#NEXUS [!This data set was downloaded from TreeBASE, a relational database of phylogenetic knowledge. TreeBASE has been supported by the NSF, Harvard University, Yale University, SDSC and UC Davis. Please do not remove this acknowledgment from the Nexus file. Generated on May 12, 2024; 14:58 GMT TreeBASE (cc) 1994-2008 Study reference: Groenenberg D., Neubert E., & Gittenberger E. 2011. Reappraisal of the ‘‘Molecular phylogeny of Western Palaearctic Helicidae s.l. (Gastropoda: Stylommatophora)’’: When poor science meets GenBank. Molecular Phylogenetics and Evolution, : 10. TreeBASE Study URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/study/TB2:S11972] [ The following blocks are input data for analysis step 7991 ] BEGIN TAXA; TITLE TaxaForAnalysisStep7991; DIMENSIONS NTAX=39; TAXLABELS Albinaria_sp._AY546262_GR Arianta_arbustorum_AF296940_NL Arianta_arbustorum_AF296945_FR Arianta_arbustorum_AY546263_CH Caracollina_lenticula_AY546265_ES Caracollina_lenticula_JF717793_IT Cepaea_nemoralis_AY546270_DE Chilostoma_cingulatum_AY546274_IT Chilostoma_cingulatum_JF717794_AT Chilostoma_cingulatum_JF717795_IT Cochlicella_acuta_AY546275_FR Cochlicella_acuta_HQ237461_AU Eobania_vermiculata_AY546277_FR Helicigona_lapicida_AY546280_DE Helicigona_lapicida_andorrica_JF717796_ES Helicigona_lapicida_andorrica_JF717797_ES Helicigona_lapicida_andorrica_JF717798_ES Helicigona_lapicida_lapicida__JF717799_BE Helicigona_lapicida_lapicida_JF717800_DE Helicodonta_obvoluta_AY546281_CH Helicodonta_obvoluta_JF717801_NL Helicopsis_striata_AY546282_DE Iberus_gualtierianus_AY546285_ES Iberus_gualtierianus_gualtierianus_DQ822166_ES Iberus_marmoratus_EF440264_ES Isognomostoma_isognomostoma_AY546286_DE Isognomostoma_isognomostomos_JF717802_IT Isognomostoma_isognomostomos_JF717803_IT Marmorana_signata_JF717804_IT Oestophora_turriplana_AY546289_PT Otala_lactea_AY937263_ES Otala_punctata_AY546290_ES Otala_punctata_JF717805_ES Otala_punctata_JF717806_ES Otala_punctata_JF717807_ES Pseudotachea_splendida_AY546292_ES Pseudotachea_splendida_AY937265_ES Zonites_algirus_AY546301_FR Zonites_algirus_JF717808_GR ; END; BEGIN CHARACTERS; [! TreeBASE Matrix URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/matrix/TB2:M10431] TITLE 'Fig.2_COI'; LINK TAXA = TaxaForAnalysisStep7991; DIMENSIONS NCHAR=526; FORMAT DATATYPE=DNA SYMBOLS= "A C G T" MISSING=? 