#NEXUS [!This data set was downloaded from TreeBASE, a relational database of phylogenetic knowledge. TreeBASE has been supported by the NSF, Harvard University, Yale University, SDSC and UC Davis. Please do not remove this acknowledgment from the Nexus file. Generated on May 02, 2024; 14:46 GMT TreeBASE (cc) 1994-2008 Study reference: Davalos L.M., Cirranello A.L., Geisler J., & Simmons N. 2012. Understanding phylogenetic incongruence: lessons from phyllostomid bats. Biological Reviews of the Cambridge Philosophical Society, . TreeBASE Study URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/study/TB2:S11681] [ The following blocks are input data for analysis step 9167 ] BEGIN TAXA; TITLE TaxaForAnalysisStep9167; DIMENSIONS NTAX=80; TAXLABELS Ametrida_centurio Anoura_caudifer Anoura_geoffroyi Ardops_nichollsi Ariteus_flavescens Artibeus_cinereus Artibeus_concolor Artibeus_hirsutus Artibeus_jamaicensis Brachyphylla_cavernarum Carollia_brevicauda Carollia_perspicillata Centurio_senex Chiroderma_villosum Choeroniscus_godmani Choeronycteris_mexicana Chrotopterus_auritus Desmodus_rotundus Diaemus_youngi Diphylla_ecaudata Ectophylla_alba Enchisthenes_hartii Erophylla_sezekorni Furipterus_horrens Glossophaga_longirostris Glossophaga_soricina Glyphonycteris_daviesi Glyphonycteris_sylvestris Hylonycteris_underwoodi Lampronycteris_brachyotis Leptonycteris_yerbabuenae Lichonycteris_obscura Lionycteris_spurrelli Lonchophylla_robusta Lonchophylla_thomasi Lonchorhina_aurita Lophostoma_brasiliense Lophostoma_silvicolum Macrophyllum_macrophyllum Macrotus_californicus Macrotus_waterhousii Mesophylla_macconnelli Metavampyressa_nymphaea Micronycteris_hirsuta Micronycteris_megalotis Micronycteris_minuta Mimon_bennettii Mimon_crenulatum Monophyllus_redmani Mormoops_megalophylla Musonycteris_harrisoni Mystacina_robusta Mystacina_tuberculata Noctilio_leporinus Phylloderma_stenops Phyllonycteris_aphylla Phyllonycteris_poeyi Phyllops_falcatus Phyllostomus_discolor Phyllostomus_hastatus Platalina_genovensium Platyrrhinus_helleri Pteronotus_davyi Pteronotus_parnellii Pygoderma_bilabiatum Rhinophylla_pumilio Saccopteryx_bilineata Scleronycteris_ega Sphaeronycteris_toxophyllum Stenoderma_rufum Sturnira_lilium Thyroptera_tricolor Tonatia_saurophila Trachops_cirrhosus Trinycteris_nicefori Uroderma_bilobatum Vampyressa_pusilla Vampyriscus_bidens Vampyrodes_caraccioli Vampyrum_spectrum ; END; BEGIN CHARACTERS; [! TreeBASE Matrix URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/matrix/TB2:M14227] TITLE 80_spp._morph_matrix; LINK TAXA = TaxaForAnalysisStep9167; DIMENSIONS NCHAR=220; FORMAT DATATYPE=Standard SYMBOLS= "0 1 2 3 4 5 6 A C G T U Y W S F H J K L M N P Q R" MISSING=? 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Anoura_caudifer 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Anoura_geoffroyi ?????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????ACTCTATACTTACTGTTTGGTGCCTGAGCCGGTATAGTAGGCACTGCACTTAGCCTTCTCATCCGCGCCGAATTGGGCCAACCTGGAGCTTTATTAGGTGATGATCAAATCTATAATGTAATCGTAACAGCTCATGCATTCGTGATAATTTTCTTCATAGTGATACCAATCATAATTGGAGGCTTTGGTAACTGACTAATCCCTCTGATAATTGGGGCACCTGATATAGCATTTCCTCGAATAAATAATATAAGCTTCTGACTCCTTCCTCCTTCTTTTCTACTATTACTGGCCTCCTCCACAGTCGAGGCTGGAGTAGGGACTGGCTGAACTGTTTATCCCCCTTTAGCAGGAAACCTAGCACATGCCGGGGCCTCTGTTGACCTGGCAATCTTTTCCCTTCACTTAGCGGGTGTATCATCCATTTTAGGAGCAATCAACTTTATCACCACTATCATTAATATAAAACCTCCAGCACTTTCCCAATATCAAACTCCCTTATTCGTGTGGTCTGTATTAATCACAGCCGTTCTATTATTATTATCTCTCCCTGTACTGGCAGCAGGCATTACTATGCTACTAACTGATCGAAATTTAAATACCACCTTTTTCGACCCTGCAGGAGGAGGGGA?CCTATTTTATATCAACACTTATTTGATGTAAAGCATAACCATCTCAAACTGAAGCCTGCAGTTTTCTCTAAGGACTCCTGCTACCTGCCTCCTCTTCGCTACCCAGCCACTTGCACATTCAAAGGCAGTTTAGAGTCTGAAAAGCAACAATACATTATCCATGGGGGGAAAACACCAAACAATGAGCTTTCCGATAAGATTTATATCATGTCTGTTGTGTGCAAGAGCAACAAGAAAGTTACTTTTTGCTGTACTGAGAAAGACTTGGTGGGAGACGTCCCTGAAGCCAGATATGGTCATACCATTGACGTGGTACACAGTCGAGGGAAGAGCATGGGTGTTGTCTTTGGAGGGCGATCATACATACCTTCTGCCCAAAGAACCACGGAA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Ardops_nichollsi 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Ariteus_flavescens 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Artibeus_cinereus 