#NEXUS [!This data set was downloaded from TreeBASE, a relational database of phylogenetic knowledge. TreeBASE has been supported by the NSF, Harvard University, Yale University, SDSC and UC Davis. Please do not remove this acknowledgment from the Nexus file. Generated on September 20, 2025; 2:19 GMT TreeBASE (cc) 1994-2008 Study reference: Grum-grzhimaylo A.A., Debets A.J., Van diepeningen A.D., Georgieva M.L., & Bilanenko E.N. 2013. Sodiomyces alkalinus, a new holomorphic alkaliphilic ascomycete within the Plectosphaerellaceae. Persoonia, 31: 147-158. TreeBASE Study URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/study/TB2:S12948] [ The following blocks are input data for analysis step 9660 ] BEGIN TAXA; TITLE TaxaForAnalysisStep9660; DIMENSIONS NTAX=73; TAXLABELS Acanthonitschkea_argentinensis Acremonium_alcalophilum Acremonium_antarcticum Acremonium_murorum Acremonium_persicinum Acremonium_strictum Apiognomonia_errabunda Bionectria_ochroleuca Camarops_microspora Camarops_ustulinoides Cercophora_caudata Chaetosphaerella_phaeostroma Coniochaeta_ostrea Cordyceps_cardinalis Cryphonectria_parasitica Cryptosporella_hypodermia Diaporthe_eres Diatrype_disciformis Didymostilbe_echinofibrosa Epichloe_typhina Eutypa_lata Fracchiaea_broomeana Gelasinospora_tetrasperma Glomerella_cingulata Gnomonia_gnomon Graphostroma_platystoma Heleococcum_aurantiacum Heleococcum_japonense Hydropisphaera_erubescens Hypocrea_americana Hypocrea_lutea Lasiosphaeria_ovina Leucostoma_niveum Lignincola_laevis Lindra_thalassiae Lulworthia_grandispora Melanconis_alni Melanconis_marginalis Melanconis_stilbostoma Melanopsamma_pomiformis Melanospora_tiffanii Melanospora_zamiae Microascus_trigonosporus Peethambara_spirostriata Petriella_setifera Plectosphaerella_cucumerina Pleospora_herbarum Podospora_fimiseda Roumegueriella_rufula Selinia_pulchra Sodiomyces_alkalinus_F10 Sodiomyces_alkalinus_F11 Sodiomyces_alkalinus_F12 Sodiomyces_alkalinus_F13 Sodiomyces_alkalinus_F14 Sodiomyces_alkalinus_F15 Sodiomyces_alkalinus_F16 Sodiomyces_alkalinus_F17 Sodiomyces_alkalinus_F18 Sodiomyces_alkalinus_F19 Sodiomyces_alkalinus_F20 Sodiomyces_alkalinus_F21 Sodiomyces_alkalinus_F22 Sodiomyces_alkalinus_F23 Sodiomyces_alkalinus_F24 Sodiomyces_alkalinus_F7 Sodiomyces_alkalinus_F8 Sodiomyces_alkalinus_F9 Torrubiella_alba Varicosporina_ramulosa Verticillium_dahliae Xylaria_acuta Xylaria_hypoxylon ; END; BEGIN CHARACTERS; [! TreeBASE Matrix URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/matrix/TB2:M13665] TITLE SSU_LSU_RPB2_TEF1_5.8S; LINK TAXA = TaxaForAnalysisStep9660; DIMENSIONS NCHAR=5013; FORMAT DATATYPE=DNA SYMBOLS= "A C G T" MISSING=? 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Acremonium_alcalophilum 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Acremonium_antarcticum 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Cryphonectria_parasitica 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Didymostilbe_echinofibrosa 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Heleococcum_aurantiacum 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Lindra_thalassiae 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Melanconis_stilbostoma 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Microascus_trigonosporus 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Verticillium_dahliae 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TCGAGCGTCATTT ; END; [ The following blocks are output data for analysis step 9660 ] BEGIN TREES; TITLE BI_result; LINK TAXA = TaxaForAnalysisStep9660; TREE BI_5_genes = [&R] (Pleospora_herbarum:0.599957,((((((Acremonium_alcalophilum:0.041438,(((Sodiomyces_alkalinus_F10:2.34E-4,(Sodiomyces_alkalinus_F11:2.33E-4,Sodiomyces_alkalinus_F12:2.3E-4,Sodiomyces_alkalinus_F8:2.31E-4)0.96:6.53E-4,Sodiomyces_alkalinus_F20:2.33E-4,Sodiomyces_alkalinus_F7:2.17E-4)0.78:4.4E-4,Sodiomyces_alkalinus_F9:2.23E-4)0.52:4.13E-4,(Sodiomyces_alkalinus_F13:0.001259,(Sodiomyces_alkalinus_F14:2.24E-4,Sodiomyces_alkalinus_F15:2.3E-4,Sodiomyces_alkalinus_F16:2.26E-4,Sodiomyces_alkalinus_F17:2.31E-4,Sodiomyces_alkalinus_F18:2.36E-4,Sodiomyces_alkalinus_F19:4.46E-4,Sodiomyces_alkalinus_F21:2.23E-4,Sodiomyces_alkalinus_F22:2.31E-4,Sodiomyces_alkalinus_F23:2.19E-4,Sodiomyces_alkalinus_F24:4.53E-4)0.88:4.72E-4)0.60:4.78E-4)1.00:0.026057)1.00:0.080248,((Acremonium_antarcticum:0.070033,Plectosphaerella_cucumerina:0.062463)1.00:0.037686,Verticillium_dahliae:0.090238)1.00:0.036894)1.00:0.224375,Glomerella_cingulata:0.110947)1.00:0.037866,((Lignincola_laevis:0.28325,Varicosporina_ramulosa:0.15096)1.00:0.056377,(Microascus_trigonosporus:0.155559,Petriella_setifera:0.075873)1.00:0.037032)1.00:0.125744)0.84:0.01539,((((((((Acremonium_murorum:0.051684,Hydropisphaera_erubescens:0.054658)0.99:0.01239,(Roumegueriella_rufula:0.050282,Selinia_pulchra:0.067129)0.97:0.017631)0.99:0.016012,(Heleococcum_japonense:3.2E-4,Heleococcum_aurantiacum:5.1E-4)1.00:0.079769)1.00:0.026483,Acremonium_persicinum:0.052339)1.00:0.042689,Bionectria_ochroleuca:0.100239)1.00:0.061573,((((Cordyceps_cardinalis:0.077729,Torrubiella_alba:0.078372)1.00:0.066142,(Hypocrea_americana:0.054197,Hypocrea_lutea:0.030594)1.00:0.078646)0.93:0.020954,Epichloe_typhina:0.134777)0.60:0.013055,((Didymostilbe_echinofibrosa:0.002824,Peethambara_spirostriata:0.005556)1.00:0.11934,Melanopsamma_pomiformis:0.100715)1.00:0.036508)1.00:0.017666)0.96:0.017166,Acremonium_strictum:0.219139)1.00:0.023979,((Melanospora_tiffanii:0.242166,Melanospora_zamiae:0.046212)1.00:0.234841,((Acanthonitschkea_argentinensis:0.26007,Fracchiaea_broomeana:0.33906)1.00:0.142635,Chaetosphaerella_phaeostroma:0.424948)1.00:0.134387)0.96:0.037626)1.00:0.032476)1.00:0.070587,(Lindra_thalassiae:0.219092,Lulworthia_grandispora:0.299341)1.00:0.278492)0.63:0.022515,((((((((Apiognomonia_errabunda:0.045904,Gnomonia_gnomon:0.030592)1.00:0.017332,Cryptosporella_hypodermia:0.029357)1.00:0.019654,((Melanconis_alni:0.005694,Melanconis_stilbostoma:0.012243)1.00:0.004413,Melanconis_marginalis:0.00738)1.00:0.035853)1.00:0.055669,Cryphonectria_parasitica:0.050862)1.00:0.086068,Leucostoma_niveum:0.078921)0.95:0.037668,Diaporthe_eres:0.067251)1.00:0.146398,(((Camarops_microspora:0.065029,Camarops_ustulinoides:0.042968)1.00:0.121944,((Cercophora_caudata:0.146657,Lasiosphaeria_ovina:0.145954,Podospora_fimiseda:0.193083)0.65:0.028466,Gelasinospora_tetrasperma:0.106693)1.00:0.039747)1.00:0.049254,Coniochaeta_ostrea:0.203207)1.00:0.028086)1.00:0.023319,(((Diatrype_disciformis:0.110219,Eutypa_lata:0.027197)1.00:0.102803,(Xylaria_acuta:0.06819,Xylaria_hypoxylon:0.0562)1.00:0.105251)0.61:0.024487,Graphostroma_platystoma:0.147208)1.00:0.110629)0.61:0.019852); [! TreeBASE tree URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/tree/TB2:Tr55240] END;