#NEXUS [!This data set was downloaded from TreeBASE, a relational database of phylogenetic knowledge. TreeBASE has been supported by the NSF, Harvard University, Yale University, SDSC and UC Davis. Please do not remove this acknowledgment from the Nexus file. Generated on December 06, 2024; 16:04 GMT TreeBASE (cc) 1994-2008 Study reference: Drew B.T., & Sytsma K. 2012. Phylogenetics, Biogeography, and Staminal Evolution in the Tribe Mentheae (Lamiaceae). American Journal of Botany, . TreeBASE Study URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/study/TB2:S12395] [ The following blocks are input data for analysis step 8650 ] BEGIN TAXA; TITLE TaxaForAnalysisStep8650; DIMENSIONS NTAX=115; TAXLABELS Acanthomintha_duttonii Acanthomintha_lanceolata Acinos_arvensis Agastache_pallida Agastache_rugosa Blephilia_hirsuta Bystropogon_origanifolius Callicarpa_japonica Callicarpa_pedunculata Caryopteris_incana Cedronella_canariensis Chaunostoma_mecistandrum Cleonia_lusitanica Clinopodium_arkansanum Clinopodium_ashei Clinopodium_douglasii Clinopodium_gracile Clinopodium_macrostemum Clinopodium_taxifolium Clinopodium_vulgare Clinopodium_vulgare_Riina_1579 Collinsonia_canadensis Congea_griffithiana Conradina_grandiflora Cuminia_fernandezia Cunila_incana Cunila_lythrifolia Cunila_microcephala Cunila_origanoides Cunila_pycnantha Cyclotrichium_stamineum Dicerandra_christmanii Dorystaechas_hastata Dracocephalum_bullatum Dracocephalum_parviflorum Drepanocaryum_sewerzowii Elsholtzia_ciliata Glechoma_hederacea Glechon_marifolia Glechon_thymoides Gmelina_arborea Hedeoma_costata Hedeoma_multiflora Hedeoma_piperitum Hesperozygis_rhododon Hoehnea_epilobioides Horminum_pyrenaicum Hymenocrater_bituminosus Hyptis_laniflora Hyssopus_officinalis Isodon_dawoensis Kurzamra_pulchella Lallemantia_canescens Lamium_maculatum Lavandula_angustifolia Lepechinia_calycina_btd197 Lepechinia_lamiifolia_Btd178 Lepechinia_mexicana_Btd164 Lindernia_dubia Lophanthus_lipskyanus Lycopus_maackianus Lycopus_uniflorus Marmoritis_complanatum Meehania_cordata Meehania_urticifolia Melissa_axillaris Melissa_officinalis Mentha_arvensis Mentha_microphylla_Riina_1575 Mentha_pulegium Mentha_spicata Meriandra_bengalensis Micromeria_dalmatica Micromeria_juliana Micromeria_lanata Micromeria_thymifolia Minthostachys_sp._345 Minthostachys_sp._349 Monarda_citriodora Monardella_villosa Neoeplingia_btd129 Nepeta_cataria Ocimum_basilicum Origanum_vulgare Perovskia_atriplicifolia Phryma_leptostachya Plectranthus_cremnus Pogogyne_douglasii Poliomintha_incana Prostanthera_incisa Prunella_vulgaris Pseudocarpidium_wrightii Pycnanthemum_virginianum Rhabdocaulon_erythrostachys Rhabdocaulon_strictus Rhododon_ciliatus Rosmarinus_officinalis Salvia_aristata Salvia_axillaris Salvia_greatae Salvia_mellifera Salvia_officinalis Salvia_patens Salvia_polystachia Salvia_przewalskii Salvia_sclarea Satureja_montana Satureja_thymbra Schizonepeta_multifida Thymbra_capitata Thymus_pulegioides_Riina_1577 Thymus_serpyllum Zataria_multiflora Zhumeria_majdae Ziziphora_clinopodioides ; END; BEGIN CHARACTERS; [! TreeBASE Matrix URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/matrix/TB2:M11625] TITLE Mentheae_Chloro; LINK TAXA = TaxaForAnalysisStep8650; DIMENSIONS NCHAR=7928; FORMAT DATATYPE=DNA SYMBOLS= "A C G T" MISSING=? 