#NEXUS [!This data set was downloaded from TreeBASE, a relational database of phylogenetic knowledge. TreeBASE has been supported by the NSF, Harvard University, Yale University, SDSC and UC Davis. Please do not remove this acknowledgment from the Nexus file. Generated on May 12, 2024; 11:35 GMT TreeBASE (cc) 1994-2008 Study reference: Prado C.P., Haddad C., & Zamudio K.R. 2011. Cryptic lineages and Pleistocene population expansion in a Brazilian Cerrado frog. Molecular Ecology, . TreeBASE Study URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/study/TB2:S12066] [ The following blocks are input data for analysis step 8114 ] BEGIN TAXA; TITLE TaxaForAnalysisStep8114; DIMENSIONS NTAX=93; TAXLABELS Hypsiboas_albopunctatus_1056 Hypsiboas_albopunctatus_1057 Hypsiboas_albopunctatus_1061 Hypsiboas_albopunctatus_1063 Hypsiboas_albopunctatus_1064 Hypsiboas_albopunctatus_1065 Hypsiboas_albopunctatus_1066 Hypsiboas_albopunctatus_1108 Hypsiboas_albopunctatus_1109 Hypsiboas_albopunctatus_1110 Hypsiboas_albopunctatus_1111 Hypsiboas_albopunctatus_1114 Hypsiboas_albopunctatus_1115 Hypsiboas_albopunctatus_1116 Hypsiboas_albopunctatus_1117 Hypsiboas_albopunctatus_1331 Hypsiboas_albopunctatus_1333 Hypsiboas_albopunctatus_1334 Hypsiboas_albopunctatus_1336 Hypsiboas_albopunctatus_1337 Hypsiboas_albopunctatus_1353 Hypsiboas_albopunctatus_1356 Hypsiboas_albopunctatus_1357 Hypsiboas_albopunctatus_1358 Hypsiboas_albopunctatus_1359 Hypsiboas_albopunctatus_1361 Hypsiboas_albopunctatus_1362 Hypsiboas_albopunctatus_1363 Hypsiboas_albopunctatus_1365 Hypsiboas_albopunctatus_1401 Hypsiboas_albopunctatus_1402 Hypsiboas_albopunctatus_1404 Hypsiboas_albopunctatus_1405 Hypsiboas_albopunctatus_1407 Hypsiboas_albopunctatus_1408 Hypsiboas_albopunctatus_1410 Hypsiboas_albopunctatus_1411 Hypsiboas_albopunctatus_1412 Hypsiboas_albopunctatus_1581 Hypsiboas_albopunctatus_1649 Hypsiboas_albopunctatus_1651 Hypsiboas_albopunctatus_1657 Hypsiboas_albopunctatus_1661 Hypsiboas_albopunctatus_1663 Hypsiboas_albopunctatus_1665 Hypsiboas_albopunctatus_1666 Hypsiboas_albopunctatus_1667 Hypsiboas_albopunctatus_1668 Hypsiboas_albopunctatus_1669 Hypsiboas_albopunctatus_1674 Hypsiboas_albopunctatus_1678 Hypsiboas_albopunctatus_1856 Hypsiboas_albopunctatus_1858 Hypsiboas_albopunctatus_1859 Hypsiboas_albopunctatus_1874 Hypsiboas_albopunctatus_1875 Hypsiboas_albopunctatus_1889 Hypsiboas_albopunctatus_1890 Hypsiboas_albopunctatus_1891 Hypsiboas_albopunctatus_2041 Hypsiboas_albopunctatus_2043 Hypsiboas_albopunctatus_2044 Hypsiboas_albopunctatus_2071 Hypsiboas_albopunctatus_2073 Hypsiboas_albopunctatus_419 Hypsiboas_albopunctatus_495 Hypsiboas_albopunctatus_544 Hypsiboas_albopunctatus_545 Hypsiboas_albopunctatus_568 Hypsiboas_albopunctatus_639 Hypsiboas_albopunctatus_672 Hypsiboas_albopunctatus_676 Hypsiboas_albopunctatus_678 Hypsiboas_albopunctatus_679 Hypsiboas_albopunctatus_732 Hypsiboas_albopunctatus_734 Hypsiboas_albopunctatus_736 Hypsiboas_albopunctatus_740 Hypsiboas_albopunctatus_742 Hypsiboas_albopunctatus_882 Hypsiboas_albopunctatus_887 Hypsiboas_albopunctatus_891 Hypsiboas_albopunctatus_893 Hypsiboas_albopunctatus_896 Hypsiboas_albopunctatus_899 Hypsiboas_albopunctatus_939 Hypsiboas_albopunctatus_942 Hypsiboas_albopunctatus_981 Hypsiboas_albopunctatus_983 Hypsiboas_albopunctatus_984 Hypsiboas_albopunctatus_986 Hypsiboas_multifasciatus_2116 