#NEXUS
[!This data set was downloaded from TreeBASE, a relational database of phylogenetic knowledge. TreeBASE has been supported by the NSF, Harvard University, Yale University, SDSC and UC Davis. Please do not remove this acknowledgment from the Nexus file.


Generated on April 10, 2026; 9:05 GMT

TreeBASE (cc) 1994-2008

Study reference:
Bašilova J., & Rakauskas R. 2012. Phylogenetic relationships of Dysaphis pyri (Boyer
de Fonscolombe) and Dysaphis reaumuri (Mordvilko) (Hemiptera, Sternorrhyncha:
Aphididae): COI and EF-1α evidence. Organisms Diversity & Evolution, .

TreeBASE Study URI:  http://purl.org/phylo/treebase/phylows/study/TB2:S12354]

[ The following blocks are input data for analysis step 8577 ]
BEGIN TAXA;
        TITLE  TaxaForAnalysisStep8577;
        DIMENSIONS NTAX=19;
        TAXLABELS
            Aphis_gossypii_EU019867
            Dysaphis_plantaginea_DQ005143
            'Dysaphis pyri CZ 05-43'
            'Dysaphis pyri FR J11-05'
            'Dysaphis pyri IT 09-20'
            'Dysaphis pyri LT 04-107'
            'Dysaphis pyri LT 04-25'
            'Dysaphis pyri LT 05-104'
            'Dysaphis pyri LT 11-43'
            'Dysaphis pyri LT 11-58'
            'Dysaphis pyri TR 11-32'
            'Dysaphis pyri TR 11-33'
            'Dysaphis pyri TR 11-37'
            'Dysaphis reaumuri GE J11-12'
            'Dysaphis reaumuri GE J11-13'
            'Dysaphis reaumuri GE J11-23'
            'Dysaphis reaumuri TR 11-23'
            Dysaphis_rumecicola_HM117785
            Toxoptera_citricida_AY219728
            ;
END;

BEGIN CHARACTERS;
[! TreeBASE Matrix URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/matrix/TB2:M12518]

	TITLE 'Dysaphis-EF1alpha';
	LINK TAXA = TaxaForAnalysisStep8577;
	DIMENSIONS NCHAR=489;
	FORMAT DATATYPE=DNA SYMBOLS= "A C G T" MISSING=? GAP= -;

MATRIX
[                                         10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220       230       240       250       260       270       280       290       300       310       320       330       340       350       360       370       380       390       400       410       420       430       440       450       460       470       480       490  ]
