#NEXUS [!This data set was downloaded from TreeBASE, a relational database of phylogenetic knowledge. TreeBASE has been supported by the NSF, Harvard University, Yale University, SDSC and UC Davis. Please do not remove this acknowledgment from the Nexus file. Generated on September 19, 2025; 6:43 GMT TreeBASE (cc) 1994-2008 Study reference: Martinsson S., Kjærandsen J., & Sundberg P. 2011. Towards a molecular phylogeny of the fungus gnat genus Boletina (Diptera: Mycetophilidae). Zoologica Scripta, . TreeBASE Study URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/study/TB2:S11611] [ The following blocks are input data for analysis step 7471 ] BEGIN TAXA; TITLE TaxaForAnalysisStep7471; DIMENSIONS NTAX=83; TAXLABELS Acomoptera_difficilis Allocotocera_pulchella Allodia_sp._ER18 Allodiopsis_rustica Anatella_sp._ER125 Azana_sp._ER2009 Boletina_atridentata_057487 Boletina_cordata_009053 Boletina_cordata_010002 Boletina_erythropyga_057363 Boletina_gripha_015271 Boletina_gripha_033462 Boletina_gripha_057361 Boletina_griphoides_009627 Boletina_hedstroemi_014978 Boletina_nigricans_057488 Boletina_paragripha_015009 Boletina_paragripha_057362 Boletina_plana Boletina_pseudovillosa_014967 Boletina_sahlbergi_057369 Boletina_sahlbergi_057401 Boletina_sciarina_007450 Boletina_subtrivittata_032921 Boletina_trispinosa_012711 Boletina_trivittata_006015 Boletina_villosa_014966 Bolitophila_hybrida Bolitophila_sp._ER2009 Boraceomyia_sp._ER2009 Brachypeza_bisignata Brevicornu_sp._ER28 Coelosia_tenella Cordyla_sp._ER24 Diadocidia_spinosula Diadocidia_valida Docosia_clamysa_010122 Docosia_gilvipes Docosia_sp._ER72 Dynatosoma_reciprocum Epicypta_sp._ER108 Exechiopsis_sagittata Gnoriste_bilineata Gnoriste_longirostris_014972 Grzegorzekia_collaris Isoneuromyia_semirufa Leia_sp._ER2009 Leia_sp._ER66 Leptomorphus_walkeri Lygistorrhina_sp._ER2009 Macrobrachius_sp._ER122 Macrocera_sp._ER2009 Manota_unifurcata Megalopelma_nigroclavatum Monoclona_rufilatera Mycetophila_sp._ER17 Mycomya_annulata Neoempheria_pictipennis Neoplatyura_flava Notolopha_cristata Orfelia_fasciata Palaeodocosia_sp._ER2009 Phronia_sp._ER19 Phthinia_humilis Platurocypta_sp._ER49 Pseudobrazypeza_sp._ER94 Pseudorymosia_fovea Pyratula_zonata Rondaniella_dimidiata Rymosia_sp._ER03 Saigusaia_flaviventris_006076 Sceptonia_sp._ER05 Sceptonia_sp._ER22 Speolepta_leptogaster Stigmatomeria_crassicornis Synapha_vitripennis Synplasta_gracilis Syntemna_stylata Tarnania_dziedzickii Tetragoneura_sylvatica Trichonta_sp._ER29 Urytalpa_macrocera Zygomyia_sp._ER113 ; END; BEGIN CHARACTERS; [! TreeBASE Matrix URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/matrix/TB2:M9126] TITLE Mycetophilidae_16S_28S; LINK TAXA = TaxaForAnalysisStep7471; DIMENSIONS NCHAR=659; FORMAT DATATYPE=DNA SYMBOLS= "A C G T" MISSING=? 