#NEXUS [!This data set was downloaded from TreeBASE, a relational database of phylogenetic knowledge. TreeBASE has been supported by the NSF, Harvard University, Yale University, SDSC and UC Davis. Please do not remove this acknowledgment from the Nexus file. Generated on January 26, 2026; 8:36 GMT TreeBASE (cc) 1994-2008 Study reference: Torices R., Méndez M., & Gómez J.M. 2011. Where do monomorphic sexual systems fit in the evolution of dioecy? Insights from the largest family of angiosperms. The New Phytologist, (190): 234-248. TreeBASE Study URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/study/TB2:S12821] [ The following blocks are input data for analysis step 9342 ] BEGIN TAXA; TITLE TaxaForAnalysisStep9342; DIMENSIONS NTAX=12; TAXLABELS Apteryx_australis Apteryx_haastii Apteryx_mantelli Apteryx_oweni Apteryx_rowi Casuarius_bennetti Casuarius_casuarius Casuarius_unappendiculatus Dromaius_novaehollandiae Rhea_americana Rhea_pennata Struthio_camelus ; END; BEGIN CHARACTERS; [! TreeBASE Matrix URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/matrix/TB2:M13194] TITLE Character_Matrix; LINK TAXA = TaxaForAnalysisStep9342; DIMENSIONS NCHAR=54; FORMAT DATATYPE=Continuous MISSING=? GAP= -; MATRIX [ 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 230 240 250 260 270 280 290 300 310 320 330 340 350 360 370 380 390 400 410 420 430 440 450 460 470 480 490 500 510 520 530 540 550 560 570 580 590 600 610 620 630 640 650 660 670 680 690 700 710 720 730 740 750 760 770 780 790 800 810 820 830 840 ] [ . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ] Apteryx_australis 88.335 8.86 0.100296611980833 123.77 6.635 0.0535880061805618 64.05 5.955 0.0926530670864901 40.65 2.425 0.0593633347630313 19.765 1.63 0.08160480194796 19.765 1.66 0.0832441462102551 0.284796149809222 36.255 14.56 24.5825 14.7775 4.165 8.3625 3.335 17.225 15.4275 8.6225 17.4625 16.11 16.8975 13.85 30.0175 25.09 15.8725 7.735 0.401680716387384 0.678103607274354 0.408072768650976 0.115084560829242 0.230416218696286 0.0921189740850562 0.475092219125425 0.425227009703552 0.237480683060671 0.481378071022422 0.444047415239439 0.465972341110327 0.382214948172395 0.827427143466937 0.689717510448838 0.437516577757386 0.213137687263032 Apteryx_haastii 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 37.08 14.055 23.91 16.56 3.705 8.2075 1.7475 16.8125 14.675 9.0525 17.115 16.7725 16.6325 12.9225 29.6625 23.405 15.615 6.275 0.379185120038682 0.644787923079586 0.446626636801854 0.0999138996185051 0.22127990784539 0.0471287581092769 0.453396877519262 0.395699257578768 0.244040796074323 0.461561903686854 0.452259054941033 0.448422794912353 0.348575154330461 0.79983934183757 0.63181562561186 0.421055303530392 0.169101280174045 Apteryx_mantelli 94.49 9.49 0.10043390835009 133.53 6.82 0.0510746648693178 69.27 6.84 0.0987440450411434 42.69 3.23 0.0756617474818459 21.58 1.56 0.072289156626506 21.58 1.56 0.072289156626506 0.281861240242084 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 Apteryx_oweni 79.55 7.87 0.0989314896291641 110.54 5.55 0.0502080694771124 56.87 5.41 0.0951292421311764 38.19 2.45 0.064152919612464 18.4 1.16 0.0630434782608696 18.4 1.1 0.0597826086956522 