#NEXUS [!This data set was downloaded from TreeBASE, a relational database of phylogenetic knowledge. TreeBASE has been supported by the NSF, Harvard University, Yale University, SDSC and UC Davis. Please do not remove this acknowledgment from the Nexus file. Generated on September 05, 2025; 18:17 GMT TreeBASE (cc) 1994-2008 Study reference: Jabaily R.S., & Sytsma K.J. 2010. Phylogenetics of Puya (Bromeliaceae): Placement, Major Lineages, and Evolution of Chilean Species. American Journal of Botany, 97(2): 337–356. TreeBASE Study URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/study/TB2:S11314] [ The following blocks are input data for analysis step 7061 ] BEGIN TAXA; TITLE TaxaForAnalysisStep7061; DIMENSIONS NTAX=74; TAXLABELS Aechmea_nudicaulis Ananas_comosus Ananas_nanus Billbergia_euphemiae Billbergia_laxiflora Bromelia_agavifolia Bromelia_balansae Bromelia_flemingii Bromelia_pinguin Cryptanthus_bromelioides Cryptanthus_dorothyae Deinacanthon_urbanianum Deuterocohnia_longipetala Deuterocohnia_meziana Dyckia_pseudococcinea Fernseea_itatiaiae Fosterella_albicans Greigia_sp. Hechtia_lundelliorum Neoregelia_cruenta Ochagavia_carnea Ochagavia_elegans Ochagavia_lindleyana Orthophytum_gurkenii Pepinia_sanguinea Pitcairnia_feliciana Pitcairnia_maidifolia Pitcairnia_orchidifolia Portea_fosteriana Puya_alpestris_1 Puya_alpestris_2 Puya_angusta Puya_angusta_2 Puya_berteroniana Puya_bicolor Puya_boliviensis_1 Puya_boliviensis_2 Puya_castellanosii Puya_chilensis_1 Puya_chilensis_2 Puya_coerulea_1 Puya_coerulea_2 Puya_compacta Puya_dasylirioidea Puya_dyckioides Puya_ferreyrae Puya_ferruginea_1 Puya_ferruginea_2 Puya_ferruginea_3 Puya_gilmartiniae Puya_goudotiana Puya_hamata Puya_harmsii Puya_herrerae Puya_lanata Puya_lineata Puya_macrura Puya_mima Puya_mirabilis Puya_nana Puya_nitida_1 Puya_nitida_2 Puya_nutans Puya_obconica Puya_pygmaea Puya_raimondii Puya_raimondii_1 Puya_santosii Puya_trianae Puya_ultima Puya_venusta_1 Puya_venusta_2 Puya_wrightii Puya_yakespala ; END; BEGIN CHARACTERS; [! TreeBASE Matrix URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/matrix/TB2:M8216] TITLE cpDNA; LINK TAXA = TaxaForAnalysisStep7061; DIMENSIONS NCHAR=2571; FORMAT DATATYPE=DNA SYMBOLS= "A C G T" MISSING=? 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Bromelia_agavifolia 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Bromelia_balansae 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Bromelia_flemingii 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Bromelia_pinguin 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Cryptanthus_bromelioides 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Cryptanthus_dorothyae 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Deinacanthon_urbanianum AGACC-GGAGCTATCAACCAC-TC-GGCCATCTCTCCCAGGGG-TAATCTCTATTTTATTCCTACGAATAGAACAT-GACCATATGATACACTAACTATCTGTAGAAACATCCCAGATGCGAATCCATATTTCGATGTATCTATGTATACTGTATACATAGATACATGATCTAGTATGTCTGCTTGTGAAATAAAGACTAAACTCCCCCCGAGTTCATGTCCGAATAAAATAAGGTGGTAATAAGTTCTAAAGAAAAGAATCAATTGATTCATGATAAAATCCCTCCATGATGGATTTTATTACAATTTTGCCTAAGTGAGGGATCAAATGTATAGTTCATTTGTTGGTA----------------------GCTTGGAGGATTAGAAACATGACTATTGCTTTCCAATTAGCTGTTTTTGCATTAATTGCGACTTCATCAGTCTTACTGATTAGTGTACCCGTTGTATTTGCTTCTTCTGATGGTTGGTCAAGTAACAAGAATGTTGTATTTTCCGGTACATCATTATGGATTGGATTAGTCTTTTTGGTAGCTATTCTTAATTCTCTCATTTCTTAAACTTATTTGGTATTTCCCCGATCCAAAAACAAAAA-TGTCACTCCTTCAAATAAATTCGAATTGTGAGACATATTAAGATTCAATCTGAGTTCTGAAAAAAA----TCCTATTTCAATGTTATTAATTGGATCTAATAAATAAGATTATCTTAA-TCTATCTTAATTGGAATCTTACTTTACTATAGTATCTGAAGTATACTATCTAAGTTTTACTTTTT-ACTATACTATCTAAGTATCTGGCCCTGCACAAATATGATCCAGCCGCATATATGATATATAATATATGT-CATAT-ATGTGTGGAC-ATATAC-GTGCGTATCAGGAAGGAAGAAAATGCGGATATATGTGTCAGATATACAAATACCCTATCCTATCCATTTGGAAATCTTGGTTCAAATCCTTCAATGCCGGATCCAAGATGTTCCATCTTTGCATTTATTGCGATTCTTTCTCCACGAATATCATAATTGGAATAGTCTCATTACTCCGAAGAAATCAATTTACGTTTTTTCAAAAGAAAATAAAAGACTATTTAGGTTCCTATATAATTCTTATGTATCTGAATGCGAATTTGTATTCGTTTTTCTTCGTAAACAATCTTCTTTTTTACGATTAACATCTTCTGT------AACCTTTCTT---GAGCGAATACAGTTCTATGGAAAAATAGAACATCTTATAGTAGTGTACCGTAATTATTTTCAGAAAACTTTATGGTTCGTCACGGATCCTTTCATGCATTATGTTCGATATCAAGGAAAAGC-AATTCTGGCTTCAAAAGGGACTCATCTTTTGATGAAG-AAGTGGAAA-TGTTACCTTGTCAATCTCTGGCAATATTATTTTCATTTTTGGTCTCAACCACACAGGATTCATATAAACC-AATTATCAAACTATTCCTTCTATTTTCTGGGTTATCTTTCAAGTGTACTAAGAAATCCTTTGGTGGTAAGGAATCAAATGTTGGAGAATTCATTTCTAATAGAAACTGGTATTAAGAAATTCGATACCATAGTCCCAGTTATTCCTCTCATTGGATCATTGTCTAAAGCTAAATTTTGTACCGTATCGGGACATCCTATTAGTAAGCCGAT-CTGGACCGATTTATCAGATTGTGATATTATTGATCGATTTGGTCGGATATGTAGAAATCTTT??????