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Acinos_arvensis 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Bystropogon_origanifolius 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Callicarpa_pedunculata 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Cedronella_canariensis 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Cleonia_lusitanica 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Clinopodium_arkansanum 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Clinopodium_taxifolium 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Cuminia_fernandezia 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Cunila_lythrifolia 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Cunila_origanoides 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Cunila_pycnantha 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Cyclotrichium_stamineum 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Dracocephalum_parviflorum 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Glechon_marifolia 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Hymenocrater_bituminosus 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Hyptis_laniflora 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Lallemantia_canescens 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Lavandula_angustifolia 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Lycopus_maackianus 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Lycopus_uniflorus 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Marmoritis_complanatum 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Meehania_urticifolia 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Melissa_axillaris 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Melissa_officinalis 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Mentha_arvensis 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Meriandra_bengalensis 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Micromeria_dalmatica 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Micromeria_juliana 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Micromeria_thymifolia 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Minthostachys_sp._345 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Minthostachys_sp._349 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Nepeta_cataria 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Origanum_vulgare 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Pogogyne_douglasii 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Prostanthera_incisa 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Prunella_vulgaris 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Pseudocarpidium_wrightii CCCCTTTCTGAAGAGTTTTATCTAGTGAATATCAATGAAAATCAGGATAATTCAAGATTCAAAATATTTGATGAAAAAACTGAATTTGACAAA------CCTCTTGTAACTCTTCTTTTTGATTCGAAGCGGTGGAATCGACCATTTCGCTACATAAAAAATAATCACTTTGACAGGGCTGTCAGAAATGAAATGTCACAATATTTTTTTGACATATGTCAAAGTGATGGAAAAGAAAGAATCTCTTTTACATATCCTCCTAGTTTATCAATTTTTTTGGAAATGATAAAAAGAAGGATATCCTCGCCCACAATCGAAAAATTTTCATCTAATGAACTCTACAACCCCTGGGTTTATACCAACAAACAAAAAGGGAAAAGTCTCAACAACGAGTTTTTCAATCGAATTAAGGCTCTAGAC------AAAGAAGATATTTCTTTGAATATACTCGAAACAAAGACTCGATTGTGTAATAACGAT------TCTACAAAAGAATACTTATCCAAAAGGTACGACCCTTTCCTGAACGGATCATATCGGAAAACAATCTACAAAACCCTTTCTCCCTCAACCCTAAAAAAAACTTTGATAGAAAATTTCATAGAAAAATTTGGGATAAATCGGATTCATGGTATACTTCTT------------CCAGATGCTCATTACCAAGAATTTGAACACAAAATAAATAGATTTGATAAAAAACCACTATCA---------------ATAGAAATTGTTGATTTTTTAACTTTCATAAGTAAATTTGTTAGAGAATCAGGATCCACCAATCTAAATTCGAGGGGTCCTTCTTTATTT------TCAGAAGGAAAAATAGATTTTGAAAAAGGAACAAAATATTTA---AAATATTTA------TTAACTAAAATTGTAACCGATGCT---------AATGGTCAAAAAATTAGCAGAAAATCGAGTAGAATAAAAGAAATCAGTAAAAAAATTCCTCGGTGGTCATACAAATTAATCACCGATTTAGAACAACAATCAGGAGAATATCAAGAAGACGTACCAGTAGATCATCAAATTCGTTCAAGAAAAGGCAAACGTGTAGTAATTTTTACTGCTAACAAGGAG---AATGCTGATCCGAATACT---ACAGATACTAATATGCCCGATCAAATA---GACGAAGTGGCTTTGATACGTTATTCACAACAATCGGACTTTCGGCGCGGTATAATCAAAGGTTCTATGCGAGCTCAAAGGCGTAAAATTGTTATTTTAGAATTATTTCAAGCAAATGCGCATTCTCCTCTTTTTTTGGAGAGACTACAAAAATCCCCCCTTTTTTCTTTTGATATCTCCGGGTTGATTAAACTAATTTTTAGAAAGTGGGTGGGTAAAGGGGAAGGATTCAAAATTGTAGAGTATACAAAAGAACAAACAAAA------ATAGAAGAAAAAAAAGAGAAGAACAAAAGAAAGGAAAAGGCGCGAATAGAGATAGCAGAGGCCTGGGATAGCATTCCATTTGCGCAAGTAATAAGGGGTTGCATGTTACTAACTCAATCGATTTTTAGAAAATATCTTCTATTACCTTCATTCATAATTGCGAAAAATATTGGACGTATATTCCTATTGCAACTTCCCGAATGGTCTGAGGATTTGCAGGAATGGAATCGAGAGATTCATCTTAAATGTACCTATAATGGTGTTCCATTATCCGAAACAGAATTTCCGAAAAATTGGTTGACGGACGGTATTCAGATCAAAATATTATTTCCTTTCTGTCTGAAACCTTGGCACAAATCAAAACTACGATCCTCGCAGAAAGATCTTCAGAAAGATCTAATGAAAAAGAAAAAA---GAA---AAAGATGATTTTTGTTTTTTAACAGTTTGGGGAATGGAAGCTGAATTTCCTTTTGGTCCGCCCCGAAAACGACCTTCCTTTTTTAAACCCATTTTAAAGGAATTCAAAAAAAAAGTTGGAAAATGTAAAAAGAAG---TATTTTCGAGTTCTAACAGTTTTCAAAGGAAAAACAAAA------TTACTTCGAAAACTTTCAAAA---GAAACA------AAAAAATGGGTTATCAAAAGTGTTATTTTTATAAAAAGAATAATAAAAGAACTTTCAAAAGTAAATCCAATTCCATTATTTAGATTAAAA---------GAAGTA------TATGAATCGAGCCAAATTGAAATTAAAGAAGAAAAAGATTCCATAATAAGCAAT------CAGATAATTCATGAATCAGTTAGTCAAATT------GCATCTCCGGGTTGGAAAAATTCTTCATTGACAGAAAAAAAAATGAAGGATCTGGATAGAACAAGTACAATTCGAAATCAAATAGAAAGAATCGCAAAAGAGAAAAAAAA{AG}{CG}TAACTCCAAGAATAAATAATCTTAGTCCTAACAAAACAAGTTCTAATGCTAAA---------AGATTCGAAAAATGGCAA---------ATATTAAAAAGAAGAAATGCTCAATTAATCTGTAAATTACCCCTTTTTTTGAAATTTTTCATTGAAAAAATATACACAAATATATTTTTATCTATCATTAATATCCCCAGAATAAATACAGAACTTTTTCTTCAATTAACAGAAAAA------------ATTATTGAT---------------AAA---TCCATTTACAATAATGAAAGAAAACAAGAAAGA------ATTAATAAAAAAAAGAAAACTCTAATTCCGTTTATTTCGACT------ATAAAAAAGCCGCTTGATAATATTAATAATATTAAA------GCAAATTCACATATTTTTTATGACTTATCCTACGTGTCACAAGCATATGTATTTTACAAATTATCACAAATCCAAGTTAGTTGCCCG------------------TTAAGATCTGTTGCT---CGCTATCAA------GGAATCCCCCTTTTTCTTAAGCCT---------------AAAATGAAAATAAAGGATTCTTTTAAAACACAAGGAATGGTTCATTCAAAATTAGCGGCTAAGAAACTTCCGAGTTATGAAATGAATCAGTGGAAAAACTGGTTAAGGAGCCGTTATCAATACCATTTATCTCAGATCAGATGGTCTAGATTAATACCAGAAAAATGG------CGAAATACAGTTCATCAG------CGTCGTATAGCTACAAAGAAAAATTCTAGCCAATGGCATTCATGT---------GAAAAAGACCAATTAATTAATTCCAAAAAACAAAAACAA---------TTTGAAGTATATTCATTATCTAATCCAAAAGATAATTTTCAAAAATACTATAGA---------TATGATTTTTTATCATATAAATTTCTTAATTATGAAAATAAAACGGAATGCTTTTTTTATAGATCCCCCTTTCAAGGAAATAAGAACCAAGAGATTTCTTAT------------AACACGCCC------AAAGAAACCCTTTTTGATATGCCGAGGAACATCCCTATTAAAAATGATCTAGGAAGAGTCAATATTCTATATATGGAAAAACCGGCCAATAGAAAATATTTTGATTGGAAAATTTTCAATTTTTATCTTAGACAAAAAGTCGATATT------GAGGCCTGGACCATAATAGATACCAATAGGAATCAA---AATACTCAAATTCGTACTAATAATTCTCACAAAATTTCTAAA------AAAGATCTT---------TTTTATCTT---ATGATTCCAGAAATCAATCCACCAAATCCCCACAAAGGGTTTTTTGAGCTAAAGCGCCCCATATCGAATCTGGAACTTTGGTTCTTCCCAGAATTTGTGTTACTTTATAAGGCATATAAAATGAAACCTTGGTTTATACCAAGCAAATTACTTCTTTTAAATTTAAGTAATGAAAATAAAAAGATCAATCAAAAGGAAAAAGGAAGTTTTTTGATAGCA------TCGAATAAA------AAGCACCGAAATCAA---GAAGAAAAAGAA---CCCACAAGCCGAGGAGATCGTGGATCCGTTCTCTCACAACAAAAAGATATTGAA---------------GAAAATTATGCAAGATCAGACATGAAAAAAGGGAAAAAGAAAAAACAATACAAAAGCAAC------ACGGAA---------GCAGAACTAGATTTCTTCCTGAAACGTTATTTGCTTTTTCAATTAAGATGGGATGAAACTTTGAATCAAAGAATGATCAATAATATCAAGGTATATTGTCTCCTGCTTAGACTGATAGATCCAAGAAAAATTACTATATCCTCGATTCAAAAGAGAGAAATGAGTTTGGATATAATGCTGATTCAGAAGAATTTAACTCTTTCAGAATTGATGAAGAAGGGAGTATTGATTCTAGAACCCATTCGTCTGTCTGGAAAAAAAGATGGGCAATTTATTATGTATCAAACCATAGGTATTTCGTTGATTCATAAGAGTAAGCATCAAACTAATCAAAAATACCAAGAGCAAAGAGATGTTGCTAAGAATAATTTTGATGAAACTATT---------------------TCACCACATCAAAGAATAACTGAAAATAGAGACAAAATTGATTTTGATTTACTTGTTCCTGAAAATATTTTATCGTTTAGACGTCGTAGAAAATTGAGAATTCTAATTTCTTTTAATTCA---------AAGAATAGAAATTATATAGAT------AAAAATCCAGTATTTTGGAACGGAAAGAACGTAAAAAACAGCAGCCAA---------GTTTCACATGACAATAACCGTCTTGATAGAGAGAAAAATCAATTAATGAAATTAAAGCTCTTTCTTTGGCCTAATTATCGATTAGAGGATTTAGCTTGTATGAATCGTTATTGGTTTGATACCAATAATGGAAGTCGTTTCAGTATGTTAAGGGTATATCTGTATCCACGATTGAAAATTTGCGGATAA----TACACTTTTT-CT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Pycnanthemum_virginianum 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Salvia_aristata 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Salvia_axillaris 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Salvia_officinalis 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Salvia_patens 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Satureja_thymbra 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Schizonepeta_multifida 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Thymbra_capitata 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; END; [ The following blocks are output data for analysis step 8650 ] BEGIN TREES; TITLE Mentheae_Chloro; LINK TAXA = TaxaForAnalysisStep8650; TREE TREE1 = [&R] (Lindernia_dubia:1.7831328562095055,(Phryma_leptostachya:1.750896107499719,(((((Lavandula_angustifolia:0.9527350549353788,((Isodon_dawoensis:0.6228645567720232,Hyptis_laniflora:0.6056711968609023):0.03031434558408974,(Plectranthus_cremnus:0.37709902472638257,Ocimum_basilicum:0.6116866862352373):0.02279598685722717):0.3182209485915317):0.12626367271696104,(Collinsonia_canadensis:0.4588157348436527,Elsholtzia_ciliata:1.3345020979795672):0.3864480576241798):0.017570924624062734,((((Melissa_axillaris:0.06391200115531481,Melissa_officinalis:0.05439921342905141):0.351300241645528,((Chaunostoma_mecistandrum:0.08802916112705339,(Neoeplingia_btd129:0.04829040370888338,Lepechinia_mexicana_Btd164:0.09074946303240206):0.05625195656163706):0.06498566439815012,(Lepechinia_calycina_btd197:0.12835014047106497,Lepechinia_lamiifolia_Btd178:0.18069183370985853):0.03174372425836558):0.