#NEXUS [!This data set was downloaded from TreeBASE, a relational database of phylogenetic knowledge. TreeBASE has been supported by the NSF, Harvard University, Yale University, SDSC and UC Davis. Please do not remove this acknowledgment from the Nexus file. Generated on September 21, 2025; 6:26 GMT TreeBASE (cc) 1994-2008 Study reference: Ota S. 2011. Ultrastructure and molecular phylogeny of thaumatomonads (Cercozoa) with emphasis on Thaumatomastix salina from Oslofjorden, Norway. Protist, xx(xx): xx. TreeBASE Study URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/study/TB2:S11903] [ The following blocks are input data for analysis step 7863 ] BEGIN TAXA; TITLE TaxaForAnalysisStep7863; DIMENSIONS NTAX=40; TAXLABELS Allas_diplophysa_AF411262 Assulina_muscorum_AJ418791 Auranticordis_quadriverberis_EU484394 Cavernomonas_mira_FJ790718 Cercomonas_LargeSA_AF411266 Cercomonas_plasmodialis_AF411268 Clautriavia_biflagellata_FJ919772 Corythion_dubium_EF456751 Cyphoderia_ampulla_GU228896 Eocercomonas_sp._AF411269 Euglypha_acanthophora_AJ41878 Euglypha_rotunda_AJ418782 Euglypha_rotunda_AJ418784 'Euglypha rotunda CCAP1520/1 X77692' Gyromitus_sp._DQ211593 'Nudifila producta CCAP1911/1 HQ121434' 'Ovulinata parva strain CCAP1554/1 HQ121432' Paulinella_chromatophora_X81811 Pseudopirsonia_mucosa_AJ5611 Reckertia_filosa_AY268040 'Spongomonas solitaria CCAP 1971/1 HQ121435' Thaumatomastix_salina_UIO286_FR846196 Thaumatomastix_sp._GQ144681 Thaumatomonas_coloniensis_DQ211591 Thaumatomonas_seravini_AF411259 Thaumatomonas_seravini_AY496044 Thaumatomonas_sp._AF411260 Thaumatomonas_sp._ATCC50250_AF411261 Thaumatomonas_sp._SCCAP_T1_AY496046 Thaumatomonas_sp._TMT002_DQ980486 Thaumatomonas_sp._U42446 Trinema_enchelys_AJ418792 'Uncultured 3b-D9 FN690393' 'Uncultured 5-B11 FN690394' 'Uncultured 8-32 FN690392' 'Uncultured Amb_18S_1319 EF023867' 'Uncultured Amb_18S_1434 EF023966' Uncultured_CCW52_AY180026 'Uncultured Elev_18S_7011 EF025032' 'Uncultured eukaryote clone I_4_50 AB534514' ; END; BEGIN CHARACTERS; [! TreeBASE Matrix URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/matrix/TB2:M10222] TITLE Thaumatomonad_SSU; LINK TAXA = TaxaForAnalysisStep7863; DIMENSIONS NCHAR=1419; FORMAT DATATYPE=DNA SYMBOLS= "A C G T" MISSING=? 