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? Deuterocohnia_longipetala GACC-GGAG-CTATCAACCA-CTC-GGCCATCTCTCCCAGGG--TAATCTCTATTTTATTCCTACGAATAGAATAT-GACCATATGATACACTAACTATCTGTAGAAACATCCCAGATGCGAATCCATATTTCGATGTATCTATGTATACAGTATACATAGATACATGATCTAGTATGTCTGCTTGTGAAATAAAGACTAAACTCCCCCCGAGTTCATGTCCGAATAAAATAAAGTGGTAATAAGTTCTAAAGAAAAGAATCAATTGATTCATGATTAAATCCCTCCATGATGGATTTTATTACAATTTTGACTAAGTGAGGGATCAAATGTATAGTTCATTTGTTGGTA----------------------GCTTGGAGGATTAGAAACATGACTATTGCTTTCCAATTAGCTGTTTTTGCATTAATTGCGACTTCATCAGTCTTACTGATTAGTGTACCTGTTGTATTTGCTTCTTCTGATGGTTGGTCAAGTAACAAGAATGTTGTATTTTCCGGTACATCATTATGGATTGGATTAGTCTTTTTGGTAGCTATTCTTAATTCTCTCATTTCTTAAACTTATTTGGTATTTCCCCGATCCAAAAACAAAAA-TGTCACTCCTTCTAATAAATTTGAATTGTGAGACATATTAAGATTCAATCTGAGTTCTGAAAAAAA----TTCTATTTCAATGTTATTAATTGGATCTAATAAATAAGATTATCTTAA-TCTATCTTAATTGTAACCTTACTTTACTATAGTATCTGAAGTATACTATCTAAGTTTTACTTTTT-ACTATACTATCTAAGTATCTGGCCCTGCACAAATATGATCCAGCCGCATATATGATATATGATATATGT-CATAT-ATGTGTGGAC-ATATAC-GTGCGTATCAGGAAGTA-----------------GTGTCAGATATACTAATACCCTATCCTATCCATTTGGAAATCTTGGTTCAAATCCTTCAATGCCGGATCCAAGATGTTCCATCTTTGCATTTATTGCGATTCTTTCTCCACGAATATCATAATTGGAATAGTTTCATTACTCCGAAGAAATCAATTGACGTTTTTTCAAAAGAAAATAAAAGACTATTTTGGTTCCTATACAATTCTTATGTATCTGAATGCGAATT?GTATTCGTTTTTCTTCGTAAACAATCTTCTTA????CGATTAACATCTTCTGG------AACCTTTCTT---GAGCGAATACAGTTCTATGGAAAAATAGAACATCTTATAGTAGTGTACCGTAATTATTTTCAGAAAACTTTATGGTTCTTCACGGATCCTTTCATGCATTATGTTCGATATCAAGGAAAAGC-AATTCTGGCTTCAAAAGGGACTCATCTT{CT}TGATGAAG-AAGTGGAAA-TGTTACCTTGTCAATCTCTGGCAATAT?ATTTTCATTTT?GGTCTCA?CCACACAGG?TTCATATAAACC-AATTA?CAAACTATTCCTTCT?TTTT?TGGGTTATCTTTCAAGTGTACTAAGAAATCCTTTGGTGGTAAGGAATCAAATGTTGGAGAATTCATTTCT?ATAGAAACTGGTATTAAGAAATTCGATACCATAGTCCCAGTTATTCCTCTCATTGGATCATTGTCTAAAGCTAAATTTTGTACTGTATCGGGACACCCTATTAGTAAGCCGAT-CTGGACCGATTTATCAGATTGTGATATTATTGATCGATTTGGTCGGATATGTAGAAATCTTTAAATAAACAATGCCCCCCC--TAGAAACGTATAGGAGGTTTTTTCCTCATACGGCTCGAGAAAAATGATTCTAATTTCT-GTATATAATAGCAAGTGGATCCATAAAATTAT-GAATTTTACTAC-GATTTGAATTGAGTACTTTT---------------------TTCTTCTTCCTTACAGAAAAAGGAAGAAATCTCATTCATACTCATAACTCAAGTTGGGTAATTCTGACAAGAAAATCCTTAGACATTTATTGAGCCGTCTCTAAACTCTTTTGTTTGTCTCATTTCGAATCTATTTTTATTCCTCAGTCTGATCCAATTGT-----TGAGACAATTGAAAATAGTGTTTCCTTGTTTCGGAATCCTTTATCTTTGCTTTGTGAAATCATTGGGTTTAGACATTACCTCGGGGATCCTTATTCCTTTCAAAATGGCAGCAACATACC-TTTTTTT-GTTATTTCTTTCTATATAAATAGAATACGAACGATTGATTCCCTTGTGATACACTTTTCATCGAAATAGTTTTAACAATTTCGAAAAATTTGACTTTTCAAACTTGTTCCGAATTTGAACCTTTCAATTTAGAATTTATAT-------ATAGTGAGGATATACTTACAAAGTTGGTCTAACTTATTGATTTTCACTAACCCTAGATTCTTTCCCTTGAAAAACGAATCAATCCTTTCTTCTCGAGCTTCATAATGTACTATTTACTTAAAA-----CCCAACACAAATTAGGTTCCGGGCAGAACA-----AACTATGTCGAGCCAAGAGCATCCTCATTA-CTATAGAA-GATGGCGG-ATGTA Deuterocohnia_meziana AGACC-GGAGCTATCAACCAC-TC-GGCCATCTCTCCCAGGG--TAATCTCTATTTTATTCCTACGAATAGAATAT-GACCATATGATACACTAACTATCTGTAGAAACATCCCAGATGCGAATCCATATTTCGATGTATCTATGTATACAGTATACATAGATACATGATCTAGTATGTCTACTTGTGAAATAAAGACTAAACTCCCCCCGAGTTCATGTCCGAATAAAATAAAGTGGTAATAAGTTCTAAAGAAAAGAATCAATTGATTCATGATTAAATCCCTCCATGATGGATTTTATTACAATTTTGACTAAGTGAGGGATCAAATGTATAGTTCATTTGTTGGTA----------------------GCTTGGAGGATTAGAAACATGACTATTGCTTTCCAATTAGCTGTTTTTGCATTAATTGCGACTTCATCAGTCTTACTGATTAGTGTACCTGTTGTATTTGCTTCTTCTGATGGTTGGTCAAGTAACAAGAATGTTGTATTTTCCGGTACATCATTATGGATTGGATTAGTCTTTTTGGTAGCTATTCTTAATTCTCTCATTTCTTAAACTTATTTGGTATTTCCCCGATCCAAAAACAAAAA-TGGCACTCCTTCTAATAAATTAGAATTGTGAGACATATTAAGATGCAATCTGAGTTCTGAAAAAAA----TTCTATTTTAATGTTATTAATTGGATCTAATAAA--------------------------------------------------CTGAAGTATACTATCTAAGTTTTACTTTTT-ACTATACTATTTAAGTATCTGGCC-----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------TTGGAAATCCTGGTTCAAATCCTTCAATGCCGGATCCAAGATGTTCCATCTTTGCATTTATTGCGATTCTTTCTCCACGAATATCATAATTGTAATAGTCTCATTACTCCGACGAAATCCATTTACGTTTTTTCAAAAGAAAATAAAAGACTATTTTGGTTCCTATATAATTCTTATGTATCTGAATGCGAATTTGTATTCGTTTTTCTTCGTAAACAATCTTCTTATTTACGATTAACATCTTCTGG------AACCTTTCTT---GAGCGAATACAGTTCTATGGAAAAATAGAACATCTTATAGTAGTGTACCGTAATTATTTTCAGAAAACTCTATGGTTCTTCACGGATCCTTTCATGCATTATGTTCGATATCAAGGAAAAGC-AATTC?GGCTTCAAAAGGGACTCATCTTTTGATGAAG-AAGTGGAAA-TTTTACCTTGTCAATCTCTGGCAATATTATTTTCATTTTTGGTCTCAACCACACAGGATTCACATAAACC-AATTATCAAACTATTCCTTCTATTTTCTGGGTTATCTTTCAAGTGTACTAAGAAATCCTTTGGTGGTAAGGAATCAAATGTTGGAGAATTCATTTCTAATAGAAACTGGTATTAAGAAATTCGATACCATAGTCCCAGTTATTCCTCTCATTGGATCATTGTCTAAAGCTAAATTTTGTACTGTATCGGGACACCCCATTAGTAAGCCGAT-CTGGACCGATTTATCAGATTGTGATATTATTGATCGATTTGGTCGGATATGTAGAAATCTTTAAATAAACAATGCCCCCCC--TAGAAACGTATAGGAGGTTTTTTCCTCATACGGCTCGAGAAAAATGATTCTAATTTCT-GTATATAATAGCAAGTGGATCCATAAAATCAT-GAATTTTACTAT-GATTTGAAGTGAGTACTTTT---------------------T-CTTCTTCCTTACAGAAAAAGGAAGAAATCTCATTCATACTCATAACTCAAGTTGGGTAATTCTGACAAGAAAATCCTTAGACATTTATTGAGCCGTCTCTAAACTCTTTTGTTTGTCTCATTTCGAATCTATTTTGATTCCTCAGCCTGATCCAATTGT-----TGAGACAATTGAAAATAGTGTTTCCTTGTTTCGGAATCCTTTATCTTTGCTTTGTGAAATCATTGGGTTTAGACATTACCTCGGGGATCCTTATTCCTTTCAAAATGGCAGCAACATACC-TTTTTTT-GTTATTTCTTTCTATATAAATAGAATACGAACGATTGATTCCCTTTTGATACACTTTTCATCGAAATAGTTTTAACAATTTCGAAAAATTTGACTTTTCAAACTTGTTCCGAATTTGAACCTTTCAATTTATAATTTATAT-------ATAGTGAGGATATACTTACAAAGTTGGTCTAACTTATTGATTTTCACTAACCCTAGATTCTTTCCCTTGAAAAAGGAATTAATCCTTTCTTCTCGAGCTTCAT-------------------------------------TAGGTTCCGGGCAGAACA-----AACTATGTCGAGCCAAGAGCATCTTCATTA-CTATAGAA-GATGGCGG-ATGTA