#NEXUS [!This data set was downloaded from TreeBASE, a relational database of phylogenetic knowledge. TreeBASE has been supported by the NSF, Harvard University, Yale University, SDSC and UC Davis. Please do not remove this acknowledgment from the Nexus file. Generated on July 06, 2025; 11:36 GMT TreeBASE (cc) 1994-2008 Study reference: Erpenbeck D., Weier T., De voogd N.J., Wörheide G., Sutcliffe P., Todd J.A., & Michel E. 2011. Insights into the evolution of freshwater sponges (Porifera: Demospongiae: Spongillina): New barcoding data from Lake Tanganyika endemics indicates multiple invasions and unsettles existing taxonomy. Molecular Phylogenetics and Evolution, . TreeBASE Study URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/study/TB2:S11453] [ The following blocks are input data for analysis step 7301 ] BEGIN TAXA; TITLE TaxaForAnalysisStep7301; DIMENSIONS NTAX=48; TAXLABELS Baikalospongia_bacillifera_DQ167167 Baikalospongia_bacillifera_DQ176780 Baikalospongia_bacillifera_EU000570 Baikalospongia_dzhegatajensis_EF025856 Baikalospongia_intermedia_DQ167168 Baikalospongia_intermedia_EU000567 Baikalospongia_recta_EU000569 Corvomeyenia_sp_DQ176781 Echinospongilla_brichardi_EU000573 Ephydatia_fluviatilis_AJ843884 Ephydatia_fluviatilis_DQ087505 Ephydatia_fluviatilis_DQ167174 Ephydatia_fluviatilis_DQ176777 Ephydatia_muelleri_DQ167172 Ephydatia_muelleri_DQ176778 Ephydatia_sp_DQ167173 Eunapius_carteri_DQ167175 Eunapius_fragilis_AJ843882 Eunapius_fragilis_DQ176779 Eunapius_sp__JF816209 Eunapius_sp_DQ167181 Eunapius_sp_JF816199 Eunapius_sp_JF816200 Eunapius_sp_JF816203 Eunapius_sp_JF816204 Eunapius_sp_JF816205 Eunapius_sp_JF816208 Eunapius_sp_JF816210 Eunapius_sp_JF816211 Lubomirskia_abietina_DQ167170 Lubomirskia_baicalensis_DQ167169 Lubomirskia_baicalensis_EU000568 Nudospongilla_vasta_DQ167179 Nudospongilla_vasta_DQ167180 Ochridaspongia_sp_EF025855 Oncosclera_sp_JF816201 Oncosclera_sp_JF816202 Pachydictyum_globosum_DQ167177 Pachydictyum_incrustans_DQ167178 Spongilla_lacustris_AJ843883 Spongilla_lacustris_DQ167176 Spongilla_lacustris_EU000572 Spongillina_sp_JF816206 Spongillina_sp_JF816207 Swartschewskia_papyracea_DQ167171 Swartschewskia_papyracea_EU000571 Trochospongilla_horrida_EF025854 Trochospongilla_pennsylvanica_DQ087503 ; END; BEGIN CHARACTERS; [! TreeBASE