#NEXUS [!This data set was downloaded from TreeBASE, a relational database of phylogenetic knowledge. TreeBASE has been supported by the NSF, Harvard University, Yale University, SDSC and UC Davis. Please do not remove this acknowledgment from the Nexus file. Generated on April 19, 2024; 10:43 GMT TreeBASE (cc) 1994-2008 Study reference: Zhang Y., Zeng C., & Li D. 2012. Complex Evolution in Arundinarieae (Poaceae: Bambusoideae): Incongruence between plastid and nuclear GBSSI gene phylogenies. Molecular Phylogenetics and Evolution, . TreeBASE Study URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/study/TB2:S12340] [ The following blocks are input data for analysis step 9154 ] BEGIN TAXA; TITLE TaxaForAnalysisStep9154; DIMENSIONS NTAX=116; TAXLABELS Acidosasa_chienouensis Acidosasa_chinensis Acidosasa_notata Acidosasa_purpurea Ampelocalamus_actinotrichus Ampelocalamus_patellaris Ampelocalamus_scandens Arundinaria_appalachiana Arundinaria_gigantea Arundinaria_tecta Bambusa_ventricosa Bashania_abietina Bashania_aristata Bashania_fangiana Bashania_fargesii Bashania_qiaojiaensis Bashania_qingchengshanensis Bashania_spanostachya Bashania_yongdeensis Bonia_amplexicaulis Bonia_levigata Brachystachyum_densiflorum Chimonobambusa_macrophylla Chimonobambusa_sichuanensis Chimonobambusa_szechuanensis Chimonocalamus_cibarius Chimonocalamus_dumosus Chimonocalamus_fimbriatus Chimonocalamus_longiusculus Chimonocalamus_montanus Chimonocalamus_pallens Dendrocalamus_farinosus Drepanostachyum_ampullare Drepanostachyum_hookerianum Fargesia_decurvata Fargesia_fungosa Fargesia_macclureana Fargesia_nitida Fargesia_qinlingensis Ferrocalamus_strictus Gaoligongshania_megalothyrsa Gelidocalamus_rutilans Gelidocalamus_sp1 Gelidocalamus_sp2 Gelidocalamus_tessellatus Himalayacalamus_falconeri Indocalamus_barbatus Indocalamus_emeiensis Indocalamus_hirsutissimus Indocalamus_hirtivaginatus Indocalamus_jinpingensis Indocalamus_longiauritus Indocalamus_pseudosinicus Indocalamus_sinicus_Zeng_&_Zhang_06081 Indocalamus_sinicus_Zhang_08034 Indocalamus_tongchunensis Indocalamus_wilsonii_Zeng_&_S.D._Zhang_07119 Indocalamus_wilsonii_Zhang_07088b Indocalamus_wuxiensis Indosasa_crassiflora Indosasa_gigantea Indosasa_shibataeoides Indosasa_sinica Neomicrocalamus_prainii Oligostachyum_oedogonatum Oligostachyum_scabriflorum Oligostachyum_shiuyingianum Oligostachyum_sulcatum Phyllostachys_edulis Phyllostachys_nidularia Phyllostachys_nigra Pleioblastus_amarus Pleioblastus_gramineus Pleioblastus_intermedius Pleioblastus_juxianensis Pleioblastus_maculatus Pleioblastus_sanmingensis Pleioblastus_solidus Pleioblastus_sp Pleioblastus_wuyishanensis Pleioblastus_yixingensis Pseudosasa_acutivagina Pseudosasa_amabilis Pseudosasa_amabilis_var_convexa Pseudosasa_cantorii Pseudosasa_gracilis Pseudosasa_guanxianensis Pseudosasa_japonica Pseudosasa_japonica_var_tsutsumiana Pseudosasa_maculifera Pseudosasa_usawae Sasa_guangxiensis Sasa_kurilensis Sasa_longiligulata Sasa_magnonoda Sasa_oshidensis Sasa_palmata Sasa_qingyuanensis Sasa_senanensis Sasa_shimidzuana Sasa_sinica Sasa_tsuboiana Sasa_veitchii Shibataea_lanceifolia Shibataea_nanpingensis Sinobambusa_intermedia Sinobambusa_tootsik Thamnocalamus_spathiflorus Thamnocalamus_spathiflorus_var_crassinodus_G78 Thamnocalamus_spathiflorus_var_crassinodus_G93 Thamnocalamus_tessellatus Yushania_alpina Yushania_baishanzuensis Yushania_basihirsuta Yushania_brevipaniculata Yushania_yadongensis ; END; BEGIN CHARACTERS; [! TreeBASE Matrix URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/matrix/TB2:M12721] TITLE 8_plastid_all; LINK TAXA = TaxaForAnalysisStep9154; DIMENSIONS NCHAR=9305; FORMAT DATATYPE=DNA