[                                          .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .  ]
Aphis_gossypii_EU019867           TCGTTGGTGTGAACAAGATGGACTCTACTGAACCACCATACAGCGAAGTAAGTTTTTAAATTAGATTGT--TATGATTTAAACTAAATAACTAATTTTTGATTTGTTATTTATAGGCCCGTTTCGAAGAAATCAAGAAAGAAGTAAGCAGTTACATCAAGAAGATTGGTTACAACCCAGCCGCTGTTGCTTTCGTTCCCATCTCTGGATGGAACGGAGACAACATGTTGGAAGTTTCCGACAAAATGACATGGTTCAAAGGATGGAATGTTGAACGTAAAGAAGGAAAGGCTGACGGTAAATGTCTGATTGAAGCTTTAGACGCTATCCTACCCCCCAGTCGCCCAACTGACAAGGCTCTCCGTCTCCCACTCCAGGTATATATTAATATCTTTATGTTAT-AAATAATCTTTTTATTTATACAGCTTCTAACTTCTTATT-T---ATAGGACGTCTACAAAATTGGAGGTATTGGAACAGTCCCAGTA
Dysaphis_plantaginea_DQ005143     TCGTTGGTGTGAACAAGATGGATTCTACTGAACCACCCTACAGTGAAGTATGTT-CTACATTTTTTAATT-----ATTTTTATTTAACAA--AATTAATATTTGATTATTTATAGAGCCGTTTCGAAGAAATCAAGAAGGAAGTCAGCAGTTATATCAAGAAGATTGGTTACAACCCAGCTGCTGTTGCTTTCGTGCCCATCTCCGGATGGAATGGAGACAACATGTTGGAAGTTTCCGAAAAGATGTCATGGTTCAAGGGATGGAACGTTGAACGTAAGGAAGGAAAGGCTGATGGTAAATGTTTGATTGAAGCTTTAGACGCTATCCTGCCACCCAGTCGCCCAACTGATAAGGCTCTTCGTCTCCCACTCCAGGTATGGATGAAAATAAATTTTTTTT-AAATTATCTT--CATTTATACACCTTCTAACCCTATGTTTATTTATAGGATGTCTACAAGATAGGAGGTATTGGAACAGTCCCAGTA
'Dysaphis pyri CZ 05-43'          TCGTTGGTGTGAACAAAATGGATTCTACTGAACCACCCTACAGCGAAGTATGTTTCTACATTTCTTAATT-----ATTTTAATTTCACAA--AATTAATAATTGATTATT-ATAGAGCCGTTTCGAAGAAATCAAGAAGGAAGTCAGCAGTTACATCAAGAAGATTGGTTACAACCCAGCTGCTGTTGCTTTCGTGCCCATCTCTGGATGGAATGGAGACAACATGTTGGAAGTTTCCGAAAAGATGTCATGGTTCAAGGGATGGAATGTTGAACGTAAAGAAGGAAAGGCTGATGGTAAATGTTTGATTGAAGCTTTAGATGCTATCCTGCCACCCAGTCGCCCAACTGACAAGGCTCTCCGTCTCCCACTCCAGGTATGGATGAATATAAAAAAATTTT-AAATGATCTT--CAGTTATACACCTTCTAACC-TATGTTTATTTATAGGATGTCTACAAGATAGGAGGTATTGGAACAGTCCCAGTA
'Dysaphis pyri FR J11-05'         TCGTTGGTGTGAACAAAATGGATTCTACTGAACCACCCTACAGCGAAGTATGTTTCTACATTTCTTAATT-----ATTTTAATTTCACAA--AATTAATAATTGATTATT-ATAGAGCCGTTTCGAAGAAATCAAGAAGGAAGTCAGCAGTTACATCAAGAAGATTGGTTACAACCCAGCTGCTGTTGCTTTCGTGCCCATCTCTGGATGGAATGGAGACAACATGTTGGAAGTTTCCGAAAAGATGTCATGGTTCAAGGGATGGAACGTTGAACGTAAAGAAGGAAAGGCTGATGGTAAATGTTTGATTGAAGCTTTAGATGCTATCCTGCCACCCAGTCGCCCAACTGACAAGGCTCTCCGTCTCCCACTCCAGGTATGGATGAATATAAAAAAATTTT-AAATGATCTT--CAGTTATACACCTTCTAACC-TATGTTTATTTATAGGATGTCTACAAGATAGGAGGTATTGGAACAGTCCCAGTA