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Euglypha_acanthophora_AJ41878 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'Uncultured 5-B11 FN690394' 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'Uncultured 8-32 FN690392' 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'Uncultured Amb_18S_1319 EF023867' 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'Uncultured Amb_18S_1434 EF023966' GCGTACAGCTCATTAAATCAGTAATAATTTATTTGATGGTCT-CTTCT-ACATGGATAACCGTAGTAATTCTAGAGCTAATACATGCGTAAAGTCCCGACTAGGGATGTATTTATTAGTTAAAAAACCAATGCGTTGGTGAGTCATAGTAACTGTCTCGAAGCGCATGGTCT-CGTACCGGCGCTAATTCATTCAAATTTCTGCCCTATCAGCTTTCGACGGTAGTGTAGTGGACTACCGTGGCGTTAACGGGTAACGGGGAATTAGGGTTCGATTCCGGAGAGGGAGCCTGAGAAACGGCTACCACATCCAAGGAAGGCAGCAGGCGCGCAAATTACCCAATCCTGACACGGGGAGGTAGTGACAATAAATAACAATACCGGGCCTTTTCAGGTCTGGTAATTGGAATGAGAACAATTTAAATCCCTTAGCGAA-TTCCACTGGAGGGCAAGTCTGGTGCCAGCAGCCGCGGTAATTCCAGCTCCAGTAGCGTATATTAAAGTTGTTGCAGTTAAAAAGCTCGTAGTTGGATTTCTGGGGCCCTCTCGGAG--CAATCCGTTGTGTG-TGCCGATGCGC-GTCTGCCATCCTCTACATCTTTTACTTTGAAAAAATTAGAGTGTTTAAAGCAGGCTTGTGCTATGAATACATTAGCATGGAATAATAATTTAGGACTTTGGTTCTATTTTGTTGGTTTCTAGGACTGAAGTAATGATTGATAGGGATAGTTGGGGGTGCTAGTATTCAGCGGCCAGAGGTGAAATTCTTGGATTCGCTGAAGACTAACTTATGCGAAAGCATTCACCAAGGATGTCTTCTTTAATCAAGAACGAAAGTTGGGGGATCGAAGACGATCAGATACCGTCGTAGTCTCAACCATAAACTATGCCGACTCAGGATGAGTGAACGTTGTGACTTCATTCGCACTGTATGAGAAATCAAAGTTTTTGGGTTCCGGGGGGAGTATGGTCGCAAGGCTGAAACTTAAAGGAATTGACGGAAGGGCACCACCAGGAGTGGAGCCTGCGGCTTAATTTGACTCAACACGGGAAAACTTACCAGGTCCAGACATAGTAAGGATTGACAGATTGAAGATCTTTCTTGATTCTAACGAGACCTCGACCTGCTAAATAGTTTGACGAACTTCGGACTTCTTAGAGGGACTATCGGTTAGCCGACGGAAGTTCGAGGCAATAACAGGTCTGTGATGCCCTTAGATGTTCTGGGCCGCACGCGCGCTACACTGATGCGATCATCGAGCTTACAACCTTGACT-GAGAGGTCTGGGTAATCTTTTCAAAACGCATCGTGCTGGGGATAGATTATTGTAATTTTTAATCTTAAACGAGGAATTCCTAGTAAACGCAAGTCATCAACTTGCATTGATTACGTCCCTGCCCTTTGTACACACCGCCCG Uncultured_CCW52_AY180026 GCGTACAGCTCATTATATCAGTAATAATTTATTTGATGGTCT-CTTCT-ACATGGATAACCGTAGTAATTCTAGAGCTAATACATGCGTAAAATCCCGACTAGGGATGTATTTATTAGTTAAAAAACCAATGCGTTGGTGAATCATAGTAACTGA-TCGAATCGCACGGCTT-CACGCTGGCGATAGTTCATTCAAATTTCTGCCCTATCAGCTTTCGACGGTAGTGTAGTGGACTACCGTGGCGTTAACGGGTAACGGAGAATTAGGGTTCGATTCCGGCGAGGGAGCCTGAGAAACGGCTACCACATCCAAGGAAGGCAGCAGGCGCGCAAATTACCCAATCCTGACACGGGGAGGTAGTGACAAAAAATAACAATACCGGGCCTTTTCAGGTCTGGTAATTGGAATGAGTACAACTTAAATCCCTTAACGAA-TTCCACTGGAGGGCAAGTCTGGTGCCAGCAGCCGCGGTAATTCCAGCTCCAGTAGCGTATATTAAAGTTGTTGCAGTTAAAAAGCTCGTAGTTGGATTTCTGGGGCCGCCGCCCGTT----AGGGTGTTCCG-TGCCG-TGCGC-GCCTGCCATCTTAGAAACTTTTTACTTTAAAAAATTTAGAGTGTTTAAAGCAGGCTTGTGCTATGAATACATTAGCATGGAATAATAATTTAGGACTTTGGTCCTATTTTGTTGGTTTCTAGGACCGAAGTAATGATTGATAGG-ATAGTTGGGGGTGCTAGTATTCAGCGGCCAGAGGTGAAATTCTTGGATTCGCTGAAGACTAACTTATGCGAAG---CTCACCA--GATGTCTCTT---ATCAAGA-CGAAAGTTGGGG-ATCGAAGACGATCAGATACCGTCGTAGTCTCA-CCATAAACTATGCCGACTAAGGATGAGTGAACGTTGCGACTTCATTCGCACTTTATGAGAAATCAAAGTTTTTGGGTCCCGGGGGGAGTATGGTCGCAAGGCTGAAACTTAAAGGAATTGACGGAAGGGCACCACCAGGAGTGGAGCCTGCGGCTTAATTTGACTCAACACGGGAAAACTTACCAGGTCCAGACATAGTAAGGATTGACAGATTGAAGATCTTTCTTGATTCTAACGAGACCTCGACCTGCTAAATAGTTTAGCCAACTCTGGACTTCTTAGAGGGACTATCGGGTAGCCGATGGAAGTTCGAGGCAATAACAGGTCTGTGATGCCCTTAGATGTTCTGGGCCGCACGCGCGCTACACTGACGCGAGCATCGAGCTTACAACCTTGACT-GAGAGGTCTGGGTAATCTTTTCAAAACGCGTCGTGCTGGGGATAGATTACTGCAATTATTAATCTTAAACGAGGAATTCCTAGTAAACGCTAGTCATCAGCTAGCATTGATTACGTCCCTGCCCTTTGTACACACCGCCCG 'Uncultured Elev_18S_7011 EF025032' GCGTACAGCTCATTAAATCAGTAATAATTTATTTGATGGTCT-CTTCT-ACATGGATAACCGTAGTAATTCTAGAGCTAATACATGCGTAAAGTCCCGACTAGGGATGTATTTATTAGTTAAAAAACCAATGCGTTGGTGAGTCATAGTAACTGTCTCGAAGCGCATGGTCT-CGTACCGGCGCTAATTCATTCAAATTTCTGCCCTATCAGCTTTCGACGGTAGTGTAGTGGACTACCGTGGCGTTAACGGGTAACGGGGAATTAGGGTTCGATTCCGGAGAGGGAGCCTGAGAAACGGCTACCACATCCAAGGAAGGCAGCAGGCGCGCAAATTACCCAATCCTGACACGGGGAGGTAGTGACAATAAATAACAATACCGGGCCTTTTCAGGTCTGGTAATTGGAATGAGAACAATTTAAATCCCTTAGCGAA-TTCCACTGGAGGGCAAGTCTGGTGCCAGCAGCCGCGGTAATTCCAGCTCCAGTAGCGTATATTAAAGTTGTTGCAGTTAAAAAGCTCGTAGTTGGATTTCTGGGGCCCTCTCGGAG--CAATCCGTTGTGTG-TGCCGATGCGC-GTCTGCCATCCTCTACATCTTTTACTTTGAAAAAATTAGAGTGTTTAAAGCAGGCTTGTGCTATGAATACATTAGCATGGAATAATAATTTAGGACTTTGGTTCTATTTTGTTGGTTTCTAGGACTGAAGTAATGATTGATAGGGATAGTTGGGGGTGCTAGTATTCAGCGGCCAGAGGTGAAATTCTTGGATTCGCTGAAGACTAACTTATGCGAAAGCATTCACCAAGGATGTCTTCTTTAATCAAGAACGAAAGTTGGGGGATCGAAGACGATCAGATACCGTCGTAGTCTCAACCATAAACTATGCCGACTCAGGATGAGTGAACGTTGTGACTTCATTCGCACTGTATGAGAAATCAAAGTTTTTGGGTTCCGGGGGGAGTATGGTCGCAAGGCTGAAACTTAAAGGAATTGACGGAAGGGCACCACCAGGAGTGGAGCCTGCGGCTTAATTTGACTCAACACGGGAAAACTTACCAGGTCCAGACATAGTAAGGATTGACAGATTGAAGATCTTTCTTGATTCTAACGAGACCTCGACCTGCTAAATAGTTTGACGAACTTCGGACTTCTTAGAGGGACTATCGGTTAGCCGACGGAAGTTCGAGGCAATAACAGGTCTGTGATGCCCTTAGATGTTCTGGGCCGCACGCGCGCTACACTGATGCGATCATCGAGCTTACAACCTTGACT-GAGAGGTCTGGGTAATCTTTTCAAAACGCATCGTGCTGGGGATAGATTATTGTAATTTTTAATCTTAAACGAGGAATTCCTAGTAAACGCAAGTCATCAACTTGCATTGATTACGTCCCTGCCCTTTGTACACACCGCCCG 'Uncultured eukaryote clone I_4_50 