#NEXUS [!This data set was downloaded from TreeBASE, a relational database of phylogenetic knowledge. TreeBASE has been supported by the NSF, Harvard University, Yale University, SDSC and UC Davis. Please do not remove this acknowledgment from the Nexus file. Generated on March 30, 2026; 8:48 GMT TreeBASE (cc) 1994-2008 Study reference: Mammella M.A., Martin F., Cacciola S.O., Coffey M.D., & Schena L. 2013. Analyses of the population structure in a global collection of Phytophthora nicotianae isolates inferred from mitochondrial and nuclear DNA sequences. Phytopathology, . TreeBASE Study URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/study/TB2:S12393] [ The following blocks are input data for analysis step 9138 ] BEGIN TAXA; TITLE TaxaForAnalysisStep9138; DIMENSIONS NTAX=95; TAXLABELS Phytophthora_nicotianae_Albicocco9 Phytophthora_nicotianae_Anthurium Phytophthora_nicotianae_C301 Phytophthora_nicotianae_C88 Phytophthora_nicotianae_Ceanothus Phytophthora_nicotianae_Ciclamino1 Phytophthora_nicotianae_Correa3 Phytophthora_nicotianae_Correa5 Phytophthora_nicotianae_Correa8 Phytophthora_nicotianae_DodoneaCol1 Phytophthora_nicotianae_DodoneaRad1 Phytophthora_nicotianae_Ferrara11 Phytophthora_nicotianae_Ferrara3 Phytophthora_nicotianae_Ferrara8 Phytophthora_nicotianae_HybiscusB Phytophthora_nicotianae_IMI207770 Phytophthora_nicotianae_IMI268688 Phytophthora_nicotianae_IMI379626 Phytophthora_nicotianae_IRF26 Phytophthora_nicotianae_IRF27 Phytophthora_nicotianae_IRF3 Phytophthora_nicotianae_IRF5 Phytophthora_nicotianae_IRF8 Phytophthora_nicotianae_KVB Phytophthora_nicotianae_Lavanda1 Phytophthora_nicotianae_Lavanda4 Phytophthora_nicotianae_Melanzana1 Phytophthora_nicotianae_MirtoP5 Phytophthora_nicotianae_Mirtus3 Phytophthora_nicotianae_Nic8vasi Phytophthora_nicotianae_P0582 Phytophthora_nicotianae_P0583 Phytophthora_nicotianae_P0700 Phytophthora_nicotianae_P10297 Phytophthora_nicotianae_P10802 Phytophthora_nicotianae_P1083 Phytophthora_nicotianae_P1325 Phytophthora_nicotianae_P1333 Phytophthora_nicotianae_P1334 Phytophthora_nicotianae_P1335 Phytophthora_nicotianae_P1350 Phytophthora_nicotianae_P1452 Phytophthora_nicotianae_P1494 Phytophthora_nicotianae_P1495 Phytophthora_nicotianae_P1569 Phytophthora_nicotianae_P1577 Phytophthora_nicotianae_P16823 Phytophthora_nicotianae_P16824 Phytophthora_nicotianae_P16870 Phytophthora_nicotianae_P16883 Phytophthora_nicotianae_P1751 Phytophthora_nicotianae_P1752 Phytophthora_nicotianae_P1753 Phytophthora_nicotianae_P1955 Phytophthora_nicotianae_P3118 Phytophthora_nicotianae_P3234 Phytophthora_nicotianae_P3456 Phytophthora_nicotianae_P3458 Phytophthora_nicotianae_P3461 Phytophthora_nicotianae_P3549 Phytophthora_nicotianae_P3813 Phytophthora_nicotianae_P3815 Phytophthora_nicotianae_P6113 Phytophthora_nicotianae_P6115 Phytophthora_nicotianae_P6832 Phytophthora_nicotianae_P6915 Phytophthora_nicotianae_P7330 Phytophthora_nicotianae_P7346 Phytophthora_nicotianae_P7387 Phytophthora_nicotianae_P7449 Phytophthora_nicotianae_P7522 Phytophthora_nicotianae_P7561 Phytophthora_nicotianae_P7665 Phytophthora_nicotianae_Pandorea2c Phytophthora_nicotianae_PeperoneGJ Phytophthora_nicotianae_PeperoneRC Phytophthora_nicotianae_Ph142 Phytophthora_nicotianae_Ph168 Phytophthora_nicotianae_Ph195 Phytophthora_nicotianae_Ph3 Phytophthora_nicotianae_Ph342 Phytophthora_nicotianae_Ph440 Phytophthora_nicotianae_Ph5 Phytophthora_nicotianae_Ph647b Phytophthora_nicotianae_Ph653 Phytophthora_nicotianae_Ph87 Phytophthora_nicotianae_Ph9 Phytophthora_nicotianae_Pittosporo Phytophthora_nicotianae_Pn17 Phytophthora_nicotianae_Pomodoro Phytophthora_nicotianae_SCRP462 Phytophthora_nicotianae_Serravalle1 Phytophthora_nicotianae_Serravalle3 Phytophthora_nicotianae_Sta24 Phytophthora_nicotianae_TL8VP ; END; BEGIN CHARACTERS; [! TreeBASE Matrix URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/matrix/TB2:M12809] TITLE Phytophthora_nicotianae_nrDNA; LINK TAXA = TaxaForAnalysisStep9138; DIMENSIONS NCHAR=1654; FORMAT DATATYPE=DNA SYMBOLS= "A C G T" MISSING=? GAP= -; MATRIX [ 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 230 240 250 260 270 280 290 300 310 320 330 340 350 360 370 380 390 400 410 420 430 440 450 460 470 480 490 500 510 520 530 540 550 560 570 580 590 600 610 620 630 640 650 660 670 680 690 700 710 720 730 740 750 760 770 780 790 800 810 820 830 840 850 860 870 880 890 900 910 920 930 940 950 960 970 980 990 1000 1010 1020 1030 1040 1050 1060 1070 1080 1090 1100 1110 1120 1130 1140 1150 1160 1170 1180 1190 1200 1210 1220 1230 1240 1250 1260 1270 1280 1290 1300 1310 1320 1330 1340 1350 1360 1370 1380 1390 1400 1410 1420 1430 1440 1450 1460 1470 1480 1490 1500 1510 1520 1530 1540 1550 1560 1570 1580 1590 1600 1610 1620 1630 1640 1650 1660 1670 1680 1690] [ . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 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Phytophthora_nicotianae_Correa8 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Phytophthora_nicotianae_IRF26 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Phytophthora_nicotianae_Mirtus3 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Phytophthora_nicotianae_P1334 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Phytophthora_nicotianae_P3461 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Phytophthora_nicotianae_Ph195 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