'Dysaphis pyri IT 09-20'          TCGTTGGTGTGAACAAAATGGATTCTACTGAACCACCCTACAGCGAAGTATGTTTCTACATTTCTTAATT-----ATTTTAATTTCACAA--AATTAATAATTGATTATT-ATAGAGCCGTTTCGAAGAAATCAAGAAGGAAGTCAGCAGTTACATCAAGAAGATTGGTTACAACCCAGCTGCTGTTGCTTTCGTGCCCATCTCTGGATGGAATGGAGACAACATGTTGGAAGTTTCCGAAAAGATGTCATGGTTCAAGGGATGGAACGTTGAACGTAAAGAAGGAAAGGCTGATGGTAAATGTTTGATTGAAGCTTTAGATGCTATCCTGCCACCCAGTCGCCCAACTGACAAGGCTCTCCGTCTCCCACTCCAGGTATGGATGAATATAAAAAAATTTT-AAATGATATT--CAGTTATACACCTTCTAACC-TATGTTTATTTATAGGATGTCTACAAGATAGGAGGTATTGGAACAGTCCCAGTA
'Dysaphis pyri LT 04-107'         TCGTTGGTGTGAACAAAATGGATTCTACTGAACCACCCTACAGCGAAGTATGTTTCTACATTTCTTAATT-----ATTTTAATTTCACAA--AATTAATAATTGATTATT-ATAGAGCCGTTTCGAAGAAATCAAGAAGGAAGTCAGCAGTTACATCAAGAAGATTGGTTACAACCCAGCTGCTGTTGCTTTCGTGCCCATCTCTGGATGGAATGGAGACAACATGTTGGAAGTTTCCGAAAAGATGTCATGGTTCAAGGGATGGAACGTTGAACGTAAAGAAGGAAAGGCTGATGGTAAATGTTTGATTGAAGCTTTAGATGCTATCCTGCCACCCAGTCGCCCAACTGACAAGGCTCTCCGTCTCCCACTCCAGGTATGGATGAATATAAAAAAATTTT-AAATGATCTT--CAGTTATACACCTTCTAACC-TATGTTTATTTATAGGATGTCTACAAGATAGGAGGTATTGGAACAGTCCCAGTA
'Dysaphis pyri LT 04-25'          TCGTTGGTGTGAACAAAATGGATTCTACTGAACCACCCTACAGCGAAGTATGTTTCTACATTTCTTAATT-----ATTTTAATTTCACAA--AATTAATAATTGATTATT-ATAGAGCCGTTTCGAAGAAATCAAGAAGGAAGTCAGCAGTTACATCAAGAAGATTGGTTACAACCCAGCTGCTGTTGCTTTCGTGCCCATCTCTGGATGGAATGGAGACAACATGTTGGAAGTTTCCGAAAAGATGTCATGGTTCAAGGGATGGAACGTTGAACGTAAAGAAGGAAAGGCTGATGGTAAATGTTTGATTGAAGCTTTAGATGCTATCCTGCCACCCAGTCGCCCAACTGACAAGGCTCTCCGTCTCCCACTCCAGGTATGGATGAATATAAAAAAATTTT-AAATGAT{AC}TT--CAGTTATACACCTTCTAACC-TATGTTTATTTATAGGATGTCTACAAGATAGGAGGTATTGGAACAGTCCCAGTA
'Dysaphis pyri LT 05-104'         TCGTTGGTGTGAACAAAATGGATTCTACTGAACCACCCTACAGCGAAGTATGTTTCTACATTTCTTAATT-----ATTTTAATTTCACAA--AATTAATAATTGATTATT-ATAGAGCCGTTTCGAAGAAATCAAGAAGGAAGTCAGCAGTTACATCAAGAAGATTGGTTACAACCCAGCTGCTGTTGCTTTCGTGCCCATCTCTGGATGGAATGGAGACAACATGTTGGAAGTTTCCGAAAAGATGTCATGGTTCAAGGGATGGAACGTTGAACGTAAAGAAGGAAAGGCTGATGGTAAATGTTTGATTGAAGCTTTAGATGCTATCCTGCCACCCAGTCGCCCAACTGACAAGGCTCTCCGTCTCCCACTCCAGGTATGGATGAGTATAAAAAAATTTT-AAATGATATT--CAGTTATACACCTTCTAACC-TATGTTTATTTATAGGATGTCTACAAGATAGGAGGTATTGGAACAGTCCCAGTA
