#NEXUS
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TreeBASE (cc) 1994-2008

Study reference:
Van poucke K., Franceschini S., Webber J.F., Vercauteren A., Judith T., Mccracken
A.R., Heungens K., & Brasier C. 2012. Discovery of a fourth evolutionary lineage
of Phytophthora ramorum: EU2. Fungal Biology, 116(11): 1178-1191.

TreeBASE Study URI:  http://purl.org/phylo/treebase/phylows/study/TB2:S12540]

[ The following blocks are input data for analysis step 8871 ]
BEGIN TAXA;
        TITLE  TaxaForAnalysisStep8871;
        DIMENSIONS NTAX=6;
        TAXLABELS
            Phytophthora_hibernalis
            Phytophthora_lateralis
            Phytophthora_ramorum_EU1
            Phytophthora_ramorum_EU2
            Phytophthora_ramorum_NA1
            Phytophthora_ramorum_NA2
            ;
END;

BEGIN CHARACTERS;
[! TreeBASE Matrix URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/matrix/TB2:M14326]

	TITLE alignment_Cox1;
	LINK TAXA = TaxaForAnalysisStep8871;
	DIMENSIONS NCHAR=425;
	FORMAT DATATYPE=DNA SYMBOLS= "A C G T" MISSING=? GAP= -;