SYMBOLS= "A C G T" MISSING=? GAP= -; MATRIX [ 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 230 240 250 260 270 280 290 300 310 320 330 340 350 360 370 380 390 400 410 420 430 440 450 460 470 480 490 500 510 520 530 540 550 560 570 580 590 600 610 620 630 640 650 660 670 680 690 700 710 720 730 740 750 760 770 780 790 800 810 820 830 840 850 860 870 880 890 900 910 920 930 940 950 960 970 980 990 1000 1010 1020 1030 1040 1050 1060 1070 1080 1090 1100 1110 1120 1130 1140 1150 1160 1170 1180 1190 1200 1210 1220 1230 1240 1250 1260 1270 1280 1290 1300 1310 1320 1330 1340 1350 1360 1370 1380 1390 1400 1410 1420 1430 1440 1450 1460 1470 1480 1490 1500 1510 1520 1530 1540 1550 1560 1570 1580 1590 1600 1610 1620 1630 1640 1650 1660 1670 1680 1690 1700 1710 1720 1730 1740 1750 1760 1770 1780 1790 1800 1810 1820 1830 1840 1850 1860 1870 1880 1890 1900 1910 1920 1930 1940 1950 1960 1970 1980 1990 2000 2010 2020 2030 2040 2050 2060 2070 2080 2090 2100 2110 2120 2130 2140 2150 2160 2170 2180 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Acidosasa_notata 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Bashania_qiaojiaensis 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Bashania_qingchengshanensis 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Bonia_levigata 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Brachystachyum_densiflorum 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Chimonobambusa_macrophylla 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Chimonobambusa_sichuanensis 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Chimonobambusa_szechuanensis 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Chimonocalamus_cibarius 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Chimonocalamus_fimbriatus 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Chimonocalamus_longiusculus 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Dendrocalamus_farinosus 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Fargesia_nitida 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Fargesia_qinlingensis 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Indocalamus_hirsutissimus 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Indocalamus_hirtivaginatus 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Indocalamus_longiauritus 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Indocalamus_pseudosinicus 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Indocalamus_tongchunensis 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Indocalamus_wilsonii_Zeng_&_S.D._Zhang_07119 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Indocalamus_wuxiensis 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Indosasa_shibataeoides 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Phyllostachys_nidularia 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Pleioblastus_gramineus 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Pleioblastus_intermedius 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Pleioblastus_juxianensis 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Pleioblastus_maculatus 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Pleioblastus_sanmingensis 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Pleioblastus_wuyishanensis 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Pleioblastus_yixingensis 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Pseudosasa_japonica 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Sasa_guangxiensis 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Sasa_longiligulata 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Sasa_palmata 