'Dysaphis pyri LT 11-43'          TCGTTGGTGTGAACAAAATGGATTCTACTGAACCACCCTACAGCGAAGTATGTTTCTACATTTCTTAATT-----ATTTTAATTTCACAA--AATTAATAATTGATTATT-ATAGAGCCGTTTCGAAGAAATCAAGAAGGAAGTCAGCAGTTACATCAAGAAGATTGGTTACAACCCAGCTGCTGTTGCTTTCGTGCCCATCTCTGGATGGAATGGAGACAACATGTTGGAAGTTTCCGAAAAGATGTCATGGTTCAAGGGATGGAACGTTGAACGTAAAGAAGGAAAGGCTGATGGTAAATGTTTGATTGAAGCTTTAGATGCTATCCTGCCACCCAGTCGCCCAACTGACAAGGCTCTCCGTCTCCCACTCCAGGTATGGATGAATATAAAAAAATTTT-AAATGATCTT--CAGTTATACACCTTCTAACC-TATGTTTATTTATAGGATGTCTACAAGATAGGAGGTATTGGAACAGTCCCAGTA
'Dysaphis pyri LT 11-58'          TCCTTGGTGTGAACAAAATGGATTCTACTGAACCACCCTACAGCGAAGTATGTTTCTACATTTCTTAATT-----ATTTTAATTTCACAA--AATTAATAATTGATTATT-ATAGAGCCGTTTCGAAGAAATCAAGAAGGAAGTCAGCAGTTACATCAAGAAGATTGGTTACAACCCAGCTGCTGTTGCTTTCGTGCCCATCTCTGGATGGAATGGAGACAACATGTTGGAAGTTTCCGAAAAGATGTCATGGTTCAAGGGATGGAACGTTGAACGTAAAGAAGGAAAGGCTGATGGTAAATGTTTGATTGAAGCTTTAGATGCTATCCTGCCACCCGGTCGCCCAACTGACAAGGCTCTCCGTCTCCCACTCCAGGTATGGATGAATATAATAAAATTTT-AAATGATCTT--CAGTTATACACCTTCTAACC-TATGTTTATTTATAGGATGTCTACAAGATAGGAGGTATTGGAACAGTCCCAGTA
'Dysaphis pyri TR 11-32'          TTGTTGGTGTGAACAAAATGGATTCTACTGAACCACCCTACAGCGAAGTATGTTTCTACATTTCTTAATT-----ATTTTAATTTCACAA--AATTAATAATTGATTATT-ATAGAGCCGTTTCGAAGAAATCAAGAAGGAAGTCAGCAGTTACATCAAGAA{AG}ATTGGTTACAACCCAGCTGCTGTTGCTTTCGTGCCCATCTCTGGATGGAATGGAGACAACATGTTGGAAGTTTCCGAAAAGATGTCATGGTTCAAGGGATGGAACGTTGAACGTAAAGAAGGAAAGGCTGATGGTAAATGTTTGATTGAAGCTTTAGATGCTATCCTGCCACCCAGTCGCCCAACTGACAAGGCTCTCCGTCTCCCACTCCAGGTATGGATGAATATAAAAAAATTTT-AAATGATCTT--CAGTTATACACCTTCTAACC-TATGTTTATTTATAGGATGTCTACAAGATAGGAGGTATTGGAACAGTCCCAGTA
'Dysaphis pyri TR 11-33'          TTGTTGGTGTGAACAAAATGGATTCTACTGAACCACCCTACAGCGAAGTATGTTTCTACATTTCTTAATT-----ATTTTAATTTCACAA--AATTAATAATTGATTATT-ATAGAGCCGTTTCGAAGAAATCAAGAAGGAAGTCAGCAGTTACATCAAGAAGATTGGTTACAACCCAGCTGCTGTTGCTTTCGTGCCCATCTCTGGATGGAATGGAGACAACATGTTGGAAGTTTCCGAAAAGATGTCATGGTTCAAGGGATGGAACGTTGAACGTAAAGAAGGAAAGGCTGATGGTAAATGTTTGATTGAAGCTTTAGATGCTATCCTGCCACCCAGTCGCCCAACTGACAAGGCTCTCCGTCTCCCACTCCAGGTATGGATGAATATAAAAAAATTTT-AAATGATCTT--CAGTTATACACCTTCTAACC-TATGTTTATTTATAGGATGTCTACAAGATAGGAGGTATTGGAACAGTCCCAGTA