0.297701088957862 30.4075 12.445 19.52 13.3075 2.6775 6.31 2.0325 11.9425 11.615 6.5025 11.795 13.385 14.9875 13.655 24.44 18.2025 9.9925 3.1825 0.412003850824936 0.6432751416267 0.437173623568694 0.0903072535822744 0.210352128360541 0.0657403421524995 0.387240801331595 0.379371009798414 0.215567839147307 0.38151821689741 0.443658586235532 0.494464738435513 0.452280417193742 0.806976611059662 0.595207739566089 0.323154287495359 0.105753432171246 Apteryx_rowi 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 Casuarius_bennetti 210.21 24.15 0.114885114885115 338.27 19.72 0.0582966269547994 248.92 19.52 0.0784187690824361 68.84 8.94 0.12986635676932 44.07 5.81 0.131835715906512 39.95 5.84 0.146182728410513 0.205859830805134 66.6783333333333 23.0966666666667 40.8666666666667 11.58 8.89333333333333 12.3816666666667 4.395 31.4883333333333 33.6016666666667 17.5566666666667 31.2483333333333 35.5116666666667 34.4533333333333 22.9616666666667 42.915 40.3366666666667 33.475 24.6133333333333 0.349927613343816 0.614292677665234 0.185723085339662 0.133777389279024 0.183193239558493 0.0667598610131376 0.474746028155802 0.503918136522551 0.254002356430545 0.468633795276326 0.533545678617592 0.51903957012498 0.345716760804278 0.655680805624714 0.608797590666168 0.503095120354869 0.367585982777874 Casuarius_casuarius 205.0 29.19 0.142534781780065 363.0 23.275 0.0641134894838204 292.5 26.35 0.090206043956044 73.595 9.76 0.134649242679684 42.935 7.935 0.184392177370027 44.39 5.365 0.121163883627407 0.204749902918654 70.8833333333333 22.4066666666667 44.145 11.27 10.0266666666667 9.35833333333333 3.66166666666667 33.7416666666667 34.1083333333333 22.1016666666667 30.91 36.6366666666667 35.0833333333333 27.3433333333333 55.1083333333333 40.8 32.1533333333333 25.035 0.315208970527617 0.622881921945822 0.156399758578435 0.141856290290021 0.131737723308794 0.051208341223667 0.475545132227981 0.481993837842777 0.312347676394083 0.435750089059249 0.514736764637453 0.496319798396226 0.387300076535555 0.768848364179963 0.573143822273165 0.455360933311539 0.352405830328812 Casuarius_unappendiculatus 224.5 33.06 0.146877401205759 392.0 23.59 0.0600041758012319 320.5 24.29 0.0756403200624512 78.895 10.535 0.13356626847197 47.02 7.425 0.157460627939812 45.11 5.2 0.115778267167107 0.204428587535085 67.54 19.995 40.565 31.135 13.235 6.435 4.83 31.015 34.905 2.05 28.355 34.835 31.665 23.08 57.88 49.405 25.535 20.325 0.296046787089132 0.600607047675452 0.460986082321587 0.195957950843944 0.0952768729641694 0.0715131773763696 0.459209357417827 0.516804856381404 0.0303523837725792 0.419825288717797 0.515768433520877 0.468833283979864 0.341723423156648 0.856973645247261 0.731492448919159 0.37807225347942 0.300932780574474 Dromaius_novaehollandiae 191.0 29.895 0.156530214959421 366.0 25.04 0.0684252404655863 371.0 20.035 0.0540618640618641 94.025 8.295 0.0878816758771162 67.87 5.42 0.0799660051041447 65.835 4.34 0.0662692088530021 0.290735509176311 80.505 31.3733333333333 35.9166666666667 18.965 10.035 20.7783333333333 8.80333333333333 36.2633333333333 39.9 36.835 24.6383333333333 45.4766666666667 35.4283333333333 29.0766666666667 57.9316666666667 34.71 40.2916666666667 