CiteULike CiteULike
Delicious Delicious
Connotea Connotea

Matrix 779 of Study 1108

About Citation title: "Phylogenetic relationships of haplolepideous mosses (Dicranidae) inferred from rps4 gene sequences.".
About This study was previously identified under the legacy study ID S1013 (Status: Published).

Matrices

Title: rps4 for Dicranidae

Description: Legacy TreeBASE Matrix ID = M1709

Rows

Taxon Label Row Segments Characters 1?–30
Weissia ludoviciana  (none) CTAAGCAATAAAACAC---CCCATTTAAAA
Wardia hygrometrica  (none) CTAACCAATAAAACAC---CCCAGTTAAAA
Ulota phyllantha  (none) TTAACAAATAAAACAC---CTCAATTAAAA
Uleastrum paraguense  (none) CTAACTAACAAAATAT---CTAAGTTAAAA
Tridontium tasmanicum  (none) TTAAGCAATAAAATAC---CCCATTTAAAA
Tortula muralis  (none) CTAAGCAATAAAATAC---CTCATTTAAAA
Timmiella anomola  (none) CTAACTAATAAAACAC---CCCAGTTAAAA
Timmia sibirica  (none) CTAACCAATAAAACAC---CTCAGTTAAAA
Timmia megapolitana  (none) CTAACCAATAAAACAC---CTCAGTTAAAA
Thuidium tamariscinum  (none) CTAACTAATAAAACAT---CCCAGTTAAAA
Syrrhopodon prolifer  (none) CTAACTAATAAAACAC---CTCAGTTAAAA
Stegonia latifolia  (none) TTAAGCAATAAA?TAC---CTCATTTAAAA
Splachnum luteum  (none) CTAACTAATAAAACAC---CTCAGTTAAAA
Splachnobryum obtusatum  (none) CTAAGTAATAAAACAC---TTAATTTAAAA
Seligeria polaris  (none) CTAACCAATAAAATAC---CCCAGTTAAAA
Scoularia aquatica  (none) CTAACCAATAAAACAC---CTCAGTTAAAA
Schistostega pennata  (none) TTAACGAATAAAATAC---CTCAATTAAGA
Schistidium papillosum  (none) CTAAC?AATAAGATAC---CCCAATTAAAA
Schistidium crassipilum  (none) CTAACCAATAAGACAC---CCCAATTAAAA
Rhodobryum roseum  (none) CCAACTAATAAAACAC---CCCAGTTAAAA
Rhacomitrium lanuginosum  (none) --------TAGGACAC---CCCAATTAAAA
Rhacomitrium fasciculare  (none) CTAACCAATAAAACAC---CCCAATTAAAA
Rhacocarpus purpurascens  (none) CTAACTAATAAAACAC---CTCAGTTAAAA
Rhabdoweisia crispula  (none) TTAACCAATAAAACAC---CCCAGTTAAAA
Ptycomitrium gardneri  (none) CTAACCAATAAAACAC---CTCAGTTAAAA
Ptychomitrium crassifolium  (none) CTAACCAATAAAACAC---CTCAGTTAAAA
Pseudobryum cinclidioides  (none) CTCACTAATAAAACAC---CACAGTTAAAA
Pohlia drummondii  (none) TTAACTAATAAAACAC---CACAGTTAAAA
Pleurochaete squarrosa  (none) CTAAGCAATAAAACAC---CCCATTTAAAA
Pleuridium acuminatum  (none) CTAACTAATAAAACAC---CCCAGCTAAAA
Physcomitrium pyriforme  (none) CTAACTAATAAAACAC---CACAGTTAAAA
Philonotis fontana  (none) CTAACTAATAAAACAC---CCCAGTTAAAA
Phascum cuspidatum  (none) ----GCAATAAAATAC---CTCATTTAAAA
Paraleucobryum longifolium  (none) CTAACCAATAAAACAC---CCCAGTTAAAA
Orthotrichum lyellii  (none) TTAACAAATAAAACAC---CTCAATTAAAA
Orthodontium lineare  (none) CTAACTAATAAAACAC---CCCAGTTAAAA
Orthodicranum fulvum  (none) CTAACCAATAAAACAC---CCCAGTTAAAA
Orthmniopsis dilatata  (none) CCAACTAATAAAACGC---CACACTTAAAA
Oreoweisia erosa  (none) CTAACCAATAAAACAC---CCCAGTTAAAA