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?????????AGAGCTTGGTACATCAGGAGTACTAAGAGATGATCATTTTTTTAATGTTATTGTTACTGCACATGCATTTGTTATAATTTTTTTTATAGTAATACCAATTATAATTGGTGGATTTGGTAATTGAATAGTACCTTTATTAATTGGTGCTCCTGATATAAGATTTCCCCGTATAAATAATATAAGGTTCTGATTATTACCACCATCATTTTTATTACTTATTAGAAGGAGTTTAGTAGAAGGTGGTGCTGGGACTGGTTGGACAGTTTATCCTCCATTAAGTTCTATGGTTGGTCATAGTGGTGCTTCAGTCGATTTGGCTATTTTCTCATTACATTTAGCGGGAATATCATCAATTTTAGGTGCTATCAACTTTATTACAACAATCTTTAATATACGTTCTCCTGGAATAACATTAGAACGAATAAGCTTATTTGTATGATCTATTTTAGTAACTGTATTTTTATTATTACTTTCTCTTCCTGTATTAGCTGGTGCTATTACAATATTATTAACTGAT Otala_lactea_AY937263_ES AATTCGCTTAGAATTAGGCACGTCTGGTGTTCTAACAGACGATCATTTTTATAACGTGGTTGTAACGGCACATGCTTTTGTAATAATTTTTTTTATGGTGATGCCAATTATAATTGGTGGGTTTGGAAATTGGATGGTGCCGTTATTAATTGGGGCTCCTGACATAAGCTTTCCCCGTATAAATAATATAAGTTTTTGGCTGCTGCCTCCGTCTTTTCTTTTATTAATTAGTAGCAGCTTGGTAGAGGGGGGTGCTGGTACAGGTTGAACAGTATATCCTCCTTTAAGGAGTTTAACAGGGCACAGTGGTGCCTCTGTGGATTTGGCTATTTTTTCTTTACATCTTGCTGGTATATCATCTATTTTAGGGGCAATCAATTTTATTACTACTATTTTTAATATACGGTCACCAGGAGTTACTTTAGAACGAATAAGTTTGTTCGTTTGGTCAATTTTAGTTACTGTGTTTCTCTTATTACTATCTTTACCCGTTTTGGCTGGTGCTATCACCATATTATTAACAGAC Otala_punctata_AY546290_ES ????CGTTTTGAATTGGGTACGTCTGGTGTTTTAACAGATGACCACTTTTATAATGTTGTAGTTACAGCTCATGCGTTTGTTATAATTTTTTTTATGGTAATACCCATTATAATTGGAGGTTTCGGAAATTGAATGGTTCCCCTATTAATTGGGGCGCCTGATATAAGTTTTCCCCGCATAAATAATATAAGTTTCTGACTATTACCCCCTTCTTTTCTACTATTAATTAGTAGGAGATTGGTTGAGGGCGGGGCAGGCACAGGGTGAACAGTTTATCCTCCTTTAAGTTCTCTAACAGGCCACAGCGGCGCGTCCGTAGATTTGGCTATTTTCTCCTTACACCTAGCGGGTATATCTTCTATTTTGGGGGCTATTAATTTTATTACCACAATTTTTAATATACGTGCACCCGGGATAACAATAGAACGGGTTAGCT?ATTTGTGTGATCTATTTTGGTTACAGTTTTTTTATTTTGT?TATCCTTACCTGTATTAGCCGGAGCTATTACAATATTATTAACTGAC Otala_punctata_JF717805_ES TATTCGATTAGAATTGGGGACATCTGGTGTTTTAACAGATGACCATTTTTATAATGTAGTTGTCACAGCCCATGCATTTGTAATAATTTTTTTTATGGTTATGCCAATTATAATTGGTGGTTTTGGTAATTGGATAGTTCCACTACTAATTGGTGCTCCTGATATGAGCTTTCCACGGATAAATAACATAAGTTTTTGATTATTGCCTCCATCTTTTCTTTTACTAATTAGTAGGAGCTTGGTGGAGGGCGGTGCAGGTACTGGTTGAACAGTCTACCCCCCTTTAAGAAGGCTGACAGGCCATAGAGGGGCTTCAGTAGATCTAGCTATTTTTTCTCTACACCTTGCTGGTATGTCTTCTATTTTAGGGGCAATTAATTTTATTACTACTATTTTTAACATACGATCTCCAGGGGTGACTTTAGAGCGTATAAGTTTGTTTGTGTGATCTATTTTAGTTACTGTATTTCTTTTACTATTATCGTTACCTGTGTTAGCAGGTGCTATTACTATGTTACTAACAGAT Otala_punctata_JF717806_ES TATTCGATTAGAATTGGGGACATCTGGTGTTTTAACAGATGACCATTTTTATAATGTAGTTGTCACAGCCCATGCATTTGTAATAATTTTTTTTATGGTTATGCCAATTATAATTGGTGGTTTTGGTAATTGGATAGTTCCACTACTAATTGGTGCTCCTGATATGAGCTTTCCACGGATAAATAACATAAGTTTTTGATTATTGCCTCCATCTTTTCTTTTACTAATTAGTAGGAGCTTGGTGGAGGGCGGTGCAGGTACTGGTTGAACAGTCTACCCCCCTTTAAGAAGGCTGACAGGCCATAGAGGGGCTTCAGTAGATCTAGCTATTTTTTCTCTACACCTTGCTGGTATGTCTTCTATTTTAGGGGCAATTAATTTTATTACTACTATTTTTAACATACGATCTCCAGGGGTGACTTTAGAGCGTATAAGTTTGTTTGTGTGATCTATTTTAGTTACTGTATTTCTTTTACTATTATCGTTACCTGTGTTAGCAGGTGCTATTACTATGTTACTAACAGAT Otala_punctata_JF717807_ES