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Sasa_qingyuanensis 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Sasa_senanensis 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Sasa_shimidzuana 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Sasa_sinica 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Shibataea_lanceifolia 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Thamnocalamus_tessellatus 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Yushania_baishanzuensis 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Yushania_brevipaniculata 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Yushania_yadongensis 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amarus:5.2834933681955E-7,(Brachystachyum_densiflorum:5.2834933681955E-7,(Sasa_qingyuanensis:1.250835051195375E-4,Sasa_sinica:5.2834933681955E-7)43:5.2834933681955E-7)10:5.2834933681955E-7)28:5.2834933681955E-7)24:5.2834933681955E-7)10:5.2834933681955E-7)25:5.2834933681955E-7)20:5.2834933681955E-7)44:5.2834933681955E-7)56:1.2433878534468863E-4)51:1.243626250004769E-4,((Yushania_brevipaniculata:2.507858858875726E-4,(Himalayacalamus_falconeri:0.00176532004723521,(Drepanostachyum_ampullare:0.0011290327035785447,Drepanostachyum_hookerianum:3.752819157300722E-4)97:2.4776917974606195E-4)98:7.526942139141175E-4)48:1.243482425570522E-4,((Bashania_aristata:1.2496472392626895E-4,Indocalamus_emeiensis:8.774177437591831E-4)63:1.2511902348868824E-4,((Bashania_fangiana:1.2509645561859534E-4,Bashania_abietina:1.2503261486580532E-4)60:1.2486298052055963E-4,((Indocalamus_longiauritus:1.2499237847736152E-4,(Indocalamus_hirsutissimus:1.250621939109251E-4,(Pseudosasa_guanxianensis:5.2834933681955E-7,Bashania_qingchengshanensis:5.2834933681955E-7)100:7.52508308983508E-4)30:5.2834933681955E-7)54:1.2476463101905464E-4,(Chimonobambusa_sichuanensis:1.2521980338538112E-4,(Fargesia_fungosa:5.2834933681955E-7,((Chimonocalamus_fimbriatus:2.500960974157339E-4,Chimonobambusa_macrophylla:5.028848654011534E-4)43:1.2493928156202556E-4,((Ampelocalamus_patellaris:6.001049063112122E-4,(Bashania_yongdeensis:3.75745756355382E-4,(Fargesia_macclureana:6.171562914946855E-4,Bashania_spanostachya:1.0494298887168309E-4)52:2.756420164483846E-5)45:5.2834933681955E-7)29:5.2834933681955E-7,((Indocalamus_hirtivaginatus:5.2834933681955E-7,(Gelidocalamus_rutilans:5.2834933681955E-7,Gelidocalamus_sp2:1.2505443310340463E-4)71:1.2498988377153292E-4)65:1.2493497866557669E-4,(Phyllostachys_nidularia:3.75215171487171E-4,(Bashania_qiaojiaensis:2.5021781712927484E-4,(Chimonobambusa_szechuanensis:3.7528426606875875E-4,(Yushania_basihirsuta:2.501292062415418E-4,(Chimonocalamus_pallens:1.2506127180178617E-4,(Indocalamus_wuxiensis:3.753192422414687E-4,(Yushania_yadongensis:6.267250479071371E-4,(Fargesia_qinlingensis:8.746994218891257E-4,(Fargesia_decurvata:3.7608372709423544E-4,(Bashania_fargesii:2.499991980172206E-4,Fargesia_nitida:5.034617576676332E-4)42:5.2834933681955E-7)68:5.2834933681955E-7)57:2.581154404517974E-4)21:5.2834933681955E-7)4:5.2834933681955E-7)2:5.2834933681955E-7)0:5.2834933681955E-7)0:5.2834933681955E-7)0:5.2834933681955E-7)0:5.2834933681955E-7)0:5.2834933681955E-7)0:5.2834933681955E-7)0:5.2834933681955E-7)0:5.2834933681955E-7)0:5.2834933681955E-7)0:5.2834933681955E-7)1:5.2834933681955E-7)3:5.2834933681955E-7)4:5.2834933681955E-7)8:5.2834933681955E-7)41:1.275886038805709E-4)45:1.281777836974616E-4)35:1.2674307662168305E-4)26:1.2670340680489206E-4)6:5.2834933681955E-7)27:1.9867753159487402E-4)100:0.008927307169777073); 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TreeBASE tree URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/tree/TB2:Tr52789] END;