#NEXUS [!This data set was downloaded from TreeBASE, a relational database of phylogenetic knowledge. TreeBASE has been supported by the NSF, Harvard University, Yale University, SDSC and UC Davis. Please do not remove this acknowledgment from the Nexus file. Generated on March 29, 2024; 2:28 GMT TreeBASE (cc) 1994-2008 Study reference: Delgado-salinas A., Thulin M., Pasquet R., Weeden N., & Lavin M. 2011. Vigna (Leguminosae) sensu lato: the Names and Identities of the American Segregate Genera. American Journal of Botany, 98(10): 1694–1715. TreeBASE Study URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/study/TB2:S11224] [ The following blocks are input data for analysis step 6923 ] BEGIN TAXA; TITLE TaxaForAnalysisStep6923; DIMENSIONS NTAX=166; TAXLABELS Alistilus_jumellei_JN008191 Alistilus_jumellei_JN008192 Amphicarpaea_bracteata_AY582971 Ancistrotropis_firmula_JN008259 Ancistrotropis_firmula_JN008273 Ancistrotropis_peduncularis_AY582984 Ancistrotropis_peduncularis_JN008272 Bituminaria_bituminosa_EU717398 Butea_monosperma_JN008175 Cochliasanthus_caracalla_JN008274 Cochliasanthus_caracalla_JN008275 Cologania_hintoniorum_AY583013 Condylostylis_candida_JN008260 Condylostylis_latidenticulata_AY582985 Condylostylis_venusta_JN008261 Dipogon_lignosus_AY582988 Dolichopsis_ligulata_AY509951 Dolichopsis_paraguariensis_AY509942 Dolichopsis_paraguariensis_AY509943 Dolichos_kilimandscharicus_JN008184 Dolichos_oliveri_JN008183 Dolichos_trilobus_trilobus_AY582976 Dolichos_trinervatus_JN008265 Glycine_max_AF142700 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TreeBASE Matrix URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/matrix/TB2:M11047] TITLE trnK_Character_Matrix; LINK TAXA = TaxaForAnalysisStep6923; DIMENSIONS NCHAR=2838; FORMAT DATATYPE=DNA SYMBOLS= "A C G T" MISSING=? 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Sigmoidotropis_halophila_JN008249 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Vigna_angivensis_JN008213 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Vigna_monantha_JN008203 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Wajira_grahamiana_AY583005 TTACGCATTTCTATGAAGCAATCGGTTCGTCCATACTATCGGTAGAGCTTGTAAAACCACGACTGATCCA-GAAAGGAA----TGAATGGAAAAAGTAGCATGTCGTATCGATGAAGAATTCTAAAAA-GATTTCATTC--------------------TTATAGGATCCAGCTCAAATTTTTGTTT--GAATTTTTGGCTCGTAACAAAAAAA--------TTAAGTTGGGTTTAATTTATAAAGGGATAGAACTTGGTGGCTCTAATTCTAA---------------TAGGGAAACAAAAAGCAACGAGCTTTCATTTCTTTTTT-ATTTGGATCATTACCCCATCTAATTATACGTTAAAAAGAGGTTAGTGCTTGATGTGGGAAAAGCTTTTCCGGTGAATGGATTA----TTTATTTTTGTTATGAGTCCTAACTATA-TAGCTATTTTCCATTATCTTTTGGTATTTTGGGGTAGCGATAAATGTGTA----AAAGAAAGAGTAT-ATTGAT------AAAGATATTTTTT-CCAAAATCAAAAGAGCGATTAGGTTGAAAAAAAAAA------TAAAGGATTCTTAATTAGCTCGTTATCCT------AGAAC---AAAAATTAGGCGAAAAA-GCGATTAGAGAGAGTCTGTTGATGGGTTTTACTTGTTTTCTAGGTATAT----------------------------------ACCTAGAATTTCCTGTTTTGACCATATCGCACTATGTATCATTTGATAATCCAATGAATCTCTGATTCTTTGTTTGA------CCAAATAGA---C----TTTA---------ATGGAGCAATATCAAGCATATTTAGAACTCCGTAGATCTCTATACCAGGACATCCTATACCCACTTTTTTTTCGGGAATCTATTTATGGACTAGCTTATGGTCATGAGTCCATTTTTATAGAAAAT---GTAGATTATAACAATCAATTTAGTTTACTAATTGTAAAACGTTTAAGTACTCGAATGTATCAACAGACTCATTTCAGTATTTTTGCTAACGATTCTAACAAAAATCCTTTTGTGGGTTATAACTATAATTTGGATTCT------------CAAATAATATTAGAAGGTTTTGTTGTCGTTGTGGAGATTATATTTTCTCTACAATTATGTATCTCGTCCTTAAGAGGATTAGAAATCGTAAAACCTTATAAAAATTTGCAATCAATTCAGTCCACTTTTCCCTTTTTCGAAGATAAACTGATATATTTAAATCATAAGTTAGATATACGAATACCCTATCCTATCCATCTGGTAATCTTGGTTCAAATCCTTCGATATTGGATAAAAGATGTCTCTTTCTTTCATTTAATAAGGTTGTTTTTTTATTACTATTATAAT------TGGAATAGTCTTTTTATTCCAAAAAAATTGATTTCTACTTTTTTTTCAAAAAGGAATCTAAGAATTTTCATGTTCCTATATAATTTATATGTA------TGGGAATATGAATCTATCTTTCTTTTTCTACGTAACAAATCTTCTCAGTTACCGTTAAAACATTTTCGCGTTTTTTTTGAGCGAATTTTTTTCAATGAAAAAATAGAACATCTTCTAGAAGTATCTACTAAGAATTGTTCATCTACCTTATCTTTCTTTAAGGATATTTTCATCCATTATGTTAGATATCAAGGAAAATCAATTCTGGTTTCAAAGAAGACTCCTCTTTTGATAAATAAATGGAAATACTTTTTTATCTATTTATGGCAATCTCATTTTGATATTTGGGCTGGACCAGGAACGATCCATATAAACCAATTATCTCAGTATTCATTTCACTTTTTAGGCTATTTTTTAACTATTCCACTAAATATTTCAGTAGTACGAAGTCAAATGTTGCAAAATTCATTTCTAATAAAATTTGTTATCAAAAAGGTTGATACAATAGTTCCCATTATTCCTCTAAAGAGATCATTGGCTAAAGCAAAATTTTGTAATGTATTGGGTCATCCCATTAGTAAGTCGGTTTGGGCCAATTTCTCTGATTTTGATATTCTTGACCGGTTTTTGCGGATATGCAGAAATTTTTCTCATTATTACAAAGGATCCGCAAAAAAAAAGAGTTTATATCAAATAAAATATATACTTCGGCTTTCTTGTATAAAAACTTTGGCTCGTAAGCACAAAAGTACTGTGCGCACTTTTTTG------AAAAAATTAAGTTCAGAAAAATTATTGGAAGAATTTTTTACA---GAAGAAGATATTTTTTCTTTGATTTTTCCA------AGAACTTCTTTTACTTTGCAGAGGTTTTAT------AGAGGTCGGATTTGGTATTTGGATATTCTTTTCAGAAACGATTTCGTCAATCATTTATAA---TTTAAA---------------------ATAGGTTATGATACT------TTGGAAATTGA-------------TAAAAC-GAAATTCTTTT------------------------------TATTAATTGAGGATAAAAAAAA-----TCA--TTTTTTC---AGTATTCTATA-----------------------------------------TCTATAGG------------------ATTTTGAAATGCTCATGTAGTAAGAGTCA-------AGATTCGGGGTTCATTAATTGAATATT------TAACTTTCTTAGAG-------TCTTTTGCTAGGCAAGTAATTCAGGTTTAGATGTATGCATAGGGAAAGCCGTGTGCAATGAAAAATGCAAACACGGCTTGGGGAGGGATTTTTTCTTGTTTTATT Wajira_praecox_AY583001 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Wajira_virescens_AY583000 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; END; [ The following blocks are output data for analysis step 6923 ] BEGIN TREES; TITLE