#NEXUS [!This data set was downloaded from TreeBASE, a relational database of phylogenetic knowledge. TreeBASE has been supported by the NSF, Harvard University, Yale University, SDSC and UC Davis. Please do not remove this acknowledgment from the Nexus file. Generated on April 27, 2024; 14:06 GMT TreeBASE (cc) 1994-2008 Study reference: Kvicerova J., & Hypsa V. 2012. Host-parasite incongruences within multiple lineages of rodent-specific Eimeria suggest significant role of adaptation rather than cophylogeny in maintenance of host specificity. Molecular Ecology , . TreeBASE Study URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/study/TB2:S12861] [ The following blocks are input data for analysis step 9589 ] BEGIN TAXA; TITLE TaxaForAnalysisStep9589; DIMENSIONS NTAX=29; TAXLABELS Eimeria_albigulae Eimeria_arizonensis Eimeria_burdai_ Eimeria_caviae Eimeria_exigua Eimeria_falciformis Eimeria_flavescens Eimeria_intestinalis Eimeria_irresidua Eimeria_langebarteli Eimeria_magna Eimeria_media Eimeria_myoxi Eimeria_nieschulzi Eimeria_onychomysis Eimeria_papillata Eimeria_reedi Eimeria_separata Eimeria_sevilletensis Eimeria_sp._ex._Apodemus_agrarius_21617 Eimeria_sp._ex._Apodemus_agrarius_21655 Eimeria_sp._ex._Apodemus_sylvaticus_0853 Eimeria_sp._ex._Phataginus_tricuspis Eimeria_sp._ex._Sorex_araneus_136 Eimeria_stiedai Eimeria_tenella Isospora_sp._ex._Talpa_europaea_218 Toxoplasma_gondii coccidium_ex._Cricetus_cricetus_K4 ; END; BEGIN CHARACTERS; [! TreeBASE Matrix URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/matrix/TB2:M13551] TITLE Eimerian_ORF470_BI_Alignment; LINK TAXA = TaxaForAnalysisStep9589; DIMENSIONS NCHAR=686; FORMAT DATATYPE=DNA SYMBOLS= "A C G T" MISSING=- GAP= -; MATRIX [ 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 230 240 250 260 270 280 290 300 310 320 330 340 350 360 370 380 390 400 410 420 430 440 450 460 470 480 490 500 510 520 530 540 550 560 570 580 590 600 610 620 630 640 650 660 670 680 690 700 710 ] [ . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ] Eimeria_albigulae ATTGGATGTTGCATTACTTCTATATCAGGGAAAATAGGTGTAAATGCCCAAGAAAATAATATGATATCAACATTGGCTGTAGATGTTGTATTAGATAGTGTTTCTATTGTAGATACTGTAACTAGTTTTCTAATTAAAACAGGTATAATTTTTATGCCTTTTTTTGAAAGTCTTAATTACTTCCCATCTTTAGTATTCTCGTATGTTGGTACTATTGTGTCTTTAGAGGATAATTTTTTTGCTACTCTAAATTCTACAATTTTTAGTGGGGGATCTTTTTGTTTTATAGCAAAGAATATCAAATGTAATATTAATTTATCAACTTACTTTAGAACTCAAGCTGAAGATTTTGCTCAATTTGAAAGAACTTTATTGATAGTGGGTTCTTCTGCTACTGTAATATACACTGAAGGATGTTCTGCTCCTATTTTCTTAGAGTCTCAACTACATGTTGCTTTGGTTGAAATTTTAGTAAAAGAAAAAGGAATCCTTAATTATTCTACAGTACAAAATTGGTATCGTGGTGACCAATCTGGAGAAGGTGGTTTATATAACTTTACAACTAAACGTGGATGGTGTTTAAAAAAATCCTCTCTGGATTGGGTACAAATAGAAATGGGATCTGCAATCACATGGAAGTATCCATCTACCTATTTGATAGGAGACCATTCTGCA---AGTAAT-- Eimeria_arizonensis