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Artibeus_concolor 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Artibeus_hirsutus 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Artibeus_jamaicensis 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Carollia_brevicauda 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Carollia_perspicillata 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Centurio_senex 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Chiroderma_villosum 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Choeroniscus_godmani 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Choeronycteris_mexicana 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Chrotopterus_auritus 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Desmodus_rotundus 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Diaemus_youngi 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Diphylla_ecaudata 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Ectophylla_alba 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Enchisthenes_hartii 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Erophylla_sezekorni 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Furipterus_horrens 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Glossophaga_longirostris 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Glossophaga_soricina 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Hylonycteris_underwoodi 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Lampronycteris_brachyotis 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Leptonycteris_yerbabuenae 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Lichonycteris_obscura 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Lionycteris_spurrelli 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Lonchophylla_robusta 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Lonchophylla_thomasi 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Lonchorhina_aurita 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Lophostoma_brasiliense 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Macrophyllum_macrophyllum 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Macrotus_californicus 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Macrotus_waterhousii 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Mesophylla_macconnelli 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Micronycteris_hirsuta 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Micronycteris_megalotis 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Mimon_bennettii 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Mimon_crenulatum 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Monophyllus_redmani 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Mormoops_megalophylla 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Mystacina_robusta 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Mystacina_tuberculata 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Noctilio_leporinus 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Phyllostomus_hastatus 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Platalina_genovensium 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Platyrrhinus_helleri 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Pteronotus_davyi 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Pteronotus_parnellii 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Pygoderma_bilabiatum 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Saccopteryx_bilineata 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Scleronycteris_ega 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Sphaeronycteris_toxophyllum 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Stenoderma_rufum 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Sturnira_lilium 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Tonatia_saurophila 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Trachops_cirrhosus 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Trinycteris_nicefori 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Uroderma_bilobatum 