Dyckia_pseudococcinea GACC-GGAG-CTATCAACCA-CTC-GGCCATCTCTCCCAGGG--TAATCTCTATTTTATTCCTACGAATAGAATAT-GACCATATGATACACTAACTATCTGTAGAAACATCCCAGATGCGAATCCATATTTCGATGTATCTATGTATACAGTATACATAGATACATGATCTAGTATGTCTACTTGTGAAATAAAGACTAAACTCCCCCCGAGTTCATGTCCGAATAAAATAAAGTGGTAATAAGTTCTAAAGAAAAGAATCAATTGATTCATGATTAAATCCCTCCATGATGGATTTTATTACAATTTTGACTAAGTGAGGGATCAAATGTATAGTTCATTTGTTGGTA----------------------GCTTGGAGGATTAGAAACATGACTATTGCTTTCCAATTAGCTGTTTTTGCATTAATTGCGACTTCATCAGTCTTACTGATTAGTGTACCTGTTGTATTTGCTTCTTCTGATGGTTGGTCAAGTAACAAGAATGTTGTATTTTCCGGTACATCATTATGGATTGGATTAGTCTTTTTGGTAGCTATTCTGAATTCTCTCATTTCTTAAACTTATTTGGTATTTCCCCGATCCAAAAACAAAAA-TGGCACTCCTTCTAATAAATTAGAATTGTGAGACATATTAAGATGCAATCTGAGTTCTGAAAAAAA----TTCTATTTTAATGTTATTAATTGGATCTAATAAATAAGATTATCTTAA-TCTATCTTAATTGTAACCTTACTTTACTATAGTATCTGAAGTATACTATCTAAGTTTTACTTTTT-ACTATACTATTTAAGTATCTGGCCCTGCACAAATATGATCCAGCCGCATATATGATATATGATATATGT-CATAT-ATGTGTGGAC-ATATAC-GTGCGTATCAGAAAGGAAGAAAATGCGGATATATGTGATAGATATACTAATACCCTATCCTATCCATTTGGAAATCCTGGTTCAAATCCTTCAATGCCGGATCCAAGATGTTCCATCTTTGCATTTATTGCGATTCTTTCTCCACGAATATCATAATTGTAATAGTCTCATTACTCCGACGAAATCCATTTACGTTTTTTCAAAAGAAAATAAAAGACTATTTTGGTTCCTATATAATTCTTATGTATCTGAATGCGAATTTGTATTCGTTTTTCTTCGTAAACAATCTTCTTATTTACGATTAACATCTTCTGG------AACCTTTCTT---GAGCGAATACAGTTCTATGGAAAAATAGAACATCTTATAGTAGTGTACCGTAATTCTTTTCAGAAAACTCTATGGTTCTTCACGGATCCTTTCATGCATTATGTTCGATATCAAGGAAAAGC-AGTTCTGGCTTCAAAAGGGACTCATCTTTTGATGAAG-AAGTGGAAA-TTTTACCTTGTCAATCTCTGGCAATATTATTTTCATTTTTGGTCTCAACCACACAGGATTCACATAAACC-AATTATCAAACTATTCCTTCTATTTTCTGGGTTATCTTTCAAGTGTACTAAGAAATCCTTTGGTGGTAAGGAATCAAATGTTGGAGAATTCATTTCTAATAGAAACTGGTATTAAGAAATTCGATACCATAGTCCCAGTTATTCCTCTCATTGGATCATTGTCTAAAGCTAAATTTTGTACTGTATCGGGACACCCCATTAGTAAGCCGAT-CTGGACCGATTTATCAGATTGTGATATTATTGATCGATTTGGTCGGATATGTAGAAATCTTTAAATAAACAATGCCCCCCC--TAGAAACGTATAGGAGGTTTTTTCCTCATACGGCTCGAGAAAAATGATTCTAATTTCT-GTATATAATAGCAAGTGGATCCATAAAATCAT-GAATTTTACTAT-GATTTGAAGTGAGTACTTTTT-CTTCTTCCTTACAGAAAAATTCTTCTTCCTTACAGAAAAAGGAAGAAATCTCATTCATACTCATAACTCAAGTTGGGTAATTCTGACAAGAAAATCCTTAGACATTTATTGAGCCGTCTCTAAACTCTTTTGTTTGTCTCATTTCGAATCTATTTTGATTCCTCAGCCTGATCCAATTGT-----TGAGACAATTGAAAATAGTGTTTCCTTGTTTCGGAATCCTTTATCTTTGCTTTGTGAAATCATTGGGTTTAGACATTACCTCGGGGATCCTTATTCCTTTCAAAATGGCAGCAACGTACC-TTTTTTT-GTTATTTCTTTCTATATAAATAGAATACGAACGATTGATTCCCTTTTGATACACTTTTCATCGAAATAGTTTTAACAATTTCGAAAAATTTTACTTTTCAAACTTGTTCCGAATTTGAACCTTTCAATTTAGAATTTATAT-------ATAGTGAGGATATACTTACAAAGTTGGTCTAACTTATTGATTTTCACTAACCCTAGATTCTTTCCCTTGAAAAACGAATCAATCCTTTCTTCTCGAGCTTCATAATGTACTATTTACTTAAAA-----CCCAACACAAATTAGGTTCCGGGCAGAACA-----AACTATGTCGAGCCAAGAGCATCCTCATTA-CTATAGAA-GATGGCGG-ATGTA Fernseea_itatiaiae AGACC-GGAGCTATCAACCAC-TC-GGCCATCTCTCCCAGGGG-TAATCTCTATTTTATTCCTACGAATAGAACAT-GACCATATGATACACTAACTATCTGTAGAAACATCCCAGATGCGAATCCATATTTCGATGTATCTATGTATACTGTATACATAGATACATGATCTAGTATGTCTGCTTGTGAAATAAAGACTAAACTCCCCCCGAGTTCATGTCCAAATAAAATAAAGTGGTAATAAGTTCTAAAGAAAAGAATCAATTGATTCATGATAAAATCCCTCCATGATGGATTTTATTACAATTTTGACTAAGTGAGGGATCAAATGTATAGTTCATTTGTTGGTA----------------------GCTTGGAGGATTAGAAACATGACTATTGCTTTCCAATTAGCTGTTTTTGCATTAATTGCGACTTCATCAGTCTTACTGATTAGTGTACCCGTTGTATTTGCTTCTTCTGATGGTTGGTCAAGTAACAAGAATGTTGTATTTTCCGGTACATCATTATGGATTGGATTAGTCTTTTTGGTAGCTATTCTTAATTCTCTCATTTCTTAAACTTATTTGGTATTTCCCCGATCCAAAAACAAAAA-TGTCACTCCTTCAAATAAATTCGAATTGTGAGACATATTAAGATTCAATCTGAGTTCTGAAAAAAA----TTCTATTTCAATGTTATTAATTGGATCTAATAAATAGGATTATCTTAA-TCTATCTTAATTGGAATCTTACTTTACTATAGTATCTGAAGTATACTATCTAAGTTTTACTTTTT-ACTATACTATCTAAGTATCTGGCCCTGCACAAATATGATCCAGCCGCATATATGATATATAATATATGT-CATAT-ATGTGTGGAC-ATATAC-GTGCGTATCAGGAAGGAAGAAAATGCG----------------------------------------------------GTTCAAATCCTTCAATGCCGGATCCAAGATGTTCCATCTTTGCATTTATTGCGATTCTTTCTCCACGAATATCATAATTGGAATAGTCTCATTACTCCGAAGAAATCAATTTATGTTTTTTCAAAAGAAAATAAAAGACTATTTTGGTTCCTATATAATTCTTATGTATCTGAATGCGAATTTTTATTCGTTTTTCTTCGTAAACAATCTTCTTATTTACGATTAACATCTTCTGG------AACCTTTCTT---GAGCGAATACAGTTCTATGGAAAAATAGAACATCTTATAGTAGTGTACCGTAATTATTTTCAGAAAACTTTATGGTTCTTCACGGATCCTTTCATGCATTATGTTCGATATCAAGGAAAAGC-AATTCTGGCTTCAAAAGGGACTCATCTTTTGATGAAG-AAGTGGAAA-TGTTACCTTGTCAATCTCTGGCAATATTATTTTCATTTTTGGTCTCAACCACACAGGATTCATATAAACC-AATTATCAAACTATTCCTTCTATTTTCTGGGTTATCTTTCAAGTGTACTAAGAAATCCTTTGGTGGTAAGGAATCAAATGTTGGAGAATTCATTTCTAATAGAAACTGGTATTAAGAAATTCGATACCATAGTCCCAGTTATTCCTCTCATTGGATCATTGTCTAAAGCTAAATTTTGTACCGTATCGGGACATCCTATTAGTAAGCCGAT-CTGGACCGATTTATCAGATTGTGATATTATTGATCGATTTGGTCGGATATGTAGAA------AAATAAACAACGCCCCCCC--TAGAAACGTATAGGAGGTTTTTTCCTCATACGGCTCGAGAAAAATGATTCTAATTTCT-GTATATAATAGCAAGTGGATCCAAAAAATAAT-GAATTTTACTAT-GATTTGAATTTAGTACTTTT---------------------TTCTTCTTCCTTACAGAAAAAGGAAGAAATCTCATTCATACTCATAACTCAAGTTGGGTAATTCTGACAAGAAAATCCTTAGACATTTATTGAGCCGTCTCTAAACTCTTTTGTTTGTCTCGTTTCGAATCTATTTTTATTCCTCAGTCTGATCCAATTGT-----TGAGACAATTGAAAATAGTGTTTCCTTGTTTCGGAATCCTTTATCTTCGCTTTGTGAAATCATTGGGTTTAGACATTACCTCGGGGATCCTTATTCCTTTCAAAATGGCAGCAACATACC-TTTTTTT-GTTATTTCTTTCTATATAAATAGAATACGAACGATTGATTCCCTTGTGATACACTTTTCATCGAAATAGTTTTACCAATTTCGAAAAATTGGACTTTGCAAACCTGTTCTGAATTTGAACCTTTCAATTTAGAATTTATAT-------ATAGTGAGGATATACTTACAAAGTTGGTCTAACTTATTGATTTTCACTAACCCTAGATTCTTTCCCTTGAAAAATGAATCAATCCTTTCTTCTCGAGCTTCATAATGTACTATTTACTTATAA-----CCCAACACAAATTAGGTTCCGGGCAGAACA-----AACTATGTCGAGCCAAGAGCATCTTCATTACCTATAGAA-GATGGCGG-ATGT- Fosterella_albicans GACC-GGAG-CTATCAACCA-CTC-GGCCATCTCTCCCAGGG--TAATCTCCATTTTATTCTTACGAATAGAATAT-GACCATATGATACACTAACTATCTGTAGAAACATCCCAGATGCGAATCCATATTTCGATGTATCTATGTATACTGTATACATAGATACATGATCTAGTATGTCTGCTTGTGAAATAAGGACTAAACTCCCCCCGAGTTCATGTCCGAATAAAATAAAGTGGTAATAAGTTCTAAAGAAAAGAATCAATTGATTCATGATTAAATCCTTTCATGATGGATTTTATTACAATTTTGACTAAGTGAGGGATCAAATGTATAGTTCATTTGTTGGTA----------------------GCTTGGAGGATTAGAAACATGACTATTGCTTTCCAATTAGCTGTTTTTGCATTAATTGCGACTTCATCAGTCTTACTGATTAGTGTACCCGTTGTATTTGCTTCTTCTGATGGTTGGTCAAGTAACAAGAATGTTGTATTTTCCGGTACATCATTATGGATTGGATTAGTCTTTTTGGTAGCTATTCTTAATTCTCTCATTTCTTAAACTTATTTGGTATTTCCCCGATCCAAAAACAAAAA-TGTCACTCCTTCTAATAAATTAGAATTGTGAGACATATTAAGATTCCATCTGAGTTCTGAAAAGAA----TTCAATTTCAATCTTATTAATTGGATCTAATAAATAAGATTATCTTAA-TTGTAACCTT-----ACTTTACTATAGTATAGTATCTGAAATATACTATCTAAGTTTTACTTTTT-ACTATACTATCTAAGTATCTGGCCCTGCACAAATATGATCCAGCCGCATATATGATATATGATATATGT-CATAT-ATGTGTGGAC-ATATAC-GTGCGTATCAGGAAGGAAGAAAGTGCGGATATTTGTGTCAGATATACTAATACCCTATCCTATCCATTTTGAAATCTTGGTTCAAATCCTTCAATGCCGGATCCAAGATGTTCCATCTTTGCATTTATTGCGATTCTTTCTCCACGAATATCATAATTGGAATAGTCTCATTACTCCGAAGAAATCAATTTACGTTTTTTCAAAAGAAAATAAAAGACTATTTTGGTTCCTATATAATTCTTATGTATCTGAATGCGAATTTGTATTCGTTTTTCTTCGTAAACAATCTTCTTATTTACGATTAACATCTTCTGG------AACCTTTCTT---GAGCGAATGCAGTTCTATGGAAAAATAGAACATCTTATAGTAGTGTACCATAATTATTTTCAGAAAACTTTATGGTTCTTCACGGATCCTTTCATGCATTATGTTCGATATCAAGGAAAAGC-AATTCTGGCTTCAAAAGGGACTCATCTTTTGATGAAG-AGGTGGAAA-TGCTACTTTGTCAATCTCTGGCAATATTATTTTCATTTTTGGTCTCAACCACACAGGATTCATATAAACC-AATTATCAAACTATTCCTTCTATTTTATGGGTTATCTTTCAAGTGTACTAAGAAATCCTTTGGTGGTAAGGAATCAAATGTTGGAGAATTCATTTCTAATAGAAACTGGTATTAAGAAATTCGATACCATAGTCCCAGTTATTCCTCTCATTGGATCATTGTCTAAAGCTAAATTTTGTACTGTATCGGGACACCCTATTAGTAAGCCGGT-CTGGACCGATTTATCAGATTGTGATATTATTGATCGATTTGGTCGGATATGTAGAAATCTTTAAATAAACAATGCCCCCCC--TAGAAACGTATAGGAGGTTTTTTCCTCATACGGCTCGAGAAAAATGATTCTAATTTCT-GTATATAATAGCAAGTGGATCCATAAAATCAT-GAATTTTACTAT-GATTCGAATTGATTACTTTT---------------------TTCTTCTTCCTTACAGAAAAAGGAAGAAATCTCATTCATACTCATAACTCAAGTTGGGTAATTCTGACAAGAAAATCCTTAGACATTTATTGAGCCGTCTCTAAACTCTTTTGTTTGTCTCATTTCAAATCTATTTTTATTCCTCAGTCTGATCCAATTGT-----TGAGACAATTGAAAATAGTGTTTCCTTGTTTCGGAATCCTTTATCTTTGCTTTGTAAAATCATTGGGTTTAGACATTACCTCGGGGATCCTTATTCCTTTCAAAATGGCAGCAACATACC-TTTTTTT-GTTATTTCTTTCTATATAAATAGAATACGAACGATTGATTCCCTTGTGATACACTTTTCGTCGAAATAGTTTTACCAATTTCCAAAA-TTTGACTTTTCAAACTTGTTCTGAATTTGAACCTTTCAATTTTGAATTTATAT-------ATAGTGAGGATATACTTACAAAGTTGGTCTAACTTATTGATTTTCACTAACCCTAGATTCTTTCCCTTGAAAAATGAATCAATCCTTTCTTCTCGAGCTTCATAATGTACTATTTACTTATAA-----CCCAACACAAATTAGGTTCCGGGCAGAACA-----AACTATGTCGAACCAAGAGCATCCTCATTA-CTATAAAA-GATGGCGG-ATGTA Greigia_sp. 