ATTACAAACACTTTTAACTCTATTTTAGAAAAAATAGGTTTAAATACTAAAGAAAATAATACAATTTCAACATTGGCTGTAGATGTTGTATTAGATAGTGTTTCTATTGTAGATACTGTAACGAGTTTTCTAATTAAAACTGGTGTAATTTTTATGCCTTTTTTTGAAAGTCTTAATTGCTTTCCATCTTTAGTATTTTCTTATGTTGGTACCATTGTATCTTTAGAAGACAATTTTTTTGCTACTTTAAATTCTACAATTTTTAGTGGTGGATCTTTTTGTTTTATAGCAAAAAATATCAAATGCAATATTAATTTGTCAACTTATTTTAGAACTCAATCTGAAGATTTTGCTCAATTTGAAAGAACTTTATTGATAGTTGGTTCTTCTGCTACTGTAATATATACTGAAGGATGTTCTGCTCCTATTTTCTTAGAGTCTCAATTACATGTTGCTTTAGTAGAAATTTTAGTAAAGGAAAAAGGAATTCTTAATTATTCTACAGTACAAAATTGGTATCGTGGAGATCAATCTGGTGAAGGTGGTTTATATAACTTTACAACTAAACGTGGATGGTGTTTAAAAAATGCCTCTCTTGATTGGGTACAGATAGAAATGGGCTCGGCAATAACATGGAAATATCCATCTACTTATTTGATAGGAGATTGCTCTTCA---AGTAAA-- Eimeria_burdai_ ---------------------------------------------------------------------------------------------------------------GATACAATTACTAATTTTTTATTAAAAACTGGAATAATTTTTATACCTTTTTTTGATGGAATAAATTATTTTCCATATTTAATATTTTCATATGTTGGTACTATTGTATCTTTAGAAGATAATTTTTTCGCTACTTTAAATTCTATAATTTTTAGTGGAGGATCTTTTTGTTTCATAGCAAAAAATATAAAATGTAATATTAATTTATCAACCTATTTTAGAACTCAATCTGAGGACTTCGCTCAATTTGAAAGAACATTATTAATAGTAAGTAATTCTGCATCTGTAATATATACAGAAGGATGTTCGGCTCCTATTTTTTTAGAGTCTCAATTACATGTTGCTTTAGTTGAAATTTTAGTTAAACATAAAGGAACTCTTAATTATTCTACAGTACAAAATTGGTATCGTGGAGATCAATCTGGAGAAGGTGGTTTATATAATTTTACAAC--------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- Eimeria_caviae ATTAAAATTGCATTTAATTCTATTTTGGAAAAAATTGGTTTGAATATACAGGAAAGTAATACAATTTCAACTTTATCTATAGATGTTGTATTAGATAGTGTTTCAATTGTAGATACAATTACTAATTTTTTATTAAAAACAGGAATAATTTTTATACCTTTTTTTGATGGAATAAATTATTTTTCATATTTAATATTTTCATATGTAGGTACAATTGTATCTTTAGAGGATAATTTTTTTGCTACTTTAAATTCTATAATTTTTAGTGGAGGATCTTTTTGTTTTATAGCAAAAAATATAAAATGTAATATTAATTTATCAACTTATTTTAGAACTCAATCTGAAGATTTTGCTCAATTTGAAAGAACATTATTAATAGTAAGTAGTTCTGCATTTGTTACATATACAGAAGGATGCTCAGCCCCTATTTTTTTAGAATCTCAATTGCATGTTGCTTTGGTTGAAATTTTAGTTAAAAATAAAGGAACTCTTAATTATTCTACAGTGCAAAATTGGTATCGTGGAGATCAATCTGGAGAAGGTGGTTTATATAATTTTACAACTAAACGTGGTTGGTGTTTAGAAAACGCTTTTTTAAGTTGAGTTCAAATTGAAATGGGATCTGCAATCACATGAAAATATCCTTCTACATATTTAATAGGAACTAATTCTTCA---AGTGAA-- Eimeria_exigua ------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------CCTTTTTTTGAAGCTATTAATTATTTTCCATATTTAGTATTTTCATATATTGGAAGTATTGTATCTTTAGAAGATAATTTTTTTGCTACTCTAAATTCTACAATTTTTAGTGGAGGATCTTTTTGTTATATAGCAAAAAATATAAAATGTAATATTAATTTATCTACTTATTTTAGAACTCAATCTGAAGATTTTGCTCAATTTGAAAGAACATTATTAATAGTAGGTAATACTGCATCAGTAGTTTACACTGAAGGATGTTCTGCGCCTATTTTTTTAGAACTCCAATTACACGTAGCATTAGTAGAAATTTTAGTTAAAGAAAAAGGAATTCTTAATTATTCTACAGTACAAAATTGGTATCGTGGTGATCAATCTGGAGAAGGAGGTTTATATAATTTTACAACAAAACGTGGTTGTTGTTTAAAAAAAAGCTC--------------------------------------------------------------------------------------------- Eimeria_falciformis ATTACAACTGCATTTAATTCAATTTTAGAAAAAATAGGTTTAAATACACAAGAAAGTAATACAATTTCAACATTATCTGTAGATGTTGTATTAGATAGTGTTTCAATTGTAGATACAATTACTAATTTTTTATTAAAAACTGGAATAATTTTTATACCTTTTTTTGATGGAATAAATTATTTTCCATATTTAATATTTTCATATGTTGGTACGATTGTATCTTTAGAAGATAATTTTTTCGCTACTTTAAATTCTATAATTTTTAGCGGAGGATCTTTTTGTTTTATAGCAAAAAATATAAAATGTAATATTAATTTATCAACCTATTTTAGAACTCAATCTGAGGACTTCGCTCAATTTGAAAGAACGTTATTAATAGTAAGTAATTCTGCATCTGTAATATATACAGAAGGATGTTCTGCTCCTATTTTTTTAGAGTCTCAATTACATGTTGCTTTAGTTGAAATTTTAGTTAAAAATAAAGGAACTCTTAATTATTCTACAGTACAAAATTGGTATCGTGGAGATCAATCTGGGGAAGGTGGTTTATATAATTTTACAACTAAACGTGGTTGGTGTTTAAAAGATGCTTCTTTAAACTGGGTTCAAATTGAAATGGGATCTGCAATTACACGAAAATATCCCGTCTACATATTTAATAGGAGAAAATTCTTC---AAGGGA-- Eimeria_flavescens ---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------AAAACAGGAATAATTTTTATACCTTTTTTCGAAGCTATTAATTATTTTCCATATTTAGTATTTTCATATATTGGAAGTATTGTATCTTTAGAAGATAATTTTTTTGCTACTCTAAATTCTACAATTTTTAGTGGAGGATCTTTTTGTTACATAGCAAAAAATATAAAATGTAATATTAATTTATCTACTTATTTTAGAACTCAATCTGAAGATTTTGCTCAATTTGAAAGAACACTATTAATAGTAAGTGTGGGTGCTTCAGTAGTTTATACTGAAGGATGTTCTGCACCTATTTTTTTAGAATCTCAATTACATGTAGCATTAGTAGAAATTTTAGTTAAAGAAAAAGGAA------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- Eimeria_intestinalis ATTACAAATACTTTCAATTCAATTTTAGAAAAAGTAGGATTAAATGCCCAAGAAAATAATATCTTTTCAACATTAGCAGTAGACATTGTATTAGATAGTGTTTCTATAATAGATACAATAACTAATTTTTTAATAAAAACAGGAATAATTTTTTTACCTTTTTTTGAAGCTATTAATTATTTTCCATATTTAGTTTTTTCATATATTGGAACTATTGTTTCATTAGAAGATAATTTTTTTGCTACATTAAATTCTACAATTTTTAGTGGAGGATCTTTTTGTTATATAGCTAAGAATATAAAATGTAATATTAATTTATCTACTTATTTTAGAACTCAATCTGAAGATTTTGCTCAATTTGAAAGAACGTTATTGATAGTAAGTACTTCTGCATCAGTAGTATATACTGAGGGATGTTCTGCTCCTATTTTTTTAGAATCTCAACTACATGTTGCATTAGTAGAAATTTTAGTAAAAGAAAAAGGAATACTTAATTATTCTACTGTACAAAATTGGTATCGCGGTGATCAATCTGGAGAAGGTGGTTTATATAATTTTACAACTAAACGTGGAAAATGTTTAAAAAAAGCTTCATTAGATTGGGTTCAAATAGAAATGGGAGCTGCAATTACATGAAAATATCCATCTACATATTTAATAGGAAATTCTTCTTCA---AGCAAC-- Eimeria_irresidua ATTACAAATACATTTAATTCAATTTTAAAAAAAGTAGGATTAAATATTCAAGAAAGTAATACAATTTCAAAATTAGCTGTAGATATTGTATTAGATAGTGTATCTATTGTAGATACAATAACTAATTTTTTAATAAAAATAGGAATAATTTTTATACCTTTTTTTGAAGCTATTAATTATTTTCCATATTTAGTATTTTCATATATTGGAACTATTGTATCTTTAGAAGATAATTTTTTTTCTACTTTAAATTCTACAATTTTTAGTGGAGGATCTTTTTGTTATATAACAAAAAATATAAAATGTAATATAAATTTATCTACTTATTTTAGAACTCAATCTGAAGATTTTGCTCAATTTGAAAGAACATTACTAATAGTAGGTAATTCTTCATCAGCAGTATATACTGAAGGATGTTCTGCACCTATTTTTTTAGAATCTCAATTACATGTAGCTTTAGTAGAAATTTTAGTTAAAGAAAAAGGAATTCTTAATTATTCTACTATACAAAATTGATATCGTGGTGATCAAACTGGAGAAGGTGGTTTATATAATTTTACAACAAAACGTGGTTGGTGTTTAAAAAAAGCTTTATTAGATTGGATACAAATAGAAATGGGATCTGCAATTACATGAAAATATCCTTCAACTTATTTAATTGGAAATTTTTCTTCT---AGTAAT-- Eimeria_langebarteli TTGTCAGTGGCATTCAATTCAATTTTAGAAAAAGTAGGTTTAAATACACAGGATAGTAATATAATTTCTACATTATCTGTTGATATTGTGTTAGATAGTGTTTCTATTATAGATACAATTACTAATTTTTTATTAAAAACCGGAATAATTTTTGTACCTTTTTTTGATGGAATAAATTATTTTCCACATTTAATATTTTCATATCTTGGGGTAGTTGTACCTTTAGAAGATAATTTTTTTGCTACTTTAAATTCTATAATTTTTAGTGGCGGATCTTTTTGTTATATAAAGAAAAATATAAAATGTAATATTAATTTATCTACTTATTTTAGAACTCAGTCCGAAGACTTTGCTCAGTTTGAAAGAACATTGATAATAGTAGGTAATTCTGCGTCTATAATATATACAGAAGGATGTTCAGCTCCTATTTTTTTAGAATCTCAGCTACATGTTGCTTTAGTTGAAATTTTTGTTAAAGATAAAGGAATTATTGATTATTCTACAATACAAAATTGGTATCGTGGAAATCAATCTGGAGAAGGTGGATTATATAATTTTACTACTAAACGTGGGTGGTGTTTAAAACATTCTTCTTTAAATAGAGTTCAAATTGAAATAGGGTTCTGCTATTACATGAAAATA---TCCATCAACTTATTTAATTGGAGAATATTTCTTTCAAGT-- Eimeria_magna ---------------------------------------------------------------------------GCTGTAGATATTGTATTAGATAGTGTATCTATAATAGATACAATAACTAATTTCTTAATAAAAACAGGAATAATTTTTTTACCTTTTTTTGAAGCTATTAATTATTTCCCTTATTTAGTTTTTTCATACATTGGGACTATTGTTTCTTTAGAAGATAATTTTTTTGCTACATTAAATTCTGCAATTTTTAGCGGTGGATCTTTTTGTTATATAGCCAAAAATATAAAATGTAATATTAATTTATCTACTTATTTTAGAACTCAATCTGAAGATTTTGCTCAATTTGAAAGAACATTATTAATAGTAAGTACTTCTGCTTCAGTAGTATATACTGAGGGATGCTCAGCCCCTATTTTTTTAGAATCTCAACTACATGTTGCATTAGTAGAAATTTTAGTAAAAGAAAAAGGAACTCTTAATTATTCTACTGTACAAAATTGGTACCGTGGTGATCAATCTGGAGAAGG-GGTTTATATAATTTTACAACTAAACGTGGAAGATGC----------------------------------------------------------------------------------------------------------- Eimeria_media ---------------------------------------------------------------------------------------------------GTATCCATAATAGATACAATAACTAATTTTTTAATAAAAACAGGAATAATTTTTTTACCTTTTTTTGAAGCTATTAATTATTTCCCATATTTAGTTTTTTCATACATTGGAACTATTGTTTCTTTAGAAGATAATTTTTTTGCTACATTAAATTCTGCAATTTTTAGTGGTGGATCTTTTTGTTATATAGCTAAAAATATAAAATGTAATATTAATTTATCTACTTATTTTAGAACTCAATCTGAAGATTTTGCTCAATTTGAGAGAACATTATTAATAGTAAGTACTTCTGCATCAGTAGTATATACTGAAG---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- Eimeria_myoxi ATTACAACTACTTTTAATTCTATTTTAGAAAAAATAGGATTAAATACTAAAGAGAGCCAGACAATTTCAACATTAGCTGTAGATGTTGTATTAGATAGTGTGTCTATAGTAGATACCATTACTAATTTTTTAATAAAAACTGGAATAATTTTTATGCCTTTTTTTGAAGGTATTAATTATTTTCCATATTTAGTTTTTTCATATGTTGGTACTATTGTATCGTTAGAAGATAATTTTTTTGCTACTTTAAATTCTACAATATTTAGTGGAGGTTCTTTTTGTTATATAGCAAAAAATATTAAATGTAATATTAATTTATCAACGTATTTTAGAACTCAATCTGAGGATTTTGCTCAATTTGAAAGAACATTATTAATTGTAGGTACTTCTGCTTCGGTAGTTTATACAGAAGGATGTTCTGCTCCTATTTTCTTAGAATCTCAATTACATGTAGCTTTAGTTGAAATTTTAGTTAAAGAAAAAGGACTGCTTAATTATTCTACTGTACAAAATTGGTATCGTGGGGATCAATCAGGAGAAGGTGGTTTATACAATTTTACAACTAAACGTGGTTGGTGCTTAAAAAAAGCTTCATTAGATTGGGTGCAAATCGAAATGGGATCTGCAATTACATGAAAATATCCGTCAACATATTTAATAGGAAATTATTCTTCA---AGTAA--- Eimeria_nieschulzi ATTACAACTACATTTAATTCAATTTTAGAAAAAATAGGTTTAAATATACAAGAAAGTAATACAATTTCAACCTTATCTGTAGATGTTGTCTTAGATAGTATTTCAATTGTAGACACAATTACTAATTTTTTATTAAAAACTGGAATAATTTTTATACCTTTTTTTGATGGAATCAACTATTTTCCATATTTAATATTTTTATATGTTGGGACAATTGTATCTTTAGAAGATAATTTTTTTGCTACTTTAAATTCTATAATTTTTAGTGGTGGATCTTTCTGTTTTATAGCAAAAAATATAAAATGTAATATTAATTTATCAACTTATTTTAGAACTCAATCTGAGGATTTCGCTCAATTTGAAAGAACATTATTAATAGTAAGTAGTTCTGCATCTGTAATATATACAGAAGGATGTTCTGCTCCTATTTTTTTAGAATCTCAATTACATGTTGCTTTAGTTGAAATTTTAGTTAAAAATAAGGGAACTCTTAATTATTCTACAGTACAAAATTGGTATCGTGGAGATCAATCTGGAGAAGGTGGTTTATATAATTTTACAACTAAACGTGGTTGGTGTTTAAAAAATGCTGTTTTAAATTGGATTCAAATTGAAATAGGATCTGCAATTACATGGAAATATCCATCTACATATATAATCGGGGAGAATTTCTTC---AAGGGA-- Eimeria_onychomysis ATTACAAATACTTTTAATTCTATTTTAGGGAAACTAGGTTTAAATGCTCAAGAAAATAATACTATTTCAACATTGGCTGTAGATCTTGTATTAGATAGTGTTTCGATTGTAGATACTGTAACTAGTTTCTTAATTAAGACAGGTATAATTTTTATGCCTTTTTTTGAAAGCCTTAATTTTTTTCCATCTTTAGTATTTTCTTATGTCGGCACTATTGTGTCTTTAGAGGACAATTTTTTTGCTACTTTAAATTCTACAATTTTTAGTGGTGGATCTTTTTGTTTTATAGCAAAAAATATCAAATGTAATATTAATTTATCAACTTACTTTAGAACTCAATCTGAAGATTTTGCCCAATTTGAAAGAACCTTATTGATAGTGGGTTCTTCTGCTACAGTAATATATACAGAAGGATGTTCTGCTCCTATTTTTTTAGAGTCTCAATTACATGTTGCTTTGGTTGAAATTTTAGTAAAGGAAAAAGGAATACTTAATTATTCTACAGTACAAAATTGGTATCGTGGTGATCAATCTGGGGAAGGTGGTTTATATAACTTTACAACTAAACGTGGGTGGTGTTTAAAAAAGGCCTCTCTAGATTGGGTACAAATAGAAATGGGATCTGCAATAACATGGAAATATCCATCTACTTATTTGATAGGAGACTATTCTGCA---AGTAAT-- Eimeria_papillata