#NEXUS [!This data set was downloaded from TreeBASE, a relational database of phylogenetic knowledge. TreeBASE has been supported by the NSF, Harvard University, Yale University, SDSC and UC Davis. Please do not remove this acknowledgment from the Nexus file. Generated on September 19, 2025; 17:06 GMT TreeBASE (cc) 1994-2008 Study reference: Flook P., Klee S., & Rowell C. 1999. Combined molecular phylogenetic analysis of the Orthoptera (Arthropoda, Insecta) and implications for their higher systematics. Systematic Biology, 48(2): 233-253. TreeBASE Study URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/study/TB2:S602] [ The following blocks are input data for analysis step 883 ] BEGIN TAXA; TITLE TaxaForAnalysisStep883; DIMENSIONS NTAX=35; TAXLABELS Acheta_domesticus Acrida_turrita Agathemera_crassa Batrachideidae_sp. Batrachotetrix_sp. Bullacris_membracioides Ceuthophilus_carlsbadensis Comicus_campestris Cylindraustralia_kochii Cyphoderris_monstrosus Euschmidtia_cruciformis Glauia_terrea Gomphocerippus_rufus Gromphodorhina_portentosa Grylloblatta_rothi Gryllus_campestris Hemideina_crassidens Homeomastax_dentata Neotridactylus_australis Oedipoda_coerulescens Paratettix_cucullatus Phyllium_bioculatum Physemacris_variolosa Pneumora_inanis Prosarthria_teretrirostris Prosphena_scudderi Pyrgomorpha_conica Rhainopomma_montanum Ruspolia_nitidula Stiphra_robusta Systella_rafflesi Systella_sp. Tanaocerus_koebeli Tettigonia_viridissima Xyronotus_aztecus ; END; BEGIN CHARACTERS; [! TreeBASE Matrix URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/matrix/TB2:M2679] TITLE 12S; LINK TAXA = TaxaForAnalysisStep883; DIMENSIONS NCHAR=393; FORMAT DATATYPE=DNA SYMBOLS= "A C G T" MISSING=? GAP= -; MATRIX [ 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 230 240 250 260 270 280 290 300 310 320 330 340 350 360 370 380 390 ] [ . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ] Acheta_domesticus ????????????????TTGAAATTTAAAGAATTTGGCGGTGTTTTA-GTCCTTTCAGAGGAATCTGTTCTGTAATT-GATAATACACGATTTATGTGACTTGATTTTGT----TATCA-GTTTATATACCGCCGTCAGTAAGATTATCTTGTGGAGAG-TATTA--AATTTCGTTAT-ATTTTATT-TTATATT--------------------------ATGTCAGGTCAAGGTGTAGCTAATAGTTAAGT-AGAAATGG-ATTACA-ATAAAAATA---TTTAT------ATGGATAATA---GTTTGAATAAGT-----TATT-TGAAAGTGGATTTGATTGTAAATTTGGTATAGATTGGCTAATTGATTA--GGGCTCTAGAATGTGT