#NEXUS [!This data set was downloaded from TreeBASE, a relational database of phylogenetic knowledge. TreeBASE has been supported by the NSF, Harvard University, Yale University, SDSC and UC Davis. Please do not remove this acknowledgment from the Nexus file. Generated on April 10, 2026; 9:05 GMT TreeBASE (cc) 1994-2008 Study reference: Lawrence D.P., Park M., & Pryor B. 2011. Nimbya and Embellisia revisited, with nov. comb for Alternaria celosiae and A. perpunctulata. Mycological Progress, . TreeBASE Study URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/study/TB2:S11665] [ The following blocks are input data for analysis step 8117 ] BEGIN TAXA; TITLE TaxaForAnalysisStep8117; DIMENSIONS NTAX=72; TAXLABELS Alternaria_alternata Alternaria_arborescens Alternaria_brassicicola Alternaria_carotiincultae Alternaria_cetera Alternaria_cheiranthi Alternaria_cinerariae Alternaria_conjuncta Alternaria_dauci Alternaria_ethzedia Alternaria_infectoria Alternaria_limoniasperae Alternaria_longipes Alternaria_macrospora Alternaria_mimicula Alternaria_oregonensis Alternaria_petroselini Alternaria_porri Alternaria_pseudorostrata Alternaria_radicina Alternaria_selini Alternaria_smyrnii Alternaria_solani Alternaria_sonchi Alternaria_tagetica Alternaria_tenuissima Brachycladium_papaveris Crivellia_papaveracea Embellisia_abundans Embellisia_allii Embellisia_annulata Embellisia_chlamydospora Embellisia_conoidea Embellisia_dennisii Embellisia_didymospora Embellisia_eureka Embellisia_hyacinthi Embellisia_indefessa Embellisia_leptinellae Embellisia_lolii Embellisia_novaezelandiae Embellisia_phragmospora Embellisia_planifunda Embellisia_proteae Embellisia_telluster Embellisia_thlaspis Embellisia_tumida Exserohilum_pedicellatum Nimbya_alternantherae Nimbya_caricis Nimbya_celosiae Nimbya_perpunctulata_BMP1992 Nimbya_scirpicola Nimbya_scirpinfestans Nimbya_scirpivora Pleospora_herbarum Stemphylium_botryosum Stemphylium_callistephi Stemphylium_vesicarium Ulocladium_alternariae Ulocladium_atrum Ulocladium_botrytis Ulocladium_chartarum Ulocladium_consortiale Ulocladium_obovoideum Ulocladium_oudemansii Ulocladium_septosporum Undifilum_bornmuelleri Undifilum_oxytropis_DAOM_237696 Undifilum_oxytropis_DAOM_237697 Undifilum_oxytropis_O1B9 Undifilum_oxytropis_OsL12 ; END; BEGIN CHARACTERS; [! TreeBASE Matrix URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/matrix/TB2:M9294] TITLE GPD_alignment; LINK TAXA = TaxaForAnalysisStep8117; DIMENSIONS NCHAR=606; FORMAT DATATYPE=DNA SYMBOLS= "A C G T" MISSING=N GAP= -; MATRIX [ 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 230 240 250 260 270 280 290 300 310 320 330 340 350 360 370 380 390 400 410 420 430 440 450 460 470 480 490 500 510 520 530 540 550 560 570 580 590 600 ] [ . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ] Alternaria_alternata 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(Exserohilum_pedicellatum:33.0,(Embellisia_annulata:21.0,(Stemphylium_botryosum:10.0,(Stemphylium_vesicarium:0.0,Stemphylium_callistephi:0.0,Pleospora_herbarum:0.0):6.0):8.0):35.0,((((((((((Alternaria_infectoria:9.0,(Alternaria_ethzedia:4.0,Alternaria_conjuncta:3.0,Alternaria_oregonensis:2.0):5.0):14.0,(Alternaria_cetera:5.0,Embellisia_abundans:8.0):12.0):19.0,(Embellisia_phragmospora:17.0,Embellisia_didymospora:24.0):3.0):7.0,(Embellisia_allii:14.0,(Embellisia_telluster:6.0,Embellisia_chlamydospora:4.0):8.0):8.0):8.0,((Nimbya_scirpicola:20.0,(Nimbya_scirpivora:7.0,Nimbya_scirpinfestans:6.0):12.0):13.0,Nimbya_caricis:26.0):7.0):10.0,((Ulocladium_oudemansii:1.0,Ulocladium_alternariae:0.0):10.0,Embellisia_thlaspis:26.0):15.0):5.0,((Undifilum_bornmuelleri:2.0,((Undifilum_oxytropis_OsL12:0.0,Undifilum_oxytropis_O1B9:0.0):1.0,(Undifilum_oxytropis_DAOM_237696:0.0,Undifilum_oxytropis_DAOM_237697:0.0):3.0):1.0):23.0,(Embellisia_dennisii:25.0,((((((Ulocladium_consortiale:4.0,(Ulocladium_atrum:2.0,Ulocladium_botrytis:0.0,Ulocladium_obovoideum:0.0):3.0):9.0,(Embellisia_indefessa:12.0,Alternaria_cheiranthi:8.0):2.0):2.0,Ulocladium_chartarum:0.0,Ulocladium_septosporum:0.0):4.0,(Alternaria_sonchi:3.0,Alternaria_cinerariae:5.0):12.0):2.0,(Alternaria_mimicula:0.0,Embellisia_conoidea:2.0,Alternaria_brassicicola:0.0):16.0):3.0,(((Alternaria_carotiincultae:2.0,Alternaria_radicina:3.0):8.0,(Alternaria_smyrnii:2.0,(Alternaria_selini:0.0,Alternaria_petroselini:0.0):4.0):4.0):2.0,((((Alternaria_solani:2.0,Alternaria_porri:2.0):1.0,(Alternaria_dauci:4.0,Alternaria_tagetica:9.0):1.0):1.0,(Alternaria_macrospora:4.0,Alternaria_pseudorostrata:9.0):1.0):17.0,((Nimbya_celosiae:9.0,(Nimbya_alternantherae:0.0,Nimbya_perpunctulata_BMP1992:0.0):6.0):9.0,(Alternaria_longipes:3.0,(Alternaria_alternata:1.0,Alternaria_limoniasperae:0.0,Alternaria_arborescens:0.0,Alternaria_tenuissima:0.0):1.0):7.0):8.0):7.0):7.0):5.0):8.0):9.0):5.0,(Crivellia_papaveracea:7.0,Brachycladium_papaveris:12.0):28.0):9.0,(((Embellisia_tumida:3.0,Embellisia_planifunda:1.0):6.0,(Embellisia_proteae:10.0,(Embellisia_hyacinthi:4.0,Embellisia_novaezelandiae:6.0):4.0):10.0):6.0,Embellisia_lolii:10.0):14.0):6.0,(Embellisia_leptinellae:12.0,Embellisia_eureka:12.0):13.0):40.0); 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