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Hechtia_lundelliorum 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Neoregelia_cruenta 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Orthophytum_gurkenii GACC-GGAG-CTATCAACCA-CTC-GGCCATCTCTCCCAGGGG-TAATCTCTATTTTATTCCTACGAATAGAACAT-GACCATATGATACACTAACTATCTGTAGAAACATCCCAGATGCGAATCCATATTTCGATGTATCTATGTATACTGTATACATAGATACATGATCCAGTATGTCTGCTTGTGAAATAAAGACTAAACTCCCCCCAAGTTCATGTCCGAATAAAATAAAGTGGTAATAAGTTCTAAAGAAAAGAATCAATTGATTCATGATAAAATCCCCCCATGATGGATTTTATTACAATTTTGACTAAGTGCGGGATCAAATGTATAGTTCATTTGTTGGTA----------------------GCTTGGAGGATTAGAAACATGACTATTGCTTTCCAATTAGCTGTTTTTGCATTAATTGCGACTTCATCAGTCTTACTGATTAGTGTACCCGTTGTATTTGCTTCTTCTGATGGTTGGTCAAGTAACAAAAATGTTGTATTTTCCGGTACATCATTATGGATTGGATTAGTCTTTTTGGTAGCTATTCTTAATTCTCTCATTTCTTAAACTTATTTGGTATTTTCCCGATCCAAAAACAAAAA-TGTCACTCCTTCAAATAAATTCGAATTGTGAGACATATTAAGATTCAATCTGAGTTCTGAAAAAAAAA--------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------TATGTGTCAGATATACTAATACCCTATCCTATCCATTTGGAAATCTTGGTTCAAATCCTTCAATGCCGGATCCAAGATGTTCCATCTTTGCATTTATTGCGATTCTTTCTCCACGAATATCATAATTGGAATAGTCTCATTACTCCGAAGAAATCAATTTACGTTTTTTCAAAAGAAAATAAAAGACTATTTTGGTTTCTATATAATTCTTATGTATCTGAATGCGAATTTGTATTCGTTTTTCTTCGTAAACAATCTTCTTATTTACGATTAACATCTTCTGG------AACCTTTCTT---GAGCGAATACAGTTCTATGGAAAAATAGAACATCTTATAGTAGTGTACCATAATTTTTTTCAGAAAACTTTATGGTTCTTCACGGATCCTTTCATGCATTATGTTCGATATCAAGGAAAAGC-AATTCTGGCTTCAAAAGGGACTCATCTTTTGATGAAG-AAGTGGAAA-TGTTACCTTGTCAATCTCTGGCAATATTATTTTCATTTTTGGTCTCAACCACACAGGATTCATATAAACC-AATTATCAAACTATTCCTTCTATTTTCTGGGTTATCTTTCAAGTGTACTAAGAAATCCTTTGGTGGTAAGGAATCAAATGTTGGAGAATTCATTTCTAATAGAAACTGGTATTAAGAAATTCGATACCATAGTCCCAGTTATTCCTCTCATTGGATCATTGTCTAAAGCTAAATTTTGTACCGTATCGGGACATCCTATTAGTAAGCCGAT-CTGGACCGATTTATCAGATTGTGATATTATTGATCGATTTGGTCGGATATGTAGAAATCTTTAAATAAACAACGCCCCCCC--TAGAAACGTATAGGAGGTTTTTTCCTCATACGGCTCGAGAAAAATGATTCTAATTTCT-GTATATAATAGCAAGTGGATCCATAAAATCAT-GAATTTTACTAT-GATTTGAATTTAGTACTTTT---------------------TTCTTCTTCCTTACAGAAAAAAGAAGAAATCTCATTCATACTCATAACTCAAGTTGGGTAATTCTGACAAGAAAATCCTTAGACATTTATTGAGCCGTCTCTAAACTCTTTTGTTTGTCTCATTTCGAATCTAGTTTTATTCCTCAGTCTGATCCAATTGT-----TGAGACAATTGAAAATAGTGTTTCCTTGTTTCGGAATCCTTTATCTTCGCTTTGTGAAATCATTGGGTTTAGACATTACCTCGGGGATCCTTATTCCTTTCAAAATGGCAGCAACATACCCTTTTTT--GTTATTTCTTTCTATATAAATAGAATACGAACGATTGATTCCCTTGTGATACACTTTTCATCGAAATAGTTTTACCAATTTCGAAAAATTGGACTTTGCAAACTTGTTCTGAATTTGAACCTCTCAATTTAGAATTTATAT------TATAGTGAGGATATACTTACAAAGTTGGTCTAACTTATTGATTTTCACTAACCCTAGATTCTTTCCCTTGAAAAATGAATCAATCTTTTCTTCTCGAGCTTCATAATGTACTATTTACTTATAA-----CCCAACACAAATTAGGTTCCGGGCGGAACA-----AACTATGTCGAGCCAAGAGCATCTTCAAAA-CTATAGAA-GACGGCGG-ATGTC Pepinia_sanguinea 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Pitcairnia_feliciana 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Pitcairnia_maidifolia 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Pitcairnia_orchidifolia 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Portea_fosteriana 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Puya_alpestris_2 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Puya_angusta 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Puya_angusta_2 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Puya_berteroniana 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Puya_bicolor 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Puya_boliviensis_1 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Puya_boliviensis_2 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Puya_castellanosii 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Puya_chilensis_1 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Puya_chilensis_2 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Puya_coerulea_1 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Puya_dasylirioidea 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Puya_dyckioides ------------------------CGGCCATCTCTCCCAGGGG-TAATCTCTATTTTATTCCTACGAATAGAACAT-GACCATATGATACACTAACTATCTGTAGAAACATCCCAGATGCGAATCCATATTTCGATGTATCTATGTATACTGTATACATAGATACATGATCTAGTATGTCTGCTTGTGAAATAAAGACTAAACTCCCTCCGAGTTCATGTCCGAATAAAATAAAGTGGTAATAAGTTCTAAAGAAAAGAATCAATTGATTCATGATAAAATCCCTCCATGATGGATTTTATTACAATTTTGACTAAGTGAGGGATCAAATGTATAGTTCATTTGTTGGTA----------------------GCTTGGAGGATTAGAAACATGACTATTGCTTTCCAATTAGCTGTTTTTGCATTAATTGCGACTTCATCAGTCTTACTGATTAGTGTACCCGTTGTATTTGCTTCTTCTGATGGTTGGTCAAGTAACAAGAATGTTGTATTTTCCGGTACATCATTATGGATTGGATTAGTCTTTTTGGTAGCTATTCTTAATTCTCTCATTTCTTAAACTTATTTGGTATTTCCCCGATCCAAAAACAAAAA-TGTCACTCCTTCAAATAAATTCGAATTGTGAGACATATTAAGATTCAATCTGAGTTCTGAAAAAAA----TTCTATTTCAATGTTATTAATTGGATCTAATAAATAAGATTATCTTAA-TCTATCTTAATTGGAATCTTACTTTACTATAGTATCTGAAGTATACTATCTAAGTTTTACTTTTT-ACTATACTATCTAAGTACCTGGCCCTGCACAAATATGATCCAGCCGCATATATGATATATAATATATGT-CATAT-ATGTGTGGAC-ATATAC-GTGCGTATCAGGAAGGAAGAAAATGCGGATATATGTGTCAGATATACTAATACCCTATCCTATCCATTTGGAAATCTTGGTTCAAATCCTTCAATGCCGGATCCAAGATGTTCCATCTTTGCATTTATTGCGATTCTTTCTCCACGAATATCATAATTGGAATAGTCTCATTACTCCGAAGAAATCAATTTACGTTTTTTCAAAAGAAAATAAAAGACTATTTTTGTTCCTATATAATTCTTATGTATCTGAATGCGAATTTGTATTCGTTTTTCTTCGTAAACAATCTTCTTATTTACGATTAACATCTTCTGG------