Acrida_turrita AATATTAGTTATGTTCTTTAAACCCAAAGAATTTGGCGGTATCTTA-TTCCATTTAGAGGAACCTGTCCCGTAATT-GATAGTACACGATTAACTTTACTTAATT--------TATTT-ATTTGTATATCTCCGTTAT-CAGAAAATCTTTTT-AAAG-TTATA--ATTTTCTATAT-TTATGATT-TTAATTT--------------------------ATTTCAGGTCAAGGTGCAGTTTTTAATTAAGT-GGAGATGG-GTTACA-ATATATTTTTT-TATAT-----TATGGATTTAAT---TTT-GGAATTT----TTTAA-TGAAGGTGGATTTAATAGTAATTTAATTTATTTAATTTAAGTGATATT---GGCTCTTGGGTGTGT Agathemera_crassa AGTAATAGTTATTTTCTTTAAACTCAAAGAATTTGGCGGTGCTTTA-GTCTATTTAGAGGAATTTGTCCCGTAATC-GATAGTCCTCGTTATATCTTTCTTGGTTTCGTTT--AATCA-GTATGTATATCGCCGTTAT-AAGTTTATTTTTTT-AGAA-TT-AAAAATTTACTTTAA-AATTTATT-TATTTAT--------------------------ATTTCAGGTCAAGGTGCAGCTTATAACTAAGT-GGAGATGA-ATTACA-ATATTATCTT--AATAT------ATGGATTATA--TTTTTAAAATT-------TATA-TGAAGGTGGATTTAATGGTAATTTTAATAATAATAGTATTTTGATTA---TAGCTCTAAGGCGAGT Batrachideidae_sp. AGGGTAGTATTTTATATTGAAACCCAAAGAATTTGGCGGCTTTCTT--TCCTTTTAGAGGAACCTGCTCATTAAAT-GATATTACACGATATTCTCTACTGATTT--------TATTT-GTTTGTGTATTTCCGTTAT-CAGTATATTTATTG-ATGA-T------ATTTTCTTAAT-TTTTAATT-AAACTTT--------------------------ATTTCAGGTCAAGGTGCAGCTTATAAATCAGTTTGTAGTGG-GTTACA-ATATTATAAAA-ATAT-------ATGGATATT-----ATTATAATTTTT-----AAT-TGAAGGTGGATTTAATAGTAAATCTTGTTTTTATTCAAGGTTGAATT----GGTTCAAGTTTGTGT Batrachotetrix_sp. 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?????TTTCTTGAATTGATAAACTCAAAGAATTTGGCGGTGTTTTA-GTCTA-TTAGAGGAATCTGTTCCGTGATC-GATAATTCACGAATTATGCTACTTGGTTTTGTAATATATCA-GTTTGTATACCGCCGTCAT-CAGATTATCCTTT--CAGG-GT-TG--ATTTTCTTGAA-ATTTAATT-GTATTGT--------------------------ATGTCAGGTCAAGGTGCAGCTAATGATTAAGT-GGAAATGG-GTTACA-ATAAAGTTA---TTTAT------ACGGATTTTGG---TGTGAAAGA------CTTAT-TGAAGGTGGATTTAATAGTAAAGTTGTTTTGTTAATATAT?????????????????????????? Homeomastax_dentata ???????GATAAGAACTTTAAACTCAAAGGATTTGGCGGTGTTATA----TTTTTAGAGGAACCTGTTCTATAAAC-GATAATTCACGATTATTCTAACTTTAT---------TTTA--GTTTGTATATCTCCGTTAA-CAGAAGATTTAAGA-AGAA-TAAAA--ATTTTCTAAAA-TTTTATTA-AAATTTT--------------------------ATTTCAGGTCAAGGTGCAGCTCATATTAAAGA-AGAAATGG-GTTACA-ATAAATTTATT-TTTGA------ATATAAACTT-----ATAAAGT--------TTAT-TGAAATTGGATTTAATAGTAATTATGAGTATATATTTATTCTGAATTT----ATAAACTAACATGT Neotridactylus_australis ??????TAGTTAAATCTTAAAACCCAAAGGATTTGGCGGTATTTTA--TCTGTTTAGAGGAACCTGTTCCGTAATT-AATAATACATGATGAACTTTACTTTATC--------TTAGG-GTTTGTATATCGCCGTTAT-CAGAATATTTTTCG-AGAA-AATTA--AAATTCATTAA-ATTATTGA-AAATTTT--------------------------AGTTCAGGTCAAGGTGCAGCTCATGATAAAGT-GGAAATGG-GTTACA-TTTAAAAAAA--TTAAT------ATGAATAAAAA---TATGAAATAAT----AATTT-TGAAGGTGGATTTAAAAGTAAAAAATTAAATAATAAAATATTTGATAT--AAGTTCTAAAATATGT Oedipoda_coerulescens ACTAATAGTTAAGTTCTTTAAACCCAAAGAATTTGGCGGTATTTCA-TTCCGTTCAGAGGAACCTATCTTGTAATT-GATAGTACACGATTTACTTTACTTAATT--------TATTT-GTTTGTATATCTCCGTTAT-CAGAAAATCTTTTT-GGAG-TTATA--ATTTTCTTGTT-TTTTTATT-GAGAATT--------------------------ATTTCAGGTCAAGGTGCAGCTTATAATTAAGTTTTTGACGG-GTTACA-ATAATTTTTT--ATTAT------ATGGATTTTTT---TTT-GTAATAT----ATTAA-TGAAGGTGGATTTGAAGGTAATTTGATTTATTTAATT????????????????????????????? Paratettix_cucullatus ?????????????TTTTTGAAACCTAAAGAATTTGGCGGCATTATA--TCTTTTTAGAGGAACCTGTTCTTTAAAT-GATGTTACACGATTGGCTTTACTAAAAA--------TATTT-GTTTGTATATTTCCGTTAT-AAGAATATTTAATG-ATAA-T------ATTTTCTTGTT-TTTTTATA-AAAATAT--------------------------ATTTCAGGTCAAGGTGCAGCTTATTTTTTAGTAAGAAATGG-GTTACA-ATAATTGAAT--TTAT-------ATGGATATT-----TTTATTAAATTTTG---AAT-TGAAGGTGGATTTATTAGTAAGTTTTAATAATTATTATTTCTGAATT----AGTTCTATTTTGTGT Phyllium_bioculatum TATTAGTTATTTTCTTTTAAAACCTAAAGATTTTGGCGGTATTTTA-GTCTTTTCAGAGGAATTTGCCCCTTAATC-GATAGTCCTCGTTTTATCTAGCTTTAT-TTGTA------TG-GTATGTATACCGCCGTTAT-AAGATTATTTTATT-AGAA-TT--A--ATTTTCTTTAT-TCATTATT-GTGATTT--------------------------ATTTCAGGTCAAGGTGCAGCTTATAATTAAGTTTAAGGTGA-ATTACA-ATATTATTTG--AGTAT------ACGGATTTTA--TTTTTAAAATAT-------TAA-TTAAGGTGGATTTGATAGTAATTTTA???????????????????????????????????????? Physemacris_variolosa ACTGTTAGTTAAGTTCTTTAAACCCAAAGAATTTGGCGGTATCTCA-TTCCATTCAGAGGAACCTACCCCGTAATT-GATAGTACACGATTAACTTTACTTAATT--------TATTT-GTTTGTATATCTCCGTTAT-CAGAAAATCTTTTT-AGAG-TTATA--ATTTTCTTGAT-TTATAATT-ATAAAAT--------------------------ATTTCAGGTCAAGGTGCAGCTTATAATTAAGA-GGAGGTGG-GTTACA-ATAGATTTTT--GTTTA----TTACGAATTTGATG-GTGAAAAACTT------TCAA-TGAAGGTGGATTTGATAGTAATTTAATTTAGTTAATTTAATTGATATT---GGCTCTGAGGTGTGT Pneumora_inanis TATTAATAGATAAATCTTTAAACTTAAAGAATTTGGCGGTATCTTA-TTCTTTTCAGAGGAACCTGCCCCTTAATC-GATAGTTCACGATTTATTCAACTTTTCT--------TATTT-GTTTGTATATCTCCGTTAT-CAGAATATCTTTTT-AGAG-TTTAA--ATTTTCATTTT-TTTTGATT-ATAAGTT--------------------------ATTTCAGGTCAAGGTGCAGTTTATAGTTAAGT-GGAGGTGG-GTTACA-ATAATTTTTT--ATTAT----TTACGGGTTTGG----GTTGAAAGTTATT---ATTA-TTAAGGTGGATTTGATAGTAATTTGATTTATTTAGATCAATTGATATT---GGTTCTAGGGTGTGT