MATRIX
[                                    10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220       230       240       250       260       270       280       290       300       310       320       330       340       350       360       370       380       390       400       410       420     ]
[                                     .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .     ]
Phytophthora_hibernalis      TAGATACTCGAGCTTATTTTTCTGCAGCTACTATGATTATAGCGGTACCTACCGGTATTAAAATTTTTAGTTGGTTAGCTACTTTATGGGGCGGTTCATTAAAATTTGAAACACCTTTATTATTTACTTTAGGTTTTATTTTATTATTTGTTATGGGTGGTGTAACTGGTGTGGTTATGTCTAATTCGGGTTTAGATATTGCATTACACGATACTTATTATATTGTAGGACATTTCCATTATGTATTATCTATGGGTGCTGTTTTTGGTATTTTTACAGGATTTTATTTTTGGATTGGAAAAATATCTGGACGTAGATATCCTGAGATTTTAGGCCAAATTCATTTTTGGTTATTCTTTATTGGAGTAAATGTAACTTTTTTTCCTATGCATTTTTTAGGTTTAGCAGGTATGCCTAGAAGAATT
Phytophthora_lateralis       TAGATACTCGAGCTTATTTTTCTGCAGCAACTATGATTATTGCGGTACCTACAGGTATTAAAATCTTTAGTTGGTTAGCAACTTTATGGGGAGGTTCTTTAAAATTTGAAACACCTTTATTATTTACATTAGGTTTTATTTTATTATTCGTTATGGGTGGTGTAACTGGTGTAGCTATGTCTAATTCTGGTTTAGATATTGCATTACATGATACTTATTATATTGTAGGACACTTTCATTATGTATTATCTATGGGAGCTGTTTTTGGTATTTTTACTGGACTTTATTTTTGGATTGGAAAAATATCTGGTCGTAGATATCCTGAAATTTTGGGTCAAATTCATTTTTGGTTATTCTTTATTGGGGTAAATGTAACTTTTTTTCCAATGCACTTTTTAGGTTTAGCTGGTATGCCTAGAAGAATT
Phytophthora_ramorum_EU1     TAGATACTAGAGCTTATTTTTCTGCAGCTACTATGATTATTGCTGTACCTACAGGTATTAAAATTTTTAGTTGGTTAGCTACTTTATGGGGTGGTTCATTAAAATTTGAAACACCTTTATTATTTACCTTAGGTTTTATTTTATTATTTGTTATGGGTGGAGTAACAGGTGTGGCTATGTCTAATTCAGGTTTAGATATTGCATTACATGATACTTATTATATTGTAGGACATTTCCATTATGTATTATCTATGGGTGCTGTATTTGGTATCTTTACTGGATTTTATTTTTGGATTGGAAAAATATCTGGTCGTAGATATCCTGAAATTTTAGGTCAAATCCATTTTTGGTTATTTTTTATTGGGGTAAATGTAACTTTTTTTCCTATGCATTTTTTAGGTTTAGCTGGTATGCCTAGAAGAATT
Phytophthora_ramorum_EU2     TAGATACTCGAGCTTATTTTTCTGCAGCTACTATGATTATTGCTGTACCTACAGGTATTAAAATTTTTAGTTGGTTAGCTACTTTATGGGGTGGTTCATTAAAATTTGAAACACCTTTATTATTTACCTTAGGTTTTATTTTATTATTTGTTATGGGTGGAGTAACTGGTGTGGCTATGTCTAATTCAGGTTTAGATATTGCATTACATGATACTTATTATATTGTAGGACATTTTCATTATGTATTATCTATGGGTGCTGTATTTGGTATCTTTACTGGATTTTATTTTTGGATTGGAAAAATATCTGGTCGTAGATATCCTGAAATTTTAGGTCAAATTCATTTTTGGTTATTTTTTATTGGGGTAAATGTAACTTTTTTTCCTATGCATTTTTTAGGTCTAGCTGGTATGCCTAGAAGAATT
Phytophthora_ramorum_NA1     TAGATACTAGAGCTTATTTTTCTGCAGCTACTATGATTATTGCTGTACCTACAGGTATTAAAATTTTTAGTTGGTTAGCTACTTTATGGGGTGGTTCATTAAAATTTGAAACACCTTTATTATTTACCTTAGGTTTTATTTTATTATTTGTTATGGGTGGAGTAACAGGTGTGGCTATGTCTAATTCAGGTTTAGATATTGCATTACATGATACTTATTATATTGTAGGACATTTCCATTATGTATTATCTATGGGTGCTGTATTTGGTATCTTTACTGGATTTTATTTTTGGATTGGAAAAATATCTGGTCGTAGATATCCTGAAATTTTAGGTCAAATTCATTTTTGGTTATTTTTTATTGGGGTAAATGTAACTTTTTTTCCTATGCATTTTTTAGGTTTAGCTGGTATGCCTAGAAGAATT
Phytophthora_ramorum_NA2     TAGATACTCGAGCTTATTTTTCTGCAGCTACTATGATTATTGCTGTACCTACAGGTATTAAAATTTTTAGTTGGTTAGCTACCTTATGGGGTGGTTCATTAAAATTTGAAACACCTTTATTATTTACCTTAGGTTTTATTTTATTATTTGTTATGGGTGGAGTAACAGGTGTGGCTATGTCTAATTCAGGTTTAGATATTGCATTACATGATACTTATTATATTGTAGGACATTTCCATTATGTATTATCTATGGGTGCTGTATTTGGTATCTTTACTGGATTTTATTTTTGGATTGGAAAAATATCTGGTCGTAGATATCCTGAAATTTTAGGTCAAATTCATTTTTGGTTATTCTTTATTGGGGTAAATGTAACTTTTTTTCCTATGCATTTTTTAGGTCTAGCTGGTATGCCTAGAAGAATT
;
END;

[ The following blocks are output data for analysis step 8871 ]
BEGIN TREES;
      TITLE Cox1;
      LINK TAXA = TaxaForAnalysisStep8871;
      TREE Fig._2_Cox1 = [&R] ((((Phytophthora_ramorum_EU1:0.00262307,Phytophthora_ramorum_NA1:0.0)0.8940:0.0065639,Phytophthora_ramorum_NA2:0.003889)0.5750:0.00349728,Phytophthora_ramorum_EU2:0.00293028)0.8070:0.01830041,Phytophthora_hibernalis:0.04332709,Phytophthora_lateralis:0.0538494);
[!  TreeBASE tree URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/tree/TB2:Tr57181]


END;