Matrix URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/matrix/TB2:M8765] TITLE LTA_C13; LINK TAXA = TaxaForAnalysisStep7301; DIMENSIONS NCHAR=536; FORMAT DATATYPE=DNA SYMBOLS= "A C G T" MISSING=? GAP= -; MATRIX [ 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 230 240 250 260 270 280 290 300 310 320 330 340 350 360 370 380 390 400 410 420 430 440 450 460 470 480 490 500 510 520 530 ] [ . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ] Baikalospongia_bacillifera_DQ167167 GAGCTATCAGCCCCTGGGTCAATGTTAGGGGATGATCAATTATATAATGTTATAGTTACAGCCCATGCTTTTCTAATGATATTTTTCTTAGTTATGCCAGTAATGATTGGGGGATTTGGAAATTGATTCGTGCCATTATATATTGGTGCACCCGATATGGCTTTTCCAAGATTAAACAATATTAGTTTTTGATTATTACCTCCGGCTTTAACTCTATTATTAGGATCTGCTTTTGTAGAGCAAGGGGTTGGTACAGGATGGACAGTCTATCCCCCTTTAGCAGGCATACAAGCGCATTCTGGGGGATCGGTTGATATGGCAATATTTAGTCTTCACTTGGCGGGTATTTCTTCGATATTAGGGGCTATGAATTTTATCACAACAATCTTTAATATGAGAGCGCCCGGTATTACAATGGATAGACTGCCATTATTTGTATGATCTATTTTAATAACAGCCTTTTTATTATTATTATCTTTACCTGTATTAGCTGGTGGTATAACAATGCTTTTAACAGATAGAAATTTTAATACAAC Baikalospongia_bacillifera_DQ176780 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Eunapius_sp_JF816204 GAGCTATCAGCCCCTGGGTCAATGTTAGGGGATGATCAATTATATAATGTTATAGTTACAGCCCATGCTTTTCTAATGATATTTTTCTTAGTTATGCCAGTAATGATTGGGGGATTTGGAAATTGATTCGTGCCATTATATATTGGTGCACCCGATATGGCTTTTCCAAGATTAAACAATATTAGTTTTTGATTATTACCTCCGGCTTTAACTCTATTATTAGGATCTGCTTTTGTAGAGCAAGGGGTTGGTACCGGATGGACAGTATATCCCCCTTTAGCAGGCATACAAGCACATTCTGGGGGATCAGTTGATATGGCAATATTTAGTCTTCACTTGGCGGGTATTTCTTCGATATTAGGGGCTATGAATTTTATCACAACAATCTTTAATATGAGAGCGCCCGGTATTACAATGGATAGAATGCCATTATTTGTATGATCTATTTTAATAACAGCCTTTTTATTATTATTATCTTTACCTGTATTAGCTGGCGGTATAACAATGCTTTTAACAGATAGAAATTTTAATACAAC Eunapius_sp_JF816205 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Oncosclera_sp_JF816201 GAGCTATCAGCCCCTGGGTCAATGTTAGGGGATGATCAATTATATAATGTTATAGTTACAGCCCATGCTTTTCTAATGATATTTTTCTTAGTTATGCCAGTAATGATTGGGGGATTTGGAAATTGATTCGTGCCATTATATATTGGTGCACCCGATATCTCTTTTCCAAGATTAAACAATATTAGTTTTTGATTATTACCTCCGGCTTTAACTCTATTATTAGGATCTGCTTTTGTAGAGCAAGGGGTTGGTACAGGATGGACAGTATATCCCCCTTTAGCAGGCATACAAGCACATTCTGGGGGATCCGTTGATATGGCCATATTTAGTCTTCACTTGGCGGGTATTTCTTCGATATTAGGGGCTATGAATTTTATCACTACAATCTTTAATATGAGAGCGCCCGGTATTACAATGGATAGAATGCCCTTA{GT}TTGTATGATCTA???T?A?A?CAGC??????A??ATTATTATCTTTACCTGTATTAGCTGGTGGTATAACAATGCTTTTAACAGATAGAAATTTTAATACAAC