#NEXUS
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TreeBASE (cc) 1994-2008

Study reference:
Pedersen B. 1996. A phylogenetic analysis of cuckoo bumblebees (Psithyrus, Lepeletier)
and bumblebees (Bombus, Latreille) inferred from sequences of the mitochondrial
gene cytochrome oxidase I. Molecular Phylogenetics and Evolution, 5(2): 289-297.

TreeBASE Study URI:  http://purl.org/phylo/treebase/phylows/study/TB2:S636]

[ The following blocks are input data for analysis step 943 ]
BEGIN TAXA;
        TITLE  TaxaForAnalysisStep943;
        DIMENSIONS NTAX=12;
        TAXLABELS
            Apis_mellifera
            Bombus_hypnorum
            Bombus_lapidarius
            Bombus_lucorum
            Bombus_pratorum
            Bombus_terrestris
            Psithyrus_barbutellus
            Psithyrus_bohemicus
            Psithyrus_norvegicus
            Psithyrus_rupestris
            Psithyrus_sylvestris
            Psithyrus_vestalis
            ;
END;

BEGIN CHARACTERS;
[! TreeBASE Matrix URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/matrix/TB2:M2589]

	TITLE COI;
	LINK TAXA = TaxaForAnalysisStep943;
	DIMENSIONS NCHAR=532;
	FORMAT DATATYPE=DNA SYMBOLS= "A C G T" MISSING=? GAP= :;

