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Matrix 2978 of Study 1947

About Citation title: "Reticulate evolution in the parasitic genus Cuscuta (Convolvulaceae): over and over and over again".
About This study was previously identified under the legacy study ID S1929 (Status: Published).

Matrices

Title: ITS

Description: Legacy TreeBASE Matrix ID = M3555

Rows

Taxon Label Row Segments Characters 1?–30
Cuscuta aurea  (none) CGTAACAAAGGTTTCCGTAGGTGAACCTGC
Cuscuta aristeguietae  (none) ---GTACAAGGTTTCCGTAGGTGAACCTGC
Cuscuta applanata 850  (none) -------------TCCGTAGGTGAACCTGC
Cuscuta applanata 844  (none) ---------------------------TGC
Cuscuta applanata 674  (none) ------------------------------
Cuscuta applanata 535  (none) ------------------------------
Cuscuta americana  (none) TCGTAACAAGGTTTCCGTAGGTGAACCTGC
Cuscuta aff. floribunda  (none) -------------ACCGTAGGTGAACCTGC
Cuscuta acuta  (none) ----------------------------GC
Cuacuta cf. chilensis  (none) ------------------AGGTGAACCTGC
Cuscuta micrantha 708 cl.2  (none) TCGTAACAAGGTTTCCGTAGGTGAACCTGC
Cuscuta mcvaughii  (none) ------------------------------
Cuscuta macrocephala 731  (none) -----------------------------C
Cuscuta macrocephala 613  (none) -----------TTTCCGTAGGTGAACCTGC
Cuscuta lindsayi  (none) -----------------------------C
Cuscuta liliputana 848  (none) ---------------------------TGC
Cuscuta liliputana 665  (none) ----------------------------GC
Cuscuta liliputana 664 cl.2  (none) --------------------------CTGC
Cuscuta liliputana 664 cl.1  (none) --------------------------CTGC
Cuscuta leptantha 884  (none) ---TAACAAGGTTTCCGTAGGTGAACCTGC
Cuscuta leptantha 719  (none) ---TAACAAGGTTTCCGTAGGTGAACCTGC
Cuscuta leptantha 608  (none) ---TAACAAGGTTTCCGTAGGTGAACCTGC
Cuscuta kilimanjari  (none) ----------------------------GC
Cuscuta jalapensis 607  (none) ------------------------------
Cuscuta jalapensis 606  (none) ------------------------------
Cuscuta indecora neuropeltata  (none) ------------------------------
Cuscuta indecora longisepala  (none) ------------------------ACCTGC
Cuscuta indecora attenuata 723  (none) ------------------------------
Cuscuta indecora attenuata 721 724  (none) ------------------------------
Cuscuta indecora 561 cl.4  (none) TCGTAACAAGGTTTCCGTAGGTGAACCTGC
Cuscuta indecora 525  (none) -----------------------------C
Cuscuta incurvata  (none) --------------------GTGAACCTGC
Cuscuta hyalina 840 cl.4 6 8  (none) -----------------------AACCTTC
Cuscuta hyalina 840 cl.  (none) -----------------------AACCTTC
Cuscuta hyalina  (none) ------------------------------
Cuscuta howelliana 656  (none) ----------GTTTCCGTAGGTGAACCTGC
Cusucta werdermanii  (none) TCGTAACAAGGTTTCCGTAGGTGAACCTGC
Cuscuta yucatana  (none) ----------------GTAGGTGAACCTGC
Cuscuta woodsonii  (none) ------------------------------
Cuscuta warneri  (none) ---------GGTTTCCGTAGGTGAACCTGC
Cuscuta victoriana 684 685  (none) -----------------------AACCTGC
