAGCGACAGCATCTCCTCCACGTCTCTTCAGT---TGTTGGCGCGGG--CATGTGCTCGCCCGATGTT-GGTTTTCCTGTGCTGAATACCTATC{GT}TGAAGGCAT--TCTCTCGGCTA{CT}GATTGTCCCTTTCCCGCCTTGTGCTGC-TGCT-CCCCGTGGGCG-AGCGGTGCGGGGTGGGCCAAATC-GCGCACGTCGTGTATCGCAC-CGCGTTCACCCC-C{AT}C---GGGCGTTCGGGTTGACGACCCACGACGTGATGCTCGGTCTCTCGGATACGGAACATCACGTGGG---TACGAGG--CCAT-CG-GCCTCCGAGCACCACAAACAA--GCGTTCTACGCTTCGTGCGAACGACTGTCGGTTC-GGCCTTTGGCCGTGCTCTCGCAGCTCGGTTCA-AGTCGTGCCGAC-GT-CGG Rosmarinus_officinalis 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Salvia_aristata 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Salvia_axillaris 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Salvia_greatae 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Salvia_henryi 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Salvia_mellifera 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Salvia_officinalis 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Salvia_patens ATACCTGCAA-AGCAGACAGCGAACTCGTGTTTCACCAC----GAC-GGCG-AG--CGACGTGGGGG--CGA--CCCCC-GTC-GTGCACC-CGTCTC-----TCCCGCCGGCGTGTTCCC-CA---GCGT-C-ACGCCGTGCGGGCTAACGAACCCCGGCGCGGAATGCGCCAAGGAATACTAAACGAA-GCGACCGACCCCC---CGCACCCCGTTCGCGGACC----GTGT-GGGGGTGACCGGATGTCTTAC-----AAATGTCATAACGACTCTCGGCAACGGATATCTCGGCTCTCGCATCGATGAAGAACGTAGCGAAATGCGATACTTGGTGTGAATTGCAGAATCCCGTGAACCATCGAGTCTTTGAACGCAAGTTGCGCCCGAAGCCATTTGGCCGAGGGCACGTCTGCCTGGGCGTCACGCATCACGTCGCCCCCCCGCGCT---CAGCGCG-GGT--CAGGGGAGCGGATATTGGCCTCCCGTGCGCCTC-GGTGTGCGGCTGGCTCAAATGCGATCCCTCGACGACTCGCGTCACGACAAGTGGTGGTTGAACA-CTCAATCTCTTGCGTCGTCGTGTCGCCGTGTCGTCC-GAACGGTCATCACGTAAC----GACCCTACGGTG-ACG------GTGCCTCACGGCTCCACA-------CCTTCGACCGCGACCCCAGGT-----------GTATGGGCATGTTGGATCCCTGCTT-GGGCA{AG}CGACGACATCTCCTCCACGTCTCTTCAGT---TGTTGGCACGAG--TATGTTCTCTGCCGATGTT-GGT{CT}ATCCTGTATTGAATACC{AT}ATCTTAAGGGCAT--TAAGTTGGCTAGATTCGTTTGTTTCCCGCCTTGTGCTGC-TGCT-CCCCGT{AG}GGCA-AGCGGTGCGGGGTGGGCCAAATC-GCGCCCGTTGTGTATCGCAC-CATGTTCGCCCT-TTG---CGGTGTTCGGGTTGACGACCCACGACGTTATGCTCGATATCTCGGGTA{CT}GGTATATAATGTGGG---TACGTGG--CCAT-CG-GCCTCCGAGCTCCACAAACAA--GCGTTCTACGCTTCATGCGAACGACAGTCGGTTC-GGTGTTTGGTCGTGCTCTCGTAGCTCGATTCA-AGCCGTGCAGAC-GT-CGA