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AAAGGCTGCGGTATTTTGACCGTACAAAGGTAGCATAATCATTAGTTTTTTAATTGAAAACTAGAATGAATGGTTTAATGAGATATTAGCTGTTTCATAAAAATT-TTATTAAAAATTAATTTTTTAGTTAAAAAGCTAAAATAA-AATTTAAAGACGAGAAGACCCTATAGATTTTTATATAT-ATATTATTATTATTTATTTATAAT------TTTTAA-AATTTTAGTAT-AATTTGTATTTTGTTGGGGTGACAGTAAAATTTTTTTATCTTTTATTATAAAAATTAACAATGATTTTTGGTTAAATTGATCCTATTTTATAGATTATAAGATTAAATTACCTTAGGGATAACAGCGCTAAGATTCCTTTAGTAGCGGCGAGCGAAACAGGATAAGCCCAGCACTAAGCCCTCCGGTCGTTCTGGCCGGCAGGGGATGCAGTGTATGGAGAGTCTATTATCTTATA-TGACAGTAATACGTTCAAGTCCATCTTGAATGGGGCC-TATTTACCCATAGAGGGTGCCAGGCCCGTAGCAGCTATTACTA-GTATAAGAAGACTATTCCAAAGAGTCGTGTTGCTTGATAGTGCAGCACTAAGTTGGTGGTAAACTCCATCTAAGGCTAAATACAACCACGAGACCGATAGCGAACA Synplasta_gracilis 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AAAGGCTGCAGTATTTTGACTGTACAAAGGTAGCATAATCATTAGTTTTTTAATTGAAAACTGGAATGAAAGGTTGGACGAAATATAAGCTGTTTCATAAAAATT-ATAATAAAACTTTACTTTTTAGTTAAAAGGCTAAAATTG-AATTTAAAGACGAGAAGACCCTATAGAATTTTATAATT-TTAAAAATTTAAATTTATAAGAAT------TTTTAG-GTTTAAATTAG-TAAAATTATTTTGTTGGGGTGACAATAAAATTTAATAATCTTTTATTGTAAT-TTTAACAATTATTCATGATT-AATTGATCCATTTTTAGTGATT-TAAGATTAAATTACCTTAGGGATAACAGCG------------------------------------------------------TCCGGTCGTTCTGGCTGGCAGGGGATGCAGTGTATGGAGAGTCTATTATCTTATA-TGACGGTAGTACGTTCAAGTCCATCTTGAATGGGGCC-ATTTTACCCATAGAGGGTGCCAGGCCCGTAGCAACTATTACCA-GTATAAGAAGATTTTTCCAAAGAGTCGTGTTGCTTGATAGTGCAGCACTAAGTTGGTGGTAAACTCCATCTAAGGCTAAATATAACCACGAGACCGATAGCGAACA Trichonta_sp._ER29 AAAGGCTGCGGTATTTTGACCGTACAAAGGTAGCATAATCATTAGTTTTTTAATTGAAAACTTGTATGAATGGTTTAACGAAATATTAGCTGTTTCATAAAAATT-TTTATAGAAATTAATTTTTTAGTAAAAAAGCTAAAATAA-AATTAAAAGACGAGAAGACCCTATAGAGTTTTATTTAA--TTTTATTATAATTATTATAAAAT------ATTTAA-AATTTTATTAT-AAATTAAATTTTGTTGGGGTGACAATAAAATTAAAATATCTTTTATTAATTT--TTTACAATGATTTTTGAAT-AATTGATCCAATTTTATTGATTATAAGATTAAATTACCTTAGGGATAACAGCGCCAAGATTCCTTTAGTAGCGGCGAGCGAAACAGGAAAAGCCCAGCACTAAGCCCTCCGGTCGTCATGGCCGGTAGGGGATGCAGTGTATGGAAAGTCTATTATCTTATG-CGAC-GTAGTACGTTCAAGTCCATCTTGAATGGGGCC-A-TTTACCCATAGAGGGTGCCAGGCCCGTGCAAACTGCTACTA-GCATAAGAAGGCTATTCCAAAGAGTCGTGTTGCTTGATAGTGCAGCACTAAGTGGGTGGTAAACTCCATCTAAGGCTAAATATAACCACGAGACCGATAGCGAACA