Oncophorus wahlenbergii  (none) CTAACCAATAAAACAC---CCCAGTTAAAA
Octoblepharum albidum  (none) CTAACTAATAAAACAATATCCCAGTTAAAA
Nanobryum dummeri  (none) CTAACTAATAAAATAC---CCCAGTTAAAA
Mnium hornum  (none) CTAACTAATAAAACAC---CACAGTTAAAA
Mitthyridium costrictum  (none) CTAACTAATAAAATAC---CCCAGTTAAAA
Mielichhoferia bryoides  (none) CTAACTAATAAAACAC---CACAGTTAAAA
Micromitrium tenerum  (none) TTAACCAATAAAACAC---CCCAGTTAAAA
Macromitrium levatum  (none) TCGACTAATAAAACAC---CTCAGCTAAAA
Lyellia aspera  (none) CTAACTAATAAAACAC---CTCAGTTAAAA
Leucoloma sprengelianum  (none) CTAACCACTCAAATAC---CCGAGTTAAAA
Leucoloma serrulatum  (none) CTAACCAATAAAATAC---CCGAGTTAAAA
Leucoloma rutenbergii  (none) CTAACCAATAAAATAC---CCGAGTTAAAA
Leucobryum glaucum  (none) ----CCAATAAAACAT---CTCAGTTAAAG
Leptodontium flexifolium  (none) ----GCAATAAAATCC---CCCATTTAAAA
Kiaeria glacialis  (none) CTAACCAATAAAACAC---CCCATTTAAAA
Kiaeria blytii  (none) CTAACCAATAAAACAC---CCCAGTTAAAA
Hypodontium pomiforme  (none) CTAACTAATAAAAAAC---CGCAGTTAAAA
Hypodontium dregii  (none) CGAACGAAGAAAAAAC---CGCAGTTAAAA
Hypnodendron camptothecium  (none) CTAACTAATAAAACAG---CTCAGTTAAAA
Hydrogrimmia mollis  (none) -------------------CCCAATTAAAA
Helicophyllum torquatum  (none) -TAACTAATAAAACAC---CTCAGTTAAAA
Grimmia torquata  (none) -TAA?CAATAAAACAC---CCCAATTAAAA
Grimmia pulvinata  (none) CTAACCAATAAGACAC---CCCAATTAAAA
Goniomitrium acuminatum  (none) CTAAGCAATAAAATAC---CTCATTTAAAA
Gigaspermum repens  (none) TTGACCAATAAAACAC---CTCA{GT}TTA
Funaria hygrometrica  (none) TTAACTAATAAAACAC---CTCAGTTAAAA
Fissidens subbasilaris  (none) CTAACCAATAAAACAC---CTCAGTTAAAA
Fissidens fasciculatus  (none) CTGACTAATAAAACCC---CTCAGTTAAAA
Fissidens bushii  (none) CTAACTAATAA{AC}ACAC---CTCAGTTA
Eucamptodon muelleri  (none) CTAACCAATAAAACAC---CCCAGTTAAAA
Ephemerum spinulosum  (none) CTAAGCAATAAAACAC---CCCATGTAAAA
Entosthodon laevis  (none) CTAACTAATAAAACAC---CACAGTTAAGA
Encalypta rhabdocarpa  (none) CTAACTAATAAAACAC---CTCAATTAAAA
Encalypta ciliata  (none) CTAACTAATAAAACAC---CTCAGTTAAAA
Encalypta armata  (none) CTAACTAATAAAACAC---CTCAGTTAAAA
Dryptodon patens  (none) --AACCAATAAGACAC---CCCAATTAAAA
Drummondia prorepens  (none) CTGACCAGTAAAACAC---CCCAGTTAAAA
Ditrichum pusillum  (none) CTAACCAATAAAACAC---CCCAGTTAAAA
Ditrichum pallidum  (none) CTAACCAATAAAACAC---CCCAGTTAAAA
Ditrichum heteromallum  (none) CTAACCAATAAAACAC---CCCAGTTAAAA
Ditrichum flexicaule  (none) ---ACCAATAAAACAC---CCCAGTTAAAA
Distichium capillaceum  (none) -----CAATAAAACAC---CCCAGTTAATA
Discelium nudum  (none) TTAACTAATAAGTCAC---CTCAGTTAAAA
Diphyscium foliosum  (none) CTAACCAGTAAAACAC---CACAGTTAAAA
Didymodon asperifolius  (none) CTAAGCAATAAAATAC---CCCATTTAAAA
Dicranum tauricum  (none) CTAACCAATAAAACAC---CCCAGTTAAAA