Salvia_polystachya ATACCTGCAA-AGCAGACAGCGAACCCGTGTTTAACACC----GGC-GGCG-----TGCGGCGGGGG--CGA--TCCCC-GTC-ACG-CGCTCGTCTC-----CCCCGCCGGCGTGCTCCC-TC---GGGT-C-ACGCCGTGCGGGCTAACGAACCCCGGCGCGGAATGCGCCAAGGAATACCTAACGAA-GCGTCCTCCC-CC---CGCACCCCGTTCGCGGACC----GTGT-GGGGGCGACCGGATGTCTTAC-----AAATGTCATAACGACTCTCGGCAACGGATATCTCGGCTCTCGCATCGATGAAGAACGTAGCGAAATGCGATACTTGGTGTGAATTGCAGAATCCCGTGAACCATCGAGTCTTTGAACGCAAGTTGCGCCCGAAGCCATTTGGCCGAGGGCACGTCTGCCTGGGCGTCACGCATCGCGTCGCCCCCCTGCGCT---TAGCGAA-AGG--GCGGGGAGCGGAAACTGGCCTCCCGTTCGCCTTTGGTGTGCGGCTGGCCCAAATGCGATCCCTCGGCGACTCGCGTCACGACAAGTGGTGGTTGAACA-CTCAATCCCTTGCGTCGTCGTGCCGCTGTGTCGTTC-TTACGGGTGTCAAACAAC----GACCCTA-GGTG-GCG------GTGCCTCACGGCTCCACA-------CCTTCGACCGCGACCC------------------------------------------------------CATCTCCTCCACGCCTCTTCAAT---TGTTGGCACGAG--CGTTTGCTCGTCCGATTCC-GGTTTTCCTGTGCTGGCTACCTATCGAGACGGCAT--TGAGTCGGCTATAATCGTTCTTTTCCCGCCTCGTTCTGC-CGCT-CCACCTGGGGC-GGCGGCACAAGGTGGGCCAAATC-GCGCACGTTGCGTGTCGCAC-CGCGTTCGCCGT-CAC---TGGCGTTCGGGTTGACGACCCGCAGCGTTATGCTCGATCTCTCGGGTACGGTGCATGATGTGGG---TACGAGG--CCGA-CG-GCCTCCGAGCTCCACAAACAA--GCGTTCTACGCTTCGTGCGAACGACTGTCGGTTC-GGTATTCGGCCGTGCTCCCGTAGCTCGGTTCA-AGCCGTGCCGAC-GT-CGA Salvia_przewalskii AAACCTGCAA-AGCAGACCGCGAACACGTGTTTAACACT----GCCGGGTG-CG--CGGCGCGGGGG--CAA--CCCCC-GTC-TCGTACT-CGGTT------TCCCGCCGGCGCGCGTCC-TC---GGGC-CTGCGTCGTGCGGGCTAACGAACCCCGGCGCGGAATGCGCCAAGGAAAACTAATCGAA-GCGTCCACCC-CT---CG{CT}GCCCCGTTCGCGGTGC----GTGC-GGGGG-GATCGGATGTCTATC-----AAATGTCAAAACGACTCTCGGCAACGGATATCTCGGCTCTCGCATCGATGAAGAACGTAGCGAAATGCGATACTTGGTGTGAATTGCAGAATCCCGTGAACCATCGAGTCTTTGAACGCAAGTTGCGCCCGAAGCCATTAGGCCGAGGGCACGTCTGCCTGGGCGTCACGCATCGCGTCGCCCCCCCGCGCA---CAGCGCG-GTT--TGCGGGGGTGGAAATTGGCCTCCCGTGCACCCC-GG{CT}GCGCGGCTGGCCCAAATGCGATCCCTCGACGACTCGTGTCGCGACAAGTGGTGGTTGAACAACTCACTTTCGT-----GTCGTGCTTCTG{CT}GTCGTCG-GTATGGGCATCCGTAAAC----GACCCAACGGTG-TCG------GCGTCGCACGACGCCCCA-------CCTTCGACCGCGACCCCAGGTCAGGCGGGATT--ATGGGCATGTTGGATCCCTGCTC-GGGCAGCGACGACATCTCCTCCACGTCTCTTCAAT---ATTTGGCGCGAG--CGCTTGCTCGGCCGACGTC-GGTT-TCCTGTGCTGAATACCTATTGCGAGGGCAT--TGTGTCGGCTACGTTTGTTCGCTTCCCACCTTGTGCCGC-TGCT-CCACGTGGGCG-TGCGGTGCGGGGCGGGCCAAATC-GCGCGCGTCGTGTGTCGCAC-CGCGTTCGCCC{CT}-TAG---GGGCGTTCGGGTTGTCGACCCA{CT}GACGTG-TGCTCGGTCTCTCGGGTACGGTGCATCATGTGGG---TACGAGG--CC{GT}T-CG-GCCTCCGAGCACCACAATCAA--GCGTTCTACGCTTCGTGCGAACGACCGTCGGTTC-GGTCTTTGGCCGTGCTCTCGCAGCTCGGTTCA-AGTCGGGCCGAC-GT-CGA