Urytalpa_macrocera AAAGGCCGCGGTATTTTGACCGTGCAAAGGTAGCATAATCATTAGTTTTTTAATTGAAAGCTTGTATGAATGGTTGAATGAGATATTAGCTGTTTCATAAAAATT-ATTTTAGAATTTTATTTTTTAGTTAAAAAGCTAAAATAT-AATTAGAGGACGAGAAGACCCTATAAAGTTTTATAATA-TAAAAATAATAATTTTTTTAGGAA------TTTTTA-GATTTTAATTT-TTATATTATTTTATTGGGGTGATAATAAAATTTATTAAACTTTTATTATTTT--TTTACATTGATTTATGAAT-AAATGATCCAATATTATTGATTAAAAAATTAAATTACTTTAGGGATAACAGCGCAAAGATTCCTT?AGTAGCGGCGAGCGAAACAGGAAAAGCCCATCACTAAGCCCTCCGGTCGTTCTGGCTGGCAGGGGATGCAGTGTATGGAAAGTCTATTATCTTATG-CGACGGCGATACGTTCAAGTCCATCTTGAATGGGGCC-ATTATACCCATAGAGGGTGCCAGGCCCGTAGCAGCTATTGCCA-GTATAAGAAGATTTTTCCAAAGAGTCGTGTTGCTTGATAGTGCAGCACTAAGTTGGTGGTAAACTCCATCTAAGGCTAAATATAACCATGAGACCGATAGCGAACA Zygomyia_sp._ER113 AAAGGCTGCGGTATT---GACCGACAAAGGTAGCATAATCATTAGTTTTTTAATTAAAAACTTGTATGAATGGTTTAATGAAATATTAACTGTTTCATAAAAATT-TTTATAGAAATTAATTTTTTAGTAAAAAAGCTAAAATAA-AATTAAAAGACGAGAAGACCCTATAGAGTTTTATAAAA-AAATATATAATATTTATATATAAAATTTATAATTTA-AATTTTATATA-TTTTTATATTTTGTTGGGGTGACAATAAAATTTATAAATCTTTTATTAATTT--TTAACAATGATTTTTGATT-AATTGATCCATTTTTAATGATTATAAGATTAAATTACCTTAGGGATAACAGCGCCAAGATTCCTTTAGTAGCGGCGAGCGAAACAGGAAAAGCCCAGCACTAAGTCCTCCGGTCGTAATGGCCGGTAGGAGATGCAGTGTATGGAAAGTCTATTATCTTATG-CGAC-GCAGTACGTTCAAGTCCATCTTGAATGGGGCC-A-TTTACCCATAGAGGGTGCCAGGCCCGTGCAAACTGCTGCTA-GCATAAGAAGGCTATTCCAAAGAGTCGTGTTGCTTGATAGTGCAGCACTAAGTTGGTGGTAAACTCCATCTAAGGCTAAATATAACCACGAGACCGATAGCGAACA ; END; [ The following blocks are output data for analysis step 7471 ] BEGIN TREES; TITLE 16S_28S; LINK TAXA = TaxaForAnalysisStep7471; TREE con_50_majrule = [&R] (Leia_sp._ER66:9.71E-4,Leia_sp._ER2009:9.42E-4,(((((((((Platurocypta_sp._ER49:0.021663,Epicypta_sp._ER108:0.025408)0.51:0.00364,((Sceptonia_sp._ER05:0.006538,Zygomyia_sp._ER113:0.017157)0.96:0.006188,Sceptonia_sp._ER22:0.041495)0.87:0.005168)1.00:0.009641,(Phronia_sp._ER19:0.018295,Trichonta_sp._ER29:0.020804)0.80:0.008469)0.99:0.009438,Dynatosoma_reciprocum:0.033751)1.00:0.008399,Mycetophila_sp._ER17:0.00867)0.79:0.007426,(Anatella_sp._ER125:0.014301,Pseudobrazypeza_sp._ER94:0.017722)0.90:0.007244,Cordyla_sp._ER24:0.016732,Exechiopsis_sagittata:0.016569,Notolopha_cristata:0.009137,Pseudorymosia_fovea:0.007389,Allodia_sp._ER18:0.014111,Tarnania_dziedzickii:0.00655,Brachypeza_bisignata:0.011211,Stigmatomeria_crassicornis:0.012142,Allodiopsis_rustica:0.017412,Brevicornu_sp._ER28:0.020263,Rymosia_sp._ER03:0.02035,Boraceomyia_sp._ER2009:0.039492,Synplasta_gracilis:0.011668)1.00:0.023054,Macrobrachius_sp._ER122:0.044812,(((((((Boletina