Prosarthria_teretrirostris AGTATTAGTTATGTTCTTTAAACTCAAAGGATTTGACGGTACTTTA-TTCTTTTTAGAGGAACCTGCCTTATAATT-GATAATTCACGATTTGATTTACTTTGTT--------TATTT-GTTTGTATACCTCCGTTAT-CAGAGAGTCTTCTT-AGAG-ATTAA--ATTTTCTTTAA-TTTTTATT-TGGTTTC--------------------------ATTTCAGGTCAAGGTGCAGCTTATAATAATGT-AGAGGTGG-GTTACA-ATATAATTTAT-TTATA----TTATGGATTCCA----TTTTTGATACT-----TGGA-TGAAGGTGGATTTAAAAGTAATTTTATTTGATTATTCTATTTTGAATGT--AGTTCTAGAGTGTGT Prosphena_scudderi ????????TTAAGTTCTTTAAATCTAAAGAATTTGGCGGCATTTTA-TTCCATTCAGAGGAACCTATCCCATAATT-GATAATTCACGATTTGATTGACTTAATT--------TTATT-GTTTGTATATCTCCGTTAT-CAGAAAATCTTTTT-AGAG-TTTTATAATTTTCAAAAT-TTTAAATT-AAAGATA--------------------------ATTTCAGGTCAAGGTGCAGCT-ATAATTAAGA-GGAGGTGG-GTTACA-ATAATTTAAG--ATT-T------GCGGTTTTGT---AAATATAAATTT-----TTAA-TTAAGTTGGATTTGATAGTAATTTGATTAACATTATTCATTTGATATG---GG????????????? Pyrgomorpha_conica ACTAATAGTTAAGTTCTTTAAATCCAAAGAATTTGGCGGCATCTCA-TTCTATTCAGAGGAACCTACCCCATGATT-GATAATACACGATTAGTATTACTTAATT--------TTT---GTTTGTATATCTCCGTTAT-CAGGTAATCTTTTT-AGAG-TTATAAAATTTTCTTGAT-CCTTAATT-AAGGGTT--------------------------ATTTCAGGTCAAGGTGCAGCT-ATAATTAAGA-GGAGGCGG-GTTACA-ATAAATTTGA--TTT-T-----TACGGTTTTGA--TTATGAAAATTT------TTAA-TTAAGTTGGATTTGATAGTAATTTGTTTAACATTATATATTTGATATT---AGCTCTGGGATGTGT Rhainopomma_montanum AGTATTAGTTTTAATCTTTAAACCCAAAGAATTTGGCGGTACCTTA-TTCCATTCAGAGGAATCTACCCCATGATT-GATAGTGCACGATTAACTTTACTTAATT----------TTT-GTTTATATATCTCCGTTAT-CAGAAGATCTTTTT-AGAG-TTTAT--ATTTTCGGGAC-TTTTAATT-AAAAAGT--------------------------ATTTCAGGTCAAGGTGTAACATATAATTAAGA-GGAGGTGG-ATTACA-ATAAATTTTAA-TTTAT-----TACGGATTTTA----TAATGAAGTTTTT----AAA-TTAAGGTGGATTTGATAGTAATTTAAATTATTATATTTTTTTGATATT---GGCTCTAAGGTGTGT Ruspolia_nitidula AGTAAGAGTTAAGTTCTTGAAACTCAAAGAATTTGGCGGTGTTTTA-GTCTTTTCAGAGGAATCTGTCCTATAATG-GATAATACACATTAAATTTAACTTGATTTTGTAAT-AGCCA-GTTTGTATACCGCCGTCAT-AAGATTATCTTTTT-AGAG-AAAGA--ATTTTCTGGAT-TTCTGGAA-GAAAAAATTCATGAATAATGAATGGAGGATTGTATGTCAGGTCAAGGTGCAGCTCATAATTAAGTAAGAGATGG-ATTACA-ATAAATTAA---TTTAT------ATGGATAGTAT---GTTGAAATAC-----GTATT-TGAAGGTGGATTTGAAAGTAATATGGTTATATTATGATAATATGATTA--TAGCCCTAAAACATGT Stiphra_robusta ????????????GTTCTTGAAACTCAAAGAATTTGACGGTATCTTA-TCTTATTCAGAGGAACTTGTCCTTTAATT-GATGATTCACGATTGACTTAACTTTAAT--------TATTT-GTTTGTATACCTCCGTTAT-CAGAATATCTTTTT-AGAG-TAATG--AATTTCTTTAT-ATTTGATT-GAATAAT--------------------------ATTTCAGGTCAAGGTGCAGTTAATATTAAAGT-AGAGATGA-GTTACA-ATGAAATTAAT-TTATA------ATGGATTCTA---TTACTAATTTT------TAGA-TGAAGGTGGATTTGATTGTAATTGGGATTAAATTATCTAAGTGAATTT---AGCTCTGGGGTGTGT Systella_rafflesi ATTAATAGTTATGTTCTTTAAACTTAAAGAATTTGACGGTATCTTATATCTATTCAGAGGAACCTGTCCTTTAATT-GATAATTCACGATTAATCTTACTTTATT--------TAATT-ATTTGTATATCTCCGTAAT-TAGAAAATCTTTTT-AGAG-TTTAA--ATTTTCATTTA-TTTTTATT-AAAATTT--------------------------ATTTCAGGTCAAGGTGCAGTTTATGATAAAGT-TAGGGTGG-GTTACA-ATAAATTTAT--TTT-T----ATTACGTCTTT--TTTGATGAATATTA-----TTTT-TAAAGGTGGATTTGATTGTAATTTAATTAATTTAAATTAATTGATTTT---AGCTCTGGGGTGTGT Systella_sp. 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TreeBASE Matrix URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/matrix/TB2:M2748] TITLE 16S; LINK TAXA = TaxaForAnalysisStep883; DIMENSIONS NCHAR=558; FORMAT DATATYPE=DNA SYMBOLS= "A C G T" MISSING=? 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Batrachideidae_sp. ?????????????????????????????????????????????????????TGAAGAGCCGCGGTAATTTGACCGTGCAAAGGT-AGCATAATAATTAGTTTATTAATTGTAAACTTGTATGAATGGTTTGACGAGGTTAATGCTGTCTCTATTTTATTT---ATATAATTTAACTTTTTAGTTAAAAGGCTAAGA-TTTTATTTTGGGACGATAAGACCCTTTAGAGCTTT-ATTT-TT-----ATTT--------CTTTATA--TATTTTTGGAA----ATTTTTTA--TTTATTGTTTAATA---AAATTTTGTT-GGGGTGATGTGAATAATT-AATAAACTTTTCATTTATTTTT---CATTGATTTATGTATTTT----TTGATCCATTATTA--TTGATTTTAAGATTAAGTTACCTTAGGGATAACAGCGTAATTATTTTT-GAGAGTTCATATTGACAAAATAGATTGCAACCTCCATGTTGGATTAATATTAATTTTTCGGTGTAACTGCTGATTAGTATTTGGTCTGTTCGACCATTAAATTCTT Batrachotetrix_sp. 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Cyphoderris_monstrosus ??????????????????????GTCTGGCCTGCCCACTGAATCTAA-----TTTGAAGGGCCGCGGTATTTTGACCGTGCAAAGGT-AGCATAATCATTAGTCTTTTAATTGAAGGCTGGAATGAATGGTTTAACGAGGTATTAACTGTCTCATACTAATTT---ATGGAATTTAACTTTTGAGTTAAAAGGCTTAAA-TTTTGTTATAGGACGAGAAGACCCTATAGAGCTTA-AAGT-TTAG---ATTT--------AATTTTCTTTTGGGTG--------TTTATTAA--ATTTATGAGTATA----AATTTTAGTT-GGGGTGACGTAAAGATTA-ATATAACTCTTTTTATATTTAAA--CATTAATTTATGGTTTA-----TTGATCCATCAATG--GTGATTAAAAGATAAAGTTACCTTAGGGATAACAGCGTAATGTTTTTT-GAGAGTTCTTATCGACGAAAAAGATTGCGACCTCGATGTTGGATTAAGGTATATAATTGGGTGTAGAAGTT--AA??????????????????????????????? 