Oncosclera_sp_JF816202 GAGCTATCAGCCCCTGGGTCAATGTTAGGGGATGATCAATTATATAATGTTATAGTTACAGCCCATGCTTTTCTAATGATATTTTTCTTAGTTATGCCAGTAATGATTGGGGGATTTGGAAATTGATTCGTGCCATTATATATTGGTGCACCCGATATCTCTTTTCCAAGATTAAACAATATTAGTTTTTGATTATTACCTCCGGCTTTAACTCTATTATTAGGATCTGCTTTTGTAGAGCAAGGGGTTGGTACAGGATGGACAGTATATCCCCCTTTAGCAGGCATACAAGCACATTCTGGGGGATCCGTTGATATGGCCATATTTAGTCTTCACTTGGCGGGTATTTCTTCGATATTAGGGGCTATGAATTTTATCACTACAATCTTTAATATGAGAGCGCCCGG?ATTACAATG??????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? Pachydictyum_globosum_DQ167177 GAGCTATCAGCCCCTGGGTCCATGTTAGGGGATGATCAATTATATAATGTTATAGTTACAGCCCATGCTTTTCTAATGATATTTTTCTTAGTTATGCCAGTAATGATTGGGGGATTTGGAAATTGATTCGTGCCACTATATATTGGTGCACCCGATATGGCTTTTCCAAGATTAAATAATATTAGTTTTTGATTATTACCTCCGGCTTTAACTCTATTATTAGGATCTGCTTTTGTAGAGCAAGGGGTTGGTACAGGATGGACAGTATATCCCCCTTTAGCAGGCATACAAGCACATTCTGGGGGATCAGTTGATATGGCAATATTTAGTCTTCACTTGGCGGGTATTTCTTCGATATTAGGGGCTATGAATTTTATCACTACAATCTTTAATATGAGAGCGCCCGGTATTACAATGGATAGAATGCCATTATTTGTATGATCTATTTTAATAACAGCCTTTTTATTATTATTATCTTTACCTGTATTAGCTGGTGGTATAACAATGCTTTTAACAGATAGAAATTTTAATACAAC Pachydictyum_incrustans_DQ167178 ??????????CCCCTGGGTCCATGTTAGGGGATGATCAATTATATAATGTTATAGTTACAGCCCATGCTTTTCTAATGATATTTTTCTTAGTTATGCCAGTAATGATTGGGGGATTTGGAAATTGATTCGTGCCACTATATATTGGTGCACCCGATATGGCTTTTCCAAGATTAAATAATATTAGTTTTTGATTATTACCTCCGGCTTTAACTCTATTATTAGGATCTGCTTTTGTAGAGCAAGGGGTTGGTACAGGATGGACAGTATATCCCCCTTTAGCAGGCATACAAGCACATTCTGGGGGATCAGTTGATATGGCAATATTTAGTCTTCACTTGGCGGGTATTTCTTCGATATTAGGGGCTATGAATTTTATCACTACAATCTTTAATATGAGAGCGCCCGGTATTACAATGGATAGAATGCCATTATTTGTATGATCTATTTTAATAACAGCCTTTTTATTATTATTATCTTTACCTGTATTAGCTGGTGGTATAACAATGCTTTTAACAGATAGAAATTTTAATACCAC Spongilla_lacustris_AJ843883 GAGCTATCAGCCCCTGGGTCAATGTTAGGGGATGATCAATTATATAATGTTATAGTTACAGCCCATGCTTTTCTAATGATATTTTTCTTAGTTATGCCAGTAATGATTGGGGGATTTGGAAATTGATTCGTGCCATTATATATTGGTGCACCCGATATGGCTTTTCCAAGATTAAACAATATTAGTTTTTGATTATTACCTCCGGCTTTAACTCTATTATTAGGATCTGCTTTTGTAGAGCAAGGGGTTGGTACCGGATGGACAGTATATCCCCCTTTAGCAGGCATACAAGCACATTCTGGGGGATCAGTTGATATGGCAATATTTAGTCTTCACTTGGCGGGTATTTCTTCGATATTAGGGGCTATGAATTTTATCACAACAATCTTTAATATGAGAGCGCCCGGTATTACAATGGATAGAATGCCATTATTTGTATGATCTATTTTAATAACAGCCTTTTTATTATTATTATCTTTACCTGTATTAGCTGGTGGTATAACAATGCTTTTAACAGATAGAAATTTTAATACAAC Spongilla_lacustris_DQ167176 