_plana:0.008622,(Boletina_cordata_009053:9.01E-4,Boletina_cordata_010002:8.79E-4)1.00:0.01402)0.65:0.003657,(Boletina_villosa_014966:0.00679,Boletina_pseudovillosa_014967:0.003485)1.00:0.020211)0.99:0.009079,Gnoriste_bilineata:0.00641)0.63:0.004418,((Boletina_sciarina_007450:0.011402,Boletina_hedstroemi_014978:0.014869)0.61:0.003854,(Boletina_nigricans_057488:0.002966,Boletina_atridentata_057487:0.007963)0.75:0.002738,(((Boletina_griphoides_009627:0.001988,Boletina_gripha_033462:0.0011)0.90:0.002256,(Boletina_gripha_015271:9.68E-4,Boletina_gripha_057361:9.82E-4)0.80:0.001928)0.92:0.005474,Boletina_paragripha_057362:0.00946)0.82:0.00385,Boletina_paragripha_015009:0.004026)0.59:0.00475,Gnoriste_longirostris_014972:0.007773,Boletina_trispinosa_012711:0.012267)1.00:0.00902,Coelosia_tenella:0.017425,(Boletina_subtrivittata_032921:0.003317,Boletina_trivittata_006015:0.003976)0.99:0.008518)0.69:0.006869,(Boletina_erythropyga_057363:0.004357,(Boletina_sahlbergi_057369:9.48E-4,Boletina_sahlbergi_057401:9.73E-4)1.00:0.00707)0.99:0.005177)0.70:0.007664,(Docosia_gilvipes:0.002492,(Docosia_clamysa_010122:0.018471,Docosia_sp._ER72:0.001981)0.53:0.002032)1.00:0.010393)0.69:0.008594,Grzegorzekia_collaris:0.033779,(Speolepta_leptogaster:0.03997,Acomoptera_difficilis:0.03611)0.56:0.010658,Syntemna_stylata:0.028964,((Mycomya_annulata:0.042686,Neoempheria_pictipennis:0.041539)1.00:0.019392,(Synapha_vitripennis:0.02736,Saigusaia_flaviventris_006076:0.044294)0.96:0.016515)0.75:0.009874,Palaeodocosia_sp._ER2009:0.034934)0.69:0.012443,(((Leptomorphus_walkeri:0.017491,(Monoclona_rufilatera:0.034381,Megalopelma_nigroclavatum:0.027334)1.00:0.026114)0.74:0.009807,(((Bolitophila_hybrida:0.009048,Bolitophila_sp._ER2009:0.003002)1.00:0.026654,((Neoplatyura_flava:0.038482,Urytalpa_macrocera:0.015389,(Pyratula_zonata:0.01711,Isoneuromyia_semirufa:0.067468)0.78:0.013988,Orfelia_fasciata:0.100803)0.97:0.013795,Lygistorrhina_sp._ER2009:0.113767,Macrocera_sp._ER2009:0.129851)0.97:0.023258)0.86:0.009238,((Diadocidia_spinosula:0.043049,Diadocidia_valida:0.019622)1.00:0.032058,Tetragoneura_sylvatica:0.042645)0.94:0.014891,Azana_sp._ER2009:0.072686)0.60:0.009866)0.50:0.012966,((Allocotocera_pulchella:0.04015,Manota_unifurcata:0.076713)0.55:0.007672,Phthinia_humilis:0.035668)0.98:0.017933)0.73:0.01591)0.99:0.024155,Rondaniella_dimidiata:0.044868)1.00:0.044333); [! TreeBASE tree URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/tree/TB2:Tr46481] END;