08112762789327888):0.021935023093715644,(((Salvia_przewalskii:0.3724295931819096,(Zhumeria_majdae:0.31413364972670055,Salvia_aristata:0.5403086100469106):0.13235040735863746):0.01561544391193026,((((Salvia_patens:0.33333499377492265,Salvia_polystachia:0.3256343170452429):0.050277280506340505,Salvia_axillaris:0.4392466274094951):0.09566362551114604,(Salvia_greatae:0.11937444657591345,Salvia_mellifera:0.2152980287433035):0.05244143448223648):0.026840100463012884,(Meriandra_bengalensis:0.1150967785898086,Dorystaechas_hastata:0.16959063656322748):0.025901313344271815):0.10713054903431951):0.16666251987646263,((Salvia_sclarea:0.2753651666243091,Salvia_officinalis:0.13545016768813567):0.21579040428834206,(Perovskia_atriplicifolia:0.10960341873349244,Rosmarinus_officinalis:0.28159622103172466):0.016588145593366743):0.1663617287613468):0.05942773864152251):0.16487773075697,(((Lycopus_maackianus:0.11269467156874236,Lycopus_uniflorus:0.1216088718495022):0.3527012105830487,((Cedronella_canariensis:0.2362026696928864,(((Meehania_cordata:0.1270922916973669,(Meehania_urticifolia:0.0625456510618837,Glechoma_hederacea:0.06182831652814558):0.012951867336273293):0.1920844322084111,((Schizonepeta_multifida:0.29378513933609723,(((Dracocephalum_parviflorum:0.1690635378986854,Hyssopus_officinalis:0.40882316874839897):0.0160801370932544,Dracocephalum_bullatum:0.23145857683583332):0.01288776022155358,Lallemantia_canescens:0.5147372623584141):0.15266100084978962):0.26671520238997926,(Agastache_rugosa:0.08432258311081176,Agastache_pallida:0.04579142422010829):0.14628400065613512):0.026863381609411485):0.16384256770980876,((((Lophanthus_lipskyanus:0.07571600659786737,Marmoritis_complanatum:0.053111341949568236):0.012014166101005364,Hymenocrater_bituminosus:0.068397705425147):0.12299180076755956,Nepeta_cataria:0.31931350409725945):0.05865647159380083,Drepanocaryum_sewerzowii:0.4981589883742993):0.3607374893227039):0.06111710087087574):0.09420431362913151,((((Acinos_arvensis:0.09569685334164646,Ziziphora_clinopodioides:0.09979731228256905):0.2693601693051252,((Bystropogon_origanifolius:0.12031111929686644,(((((((((Clinopodium_ashei:0.018796525782851847,Conradina_grandiflora:0.021336455310653535):0.03009972645750003,Dicerandra_christmanii:0.1087326625877747):0.0044669763146023556,Monarda_citriodora:0.10940736711589072):0.002162658005005036,(Blephilia_hirsuta:0.0697980672498425,Pycnanthemum_virginianum:0.038421749722139076):0.0028352639379313205):0.01894923840139895,Cunila_origanoides:0.031837602874661086):0.004900856699107892,(((Hedeoma_costata:0.018494412992843268,(Cunila_lythrifolia:0.015419536320013028,Cunila_pycnantha:0.009458151291650951):0.023509915284616212):0.017020244446025012,Poliomintha_incana:0.10303878679175105):0.003506089446053018,(Clinopodium_arkansanum:0.1316706134005794,Rhododon_ciliatus:0.12902012107469507):0.007681962075867355):0.008003367265790429):0.015486352552973703,((((Cunila_microcephala:0.04505778775692981,(Glechon_marifolia:0.02890579309020358,Glechon_thymoides:0.0273562444362504):0.023747196680146576):0.016163040271386597,((Rhabdocaulon_erythrostachys:0.047145824566805605,Hoehnea_epilobioides:0.04232934898015961):0.010