TATTCGATTAGAATTGGGGACATCTGGTGTTTTAACAGATGACCATTTTTATAATGTAGTTGTCACAGCCCATGCATTTGTAATAATTTTTTTTATGGTTATGCCAATTATAATTGGTGGTTTTGGTAATTGGATAGTTCCACTACTAATTGGTGCTCCTGATATGAGCTTTCCACGGATAAATAACATAAGTTTTTGATTATTGCCTCCATCTTTTCTTTTACTAATTAGTAGGAGCTTGGTGGAGGGCGGTGCAGGTACTGGTTGAACAGTCTACCCCCCTTTAAGAAGGCTGACAGGCCATAGAGGGGCTTCAGTAGATCTAGCTATTTTTTCTCTACACCTTGCTGGTATGTCTTCTATTTTAGGGGCAATTAATTTTATTACTACTATTTTTAACATACGATCTCCAGGGGTGACTTTAGAGCGTATAAGTTTGTTTGTGTGATCTATTTTAGTTACTGTATTTCTTTTACTATTATCGTTACCTGTGTTAGCAGGTGCTATTACTATGTTACTAACAGAT Pseudotachea_splendida_AY546292_ES AATTCGTCTAGAGCTAGGTACATCGGGTGTATTAACCGACGATCATTTCTATAATGTTATTGTTACGGCTCATGCCTTTGTAATAATTTTCTTTATAGTTATACCAATTATAATTGGCGGTTTTGGCAATTGAATAGTTCCTCTACTAATTGGGGCACCTGACATAAGCTTCCCTCGAATAAATAACATAAGTTTTTGATTATTGCCTCCCGCATTTTTATTACTAATTAGCAGGAGTCTAGTTGAAGGAGGTGCTGGTACTGGTTGAACGGTCTACCCTCCTTTAAGGAGTCTTACTGGCCATAGTGGAGCTTCAGTTGATTTGGCTATTTTCTCCTTACATCTTGCGGGTGTATCGTCTATTTTAGGTGCCATTAATTTTATTACTACGATTTTCAACATGCGATCTCCAGGTGTTAGTTTAGAGCGTATAAGTTTATTTGTTTGATCAATTTTAGTTACAGTATTTTTATTATTACTGTCATTACCTGTGTTAGCAGGTGCAATTACTATATTATTAACTGAT Pseudotachea_splendida_AY937265_ES AATTCGCTTAGAATTAGGTACATCAGGCGTTTTAACTGATGATCATTTTTACAACGTTATTGTTACGGCTCATGCATTTGTAATAATTTTTTTCATAGTTATACCAATCATGATTGGGGGGTTTGGTAATTGGATAGTTCCTTTACTAATTGGGGCACCTGATATAAGCTTTCCTCGAATAAATAATATAAGTTTTTGATTATTACCTCCTGCATTTTTATTACTAATTAGGAGAAGTTTGGTGGAGGGAGGTGCTGGTACTGGTTGAACAGTATATCCCCCTTTAAGAAGTCTAACTGGTCATAGTGGTGCCTCAGTTGATTTGGCTATTTTCTCTTTACATCTTGCCGGTGTATCATCTATTTTGGGCGCAATTAATTTTATTACTACAATTTTTAATATGCGATCTCCAGGTGTTAGCTTAGAGCGTATAAGATTATTTGTTTGATCAATTTTAGTTACAGTATTTTTATTGCTATTATCACTGCCTGTGTTAGCAGGCGCTATTACTATACTACTTACTGAT Zonites_algirus_AY546301_FR ?ATTCGTTTTGAATTAGGTACGTCTGGGGTCTTAACAGATGATCATTTTTATAATGTTATTGTAACTGCTCATGCATTTGTTATAATTTTTTTTATGGTAATACCCATTATAATTGGAGGTTTTGGTAATTGAATAGTCCCCTTACTAATTGGGGCCCCCGATATAAGATTTCCACGGATAAATAATATAAGTTTCTGACTCTTACCACCATCTTTTTTATTATTAATTAGTAGAAGATTGGTAGAAGGTGGTGCAGGAACAGGATGAACTGTTTATCCCCCCTTAAGTTCTTTAACTGGACATAGAGGTGCTTCTGTTGATTTAGCAATCTTTTCACTTCACCTGGCAGGTATATCTTCTATTTTAGGTGCTATTAATTTTATTACTACAATTTTTAATATGCGTGCTCCTGGTATAACTATGGAGCGTGTAAGCCTTTTTGTTTGGTCTATTTTAGTTACAGTTTT?TTTATACTGTTATCTTTACCTGTATTAGCTGGTGCTATTACTATATTATTAACTGAT Zonites_algirus_JF717808_GR AATTCGACTTGAATTAGGGACAGTAGGTGTATTGTCAGATGATCATTTTTTTAATGTAATTGTCACAGCTCATGCTTTTGTAATAATTTTTTTTATAGTTATACCAATTATAATCGGTGGATTTGGAAATTGAATAATTCCATTGCTAATTGGGGCCCC{AG}GACATAAGATTCCCGCGTATAAATAATATAAGGTTTTGATTATTGCCACCTTCTTTTATTTTTCTTATTTGTTCCAGAATGGTAGAAGGTGGGGCCGGAACTGGGTGAACAGTTTATCCGCCATTAAGCAGTTCTCTGGCTCACGGCGGAGCCGCCGTAGATTTAGCTATTTTTTCATTACATCTTGCTGGAATATCTTCTATTTTAGGTGCTATTAATTTTATTACTACTATTTTTAATATACGGTCACCAGGGTTAAGAATAGAGCGAGTAAGGTTATTTGTATGATCAATTTTAGTAACAGTATTTTTACTTTTATTATCTTTACCAGTTTTAGCTGGGGCTATTACTATACTTTTAACAGAT ; END; BEGIN CODONS; CODONPOSSET * UNTITLED (CHARACTERS = 'Fig.2_COI') = 1: 2-524\3, 2: 3-525\3, 3: 1-526\3; CODONPOSSET CodonPositions (CHARACTERS = 'Fig.2_COI') = 1: 2-524\3, 2: 3-525\3, 3: 1-526\3; END; [ The following blocks are output data for analysis step 7991 ] BEGIN TREES; TITLE 'Trees from "COI-39_3_3_1-NJ.tre"'; LINK TAXA = TaxaForAnalysisStep7991; TREE nj = [&R] (((((((((((Arianta_arbustorum_AF296940_NL:0.0075,Arianta_arbustorum_AF296945_FR:0.00881):0.00847,Arianta_arbustorum_AY546263_CH:0.01845):0.02559,(Chilostoma_cingulatum_JF717795_IT:0.00166,Chilostoma_cingulatum_JF717794_AT:7.9E-4):0.04415):0.00907,((Isognomostoma_isognomostomos_JF717802_IT:0.0,Isognomostoma_isognomostomos_JF717803_IT:0.0):0.01405,Isognomostoma_isognomostoma_AY546286_DE:0.0145):0.04665):9.9E-4,((((Helicigona_lapicida_andorrica_JF717797_ES:4.938E-6,Helicigona_lapicida_andorrica_JF717798_ES:-4.938E-6):9.1E-4,Helicigona_lapicida_andorrica_JF717796_ES:0.00236):0.00525,Caracollina_lenticula_AY546265_ES:0.01106):0.02123,(Helicigona_lapicida_lapicida__JF717799_BE:0.00715,Helicigona_lapicida_lapicida_JF717800_DE:0.00345):0.02689):0.0269):0.0065,(((((Otala_punctata_JF717805_ES:0.0,Otala_punctata_JF717806_ES:0.0):0.0,Otala_punctata_JF717807_ES:0.0):0.04641,Otala_lactea_AY937263_ES:0.0425):0.00534,(((Iberus_gualtierianus_AY546285_ES:0.0,Iberus_marmoratus_EF440264_ES:0.0):0.03519,Iberus_gualtierianus_gualtierianus_DQ822166_ES:0.0374):0.0084,(Pseudotachea_splendida_AY546292_ES:0.03387,Pseudotachea_splendida_AY937265_ES:0.03302):0.00954):0.00883):0.00273,(Eobania_vermiculata_AY546277_FR:0.0571,(Marmorana_signata_JF717804_IT:0.0,Chilostoma_cingulatum_AY546274_IT:0.0):0.05082):0.00186):0.00263):0.00537,Cepaea_nemoralis_AY546270_DE:0.10505):0.00266,(((((Zonites_algirus_AY546301_FR:0.00914,Helicopsis_striata_AY546282_DE:0.06468):0.03308,Otala_punctata_AY546290_ES:0.04888):0.00238,Helicigona_lapicida_AY546280_DE:0.05014):0.0032,(Cochlicella_acuta_AY546275_FR:0.00196,Cochlicella_acuta_HQ237461_AU:0.00783):0.05892):0.00225,(Helicodonta_obvoluta_AY546281_CH:0.0032,Helicodonta_obvoluta_JF717801_NL:5.929E-5):0.0587):0.00273):0.00242,(Caracollina_lenticula_JF717793_IT:0.04608,Oestophora_turriplana_AY546289_PT:0.04515):0.00608):0.00615,Albinaria_sp._AY546262_GR:0.07078):0.07441,Zonites_algirus_JF717808_GR:0.0); [! TreeBASE tree URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/tree/TB2:Tr48902] END;