#NEXUS [!This data set was downloaded from TreeBASE, a relational database of phylogenetic knowledge. TreeBASE has been supported by the NSF, Harvard University, Yale University, SDSC and UC Davis. Please do not remove this acknowledgment from the Nexus file. Generated on May 02, 2024; 23:58 GMT TreeBASE (cc) 1994-2008 Study reference: Davalos L.M., Cirranello A.L., Geisler J., & Simmons N. 2012. Understanding phylogenetic incongruence: lessons from phyllostomid bats. Biological Reviews of the Cambridge Philosophical Society, . TreeBASE Study URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/study/TB2:S11681] [ The following blocks are input data for analysis step 9168 ] BEGIN TAXA; TITLE TaxaForAnalysisStep9168; DIMENSIONS NTAX=80; TAXLABELS Ametrida_centurio Anoura_caudifer Anoura_geoffroyi Ardops_nichollsi Ariteus_flavescens Artibeus_cinereus Artibeus_concolor Artibeus_hirsutus Artibeus_jamaicensis Brachyphylla_cavernarum Carollia_brevicauda Carollia_perspicillata Centurio_senex Chiroderma_villosum Choeroniscus_godmani Choeronycteris_mexicana Chrotopterus_auritus Desmodus_rotundus Diaemus_youngi Diphylla_ecaudata Ectophylla_alba Enchisthenes_hartii Erophylla_sezekorni Furipterus_horrens Glossophaga_longirostris Glossophaga_soricina Glyphonycteris_daviesi Glyphonycteris_sylvestris Hylonycteris_underwoodi Lampronycteris_brachyotis Leptonycteris_yerbabuenae Lichonycteris_obscura Lionycteris_spurrelli Lonchophylla_robusta Lonchophylla_thomasi Lonchorhina_aurita Lophostoma_brasiliense Lophostoma_silvicolum Macrophyllum_macrophyllum Macrotus_californicus Macrotus_waterhousii Mesophylla_macconnelli Metavampyressa_nymphaea Micronycteris_hirsuta Micronycteris_megalotis Micronycteris_minuta Mimon_bennettii Mimon_crenulatum Monophyllus_redmani Mormoops_megalophylla Musonycteris_harrisoni Mystacina_robusta Mystacina_tuberculata Noctilio_leporinus Phylloderma_stenops Phyllonycteris_aphylla Phyllonycteris_poeyi Phyllops_falcatus Phyllostomus_discolor Phyllostomus_hastatus Platalina_genovensium Platyrrhinus_helleri Pteronotus_davyi Pteronotus_parnellii Pygoderma_bilabiatum Rhinophylla_pumilio Saccopteryx_bilineata Scleronycteris_ega Sphaeronycteris_toxophyllum Stenoderma_rufum Sturnira_lilium Thyroptera_tricolor Tonatia_saurophila Trachops_cirrhosus Trinycteris_nicefori Uroderma_bilobatum Vampyressa_pusilla Vampyriscus_bidens Vampyrodes_caraccioli Vampyrum_spectrum ; END; BEGIN CHARACTERS; [! TreeBASE Matrix URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/matrix/TB2:M14226] TITLE 80_spp._DNA_matrix; LINK TAXA = TaxaForAnalysisStep9168; DIMENSIONS NCHAR=6032; FORMAT DATATYPE=DNA SYMBOLS= "A C G T" MISSING=? GAP= -; MATRIX [ 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 230 240 250 260 270 280 290 300 310 320 330 340 350 360 370 380 390 400 410 420 430 440 450 460 470 480 490 500 510 520 530 540 550 560 570 580 590 600 610 620 630 640 650 660 670 680 690 700 710 720 730 740 750 760 770 780 790 800 810 820 830 840 850 860 870 880 890 900 910 920 930 940 950 960 970 980 990 1000 1010 1020 1030 1040 1050 1060 1070 1080 1090 1100 1110 1120 1130 1140 1150 1160 1170 1180 1190 1200 1210 1220 1230 1240 1250 1260 1270 1280 1290 1300 1310 1320 1330 1340 1350 1360 1370 1380 1390 1400 1410 1420 1430 1440 1450 1460 1470 1480 1490 1500 1510 1520 1530 1540 1550 1560 1570 1580 1590 1600 1610 1620 1630 1640 1650 1660 1670 1680 1690 1700 1710 1720 1730 1740 1750 1760 1770 1780 1790 1800 1810 1820 1830 1840 1850 1860 1870 1880 1890 1900 1910 1920 1930 1940 1950 1960 1970 1980 1990 2000 2010 2020 2030 2040 2050 2060 2070 2080 2090 2100 2110 2120 2130 2140 2150 2160 2170 2180 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. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ] Ametrida_centurio -CATAGGTTTGGTCCCAGCCCTTCTATTGGCTGTTAGCAAAACTACACATGCAAGTATCCGCCCTCCAGTGAGAATGCCCT-ATACA-TCACCC----ATGTGATAA-AAAGGAGCAGGCATCAAGCACACTAC-CC---A-AGTAGCTCATAACGCCTTGC-TCAACCACACCCCCACGGG-AAA-CAGCAGTGATAAAAATTAAGCAATAAACGAAAGTTCGACTAAGTTATGCATA--T-CAGGGGTTGGTAAATTTCGTGCCAGCCACCGCGGTCATACGATTAACCCTAGTCAATAGACCTACGGCGTAAAACGTGTTTAAGG------ATTACTATCATAAAGTCAAACCTTAGCTACGCTGTAAAAAG-CTATAGCTATTGTAAGCCCTAA-CGCGAAAGTAACTTT-A--GATTACCTGAATACACGACAGCTAAGACCCAAACTGGGATTAGATACCCCACTATGCTTAGCCCTAAACCCAAAGAG---CC-TTCC----CAACAAGACTCTTCGCC-AGAGTACTACTAGCCAAAGCTTAAAACTCAAGGGACTTGGCGGTGCTTCATATCCCTCTAGAGGAGCCTGTTCTATAATCGATAAACCCCGATAAACCTCA-CCAGCCCTTGCC--AAATCAGCCTATATACCGCCATCCTCAGCAAACCTTAAAAAAAGAATCATAGTAAGCCCAATCAC-AAC-ACGCAAAAACGTTAGGTCAAGGTGTAGCCTATGGGTTGGAAAGA-AATGGGCTACATTTCCTAA---ATAC--C-AGGACATATTA-------------TTATACGAAAGTCCCCATG-AAATTA-AGGAC-TAAAGGTGGATTTAGCAGTAAACTAAGAATAGAGTGCTTAGTTGAATA-AGGCCATGAAGCACGCACACACCGCCCGTCACCCTCCTCAAATA-CATAGC-AGTA---TTAT--ACAACCC--TA-TTACC-ACC-----TACTACA-GCTACTAGAGGAGATAAGTCGTAACAAGGTAAGCGTACTGGAAAGTGCGCTTGGACAACTCAAAGCATAGCTTAA-CTCTAAAGCATCTAGCTTACACCTAGAAGATTTCATATAAA-TATGA-CTGCTTTGAGCTGTACTTAGCCCCCA--TA--AATATAATACAACTA---TAAGAT-AAACATAAAACAAAACATTTATTA----CGTACAATAGTA-TAGGAGATAGAAAATTTTT-AT-AGGCGCTATAGAGAAAGTACCGTAAGGGAACAATGAAAGAATA-T-ACC-AAAGCAACAAATAGCAAAGCTTACCCCTTGTACCTTTTGCATAATGACTTAACCAGACATGACTTAGCAAAGAGA-ACTTAAGTTAATACCCCCGAAACCAGACGAGCTATTTATAAGCAGCTT-CA--CAGAGCAAACTCATCTATGTGGCAAAATAGTGAGAAGACTTATAGATAGAGGTGAAAAG-CCTATCGAGCCTGGTGATAGCTGGTTGTCCAA-TAAA-GAATTTCAGTTCAAACTTAAACTTACCTATAAAA--ATACT-AATTTT-AATGTAAGCTTAAGACATAGTCTGAAGGGGGACAGCCCTCCAGACATAGG-CTA-AACCTTTACTAGAGAGTAAG--CATA----T-TAA--TATACCATAGTGGGCCTAAAAGCAGCCATCAATAAAGAAAGCGTTCAAGCTCAA---C--AATACC-A-TCACT-TTAA---TCCCTACAT--TCTTAT--ACCCAACTCCTAGAACTTAA-AATTGGACTACTCTAT-AA----CTATATAGAAGAACTACTGTTAATATGAGTAACAAGAATTCAA-TTCT-CCTAGCACAAGTGTATACCA-G-AACGAAT-CATCACTGGTAATTAACGAGC-A-TAAAA-CAAAC-CAACC-AACA-AGATCTTTTCT--CC--ACTAACG-TTAATCCAACACAGGAGTGC--TTT-A----AAGGAAAGATTAAAAGGAGTAAAAGGAACTCGGCAAACAC-AAACCCCGCCTGTTTACCAAAAACATCACCTCTAGCATCCCTAGTATTAGAGGCACTGCCTGCCCAGTG--ACATA--CGTTCAACGGCCGCGGTATCCTGACCGTGCAAAGGTAGCATAATCACTTGTTCTCTAAATAAGGACTTGTATGAATGGCCACACGAGGGTTTTACTGTCTCTTTCTCCCAATCAGTGAAATTGACTTCCCCGTGAAGAGGCGGGGATACAATAATAAGACGAGAAGACCCTATGGAGC-TTTAATT--AATTAGTCTACAG-CTAAA--ACACTATACACCAA-TAGG-AATA-ACAC-ATCTTACTT-CTAGACTAACAATTTAGGTTGGGGTGACC-TCGGAGTATAAAAAACCCTCCGAGT-AATTT-TAAACTTAGACCTACCAGTCAAAGT-T-CAA---CTATA-TAAT-TGATCCATTAC--CTTAATGATCAACGAAACAAGTTACCCTAGGGATAACAGCGCGATCCTATTCAAGAGTTCCTATCGACAA-TAGGGTTTACGACCTCGATGTTGGATCAGGACATCCTGATGGTGCA-GCAGCTATCAATGGTTCGTTTGTTCAACGATTAA-AGTCCTACGTGATCTGAGTTCAGACCGGAGTAATCCAGGTCGGTTTCTATCTATT-TTCT-ATG-CTTCTCCCAGTACGAAAGGACAAGAGAA-GCAGGGCCACCTTAAA----A-TAAGTGCCCTC--CAA-T---AAACCAGATGAACC-TAATCTC-AATCTG-TT-ACAT-AATA--GAAATACA-CTGCCCAAGAC--CAGGGCTC-ATGACCAACATTGGAAAAACCCATCCCCTACTAAAAATTATTAACAGCTCATTCGTAGACCTTCCAGCGCCATCAAGCCTTTCATCCTGATGAAACTTTGGCTCTCTTTTAGGAGTATGCTTAGGTGTACAAATTTTAACAGGACTATTCCTAGCAATACACTACACATCCGACACAGCTACAGCATTTAATTCTGTCACCCACATCTGCCGAGACGTAAACTATGGATGATTACTACGATACCTACACGCTAACGGTGCCTCTATATTTTTTATCTGTCTCTACCTCCACGTAGGACGAGGCCTATATTACGGATCCTACACATACTCAGAAACATGAAACATCGGCATCCTACTCCTATTCGCTGTTATAGCCACAGCATTCATAGGGTATGTTTTACCATGAGGACAAATATCCTTCTGAGGAGCTACCGTCATCACAAACCTCCTATCAGCAATCCCATACATCGGAACAGAACTCGTTCAATGAATCTGAGGGGGTTTCTCTGTAGACAAAGCAACCCTTACCCGATTCTTCGCCTTCCACTTCCTACTCCCTTTCATCGTAGCAGCCCTAGTAATAGTTCATCTCTTATTCCTTCACGAAACAGGATCTAACAACCCAACAGGTATCCCATCAGACTCTGACATAATTCCATTTCATCCCTACTATACCATTAAAGACATTCTAGGTTTCTTAATCATACTAACAGCCTTATCCACACTAGTCCTATTCTCACCAGATCTCCTAGGAGATCCAGACAATTACATCCCAGCTAATCCTCTCAACACCCCTCCCCACATTAAACCAGAATGATATTTCCTCTTCGCATATGCAATCCTACGCTCCATCCCAAACAAACTAGGAGGAGTCCTAGCTCTAGTGATATCCATCCTAATCCTAGCTATCGTACCAATCCTCCACATATCCAAACAACGAAGCATAATATTCCGTCCCCTTAGCCAATGCCTCTTCTGACTCCTCGTAGCAATCTTATTTACACTCACATGAATCGGAGGACAACCAGTCGAACACCCCTATATCATCATTGGTCAAACAGCATCAATTCTATATTTCCTAATCATTCTTATCTTCATACCAGCAACAAGCCTTATAGAAAACTACCTCCTAAAATGAAGAACATTGTACTTACTATTTGGTGCTTGAGCAGGAATAGTAGGTACCGCACTAAGCCTACTTATTCGTGCAGAACTTGGACAACCTGGGGCTCTATTAGGTGACGACCAAATCTATAATGTTATCGTTACAGCCCACGCTTTCGTAATGATTTTCTTTATAGTAATACCCATCATGATTGGAGGGTTCGGCAACTGACTTGTACCACTAATAATTGGCGCACCTGACATAGCATTCCCACGAATAAATAACATAAGCTTCTGACTTCTCCCACCCTCTTTCCTGCTTCTACTGGCCTCCTCAACAGTCGAAGCTGGTGTTGGGACTGGTTGAACCGTATACCCACCACTAGCAGGAAATCTCGCACATGCTGGTGCTTCAGTCGACTTAGCTATCTTCTCCCTACACTTAGCAGGAGTCTCATCTATCCTCGGAGCTATCAATTTTATTACCACAATTATTAACATAAAACCACCAGCTCTTTCTCAATATCAAACACCTTTATTTGTCTGATCCGTCCTAATTACTGCTGTCTTATTACTCTTATCACTCCCAGTACTAGCAGCAGGCATTACTATACTTTTAACAGACCGAAACCTTAACACCACATTTTTTGATCCAGCCGGAGGAGGGGACCCCATTTTATATCAACACTTATTTGATGTAAAGCATAACCATCTCAAACTGAAGCCTGCGGTTTTCTCTAAGGATTCCTGCTACCTGCCTCCTCTCCGCTACCCAGCCACTTGCACATTCAAAGGCAGTGTAGAGTCTGAAAAGCAACAATACATTATCCATGGGGGAAAAACACCAAACAATGAGCTTTCCGATAAGATTTATGTCATGTCTGTTGTGTGCAAGAACAACAAGAAAGTTACTTTTTGCTGTACTGAGAAAGACTTGGTAGGAGACATCCCTGAAGCCAGATATGGTCACACGATCGATGTGGTGTACAGTCGAGGGAAGAGCATGGGCGTTGTCTTCGGAGGGCGATCGTACATACCTTCTGCCCAAAGAACCACAGAG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Anoura_caudifer 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Anoura_geoffroyi 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Ardops_nichollsi 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Ariteus_flavescens 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Artibeus_cinereus 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Artibeus_concolor 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Artibeus_hirsutus 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Artibeus_jamaicensis 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Carollia_brevicauda 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Carollia_perspicillata 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Centurio_senex 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Chiroderma_villosum 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Choeroniscus_godmani 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Choeronycteris_mexicana 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Chrotopterus_auritus 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Desmodus_rotundus 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Diaemus_youngi 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Diphylla_ecaudata 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Ectophylla_alba 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Enchisthenes_hartii 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Erophylla_sezekorni -AATAGGTTTGGTCCCAGCCTTTCTATTAGTTGTAAACAAAACTACACATGCAAGTATCCGCGCCCCGGTGAGAATGCCCT-ATAAA-TCGCCCCCTTAGACGATAC-AAAGGAGCGGGTATCAAGCACACCA--CT---A-GGTAGCTCATAACGCCTTGC-TCAACCACACCCCCACGGG-AGA-CAGCAGTGATAAAAATTAAGCAATAAACGAAAGTTTGACTAAGTTATGTTTA--T-TCAGGGTTGGTAAATTTCGTGCCAGCCACCGCGGTCATACGATTAACCCCAATTAATAGATGCTCGGCGTAAAGCGTGTTTAAGA-----TCCCCTAAAAATAAAGTCAAACCCTAGCCACGCTGTAAAAAG-CCACAGCTATTGTAAGCCCCAC-TACGAAAGTGACTTT-A--AAAGATCCGAATACACGATAGCTAAGGCCCAAACTGGGATTAGATACCCCACTATGCTTAGCCCTAAACCTAGAGAG---TC-AACA----TAACAAGATCCTCCGCC-AGAGTACTACTAGCCACAGCCTAAAACTCAAGGGACTTGGCGGTGCTTTATATCCTTCTAGAGGAGCCTGTTCTGTAATCGATAAACCCCGATAAACCTCA-CCAACCCTTGCC--AACTCAGCCTATATACCGCCATCTTCAGCAAACCCT-GAAAAGGAATAATAGTAAGCTCAATTAC-AAC-ATGTAAAAACGTTAGGTCAAGGTGTAGCCTATGGGTTGGAAAGA-AATGGGCTACATTTCCTA----CCAA--T-AGGACATAATCCCT----------TTAAACGAAGGTCCTTGTG-AAATCA-AGAAC-TAAAGGTGGATTTAGCAGTAAACTAAGAATAGAGTGCTTAGTTGAATA-AGGCCATGAAGCACGCACACACCGCCCGTCACCCTCCTCAAGCC-CT-AAC-GGTG----AAC--CCAACCA--TA-TTAT--ACA-----CACCACA-ACTGCCAGAGGAGATAAGTCGTAACAAGGTAAGCGTACTGGAAAGTGCGCTTGGACAATTCAAAACATAGCTTAA-CCCTAAAGCATCTAGCTTACACCTAGAAGATATCATGTAA--AATGA-TTGCTTTGAGCCGTGCTTAGCCCAAAC-CT--AATAAAATGTAACCA---TAAACA-TCATCTAAAACAAAACATTTATAA----CTCGTAAAAGTA-TAGGAGATAGA-AATTTCA-AT-TGGCGCTATAGAGAAAGTACCGCAAGGGAACAATGAAAGAAATTA-ACT-AGAGCAATAAACAGCAAAGATTACCCCTTGTACCTTTTGCATAATGATTTAACTAGAACCTTCTTAGCAAAGAGA-ACTTAAGTTAACCACCCCGAAACCAGACGAGCTATCCACAAGCAGCCT-AA--CGGGGCCAACTCATCTATGTGGCAAAATAGTGAGAAGACTTGTAGATAGCGGTGACAAG-CCTACCGAGCCTGGTGATAGCTGGTTGTCCAG-AAAA-GAATCTTAGTTCAAACTCAAGCCTACCTATCAAA--ACCAT-AATTTA-ACTGTAGACTTGAGAGATAGTCTAAAAGGGGACAGCCTATTAGACACAGG-ATACAACCTTAACTAGAGAGTAAG--TACA----T-AAA--CAAACCATAGTTGGCCTAAAAGCAGCCACCAATAGAGAAAGCGTTCAAGCTCAA---C--AAACTA-A-CAACACCCAA---TCCCAACAA----CACT--A-CCAACTCCTAGAA-TTAA-AACTGGACTATTCTAT-AA----ATTTATAGAAGATATACTGTTAATATGAGTAACAAGAAACTAA-TTCT-CCTTGCACAAGTGTATATCA-G-AACGAAT-CCTCGCTGATAGTTAACGCGC-A-TAAAG-CAAAT-CAACC-AACA-AGCCCTTTAAA--CC--ACGCCCG-TTGGCCCAACACAGGAGTGC--TC--C----AAGGAAAGATTAAAAGGAGTAAAAGGAACTCGGCAAACAC-AAACCCCGCCTGTTTACCAAAAACATCACCTCTAGCATCACCAGTATTAGAGGCACTGCCTGCCCAGTG--ACATA--AGTTCAACGGCCGCGGTATCCTGACCGTGCAAAGGTAGCATAATCACTTGTTCTCTAAATAAGGACTAGTATGAATGGCCACACGAGGGTTTCACTGTCTCTTACTCCCAATCAGTGAAATTGACCTCCCCGTGAAGAGGCGGGGATATACAAATAAGACGAGAAGACCCTATGGAGC-TTCAATT--AACTAATCTAAAA-GTAATT-TAATTAAACACCAA-CAGG-GATA-AAAC-AACCTTAC--ATAGATTAGCAATTTAGGTTGGGGTGACC-TCGGAGCACAAAAAACCCTCCGAGT--ACTA-CAAGTTTAGACCCACTAGTCAAAAC---ACA---CTACT-T-AC-TGATCCA-AAT-TCTATTTGATCAACGGAACAAGTTACCCTAGGGATAACAGCGCAATCCTATTCAAGAGTCCCTATCGACAA-TAGGGTTTACGACCTCGATGTTGGATCAGGACATCCCAATGGTGCA-GCAACTATTAAAGGTTCGTTTGTTCAACGATTAA-AGTCCTACGTGATCTGAGTTCAGACCGGAGTAATCCAGGTCGGTTTCTATCTATTCC--T-ACG-CCCCTCCCAGTACGAAAGGACAAGAGGG-ACAAGGCCCCCTTAAA---CC-TAAGCGCCTTC--CAG-C---AAAACAGATG-ATA-TAATCTC-AATCTC-AA-CAGC-AGTA--AATAATAC-TAGCCCTAGCC--CAGGGCTT-ATGACCAACATTCGAAAAACCCACCCCCTATTAAAAATCGTCAACAGCTCTTTCGTAGACCTCCCTGCCCCCTCAAGCCTATCCTCATGATGAAACTTCGGCTCCCTTTTAGGAGTTTGCTTAGCCGTACAAATCTTGACAGGATTATTCCTAGCTATACACTACACATCAGACACCGCAACCGCGTTCAACTCTGTAGCCCATATCTGCCGAGACGTTAACTATGGCTGAGTTCTCCGCTACCTTCATGCCAACGGAGCATCCATATTCTTCATCTGCCTCTACCTTCATGTAGGCCGAGGCTTATATTACGGATCCTACCTATTCACAGAAACATGAAACATCGGAATCATTCTCCTATTTGCCGTCATAGCCACCGCATTCATAGGATACGTTCTACCATGAGGACAAATGTCCTTCTGAGGCGCTACAGTTATTACCAACCTATTATCTGCCATCCCCTATATTGGAACAGACCTTGTCCAATGAATCTGAGGCGGGTTCTCAGTAGACAAAGCCACCCTCACCCGATTCTTCGCTTTCCACTTTCTGCTCCCCTTCATCGTAACAGCCCTAGTAATAGTACACCTCCTATTCCTACACGAAACAGGATCAAACAACCCAACGGGCATCCCATCAGATCCTGACATAATTCCATTCCACCCCTACTACACTATCAAAGACATCCTAGGCTTCCTAATCATACTAACAGCCCTATCAACACTAGTCCTATTCTCCCCTGACCTTTTAGGAGACCCCGACAACTACATACCGGCCAACCCGCTAAGCACCCCTCCACATATCAAACCAGAATGATATTTCCTCTTCGCCTACGCAATCCTGCGCTCAATCCCAAATAAATTAGGAGGAGTTCTAGCGCTAGTCCTATCCATCCTGATCCTAGCCGTAGTTCCACTTCTCCATACCTCTAAACAACGAAGTATAATATTCCGCCCCCTCAGCCAATGCTTATTCTGACTCCTCGTAGCAGTCTTACTTACATTAACCTGAATCGGAGGACAGCCAGTCGAACACCCCTACGTCATCATTGGCCAAGTGGCATCCGTCCTTTACTTCCTAATCCTCCTAATCTTCATACCCCTAATTAGCATTCTAGAAAACTATCTCCTAAAATGAAGA?????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????GATGTAAAGCATAACCATCTCAAACTGAAGCCTGCAGTTTTCTCTAAGGACTCGTGCTACCTGCCTCCTCTTCGCTACCCAGCCACTTGCACATTCAAAGGCAGTTTAGAGTCTGAAAAGCAACAATACATTATCCATGGGGGGAAAACACCAAACAATGAGCTTTCTGATAAGATTTATATCATGTCTGTTGTGTGCAAGAGCAACAAGAAAGTTACTTTTTGCTGTACTGAGAAAGACTTGGTGGGAGATGTCCCTGAAGCCAGATACGGTCACACCATTGATGTGGTGCACAGTCGAGGGAAGAGCATGGGTGTTGTCTTCGGAGGGCGATCATACATACCTTCTGCCCAAAGAACCACAGAA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Furipterus_horrens -AATAGGTTTGGTCCCAGCCTTTTTATTAGTTTCTAGCAAAATTACACATGCAAGTATCCGCACCCCAGTGAAAATGCCCT-CCAAG-TCGCA-----ATACGATAA-AAAGGAGCAGGTATCAAGCACGCCAC--------AGCAGCTCACAACACCTTGC-TCAGCCACACCCCCACGGG-AGA-CAGCAGTGATAAAAATTAGGCCATAAACGAAAGTTTGACCAAATTATGCTAT----TTAGGGTTGGTAAATTTCGTGCCAGCCACCGCGGCCATACGATTAACCCGAACTAATAAAACTACGGCGTAAAGCGTGTTTAATA--TATAATCCTGATAATAAAGCCGAGTTCTAACTAATCCGTAAAAAG-TCTTAGTTATAATAAGACCCTT-GACGAAAGTAGCTTT-A--AATATTATGATCCCACGACAGCTAAGATCCAAACTGGGATTAGATACCCCACTATGCTTAGCCTTAAACCCAAGAAG---TTAAAAC----TAACAAAACTACTCGCC-AGAGTACTACTAGCCAAAGCCTGAAACTCAAAGGACTTGGCGGTGCTTTACATCCCTCTAGAGGAGCCTGTTCTATAATCGATAAACCCCGATAAACCTCA-CCAACCCTGGCC--AATTCCGCCTATATACCGCCATCCTCAGCAAACCCT-AAAAAGGAAAAACAGTAAGCTCAAGCAT-ACT-ACATAAAAACGTTAGGTCAAGGTGTAGCTCATGGGTTGGAAAGC-AATGGGCTACATTCCCTGA---CTAA--C-AGGTTACCATTTTTTTTAAAAAAAAAAAACGAAAGCCCTTGTG-AAATCA-AGCAC-TAAAGGTGGATTTAGCAGTAAACTAAGAGTAGAGTGCTTAGTTGAAAG-GGGCCATAAAGCACGCACACACCGCCCGTCACCCTCCTCGATTA-CC-CAC-GATA---GTTA--ACAAGCCAAGA-CTAGCACAC-----CATCACA-TGTACTAGAGGAGATAAGTCGTAACAAGGTAAGCGTACTGGAAAGTGCGCTTGGATAATCCAAAGCGTAGCTTAA-ACACAAAGCATCTAGCTTACACCTAGAAGATTTCATACA---TATGA-CCGCTTTGAGCCGTACCTAGCTCAAAA-AA--AACAAAGCACAACTA---ACACTG-CCTGATAAAACAAAACATTTAAAC---AGACATAAAAGTA-TAGGAGATAGA-AATTATA-AT-AGAAGCTATAGAAAGAGTACCGTAAGGGAACCATGAAAGAATTCA-ACC-AAAGCAATAAACAGCAAAGCTTACCCCTTCTACCTTTTGCATAATGAATTAACTAGA-CTGCCCTAGCAAAGAGA-ACTCAAGTTAGTCCCCCCGAAACCAGACGAGCTATTTACGAACAACTT-TG--CAGAGTAAACTCATCTATGTGGCAAAATAGTGAGAAGATTCGCAGATAGAGGTGACAAG-CCAATCGAGCCTGGTGATAGCTGGTTATCCAGGAAAA-GAATATTAGTTCAAATTTAAATTTGCCCAAAAAC--CTAAT-AATTAC-AATGTAAATTTAAATTATAGTCTAAAGAGGTACAGCTCTTTAGACAGAGA-CTACAACCTTAACTAGAGAGTAAG--CATG----T-AAA---CTATTAAAGTTGGCCTAAAAGCAGCCACCAATTAAGAAAGCGTTCAAGCTCAA---C--ATAAAA-CACTACA-TCAA---TACC-ATAA--TTACTA--AGCCAACTCCTAAAA--CAC-AACTGGATTATTCTAT-TA----TTACATGGAAGAAACACTGTTAATATGAGTAACAAGAATAATT-TTCT-CCAAGCACACGTGTATAGCA-G-ACCGAAT-AATCACTGATAGTTAACAAAA-AGCAAAC-CCAAC-CAAAC-AACA-AGACACTTGCC-CAA--CAACTTG-TTAGCCCAACACAGGAGTGC--AC--C----ATGGAAAGATTAAAAAGAGTAAAAGGAACTAGGCAAACAC-GAATTCCGCCTGTTTACCAAAAACATCACCTCTAGCATAACCAGTATTAGAGGCACTGCCTGCCCAGTG--ACAAT--AGTTAAACGGCCGCGGTATCCTGACCGTGCAAAGGTAGCATAATCACTTGTTCTTTAAATAGGGACTTGAATGAAGGGCCACACGAGAATTCTACTGTCTCTTACTCTAAATCAGTGAAATTGACCTTCCCGTGAAGAGGCGGGAATAACTAAATAAGACGAGAAGACCCTATGGAGC-TTTAATT--ACATGCTCTATCA-GACAC--TAATAAACGCCCAA-AAGG-AATA-AAAC-GCTCTTA---CTAGAGCAGTAATTTAGGTTGGGGTGACC-TCGGAGTATAACTCAACCTCCGAGT-GATTTTTAAACCTAGACAAACAAGTCAAAGA-T-ACAAAGTCACT-T-AT-TGATCCA-GAC-CAAATTTGATCAACGAAATAAGTTACCCTAGGGATAACAGCGCAATCCTATTTAAGAGCCCCTATCGACAA-TAGGGTTTACGACCTCGATGTTGGATCAGGACATCCTAATGGTGCA-GCAGCTATTAACGGTTCGTTTGTTCAACGATTAA-AGTCCTACGTGATCTGAGTTCAGACCGGAGCAATCCAGGTCGGTTTCTATCTATT-A--T-TTG-TCCCTCCCAGTACGAAAGGACAAGAGAG-ACGGGGCCAACTTCCC----A-AAAGCGCCCTC--AAG-A---CTAACAGATG-ATA-TAGTATA-AATCTG-AA-GCAT-AA-A--ATCAACC---CACCCTAAAC--CAGGGTTT-ATGACCAACCTCCGAAAAGTCCACCCCCTATTCAAAATTATTAACACCTCCTTTGTAGACCTACCAGCCCCTGCAAGCCTATCATCATGATGAAATTTCGGCTCTCTCTTAGGAGTCTGCTTAGCTGTACAGATTTTAACAGGCTTATTTTTAGCTATACACTATACGTCCGATACAGCTACAGCATTCAATTCCGTAACACATATTTGCCGAGACGTCAACTATGGCTGAATAATCCGATATGCACACGCCAACGGAGCCTCCATATTCTTCATCTGCCTATATATGCACGTAGGACGAGGACTATACTACGGCTCCTACACCTACTCAGAAACATGAAACATCGGCATCCTTCTCCTATTCGCCACTATAGCCACAGCATTCATAGGATATGTCCTACCATGAGGCCAAATATCATTCTGAGGAGCAACAGTTATCACAAACCTACTATCTGCGGTACCCTATATCGGAACCGAACTAGTACAATGAATCTGGGGCGGATTCTCAGTAGACAAAGCAACCTTGACCCGATTCTTCGCCTTTCATTTCCTACTACCATTCATCATCTCGGCCTTAGTAATAGTTCACCTACTATTCCTGCACGAAACAGGATCCAACAATCCAACAGGCATCCCATCAGACCCAGATAAAATCCCATTCCACCCCTACTACACAATCAAAG{AG}CATTTTAGGCCTACTATTCCTACTAACAGCACTATCAACCCTAGTACTATTCTCACCCGACCTCCTAGGAGACCCAGACAACTACACACCAGCAAACCCACTAAACACCCCACCACACATCAAACCAGAATGATATTTTCTATTCGCTTATGCCATCTTACGCTCCATTCCTAATAAACTAGGAGGCGTACTAGCCCTAATCCTATCTATCCTAATCCTGGCAATCATCCCGCTATTACACACCTCTAAACAACGAAGTATAACATTCCGTCCCCTCAGCCAATGCTTATTCTGATTACTGGTCGCAAACCTTATAGCCCTCACCTGAATCGGAGGCCAACCAGTAGAACACCCATTTATCGTCATCGGACAAACCGCCTCAGTACTCTACTTCTCCACCATCCTAATTCTCATACCACTTGCTGCCTTAGCTGAGAACAAGCTATTAAAATGAAGAACTCTTTACATAATCTTCGGCGCTTGGGCGGGAATAATTGGCACCGCTCTGAGCCTAATTATCCGTGCTGAGCTAGGCCAACCAGGAGCCCTTATAGGCGACGATCAAATTTACAATGTTGTCGTAACCGCTCACGCTTTCGTAATAATCTTCTTCATAGTTATGCCTATTATAATTGGTGGCTTTGGTAACTGACTCATTCCCCTTATAATTGGAGCCCCTGACATAGCTTTCCCACGAATAAACAATATAAGTTTTTGACTACTACCCCCCTCCTTCCTACTGCTACTAGCCTCCTCTATGGTAGAAGCCGGCGTGGGGACTGGTTGGACCGTCTACCCCCCTTTAGCAGGCAACCTCGCCCACGCAGGAGCTTCTGTAGACCTAGCCATCTTTTCTTTACATTTGGCAGGAGTTTCATCGATCTTAGGGGCTATCAACTTTATTACCACCATTATTAACATAAAACCCCCTGCTCTAAACCAATACCAAACCCCCTTGTTTGTCTGATCAGTTGTAATCACAGCCGTTTTACTACTATTATCACTACCAGTACTAGCTGCTGGCATTACCATACTATTAACAGACCGAAACTTAAACACCACCTTTTTCGACCCAGCTGGAGGAGGAGACCCAATTTTATATCAGCACTTGTTCGATATAAAGCATAACCATCTCAAACTGAAGCCTGCAGTTTTCTCTAAGGATTCCTGCTACCTTCCTCCTCTTCGCTACCCAGCCACTTGC{GT}TATTCAAAGG{CT}AG{CT}TTAGAGTCTGAAAAGCAACAATACATTATCCATGGGGGGAAAACACCAAACAATGAGCTTTCAGATAAGATTTATGTCATGTCTGTTGTGAGCAAGAACAACAAAAAAGTTACTTTTTGCTGTACTGAGAAAGACTTGGTAGGAGATGTTCCTGAAGCCAGATATGGTCATTCCATTGATGTGGTGTACAGTCGAGGGAAGAGCATGGGTGTTGTCTTCGGAGGACGATCATACATACCTTCCACCCAA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Glossophaga_longirostris 