'Dysaphis pyri TR 11-37'          TCGTTGGTGTGAACAAAATGGATTCTACTGAACCACCCTACAGCGAAGTATGTTTCTACATTTCTTAATT-----ATTTTAATTTCACAA--AATTAATAATTGATTATT-ATAGAGCCGTTTCGAAGAAATCAAGAAGGAAGTCAGCAGTTACATCAAGAAGATTGGTTACAACCCAGCTGCTGTTGCTTTCGTGCCCATCTCTGGATGGAATGGAGACAACATGTTGGAAGTTTCCGAAAAGATGTCATGGTTCAAGGGATGGAA{CT}GTTGAACGTAAAGAAGGAAAGGCTGATGGTAAATGTTTGATTGAAGCTTTAGATGCTATCCTGCCACCCAGTCGCCCAACTGACAAGGCTCTCCGTCTCCCACTCCAGGTATGGATGAATATAAAAAAATTTT-AAATGATCTT--CAGTTATACACCTTCTAACC-TATGTTTATTTATAGGATGTCTACAAGATAGGAGGTATTGGAACAGTCCCAGTA
'Dysaphis reaumuri GE J11-12'     TCGTTGGTGTGAACAAGATGGATTCTACTGAACCACCCTACAGCGAAGTATGTTTCTACATTTTTTAATT-----ATTTTGATTTAACAA--AATTAATAATTGATTATTTATAGAGCCGTTTCGAAGAAATCAAGAAGGAAGTCAGCAGTTACATCAAGAAGATTGGTTACAACCCAGCTGCTGTTGCTTTCGTGCCCATCTCTGGATGGAATGGAGACAACATGTTGGAAGTTTCCGAAAAGATGTCATGGTTCAAGGGATGGAACGTTGAACGTAAAGAAGGAAAGGCTGATGGTAAATGTTTGATTGAAGCTTTAGATGCTATCCTGCCACCCAGTCGTCCAACTGACAAGGCTCTCCGTCTCCCACTCCAGGTATGGATGAATATAAAAAAAATTT-AAATGATCTT--CAGTTATACACATTCTAACC-TATGTTTATTTATAGGATGTCTACAAGATAGGAGGTATTGGAACAGTCCCAGTA
'Dysaphis reaumuri GE J11-13'     TCGTTGGTGTGAACAAGATGGATTCTACTGAACCACCCTACAGCGAAGTATGTTTCTACATTTTTTAATT-----ATTTTGATTTAACAA--AATTAATAATTGATTATTTATAGAGCCGTTTCGAAGAAATCAAGAAGGAAGTCAGCAGTTACATCAAGAAGATTGGTTACAACCCAGCTGCTGTTGCTTTCGTGCCCATCTCTGGATGGAATGGAGACAACATGTTGGAAGTTTCCGAAAAGATGTCATGGTTCAAGGGATGGAACGTTGAACGTAAAGAAGGAAAGGCTGATGGTAAATGTTTGATTGAAGCTTTAGATGCTATCCTGCCACCCAGTCGTCCAACTGACAAGGCTCTCCGTCTCCCACTCCAGGTATGGATGAATATAAAAAAAATTT-AAATGATCTT--CAGTTATACACATTCTAACC-TATGTTTATTTATAGGATGTCTACAAGATAGGAGGTATTGGAACAGTCCCAGTA
'Dysaphis reaumuri GE J11-23'     TCGTTGGTGTGAACAAGATGGATTCTACTGAACCACCCTACAGCGAAGTATGTTTCTACATTTTTTAATT-----ATTTTGATTTAACAA--AATTAATAATTGATTATTTATAGAGCCGTTTCGAAGAAATCAAGAAGGAAGTCAGCAGTTACATCAAGAAGATTGGTTACAACCCAGCTGCTGTTGCTTTCGTGCCCATCTCTGGATGGAATGGAGACAACATGTTGGAAGTTTCCGAAAAGATGTCATGGTTCAAGGGATGGAACGTTGAACGTAAAGAAGGAAAGGCTGATGGTAAATGTTTGATTGAAGCTTTAGATGCTATCCTGCCACCCAGTCGTCCAACTGACAAGGCTCTCCGTCTCCCACTCCAGGTATGGATGAATATAAAAAAAATTT-AAATGATCTT--CAGTTATACACATTCTAACC-TATGTTTATTTATAGGATGTCTACAAGATAGGAGGTATTGGAACAGTCCCAGTA
'Dysaphis reaumuri TR 11-23'      TCGTTGGTGTGAACAAGAAGGATTCTACTGAACCACCCTACAGCGAAGTATGTTTCTACATTTTTTAATT-----ATTTTGATTTAACAA--AATTAATAATTGATTATTTATAGAGCCGTTTCGAAGAAATCAAGAAGGAAGTCAGCAGTTACATCAAGAAGATTGGTTACAACCCAGCTGCTGTTGCTTTCGTGCCCATCTCTGGATGGAATGGAGACAACATGTTGGAAGTTTCCGAAAAGATGTCATGTTTCAAGGGATGGAACGTTGAACGTAAAGAAGGAAAGGCTGATGGTAAATGTTTGATTGAAGCTTTAGATGCAATCCTCTCACCCAGTCGTCCAACTGACAAGGTTCTCCGTCTCCCACTCCAGGTATGGATGAATATAAAAAAAATTT-AAATGATCTT--CAGTTATACACATTCTAACC-TATGTTTATTTATAGGATGTCTACAAGATAGGAGGTATTGGAACAGTCCCAGTA