MATRIX
[                                 10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220       230       240       250       260       270       280       290       300       310       320       330       340       350       360       370       380       390       400       410       420       430       440       450       460       470       480       490       500       510       520       530  ]
[                                  .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .  ]
Apis_mellifera            ATTATAATAATAAAAAATTTTTCTATAAATTATGACCAAATTTCATTATTTCCATGATCAGTTTTTATTACAGCAATTTTATTAATTATATCATTACCTGTATTAGCTGGAGCAATTACTATACTATTATTTGATCGAAATTTTAATACATCATTTTTCGATCCTATAGGAGGTGGAGATCCAATTCTTTATCAACATTTATTTTGATTTTTTGGTCATCCAGAAGTTTATATTTTAATTTTACCTGGATTTGGATTAATCTCTCATATTGTAATAAATGAAAGAGGAAAAAAAGAAATTTTTGGTAATTTAAGAATAATTTATGCAATATTAGGAATTGGATTTCTAGGTTTTATTGTTTGAGCACATCACATATTTACAGTCGGATTAGATGTTGATACTCGAGCATATTTTACTTCAGCAACAATAATCATTGCTGTACCAACAGGAATTAAAGTTTTTAGATGATTAGCAACTTATCATGGTTCAAAATTAAAATTAAATATTTCAATTTTATGATCACTAGGTTTTA
Bombus_hypnorum           ATTATATTAATAAAAAATTTTTCATTAAATTATGATCAAATTAATTTATTCTCTTGATCAGTTTGTATTACAGTAATATTATTAATTTTATCTTTACCAGTTTTAGCAGGAGCAATTACTATACTTCTTTTTGATCGAAATTTTAATACATCTTTCTTCGATCCAATAGGAGGAGGTGATCCTATTCTTTATCAACATTTATTTTGATTTTTTGGACATCCAGAAGTTTATATTTTAATTCTACCTGGATTTGGATTAATTTCTCAAATTATTATAAATGAAAGAGGAAAAAAAGAAACTTTTGGAAATTTAAGAATAATTTATGCAATATTAGGAATTGGATTTTTAGGATTTATTGTTTGAGCTCACCATATATTTACTGTTGGATTAGATGTTGATACTCGAGCTTATTTTACATCAGCTACAATAATTATTGCTGTTCCAACAGGAATTAAAGTATTTAGATGATTAGCAACTTATCACGGATCAAAAATAAATTTTAATATTACTATCATTTGATCAATTGGATTTA
Bombus_lapidarius         ATTATATTAATAAAAAATTTTTCATTAAATTATGATCAAATTAATTTATTTTCCAGATCAGTTTGTATTACAGTAATATTATTAATTCTATCTTTACCAGTTTTAGCAGGAGCAATTACTATACTTCTTTTTGATCGAAATTTCAATACATCTTTATTTGATCCTATAGGAGGTGGAGATCCAATTTTATATCAACATCTATTTTGATTTTATGGACATCCAGAAGTTTATATTTTAATTCTTCCAGGATTAGGATTATTATCTCAAATTATTATAAATGAAAGAGGAAAAAAAGAAATTTTTGGCAATTTAAGATTAATTTATGCCATAATAGGAATTGGATTTTTAGGATTTATCGTTTGAGCTCATCATATATTTACTGTTGGTTTAGATGTAGATACACGAGCTTATTTTACATCAGCAACTATAATTATTGCTGTTCCAACAGGAATTAAAGTATTTAGATGATTAGCTACTTATCATGGATCAAAAGTAAATTTTAATATTACAATCATTTGATCAATTGGATTTA
Bombus_lucorum            ATTTTAATAATAAAAAATTTTTCATTAAATTATGATCAAATTAACTTATTTTCATGATCAGTATGTATTACTGTAATTTTATTAATTTTATCTTTACCAGTATTAGCTGGAGCAATTACTATATTACTTTTTGATCGAAATTTTAATACCTCATTTTTTGACCCTATAGGTGGAGGAGATCCAATTTTATATCAACATTTATTTTGATTTTTTGGGCACCCAGAAGTATATATTTTAATTTTACCAGGATTTGGATTAATTTCGCAAGTTATTATAAATGAAAGAGGTAAAAAAGAAACCTTTGGAAATTTAAGAATAATTTATGCTATATTAGGAATTGGATTTTTAGGATTTATTGTTTGAGCTCACCATATATTTACTGTTGGATTAGATGTAGATACACGAGCATATTTTACATCTGCTACAATAATTATTGCTGTACCTACAGGAATTAAAGTTTTTAGATGATTAGCTATATATCATGGTTCAAAAATAAATTTTAATATTACAATTATTTGATCAATTGGATTTA