AACCTTTCTT---GAGCGAATACAGTTCTATGGAAAAATAAAACATCTTATAGTAGTGTACCATAATTATTTTCAGAAAACCTTATGGTTCTTCACGGATCCTTTCATGCATTATGTTCGATATCAAGGAAAAGC-AATTCTGGCTTCAAAAGGGACTCATCTTTTGATGAAG-AAGTGGAAA-TGTTACCTTGTCAATCTCTGGCAATATTATTTTCATTTTTGGTCTCAACCACACAGGATTCATATAAACC-AATTATCAAACTACTCCTTCTATTTTCTGGGTTATCTTTCAAGTGTACTAAGAAATCCTTTGGTGGTAAGGAATCAAATGTTGGAGAATTCATTTCTAATAGAAATTGGTATTAAGAAATTCGATACCATAGTCCCAGTTATTCCTCTTATTGGATCATTGTCTAAAGCTAAATTTTGTACCGTATCGGGACATCCTATTAGTAAGCCGAT-CTGGACCGATTTATCAGATTGTGATATTATTGATCGATTTGGTCGGATATGTAGAAATCTTTAAATAAACAACGCCCCCCC--TAGAAACGTATAGGAGGTTTTTTCCTCATACGGCTCGAGAAAAATGATTCTAATTTCT-GTATATAATAGCAAGTAGATCCATAAAATCAT-GAATTTTACTAT-GATTTGAATTGAGTACTTTT---------------------TTCTTCTTCCTTACAGAAAAAGGAAGAAATCTCATTCATACTCATAACTCAAGTTGGGTAATTCTGACAAGAAAATCCTTAGACATTTATTGAGCCGTCTCTAAACTCTTTTGTTTGTCTCATTTCGAATCTATTTTTATTCCTCAGTCTGATCCAATTGT-----TGAGACAATTGAAAATAGTGTTTCCTTGTTTCGGAATCCTTTATCTTTGCTTTGTGAAATCGTTGGGTTTAGACATTACCTCGGGGATCCTTATTCCTTTCAAAATGGCAGCAACATACC-TTTTTT--GTTATTTCTTTCTATATAAATAGAATACGAACGATTGATTCCCTTGTGATACACTTTTCATCGAAATAGTTTTACCAATTTCGAAAAATTGGACTTTTCAAACTTGTTCTGAATTTGAACCTTTCAATTTAGAATTTATAT-------ATAGTGAGGATATACTTACAAAGTTGGTCTAACTTATTGATTTTCACTAACCCTAGATTCTTTCCCTTGAAAAATGAATCAATCCTTTCTTCTCGAGCTTCATAATGTACTATTTACTTATAA-----CCCAACACAAATTAGGTTCCGGGCAGAACA-----AACTATGTCGAGCCAAGAGCATCTTCATTA-CTATAGAA-GATGGCGG-ATGTC Puya_ferreyrae 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Puya_ferruginea_1 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Puya_ferruginea_2 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Puya_gilmartiniae ----------------------------------------------ATCTCTATTTTATTCCTACGAACAGAACAT-GACCATATGATACACTAACTATCTGTAGAAACATCCCAGATGCGAATCCATATTTCGATGTATCTATGTATACTGTATACATAGATACATGATCTAGTATGTCTGCTTGTGAAATAAAGACTAAACTCCCCCCGAGTTCATGTCCGAATAAAATAAAGTGGTAATAAGTTCTAAAGAAAAGAATCAATTGATTCATGATAAAATCCCTCCATGATGGATTTTATTACAATTTTGACTAAGTGAGGGATCAAATGTATAGTTCATTTGTTGGTA----------------------GCTTGGAGGATTAGAAACATGACTATTGCTTTCCAATTAGCTGTTTTTGCATTAATTGCGACTTCATCAGTCTTACTGATTAGTGTACCCGTTGTATTTGCTTCTTCTGATGGTTGGTCAAGTAACAAGAATGTTGTATTTTCCGGTACATCATTATGGATTGGATTAGTCTTTTTGGTAGCTATTCTTAATTCTCTCATTTCTTAAACTTATTTGGTATTTCCCCGATCCAAAAGCAAAAA-TGTCACTCCTTCAAATAAATTCGAATTGTGAGACATATTGAGATTCAATCTGAGTTCTGAAAAAAA----TTCTATTTCAATGTTATTAATTGGATCTAATAATTAAGATTATCTTAA-----------TTGGAATCTTACTTTACTATAGTATCTGAAGTATACTATCTAAGTTTTACTTTTT-ACTATACTATCTAAGTATCTGGCCCTGCACAAATATGATCCAGCCGCATATATGATATATAATATATGT-CATAT-ATGTGTGGAC-ATATAC-GTGCGTATCAGGAAGGAAGAAAATGCGGATATATGTGTCAGATATACTAATACCCTATCCTATCCATTTGGAAATCTTGGTTCAAATCCTTCAATGCCGGATCCAAGATGTTCCATCTTTGCATTTATTGCGATTCTTTCTCCACGAATATCATAATTGGAATAGTCTCATTACTCCGAAGAAATCAAT---------------AGAAAATAAAAGACTATTTTGGTTCCTATATAATTCTTATGTATCTGAATGGGAATTTGTATTCGTTTTTCTTCGTAAACAATCTTCTTATTTACGATTAACATCTTCTGGTTCTGGAACCTTTCTT---GAGCGAATACAGTTCTATGGAAAAATAGAACATCTTATAGTAGTGTACCGTAATTATTTTCAGAAAACTTTATGGTTCTTCACGGATCCTTTCATGCATTATGTTCGATATCAAGGAAAAGC-AATTCTGGCTTCAAAAGGGACTCATCTTTTGATGAAG-AAGTGGAAA-TGTTACCTTGTCAATCTCTGGCAATATTATTTTCATTTTTGGTCTCAACCACACAGGATTCATATAAACC-AATTATCAAACTATTCCTTCTATTTTCTGGGTTATCTTTCAAGTGTACTAAGAAATCCTTTGGTGGTAAGGAATCAAATGTTGGAGAATTCATTTCTAATAGAAACTGGTATTAAGAAATTCGATACCATAGTCCCAGTTATTCCTCTCATTGGATCATTGTCTAAAGCTAAATTTTGTACCGTATCGGGACATCCTATTAGTAAGCCGAT-CTGGACCGATTTATCAGATTGTGATATTATTGATCGATTTGGTCGGATATGTAGAAATCTTT-AATAAACAACGCCCCCCCC-TAGAAACGTATAGGAGGTTTTTTCCTCATACGGCTCGAGAAAAATGATTCTAATTTCT-GTATATAATAGCAAGTGGATCCATAAAATCAT-GAATTTTACTAT-GATTTGAATTGAGTACTTTT---------------------TTCTTCTTCCTTACAGAAAAAGGAATAAATCTCATTCATACTCATAACTCAAGTTGGGTAATTCTGATAAGAAAATCCTTAGACATTTATTGAGCCGTCTCTAAACTCTTTTGTTTGTCTCATTTCGAATCTATTTTTATTCCTCAGTCTGATCCAATTGT-----TGAGACAATTGAAAATAGTGTTTCCTTGTTTCGGAATCCTTTATCTTTGCTTTGTGAAATCATTGGGTTTAGACATTACCTCGGGGATCCTTATTCCTTTCAAAATGGCAGCAACATACC-TTTTTTT-GTTATTTCTTTCTATATAAATAGAATACGAACGATTGATTCCCTTGTGATACACTTTTCATCGAAATAGTTTTACCAATTTCGAAAAATTTGACTTTTCAAACTTGTTCTGAATTTGAACCTTTCAATTTCGAATTTATAT-------ATAGTGAGGATATACTTACAAAGTTGGTCTAACTTATTGATTTTCACTAACCCTAGATTCTTTCCCTTGAAAAATGAATCAATCCTTTCTTCTCGAGCTTCATAATGTACTATTTACTTATAA-----CCCAACACAAATTAGGTTCCGGGCAGAACA-----AACTATGTCGAGCCAAGAGCATCTTCATTA-CTATAGAA-GATGGCGG-ATGTA Puya_goudotiana 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Puya_hamata 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Puya_harmsii 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Puya_herrerae 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Puya_lineata 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Puya_macrura 