Cuscuta victoriana 678  (none) ----------------------GAACCTGC
Cuscuta veatchii 760  (none) --------AGGTTTCCGTAGGTGAACCTGC
Cuscuta veatchii 580  (none) --------AGGTTTCCGTAGGTGAACCTGC
Cuscuta veatchii 521  (none) --------AGGTTTCCGTAGGTGAACCTGC
Cuscuta umbrosa  (none) --GTAACAAGGTTTCCGTAGGTGAACCTGC
Cuscuta umbellata reflexa 577 cl.5  (none) ------------------------------
Cuscuta umbellata reflexa 577 c.6  (none) ------------------------------
Cuscuta umbellata 830  (none) -----------------------------C
Cuscuta umbellata 759  (none) --------AGGTTTCCGTAGGTGAACCTGC
Cuscuta umbellata 557  (none) -----------------------------C
Cuscuta umbellata 516  (none) ------------------------------
Cuscuta tuberculata 763  (none) ------------------AGGTGAACCTGC
Cuscuta tuberculata 762  (none) ------------------------------
Cuscuta tuberculata 737  (none) ------------------------------
Cuscuta tuberculata 554  (none) TCGTAACAAGGTTTCCGTAGGTGAACCTGC
Cuscuta tinctoria 573 cl.6  (none) ---------------------------TGC
Cuscuta tinctoria 547  (none) -------AAGGTTTCCGTAGGTGAACTTGC
Cuscuta tasmanica  (none) ----------------GTAGGTGAACCTGC
Cuscuta suksdorfii 635 636  (none) -----------------------------C
Cuscuta suksdorfii 470  (none) ----------------------------GC
Cuscuta subinclusa 644  (none) --------AGGTTTCCGTAGGTGAACCTGC
Cuscuta subinclusa 501  (none) ------------------------------
Cuscuta subinclusa 197  (none) ------CAAGGTTTCCGTAGGTGAACCTGC
Cuscuta suaveolens 996  (none) TCGTAACAAGGTTTCCGTAGGTGAACCTGC
Cuscuta suaveolens 791  (none) --GTAACAAGGTTTCCGTAGGTGAACCTGC
Cuscuta suaveolens 790  (none) TCGTAACAAGGTTTCCGTAGGTGAACCTGC
Cuscuta strobiliacea  (none) -----------------TAGGTGAACCTGC
Cuscuta stenolepis  (none) ------------------------ACCTGC
Cuscuta squamata  (none) ------------------------------
Cuscuta sidarum 519  (none) ----AACAAGGTTTCCGTAGGTGAACCTGC
Cuscuta sidarum 1005  (none) -----------TTTCCGTAGGTGAACCTGC
Cuscuta serruloba  (none) TCGTAACAAGGTTTCCGTAGGTGAACCTGC
Cuscuta sandwichiana 748  (none) ------------------------------
Cuscuta sandwichiana 686  (none) --------AGGTTTCCGTAGGTGAACCTGC
Cuscuta sandwichiana 155  (none) TCGTAACAAGGTTTCCGTAGGTGAACCTGC
Cuscuta salina salina 652 653  (none) --------AGGTTTCCGTAGGTGAACCTGC
Cuscuta salina salina 477 478 641  (none) ------------------------ACCTCC
Cuscuta salina major  (none) -GTAAACAAGGTTTCCGTAGGTGAACCTGC
Cuscuta runyonii  (none) -------AAGGTTTCCGTAGGTGAACCTGC
Cuscuta rugosiceps 915  (none) -------------------GGTGAACCTGC
Cuscuta rugosiceps 745  (none) ------------------------------
Cuscuta rostrata  (none) -CGTAACAAGGTTTCCGTAGGTGAACCTGC
Cuscuta racemosa miniata  (none) ------------------------------
Cuscuta purpusii 928  (none) ------CAAGGTTTCCGTAGGTGAACCTGC
Cuscuta purpusii 898  (none) ----------------------------GC
Cuscuta purpurata  (none) ------------------------------
Cuscuta prismatica  (none) ------------------------------
Cuscuta potosina globifera  (none) -----------------------------C
