#NEXUS [!This data set was downloaded from TreeBASE, a relational database of phylogenetic knowledge. TreeBASE has been supported by the NSF, Harvard University, Yale University, SDSC and UC Davis. Please do not remove this acknowledgment from the Nexus file. Generated on July 10, 2025; 9:38 GMT TreeBASE (cc) 1994-2008 Study reference: Gazis R.O., Lutzoni F., Miadlikowska J.M., Arnold A., & Chaverri P. 2012. Culture-based study of endophytes associated with rubber trees in Peru reveals a new class of Pezizomycotina: Xylonomycetes. Molecular Phylogenetics and Evolution, . TreeBASE Study URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/study/TB2:S12729] [ The following blocks are input data for analysis step 9205 ] BEGIN TAXA; TITLE TaxaForAnalysisStep9205; DIMENSIONS NTAX=107; TAXLABELS Acarospora_laqueata Acarospora_schleicheri Acarosporina_microspora Agonimia_sp Aleuria_aurantia Ascobolus_crenulatus Ashbya_gossypii Aspergillus_fumigatus Aspergillus_nidulans Bacidia_schweinitzii Botryotinia_fuckeliana Caloscypha_fulgens Candida_albicans Candida_glabrata Candida_guilliermondii Candida_lusitaniae Candida_tropicalis Canoparmelia_caroliniana Capnodium_coffeae Capronia_pilosella Chaetomium_globosum Cheilymenia_stercorea Chlorociboria_aeruginosa Cladonia_caroliniana Coccidioides_immitis Coccomyces_dentatus Cochliobolus_heterostrophus Cudoniella_clavus Debaryomyces_hansenii Dendrographa_minor Dermatocarpon_miniatum Dermea_acerina Diaporthe_eres Dibaeis_baeomyces Diploschistes_ocellatus Disciotis_venosa Dothidea_insculpta Dothidea_sambuci Endocarpon_pallidulum Exophiala_dermatitidis Exophiala_pisciphila Fusarium_graminearum Geoglossum_nigritum Gnomonia_gnomon Gyromitra_californica Haematonectria_haematococca Helvella_compressa Histoplasma_capsulatum Hydropisphaera_erubescens Hypocenomyce_scalaris Hypocrea_citrina Kluyveromyces_lactis Kluyveromyces_waltii Lachnum_virgineum Lecanora_hybocarpa Leotia_lubrica Lichinella_iodopulchra Lindra_thalassiae Lulworthia_grandispora Magnaporthe_grisea Microascus_trigonosporus Mollisia_cinerea Monascus_purpureus Monilinia_fructicola Morchella_esculenta Mycoblastus_sanguinarius Neurospora_crassa Orbilia_auricolor Orbilia_vinosa Orceolina_kerguelensis Peltigera_degenii Peltula_auriculata Peltula_umbilicata Pertusaria_dactylina Peziza_proteana Peziza_vesiculosa Pezizomycotina_sp._TC137 Pezizomycotina_sp._TC161 Pezizomycotina_sp._TC269 Phacidiopycnis_pyri Physcia_aipolia Pleopsidium_chlorophanum Pleospora_herbarum Podospora_anserina Pyrenophora_phaeocomes Pyrenula_pseudobufonia Pyrgillus_javanicus Pyronema_domesticum Ramichloridium_anceps Roccella_fuciformis Saccharomyces_castellii Saccharomyces_cerevisiae Sarcoscypha_coccinea Scutellinia_scutellata Simonyella_variegata Sordaria_fimicola Spiromastix_warcupii Staurothele_frustulenta Stictis_radiata Trapelia_placodioides Trematosphaeria_heterospora Trichoglossum_hirsutum Trypethelium_unknown Umbilicaria_mammulata Westerdykella_cylindrica Xylaria_acuta Xylaria_hypoxylon ; END; BEGIN CHARACTERS; [! TreeBASE Matrix URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/matrix/TB2:M12807] TITLE 'Pezizomycotina: Xylonomycetes'; LINK TAXA = TaxaForAnalysisStep9205; DIMENSIONS NCHAR=7259; FORMAT DATATYPE=DNA SYMBOLS= "A C G T" MISSING=? 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Acarospora_laqueata 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Aspergillus_nidulans 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Bacidia_schweinitzii 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Botryotinia_fuckeliana 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Candida_glabrata 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Candida_guilliermondii 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Candida_lusitaniae 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Candida_tropicalis 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Canoparmelia_caroliniana 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Cudoniella_clavus 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Dibaeis_baeomyces 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Dothidea_sambuci 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Hydropisphaera_erubescens 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Kluyveromyces_waltii 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Mycoblastus_sanguinarius 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Peltula_auriculata 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Peltula_umbilicata 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Pertusaria_dactylina 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Peziza_proteana 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Peziza_vesiculosa 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Pleopsidium_chlorophanum 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Pyrenophora_phaeocomes 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Roccella_fuciformis 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Saccharomyces_castellii 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Saccharomyces_cerevisiae 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Simonyella_variegata 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Staurothele_frustulenta 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Trematosphaeria_heterospora 