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Vampyressa_pusilla 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Vampyriscus_bidens 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Vampyrodes_caraccioli 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(((((((((((((((((((((Ametrida_centurio,Pygoderma_bilabiatum),Sphaeronycteris_toxophyllum),Centurio_senex),(Ardops_nichollsi,Ariteus_flavescens)),(Phyllops_falcatus,Stenoderma_rufum)),(Artibeus_cinereus,(Artibeus_concolor,(Artibeus_hirsutus,Artibeus_jamaicensis)))),(Ectophylla_alba,Enchisthenes_hartii)),((Chiroderma_villosum,(Mesophylla_macconnelli,Vampyressa_pusilla)),(((Metavampyressa_nymphaea,Vampyriscus_bidens),Uroderma_bilobatum),(Platyrrhinus_helleri,Vampyrodes_caraccioli)))),Sturnira_lilium),Rhinophylla_pumilio),((Carollia_brevicauda,Carollia_perspicillata),((Glyphonycteris_daviesi,Glyphonycteris_sylvestris),Trinycteris_nicefori))),((((Anoura_caudifer,Anoura_geoffroyi),((Choeroniscus_godmani,(Choeronycteris_mexicana,Musonycteris_harrisoni)),((Hylonycteris_underwoodi,Lichonycteris_obscura),Scleronycteris_ega))),((Brachyphylla_cavernarum,(Erophylla_sezekorni,(Phyllonycteris_aphylla,Phyllonycteris_poeyi))),(((Glossophaga_longirostris,Glossophaga_soricina),Leptonycteris_yerbabuenae),Monophyllus_redmani))),(((Lionycteris_spurrelli,Lonchophylla_thomasi),Platalina_genovensium),Lonchophylla_robusta))),((((Lophostoma_brasiliense,Lophostoma_silvicolum),(Mimon_crenulatum,(Phylloderma_stenops,Phyllostomus_discolor,Phyllostomus_hastatus))),Tonatia_saurophila),((Macrophyllum_macrophyllum,Mimon_bennettii),Trachops_cirrhosus))),Lonchorhina_aurita),((Chrotopterus_auritus,Vampyrum_spectrum),((Desmodus_rotundus,Diaemus_youngi),Diphylla_ecaudata))),(Lampronycteris_brachyotis,((Micronycteris_hirsuta,Micronycteris_megalotis),Micronycteris_minuta))),(Macrotus_californicus,Macrotus_waterhousii)),(Mormoops_megalophylla,(Pteronotus_davyi,Pteronotus_parnellii))),((Furipterus_horrens,Thyroptera_tricolor),Noctilio_leporinus)),(Mystacina_robusta,Mystacina_tuberculata)),Saccopteryx_bilineata); [! TreeBASE tree URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/tree/TB2:Tr56459] END; BEGIN TREES; TITLE Combined_80spp; LINK TAXA = TaxaForAnalysisStep9167; TREE Combined_MP_StrCon_exclude_converge_coi3_downchars = [&R] (((((((((((((((((((Ametrida_centurio,Centurio_senex,Pygoderma_bilabiatum,Sphaeronycteris_toxophyllum),(Ardops_nichollsi,Ariteus_flavescens),(Phyllops_falcatus,Stenoderma_rufum)),(Artibeus_cinereus,Artibeus_concolor,(Artibeus_hirsutus,Artibeus_jamaicensis)),Ectophylla_alba,Enchisthenes_hartii),((Chiroderma_villosum,(Mesophylla_macconnelli,Vampyressa_pusilla)),(((Metavampyressa_nymphaea,Vampyriscus_bidens),Uroderma_bilobatum),(Platyrrhinus_helleri,Vampyrodes_caraccioli)))),Sturnira_lilium),Rhinophylla_pumilio),((Carollia_brevicauda,Carollia_perspicillata),((Glyphonycteris_daviesi,Glyphonycteris_sylvestris),Trinycteris_nicefori))),((((Anoura_caudifer,Anoura_geoffroyi),((Choeroniscus_godmani,Choeronycteris_mexicana,Musonycteris_harrisoni),(Hylonycteris_underwoodi,Lichonycteris_obscura),Scleronycteris_ega)),((Brachyphylla_cavernarum,(Erophylla_sezekorni,(Phyllonycteris_aphylla,Phyllonycteris_poeyi))),(((Glossophaga_longirostris,Glossophaga_soricina),Leptonycteris_yerbabuenae),Monophyllus_redmani))),((Lionycteris_spurrelli,Platalina_genovensium),(Lonchophylla_robusta,Lonchophylla_thomasi)))),Lonchorhina_aurita),((((Lophostoma_brasiliense,Lophostoma_silvicolum),(Mimon_crenulatum,((Phylloderma_stenops,Phyllostomus_hastatus),Phyllostomus_discolor))),Tonatia_saurophila),(Macrophyllum_macrophyllum,Trachops_cirrhosus))),(Chrotopterus_auritus,Vampyrum_spectrum)),((Desmodus_rotundus,Diaemus_youngi),Diphylla_ecaudata)),((Lampronycteris_brachyotis,Mimon_bennettii),((Micronycteris_hirsuta,Micronycteris_megalotis),Micronycteris_minuta))),(Macrotus_californicus,Macrotus_waterhousii)),(Mormoops_megalophylla,(Pteronotus_davyi,Pteronotus_parnellii))),(Furipterus_horrens,Thyroptera_tricolor)),Noctilio_leporinus),(Mystacina_robusta,Mystacina_tuberculata)),Saccopteryx_bilineata); [! 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