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Systella_rafflesi CTTTTAGATATAATAATTAAAGGTCGTGCCTGCTCACTGATTAATAG----ATTTAAGGGCCGCAGTAATTTGACTGTGCAAAGGT-AGCATAATCAATAGTTTTTTAATTGGAAACTGGGATGAATGGTTTGACGAAAAATTAACTGTCTCTTAATAATAT---TTAGAATTTAACTTTTAAGTTAAAAGGCTTAAAATTTTTCTTTAGGACGAGAAGACCCTATAGAGCTTG-AT----------ATTTTT------TATATAATTTTGTTTTTACTTTT--ATTTTT------ATATTAAAAAA---ATATTTTGTT-GGGGTGATATAAAGGATA-TTTAAACTCTTTATTATTTATT---CATTGATTAATGTTTTT-----TTGATCTAAAATTT--TTGATTATAAGATTAAGTTACCTTAGGGATAACAGCGTAATTATTTTT-GAGAGTTCATATTGACAAAGTAGTTTGCGACCTCGATGTTGGATTAAGATTAATATTTGGTGTAGAGGCTA---AAAAATTAGGTCTGTTCGACCTTTAAATTCTT Systella_sp. 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Xyronotus_aztecus GTCTTTTTGATAATAATTTAAAGTCTGACCTGCTCACTGATGTTA------ATTAAAGAGCCGCGGTAATTTGACCGTGCAAAGGT-AGCATAATCATTAGTCTTTTAATTGAAGACTGGAATGAATGGTTTGACGAGGAATTAACTGTCTCTGTATAAAAT---ATATAATTTAACATTTAAGTTAAAAGGCTTAAA-TTTATCTCAAGGACGAGAAGACCCTATAGAGCTTA-ATATATTTTTTTATATT-------TGTATATGATAGTTTTGAAAT----ATATTTT-----------AT-A-TT-ATATTTTGTT-GGGGTGACATAAGGAATA-AATAAACTCTTTATTATTAAAT---CATTAATTTATGTTTAA-----TTGATCCAAAATTT--TTGATCATAAGATTAAGTTACCTTAGGGATAACAGCGTAATTGTTTTT-GAGAGTTCTTATCTACAAAGCAGATTGCGACCTCGATGTTGGATTAAGAAAAATTTT-TGGTGTAGAAGTCA-AAAT-ATTAGGTCTGTTCGACCTTTAAATTCTT ; END; BEGIN CODONS; CODONPOSSET * CodonPositions (CHARACTERS = 16S) = N: 1-558; CODONPOSSET CodonPositions (CHARACTERS = 16S) = N: 1-558; END; [ The following blocks are output data for analysis step 883 ] BEGIN TREES; TITLE Tb5660; LINK TAXA = TaxaForAnalysisStep883; TREE Fig._1a_12S_16S = [&R] (((((((((((((Acrida_turrita,Gomphocerippus_rufus),(Glauia_terrea,Batrachotetrix_sp.)),Rhainopomma_montanum),Oedipoda_coerulescens),(Physemacris_variolosa,(Bullacris_membracioides,Pneumora_inanis))),(Xyronotus_aztecus,(Systella_rafflesi,Systella_sp.))),(Prosphena_scudderi,Pyrgomorpha_conica),(Tanaocerus_koebeli,Euschmidtia_cruciformis)),(Stiphra_robusta,Prosarthria_teretrirostris)),((Homeomastax_dentata,(Neotridactylus_australis,Cylindraustralia_kochii)),(Batrachideidae_sp.,Paratettix_cucullatus))),(((Tettigonia_viridissima,Ruspolia_nitidula),(Hemideina_crassidens,(Comicus_campestris,Ceuthophilus_carlsbadensis))),Cyphoderris_monstrosus)),(Agathemera_crassa,Phyllium_bioculatum)),Grylloblatta_rothi),Gromphodorhina_portentosa); [! TreeBASE tree URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/tree/TB2:Tr3563] END;