Salvia_roemeriana AAACCTGCAA-AGTAGACCGCGAACATGTGTTTAACTCC--TCGAC-GGTG-CA--TGGCGCGGGGG--CAA--CCCCC-GTT-GTGTCGC-CGTCAC-----CCCCGCATGCGTGTTCCC-TC---GGGT-C-ACGTCTTGTGGGCTAACGAACCCCGGCGCGGAATGCGCCAAGGAAAACTTAACGAA-GCATTCACCC-CC---TGCACCCCGTTCGCGGAGT----GTGC-GGGGG-TATTGGGTGTTTATC-----AAATGTCAAAACGACTCTCGGCAACGGATATCTCGGCTCTCGCATCGATGAAGAACGTAGCGAAATGCGATACTTGGTGTGAATTGCAGAATCCCGTGAACCATCGAGTCTTTGAACGCAAGTTGCGCCCGAAGCCATTAGGCCGAGGGCACGTCTGCCTGGGCGTCACGCATCGCGTCGCCCCCATGCGCA---CAGCGCT-GGT--TGTAGGGGCGGATATTGGCCTCCCGTGTGCCTC-GGTGCGCGGCTGGCCCAAATGCGATCCCTCGGCGACTCATGTCACGACAAGTGGTGGTTGAACT-CTCAATCTCGCGCGTCGTCGTGCCACTGCGTCGTCC-GTTTGGGCATCTATCA-C----GACCCAACGGTG-TTG------GTGCCTCTTGGCGCCCCA-------CCTTCGACCGCGAACCCAGGTCAGGCGGGATTGTGTGGGCACGTTGGATCCCTGCTCCGGGCAGCGACAACGTATCCTCCACGCCTCTTCAGT---TGTTGGCAAGAG--CATGTGCTCGGCCGATGTTTGGTTTTCCTGTGCTGAATACCTATCACGAAGGCAT--TCTGTTGGCTATAGAAGTCCCTTTCCCGCCTTGTGCTAC-TGCT-CCTCGTGGGCA-AGTGGCATGGGGTGGGCCAAAAT-GCTCACATCGTGTATCGCAC-CACGTTCGACCT-CTCG--GGGTGTTCAGGTTGTCGACCCATGATGTGATGCTCGGTCTCTCGGATACGGAACATCACGTGGG---TACGAGG--CCAT-CG-GCCTCCGAGCACCACAAACAA--GCGTTCTACGCTTCGTGCGAACGACTGTCGTTCCTGGTCTTTGTCCGTGCTCTCGTAGCTCGGTTCA-AGTCGGGTCGAC-GT-CGA Salvia_sclarea AAACCTGCAA-AGCAGACCGCGAACACGTGTTTAACACCGACCGAC-GGCG-CA--CGGCTCGGGGG--CGA--CCCCG-CTCCGTGCCGC-CGTCGA-----CCCCGCCCGCGCGTTCCC-TC---GGGT-C-GCGCGGCGCGGGCTAACGAACCCCGGCGCGGAATGCGCCAAGGAAAACTAAACGAA-GCGTCCGCCC-CC---CGCGCCCCGTTCGCGGAGT----GCGC-GGGGG-CGTCGGACGTCTATC-----AAATGTCATAACGACTCTCGGCAACGGATATCTCGGCTCTCGCATCGATGAAGAACGTAGCAAAATGCGATACTTGGTGTGAATTGCAGAATCCCGTGAACCATCGAGTCTTTGAACGCAAGTTGCGCCCGAAGCCATTAGGCCGAGGGCACGTCTGCCTGGGCGTCACGCATCGCGTCGCCCCCCACCACA----------------TGCGGGGGCGGATACTGGCCTCCCGTGCGCCCC-GGCGCGCGGCTGGCCCAAATGCGATCCCTCGGCGACTCGTGTCACGACAAGTGGTGGTTGAAAT-CTCAATCTCTTGCGCCGTCGTGCCGCTGCGTCGTCC-GTGAGGGCATCCATCAAC----AACCCAACGGCC-GGT------GCGCCTCGCGGCGCCCGA-------CCTTCGACCGCGACCCCAGGTCAGGCGGGATTGTTTGGGCATGTTGGATCCCTGCTCCGGGCAGCGACAACGTTTCCTCCGCGCCTCTTCAGT---TGTTGGCTAGAG--CACGTGCTCGTCCGATTTTCGGTTTTCCTGTGCTGAATACCTATCACGAAGGCAT--TCTGTCGGCTAAAAATGTCCATTTCCCGCCTTGCGCTGCGTGCT-CCTCGTGAGCA-AGCGGTGCGGGGTGGGCCATATC-GTGCACGTCGTGTATCGCAC-CGCGTTCGACCC-TCCG--GGGCGTTCGGGTTGACGACCCACGACGTGATGCTCGATATCTCGGATACGGAACATCACGTGGG---TACGAGG--CCAT-CG-GCCTCCGAGCACCACAAAAAA--GCGTTCTACGCTTCGTGCGAACGACCGTCGTTCCCGGCCTTGCGCCGCGCTCTCGTAGCTCGGTTCA-AGTCGGGCCGAC-GT-CGG Zhumeria_majdae AAACCTGCAA-AGCAGACCGCGAACACGTGTTTAACACC----GAC-GGTGGCA--CGGCGAGGGG---TGA--CCCCC-GTC-GGGCCAT-CGTC-------CCCC?CCGGCGTGTTCCC-TC---GGGT-C-ACGTCGTGCGGGCTAACGAACCCCGGCGCGGAATGCGCCAAGGAAAACTAAAC{AG}AA-GCGTCCGCCC-CC---CGAGCCCCGTTC{AG}CGGTGC----GCGC-GGGGG-GACCGGATGTCTGTC-----AAATGTCAAAACGACTCTCGGCAACGGATATCTCGGCTCTCGCATCGATGAAGAACGTAGCGAAATGCGATACTTGGTGTGAATTGCAGAATCCCGTGAACCATCGAGTCTTTGAACGCAAGTTGCGCCCGAAGCCGTCAGGCCGAGGGCACGTCTGCCTGGGCGTCACGCATCGCGTCGCCCCCCCGCGCA---{AG}T{AG}CGCC-GGT--TACGGGGGTGGATATTGGCCTCCCGTGCGCTCC-GGCGTG{CT}GGCTGGCCCAAATGCGATACCTCGGCGACTCGTGTCGCGACAAGTGGTGGTTGAACA-CTCAATCTCGCGCGCCGTCGTGACACCGTGTCGTCT-GTACGGGGATCCATCAAT----GACCCAACGGTG-{GT}AG------GTGCCTCAGGGCG{CT}CCCA-------CCTTCGACCGCGACCCCAGGT?AGGCGGGATTGTATGGGCATGTTGGATCCCTGCTC-GGGCAGCGACGACATCTCCTCCACGTCTCTTCAGT---TATTGGCTCGAG--CACGTTCTCGGCCG{AT}TGTC-{AG}GGTTTCCTGTGCT{GT}AATACCTAT{CT}G{GT}GAGGGCAT--TATGT{AC}GGCTAAA------C{AG}TTTCCCGTCTTG{CT}GCT{AG}C-TGCT-CCATGTGGGCA-AGTGG{CT}GTGGGGTGGGCCAAAAA-{GT}{CG}ACA{CT}GT{CT}GTGTATCGCAC-CGCTTACACCTT-AA{CT}---GG{AG}TGTATGGG{CT}TGA{CT}GATCCATGA{CT}GTGTTGCTCGATCTCTCGGGTA{CT}GGTAGATCACGTGGG---TA{AC}GGGG--CCTTTTG-G{CG}{CT}TCCGA-CGCCACAAACAA--GCGTTCTACGCTTCGTGCGAACGAC{GT}GTCGGTT{AC}-GGTCTTTGTCCGTGCTCTCGTAGCTCGGTTCA-ATCCGTGCCGAC-GT-CGA ; END; [ The following blocks are output data for analysis step 6675 ] BEGIN TREES; TITLE ML_nrDNA; LINK TAXA = TaxaForAnalysisStep6675; TREE PAUP_1 = [&R] 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[! TreeBASE tree URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/tree/TB2:Tr25741] END;