Bombus_pratorum           ATTATATTAATAAAAAATTTTTCATTAAATTATGATCAAATTAATTTATTTTCTTGATCAGTTTGTATTACAGTAATATTATTAATTCTATCTTTACCAGTTTTAGCAGGAGCAATTACTATACTTCTTTTTGATCGAAATTTCAATACATCTTTTTTTGATCCTATAGGAGGTGGAGATCCAATTTTATATCAACATCTATTTTGATTTTTTGGACATCCAGAAGTTTATATTTTAATTCATCCAGGATTTGGATTAATCTCTCAAATTATTATAAATGAAAGAGGAAAAAAAGAAACTTTTGGAAATTTAAGAATAATTTATGCAATATTAGGAATTGGATTTTTAGGATTTATTGTTTGAGCTCATCATATATTTACTGTTGGTTTAGATGTTGATACTCGAGCATATTTTACATCAGCTACAATAATTATTGCTGTACCTACAGGAATTAAAGTATTCAGTTGATTAGCAACTTATCATGGTTCAAAAACAAATTTTAATATTACAATTATTTGATCAATCGGATTTA
Bombus_terrestris         ATTTTATTAATAAAAAATTTTTCATTAAATTATGATCAAATTAATTTATTTTCATGATCAGTATGTATTACAGTAATTTTATTAATTCTATCTTTACCAGTATTAGCCGGTGCAATTACTATATTATTATTTGATCGAAATTTTAATACTTCATTTTTTGACCCAATAGGAGGAGGAGACCCAATCCTTTATCAACATTTATTTTGATTTTTTGGCCACCCAGAAGTATATATTTTAATTTTACCAGGATTTGGATTAATCTCTCAAATTATTATAAATGAAAGAGGTAAAAAAGAAACCTTTGGAAATTTAAGAATAATTTATGCTATATTAGGAATTGGATTTTTAGGTTTTATTGTTTGAGCTCATCATATATTTACTGTAGGATTAGATGTTGATACACGAGCATATTTTACATCAGCTACAATAATTATTGCCGTACCTACAGGAATTAAAGTTTTTAGATGATTAGCAACATATCATGGTTCAAAAATAAATTTCAATATTACAATTATCTGATCAATTGGATTTA
Psithyrus_barbutellus     ATTATAATAATAAAAAATCATTCATTAAATTTTGATCAAATTAATTTATTTCCCTGATCAATTTGTATTACTGTAATTTTATTAACTTTATCATTACCAGTATTAGCAGGAGCAATTACTATACTATTATTTGATCGAAATTTTAATACATCATTTTTTGACCCAATAGGTGGAGGAGATCCAATTCTTTATCAACATTTATTTTGATTTTTTGGACACCCAGAAGTTTATATTTTAATTCTTCCAGGATTTGGATTAATTTCACAAATTATTATAAATGAAAGTGGAAAAAAAGAAACTTTTGGAAATTTAAGAATAATTTATGCAATATTAGGTATTGGATTTTTAGGATTTATTGTTTGAGCTCATCATATATTTACTGTAGGAATAGATGTTGATACACGAGCTTATTTTACATCAGCAACAATAATTATTGCAATTCCTACAGGAATTAAAGTATTCAGTTGACTAGCAACTTATCATGGATCAAAAATTAATTTAAATATTTCTATTATTTGATCAATTGGATTTA
Psithyrus_bohemicus       ATTATAATAATAAAAAATTATTCATTAAACTTTGATCAAATCAATCTATTCTCCTGATCAGTATGTATTACTGTAATTTTATTATCTCTATCTTTACCTGTTTTAGCAGGAGCAATTACAATATTATTATTTGATCGAAATTTCAATACATCATTCTTTGATCCTATAGGAGGAGGTGATCCAATTCTTTATCAACATTTATTTTGATTTTTTGGACATCCAGAAGTTTATATTTTAATTCTTCCGGGATTTGGATTAATTTCACAAATAATTATAAACGAAAGAGGAAAAAAAGAAACTTTTGGAAATTTAAGAAGCGTTTATGCAATACTAGGTATTGGATTTTTAGGATTTATTGTTTGAGCTCATCATATATTTACTGTTGGAATAGATGTAGACACACGAGCATATTTTACATCAGCAACAATAATTATTGCAATTCCTACAGGAATTAAAGTTTTTAGTTGACTAGCAACTTATCATGGATCAAAAATAAACTTAAATATTACAATCATTTGATCAATTGGATTTA
Psithyrus_norvegicus      ATTATAATAATAAAAAATTATTCAATAAATTTTGATCAAATTAATTTATTCTCTTGATCCGTTTGTATTACTGTAATTTTATTAACCTTATCTTTACCTGTTTTAGCAGGTGCAATTACAATATTATTATTTGATCGAAATTTTAATACATCATTTTTTGATCCAATAGGAGGAGGTGATCCAATTCTTTATCAACATCTATTTTGATTTTTTGGACATCCAGAAGTATATATTTTAATTCTTCCAGGATTTGGATTAATCTCACAAATAATAATAAATGAAAGAGGAAAAAAAGAAACGTTTGGAAATTTAAGAATAATTTATGCAATATTAGGAATTGGATTCTTAGGTTTCATTGTTTGAGCTCATCATATATTTACTGTAGGTATAGATGTTGATACACGAGCATATTTTACATCTGCAACAATAATTATTGCAATTCCAACAGGAATTAAAGTATTTAGTTGACTAGCAACTTACCATGGATCTAAAATAAATTTAAATATTACAATTATTTGATCAATTGGATTTA