992555954393413,((Cunila_incana:0.02871546311330353,Rhabdocaulon_strictus:0.044264102515628845):0.012941138174294764,Hesperozygis_rhododon:0.0417840835853055):0.002318705716077063):0.003714529758403584):0.011846687201028994,Hedeoma_multiflora:0.06656352502179719):0.00621326395946431,(Cuminia_fernandezia:0.061529480816889026,Kurzamra_pulchella:0.04155419436119134):0.01674008918422809):0.0029742886141295166):0.010797366106966688,((((Clinopodium_taxifolium:0.02321119495720214,Minthostachys_sp._349:0.026377636507688318):0.007051052929038737,Minthostachys_sp._345:0.03666747251981661):0.03022065122390738,Clinopodium_douglasii:0.058860688167397424):-0.0012517843862356326,(Clinopodium_macrostemum:0.0477580190164143,Hedeoma_piperitum:0.044166726886349705):0.027087701220744664):0.008510636390412607):0.0026888455236812048,(Pogogyne_douglasii:0.3057552225821934,(Monardella_villosa:0.0931611216419872,(Acanthomintha_lanceolata:0.09255871804200688,Acanthomintha_duttonii:0.10248278030446889):0.012904395099007093):0.02078376612746191):0.01457995079342933):0.03917045085471427):0.0166820977557377,(((Micromeria_dalmatica:0.003626562292340707,Micromeria_thymifolia:0.004485310729998471):0.02444434137291307,(Clinopodium_vulgare_Riina_1579:0.0016263647402979808,Clinopodium_vulgare:0.0016490561063011722):0.01341106636027245):0.036611569002432454,Clinopodium_gracile:0.056383958887862407):0.06196972431647674):0.0838475431438046):0.0574964563553636,(Cyclotrichium_stamineum:0.22248048504974327,(Mentha_arvensis:0.12104235444458977,(Mentha_pulegium:0.17877085613528454,(Mentha_microphylla_Riina_1575:0.02954508244043974,Mentha_spicata:0.017159859339446082):0.0683366560941917):0.013058922712140597):0.0566931815448074):0.16973208527660055):0.027310811104224397,(((Micromeria_lanata:0.07511626459076037,Micromeria_juliana:0.07220631459413607):0.29798562600595235,(Zataria_multiflora:0.3158074091514944,(((Thymus_serpyllum:0.056966655473307815,Thymus_pulegioides_Riina_1577:0.05386568912471745):0.1476921872120336,Origanum_vulgare:0.10030654867265443):0.1339703127608134,Thymbra_capitata:0.20596260472513928):0.07056416079270444):0.008625981056990195):0.018642697803102015,(Satureja_montana:0.09254026811301419,Satureja_thymbra:0.13364485805767967):0.1096238733926832):0.012559915086000517):0.28606283241108654):0.04843643912239037):0.012342125454066766,(Horminum_pyrenaicum:0.29511703116256616,(Cleonia_lusitanica:0.6232775678228528,Prunella_vulgaris:0.5532931605165196):0.2796952167173129):0.11734489330757003):0.07934583038394494):0.3587315545727594):0.7570552872608123,(((Gmelina_arborea:0.6665861298629494,Caryopteris_incana:1.4407587686569197):0.02941074091688467,Lamium_maculatum:2.2542010949333497):0.07127007377321348,(Congea_griffithiana:0.9520073510924887,Pseudocarpidium_wrightii:0.5210631140860345):0.16631300608548472):0.03094556765812939):0.03494277699362813,(Prostanthera_incisa:1.5248400650276728,(Callicarpa_japonica:0.01613191532398739,Callicarpa_pedunculata:0.02244074884474001):0.3366631950625876):0.07912387721715719):0.3439038121915483):0.11059301320182513); [! TreeBASE tree URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/tree/TB2:Tr50999] END;