#NEXUS [!This data set was downloaded from TreeBASE, a relational database of phylogenetic knowledge. TreeBASE has been supported by the NSF, Harvard University, Yale University, SDSC and UC Davis. Please do not remove this acknowledgment from the Nexus file. Generated on July 09, 2025; 22:40 GMT TreeBASE (cc) 1994-2008 Study reference: Kusumi J., Azuma H., Tzeng H., Chou L., Peng Y., Nakamura K., & Su Z. 2012. Phylogenetic analyses suggest a hybrid origin of the figs (Moraceae: Ficus) that are endemic to the Ogasawara (Bonin) Islands, Japan. Molecular Phylogenetics and Evolution, . TreeBASE Study URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/study/TB2:S12233] [ The following blocks are input data for analysis step 8396 ] BEGIN TAXA; TITLE TaxaForAnalysisStep8396; DIMENSIONS NTAX=19; TAXLABELS Blastophaga_nipponica_Hap1 Blastophaga_nipponica_Hap2 Blastophaga_nipponica_Hap3 Blastophaga_pedunculosae Blastophaga_sp._OGS_Hap1 Blastophaga_sp._OGS_Hap2 Blastophaga_sp._YN32 Blastophaga_taiwanensis_Hap1 Blastophaga_taiwanensis_Hap2 Blastophaga_tannoensis Blastophaga_yeni Ceratosolen_bisulcatus_ Eupristina_verticillata Kradibia_sumatrana Liporrhopalum_philippinensis Platyscapa_ishiiana Tetrapus_costaricanus Tetrapus_ecuadoranus Wiebesia_pumilae ; END; BEGIN CHARACTERS; [! TreeBASE Matrix URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/matrix/TB2:M11164] TITLE CytB_gene; LINK TAXA = TaxaForAnalysisStep8396; DIMENSIONS NCHAR=432; FORMAT DATATYPE=DNA SYMBOLS= "A C G T" MISSING=? GAP= -; MATRIX [ 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 230 240 250 260 270 280 290 300 310 320 330 340 350 360 370 380 390 400 410 420 430 ] [ . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ] Blastophaga_nipponica_Hap1 ATTTTGAGGAGCAACTGTAATTACTAATCTTCTATCTGCTATTCCATATATTGGAAACATATTAGTTAATTGATTATGGGGAGGATTTTCAGTTAATAATGCTACTTTAAATCGATTTTATTCATTTCATTTTATTTTTCCCTTCATTATTTTATTTTTAGTTATTCTTCATTTAACATTTTTACATGAAACAGGATCATCTAATCCAATAGGATTAAATAGAAATTATTATAAAATTCCATTCAACCCATATTTTAGAATTAAAGATTCAATTGGATTTATTATCATAATTAGAATTTTATTATTAATTTGTTTTCTATATCCATATATTCTTTCTGATCCTGAAAATTTTAATATAGCTAATCCAATAATTACCCCAATACATATTCAGCCTGAATGATATTTTTTATTTGCTTATGCATTCTTCGATCT Blastophaga_nipponica_Hap2 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TaxaForAnalysisStep8396; TREE Fig._5B = [&R] (((((((Blastophaga_taiwanensis_Hap1:2.4445977516163175E-6,(Blastophaga_taiwanensis_Hap2:2.4445977516163175E-6,(Blastophaga_nipponica_Hap2:0.007134095189602674,Blastophaga_tannoensis:2.4445977516163175E-6,Blastophaga_nipponica_Hap3:2.4445977516163175E-6):0.0023555599372243607):0.0023573354917132416):0.007462336093059407,Blastophaga_nipponica_Hap1:0.0021272840940436133):0.024354388213801703,Blastophaga_yeni:0.021939037235514436):0.07436303749358586,(Blastophaga_sp._OGS_Hap2:0.0054134263682122374,Blastophaga_sp._OGS_Hap1:0.001698065738115484):0.07659167797237326):0.03677698714858729,Blastophaga_sp._YN32:0.1551288557967972):0.013787154956866832,(Eupristina_verticillata:0.10118778923693225,((Blastophaga_pedunculosae:0.21432220010806352,Platyscapa_ishiiana:0.0925271221255089):0.013264566394583566,(Wiebesia_pumilae:0.28139912272302053,(Kradibia_sumatrana:0.08964042658834298,(Ceratosolen_bisulcatus_:0.181123878464047,Liporrhopalum_philippinensis:0.10290855615522088):0.0099046073732173):0.008042644315196135):0.03910026905859815):0.011512085061120142):0.03637252028352897):0.03837407888482183,(Tetrapus_ecuadoranus:0.06592288370116445,Tetrapus_costaricanus:0.09241566731754608):0.03837407888482183); [! TreeBASE tree URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/tree/TB2:Tr50302] END;