35.8683333333333 0.390127721944635 0.443360630511914 0.235118893655403 0.125209919240667 0.258702336981569 0.110236875914725 0.448822237474758 0.495562713861676 0.45743206154512 0.304793749004773 0.565830892039166 0.439935863358435 0.361505924656042 0.720775178368863 0.43199140292997 0.500718327425404 0.445385921177296 Rhea_americana 193.333333333333 23.33 0.120888785514616 331.666666666667 19.9966666666667 0.0603458969005399 321.166666666667 17.8433333333333 0.0555711022755831 272.0 11.4666666666667 0.0422108082219184 194.333333333333 6.42 0.033096286423554 195.666666666667 6.75 0.0345433668934707 0.888923421005451 60.9 25.23 35.9425 21.76125 3.51875 9.03125 6.1675 23.43875 27.19125 20.81 22.43875 40.5675 27.10625 23.03875 35.9975 33.87125 27.05 23.18875 0.422650540055054 0.588830795602293 0.34017360362031 0.0560288217823665 0.153473919536673 0.10183059588468 0.380226841084633 0.44057790970886 0.32713820707024 0.357879405815536 0.655125801778371 0.445240028368943 0.389251671046621 0.618436997491483 0.552436383859405 0.454064481997067 0.370694295692022 Rhea_pennata 196.0 24.36 0.124294272445903 328.0 19.2933333333333 0.0587873741369443 305.0 17.66 0.0578929697578228 260.333333333333 11.83 0.0452370078810606 185.0 5.12666666666667 0.0277000386588927 183.0 5.78 0.0316032007565591 0.849968983698461 59.18 23.41 36.8 19.96 4.42 11.48 5.695 22.23 22.635 21.45 21.505 36.44 26.765 24.38 37.355 25.87 22.765 21.355 0.395572828658331 0.621831699898614 0.337276106792835 0.0746873943899966 0.193984454207503 0.0962318350794187 0.375633660020277 0.38247718823927 0.362453531598513 0.363382899628253 0.615748563703954 0.452264278472457 0.411963501182832 0.631209868198716 0.43714092598851 0.384673876309564 0.360848259547144 Struthio_camelus 268.333333333333 49.7533333333333 0.185421654811956 540.333333333333 31.7466666666667 0.0587162799348918 470.333333333333 31.58 0.0672051739936141 360.0 16.14 0.0447286205786508 116.516666666667 9.16 0.07868638899639 114.583333333333 8.20666666666667 0.0715973873119432 0.589513417287738 87.7483333333333 36.2566666666667 51.7966666666667 25.405 15.3683333333333 15.64 5.61166666666667 43.4283333333333 43.705 37.1416666666667 43.1683333333333 51.6766666666667 42.2033333333333 28.0666666666667 69.0533333333333 59.1333333333333 45.975 36.39 0.413421621371302 0.591805651453806 0.290463781025904 0.174735100197615 0.176599421608502 0.0636948902368421 0.49545043260323 0.499747179550374 0.425146243328966 0.492383409169438 0.59024965503036 0.481641662247275 0.320183029950064 0.779544800558122 0.67551363373051 0.525372548513942 0.41658979122801 ; END; [ The following blocks are output data for analysis step 9342 ] BEGIN TREES; TITLE 'Trees from "Trees.nex"'; LINK TAXA = TaxaForAnalysisStep9342; TREE 'Main tree, all taxa, polytomies' = [&R] ((Apteryx_australis:5.0,Apteryx_oweni:5.0,Apteryx_mantelli:5.0,Apteryx_rowi:5.0,Apteryx_haastii:5.0):110.0,(Struthio_camelus:110.0,((Rhea_pennata:5.0,Rhea_americana:5.0):54.0,((Casuarius_casuarius:5.0,Casuarius_bennetti:5.0,Casuarius_unappendiculatus:5.0):33.0,Dromaius_novaehollandiae:38.0):21.0):51.0):5.0); [! TreeBASE tree URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/tree/TB2:Tr53483] END;