Dicranum scoparium  (none) CTAACCAATAAAACAC---CCCAGTTAAAA
Dicranum muehlenbeckii  (none) CTAACCAATAAAACAC---CCCAGTTAAAA
Dicranum fuscescens  (none) CTAACCAATAAAACAC---CCCAGTTAAAA
Dicranum condensatum  (none) CTAACCAATAAAACAC---CCCAGTTAAAA
Dicranum acutifolium  (none) CTAACCAATAAAACAC---CCCAGTTAAAA
Dicranoweisia crispula  (none) CTGACCAGTAAAACAC---CCCAGTTAAAA
Dicranoweisia cirrhata  (none) ---ACCAATAAAACAC---CCCAGTTAAAA
Dicranoloma billardieri  (none) CTAACCAATAAAACAC---CCCAGTTAAAA
Dicranodontium denudatum  (none) CTAACCAATAAAACAT---CCCAGTTAAAG
Dicranella palustris  (none) CTAACCAGTAAAACAC---CCAAGTTAAAA
Dicranella heteromalla  (none) TTAACCAATAAAATAC---CCCAATTAAAG
Dichodontium pellucidum  (none) CTAACCAGTAAAACAC---CCCAGTTAAAA
Cynodontium jenneri  (none) ------------------------------
Coscinodon calyptratus  (none) CTAACCAATAAAACAC---CCCAATTAAAA
Cinclidotus mucronatus  (none) CTAAGCAATAAAATAC---CTCATTTAAAA
Cinclidotus fontinaloides 2  (none) CTAAGCAATAAAATAC---CTCATTTAAAA
Cinclidotus fontinaloides 1  (none) CTAAGCAATAAAATAC---CTCATTTAAAA
Cheilothela chloropus  (none) CTAACCAATAAAACAC---CCCAGTTAAAA
Chamaebryum pottioides  (none) CTAACCAATAAGACAT---CCCAGTTAAAA
Ceratodon purpureus  (none) CTAACTAATAAAACAC---CTCAGTTAAAA
Catoscopium nigritum  (none) CTAACTAATAAAACAC---CCCAGTTAAAA
Campylopus introflexus  (none) TTAACGAATAAAACAT---CTCAGTTAAAG
Campylopus atrovirens  (none) TTAACGAATAAAACAT---TTCAGTTAAAG
Campylopus argyrocaulon  (none) CTAACAAATAAAACAT---CCCAGTTAAAG
Calymperes pallisotii  (none) TTAACTAATAAAATAC---CTCAGTTAAAA
Bryum wrightii  (none) CTAACTAATAAAACAC---CCCAGTTAAAA
Bryum pallescens  (none) CTAACTAATAAAACAC---CCCAGTTAAAA
Bryoxiphium norvegicum japonicum  (none) -------ATAAAACAC---CCCAGTTAAAA
Bryoxiphium norvegicum  (none) CTAACCAATAAAACAC---CCCAGTTAAAA
Bryobrittonia longipes  (none) CTAACTAATAAAACAC---CTCAGTTAAAA
Bryobartramia novaevalesiae  (none) -----TAATAAAACAC---CTCAGTTAAAA
Brachythecium rutabulum  (none) CTGACTAATAAAACAC---CCCAGTTGAAA
Brachydontium trichodes  (none) CTAACCAATAAAACAC---CCCAGTTAAAA
Blindia acuta  (none) CTAACCAATAAAATAC---CCCAGTTAAAA
Bartramia stricta  (none) CTAACTAATAAAACAC---CCCAGTTAAAA
Barbula unguiculata  (none) CTAAGCAATAAAATAC---CTCATTTAAAA
Aulacopilum hodgkinsoniae  (none) CTAACTAACAAAATAC---CTCAGTTAAAA
Aulacomnium androgynum  (none) CTAACCACTAAAACAC---CCCAGTTAAAA
Archidium tenerrimum  (none) CTAACGAATAAAACAT---CCGAGTTAAAG
Archidium sp.  (none) CTAACGAATAAAACAT---TCGAGTTAAAG
Archidium donnellii  (none) CTAACGAATAAAACAT---CCGAGTTAAAG
Archidium alternifolium  (none) CTAACGAATAAAACAT---CCGAGTTAAAG
Amphidium lapponicum  (none) CTAACCAATAAAACAC---CTCAGTTAAAA
Amphidium californicum  (none) CTAACCAATAAAACAC---CTCAGTTAAAA
Amblyodon dealbatus  (none) CTAACTAATAAAACAC---CTCAGTTAACA

Columns

None of the columns has a description.