Cuscuta howelliana 357 655  (none) ----------GTTTCCGTAGGTGAACCTGC
Cuscuta haughtii  (none) ------------------------------
Cuscuta harperi  (none) -----ACAAGGTTTCCGTAGGTGAACCTGC
Cuscuta gymnocarpa  (none) ------------------------------
Cuscuta gronovii latiflora 704  (none) --------------CCGTAGGTGAACCTGC
Cuscuta gronovii latiflora 703  (none) --------------CCGTAGGTGAACCTGC
Cuscuta gronovii calyptrata  (none) --------------CCGTAGGTGAACCTGC
Cuscuta gronovii 702  (none) --------------CCGTAGGTGAACCTGC
Cuscuta gronovii 453 705  (none) -----ACAAGGTTTCCGTAGGTGAACCTGC
Cuscuta gronovii 343 cl.4  (none) ---TAACAAGGTTTCCGTAGGTGAACCTGC
Cuscuta grandiflora  (none) ---------GGTTTCCGTAGGTGAACCTGC
Cuscuta gracillima 621  (none) --------------------GTGAACCTGC
Cuscuta gracillima 600  (none) ------------------------------
Cuscuta glomerata  (none) ---TAACAAGGTTTCCGTAGGTGAACCTGC
Cuscuta globulosa  (none) ------------------------------
Cuscuta globiflora  (none) ------CAAGGTTTCCGTAGGTGAACCTGC
Cuscuta glabrior  (none) ---------------------TGAACCTGC
Cuscuta friesii  (none) --------------CCGTAGGTGAACCTGC
Cuscuta foetida pycknantha  (none) ----AACAAGGTTTCCGTAGGTGAACCTGC
Cuscuta foetida 922  (none) --------AGGTTTCCGTAGGTGAACCTGC
Cuscuta foetida 496 1020  (none) --------AGGTTTCCGTAGGTGAACCTGC
Cuscuta erosa  (none) -------AAGGTTTCCGTAGGTGAACCTGC
Cuscuta desmouliniana 571  (none) TCGTAACAAGGTTTCCGTAGGTGAACCTGC
Cuscuta desmouliniana 1161  (none) TCGTAACAAGGTTTCCGTAGGTGAACCTGC
Cuscuta denticulata 668  (none) ------------------------------
Cuscuta denticulata 485  (none) ---TAACAAGGTTTCCGTAGGTGAACCTGC
Cuscuta denticulata 165  (none) ---TAACAAGGTTTCCGTAGGTGAACCTGC
Cuscuta decipiens  (none) ---TAACAAGGTTTCCGTAGGTGAACCTGC
Cuscuta cuspidata  (none) ------------------------------
Cuscuta cristata  (none) ------------------------------
Cuscuta cozumeliensis  (none) ------------------------------
Cuscuta costaricensis  (none) ----------------------------GC
Cuscuta corymbosa stylosa  (none) ------------------AGGTGAACCTGC
Cuscuta corymbosa grandiflora 959  (none) ----------------------------GC
Cuscuta corymbosa grandiflora 695 696  (none) -------------------GGTGAACGTGC
Cuscuta coryli  (none) ------------------------------
Cuscuta corniculata  (none) -CGTAACAAGGTTTCCGTAGGTGAACCTGC
Cuscuta compacta  (none) ---TAACAAGGTTTCCGTAGGTGAACCTGC
Cuscuta cockerellii  (none) TCGTAACAAGGTTTCCGTAGGTGAACCTGC
Cuscuta chilensis  (none) ------------------------------
Cuscuta chapalana 693  (none) ---------------------TGAACCTGC
Cuscuta chapalana 568  (none) ---------------------TGAACCTGC
Cuscuta cf. cozumeliensis  (none) ----------------------------GC
Cuscuta cephalanthi  (none) -----------------------------C
Cuscuta campestris 894  (none) -----------------------------C
Cuscuta campestris 487  (none) ------------------------------
Cuscuta campestris 483  (none) ------------------------------