GAGCTATCAGCCCCTGGGTCAATGTTAGGGGATGATCAATTATATAATGTTATAGTTACAGCCCATGCTTTTCTAATGATATTTTTCTTAGTTATGCCAGTAATGATTGGGGGATTTGGAAATTGATTCGTGCCATTATATATTGGTGCACCCGATATGGCTTTTCCAAGATTAAACAATATTAGTTTTTGATTATTACCTCCGGCTTTAACTCTATTATTAGGATCTGCTTTTGTAGAGCAAGGGGTTGGTACCGGATGGACAGTATATCCCCCTTTAGCAGGCATACAAGCACATTCTGGGGGATCAGTTGATATGGCAATATTTAGTCTTCACTTGGCGGGTATTTCTTCGATATTAGGGGCTATGAATTTTATCACAACAATCTTTAATATGAGAGCGCCCGGTATTACAATGGATAGAATGCCATTATTTGTATGATCTATTTTAATAACAGCCTTTTTATTATTATTATCTTTACCTGTATTAGCTGGTGGTATAACAATGCTTTTAACAGATAGAAATTTTAATACAAC Spongilla_lacustris_EU000572 GAGCTATCAGCCCCTGGGTCAATGTTAGGGGATGATCAATTATATAATGTTATAGTTACAGCCCATGCTTTTCTAATGATATTTTTCTTAGTTATGCCAGTAATGATTGGGGGATTTGGAAATTGATTCGTGCCATTATATATTGGTGCACCCGATATGGCTTTTCCAAGATTAAACAATATTAGTTTTTGATTATTACCTCCGGCTTTAACTCTATTATTAGGATCTGCTTTTGTAGAGCAAGGGGTTGGTACAGGATGGACAGTATATCCCCCTTTAGCAGGCATACAAGCACATTCTGGGGGATCAGTTGATATGGCAATATTTAGTCTTCACTTGGCGGGTATTTCTTCGATATTAGGGGCTATGAATTTTATCACAACAATCTTTAATATGAGAGCGCCCGGTATTACAATGGATAGAATGCCATTATTTGTATGATCTATTTTAATAACAGCCTTTTTATTATTATTATCTTTACCTGTATTAGCTGGTGGTATAACAATGCTTTTAACAGATAGAAATTTTAATACAAC Spongillina_sp_JF816206 GAGCTATCAGCCCCTGGGTCAATGTTAGGGGATGATCAATTATATAATGTTATAGTTACAGCCCATGCTTTTCTAATGATATTTTTCTTAGTTATGCCAGTAATGATTGGGGGATTTGGAAATTGATTCGTGCCATTATATATTGGTGCACCCGATATGGCTTTTCCAAGATTAAACAATATTAGTTTTTGATTATTACCTCCGGCTTTAACTCTATTATTAGGATCTGCTTTTGTAGAGCAAGGGGTTGGTACAGGATGGACAGTATATCCCCCTTTAGCAGGCATACAAGCACATTCTGGGGGATCCGTTGATATGGCCATATTTAGTCTTCACTTGGCGGGTATTTCTTCGATATTAGGGGCTATGAATTTTATCACTACAATCTTTAATATGAGAGCGCCCGGTATTACAATGG?????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? 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Trochospongilla_pennsylvanica_DQ087503 GAGCTATCAGCCCCTGGGTCCATGTTAGGGGATGATCAATTATATAATGTTATAGTTACAGCCCATGCTTTTCTAATGATATTTTTCTTAGTTATGCCAGTAATGATTGGGGGATTTGGAAATTGATTCGTGCCACTATATATTGGTGCACCCGATATGGCTTTTCCAAGATTAAATAATATTAGTTTTTGATTATTACCTCCGGCTTTAACTCTATTATTAGGATCTGCTTTTGTAGAGCAAGGGGTTGGTACAGGATGGACAGTATATCCCCCTTTAGCAGGGATACAAGCACATTCTGGGGGATCAGTTGATATGGCAATATTTAGTCTTCACTTGGCGGGTATTTCTTCGATATTAGGGGCTATGAATTTTATCACTACAATCTTTAATATGAGAGCGCCCGGTATTACAATGGATAGAATGCCATTATTTGTATGATCTATTTTAATAACAGCCTTTTTATTATTATTATCTTTACCTGTATTAGCTGGTGGTATAACAATGCTTTTAACAGATAGAAATTTTAATACAAC ; END; BEGIN CODONS; CODONPOSSET * UNTITLED (CHARACTERS = LTA_C13) = 1: 1-535\3, 2: 2-536\3, 