Dysaphis_rumecicola_HM117785      TCGTTGGTGTGAACAAGATGGATTCTACTGAACCACCATACAGCGAAGTATGTTTATACATTTCTTAATT-----ATTT------AACGA--AATTAATAATCGATTATTTGTAGAGCCGTTTCGAAGAAATCAAGAAGGAAGTTAGCAGTTACATCAAGAAAATTGGATACAACCCAGCTGCTGTTGCTTTCGTGCCCATCTCTGGATGGAATGGAGACAACATGTTGGAAGTTTCCGAAAAGATGTCGTGGTTCAAGGGATGGGCTGTTGAACGTAAAGAAGGAAAGGCTGATGGTAAATGTTTGATTGAAGCTTTAGACGCTATCCTGCCACCCAGTCGCCCAACTGACAAGGCTCTCCGTCTCCCACTCCAGGTATGGATAAATAAAAATATTTTTTTAAATAATCTT--TATTTATACACCTTCTAATC-TTTGTTTATTTATAGGATGTCTACAAGATTGGAGGTATTGGAACAGTCCCAGTT
Toxoptera_citricida_AY219728      TCGTTGGTGTGAACAAGATGGACTCTACTGAACCACCATACAGCGAAGTAAGTTTTTAAAGTTTGTTATGGTGTGATTAAAACAAAATAACTAATTTGTAAATTGTTATTTATAGGCCCGTTTTGAAGAAATTAAGAAAGAAGTCAGCAGTTACATCAAGAAGATTGGTTACAACCCAGCTGCTGTTGCTTTCGTTCCCATCTCTGGATGGAATGGAGACAACATGTTGGAAGTTTCCGACAAAATGACATGGTTCAAAGGATGGAATGTTGAACGTAAAGAAGGAAAGGCTGACGGTAAATGTCTGATTGAAGCTTTAGACGCTATCCTACCCCCCAGTCGCCCAACTGACAAGGCTCTCCGTCTCCCACTCCAAGTATGCATTGATATCTTTATATTTT-GTTTAATCTTAGTGTTTATACAATTTCTAACTTCTTATT-TTT-ATAGGACGTCTACAAAATTGGAGGTATTGGAACAGTCCCAGTA
;
END;

[ The following blocks are output data for analysis step 8577 ]
BEGIN TREES;
      TITLE 'Dysaphis-EF1alpha-ML';
      LINK TAXA = TaxaForAnalysisStep8577;
      TREE MLT = [&R] (Dysaphis_rumecicola_HM117785,(Dysaphis_plantaginea_DQ005143,(('Dysaphis pyri LT 11-58',('Dysaphis pyri FR J11-05',(((('Dysaphis pyri LT 11-43',('Dysaphis pyri LT 04-25','Dysaphis pyri CZ 05-43')0.0830)0.0230,('Dysaphis pyri LT 04-107','Dysaphis pyri TR 11-37')0.0770)0.0150,('Dysaphis pyri LT 05-104','Dysaphis pyri IT 09-20')0.1050)0.0510,('Dysaphis pyri TR 11-32','Dysaphis pyri TR 11-33')0.6810)0.0860)0.1430)0.9340,(('Dysaphis reaumuri GE J11-12','Dysaphis reaumuri GE J11-23')0.3340,('Dysaphis reaumuri GE J11-13','Dysaphis reaumuri TR 11-23')0.3290)0.9860)0.9710)0.9560,(Aphis_gossypii_EU019867,Toxoptera_citricida_AY219728)1.0000);
[!  TreeBASE tree URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/tree/TB2:Tr52557]


END;