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Puya_mima 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Puya_mirabilis 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Puya_nana 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Puya_nitida_1 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Puya_nitida_2 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Puya_nutans 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Puya_obconica 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Puya_pygmaea 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Puya_raimondii 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Puya_raimondii_1 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Puya_santosii 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Puya_trianae 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Puya_ultima 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Puya_venusta_1 -----------------------------------CCCAGGGGGTAATCTCTATTTTATTCCTACGAACAGAACAT-GACCATATGATACACTAACTATCTGTAGAAACATCCCAGATGCGAATCCATATTTCGATGTATCTATGTATACTGTATACATAGATACATGATCTAGTATGTCTGCTTGTGAAATAAAGACTAAACTCCCCCCGAGTTCATGTCCGAATAAAATAAAGTGGTAATAAGTTCTAAAGAAAAGAATCAATTGATTCATGATAAAATCCCTCCATGATGGATTTTATTACAATTTTGACTAAGTGAGGGATCAAATGTATAGTTCATTTGTTGGTA----------------------GCTTGGAGGATTAGAAACATGACTATTGCTTTCCAATTAGCTGTTTTTGCATTAATTGCGACTTCATCAGTCTTACTGATTAGTGTACCCGTTGTATTTGCTTCTTCTGATGGTTGGTCAAGTAACAAGAATGTTGTATTTTCCGGTACATCATTATGGATTGGATTAGTCTTTTTGGTAGCTATTCTTAATTCTCTCATTTCTTAAACTTATTTGGTATTTCCCCGATCCAAAAGCAAAAA-TGTCACTCCTTCAAAAAAATTCGAATTGTGAGACATATTGAGATTCAATCTGAGTTCTGAAAAAAA----TTCTATTTCAATGTTATTAATTGGATCTAATAATTAAGATTATCTTAA-----------TTGGAATCTTACTTTACTATAGTATCTGAAGTATACTATCTAAGTTTTACTTTTT-ACTATACTATCTAAGTATCTGGCCCTGCACAAATATGATCCAGCCGCATATATGATATATAATATATGT-CATAT-ATGTGTGGAC-ATATAC-GTGCGTATCAGGAAGGAAGAAAATGCGGATATATGTGTCAGATATACTAATACCCTATCCTATCCATTTGGAAATCTTGGTTCAAATCCTTCAATGCCGGATCCAAGATGTTCCATCTTTGCATTTATTGCGATTCTTTCTCCACGAATATCATAATTGGAATAGTCTCATTACTCCGAAGAAATCAAT---------------AGAAAATAAAAGACTATTTTGGTTCCTATATAATTCTTATGTATCTGAATGGGAATTTGTATTCGTTTTTCTTCGTAAACAATCTTCTTATTTACGATTAACATCTTCTGGTTCTGGAACCTTTCTT---GAGCGAATACAGTTCTATGGAAAAATAGAACATCTTATAGTAGTGTACCGTAATTATTTTCAGAAAACTTTATGGTTCTTCACGGATCCTTTCATGCATTATGTTCGATATCAAGGAAAAGC-AATTCTGGCTTCAAAAGGGACTCATCTTTTGATGAAG-AAGTGGAAA-TGTTACCTTGTCAATCTCTGGCAATATTATTTTCATTTTTGGTCTCAACCACACAGGATTCATATAAACC-AATTATCAAACTATTCCTTCTATTTTCTGGGTTATCTTTCAAGTGTACTAAGAAATCCTTTGGTGGTAAGGAATCAAATGTTGGAGAATTCATTTCTAATAGAAACTGGTATTAAGAAATTCGATACCATAGTCCCAGTTATTCCTCTCATTGGATCATTGTCTAAAGCTAAATTTTGTACCGTATCGGGACATCCTATTAGTAAGCCGAT-CTGGACCGATTTATCAGATTGTGATATTATTGATCGATTTGGTCGGATATGTAGAAATCTTT-------------CCCCCCC-TAGAAACGTATAGGAGGTTTTTTCCTCATACGGCTCGAGAAAAATGATTCTAATTTCT-GTATATAATAGCAAGTGGATCCATAAAATCAT-GAATTTTACTAT-GATTTGAATTGAGTACTTTT---------------------TTCTTCTTCCTTACAGAAAAAGGAAGAAATCTCATTCATACTCATAACTCAAGTTGGGTAATTCTGATAAGAAAATCCTTAGACATTTATTGAGCCGTCTCTAAACTCTTTTGTTTGTCTCATTTCGAATCTATTTTTATTCCTCAGTCTGATCCAATTGT-----TGAGACAATTGAAAATAGTGTTTCCTTGTTTCGGAATCCTTTATCTTTGCTTTGTGAAATCATTGGGTTTAGACATTACCTCGGGGATCCTTATTCCTTTCAAAATGGCAGCAACATACC-TTTTTTT-GTTATTTCTTTCTATATAAATAGAATACGAACGATTGATTCCCTTGTGATACACTTTTCATCGAAATAGTTTTACCAATTTCGAAAAATTTGACTTTTCAAACTTGTTCTGAATTTGAACCTTTCAATTTCGAATTTATAT-------ATAGTGAGGATATACTTACAAAGTTGGTCTAACTTATTGATTTTCACTAACCCTAGATTCTTTCCCTTGAAAAATGAATCAATCCTTTCTTCTCGAGCTTCATAATGTACTATTTACTTATAA-----CCCAACACAAATTAGGTTCCGGGCAGAACA-----AACTATGTCGAGCCAAGAGCATCTTCATTA-CTATAGAA-GATGGCGG-ATGAA Puya_venusta_2 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Puya_wrightii 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Puya_yakespala ----------------ACCA-CTC-GGCCATCTCTCCCAGGGG-TAATCTCTATTTTATTCCTACGAATAGAACAT-GACCATATGATACACTAACTATCTGTAGAAACATCCCAGATGCGAATCCATATTTCGATGTATCTATGTATACTGTATACATAGATACATGATCTAGTATGTCTGCTTGTGAAATAAAGACTAAACTCCCTCCGAGTTCATGTCCGAATAAAATAAAGTGGTAATAAGTTCTAAAGAAAAGAATCAATTGATTCATGATAAAATCCCTCCATGATGGATTTTATTACAATTTTGACTAAGTGAGGGATCAAATGTATAGTTCATTTGTTGGTA----------------------GCTTGGAGGATTAGAAACATGACTATTGCTTTCCAATTAGCTGTTTTTGCATTAATTGCGACTTCATCAGTCTTACTGATTAGTGTACCCGTTGTATTTGCTTCTTCTGATGGTTGGTCAAGTAACAAGAATGTTGTATTTTCCGGTACATCATTATGGATTGGATTAGTCTTTTTGGTAGCTATTCTTAATTCTCTCATTTCTTAAACTTATTTGGTATTTCCCCGATCCAAAAACAAAAA-TGTCACTCCTTCAAATAAATTCGAATTGTGAGACATATTAAGATTCAATCTGAGTTCTGAAAAAAA----TTCTATTTCAATGTTATTAATTGGATCTAATAAATAAGATTATCTTAA-TCTATCTTAATTGGAATCTTACTTTACTATAGTATCTGAAGTATACTATCTAAGTTTTACTTTTT-ACTATACTATCTAAGTACCTGGCCCTGCACAAATATGATCCAGCCGCATATATGATATATAATATATGT-CATAT-ATGTGTGGAC-ATATAC-GTGCGTATCAGGAAGGAAGAAAATGCGGATATATGTGTCAGATATACTAATACCCTATCCTATCCATTTGGAAATCTTGGTTCAAATCCTTCAATGCCGGATCCAAGATGTTCCATCTTTGCATTTATTGCGATTCTTTCTCCACGAATATCATAATTGGAATAGTCTCATTACTCCGAAGAAATCAATTTACGTTTTTTCAAAAGAAAATAAAAGACTATTTTGGTTCCTATATAATTCTTATGTATCTGAATGCGAATTTGTATTCGTTTTTCTTCGTAAACAATCTTCTTATTTACGATTAACATCTTCTGG------AACCTTTCTT---GAGCGAATACAGTTCTATGGAAAAATAAAACATCTTATAGTAGTGTACCATAATTATTTTCAGAAAACCTTATGGTTCTTCACGGATCCTTTCATGCATTATGTTCGATATCAAGGAAAAGC-AATTCTGGCTTCAAAAGGGACTCATCTTTTGATGAAG-AAGTGGAAA-TGTTACCTTGTCAATCTCTGGCAATATTATTTTCATTTTTGGTCTCAACCACACAGGATTCATATAAACC-AATTATCAAACTATTCCTTCTATTTTCTGGGTTATATTTCAAGTGTACTAAGAAATCCTTTGGTGGTAAGGAATCAAATGTTGGAGAATTCATTTCTAATAGAAATTGGTATTAAGAAATTCGATACCATAGTCCCAGTTATTCCTCTTATTGGATCATTGTCTAAAGCTAAATTTTGTACCGTATCGGGACATCCTATTAGTAAGCCGAT-CTGGACCGATTTATCAGATTGTGATATTATTGATCGATTTGGTCGGATATGTAGAAATCTTT--ATAAACAACGCCCCCCC--TAGAAACGTATAGGAGGTTTTTTCCTCATACGGCTCGAGAAAAATGATTCTAATTTCT-GTATATAATAGCAAGTAGATCCATAAAATCAT-GAATTTTACTAT-GATTTGAATTGAGTACTTTT---------------------TTCTTCTTCCTTACAGAAAAAGGAAGAAATCTCATTCATACTCATAACTCAAGTTGGGTAATTCTGACAAGAAAATCCTTAGACATTTATTGAGCCGTCTCTAAACTCTTTTGTTTGTCTCATTTCGAATCTATTTTTATTCCTCAGTCTGATCCAATTGT-----TGAGACAATTGAAAATAGTGTTTCCTTGTTTCGGAATCCTTTATCTTTGCTTTGTGAAATCGTTGGGTTTAGACATTACCTCGGGGATCCTTATTCCTTTCAAAATGGCAGCAACATACC-TTTTTT--GTTATTTCTTTCTATATAAATAGAATACGAACGATTGATTCCCTTGTGATACACTTTTCATCGAAATAGTTTTACCAATTTCGAAAAATTGGACTTTTCAAACTTGTTCTGAATTTGAACCTTTCAATTTAGAATTTATAT-------ATAGTGAGGATATACTTACAAAGTTGGTCTAACTTATTGATTTTCACTAACCCTAGATTCTTTCCCTTGAAAAATGAATCAATCCTTTCTTCTCGAGCTTCATAATGTACTATTTACTTATAA-----CCCAACACAAATTAGGTTCCGGGCAGAACA-----AACTATGTCGAGCCAAGAGCATCTTCATTA-CTATAGAA-GATGGCGG-ATGTC ; END; BEGIN SETS; CHARSET rps16 (CHARACTERS = cpDNA) = 1745-2571; CHARSET trnS_trnG (CHARACTERS = cpDNA) = 1-925; CHARSET trnK_matK (CHARACTERS = cpDNA) = 926-1744; END; [ The following blocks are output data for analysis step 7061 ] BEGIN TREES; TITLE cpDNA; LINK TAXA = TaxaForAnalysisStep7061; TREE c._Fig._3 = [&R] (Hechtia_lundelliorum:0.004533,(((Fosterella_albicans:0.018357,(Deuterocohnia_longipetala:0.002999,(Deuterocohnia_meziana:0.004202,Dyckia_pseudococcinea:0.002376):0.008408):0.002641):6.36E-4,(Pitcairnia_feliciana:0.004338,(Pitcairnia_maidifolia:0.006333,(Pepinia_sanguinea:0.002372,Pitcairnia_orchidifolia:0.003768):0.0):0.001233):0.003388):0.002101,((Puya_gilmartiniae:4.28E-4,((Puya_coerulea_1:8.43E-4,(Puya_alpestris_1:0.0,Puya_coerulea_2:4.2E-4):4.16E-4):0.0,(Puya_chilensis_1:0.0,(Puya_venusta_1:4.28E-4,((Puya_alpestris_2:4.16E-4,Puya_venusta_2:0.0):0.0,(Puya_berteroniana:4.4E-4,Puya_chilensis_2:0.0):4.17E-4):0.0):0.0):4.16E-4):0.0):0.002973,((Orthophytum_gurkenii:0.008611,((Greigia_sp.:0.006719,Ochagavia_lindleyana:0.002148):0.0,((Bromelia_pinguin:0.002899,(Bromelia_balansae:0.002897,(Bromelia_agavifolia:8.22E-4,Bromelia_flemingii:4.12E-4):0.0):0.0):0.003736,((Ochagavia_carnea:0.002159,Ochagavia_elegans:0.003971):0.001722,(Fernseea_itatiaiae:0.003436,(Deinacanthon_urbanianum:0.005046,((Ananas_comosus:0.0,Ananas_nanus:0.0):8.21E-4,((Cryptanthus_bromelioides:4.05E-4,Cryptanthus_dorothyae:4.18E-4):0.004146,(Portea_fosteriana:0.002152,((Aechmea_nudicaulis:0.002966,Billbergia_euphemiae:0.001333):0.0,(Billbergia_laxiflora:0.002506,Neoregelia_cruenta:0.003279):0.0):0.002059):0.0):8.18E-4):0.001544):0.0):5.17E-4):0.0):0.002465):0.0):8.24E-4,((Puya_mima:0.001653,((Puya_hamata:0.0,(Puya_nutans:0.0,(Puya_compacta:0.0,Puya_pygmaea:0.0):4.11E-4):4.11E-4):4.11E-4,(Puya_lanata:4.12E-4,((Puya_nitida_2:0.001237,(Puya_nitida_1:4.12E-4,Puya_obconica:4.1E-4):4.12E-4):0.0,(Puya_goudotiana:0.0,(Puya_santosii:0.0,(Puya_lineata:0.0,(Puya_bicolor:0.0,Puya_trianae:0.0):0.0):0.0):0.0):4.11E-4):0.0):0.0):4.1E-4):0.0,((Puya_mirabilis:8.46E-4,((Puya_dyckioides:8.4E-4,(Puya_harmsii:8.43E-4,Puya_yakespala:4.19E-4):0.0):4.17E-4,(Puya_castellanosii:0.0,(Puya_dasylirioidea:0.002096,(Puya_ultima:0.001241,(Puya_nana:0.001658,(Puya_ferruginea_1:0.001375,Puya_wrightii:8.5E-4):0.0):0.0):0.0):0.002321):0.0):0.0):5.77E-4,(((Puya_boliviensis_1:4.18E-4,Puya_boliviensis_2:0.0):0.0,(Puya_raimondii_1:4.13E-4,(Puya_angusta:0.0,Puya_herrerae:0.0):0.0):8.25E-4):0.0,((Puya_ferruginea_2:4.11E-4,Puya_ferruginea_3:0.0):4.11E-4,(Puya_raimondii:0.0,(Puya_macrura:0.0,(Puya_angusta_2:0.0,Puya_ferreyrae:0.0):0.0):0.0):4.11E-4):0.0):0.0):4.1E-4):0.002484):8.13E-4):0.001671):0.004533); [! TreeBASE tree URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/tree/TB2:Tr31306] END;