3: 3-534\3; CODONPOSSET CodonPositions (CHARACTERS = LTA_C13) = 1: 1-535\3, 2: 2-536\3, 3: 3-534\3; END; [ The following blocks are output data for analysis step 7301 ] BEGIN TREES; TITLE LTA_C13; LINK TAXA = TaxaForAnalysisStep7301; TREE PAUP_1 = [&R] (Corvomeyenia_sp_DQ176781:0.015725,((Trochospongilla_horrida_EF025854:0.003982,((Nudospongilla_vasta_DQ167179:0.0,Nudospongilla_vasta_DQ167180:0.0):0.003811,(Trochospongilla_pennsylvanica_DQ087503:0.001896,(Pachydictyum_globosum_DQ167177:0.0,Pachydictyum_incrustans_DQ167178:0.00193):0.0):0.0):0.00385):0.003842,((Spongilla_lacustris_EU000572:0.0,(Spongilla_lacustris_DQ167176:0.0,(Spongilla_lacustris_AJ843883:0.0,((Eunapius_fragilis_AJ843882:0.0,(Eunapius_carteri_DQ167175:0.0,Eunapius_fragilis_DQ176779:0.0):0.0):0.003773,(Eunapius_sp_JF816203:0.0,(Eunapius_sp_JF816210:0.0,(Eunapius_sp_JF816208:0.0,(Eunapius_sp_JF816205:0.0,(Eunapius_sp_JF816204:0.0,(Eunapius_sp_JF816200:0.0,(Eunapius_sp__JF816209:0.0,(Eunapius_sp_JF816199:0.0,Eunapius_sp_JF816211:0.007679):0.0):0.0):0.0):0.0):0.0):0.0):0.0):0.001875):0.0):0.0):0.001892):0.0,(((Spongillina_sp_JF816206:0.0,Echinospongilla_brichardi_EU000573:0.0):0.001874,(Spongillina_sp_JF816207:0.0,(Oncosclera_sp_JF816201:0.0,Oncosclera_sp_JF816202:0.0):0.003862):0.0):0.007783,(((Swartschewskia_papyracea_EU000571:0.00187,(Ephydatia_sp_DQ167173:0.0,Eunapius_sp_DQ167181:0.001868):0.0):0.0,(Ephydatia_fluviatilis_DQ087505:0.0,(Ephydatia_fluviatilis_DQ176777:0.0,(Ephydatia_fluviatilis_DQ167174:0.0,(Ephydatia_fluviatilis_AJ843884:0.0,(Swartschewskia_papyracea_DQ167171:0.0,(Baikalospongia_dzhegatajensis_EF025856:0.0,Ochridaspongia_sp_EF025855:0.001998):0.0):0.0):0.0):0.0):0.0):0.001873):0.001868,(Baikalospongia_bacillifera_EU000570:0.0,(Baikalospongia_intermedia_EU000567:0.0,(Baikalospongia_intermedia_DQ167168:0.0,(Baikalospongia_recta_EU000569:0.0,(Lubomirskia_baicalensis_EU000568:0.0,(Lubomirskia_baicalensis_DQ167169:0.0,(Ephydatia_muelleri_DQ176778:0.0,(Ephydatia_muelleri_DQ167172:0.0,(Baikalospongia_bacillifera_DQ176780:0.0,(Baikalospongia_bacillifera_DQ167167:0.0,Lubomirskia_abietina_DQ167170:0.001874):0.00188):0.0):0.0):0.0):0.0):0.0):0.0):0.0):0.0):0.0):0.005716):0.0):0.0):0.015725); [! TreeBASE tree URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/tree/TB2:Tr44958] END;