Psithyrus_rupestris       ATTATAATAATAAAAAATTATTCATTAAATTATGATCAAATTAATCTATTTTCATGATCAATTTATATTACTGTAATTTTATTAACTTTATCTTTACCTGTTTTAGCAGGAGCAATTACAATATTATTATTTGATCGAAATTTTAATACATCATTTTTTGATCCAATAGGTGGTGGAGATCCTATTCTTTATCAACATCTATTTTGATTTTTTGGACATCCAGAAGTATATATTTTAATTCTTCCAGGATTTGGATTAATTTCTCAAATTATTATAAATGAAAGAGGAAAAAAAGAAACTTTTGGAAATTTAAGAATAATTTATGCAATATTAGGAATTGGATTTTTAGGATTTATTGTTTGAGCTCATCATATATTTACTGTTGGTTTAGATGTTGATACACGAGCATATTTTACATCAGCAACAATAATTATTGCAATTCCAACAGGAATTAAAGTTTTTAGTTGACTAGCAACTTATCATGGATCAAAATTAAATCTTAGAATTACAATTATTTGAACAATTGGATTTA
Psithyrus_sylvestris      ATTATAATAATAAAAAATTACTCAATAAATTTTGATCAAATCAATTTATTTTCTTGATCTGTTTGTATTACTGTAATTTTATTAACTTTATCTTTACCAGTTTTAGCTGGTGCAATTACAATATTATTATTTGATCGAAACTTTAATACATCATTTTTTGATCCAATAGGTGGTGGTGATCCTATTCTTTATCAACATTTATTTTGATTTTTTGGTCATCCAGAAGTTTATATTCTAATTCTACCAGGATTTGGATTAATTTCACAAATTATTATAAATGAAAGAGGAAAAAAAGAAACTTTTGGAAATTTAAGAATAATTTATGCAATATTAGGAATTGGATTCTTAGGATTTATTGTTTGAGCTCATCATATATTTACTGTAGGATTAGATGTTGATACACGAGCATACTTTACATCTGCTACAATAATTATTGCAATTCCAACAGGAATTAAAGTTTTTAGTTGACTAGCAACTTATCATGGATCAAAAATAAATTTAAATATTACAATTATTTGATCAATTGGATTTA
Psithyrus_vestalis        ATTATAATAATAAAAAATTATTCATTAAACTTTGATCAAATTAATTTATTTTCCTGATCAATTTGTATTACTGTTATTTTATTATCTTTATCTTTACCCGTTTTAGCAGGAGCTATTACAATACTTCTATTTGATCGAAATTTTAATACATCATTCTTTGATCCAATAGGTGGAGGTGATCCAATTCTTTACCAACATTTATTCTGATTTTTTGGACATCCAGAAGTTTATATTTTAATCCTTCCAGGATTTGGATTAATTTCACAAATTATTATAAATGAAAGAGGAAAAAAAGAAACTTTTGGAAATCTTAGTATAATTTACGCAATATTAGGTATTGGATTCTTAGGTTTTATTGTTTGAGCTCACCATATATTCACTGTAGGATTAGATGTTGATACACGAGCATATTTTACATCAGCAACAATAATTATTGCAATTCCTACAGGAATTAAAATTTTTAGTTGACTAGCTACATATCATGGATCAAAAATAAACATAAATATTACAATTATTTGATCAATTGGATTTA
;
END;

BEGIN CODONS;
CODONPOSSET * CodonPositions (CHARACTERS = COI) = 
		N: 1-532;
CODONPOSSET  CodonPositions (CHARACTERS = COI) = 
		N: 1-532;
END;
[ The following blocks are output data for analysis step 943 ]
BEGIN TREES;
      TITLE Tb5719;
      LINK TAXA = TaxaForAnalysisStep943;
      TREE Fig._4 = [&R] (((Bombus_lucorum,Bombus_terrestris)Bombus_Bombus,((Bombus_hypnorum,(Bombus_pratorum,Bombus_lapidarius)),((((Psithyrus_bohemicus,Psithyrus_vestalis)Psithyrus_Ashtonipsithyrus,Psithyrus_barbutellus),(Psithyrus_norvegicus,Psithyrus_sylvestris)Psithyrus_Fernaldaepsithyrus),Psithyrus_rupestris)Psithyrus))Bombini,Apis_mellifera)Apidae;
[!  TreeBASE tree URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/tree/TB2:Tr1125]


END;