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Glossophaga_soricina 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Leptonycteris_yerbabuenae 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Lichonycteris_obscura 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Lionycteris_spurrelli 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Lonchophylla_thomasi 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Lonchorhina_aurita 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Lophostoma_silvicolum 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Macrophyllum_macrophyllum 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Macrotus_californicus 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Macrotus_waterhousii 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Mesophylla_macconnelli 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Micronycteris_hirsuta 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Micronycteris_megalotis 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Mimon_bennettii 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Mimon_crenulatum 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Monophyllus_redmani 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Mormoops_megalophylla 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Mystacina_robusta 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Mystacina_tuberculata 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Noctilio_leporinus 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Phyllostomus_hastatus 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Platalina_genovensium 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Platyrrhinus_helleri 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Pteronotus_davyi 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Pteronotus_parnellii 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Pygoderma_bilabiatum 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Saccopteryx_bilineata 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Scleronycteris_ega 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Sphaeronycteris_toxophyllum 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Stenoderma_rufum 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Sturnira_lilium 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Tonatia_saurophila 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Trachops_cirrhosus 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Trinycteris_nicefori 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Uroderma_bilobatum 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Vampyressa_pusilla 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Vampyriscus_bidens 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Vampyrodes_caraccioli 11121{13}1001211022121012000110?000?001?010000?00000044000?00110210??001001110000100??11001?0100200???11????????????????????????10000101?1000??10020000?3100010110000010110101000500000101001110???????????????????011?01331210 Vampyrum_spectrum 1010100000310120020?100001111001?0000001000?00000022020?00110110??001001120011002?10010010000100???10????????????????????????0?00000000010??1003???0?2100011101100010120?11000400001201011000?????????????????210???013??0?0 ; END; BEGIN SETS; CHARSET morphology (CHARACTERS = 