TTACAACTACATTTAATTCATATTTTAGAAAAAATAGGGTTAAATATACAAGAAAGTCATACAATTTCAACCTTATCTGTAGATGTTGTCTTAGATAGTATTTCAATTGTAGACACAATTACTAATTTTTTATTAAAAACTGGAATAATTTTTATACCTTTTTTTGATGGAATCAACTATTTTCCATATTTAATATTTTCATATGTTGGGACAATTGTATCTTTAGAAGATAATTTTTTTGCTACTTTAAATTCTACAATTTTCAGTGGTGGATCTTTCTGTTTTATAGCAAAAAATATAAAATGTAATATTAATTTATCAACTTATTTTAGAACTCAATCTGAGGATTTCGCTCAATTTGAAAGAACATTATTAATAGTAAGTAGTTCTGCATCTGTAATATATACAGAAGGATGTTCTGCTCCTATTTTTTTAGAATCTCAATTACATGTAGCTTTAGTTGAAATTTTAGTTAAAGATAAGGGAACTCTTAATTATTCTACAGTACAAAATTGGTATCGTGGAGATCAATCTGGAGAAGGTGGTTTATACAATTTTACAACTAAACGTGGTTGGTGTTTAAAGAATGCTTGTTTAAATTGGATTCAAATTGAAATAGGATCTGCAATTACATGGAAATATCCATCTACATATTTAATCGGGGAGAATTTCTTT---CAAGTG-- Eimeria_reedi TTACTAACACTTTTAAGGGCTATTTTAGGGAAAATAGGACAAAATACCCAGGAAAGTAATACAATTTCAACATTAGCTGTAGATGTTGTATTAGATAGCGTATCTATTGTAGATACTATAACTAGTTTTTTAATTAAAACAGGAGTAATTTTTATGCCTTTTTTTGAAAGTATTAATTATTTTCCGTCTTTAGTATTTTCTTACCTCGGTACTATTGTATCTTTAGAGGACAACTTTTTTGCTACCTTAAATTCTACAATTTTTAGCGGAGGATCTTTTTGCTTTATAGCAAAGAATATCAAATGTAATATTAATTTATCAACTTATTTTCGAACTCAATCTGAAGATTTTGCTCAATTTGAAAGAACATTATTGATAGTAGGGTCTTCCGCGTCTGTAGTATATACTGAAGGGTGTTCCGCTCCTATTTTTTTAGAATCTCAATTACATGTTGCTTTGGTTGAAATTTTAGTCAAAGAAAAAGGAATCCTTAACTATTCTACAGTGCAAAATTGGTACCGTGGTGACCAATCTGGAGAAGGTGGTTTATATAACTTTACAACTAAGCGTGGGTGGTGTTTAAAAAAGGCTTCTCTAGACTGGGTTCAAATAGAAATGGGATCTGCAATTACATGGAAATACCCATCTACTTATTTAATTGGGGAGGTTTCTTCA---AGTAAT-- Eimeria_separata ATTACAGCTACATTTAATTCAATTTTAGAAAAAATTGGTTTAAATACACAAGAAGGTAATATAATTTCAACATTATCTGTAGATGTTGTATTAGATAGTGTTTCAATAGTAGATACTATTACTAATTTTTTATTAAAAGCTGGAATAATTTTTATACCTTTTTTTGATGGAATAAATTATTTCCCATATTTAATATTTTCATACATAGGTACTGTTGTTTCTTTAGAAGATAATTTTTTTGCTACTTTAAACTCTATAATTTTTAGTGGGGGATCTTTTTGTTATATAGCAAAAAATATAAAATGTAATATTAATTTATCAACTTATTTTAGAACTCAATCAGAAGATTTTGCCCAATTTGAAAGAACATTATTAATTGTAAATGATTTTTCATCTGTTATATATACAGAAGGATGTTCAGCTCCAATTTTTTTAGAATCTCAGTTACATGTTGCTTTAGTTGAAATTTTAATTAAAAATAAAGGAACTCTTAACTATTCTACAGTACAAAATTGGTATCGTGGAGATCAATCTGGAGAAGGTGGTTTATATAATTTTACAACAAAACGTGGTTGGTGTTTAAAAAATGCCTGTTTAAAT---GTGAGTTCAAATCGAGATGGGATCTGCAATTACATGAAAATATCCATCTACATATTTAATAGGAGAACATTCTTCAAGTCA-- Eimeria_sevilletensis ATTACAACTGCATTTAATTCAATTTTAGAAAAAATAGGTTTAAATATACAAGAAAGTAATACAATTTCAACATTATCTATAGATGTTGTATTAGATAGTGTTTCAATTGTAGATACAATTACTAATTTTTTATTAAAAACTGGAATAATTTTTATACCTTTTTTTGATGGAATAAATTATTTTCCATATTTAATATTTTCATATATTGGTATGATTGTATCTTTAGAAGATAATTTTTTCGCTACTTTAAATTCTATAATTTTTAGTGGAGGATCTTTTTGTTTTATAGCAAAAAATATAAAATGTAATATTAATTTATCAACTTATTTTAGAACTCAATCTGAGGACTTCGCTCAATTTGAAAGAACATTATTAATAGTAAGTAATTCTGCATCTGTAATATATACAGAAGGATGTTCTGCTCCTATTTTTTTAGAGTCTCAATTACATGTTGCTTTAGTTGAAATTTTAGTTAAAAACAAAGGAACTCTTAATTATTCTACAGTACAAAATTGGTATCGTGGAGATCAATCTGGAGAAGGTGGTTTATATAATTTTACAACTAAACGTGGTTGGTGTTTAAAAGATGCTTCTTTAAACTGGGTTCAAATTGAAATGGGATCTGCAATTACACGAAAATATCCCGTCTACATATTTAATAGGAGAAAATTTCTT---CAAGTG-- Eimeria_sp._ex._Apodemus_agrarius_21617 ATTGCGACTACATTTAATTCTATTTTAGAAAAAATAGGTTTAAACACTCAAGAAAGTAATGTAATTTCAACGTTATCTATAGATGTTGTATTGGATAGTGTCTCAATTGTAGATACAATTACTAGTTTTTTATTAAAAGCTGGAATAATTTTTATACCTTTTTTTGATGGAATAAATTATTTTCCTTATTTAATATTTTCATATGTTGGTACAATTGTATCTATAGAAGATAATTTTTTTGCTACTTTAAATTCTATAATTTTTAGTGGAGGATCTTTTTGTTATATAGCGAAAAATATAAAATGTAATATTAATTTATCTACTTATTTTAGAACGCAATCAGAAGACTTTGCTCAATTTGAAAGAACATTATTAATAGTAAATAATTTCGCATCTGTGGTATACACTGAAGGATGTTCTGCTCCTATTTTTTTAGAGTCTCAATTACATGTTGCTTTAGTTGAAATTTTAGTTAAAAATAAAGGAACACTTAATTATTCTACAGTGCAAAATTGGTATCGGGGAGATCAATCTGGAGAAGGTGGTTTATACAACTTTACAACAAAACGTGGTTGGTGTTTAAAAAATGCCTTTTTAAATTGGGTTCAAATTGAAATGGGATCTGCAATTACATGAAAATATCCATCTACATATTTGATAGGAAAATATTCTTCT---AGTGAC-- Eimeria_sp._ex._Apodemus_agrarius_21655 ------------------------------------GGTTTAAATATACAAGAAAGTAATACAATTTCAACATTATCTGTAGATGTTGTATTGGATAGTGTTTCAATCGTAGACACAATTACTAATTTTTTATTAAAAACTGGAGTAATTTTTATACCTTTTTTCGATGGAATAAATTATTTTCCATATTTAATATTTTCGTATGTTGGTACTATTGTATCTTTAGAAGATAATTTTTTTTCTACTTTAAATTCTATAATTTTTAGTGGAGGATCTTTTTGTTTTATAGCGAAAAATATAAAATGTAATATTAATTTATCAACTTATTTTAGAACTCAATCTGAGGATTTCGCTCAATTTGAAAGAACATTATTAATAGTAAGTAGTTC{GT}GCATTTGTAATATATACAGAGGGATGTTCTGCTCCTATTTTCCTAGAGTCTCAATTACATGTTGCTTTAGTTGAAATTTTAGTTAAAAATAAGGGAACTCTTAATTATTCTACAGTACAAAATTGGTATCGTGGAGATCAATCTGGGGAAGGTGGTTTATATAATTTTACAACTAAACGTGGTTGGTGCTTAAAAAATGCTTTTTTAAATTGAGTTCAAATTGAAATGGGATCTGCAATTACATGAAAATATCCGTCT-------------------------------------- Eimeria_sp._ex._Apodemus_sylvaticus_0853 ATTACAACAACATTTAATTCAATTTTAGAAAAAATAGGTTTAAATACACAAGAAAGTAATATGATTTCAACGTTATCTGTAGATGTTGTATTGGATAGTGTTTCAATTATAGATACAATTACTAATTTTTTATTGAAAACTGGAATAATTTTTATACCTTTTTTTGATGGGATAAATTACTTTCCATATTTAATATTTTCTTATGTTGGTACAATTGTATCTTTAGAAGATAATTTTTTTGCTACTTTAAATTCTATAATTTTTAGTGGAGGATCTTTTTGTTATATAGCGAAAAATATAAAATGTAATATTAATTTATCAACTTATTTTAGAACTCAATCTGAAGATTTTGCTCAGTTTGAAAGAACATTATTAATAGTAAATAGTTCTGCGTCTGTTATATATACAGAAGGATGTTCTGCTCCTATTTTTTTAGAATCTCAATTACATGTTGCTTTGGTTGAAATTTTAGTTAAAAATAAAGGAATTCTTAATTATTCTACAATACAAAATTGGTATCGTGGAGATCAATCTGGAGAAGGAGGTTTATATAATTTTACAACTAAACGTGGTTGGTGTTTAAAAAATGCTTCTTTAAATTGAATTCAAATTGAAATGGGTTCTGCAATTACATGAAAATATCCATCTACATATTTAATAGGAAAATATTCTTCA---AGTGAT-- Eimeria_sp._ex._Phataginus_tricuspis ---------------------------------------------------------------------------------GATATTATTTTAGAT{AG}GTGTTTCAATATTAGAT{AC}CAATTAGCAATTTCTTAATTAAAAC{AG}GGAGTAATTTTTATGCCTTTTTTTGAAAGTATTAATTTTTTTCCTTCTTTAGTAT{AG}TTCATATGTTGGTACTAT{GT}GTATCTTTAGAAGATAATTTTTTCGCTACAT{AT}AAATTC{AT}GCAA{AT}TTTT{AG}GTGGGGGATCTTTTTGTTTTATAGCAAAAAATATAAAATGTAATATTAATTTATCTACTTATTTTAGAACGCAATCTGAAGATTTTGCTCAATTTGAAAGAACATTATTAATAGTAAGTTCCTTTGCATCTGTAGTATATACTGAAGGATGTTCTGCTCC{AT}ATTTTTTTAGAATCTCAATTACATGTTGCTTTAGTGGAAGTTTTAGTAAAATATAAAGGAATCCTTAATTATTCTACTGTACAAAATTGGTATCGTGGAAATCA------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------ Eimeria_sp._ex._Sorex_araneus_136 ------------------------------------GGATTAAATAATAAAGAAAGTAAAACAATTTCAACATTAGCTCTAGATATTGTATTAGATAGTATATCTATAGTTGATACAATTACTAATTTTTTGATTAAAACAGGAGTAATTTTTATGCCTTTTTTTGAAGGTATTAATTATTATTCATATTTAGTATTTTCATATATTGGTACTATTGTGTCTTTAGAAGATAATTTTTTTGCTACTTTAAATTCTACAATTTTTAGTGGTGGATCTTTTTGTTATATAGCAAAAAATATTAAATGTAATATTAATTTATCTACTTATTTTAGAACTCAATCTGAAGATTTTGCTCAATTTGAAAGAACTTTATTAATAGTAGGTGTTTCTGCTTCTTTAATATATACAGAAGGATGTTCTGCTCCTATGTTTTTAGAATCTCAATTACATGTTGCTTTAGTTGAAATTTTAGTTAAAGAAAAGGGAATTCTTAATTATTCTACCGTACAAAATTGGTATCG--------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- Eimeria_stiedai