trnK_analysis; LINK TAXA = TaxaForAnalysisStep6923; TREE Strict = [&R] (Platycyamus_regnellii_AF142709,(Butea_monosperma_JN008175,((Otoptera_burchellii_JN008176,Psophocarpus_lancifolius_JN008177),(Cologania_hintoniorum_AY583013,(((((Ophrestia_radicosa_AF142703,Glycine_max_AF142700),((((Rupertia_physodes_EF549955,Psoralea_tenuiflora_JN008181),Psoralea_pinnata_JN008182),Otholobium_bolusii_JN008180),Bituminaria_bituminosa_EU717398)),Amphicarpaea_bracteata_AY582971),Neorautanenia_mitis_JN008178),Pueraria_montana_lobata_AY582972,Pseudovigna_argentea_JN008179),((((((Dolichos_trilobus_trilobus_AY582976,Dolichos_oliveri_JN008183,(Dolichos_trinervatus_JN008265,Dolichos_kilimandscharicus_JN008184)),Nesphostylis_holosericea_AY582979),(Alistilus_jumellei_JN008191,Alistilus_jumellei_JN008192)),(Macrotyloma_uniflorum_benadirianum_JN008185,((((Macrotyloma_stenophyllum_JN008186,Macrotyloma_stenophyllum_JN008187),Macrotyloma_ellipticum_AY582974),Macrotyloma_axillare_JN008266,Macrotyloma_daltonii_AY582973),Macrotyloma_africanum_JN008188))),(Sphenostylis_stenocarpa_AY582977,(Sphenostylis_angustifolia_AY582978,Sphenostylis_angustifolia_JN008189,Sphenostylis_angustifolia_JN008190))),((Wajira_albescens_AY583011,(Wajira_grahamiana_AY583005,(Wajira_praecox_AY583001,Wajira_virescens_AY583000))),Wajira_danissana_AY583008),((((Spathionema_kilimandscharicum_JN008193,Spathionema_kilimandscharicum_AY582990),(Vatovaea_pseudolablab_AY583016,Vatovaea_pseudolablab_JN008194)),(Lablab_purpureus_AY582989,Dipogon_lignosus_AY582988)),(((Physostigma_venenosum_JN008195,Physostigma_venenosum_AY582998),((((((Vigna_unguiculata_AY582999,(Vigna_unguiculata_JN008196,Vigna_unguiculata_JN008197,Vigna_unguiculata_JN008199),Vigna_unguiculata_JN008198),Vigna_monantha_JN008203),(Vigna_vexillata_JN008212,Vigna_angivensis_JN008213)),(Vigna_membranacea_membranacea_JN008207,(Vigna_membranacea_caesia_JN008208,Vigna_friesiorum_AY582997)),(((Vigna_aconitifolia_JN008214,Vigna_aconitifolia_JN008215,Vigna_aconitifolia_JN008216,Vigna_aconitifolia_JN008217),((Vigna_glabrescens_JN008219,(Vigna_reflexopilosa_glabra_JN008228,Vigna_reflexopilosa_reflexopilosa_JN085947)),Vigna_trinervia_JN008235),(Vigna_grandiflora_JN008220,(Vigna_stipulacea_JN008230,Vigna_trilobata_JN008233)),((Vigna_mungo_mungo_AY582994,Vigna_mungo_silvestris_JN008223),(((Vigna_radiata_radiata_DQ445950,Vigna_radiata_radiata_JN008226),Vigna_radiata_sublobata_JN008227),Vigna_subramaniana_JN008231)),Vigna_trilobata_JN008234),((((Vigna_angularis_nipponensis_JN008269,Vigna_nepalensis_JN008225),Vigna_angularis_angularis_JN008218),Vigna_tenuicaulis_JN008232),((Vigna_