80_spp._morph_matrix) = 1-220; CHARSET potentially_convergent_morph (CHARACTERS = 80_spp._morph_matrix) = 54 62 68 72-73 76-78 80-81 94 105 109 112-114 117-118 123 130 138 142 144-146 182; END; [ The following blocks are output data for analysis step 9168 ] BEGIN TREES; TITLE Combined_80spp; LINK TAXA = TaxaForAnalysisStep9168; TREE Combined_MB_PP_50MajRulCon_2_model_alldata = [&R] (Saccopteryx_bilineata:0.401489,(Mystacina_robusta:0.05896,Mystacina_tuberculata:0.022028)1.00:0.279253,(((((((((((((((((((((Ametrida_centurio:0.029559,Pygoderma_bilabiatum:0.027294)0.97:0.007071,Sphaeronycteris_toxophyllum:0.035009)0.95:0.01095,Centurio_senex:0.041759)1.00:0.012378,(Ardops_nichollsi:0.021289,Ariteus_flavescens:0.020777)1.00:0.02912)0.99:0.008377,(Phyllops_falcatus:0.024202,Stenoderma_rufum:0.014747)1.00:0.025472)1.00:0.063929,((Artibeus_cinereus:0.052838,Artibeus_concolor:0.056744)0.99:0.012153,(Artibeus_hirsutus:0.046409,Artibeus_jamaicensis:0.037224)1.00:0.012986)1.00:0.028847)0.98:0.009367,Ectophylla_alba:0.141853)0.67:0.007429,Enchisthenes_hartii:0.095559)1.00:0.019632,(((Chiroderma_villosum:0.084756,(Metavampyressa_nymphaea:0.069831,Vampyriscus_bidens:0.066337)1.00:0.024018)0.51:0.007519,(Mesophylla_macconnelli:0.065981,Vampyressa_pusilla:0.058036)1.00:0.027027)0.98:0.006467,((Platyrrhinus_helleri:0.056168,Vampyrodes_caraccioli:0.058137)1.00:0.012199,Uroderma_bilobatum:0.100621)0.99:0.006917)1.00:0.023208)1.00:0.035479,Sturnira_lilium:0.129636)1.00:0.031022,Rhinophylla_pumilio:0.232786)1.00:0.02278,((Carollia_brevicauda:0.016018,Carollia_perspicillata:0.012582)1.00:0.12316,((Glyphonycteris_daviesi:0.122635,Glyphonycteris_sylvestris:0.104098)1.00:0.029175,Trinycteris_nicefori:0.130568)1.00:0.032596)1.00:0.012935)1.00:0.016062,(((((Anoura_caudifer:0.068847,Anoura_geoffroyi:0.062978)1.00:0.0623,((Choeroniscus_godmani:0.033638,(Choeronycteris_mexicana:0.009968,Musonycteris_harrisoni:0.013817)0.99:0.01681)1.00:0.043809,(Hylonycteris_underwoodi:0.037002,Lichonycteris_obscura:0.06678)0.97:0.038975,Scleronycteris_ega:0.012794)1.00:0.112279)1.00:0.025637,(((Glossophaga_longirostris:0.083157,Glossophaga_soricina:0.06428)1.00:0.042524,Leptonycteris_yerbabuenae:0.089393)1.00:0.027115,Monophyllus_redmani:0.083863)1.00:0.020599)1.00:0.019274,(Brachyphylla_cavernarum:0.104594,(Erophylla_sezekorni:0.06581,(Phyllonycteris_aphylla:0.027843,Phyllonycteris_poeyi:0.016648)1.00:0.041986)1.00:0.05934)1.00:0.026365)1.00:0.029916,(((Lionycteris_spurrelli:0.091285,Platalina_genovensium:0.086897)1.00:0.02204,Lonchophylla_robusta:0.107808)0.98:0.010408,Lonchophylla_thomasi:0.112153)1.00:0.079409)1.00:0.018654)1.00:0.015478,Lonchorhina_aurita:0.174686)0.85:0.008831,((Chrotopterus_auritus:0.149691,Vampyrum_spectrum:0.129044)1.00:0.076666,((((Lophostoma_brasiliense:0.082504,Lophostoma_silvicolum:0.063374)1.00:0.066324,(Mimon_crenulatum:0.158838,(Phylloderma_stenops:0.154058,(Phyllostomus_discolor:0.08855,Phyllostomus_hastatus:0.077207)0.99:0.027584)0.93:0.012191)0.94:0.030807)0.92:0.011784,Tonatia_saurophila:0.167266)0.90:0.012917,(Macrophyllum_macrophyllum:0.209028,Trachops_cirrhosus:0.137518)1.00:0.023773)0.84:0.010243)0.88:0.017271)0.74:0.019268,Mimon_bennettii:0.210899)0.67:0.015763,((Desmodus_rotundus:0.160835,Diaemus_youngi:0.108015)1.00:0.104471,Diphylla_ecaudata:0.2644)1.00:0.080645)0.82:0.017803,(Lampronycteris_brachyotis:0.19179,((Micronycteris_hirsuta:0.088076,Micronycteris_megalotis:0.064758)1.00:0.024735,Micronycteris_minuta:0.118147)1.00:0.048257)0.90:0.039729)0.65:0.007693,(Macrotus_californicus:0.102353,Macrotus_waterhousii:0.076324)1.00:0.160465)1.00:0.076433,(Mormoops_megalophylla:0.174707,(Pteronotus_davyi:0.088403,Pteronotus_parnellii:0.107402)1.00:0.090392)1.00:0.039134)1.00:0.037413,((Furipterus_horrens:0.271361,Noctilio_leporinus:0.272453)1.00:0.054596,Thyroptera_tricolor:0.392004)0.99:0.023259)0.98:0.026116); [! 