Cuscuta campestris 411  (none) ------------------------------
Cuscuta campestris 202  (none) --GTAACAAGGTTTCCGTAGGTGAACCTGC
Cuscuta californica occidentalis  (none) ---------------CGTAGGTGAAACTGC
Cuscuta californica brachycalyx  (none) -----------TTTCCGTAGGTGAACCTGC
Cuscuta californica 637  (none) -----------TTTCCGTAGGTGAACCTGC
Cuscuta californica 147 499 64  (none) --GTAACAAGGTTTCCGTAGGTGAACCTGC
Cuscuta burrelli  (none) ------------------------------
Cuscuta boldinghii  (none) -----ACAAGGTTTCCGTAGGTGAACCTGC
Cuscuta bifurcata  (none) --GTAACAAGGTTTCCGTAGGTGAACCTGC
Cuscuta australis tinei  (none) ------------------------------
Cuscuta australis  (none) --------------CCGTAGGTGAACCTGC
Cuscuta potosina 845  (none) ---------------------------TGC
Cuscuta potosina 592  (none) -----------TTTCCGTAGGTGAACCTGC
Cuscuta polygonorum 415 cl.7 9  (none) --------------------------CTGC
Cuscuta polygonorum 415 cl.4 6  (none) ---TAACAAGGTTTCCGTAGGTGAACCTGC
Cuscuta polyanthemos 826 cl.7  (none) ------CAAGGTTTCCGTAGGTGAACCTGC
Cuscuta polyanthemos 826 cl.1 8  (none) ------CAAGGTTTCCGTAGGTGAACCTGC
Cuscuta platyloba  (none) ------------TTCCGTAGGTGAACCTGC
Cuscuta plattensis  (none) -----ACAAGGTTTCCGTAGGTGAACCTGC
Cuscuta pentagona 468  (none) ---------GGTTTCCGTAGGTGAACCTGC
Cuscuta pentagona 464  (none) -------AAGGTTTCCGTAGGTGAACCTGC
Cuscuta pentagona 456 cl.5  (none) -----------------------AACCTGC
Cuscuta pentagona 456 cl.1 2  (none) -----------------------AACCTGC
Cuscuta parviflora elongata  (none) ------------TTCCGTAGGTGAACCT?C
Cuscuta partita  (none) ------------------------------
Cuscuta parodiana  (none) -------AAGGTTTCCGTAGGTGAACCTGC
Cuscuta paitana  (none) ------------------------------
Cuscuta odotata 1024  (none) --------GGTTTCCGTAGGTGAACCCTGC
Cuscuta odorata 985  (none) ----------------------------GC
Cuscuta odorata 912  (none) ---------------------------TGC
Cuscuta odontolepis 730  (none) -----ACAAGGTTTCCGTAGGTGAACCTGC
Cuscuta odontolepis 587  (none) -----ACAAGGTTTCCGTAGGTGAACCTGC
Cuscuta occidentalis californica  (none) -----------------------AACCTGC
Cuscuta occidentalis 504 647 648  (none) ---TAACAAGGTTTCCGTAGGTGAACCTGC
Cuscuta occidentalis 503  (none) -----ACAAGGTTTCCGTAGGTGAACCTGC
Cuscuta obtusiflora glandulosa  (none) --------------------GTGAACCTGC
Cuscuta obtusiflora 1069  (none) ---------GGTTTCCGTAGGTGAACCTGC
Cuscuta obtusiflora 1047  (none) ---------GGTTTCCGTAGGTGAACCTGC
Cuscuta nevadensis 585  (none) --------AGGTTTCCGTAGGTGAACCTGC
Cuscuta nevadensis 476  (none) --------AGGTTTCCGTAGGTGAACCTGC
Cuscuta mitriformis 815  (none) -----------------------AACCTGC
Cuscuta mitriformis 584  (none) --------------CCGTAGGTGAACCTGC
Cuscuta microstyla  (none) --GTAACAAGGTTTCCGTAGGTGAACCTGC
Cuscuta micrantha 988  (none) ----------------GTAGGTGATCCTGC
Cuscuta micrantha 709  (none) ---------GGTTTCCGTAGGTGAACCTGC
Cuscuta micrantha 708 cl.4 7  (none) TCGTAACAAGGTTTCCGTAGGTGAACCTGC

Columns

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