hirtella_JN008221,Vigna_minima_JN008222,(Vigna_nakashimae_JN008224,Vigna_riukiuensis_JN008229)),(Vigna_umbellata_AF142701,Vigna_umbellata_AY582995,Vigna_umbellata_JN008236,Vigna_umbellata_JN008237,Vigna_umbellata_JN008238))))),(Vigna_nigritia_JN008200,((Vigna_triphylla_JN008205,Vigna_monophylla_AY583015),Vigna_schimperi_JN008206))),(((Vigna_racemosa_JN008267,Vigna_hosei_JN008204),Vigna_gazensis_JN008211),(((Vigna_ambacensis_JN008201,Vigna_filicaulis_JN008202),Vigna_subterranea_JN008210),((Vigna_luteola_AY582996,Vigna_luteola_JN008268),Vigna_luteola_JN008209))),((Vigna_lasiocarpa_AY582993,Vigna_longifolia_AY582991),(Vigna_trichocarpa_AY582992,Vigna_trichocarpa_JN008239)))),(((Sigmoidotropis_ampla_JN008240,Sigmoidotropis_ampla_JN008241,Sigmoidotropis_antillana_JN008242,Sigmoidotropis_ekmaniana_AY582986,Sigmoidotropis_elegans_JN008243,Sigmoidotropis_elegans_JN008244,Sigmoidotropis_elegans_JN008245,Sigmoidotropis_elegans_JN008246,Sigmoidotropis_halophila_JN008247,Sigmoidotropis_halophila_JN008248,Sigmoidotropis_halophila_JN008249,(Sigmoidotropis_megatyla_JN008250,Sigmoidotropis_megatyla_JN008251,Sigmoidotropis_megatyla_JN008270),Sigmoidotropis_speciosa_DQ443466,Sigmoidotropis_speciosa_JN008252),((((Macroptilium_bracteatum_AY509950,Macroptilium_erythroloma_AY509937),Macroptilium_gibbosifolium_JN008253,(Macroptilium_atropurpureum_AY509938,Macroptilium_longipedunculatum_AY509940)),Mysanthus_uleanus_AY509941,((Strophostyles_umbellata_DQ443470,Strophostyles_umbellata_AY509945,Strophostyles_leiosperma_AY509946,Strophostyles_leiosperma_AY509947,(Strophostyles_helvola_AY509948,Strophostyles_helvola_DQ443469)),((Dolichopsis_paraguariensis_AY509942,Dolichopsis_paraguariensis_AY509943),Dolichopsis_ligulata_AY509951))),((Leptospron_adenanthum_AY582983,Leptospron_adenanthum_JN008271,Leptospron_adenanthum_JN008254,Leptospron_adenanthum_JN008255,Leptospron_gentryi_AY582982,Leptospron_gentryi_JN008256,Leptospron_gentryi_JN008257),(Helicotropis_spectabilis_AY582981,(Helicotropis_linearis_DQ443468,Helicotropis_linearis_JN008258)))),((Ancistrotropis_peduncularis_AY582984,Ancistrotropis_peduncularis_JN008272),(Ancistrotropis_firmula_JN008273,Ancistrotropis_firmula_JN008259)),(Cochliasanthus_caracalla_JN008274,Cochliasanthus_caracalla_JN008275),(Condylostylis_candida_JN008260,(Condylostylis_latidenticulata_AY582985,Condylostylis_venusta_JN008261))),(((Oxyrhynchus_populneus_DQ443467,Oxyrhynchus_volubilis_AY509935),((Ramirezella_crassa_JN008262,Ram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TreeBASE tree URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/tree/TB2:Tr50151] END;