Hypsiboas_raniceps_1973 ; END; BEGIN CHARACTERS; [! TreeBASE Matrix URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/matrix/TB2:M10678] TITLE 'Hypsiboas albopunctatus, 3 mtDNA alignment (Control Region, ND1, and ND2 fragments concatenated)'; LINK TAXA = TaxaForAnalysisStep8114; DIMENSIONS NCHAR=3557; FORMAT DATATYPE=DNA SYMBOLS= "A C G T" MISSING=? GAP= -; MATRIX [ 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 230 240 250 260 270 280 290 300 310 320 330 340 350 360 370 380 390 400 410 420 430 440 450 460 470 480 490 500 510 520 530 540 550 560 570 580 590 600 610 620 630 640 650 660 670 680 690 700 710 720 730 740 750 760 770 780 790 800 810 820 830 840 850 860 870 880 890 900 910 920 930 940 950 960 970 980 990 1000 1010 1020 1030 1040 1050 1060 1070 1080 1090 1100 1110 1120 1130 1140 1150 1160 1170 1180 1190 1200 1210 1220 1230 1240 1250 1260 1270 1280 1290 1300 1310 1320 1330 1340 1350 1360 1370 1380 1390 1400 1410 1420 1430 1440 1450 1460 1470 1480 1490 1500 1510 1520 1530 1540 1550 1560 1570 1580 1590 1600 1610 1620 1630 1640 1650 1660 1670 1680 1690 1700 1710 1720 1730 1740 1750 1760 1770 1780 1790 1800 1810 1820 1830 1840 1850 1860 1870 1880 1890 1900 1910 1920 1930 1940 1950 1960 1970 1980 1990 2000 2010 2020 2030 2040 2050 2060 2070 2080 2090 2100 2110 2120 2130 2140 2150 2160 2170 2180 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. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ] Hypsiboas_albopunctatus_1056 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Hypsiboas_albopunctatus_1063 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Hypsiboas_albopunctatus_1649 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Hypsiboas_albopunctatus_2073 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Hypsiboas_albopunctatus_896 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Hypsiboas_multifasciatus_2116 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; END; [ The following blocks are output data for analysis step 8114 ] BEGIN TREES; TITLE 'Bayesian Topology from Hypsiboas albopunctatus, 3 mtDNA alignment'; LINK TAXA = TaxaForAnalysisStep8114; TREE con_50_majrule = [&R] ((Hypsiboas_multifasciatus_2116:1.55165,Hypsiboas_raniceps_1973:6.310051)1.00:0.430671,(((Hypsiboas_albopunctatus_1411:0.295716,(Hypsiboas_albopunctatus_1404:0.011571,Hypsiboas_albopunctatus_1408:0.013389)1.00:0.246404)1.00:0.354449,(Hypsiboas_albopunctatus_1410:0.04688,(Hypsiboas_albopunctatus_1407:0.071885,((Hypsiboas_albopunctatus_1401:0.060031,Hypsiboas_albopunctatus_1402:0.008697)0.81:0.016011,(Hypsiboas_albopunctatus_1405:0.008155,Hypsiboas_albopunctatus_1412:0.016082)0.52:0.012942)1.00:0.107639)0.60:0.057508)1.00:0.603703)1.00:0.798515,(Hypsiboas_albopunctatus_1669:0.043394,((Hypsiboas_albopunctatus_1333:0.107341,(Hypsiboas_albopunctatus_1057:0.062957,Hypsiboas_albopunctatus_1353:0.043131)1.00:0.052345)0.53:0.026107,(Hypsiboas_albopunctatus_676:0.119839,(Hypsiboas_albopunctatus_1063:0.064756,(Hypsiboas_albopunctatus_1064:0.065549,Hypsiboas_albopunctatus_2073:0.059725)0.99:0.03237)1.00:0.090444)1.00:0.052826,((Hypsiboas_albopunctatus_734:0.016791,Hypsiboas_albopunctatus_2043:0.041774)1.00:0.0248,(Hypsiboas_albopunctatus_1649:0.049487,(Hypsiboas_albopunctatus_1581:0.00775,(Hypsiboas_albopunctatus_1651:0.008116,Hypsiboas_albopunctatus_1661:0.025644,Hypsiboas_albopunctatus_1666:0.024573)1.00:0.016067)0.98:0.016268)1.00:0.06526)1.00:0.02457,((Hypsiboas_albopunctatus_1334:0.009455,Hypsiboas_albopunctatus_1336:0.017402)1.00:0.094976,(Hypsiboas_albopunctatus_672:0.051329,(Hypsiboas_albopunctatus_1056:0.033381,Hypsiboas_albopunctatus_1065:0.059121,Hypsiboas_albopunctatus_1356:0.057081,Hypsiboas_albopunctatus_2071:0.08406,(Hypsiboas_albopunctatus_1331:0.016453,Hypsiboas_albopunctatus_1337:0.017121)1.00:0.025024,(Hypsiboas_albopunctatus_1108:0.033787,(Hypsiboas_albopunctatus_678:0.025724,Hypsiboas_albopunctatus_679:0.067993)0.94:0.051047)0.94:0.032549,(Hypsiboas_albopunctatus_1115:0.058848,(Hypsiboas_albopunctatus_1066:0.073547,Hypsiboas_albopunctatus_1890:0.048736)0.99:0.021976)0.89:0.016862,(Hypsiboas_albopunctatus_1109:0.024986,(Hypsiboas_albopunctatus_1111:0.016126,Hypsiboas_albopunctatus_1358:0.016317)1.00:0.024614)1.00:0.023727,(Hypsiboas_albopunctatus_1357:0.041376,(Hypsiboas_albopunctatus_1116:0.025599,Hypsiboas_albopunctatus_1889:0.03051)0.95:0.018797)0.83:0.017968,(Hypsiboas_albopunctatus_1061:0.04134,(Hypsiboas_albopunctatus_1117:0.019993,(Hypsiboas_albopunctatus_1110:0.041647,Hypsiboas_albopunctatus_1114:0.032134,Hypsiboas_albopunctatus_1365:0.016697,(Hypsiboas_albopunctatus_1363:0.013959,(Hypsiboas_albopunctatus_1359:0.033134,Hypsiboas_albopunctatus_1361:0.008314,Hypsiboas_albopunctatus_1362:0.037437)1.00:0.028086)0.62:0.017856)0.58:0.016271)0.89:0.016288)1.00:0.025691)0.88:0.022575)0.91:0.028127)0.90:0.038378,(Hypsiboas_albopunctatus_1891:0.28267,(((Hypsiboas_albopunctatus_742:0.016813,Hypsiboas_albopunctatus_939:0.058648)1.00:0.032533,((Hypsiboas_albopunctatus_2041:0.008493,Hypsiboas_albopunctatus_2044:0.016468)1.00:0.062317,((Hypsiboas_albopunctatus_736:0.050386,(Hypsiboas_albopunctatus_882:0.033384,Hypsiboas_albopunctatus_887:0.024702)1.00:0.024949)0.67:0.016547,(Hypsiboas_albopunctatus_891:0.029575,(Hypsiboas_albopunctatus_568:0.041877,Hypsiboas_albopunctatus_639:0.024816,(Hypsiboas_albopunctatus_1678:0.04745,(Hypsiboas_albopunctatus_740:0.050234,(Hypsiboas_albopunctatus_981:0.007978,Hypsiboas_albopunctatus_983:0.017082)1.00:0.016706,(Hypsiboas_albopunctatus_545:0.025408,(Hypsiboas_albopunctatus_942:0.02844,Hypsiboas_albopunctatus_1674:0.021385)0.99:0.017038)1.00:0.033498)0.99:0.017444)0.93:0.017856)0.99:0.021858)1.00:0.037871)0.55:0.024695)0.93:0.022734)0.82:0.017838,((Hypsiboas_albopunctatus_1859:0.061225,(Hypsiboas_albopunctatus_544:0.007914,Hypsiboas_albopunctatus_732:0.016094)1.00:0.083224)0.87:0.018004,(Hypsiboas_albopunctatus_1858:0.058324,(Hypsiboas_albopunctatus_984:0.009011,Hypsiboas_albopunctatus_986:0.036044)0.99:0.016901,(Hypsiboas_albopunctatus_1856:0.034904,Hypsiboas_albopunctatus_1874:0.016226,Hypsiboas_albopunctatus_1875:0.033309)0.83:0.016817)1.00:0.05983,((Hypsiboas_albopunctatus_419:0.016968,Hypsiboas_albopunctatus_893:0.016576,Hypsiboas_albopunctatus_896:0.023957,Hypsiboas_albopunctatus_899:0.009706):0.068595,(Hypsiboas_albopunctatus_1663:0.022884,(Hypsiboas_albopunctatus_495:0.034775,Hypsiboas_albopunctatus_1665:0.008342,Hypsiboas_albopunctatus_1668:0.04434,(Hypsiboas_albopunctatus_1657:0.012121,Hypsiboas_albopunctatus_1667:0.032374)0.53:0.016071)1.00:0.031175)0.83:0.02777)1.00:0.039466)1.00:0.027283)1.00:0.108221)1.00:0.099726)0.96:0.047016)0.60:0.908671)1.00:0.430671); 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