ATTACAAATACTTTTAATTCAATTTTAGAAAAAGTAGGATTAAATACTAAAGAAAATAATGTTTTTTCAACATTAGCAGTAGATATTGTATTAGATAGTGTTTCTATAATAGATACAATAACTAATTTTTTAATAAAAACAGGAATAATTTTTTTACCTTTTTTTGAAGCTATTAATTATTTTCCATATTTAGTTTTTTCATATATTGGAACTATTGTTTCTTTAGAAGATAATTTTTTTGCTACATTAAATTCTGCAATTTTTAGTGGCGGATCTTTTTGTTACATAGCCAAAAATATAAAATGTAATATTAATTTATCTACTTATTTCAGAACTCAATCTGAAGATTTTGCTCAATTTGAAAGAACATTATTAATAGTAAGTACTTCTGCATCAGTAGTATATACTGAAGGATGTTCTGCTCCTATTTTTTTAGAATCTCAACTACATGTTGCATTAGTAGAAATTTTAGTAAAAGAAAAAGGAATTCTTAATTATTCTACTGTACAAAATTGGTATCGTGGTGATCAATCTGGAGAAGGTGGTTTATATAATTTTACAACTAAACGTGGAAGATGTTTAAAAAAAGCATCGTTAAATTGGGTTCAAATAGAAATGGGAGCTGCAATTACGTGAAAATATCCATCTACATATTTAATAGGTAATTTTTCTTCA---AGCAAT-- Eimeria_tenella ATTAATAATATGTTTAATTCAATTTTAGATAAAATAGGATTAAATTCTCAAGAAAATAAATTAATTTCAACATTAGCTATAGATATTGTATTAGATAGTGTTTCAATAGTAGATACTATTACTAATTTTTTAATAAAAACTGGAATAATTTTTATACCATTTTTTGAGGCAATTAATTATTTTTCTTATTTAGTATTTTCATATATAGGTACAATAGTACCATTAGAAGATAATTTCTTTTCTACTTTAAATTCTACAATTTTTAGTGGTGGTTCTTTTTGTTTTATAGCAAAAAATATCAAATGTAATATTAATTTATCTACTTATTTTAGAACCCAATCAGAAGATTTTGCTCAATTTGAAAGAACATTATTAATAGTAGATAATTCTTCATATATTATATATACAGAAGGATGTTCTGCTCCTATTTTTTTAGAATCTCAATTACATGTTGCTTTAGTTGAAATTTTAGTAAAAGAAAAAGGAATACTTAATTATTCTACGATACAAAATTGGTATCGTGGTGATCAATCTGGGGAAGGTGGATTATATAATTTTACAACTAAACGTGGTTGGTGTTTAAAAAAAGCTTTATTAGATTGGGTTCAAATTGAAATGGGATCTGCAATTACTTGAAAATATCCTTCTACGTATTTAATAGGAAATTATTCTTCA---AGTAAT-- Isospora_sp._ex._Talpa_europaea_218 ------------------------TTAAAAAAAGTAGGATTAAATAATGAAGAAAATAAAATTATTTCAATTTTAGCATTAGATATTGTATTAGATAGTGTTTCAATAGTAGATACAGTTACAAATTTTTTAATAAAAACTGGAATAATTTTTATGCCTTTTTTTGAAAGTATTAATTATTATTCATATTTAGTTTTTTCATATATAGGAACTATTGTACCATTAAAAGATAATTTTTTTGCTACTTTAAATTCTAGTATTTTTAGTGGAGGATCTTTTTGTTTTATAGCAAAAAATATTAAATGTAATATTAATTTATCTACATATTTTAGAACTCAATCTGAAGATTTTGCTCAATTTGAAAGAACATTATTAATAGTAAATACTTCTGCATCTGTAATATATACAGAAGGATGTTCTGCTCCTATTTTTTTAGAATCTCAATTACATGTTGCTTTAGTTGAACTTTTAGTTAAAGAAAAAGGAATTCTTAATTATTCTACTATACAAAATTGGTATCGTGGTGATCAATCTGGAGAAGGAGGATTATATAATTTTACAACTAAACGTGGTTGGTGTTTAAAAAAAGCTTCTTTAGATTGGGTTCAAATTGAAATGGGATCTGCAATTACATGAAAATATCCATCAACTTATTTAATAGGAAATTATTCTTCA---AGTAAT-- Toxoplasma_gondii AATAAAAATAAATATAAATCAATTTTATCTAAATTAGGATTA---------GAATTAAAATTTTCAGAAAATTTAATTTTAGATGTAATATTTGATAGTGTATTATTATTAAATTTAACTACTTTCTTTTTAATTAAAATGGGATTATTCTTTTTATCTTTTTTTCAAAGTATAATATTTTATCCATATTTAATTTTTTCTTATTTAGGGTCGATTGTTAGTAATACAGATAATTTTTTTTTAACTATAAATTCTATTATTTTTAATGAAGGATCTTTTTGTTTTGTTATGAAAGATTTAAATTCTAATATTAATTTAACAACATATTTTAGAACTCATTCAGAAAATTTCGCTCAATTTGAAAGAACATTAATAGTTTTATCGGAAAATTCAAAATTAATTTATTTTGAAGGTTGTTCAGCTCCTATGTTTTTAGAATCTCAATTACATATAGCTATAGTTGAATTATTTATAAAAACAAAAGCTAATTTAAAATATTCTACAATTCAAAATTGATATAGAGGTAATCAATTAGGAGAAGGTGGTTTATATAATTTTACAACTAAACGGGGATTTTGTATGGATAAAAGTTTTTTAAATTGGATACAAATTGAAATAGGGTCAGTAATAACTTGGAAATATCCTTCTACATATTTAATAGGAAATAAA---TCTTTTAGTAAT-- coccidium_ex._Cricetus_cricetus_K4 ---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------TTATTTTTATCTTTTTCTCAAAGTATAATTTTATATTCATATTTAATTTTTTCTTATTTAGGGTCTATTGTTAATATTACTGATAATTTTTTTTCTAATATAAATTCTATTATTTTTAATGAATGTTCTTTTTGTTTTATAATGAAAGATTTAAAATCTAATATTAATTTAACAACATATTTTAGAACTAATTCAGAAAATTTTGCTCAATTTGAAAGAACATTAATAATTTTATCAGAAAATTCAAAATTAATTTATTTTGAAGGGTGTTCGGCTCCTATATTTTTAGAATCTCAATTACATATAGCTGTAGTTGAATTATTTATAAAAACAAAAGCTAATTTAAAATATTCTACTATTCAAAATTGATATAGAGGAAATCAATTAGGAGAAGGTGGTCTTTATAACTTTACTACTAAAAGAGGATTTTGTATGAATAATAGTTTTTTAAATTGAATACAAATTGAAATAGGATCAATAATAACTTGAAAATACCCTTCTACATATTTAATAGGAAAAAAATCT---------TCTAG ; END; [ The following blocks are output data for analysis step 9589 ] BEGIN TREES; TITLE BI_solution_for_Eimerian_ORF470; LINK TAXA = TaxaForAnalysisStep9589; TREE con_50_majrule = [&R] (Toxoplasma_gondii:0.056348,coccidium_ex._Cricetus_cricetus_K4:0.087223,(Isospora_sp._ex._Talpa_europaea_218:0.033468,(Eimeria_tenella:0.082767,(Eimeria_sp._ex._Sorex_araneus_136:0.069848,Eimeria_myoxi:0.061996,((Eimeria_sp._ex._Phataginus_tricuspis:0.108309,(Eimeria_reedi:0.089945,(Eimeria_arizonensis:0.057265,(Eimeria_albigulae:0.065986,Eimeria_onychomysis:0.033374):0.01089):0.042334):0.042613):0.026248,((Eimeria_irresidua:0.043659,(Eimeria_flavescens:0.04508,Eimeria_exigua:0.039316):0.029854):0.014759,(Eimeria_intestinalis:0.028549,(Eimeria_stiedai:0.01482,(Eimeria_media:0.016349,Eimeria_magna:0.032432):0.022735):0.012521):0.042599):0.021915):0.010012,((Eimeria_caviae:0.06536,(((Eimeria_burdai_:0.015556,(Eimeria_falciformis:0.006354,Eimeria_sevilletensis:0.022368):0.011091):0.030074,(Eimeria_langebarteli:0.162169,Eimeria_separata:0.134308):0.061792):0.017634,(Eimeria_sp._ex._Apodemus_agrarius_21655:0.037494,(Eimeria_nieschulzi:0.007152,Eimeria_papillata:0.054579):0.029024):0.009079):0.025891):0.008851,(Eimeria_sp._ex._Apodemus_sylvaticus_0853:0.036483,Eimeria_sp._ex._Apodemus_agrarius_21617:0.068719):0.009596):0.058844):0.023458):0.044054):0.681221); [! TreeBASE tree URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/tree/TB2:Tr54950] END; BEGIN TREES; TITLE BI_solution_for_Eimerian_ORF470; LINK TAXA = TaxaForAnalysisStep9589; TREE con_50_majrule = [&R] (Toxoplasma_gondii:0.056348,coccidium_ex._Cricetus_cricetus_K4:0.087223,(Isospora_sp._ex._Talpa_europaea_218:0.033468,(Eimeria_tenella:0.082767,(Eimeria_sp._ex._Sorex_araneus_136:0.069848,Eimeria_myoxi:0.061996,((Eimeria_sp._ex._Phataginus_tricuspis:0.108309,(Eimeria_reedi:0.089945,(Eimeria_arizonensis:0.057265,(Eimeria_albigulae:0.065986,Eimeria_onychomysis:0.033374)0.68:0.01089)1.00:0.042334)1.00:0.042613)0.98:0.026248,((Eimeria_irresidua:0.043659,(Eimeria_flavescens:0.04508,Eimeria_exigua:0.039316)0.98:0.029854)0.76:0.014759,(Eimeria_intestinalis:0.028549,(Eimeria_stiedai:0.01482,(Eimeria_media:0.016349,Eimeria_magna:0.032432)1.00:0.022735)0.88:0.012521)1.00:0.042599)0.87:0.021915)0.53:0.010012,((Eimeria_caviae:0.06536,(((Eimeria_burdai_:0.015556,(Eimeria_falciformis:0.006354,Eimeria_sevilletensis:0.022368)0.60:0.011091)0.97:0.030074,(Eimeria_langebarteli:0.162169,Eimeria_separata:0.134308)1.00:0.061792)0.97:0.017634,(Eimeria_sp._ex._Apodemus_agrarius_21655:0.037494,(Eimeria_nieschulzi:0.007152,Eimeria_papillata:0.054579)1.00:0.029024)0.87:0.009079)1.00:0.025891)0.72:0.008851,(Eimeria_sp._ex._Apodemus_sylvaticus_0853:0.036483,Eimeria_sp._ex._Apodemus_agrarius_21617:0.068719)0.58:0.009596)0.97:0.058844)0.66:0.023458)0.62:0.044054)1.00:0.681221); [! TreeBASE tree URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/tree/TB2:Tr54949] END;