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Umbilicaria_mammulata 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LINK TAXA = TaxaForAnalysisStep9205; TREE tree_1 = [&R] ((Leotia_lubrica:0.36161419903994313,(Phacidiopycnis_pyri:0.13881270506951754,(Dermea_acerina:0.13140479257206625,((Botryotinia_fuckeliana:0.05421684864587757,Monilinia_fructicola:0.04331336352155107):0.19285023708010104,((Lachnum_virgineum:0.14538934621194544,Cudoniella_clavus:0.15088815796229546):0.06865928924322386,(Mollisia_cinerea:0.15248268390374667,Chlorociboria_aeruginosa:0.17614497400618057):0.030766843190979283):0.014761197453510039):0.021036519168946156):0.03576991913894704):0.019457052168611946):0.017537352563756943,(Coccomyces_dentatus:0.3365353027386964,((((Lindra_thalassiae:0.2348477374200809,Lulworthia_grandispora:0.4781641387279624):0.4762488936424814,(Microascus_trigonosporus:0.3314472495326429,(Hypocrea_citrina:0.2792338783421102,(Hydropisphaera_erubescens:0.32683819289910565,(Haematonectria_haematococca:0.07072918337994594,Fusarium_graminearum:0.2088186404605354):0.06115039827489848):0.0609764294914039):0.026429737149711228):0.060781537158767523):0.020610515038867665,((Xylaria_hypoxylon:0.09084792212223737,Xylaria_acuta:0.07090939970252011):0.30417267277263516,((Magnaporthe_grisea:0.35660267908141907,(Diaporthe_eres:0.14226837390464442,Gnomonia_gnomon:0.20771788179114384):0.16025246596859463):0.04258595511268565,(Neurospora_crassa:0.16741399189629128,(Podospora_anserina:0.19857326379995885,(Sordaria_fimicola:0.11938662195228335,Chaetomium_globosum:0.17696605655533545):0.014946982781971842):0.044321696544250236):0.11572491250101415):0.05080274019148952):0.02632081633404371):0.2434576264152914,((((Simonyella_variegata:0.5224270680271338,(Roccella_fuciformis:0.1193281843763556,Dendrographa_minor:0.21186701404659847):0.33171844420609253):0.15253907722693705,((Trypethelium_unknown:0.5779330505782185,(Capnodium_coffeae:0.41108946663491924,(Dothidea_sambuci:0.042379942267556744,Dothidea_insculpta:0.05928168545841991):0.17372358238050814):0.11572427452954771):0.03076845638107866,((Trematosphaeria_heterospora:0.16124782074685948,Westerdykella_cylindrica:0.23267077749430026):0.04407853906927513,(Pyrenophora_phaeocomes:0.08263716846082801,(Cochliobolus_heterostrophus:0.08432656018159213,Pleospora_herbarum:0.04718524463434896):0.0567303651196342):0.1843215310605842):0.2988298069253841):0.032908807966101836):0.04844586822413206,((Ascobolus_crenulatus:0.39779968093384677,((Sarcoscypha_coccinea:0.3811376965999466,(Helvella_compressa:0.3320242211365724,(Gyromitra_californica:0.16092634384105955,(Morchella_esculenta:0.1678609954138051,Disciotis_venosa:0.09781915401566922):0.05617861440054589):0.08588347741415686):0.059733052049882204):0.06225052481391248,(Caloscypha_fulgens:0.27363408449480553,(Pyronema_domesticum:0.1379732729781853,(Cheilymenia_stercorea:0.13848584497918184,(Scutellinia_scutellata:0.162176207113591,Aleuria_aurantia:0.1312616034569254):0.032951648102231564):0.029328627637348857):0.14101594851406496):0.03675936095521992):0.07195199342746887):0.02542399458885108,((Orbilia_vinosa:0.1474712310572614,Orbilia_auricolor:0.1701116384996935):0.25893973461540293,((Peziza_proteana:0.11628926608449279,Peziza_vesiculosa:0.07649378141998413):0.4445127045053322,(((Debaryomyces_hansenii:0.11338999906380526,Candida_lusitaniae:0.23700655645597227):0.0242812542985142,(Candida_guilliermondii:0.2645890661861292,(Candida_albicans:0.13254710902513922,Candida_tropicalis:0.0908354448057682):0.062015191122406464):0.011428759260907957):0.15322179666732721,((Candida_glabrata:0.16469165195571692,(Saccharomyces_cerevisiae:0.1457885652911447,Saccharomyces_castellii:0.13710770902723457):0.0297269883550565):0.05830584981551738,(Kluyveromyces_lactis:0.13018659624414106,(Kluyveromyces_waltii:0.18952628106117697,Ashbya_gossypii:0.2389435204479894):0.042521767158210516):0.04915110208470574):0.17935231696270434):0.6131569548702492):0.12759810390102752):0.07380622216791619):0.11069561017317382):0.014535548419493663,((((Aspergillus_nidulans:0.2397997015015371,(Monascus_purpureus:0.21228192369710983,Aspergillus_fumigatus:0.1280557618862134):0.024844969437718255):0.10612276793669555,(Coccidioides_immitis:0.2835648244811947,(Spiromastix_warcupii:0.18659901933446602,Histoplasma_capsulatum:0.18443579534365503):0.028331936307765853):0.08940780561717611):0.15446634790810465,((Pyrgillus_javanicus:0.3496902526653352,Pyrenula_pseudobufonia:0.3714028122484888):0.19145931267093538,((Agonimia_sp:0.1282983750194021,(Staurothele_frustulenta:0.12906369563041506,(Dermatocarpon_miniatum:0.09808534226051388,Endocarpon_pallidulum:0.11844435090711576):0.04182206885538639):0.03232563502172972):0.20858199791129928,(Exophiala_pisciphila:0.1895030957620567,(Ramichloridium_anceps:0.16943782032368415,(Capronia_pilosella:0.14892642214399546,Exophiala_dermatitidis:0.14778086972602905):0.04403210134960843):0.04646443388029485):0.21492266947152625):0.11474940465081097):0.19101961293007022):0.0704657878185711,((Pezizomycotina_sp._TC269:0.0023740896265383084,(Pezizomycotina_sp._TC137:0.002744334006538432,Pezizomycotina_sp._TC161:0.005797007937960564):0.001876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TreeBASE tree URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/tree/TB2:Tr52972] END;