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TreeBASE tree URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/tree/TB2:Tr56458] END; BEGIN TREES; TITLE Combined_80spp; LINK TAXA = TaxaForAnalysisStep9168; TREE Combined_MB_PP_50MajRulCon_9_model_alldata = [&R] (Saccopteryx_bilineata:0.684378,(Mystacina_robusta:0.084703,Mystacina_tuberculata:0.035941)1.00:0.426635,((((((((((((((((((((Ametrida_centurio:0.038728,Pygoderma_bilabiatum:0.036975)0.58:0.009846,Sphaeronycteris_toxophyllum:0.047444)0.76:0.015005,Centurio_senex:0.058497)1.00:0.018002,(Ardops_nichollsi:0.028352,Ariteus_flavescens:0.024045)1.00:0.042801)0.70:0.010237,(Phyllops_falcatus:0.022359,Stenoderma_rufum:0.014532)1.00:0.042663)1.00:0.103671,((Artibeus_cinereus:0.069207,Artibeus_concolor:0.074246)0.93:0.02032,(Artibeus_hirsutus:0.052462,Artibeus_jamaicensis:0.050378)1.00:0.020862)1.00:0.049365)1.00:0.01736,Ectophylla_alba:0.221812)0.56:0.008959,Enchisthenes_hartii:0.139124)1.00:0.034451,(((Chiroderma_villosum:0.111776,(Metavampyressa_nymphaea:0.092974,Vampyriscus_bidens:0.087112)1.00:0.037014)0.74:0.012637,(Mesophylla_macconnelli:0.093391,Vampyressa_pusilla:0.079291)1.00:0.041757)0.99:0.009502,((Platyrrhinus_helleri:0.067431,Vampyrodes_caraccioli:0.081005)1.00:0.016305,Uroderma_bilobatum:0.144922)1.00:0.012829)1.00:0.035801)1.00:0.065788,Sturnira_lilium:0.210381)1.00:0.050569,Rhinophylla_pumilio:0.378485)1.00:0.04633,((Carollia_brevicauda:0.007469,Carollia_perspicillata:0.011257)1.00:0.1942,((Glyphonycteris_daviesi:0.190251,Glyphonycteris_sylvestris:0.152969)1.00:0.044373,Trinycteris_nicefori:0.207572)1.00:0.052413)0.99:0.015073)1.00:0.025701,(((((Anoura_caudifer:0.07516,Anoura_geoffroyi:0.073769)1.00:0.123781,((Choeroniscus_godmani:0.062101,(Choeronycteris_mexicana:0.015511,Musonycteris_harrisoni:0.020379)0.96:0.023679)1.00:0.071353,(Hylonycteris_underwoodi:0.060584,Lichonycteris_obscura:0.096999)0.96:0.062855,Scleronycteris_ega:0.018766)1.00:0.19231)1.00:0.044136,(((Glossophaga_longirostris:0.099989,Glossophaga_soricina:0.071249)1.00:0.075635,Leptonycteris_yerbabuenae:0.128257)1.00:0.039901,Monophyllus_redmani:0.123251)1.00:0.030108)1.00:0.030729,(Brachyphylla_cavernarum:0.164235,(Erophylla_sezekorni:0.089762,(Phyllonycteris_aphylla:0.042302,Phyllonycteris_poeyi:0.023458)1.00:0.062408)1.00:0.101636)1.00:0.043208)1.00:0.049124,(((Lionycteris_spurrelli:0.109144,Platalina_genovensium:0.15324)1.00:0.045395,Lonchophylla_robusta:0.124134)1.00:0.02339,Lonchophylla_thomasi:0.171539)1.00:0.139413)1.00:0.034624)1.00:0.027797,Lonchorhina_aurita:0.275299)0.96:0.016011,((Chrotopterus_auritus:0.194754,Vampyrum_spectrum:0.185929)1.00:0.095495,((((Lophostoma_brasiliense:0.122419,Lophostoma_silvicolum:0.0986)1.00:0.111391,(Mimon_crenulatum:0.251277,(Phylloderma_stenops:0.238569,(Phyllostomus_discolor:0.094172,Phyllostomus_hastatus:0.108684)0.99:0.043123)0.73:0.015251)0.74:0.050851)0.72:0.020784,Tonatia_saurophila:0.282713)0.72:0.024509,(Macrophyllum_macrophyllum:0.335281,Trachops_cirrhosus:0.220635)1.00:0.043751)0.70:0.019438)0.70:0.029153)0.68:0.03813,((Desmodus_rotundus:0.236695,Diaemus_youngi:0.15888)1.00:0.178859,Diphylla_ecaudata:0.436469)1.00:0.140712)0.55:0.025979,(Lampronycteris_brachyotis:0.266007,((Micronycteris_hirsuta:0.123238,Micronycteris_megalotis:0.100008)1.00:0.043131,Micronycteris_minuta:0.170798)1.00:0.085211)0.63:0.057537,Mimon_bennettii:0.315624)0.84:0.014935,(Macrotus_californicus:0.152941,Macrotus_waterhousii:0.096173)1.00:0.271479)1.00:0.129752,(Mormoops_megalophylla:0.284417,(Pteronotus_davyi:0.129415,Pteronotus_parnellii:0.171302)1.00:0.162489)1.00:0.069163)1.00:0.062389,((Furipterus_horrens:0.442973,Noctilio_leporinus:0.459312)1.00:0.085474,Thyroptera_tricolor:0.662861)1.00:0.037166)0.99:0.050781); [! TreeBASE tree URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/tree/TB2:Tr56456] END;