AB534514' GCGTACAGCTCATTAAATCAGTAATTATTTATTTGATGGTAACTTACT-AAATGGATACCCGTAGTAATTCTAGAGCTAATACATGCACAAAATCCCGACTAGGGACGTATTTATTAGATAAAAAACCAATGCAATGGTGATTCATAATAACTGA-TCGAATCGCATGACCT-TGTGTCGGCGATAGTTCATTCAAATTTCTGCCCTATCAGCTTTCGACGGTAGTGTAGTGGACTACCGTGGCATTTACGGGTGACGGAGAATTAGGGTTCGATTCCGGAGAGCGGGCCTTAGAAACGGCCAGCACATCCAAGGAAGGCAGCAGGCGCGCAAATTACCCAATCCTGACACAGGGAGGTAGTGACAAAAAATAACAATACTGGGCCGTTTC-GGTCTGGTAATTGGAATGAGTACAATTTAAATCCCTTAACGAGGATCCATTGGAGGGCAAGTCTGGTGCCAGCAGCCGCGGTAATTCCAGCTCCAATAGCGTATATTAAAATTGTTGCAGTTAAAAAGCTCGTAGTTGGATTTCTGGGGTCCGCTGCGGTT-----TCGTAGCGTG-TGCTGTTGTGC-GCCTGCCATCGTCTCAATCTTTTACTTTGAAAAAATTAGAGTGTTCAAAGCAGGCTTGCGCTATGAATACATTAGCATGGAATAATAATATAGGACTTCTGTTCTATTTTGTTGGTTTCTAGGATGGAAGTAATGATTGATAGGGACAGTTGGGGGTGCTAGTATTCAGAGGCCAGAGGTGAAATTCTTGGATTCTCTGAAGACTAACTTATGCGAAAGCATTCACCAAGGATGTCTTCTTTAATCAAGAACGAAAGTTGGGGGATCGAAGACGATCAGATACCGTCGTAGTCTCAACCATAAACTATGCCGACTAGGGATGGGTGAGTGTTGCGACCTCATCCGAACCTTATGAGAAATCAAAGTCTTTGGGTTCCGGGGGGAGTATGGTCGCAAGGCTGAAACTTAAAGGAATTGACGGAAGGGCAC-ACCAGGAGTGGAGCCTGCGGCTTAATTTGACTCAACACGGGAAAACTTACCAGGTCCGGACATAGTGAGGATTGACAGATTGAAGATCTTTCTTGATTCTAACGAGACCTCGACCTGCTAAATAGTTCGGCGAATGATTCACTTCTTAGAGGGACTATCGGGTAATCGGTGGAAGTTCGAGGCAATAACAGGTCTGTGATGCCCTTAGATGTTCTGGGCCGCACGCGCGCTACACTGATACGTTCATCGAGTTTACAACCTTGGCC-GGAAGGTCTGGGTAATCTTTTGAAACTTGATCGTGCTGGGGATAGTCCATTGCAATTATTGGACTTCAACGAGGAATTCCTAGTAAGCGTGAGTCATCAGCTCGCGTTGATTACGTCCCTGCCCTTTGTACACACCGCCCG ; END; [ The following blocks are output data for analysis step 7863 ] BEGIN TREES; TITLE Thaumatomonad_SSU_RAxML_tree; LINK TAXA = TaxaForAnalysisStep7863; TREE Fig._6 = [&R] (((Trinema_enchelys_AJ418792:0.01600872444248091,Corythion_dubium_EF456751:0.010518568498464732)100:0.03759880022938207,(Euglypha_acanthophora_AJ41878:0.13011220776562668,(Assulina_muscorum_AJ418791:0.029047924259103974,((Cyphoderia_ampulla_GU228896:0.2806714812026795,('Ovulinata parva strain CCAP1554/1 HQ121432':0.08369211413805892,Paulinella_chromatophora_X81811:0.07618473622516347)100:0.09150212232895204)80:0.03094166605187969,(((((Eocercomonas_sp._AF411269:0.004472791577690895,'Uncultured eukaryote clone I_4_50 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rotunda CCAP1520/1 X77692':0.004397971030518145,Euglypha_rotunda_AJ418782:0.004266379170234383)93:0.02157906674116097,Euglypha_rotunda_AJ418784:0.01786243078525909); [! TreeBASE tree URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/tree/TB2:Tr48549] END;