#NEXUS
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TreeBASE (cc) 1994-2008

Study reference:
Van poucke K., Franceschini S., Webber J.F., Vercauteren A., Judith T., Mccracken
A.R., Heungens K., & Brasier C. 2012. Discovery of a fourth evolutionary lineage
of Phytophthora ramorum: EU2. Fungal Biology, 116(11): 1178-1191.

TreeBASE Study URI:  http://purl.org/phylo/treebase/phylows/study/TB2:S12540]

[ The following blocks are input data for analysis step 8874 ]
BEGIN TAXA;
        TITLE  TaxaForAnalysisStep8874;
        DIMENSIONS NTAX=5;
        TAXLABELS
            Phytophthora_hibernalis
            Phytophthora_ramorum_EU1
            Phytophthora_ramorum_EU2
            Phytophthora_ramorum_NA1
            Phytophthora_ramorum_NA2
            ;
END;

BEGIN CHARACTERS;
[! TreeBASE Matrix URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/matrix/TB2:M14329]

	TITLE alignment_Prv9;
	LINK TAXA = TaxaForAnalysisStep8874;
	DIMENSIONS NCHAR=518;
	FORMAT DATATYPE=DNA SYMBOLS= "A C G T" MISSING=? GAP= -;

MATRIX
[                                    10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220       230       240       250       260       270       280       290       300       310       320       330       340       350       360       370       380       390       400       410       420       430       440       450       460       470       480       490       500       510        ]
[                                     .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .        ]
Phytophthora_hibernalis      AGCAAAACCTGCAATAACTTTTAATAAGGTATGACCTGCCATCATATTAGCAAATAATCGTACAGGTAAACTTATTACACGAAAAATATAAGAAACTAATTCAATAGGTACTAAAATAGGTACCAAGGCTATACTAGCCCCACTAGGTAATAATAAATTTAAAAAATTTAATTTATGTTTTTTAATACCAATTAAATTAAACCCTAAATAAATAGTTAACGCCAAAGTAAATGTTATAATTAAATGACTTGTTACAGTAAAACTATAAGGAACCATTCCTATTAAATTACATAGTAAAATAAAAAAAAAAACAACAAAAATTAATGAAACAAAATGTTTACCAGCCTTACCAATACTAGAATAAGTTAATTCAATAGAAATATTAAATATCATTTCAAAAATTTGTTGAAAACGTGTTGGAATAAATTTAGTTTTTATACATGAAAAAATGTATAAATAAACAAAACCTATTACTAAAATTAAAGAAGCATTAGTAAATACAAAAGGTATTTGAAAAA
Phytophthora_ramorum_EU1     AGCAAAACCTGCAATTACTTTTAATAAAGTATGTCCAGCCATCATATTAGCAAATAATCGTACGGGTAAACTTATTACACGAAAAATATAAGAAACTAATTCAATAGGAACTAAAATAGGAACTAAAGCAATACTTGCACCACTAGGTAATAATAAATTTAAAAAATTTAATTTATGTTTTTTAATTCCAATTAAATTAAAACCTAAATAAATAGTTAAAGCTAAAGTAAATGTTATAATTAAATGACTTGTTACGGTAAAACTATAAGGAACCATTCCAATTAAATTACATAATAAAATAAAAAAAAATACAACAAAAATTAATGAAACAAAATGTTTACCTGCTTTACCTATACTTGAATAAGTTAATTCAATAGTAATATTAAATATCATTTCAAAAATTTGTTGAAAACGTGTTGGAATAAATTTTGGTTTTATACATGTAAAAATATATAAATAAACAAAACCTATTACTAAAATTAAAGAAGCATTTGTAAATACAAAAGGTATTTGAAAAA
Phytophthora_ramorum_EU2     AGCAAAACCTGCAATTACTTTTAATAAAGTATGTCCAGCCATCATATTAGCAAATAATCGTACGGGTAAACTTATTACACGAAAAATATAAGAAACTAATTCGATAGGAACTAAAATAGGAACTAAAGCAATACTTGCACCACTAGGTAATAATAAATTTAAAAAATTTAATTTATGTTTTTTAATTCCAATTAAATTAAAACCTAAATAAATAGTTAAAGCTAAAGTAAATGTTATAATTAAATGACTTGTTACAGTAAAACTATAAGGAACCATTCCAATTAAATTACATAATAAAATAAAAAAAAATACAACAAAAATTAATGAAACAAAATGTTTACCTGCTTTACCGATACTTGAATAAGTTAATTCAATAGTAATATTAAATATCATTTCAAAAATTTGTTGAAAACGTGTTGGAATAAATTTGGGTTTTATACATGTAAAAATATATAAATAAACAAAACCTATTACTAAAATTAAAGAAGCATTTGTAAATACAAAAGGTATTTGAAAAA
Phytophthora_ramorum_NA1     AGCAAAACCTGCAATTACTTTTAATAAAGTATGTCCAGCCATCATATTAGCAAATAATCGTACGGGTAAACTTATTACACGAAAAATATAAGAAACTAATTCAATAGGAACTAAAATAGGAACTAAAGCAATACTTGCACCACTAGGTAATAATAAATTTAAAAAATTTAATTTATGTTTTTTAATTCCAATTAAATTAAAACCTAAATAAATAGTTAAAGCTAAAGTAAATGTTATAATTAAATGACTTGTTACGGTAAAACTATAAGGAACCATTCCAATTAAATTACATAATAAAATAAAAAAAAATACAACAAAAATTAATGAAACAAAATGTTTACCTGCTTTACCTATACTTGAATAAGTTAATTCAATAGTAATATTAAATATCATTTCAAAAATTTGTTGAAAACGTGTTGGAATAAATTTGGGTTTTATACATGTAAAAATATATAAATAAACAAAACCTATTACTAAAATTAAAGAAGCATTTGTAAATACAAAAGGTATTTGAAAAA
Phytophthora_ramorum_NA2     AGCAAAACCTGCAATTACTTTTAATAAAGTATGTCCAGCCATCATATTAGCAAATAATCGTACGGGTAAACTTATTACACGAAAAATATAAGAAACTAATTCAATAGGAACTAAAATAGGAACTAAAGCAATACTTGCACCACTAGGTAATAATAAATTTAAAAAATTTAATTTATGTTTTTTAATTCCAATTAAATTAAAACCTAAATAAATAGTTAAAGCTAAAGTAAATGTTATAATTAAATGACTTGTTACGGTAAAACTATAAGGAACCATTCCAATTAAATTACATAATAAAATAAAAAAAAATACAACAAAAATTAATGAAACAAAATGTTTACCTGCTTTACCTATACTTGAATAAGTTAATTCAATAGTAATATTAAATATCATTTCAAAAATTTGTTGAAAACGTGTTGGAATAAATTTGGGTTTTATACATGTAAAAATATATAAATAAACAAAACCTATTACTAAAATTAAAGAAGCATTTGTAAATACAAAAGGTATTTGAAAAA
;
END;

[ The following blocks are output data for analysis step 8874 ]
BEGIN TREES;
      TITLE Prv9;
      LINK TAXA = TaxaForAnalysisStep8874;
      TREE Fig._2_Prv9 = [&R] (((Phytophthora_ramorum_NA1:0.0,Phytophthora_ramorum_NA2:0.0)0.6450:2.936E-5,Phytophthora_ramorum_EU1:0.00193715)0.8120:0.00331729,Phytophthora_ramorum_EU2:0.00255889,Phytophthora_hibernalis:0.05851162);
[!  TreeBASE tree URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/tree/TB2:Tr57184]


END;